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Wikiversité:Organisation des enseignements
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Hérisson grognon
50100
/* Facultés */
wikitext
text/x-wiki
{{Règle|raccourci=WV:OdE}}
{{En résumé|
* Chaque '''[[#Facultés|faculté]]''' est constituée de plusieurs [[#Départements|départements]].
* Chaque '''[[#Départements|département]]''' est constitué de plusieurs [[#Cours|cours]].
* Chaque '''[[#Cours|cours]]''' est constitué de plusieurs [[#Leçons|leçons]].
* Chaque '''[[#Leçons|leçon]]''' contient (idéalement) des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|chapitres]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|pages d'exercices]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|quiz]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|fiches-mémoire]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|pages annexes]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|sujets de devoirs]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|annales]] et des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|consignes de travaux pratiques]].
* Les '''[[Recherche:Accueil|travaux de recherche]]''' sont directement rattachés aux départements. Ils coexistent donc indépendamment de la structure des cours et des leçons, mais peuvent bien sûr y être liés dans les sous-pages « Voir aussi ».}}
== Organisation des cours par discipline ==
[[File:Modèle Wikiversité.png|Modélisation du rôle des espaces de noms Faculté et Département lors de l'accès au contenu principal.|thumb|360px]]
Cette section liste et définit tous les types de pages existant sur Wikiversité (à l'exception des travaux de recherche qui ne font pas partie de cette organisation) de la plus grande entité à la plus petite. Chaque ensemble englobe l'ensemble précédent : par exemple, chaque faculté est constituée de plusieurs départements.
=== Facultés ===
Les '''facultés''' sont les portes d'entrée de Wikiversité. Chacune correspond à un et un seul thème général (exemple : [[Faculté:Mathématiques]]).
Les facultés de Wikiversité sont listées dans une [[:Catégorie:Facultés|catégorie]] ainsi que dans une [[Wikiversité:Accueil/Facultés|sous-page de la page d'accueil]].
Il est possible de proposer la création d'une nouvelle faculté grâce à la page [[Wikiversité:Requêtes de facultés]] si aucune ne correspond à une leçon qu'un(e) contributeur/rice souhaite ajouter.
=== Départements ===
Les '''départements''' sont les divisions des facultés. Ils traitent d'une discipline particulière ou d'un groupement précis de sujets proches (exemple : [[Département:Algèbre]]).
Les départements de Wikiversité sont listés dans une [[:Catégorie:Départements|catégorie]].
Il est possible de [[Aide:Comment créer un département|créer un nouveau département]] si aucun ne correspond à une leçon qu'un(e) contributeur/rice souhaite ajouter. Cependant, il est préférable d'en discuter en amont avec les membres du projet de la faculté correspondante.
=== Cours ===
Les '''cours''' sont des ensembles de leçons. Idéalement, un cours regroupe des liens vers :
* toutes les leçons dans le thème du cours ;
* des devoirs en lien avec ces leçons ;
* des sujets d'examen en lien avec ces leçons ;
* un lien (externe) vers le programme officiel correspondant.
Dans un cadre strictement scolaire, un cours est une page qui regroupe toutes les leçons correspondant à un programme (exemple : [[Mathématiques en première générale]]).
Pour plus de détails sur la création d'un nouveau cours, voir [[Aide:Comment créer un cours]] et la documentation du modèle {{M|Cours}}.
=== Leçons ===
Les '''leçons''' sont des pages ou des ensembles de pages qui correspondent à un point précis d'une discipline.
Une leçon peut faire partie de plusieurs cours, et être rattachée à plus d'un département dans le cas où elle serait purement transdisciplinaire.
Dans le cas contraire où elle serait plus spécialisée, le domaine est précisé dans son nom afin d'éviter la confusion avec une potentielle autre leçon sur le sujet appartenant à un autre domaine. Ainsi, la leçon [[Théorie des graphes]] s'appliquant à la fois à l'informatique théorique et aux mathématiques, la leçon [[Logique (mathématiques)]] se différencie de la leçon [[Logique de base]] pour les automates.
Un [[Modèle:Leçon|modèle de page pour la création de nouvelles leçons]] comprenant plusieurs sous-pages est disponible. Il est également possible de faire une [[Modèle:Leçon du jour|leçon sur une seule page]].
=== Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches ===
Les '''chapitres''' sont des divisions au sein d'une leçon. Chaque chapitre correspond à une page de wiki. Elle présente généralement un contenu purement didactique. Les exercices, les annexes, les quiz, les travaux pratiques, les fiches mémoires se trouvent, en principe, dans d'autres pages qui leurs sont réservées (voir par exemple [[Aide:Comment créer une page d'exercices]]). Voir aussi, à titre d’exemple, la leçon [[Macros-commandes VBA]] qui, en dehors des fiches-mémoire, contient tous les types de pages possibles.
Un [[Modèle:Chapitre|modèle de page pour la création de nouveau chapitres]] est également disponible.
== Organisation des cours par niveau ==
Une équivalence des niveaux des cours avec les principaux niveaux d'éducation francophones a été établie sur la page [[Aide:Niveaux]].
Ils sont surtout indicatifs mais une [[:Catégorie:Chapitres par niveau|liste des chapitres par niveau]] permet de parcourir les chapitres par cette approche.
== Voir aussi ==
* Avant le détachement de Wikiversité du projet [[b:Accueil|Wikilivres]], voté par la communauté de Wikilivres fin 2006, une première structure plus détaillée avait été conçue. Elle s'est avérée très complexe en pratique, c'est pourquoi elle a été abandonnée. Elle est cependant toujours consultable, ainsi que les discussions qui lui sont relatives : voir l'[[/Ancienne ODE|ancienne ODE]].
[[Catégorie:Wikiversité:Recommandations|Organisation des enseignements]]
[[Catégorie:Documentation Wikiversité]]
k6ildxwzyowahihcoxz1wnvsav832bl
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2022-08-18T12:52:26Z
Hérisson grognon
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/* Départements */
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text/x-wiki
{{Règle|raccourci=WV:OdE}}
{{En résumé|
* Chaque '''[[#Facultés|faculté]]''' est constituée de plusieurs [[#Départements|départements]].
* Chaque '''[[#Départements|département]]''' est constitué de plusieurs [[#Cours|cours]].
* Chaque '''[[#Cours|cours]]''' est constitué de plusieurs [[#Leçons|leçons]].
* Chaque '''[[#Leçons|leçon]]''' contient (idéalement) des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|chapitres]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|pages d'exercices]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|quiz]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|fiches-mémoire]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|pages annexes]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|sujets de devoirs]], des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|annales]] et des [[#Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches|consignes de travaux pratiques]].
* Les '''[[Recherche:Accueil|travaux de recherche]]''' sont directement rattachés aux départements. Ils coexistent donc indépendamment de la structure des cours et des leçons, mais peuvent bien sûr y être liés dans les sous-pages « Voir aussi ».}}
== Organisation des cours par discipline ==
[[File:Modèle Wikiversité.png|Modélisation du rôle des espaces de noms Faculté et Département lors de l'accès au contenu principal.|thumb|360px]]
Cette section liste et définit tous les types de pages existant sur Wikiversité (à l'exception des travaux de recherche qui ne font pas partie de cette organisation) de la plus grande entité à la plus petite. Chaque ensemble englobe l'ensemble précédent : par exemple, chaque faculté est constituée de plusieurs départements.
=== Facultés ===
Les '''facultés''' sont les portes d'entrée de Wikiversité. Chacune correspond à un et un seul thème général (exemple : [[Faculté:Mathématiques]]).
Les facultés de Wikiversité sont listées dans une [[:Catégorie:Facultés|catégorie]] ainsi que dans une [[Wikiversité:Accueil/Facultés|sous-page de la page d'accueil]].
Il est possible de proposer la création d'une nouvelle faculté grâce à la page [[Wikiversité:Requêtes de facultés]] si aucune ne correspond à une leçon qu'un(e) contributeur/rice souhaite ajouter.
=== Départements ===
Les '''départements''' sont les divisions des facultés. Ils traitent d'une discipline particulière ou d'un groupement précis de sujets proches (exemple : [[Département:Algèbre]]).
Les départements de Wikiversité sont listés dans une [[:Catégorie:Départements|catégorie]] ainsi que dans [[Wikiversité:Départements]].
Il est possible de [[Aide:Comment créer un département|créer un nouveau département]] si aucun ne correspond à une leçon qu'un(e) contributeur/rice souhaite ajouter. Cependant, il est préférable d'en discuter en amont avec les membres du projet de la faculté correspondante.
=== Cours ===
Les '''cours''' sont des ensembles de leçons. Idéalement, un cours regroupe des liens vers :
* toutes les leçons dans le thème du cours ;
* des devoirs en lien avec ces leçons ;
* des sujets d'examen en lien avec ces leçons ;
* un lien (externe) vers le programme officiel correspondant.
Dans un cadre strictement scolaire, un cours est une page qui regroupe toutes les leçons correspondant à un programme (exemple : [[Mathématiques en première générale]]).
Pour plus de détails sur la création d'un nouveau cours, voir [[Aide:Comment créer un cours]] et la documentation du modèle {{M|Cours}}.
=== Leçons ===
Les '''leçons''' sont des pages ou des ensembles de pages qui correspondent à un point précis d'une discipline.
Une leçon peut faire partie de plusieurs cours, et être rattachée à plus d'un département dans le cas où elle serait purement transdisciplinaire.
Dans le cas contraire où elle serait plus spécialisée, le domaine est précisé dans son nom afin d'éviter la confusion avec une potentielle autre leçon sur le sujet appartenant à un autre domaine. Ainsi, la leçon [[Théorie des graphes]] s'appliquant à la fois à l'informatique théorique et aux mathématiques, la leçon [[Logique (mathématiques)]] se différencie de la leçon [[Logique de base]] pour les automates.
Un [[Modèle:Leçon|modèle de page pour la création de nouvelles leçons]] comprenant plusieurs sous-pages est disponible. Il est également possible de faire une [[Modèle:Leçon du jour|leçon sur une seule page]].
=== Chapitres, pages d'exercices, quiz, travaux pratiques, annexes, fiches ===
Les '''chapitres''' sont des divisions au sein d'une leçon. Chaque chapitre correspond à une page de wiki. Elle présente généralement un contenu purement didactique. Les exercices, les annexes, les quiz, les travaux pratiques, les fiches mémoires se trouvent, en principe, dans d'autres pages qui leurs sont réservées (voir par exemple [[Aide:Comment créer une page d'exercices]]). Voir aussi, à titre d’exemple, la leçon [[Macros-commandes VBA]] qui, en dehors des fiches-mémoire, contient tous les types de pages possibles.
Un [[Modèle:Chapitre|modèle de page pour la création de nouveau chapitres]] est également disponible.
== Organisation des cours par niveau ==
Une équivalence des niveaux des cours avec les principaux niveaux d'éducation francophones a été établie sur la page [[Aide:Niveaux]].
Ils sont surtout indicatifs mais une [[:Catégorie:Chapitres par niveau|liste des chapitres par niveau]] permet de parcourir les chapitres par cette approche.
== Voir aussi ==
* Avant le détachement de Wikiversité du projet [[b:Accueil|Wikilivres]], voté par la communauté de Wikilivres fin 2006, une première structure plus détaillée avait été conçue. Elle s'est avérée très complexe en pratique, c'est pourquoi elle a été abandonnée. Elle est cependant toujours consultable, ainsi que les discussions qui lui sont relatives : voir l'[[/Ancienne ODE|ancienne ODE]].
[[Catégorie:Wikiversité:Recommandations|Organisation des enseignements]]
[[Catégorie:Documentation Wikiversité]]
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Discussion Département:Français langue étrangère
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KunMilanoRobot
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Changement de nom
wikitext
text/x-wiki
==Internet Links to french text, readable for beginners==
Hello,
I come from Germany and I like the idea of this project. My French is (still) not good enough, thus I write in English. It would be great, to find in this section some Internet links with text on an easy level in French (possibly made for little french-speaking children), which are readable for beginners in learning French. For beginners it is not possible, to find such links themselves. Thus this would be great help. The advanced learners can find this links themselves. Thank you for everybody, who will contribute. I would be glad, if a native French speaker could translate this into French. Thank you very much. -- [[Utilisateur:84.132.110.48|84.132.110.48]] 15 janvier 2007 à 23:05 (UTC)
== Intérêt ==
La section "français" est inutile… sur la wikiversity française!! Il faut faire des cours de français en langue étrangère,… dans les autres wikiversity!!
:Voir… juste au dessus ! [[Utilisateur:RM77|RM77]] <=> <small>[[Discussion_Utilisateur:RM77|We talk.]]</small> 20 février 2007 à 19:21 (UTC)
== En anglais ==
Voir [[en:Topic:French]]. [[Utilisateur:C'valyi d'Jade|C'valyi d'Jade]] 16 mars 2007 à 08:40 (UTC)
== You can use this link ==
* [http://lyhana8.free.fr/learn_french/SOME%20WORDS_PICS.html French basic notions in Image] (Image/English/French)
Images are not free of use, but the page can be interesting for begginers.
== Pour enseigner le français aux autres ==
On cherche des francophones qui voulent enseigner la langue française aux autres au projet "French Mentoring" (Mentorat de français) sur la Wikiversité anglaise. Le projet est [[:en:Topic:French/Mentoring|ici]]. Si ça vous interesse, inscrivez-vous sur la liste qui est là. Si vous desirez aider les uns qui voulent apprendre le français, mais vous ne parlez pas l'anglais, laissez-moin un message [[:en:User talk:Jade Knight|sur ma page de discussion là]], et je peux trouver des étudients avancé qu'on peut guider en français. [[Utilisateur:Jade Knight|Jade Knight]] 13 novembre 2008 à 08:05 (UTC)
== La famille ==
J’ai ajouté un lien, pour un article à créer vers [[Famille/Français langue étrangère]] (en regardant l’historique, oui j’ai eu un peu de mal {{gêné}} ), mais comment s'organiser ? creer un arbre, avec des flèches ?? ça risque d’être compliqué. Cette leçon pourrait pourtant être utile, mais je n'ai aucune idée de l'organisation à lui donner. --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 12 juillet 2009 à 17:03 (UTC)
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Discussion Département:Anglais
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Changement de nom
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text/x-wiki
Hello! May we speak English here ? [[Utilisateur:CQ|CQ]] 28 mai 2007 à 06:51 (UTC)
:You may. At least with me. Welcome, CQ; bienvenu. [[Utilisateur:C'valyi d'Jade|C'valyi d'Jade]] 29 juin 2007 à 01:15 (UTC)
::Bonjour à tout le monde : D'ailleurs je m'appelle [[:en:User:KirbyPuckettFan|KirbyPuckettFan]]. Je suis là pour aider où je peux ! I am here to help where I can. --[[Utilisateur:Objet.a|Objet.a]] 11 décembre 2008 à 09:57 (UTC) <small><sup>[[Discussion_Utilisateur:Objet.a|(discuter)]]</sup></small>
C'est verbe fort ou verbe irrégullier en anglais ? (ma prof d'anglais gueulait lorsque nous pronocions les mots "verbes forts" ?
:Verbe irrégulier. Les verbes forts, j’ai jamais entendu ce mot-là pour définir une règle en anglais.
--[[Utilisateur:Yodaspirine|Yodaspirine]] 30 août 2007 à 16:53 (UTC)
::En fait, les verbes « irréguliers » et les verbes « forts » ne sont pas la même chose : les verbes irréguliers sont d'une manière très générales tous ceux qui font une entorse aux « règles » de conjugaison d'une langue. Les verbes forts sont ceux pour qui le passé se fait par [[w:Ablaut|ablaut]]. Par conséquent, les verbes forts sont irréguliers, mais la réciproque n’est pas vraie. Il est légitime de parler de verbe fort en anglais (comme dans beaucoup de langues germaniques), si c’est approprié : par exemple pour le verbe ''to sing'', et l'essentiel des verbes irréguliers de l'allemand. Si le sujet t'intéresse, je te recommande la lecture de l’article anglais : {{en}} [[:en:w:Germanic_strong_verb|''Germanic strong verb'']]. J'espère avoir complété la réponse de Yodaspirine. [[User:Sharayanan|Sharayanan]] <sub>([[User Talk:Sharayanan|blabla]])</sub> 30 août 2007 à 17:41 (UTC)
== L'heure en anglais ==
Bonjour,<br />
Vraiment un travail fabuleux. J'utilise pour compléter la formation pour ma fille qui débute en Anglais.<br />
Une demande, actuellement elle apprend "l'heure" et je ne trouve aucun support à ce sujet.<br />
MERCI et A+ [[Utilisateur:MALPAS|MALPAS]] 3 mars 2008 à 05:47 (UTC)
:Bonjour. La page sur l'heure est en cours d'importation à l'heure actuelle. Son état n’est pas définitif, mais vous pouvez toujours aller la consulter à l'emplacement suivant : [[Transwiki:Anglais : l'heure]]. Voilà ! [[Utilisateur:Xzapro4|Xzapro4]] 2 mars 2008 à 09:59 (UTC)
:P.S. Sur les pages de discussion, n'oubliez pas de signer avec 3 ou 4 tildes : <nowiki>~~~~</nowiki>
::{{fait}} Transwiki importée dans le département. [[Utilisateur:Crochet.david|Crochet.david]] 2 mars 2008 à 16:17 (UTC)
:::Je m'excuse, mais je ne vois pas le lien dans la page d'accueil du département Anglais et par ailleurs le lien proposé par Xzapro4 [[Transwiki:Anglais : l'heure]] est rouge. !
:::Encore MERCI [[Utilisateur:MALPAS|MALPAS]] 3 mars 2008 à 05:48 (UTC)
:::::En réalité, le lien n'avait pour l'instant été rajouté que dans la leçon [[Anglais/Vocabulaire|Vocabulaire/Anglais]]. La page est [[Anglais/Vocabulaire/Dire l'heure|ici]]. [[Utilisateur:Xzapro4|Xzapro4]] 3 mars 2008 à 06:28 (UTC)
== Cours linéaire ==
Salut,
Il n'y a pas de cours linéaire d'anglais. Ne serait-ce pas intéressant d’en créer un ? Par cours linéaire, je veux dire un cours par unités, avec chacune de la grammaire et des exercices...
Cela permettrait à l'élève d’avoir un plan à suivre, plutôt que des points séparés (ce qui n'empêche pas de garder les points de grammaire pour ceux qui savent ce qu’ils cherchent).
Qu'en pensez-vous ?
[[Utilisateur:Brotherbull|Brotherbull]] 26 mai 2008 à 17:30 (UTC)
:j’en pense que c’est une bonne idée mais malheureusement il faut beaucoup de motivation : c’est long, il faut des documents libres (pour ca voir [[:en:s:|Wikisource en anglais]] et des images libres. Bien entendu si tu as la motivation n’hesite pas :) :) [[Utilisateur:Vivelefrat|Vivelefrat]] <sup>[[Discussion_Utilisateur:Vivelefrat|Discuter]]</sup><sub><span style="margin: 0px 12px 0px -6ex;">[[Spécial:Emailuser/Vivelefrat|mail]]</span></sub> 27 mai 2008 à 05:53 (UTC)
::j’ai essayé de faire un schéma d'unité, voir [[Utilisateur:Brotherbull/CoursdeLangue|ici]]... [[Utilisateur:Brotherbull|Brotherbull]] 27 mai 2008 à 16:17 (UTC)
== Dates ==
J’aimerais savoir si l’on pourrait ajouter un sous-chapitre dans un article comme "Dire l'heure" ou "Les saisons" (à voir...) dans lequel on apprendrait à dire le jour que l’on est (le jeudi 1er août 2008 par ex.). Qu'en pensez-vous ? <br />
Anne
[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 2 avril 2009 à 16:59 (UTC)
: À ce moment là, il faudrait réunir dire l'heure et saison pour Date ou Temps avec date complète.--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 2 avril 2009 à 19:16 (UTC)
::Cad rassembler "Les jours et les mois", "dire l'heure" sous un article "dire la date et l'heure " un peu plus vaste par ex. ? -- [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 3 avril 2009 à 09:16 (UTC)
::: Oui c’est ca mais avec un titre un peu plus explicite. Date, heure mois et saison seront les chapitres par exemple.--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 3 avril 2009 à 09:29 (UTC)
:::: En gros, faire fusionner des pages ? -- [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 3 avril 2009 à 09:43 (UTC)
::::: Hummm... ouai.--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 3 avril 2009 à 09:52 (UTC)
== Les métiers en anglais ==
Pourquoi ne pas créer une page avec par exemple un "index" de métier par secteur d'activité (santé, instruction, tourisme, artisanat (?), justice ...) ? Pas trop quand même (ce serait trop vaste) mais en en indiquant quelques-uns, les principaux (justice= avocat, juge, greffier; santé= médéçin, pédiatre, infirmière par ex.) ? on pourrait mettre les métiers les plus "courants" ou ceux qu'on apprend en premiers lorsqu'on est collégien(ne). <br />
Qu'en pensez vous ? <br /> -- [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 4 avril 2009 à 08:02 (UTC)
J’ai d'ailleurs vu qu’il y avait déjà une fiche dessus dans le dep. espagnol par exemple. --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 4 avril 2009 à 08:59 (UTC)
== Relecture ==
J’ai recrée la page "[[Anglais/Vocabulaire/Mots de liaisons|Vocabulaire/Anglais/Mots de liaisons]]" mais je pense qu'une relecture s'impose ... j’ai l'impression d’en avoir oublié --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 27 avril 2009 à 11:26 (UTC)
:Faut pas rêver, on en oublie toujours. J’ai mis vite fait les quelques uns qu’il me reste en tête ici : [[Utilisateur:Xzapro4/MotsLiaison]], pour un certain nombre ils sont certainement déjà sur ta page mais j’ai cru voir que certains n'y étaient pas (et il en manquera encore). Je te laisse le soin de regarder, j’ai assez peu de temps en ce moment, (ça ira mieux après les soutenances) {{Smiley|sourire}} [[Utilisateur:Xzapro4|Xzapro4]] <sub>[[Discussion Utilisateur:Xzapro4|discuter]]</sub> 28 avril 2009 à 13:50 (UTC)
:: Merci, j’y jette un coup d'œil et j'étofferai un peu. Quand au nombre... on peut mettre les plus utiles [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 28 avril 2009 à 17:29 (UTC)
adntcr23hoy1olp87v75b9rmb1be53b
Discussion Wikiversité:Ce que Wikiversité n'est pas
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2022-08-18T12:04:37Z
Hérisson grognon
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/* Programme officiel */ Réponse
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text/x-wiki
Un projet exige de dire certes ce qu’il n'est pas, mais aussi ce qu’il est.
Wikiversity prodigue-t-elle un enseignement, a-t-elle des professeurs, des élèves. Peut on être tantôt l'un et tantôt l'autre ?
Autant de questions qu’il faut répondre a diraient nos amis anglophones.
Parfois le savoir est équivoque, et les opinions divergent. Wikiversity laisse-t-elle s'exprimer ces divergences, et comment. Est-ce une université où les opinions concourent, c'est-à-dire courent ensemble ? Je le souhaite fortement....
== Rajout d'un titre ==
Je me permets le rajout d'un titre sur ce que Wikiversité n'est pas. En effet, j’estime qu’il n’est pas du tout évident de faire la différence entre Wikiversity et wikipédia. Je pense notamment à tous les portails de wikipédia sur les différentes matières enseignées en universités ou autres. Ces portails sont très bien renseignés et la différence entre wikipédia et wikiversité n'est sans doute pas évidente. Je me lance donc, mais n'hésitez pas à me corriger.--[[Utilisateur:Merlin's Magic|Ṁεяlin’s·мẚgịc]] 2 octobre 2011 à 21:45 (UTC)
== Programme officiel ==
On peut lire : les leçons de Wikiversité doivent être obligatoirement construites à partir d'un programme éducatif officiel dans au moins un pays francophone.
Mais quid des leçons non scolaires (dont les niveaux ne sont pas chiffrés, mais qualifiés de débutant, intermédiaire…), par exemple en théologie ?
Merci !
[[Utilisateur:Retza Yupoi|Retza Yupoi]] ([[Discussion utilisateur:Retza Yupoi|discuter]]) 13 février 2022 à 18:19 (UTC)
:Bonjour {{Mention|Retza Yupoi}}, c'est moi qui ai rédigé ce paragraphe, mais je n'avais pas fait attention à cette faculté en effet... Sais-tu s'il existe des cours de théologie dans les écoles catholiques privées par exemple ? [[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion utilisateur:Hérisson grognon/Flow|discuter]]) 17 août 2022 à 08:47 (UTC)
::Oui, il y en a... :) Théologie ou culture religieuse. [[Utilisateur:Retza Yupoi|Retza Yupoi]] ([[Discussion utilisateur:Retza Yupoi|discuter]]) 17 août 2022 à 10:31 (UTC)
:::Ok, alors il suffira de préciser le niveau scolaire et ce sera bon. Pour les leçons "non scolaires", j'ai ajouté un paragraphe dans la section [[WV:GUIDE]]. Merci pour ton renseignement ! [[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion utilisateur:Hérisson grognon/Flow|discuter]]) 18 août 2022 à 12:04 (UTC)
5nztipg3f3ek4oncuib3kj0au0ri381
Département:Anglais/Contributeurs
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KunMilanoRobot
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Changement de nom
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text/x-wiki
* [[Utilisateur:Crocblanc77|Crocblanc77]]
* [[Utilisateur:RM77|RM77]] - Niveau C1 (Écrit)/B2 (Oral)
* [[Utilisateur:Shapsed|Shapsed]] - Très bon niveau
* [[Utilisateur:Jean-Alphonse-8000|Jean-Alphonse-8000]] - Niveau correct
* [[Utilisateur:Min's|Min's]] - [[Discussion Utilisateur:Min's|愛]] - Très bon niveau
* [[Utilisateur:C'valyi d'Jade|C'valyi d'Jade]] – locuteur natif, excellent niveau (moyen anglais inclus). Je suis plus souvent sur la Wikiversité anglaise.
* [[:en:User:Historybuff]] - locuteur natif.
* [[Utilisateur:Xavier| Xavier]]
* [[Utilisateur:Wilimut|Wilimut]] <small><sup>[[Discussion Utilisateur:Wilimut|discuter]]</sup></small>
* [[Utilisateur:Ave_matthew| Ave_matthew]] - je suis locuteur maternal de l'anglais et j'étude en français
* [[Utilisateur:brotherbull|brotherbull]] - Niveau impressionnant, accent du sud-est du Gloucestershire.
* [[:en:User:Avietzke|Avietzke]] - L'anglais (des États-Unis) est ma langue maternelle, et je parle français au niveau intermédiaire.
* [[Utilisateur:Objet.a|Objet.a]] <sup><small>[[Discussion Utilisateur:Objet.a|discuter]]</small></sup> - locuteur natif, excellent niveau ; niveau avancé en français. Je suis aussi sur la Wikiversité Anglaise en tant que [[:en:User:KirbyPuckettFan|KirbyPuckettFan]].
* [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] - Niveau correct.
* [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] - Niveau technique informatique.
* [[Utilisateur:Issyl0|Issyl0]] - Anglais comme langue maternelle.
* [[Utilisateur:VKH|VKH]] : bon niveau. Passionné de langue
* [[Utilisateur:S0phl3_76|S0phl3_76]] : Apprends depuis bientôt {{unité|6|ans}}, bon niveau.
* [[Utilisateur:Videl Smith|Videl Smith]] : Niveau C1
* [[Utilisateur:Amqui|Amqui]] : bilingue anglais-français.
* [[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] <sup><nowiki>[</nowiki>[[Discussion Utilisateur:Hérisson grognon|mais gentil]]<nowiki>]</nowiki></sup> : un petit C1.
* [[Utilisateur:Rominski|Rominski]] : niveau quasiment natif, C1.
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Département:Espagnol/Contributeurs
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* [[Utilisateur:Crocblanc77|Crocblanc77]] - Bon niveau écrit, très bon oral
* [[Utilisateur:Julien|Julien]] <small><sup>[[Discussion Utilisateur:Julien|discuter]]</sup></small>
* [[Utilisateur:netantho|netantho]] <sup>[[Discussion Utilisateur:netantho|discuter]]</sup>
* [[Utilisateur:André Rideau|André Rideau]] <sup>[[Discussion Utilisateur:André Rideau|discuter]]</sup>
* [[Utilisateur:Sinu|Sinu]]<small><sup>[[Discussion Utilisateur:Sinu|discuter]]</sup></small>
* [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] - Niveau correct.
* [[Utilisateur:Gagea|Gagea]]
* [[Utilisateur:CyrusZeVirus|CyrusZeVirus]]
* [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]]
* [[Utilisateur:VKH|VKH]] niveau correct.
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Wikiversité:Requêtes import
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Hérisson grognon
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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<center><big>[{{fullurl:Wikiversité:Requêtes import/{{CURRENTYEAR}}|action=edit§ion=new}} {{Bouton cliquable|Effectuer une requête|couleur=bleu}}]</big></center></div>
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[[Catégorie:Discussions communautaires]]
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Hérisson grognon
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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[[Catégorie:Discussions communautaires]]
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Hérisson grognon
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Hérisson grognon a déplacé la page [[Wikiversité:Requêtes import/En-tête]] vers [[Wikiversité:Requêtes import]] sans laisser de redirection : page globalement inactive, plus besoin de faire une sous-page par année
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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[[Catégorie:Discussions communautaires]]
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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<center><big>[{{fullurl:Wikiversité:Requêtes import|action=edit§ion=new}} {{Bouton cliquable|Effectuer une requête|couleur=bleu}}]</big></center></div>
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<br>{{Raccourci|WV:IMPORT|align=right}}
== [[w:fr:Essai de fiabilité]] ==
Cet article proposé en PÀS car ne correspondant pas aux critères de Wikipédia (pas de travail inédit, etc) ne pourrait-il pas avoir sa chance chez vous dans la partie « Recherche » {{sourire}} ? Cordialement, [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 4 octobre 2020 à 17:18 (UTC)
:Je pense que c'est admissible si le vote de suppression sur Wikipédia tourne en faveur de sa suppression là-bas. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 4 octobre 2020 à 17:58 (UTC)
:: {{notif|JackPotte}}, l'article est maintenant supprimé là-bas. [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 19 octobre 2020 à 20:34 (UTC)
::: Du coup je ne peux plus l’importer, il faudrait le restaurer juste le temps d'utiliser [[special:import]] ici. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 19 octobre 2020 à 20:56 (UTC)
== Acquisition_marchande_des_biens_et_des_moyens_de_production ==
Bonjour
Je ne comprend pas les raisons motivant le transfert vers Wikiversité de l'article cité en objet.
Comme le montre la page "discussion" de cet article, dont la dernière datée du 16/06/21, cet article a sa place place dans wikipedia. Aucune idée ou thèse nouvelle n'est défendue dans cet article. Il ne décrit que des faits et n'en tire aucune conclusion, qu'elle soit nouvelle ou non.
Bien cordialement
--[[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]] ([[Discussion utilisateur:Moulin André|discussion]]) 23 août 2021 à 15:27 (UTC)
:Bonjour, c'est plutôt sur la page de discussion de {{w|Acquisition marchande des biens et des moyens de production}} qu'il faudrait en débattre. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 23 août 2021 à 17:32 (UTC)
::Effectivement [[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]], le mieux serait d'en discuter avec [[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] qui fut l'éditeur qui plaça le bandeau sur la [[w:fr:Discussion:Acquisition marchande des biens et des moyens de production|page de discussion de l'article en question]]. Une belle fin de journée ! [[User:Lionel Scheepmans|Lionel Scheepmans]] <sup><big>✉</big> [[User talk:Lionel Scheepmans|Contact]]</sup> <sub>Concernant ma [[w:fr:dysorthographie|dysorthographie]]</sub> 24 août 2021 à 08:05 (UTC)
== Créer un modèle:Vimeo ==
[[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] a importé le Modèle:YouTube : <nowiki>{{YouTube|2VbPd2iu4bg|performing the "Moonwalk"}}</nowiki>}} que j'avais trouvé sur en:Wikipedia. Est-il possible de créer un modèle:Vimeo de la même façon ? Merci pour votre attention. --[[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 1 octobre 2021 à 15:19 (UTC)
: {{Fait}} C'est fait ! [[Modèle:Vimeo]] --[[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion Utilisateur:Hérisson grognon|discuter]]) 2 octobre 2021 à 09:25 (UTC)
: Hé héhé ! Plus rapide que son ombre ! Merci. Bon week-end. [[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 2 octobre 2021 à 10:02 (UTC)
[[Catégorie:Discussions communautaires]]
[[Catégorie:Wikiversité:Administrateur]]
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|2018|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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<center><big>[{{fullurl:Wikiversité:Requêtes import|action=edit§ion=new}} {{Bouton cliquable|Effectuer une requête|couleur=bleu}}]</big></center></div>
<br>{{Raccourci|WV:IMPORT|align=right}}
== [[w:fr:Essai de fiabilité]] ==
Cet article proposé en PÀS car ne correspondant pas aux critères de Wikipédia (pas de travail inédit, etc) ne pourrait-il pas avoir sa chance chez vous dans la partie « Recherche » {{sourire}} ? Cordialement, [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 4 octobre 2020 à 17:18 (UTC)
:Je pense que c'est admissible si le vote de suppression sur Wikipédia tourne en faveur de sa suppression là-bas. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 4 octobre 2020 à 17:58 (UTC)
:: {{notif|JackPotte}}, l'article est maintenant supprimé là-bas. [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 19 octobre 2020 à 20:34 (UTC)
::: Du coup je ne peux plus l’importer, il faudrait le restaurer juste le temps d'utiliser [[special:import]] ici. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 19 octobre 2020 à 20:56 (UTC)
== Acquisition_marchande_des_biens_et_des_moyens_de_production ==
Bonjour
Je ne comprend pas les raisons motivant le transfert vers Wikiversité de l'article cité en objet.
Comme le montre la page "discussion" de cet article, dont la dernière datée du 16/06/21, cet article a sa place place dans wikipedia. Aucune idée ou thèse nouvelle n'est défendue dans cet article. Il ne décrit que des faits et n'en tire aucune conclusion, qu'elle soit nouvelle ou non.
Bien cordialement
--[[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]] ([[Discussion utilisateur:Moulin André|discussion]]) 23 août 2021 à 15:27 (UTC)
:Bonjour, c'est plutôt sur la page de discussion de {{w|Acquisition marchande des biens et des moyens de production}} qu'il faudrait en débattre. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 23 août 2021 à 17:32 (UTC)
::Effectivement [[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]], le mieux serait d'en discuter avec [[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] qui fut l'éditeur qui plaça le bandeau sur la [[w:fr:Discussion:Acquisition marchande des biens et des moyens de production|page de discussion de l'article en question]]. Une belle fin de journée ! [[User:Lionel Scheepmans|Lionel Scheepmans]] <sup><big>✉</big> [[User talk:Lionel Scheepmans|Contact]]</sup> <sub>Concernant ma [[w:fr:dysorthographie|dysorthographie]]</sub> 24 août 2021 à 08:05 (UTC)
== Créer un modèle:Vimeo ==
[[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] a importé le Modèle:YouTube : <nowiki>{{YouTube|2VbPd2iu4bg|performing the "Moonwalk"}}</nowiki>}} que j'avais trouvé sur en:Wikipedia. Est-il possible de créer un modèle:Vimeo de la même façon ? Merci pour votre attention. --[[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 1 octobre 2021 à 15:19 (UTC)
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{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|2018|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
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Cet article proposé en PÀS car ne correspondant pas aux critères de Wikipédia (pas de travail inédit, etc) ne pourrait-il pas avoir sa chance chez vous dans la partie « Recherche » {{sourire}} ? Cordialement, [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 4 octobre 2020 à 17:18 (UTC)
:Je pense que c'est admissible si le vote de suppression sur Wikipédia tourne en faveur de sa suppression là-bas. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 4 octobre 2020 à 17:58 (UTC)
:: {{notif|JackPotte}}, l'article est maintenant supprimé là-bas. [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 19 octobre 2020 à 20:34 (UTC)
::: Du coup je ne peux plus l’importer, il faudrait le restaurer juste le temps d'utiliser [[special:import]] ici. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 19 octobre 2020 à 20:56 (UTC)
== Acquisition_marchande_des_biens_et_des_moyens_de_production ==
Bonjour
Je ne comprend pas les raisons motivant le transfert vers Wikiversité de l'article cité en objet.
Comme le montre la page "discussion" de cet article, dont la dernière datée du 16/06/21, cet article a sa place place dans wikipedia. Aucune idée ou thèse nouvelle n'est défendue dans cet article. Il ne décrit que des faits et n'en tire aucune conclusion, qu'elle soit nouvelle ou non.
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--[[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]] ([[Discussion utilisateur:Moulin André|discussion]]) 23 août 2021 à 15:27 (UTC)
:Bonjour, c'est plutôt sur la page de discussion de {{w|Acquisition marchande des biens et des moyens de production}} qu'il faudrait en débattre. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 23 août 2021 à 17:32 (UTC)
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== Créer un modèle:Vimeo ==
[[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] a importé le Modèle:YouTube : <nowiki>{{YouTube|2VbPd2iu4bg|performing the "Moonwalk"}}</nowiki>}} que j'avais trouvé sur en:Wikipedia. Est-il possible de créer un modèle:Vimeo de la même façon ? Merci pour votre attention. --[[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 1 octobre 2021 à 15:19 (UTC)
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[[Catégorie:Wikiversité:Administrateur]]
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Hérisson grognon
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<div class="plainlinks" style="overflow: hidden; margin: .5em 0; padding: 1em; padding: 1em; border: 2px solid #853d60; border-radius: 0; background-color: #d6c2d1; color: #000; border-radius: 5px; margin: 0;">
<div style="background-color:#be9baf; margin-bottom: 15px; margin-left: -15px; margin-right: -15px; margin-top: -15px; line-height: 40px; font-size: 1.5em;"><center>Requêtes import</center></div>
<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
<br>
<center><big>[{{fullurl:Wikiversité:Requêtes import|action=edit§ion=new}} {{Bouton cliquable|Effectuer une requête|couleur=bleu}}]</big></center></div>
== [[w:fr:Essai de fiabilité]] ==
Cet article proposé en PÀS car ne correspondant pas aux critères de Wikipédia (pas de travail inédit, etc) ne pourrait-il pas avoir sa chance chez vous dans la partie « Recherche » {{sourire}} ? Cordialement, [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 4 octobre 2020 à 17:18 (UTC)
:Je pense que c'est admissible si le vote de suppression sur Wikipédia tourne en faveur de sa suppression là-bas. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 4 octobre 2020 à 17:58 (UTC)
:: {{notif|JackPotte}}, l'article est maintenant supprimé là-bas. [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 19 octobre 2020 à 20:34 (UTC)
::: Du coup je ne peux plus l’importer, il faudrait le restaurer juste le temps d'utiliser [[special:import]] ici. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 19 octobre 2020 à 20:56 (UTC)
== Acquisition_marchande_des_biens_et_des_moyens_de_production ==
Bonjour
Je ne comprend pas les raisons motivant le transfert vers Wikiversité de l'article cité en objet.
Comme le montre la page "discussion" de cet article, dont la dernière datée du 16/06/21, cet article a sa place place dans wikipedia. Aucune idée ou thèse nouvelle n'est défendue dans cet article. Il ne décrit que des faits et n'en tire aucune conclusion, qu'elle soit nouvelle ou non.
Bien cordialement
--[[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]] ([[Discussion utilisateur:Moulin André|discussion]]) 23 août 2021 à 15:27 (UTC)
:Bonjour, c'est plutôt sur la page de discussion de {{w|Acquisition marchande des biens et des moyens de production}} qu'il faudrait en débattre. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 23 août 2021 à 17:32 (UTC)
::Effectivement [[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]], le mieux serait d'en discuter avec [[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] qui fut l'éditeur qui plaça le bandeau sur la [[w:fr:Discussion:Acquisition marchande des biens et des moyens de production|page de discussion de l'article en question]]. Une belle fin de journée ! [[User:Lionel Scheepmans|Lionel Scheepmans]] <sup><big>✉</big> [[User talk:Lionel Scheepmans|Contact]]</sup> <sub>Concernant ma [[w:fr:dysorthographie|dysorthographie]]</sub> 24 août 2021 à 08:05 (UTC)
== Créer un modèle:Vimeo ==
[[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] a importé le Modèle:YouTube : <nowiki>{{YouTube|2VbPd2iu4bg|performing the "Moonwalk"}}</nowiki>}} que j'avais trouvé sur en:Wikipedia. Est-il possible de créer un modèle:Vimeo de la même façon ? Merci pour votre attention. --[[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 1 octobre 2021 à 15:19 (UTC)
: {{Fait}} C'est fait ! [[Modèle:Vimeo]] --[[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion Utilisateur:Hérisson grognon|discuter]]) 2 octobre 2021 à 09:25 (UTC)
:: Hé héhé ! Plus rapide que son ombre ! Merci. Bon week-end. [[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 2 octobre 2021 à 10:02 (UTC)
[[Catégorie:Discussions communautaires]]
[[Catégorie:Wikiversité:Administrateur]]
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2022-08-18T13:03:19Z
Hérisson grognon
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/* Acquisition_marchande_des_biens_et_des_moyens_de_production */
wikitext
text/x-wiki
{{nobots}}
__NEWSECTIONLINK__
{{Boîte de requêtes}}<div class="boite-grise {{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||boite-a-droite}} liste-simple" style="{{#ifeq:{{{flottant|}}}|non||width: 20em;}} margin-bottom: 0; margin-top:0; font-size:{{{font-size|89%}}}; text-align:center; border:solid #aaaaaa 1px;border-radius:5px;">{{archives|an|Wikiversité:Requêtes import|2006|2018|en-tête=1|background=transparent|séparateur= · }}</div>
<div class="plainlinks" style="overflow: hidden; margin: .5em 0; padding: 1em; padding: 1em; border: 2px solid #853d60; border-radius: 0; background-color: #d6c2d1; color: #000; border-radius: 5px; margin: 0;">
<div style="background-color:#be9baf; margin-bottom: 15px; margin-left: -15px; margin-right: -15px; margin-top: -15px; line-height: 40px; font-size: 1.5em;"><center>Requêtes import</center></div>
<div style="opacity: 0.4; position: absolute; right: 20em">[[File:Mergefrom.svg|droite|100px|link=]]</div><strong style="font-size:1.2em;color:#3366BB;">Cette page permet de demander à un '''[[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]''' d{{'}}'''[[Wikiversité:Import|importer une page]]''' sur<br/>Wikiversité depuis un autre projet.</strong>{{clr}}
Pour savoir en plus sur la procédure : [[Wikiversité:Import]].
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<center><big>[{{fullurl:Wikiversité:Requêtes import|action=edit§ion=new}} {{Bouton cliquable|Effectuer une requête|couleur=bleu}}]</big></center></div>
== [[w:fr:Essai de fiabilité]] ==
Cet article proposé en PÀS car ne correspondant pas aux critères de Wikipédia (pas de travail inédit, etc) ne pourrait-il pas avoir sa chance chez vous dans la partie « Recherche » {{sourire}} ? Cordialement, [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 4 octobre 2020 à 17:18 (UTC)
:Je pense que c'est admissible si le vote de suppression sur Wikipédia tourne en faveur de sa suppression là-bas. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 4 octobre 2020 à 17:58 (UTC)
:: {{notif|JackPotte}}, l'article est maintenant supprimé là-bas. [[Utilisateur:Nemo Le Poisson|Nemo Le Poisson]] ([[Discussion utilisateur:Nemo Le Poisson|discussion]]) 19 octobre 2020 à 20:34 (UTC)
::: Du coup je ne peux plus l’importer, il faudrait le restaurer juste le temps d'utiliser [[special:import]] ici. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 19 octobre 2020 à 20:56 (UTC)
== Acquisition marchande des biens et des moyens de production ==
Bonjour
Je ne comprend pas les raisons motivant le transfert vers Wikiversité de l'article cité en objet.
Comme le montre la page "discussion" de cet article, dont la dernière datée du 16/06/21, cet article a sa place place dans wikipedia. Aucune idée ou thèse nouvelle n'est défendue dans cet article. Il ne décrit que des faits et n'en tire aucune conclusion, qu'elle soit nouvelle ou non.
Bien cordialement
--[[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]] ([[Discussion utilisateur:Moulin André|discussion]]) 23 août 2021 à 15:27 (UTC)
:Bonjour, c'est plutôt sur la page de discussion de {{w|Acquisition marchande des biens et des moyens de production}} qu'il faudrait en débattre. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 23 août 2021 à 17:32 (UTC)
::Effectivement [[Utilisateur:Moulin André|Moulin André]], le mieux serait d'en discuter avec [[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] qui fut l'éditeur qui plaça le bandeau sur la [[w:fr:Discussion:Acquisition marchande des biens et des moyens de production|page de discussion de l'article en question]]. Une belle fin de journée ! [[User:Lionel Scheepmans|Lionel Scheepmans]] <sup><big>✉</big> [[User talk:Lionel Scheepmans|Contact]]</sup> <sub>Concernant ma [[w:fr:dysorthographie|dysorthographie]]</sub> 24 août 2021 à 08:05 (UTC)
== Créer un modèle:Vimeo ==
[[user:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] a importé le Modèle:YouTube : <nowiki>{{YouTube|2VbPd2iu4bg|performing the "Moonwalk"}}</nowiki>}} que j'avais trouvé sur en:Wikipedia. Est-il possible de créer un modèle:Vimeo de la même façon ? Merci pour votre attention. --[[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 1 octobre 2021 à 15:19 (UTC)
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:: Hé héhé ! Plus rapide que son ombre ! Merci. Bon week-end. [[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 2 octobre 2021 à 10:02 (UTC)
[[Catégorie:Discussions communautaires]]
[[Catégorie:Wikiversité:Administrateur]]
b8en5jaxovvkk5kv0sfnwfgdijtp2eo
Projet:Conventions
102
14440
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853357
2022-08-18T12:24:52Z
Hérisson grognon
50100
wikitext
text/x-wiki
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
{{Titre projet
| nom = Projet : Conventions
| image = Circle-icons-gavel-light blue.svg
}}
{| style="width: 100%;"
| style="width: 50%; vertical-align: top;" |
Ce projet a pour but de fixer des conventions relatives à différentes matières afin de faciliter l’utilisation de Wikiversité.
| style="width: 50%; vertical-align: top;" |
{{Début cadre|bleu}}
<div style="float: right; font-size: .8em;">{{Modifier|Projet:Conventions/Participants|}}</div>
{{Projet:Conventions/Participants}}
{{Fin cadre}}
|}
{{Début cadre|violet}}
== Université ==
Les pages suivantes définissent des conventions générales à suivre lors de l'édition de Wikiversité.
* [[Wikiversité:Ce que Wikiversité n'est pas|Ce que Wikiversité n'est pas]]
* [[Wikiversité:Organisation des enseignements|Organisation des enseignements]]
* [[Wikiversité:Conventions de gestion|Conventions de gestion]]
* [[Wikiversité:Conventions de nommage|Conventions de nommage]]
* [[Wikiversité:Conventions bibliographiques|Conventions bibliographiques]]
* [[Aide:Niveau de difficulté|Niveau des leçons]]
* [[Wikiversité:Charte graphique|Charte graphique]]
* [[Wikiversité:Jargon|Jargon]]
* {{WP|Wikipédia:Conventions typographiques}}
{{Fin cadre}}
== Facultés ==
{| style="width: 100%; border-collapse: collapse;"
| style="width: 50%; vertical-align: top;" |
{{Début cadre|rouge|fond=white}}
<div style="position: relative;">
<div style="position: absolute; top: -22px; right: 10px; font-size: 10px;">
{{Modifier|Projet:Conventions/Mathématiques|}}
</div>
{{Projet:Conventions/Mathématiques}}
</div>
{{Fin cadre}}
{{Début cadre|rouge}}
<div style="position: relative;">
<div style="position: absolute; top: -22px; right: 10px; font-size: 10px;">
{{Modifier|Projet:Conventions/Physique|}}
</div>
{{Projet:Conventions/Physique}}
</div>
{{Fin cadre}}
| style="width: 50%; vertical-align: top;" |
{{Début cadre|rouge}}
<div style="position: relative;">
<div style="position: absolute; top: -22px; right: 10px; font-size: 10px;">
{{Modifier|Projet:Conventions/Biologie|}}
</div>
{{Projet:Conventions/Biologie}}
</div>
{{Fin cadre}}
{{Début cadre|rouge}}
<div style="position: relative;">
<div style="position: absolute; top: -22px; right: 10px; font-size: 10px;">
{{Modifier|Projet:Conventions/Chimie|}}
</div>
{{Projet:Conventions/Chimie}}
</div>
{{Fin cadre}}
|}
[[Catégorie:Wikiversité:Recommandations|Conventions]]
[[Catégorie:Projet fonctionnel]]
a0sezjmxvmlk19ei0gptv3bxcta2kjp
Discussion:Règles et rudiments du jeu d’échecs/Règles du jeu d'échecs
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Changement de nom
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text/x-wiki
J’ai joué dans plusieurs pays et à chaque fois c’était Blanc à droite et non ''Les joueurs peuvent éventuellement se mettre d'accord sur la couleur du coin à droite''. [[Spécial:Contributions/82.224.88.52|82.224.88.52]] 26 mai 2008 à 06:02 (UTC)
== Le roi et le roque ==
Il existe une contrainte supplémentaire pour valider le roque:
*le roi ne doit pas avoir été mis en échec avant d'effectuer le roque.
:Faux selon la FIDE : http://www.fide.com/fide/handbook?id=124&view=article 3.8 a ii (2)
Lors du roque le roi se déplace de deux cases, puis le joueur rabat la tour vers laquelle le roi s'est dirigé sur la case à côté du roi opposé à la position initiale de cette tour.
Le côté ou le roi se déplace détermine le nom du roque (côté dame = grand roque, côté roi = petit roque).
== Le pat ==
Le pat est TOUJOURS une erreur de l'attaquant car il aurait du jouer soit de manière à faire échec et mat soit permettre d'effectuer un déplacement. Un pat n'existe que dans les parties longues avec peu de pièces sur l'échequier à ce stade il est rare que les jeux des deux camps soient équilibrés et quand bien même ce serais le cas le pat serais alors très difficile à obtenir.
Un pat est souvent la seule issue d'un défendeur qui ne possède plus de pièce (ou toutes ses autres pièces sont bloquées) cela lui permet un match nul. Donc en quelque sorte c’est la manipulation de l'attaquant par le défendeur pour que l'attaquant mette le défendeur en position de pat. Cela revient à dire que l'attaquant est tombé dans le piège du défenseur et que donc le défendeur à pu manipuler et contrôler le jeu de l'attaquant et par conséquent est stratégiquement plus fort que l'attaquant même avec un désavantage numérique. D'où la considération que le défendeur est meilleur que l'attaquant et donc remporte la partie stratégiquement parlant.Ppignol 17 février 2009 à 02:26 (UTC)
== Rois face à face ? ==
J’ai joué une fois avec un jeune de mon âge (qui m'a laminée {{Smiley|clin d'œil}}) très expérimenté (il jouait alors en club) mais les reines devaient se positionner sur des cases de leur propre couleur... On obtient donc reine noire sur uen case noire et roi noir sur une case blanche... est ce une erreur (ou je peux révoquer ma défaite {{Smiley|mdr}}?) --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 14 mai 2009 à 17:41 (UTC)
== Exemple d'erreurs dans l'ouverture ==
Bonjour, je viens tout juste de m'inscrire et je souhaiterai participer à l'amélioration de ce cours. Je ne comprends pas pourquoi le mat du lion, le coup du berger et le mat de légal se trouvent dans ce chapitre et surtout dans la section déplacements spéciaux. J'aimerai savoir où l'on pourrait aborder ces sujets assez importants à connaître pour un débutant, dans un autre chapitre ?, ou dans la leçon sur les ouvertures ? -- [[Utilisateur:Astarté|Astarté]] ([[Discussion utilisateur:Astarté|discussion]]) 25 avril 2017 à 10:28 (UTC)
:La structure de ce cours pourrait effectivement comporter plus de chapitres qu'actuellement, plus courts. Mais il faut garder à l'esprit que chacun doit durer une heure environ (comme un cours standard). [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 25 avril 2017 à 10:52 (UTC)
::Merci je ne savais pas qu’il fallait respecter cette durée d'une heure. Je vais donc, si j'ai le temps, commencer l’élaboration d’un plan avec des chapitres plus courts et précis.<br/>Une fois que je penserai avoir trouvé quelque chose de bien : dois-je proposer la restructuration dans l’onglet discussion ou puis-je directement modifier la structure de la leçon (en attendant de quelconques critiques envers la modification, voir une révocation) ? -- [[Utilisateur:Astarté|Astarté]] ([[Discussion utilisateur:Astarté|discussion]]) 25 avril 2017 à 13:09 (UTC)
::: J'imagine que si personne ne s'y oppose dans la présente discussion d'ici ce week-end, tu pourras modifier directement la leçon. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 25 avril 2017 à 14:04 (UTC)
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Discussion:Espagnol/Vocabulaire/Se présenter
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text/x-wiki
== Réorganisation de la page ? ==
: Je trouve cette page étrange avec pour seuls exemples des tableaux... ne serait-il pas mieux de l'accompagner d'explications comme pour un vrai cours ? --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 10 avril 2009 à 10:57 (UTC)
:: Je m'en occupe. (Anne jea)
::: Effectué ! --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 10 avril 2009 à 16:04 (UTC)
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Discussion Département:Espagnol
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Changement de nom
wikitext
text/x-wiki
==CECRL==
Bonjour,
Je viens de découvrir ce projet et je suis surpris, en tant que professeur d'espagnol, que vous n'utilisiez pas comme référenciel le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues, dont le fonctionnement par compétences précises est bien plus pertinent que des leçons de grammaire ou les classements moins officiels que vous avez retenus pour distinguer les novices des débutants, etc.
Si jamais cela vous intéresse, je vous recommande la lecture du programme des nouveaux manuels d'espagnol pour le collège et des descriptifs précis des compétences que j’ai synthétisés sur [http://www.clg-izzo.ac-aix-marseille.fr/spip/spip.php?article92 la page de présentation] de mon programme de collège.
Je vous rappelle que le CECRL a été élaboré et expérimenté pendant des années par une équipe internationale de linguistes et d'enseignants de langues, et qu’il ne s'agit donc pas d'une simple lubie ministérielle passagère.
[[Spécial:Contributions/83.97.60.4|83.97.60.4]] 24 septembre 2008 à 09:48 (UTC)
:Les facultés liées aux langues, enfin plutôt sa structure, est en plein discussion afin de trouver un meilleur moyen et système d’apprentissage. Je vous conseille de suivre [[Projet:Langues étrangères/Organisation des cours de langue|cette page]] et d’y apporter vos idées. [[Utilisateur:Crochet.david|Crochet.david]] 24 septembre 2008 à 10:04 (UTC)
::Merci, j’y vais de ce pas. [[Spécial:Contributions/83.97.60.4|83.97.60.4]] 24 septembre 2008 à 12:28 (UTC)
== Se présenter ==
J’ai rendu cet article plus attractif en y ajoutant quelques explications. Qu'en pensez vous ? --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 11 avril 2009 à 07:49 (UTC)
: Pas mal mais faudrait rajouter le Buenas tardes/Buenas noches/Buenos dia.--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 11 avril 2009 à 11:20 (UTC)
:: Je vais m'en occuper --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 11 avril 2009 à 13:35 (UTC)
::J’ai aussi voulu ajouter "hola" mais je n'ai pas su mettre l'accent sur la a... -[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 11 avril 2009 à 13:47 (UTC)
:::Quand tu édites une page, regarde juste en dessous de publier etc. Tu verras caractères spéciaux : dans le cadre juste en dessous, mets espagnol a la place de wiki. Et voila --[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 11 avril 2009 à 13:58 (UTC)
::::OK, merci, ça marche maintenant ;) --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 11 avril 2009 à 14:16 (UTC)
== Présent de l'indicatif ==
J’ai crée cette page:
[[Espagnol/Grammaire/Conjugaison/Présent]]
Je ne sais pas trop comment la mettre dans le sommaire... je vous laisse faire ;) Vous êtes bien entendu les bienvenus pour améliorer et corriger cette page, c’est le but ;-). --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 18 avril 2009 à 15:28 (UTC)
== Ebauche: constructions verbales ==
Comme je ne voulais pas faire n’importe quoi en créant une page, j’ai mis une ébauche à transférer dans le secteur ici : [[Utilisateur:.Anja./Ebauche]] dont seule la partie "constructions verbales" est à déplacer (et puis tant qu’à faire, à améliorer)... Je ne sais pas trop où ça peut s'inclure, donc je vous laisse faire. Merci {{Smiley|sourire}} ! --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 14 juin 2009 à 10:15 (UTC)
n30drxzzflol31rownffhnpz56qagnj
Équation et inéquation/Équation produit et équation quotient
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2A01:E0A:92A:7D0:EC05:17B:593:9A47
/* Factorisations */
wikitext
text/x-wiki
{{Chapitre
| idfaculté = mathématiques
| numéro = 3
| précédent = [[../Résolution graphique d'une équation/]]
| suivant = [[../Signe d'un binôme/]]
| page_liée = Exercices/Équations produit
| niveau = 11
}}
== Équation produit ==
{{Définition
| contenu =
Une '''équation-produit''' est une équation qui se présente sous la forme :
:<math>f(x)\times g(x)=0</math>.
}}
Le théorème suivant constitue alors un très puissant outil de résolution :
{{Théorème
| contenu =
Un produit est nul si et seulement si l'un au moins de ses facteurs est nul, autrement dit :
:<math>f(x)\times g(x)=0</math> équivaut à <math>f(x)=0</math> ou <math>g(x)=0</math>.
}}
== Factorisations ==
Pour transformer une équation en équation-produit, il faut d’abord transférer tous les termes d'un seul côté de l'équation, puis factoriser :
*soit avec une identité remarquable ;
*soit en trouvant un facteur commun.
{{Exemple|titre=Exemples|contenu=
Résoudre dans <math>\R</math> les équations :
*<math>\left(3x +1\right)(1- 9x)=0</math> ;
{{Solution|contenu=
}}
*<math>\left(3x +1\right)^2=1- 9x^2</math>.
{{Solution|contenu=
:<math>\begin{align}\left(3x +1\right)^2 + 9x^2-1&=\left(9x^2 + 2 \times 3x \times 1 + 1\right) + 9x^2 - 1\\
&= 9x^2 + 6x + 1 + 9x^2 - 1\\
&= 18x^2 + 6x\\
&= 18x^2 + 6x\\
&= 6x \left(3x + 1\right).\end{align}</math>
:<math>6x \left(3x + 1\right) = 0\Leftrightarrow6x=0\text{ ou }3x+1=0\Leftrightarrow x=0\text{ ou }3x=-1\Leftrightarrow x=0\text{ ou }x=-\frac13</math>.
:<math>S=\left\{0,-\frac13\right\}</math>.
}}
*<math>x^2+4=4x</math>
{{Solution|contenu=
}}
}}
== Équation-quotient ==
{{Définition
| contenu = Une '''équation-quotient''' est une équation qui se présente sous la forme :
:<math>\frac{f(x)}{g(x)}=0</math>.
}}
=== Remarque ===
Les valeurs de <math>x</math> qui annulent la fonction ''g'' sont exclues de la résolution : elles ne peuvent pas être solution.
{{Théorème
| contenu =
Un quotient est nul si et seulement si son numérateur est nul et si son dénominateur est non nul
}}
Autrement dit, une équation-quotient se ramène à la résolution de deux équations :
*les solutions de <math>g(x)=0</math> sont exclues ;
*les solutions de <math>f(x)=0</math> sont les seules solutions de <math>\frac{f(x)}{g(x)}=0</math>, à condition qu’elles n'aient pas été exclues au préalable.
{{Exemple|contenu=
Résoudre l'équation <math>\frac{2x+3}{x-5}=0</math>.
{{Solution
| contenu =
On détermine les '''valeurs interdites''' : le dénominateur <math>x-5</math> s'annule si <math>x=5</math>.
On résout pour <math>x\in\R\setminus\{5\}</math> :
:<math>\frac{2x+3}{x-5}=0\Leftrightarrow2x+3=0\Leftrightarrow2x=-3\Leftrightarrow x=-\frac32</math>.
Finalement, <math>S=\{-\frac32\}</math>.
}}
}}
{{Bas de page
| idfaculté = mathématiques
| précédent = [[../Résolution graphique d'une équation/]]
| suivant = [[../Signe d'un binôme/]]
}}
jccbx1iadn5wdjr5a0ow8dkov98485i
Discussion utilisateur:.Anja.
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2022-08-18T13:12:22Z
KunMilanoRobot
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Changement de nom
wikitext
text/x-wiki
=Bonjour !!=
Voici ma page de discussion. n'hésitez pas à y laisser un message !
[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 2 avril 2009 à 14:03 (UTC)
[[Utilisateur:.Anja./Ebauche]]
{{Bienvenue}}
|}
----
s6jqxsuhv1xxnym4w61lg77122vyc1o
Discussion:Anglais/Vocabulaire/Couleurs
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Une petite précision: j’ai oublié de me connecter lors de la modification du "3 avril 2009 à 17:40 83.198.225.73 (Discuter) ({{Unité|1901|octets}}) " -- [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 3 avril 2009 à 15:44 (UTC)
pex2vbutc8n9nkvlxxwqnzekitrnotw
Discussion:Espagnol/Vocabulaire/Famille
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KunMilanoRobot
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== "bébé" ==
Êtes vous certains que bébé se dit bebe ennespagnol ? il me semble que c’est plutôt "nene"... mais je peux me tromper... Anne -- --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 10 avril 2009 à 10:53 (UTC)
:Bébé se dice bebé. Nene = familié, plus proche de "mon petit" (mi nene).--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 10 avril 2009 à 14:32 (UTC)
:: Merci de la précision ;) --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 11 avril 2009 à 08:01 (UTC)
febuqlojk5r8s119thnnvxce80l30jd
Air et ses molécules/Exercices/L'air
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{{Exercice
| idfaculté = physique
| chapitre = [[../../L'air/]]
| numéro = 1
| niveau = 9
| précédent = [[../../|Sommaire]]
}}
<quiz>
- Monsieur Krueger enferme un élève de 4{{e}} dans un cercueil de '''{{Unité|1.85|{{abréviation|m|mètre}}}} de longueur(L)''', de '''{{Unité|0.80|{{abréviation|m|mètre}}}} de largeur (l)''' et de '''{{Unité|0.50|{{abréviation|m|mètre}}}} de hauteur (h)''' et l'enterre sous terre.
| type="{}" }
a) Écrire le calcul littéral permettant de calculer le volume du cercueil :{ V=lxLxh|V=Lxlxh|V=hxLxl|V=hxlxL|V=Lxhxl|V=hxlxL|V=lxhxL }.
b) Le cercueil fait donc { 0,74 }m³.
c) Dans le cercueil, il y a { 0,148 }m³ de dioxygène et { 0,592 }m³ de diazote.
- A chaque respiration (inspiration et expiration), Damien, élève victime, consomme '''5% du dioxygène'''.
a) Damien consomme { 0,0074 }m³ de dioxygène par respiration.
b) Il peut encore respirer { 20 } fois avant de mourir d'une douloureuse asphyxie.
</quiz>
<quiz>
{ - '''{{unité|1|m|3}} = 1000L'''
| type="{}" }
a) 1L d'air fait environ { 1,3 }g.
b) Il y a donc {{Boîte déroulante|titre=réponse|contenu={{unité|0.74|m|3}} d'air dans le cercueil = { 740 }L d'air.
c) Cette quantité pèse environ { 962 }g.
d) Damien est soudain victime de [[w:combustion spontanée|combustion spontanée]]. Le dioxygène n'a pas été consommé mais l'air est devenu chaud. 1000L d'air chaud = {{Unité|1|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}. À ce moment là, le gaz a une masse de { 0,74 }kg.
e) Le cercueil pèse {{Unité|50|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}; Damien {{Unité|65|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}. La masse totale fait donc { 115,74 }kg.
</quiz>
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../../|Sommaire]]
}}
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text/x-wiki
{{Exercice
| idfaculté = physique
| chapitre = [[../../L'air/]]
| numéro = 1
| niveau = 9
| précédent = [[../../|Sommaire]]
}}
<quiz>
- Monsieur Krueger enferme un élève de 4{{e}} dans un cercueil de '''{{Unité|1.85|{{abréviation|m|mètre}}}} de longueur(L)''', de '''{{Unité|0.80|{{abréviation|m|mètre}}}} de largeur (l)''' et de '''{{Unité|0.50|{{abréviation|m|mètre}}}} de hauteur (h)''' et l'enterre sous terre.
| type="{}" }
a) Écrire le calcul littéral permettant de calculer le volume du cercueil :{ V=lxLxh|V=Lxlxh|V=hxLxl|V=hxlxL|V=Lxhxl|V=hxlxL|V=lxhxL }.
b) Le cercueil fait donc { 0,74 }m³.
c) Dans le cercueil, il y a { 0,1554 }m³ de dioxygène et { 0,5772 }m³ de diazote.
- A chaque respiration (inspiration et expiration), Damien, élève victime, consomme '''5% du dioxygène'''.
a) Damien consomme { 0,00777 }m³ de dioxygène par respiration.
b) Il peut encore respirer { 20 } fois avant de mourir d'une douloureuse asphyxie.
</quiz>
<quiz>
{ - '''{{unité|1|m|3}} = 1000L'''
| type="{}" }
a) 1L d'air fait environ { 1,3 }g.
b) Il y a donc {{Boîte déroulante|titre=réponse|contenu={{unité|0.74|m|3}} d'air dans le cercueil = { 740 }L d'air.
c) Cette quantité pèse environ { 962 }g.
d) Damien est soudain victime de [[w:combustion spontanée|combustion spontanée]]. Le dioxygène n'a pas été consommé mais l'air est devenu chaud. 1000L d'air chaud = {{Unité|1|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}. À ce moment là, le gaz a une masse de { 0,74 }kg.
e) Le cercueil pèse {{Unité|50|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}; Damien {{Unité|65|{{Abréviation|kg|kilogramme}}}}. La masse totale fait donc { 115,74 }kg.
</quiz>
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../../|Sommaire]]
}}
pm9ug28kf11xln2b4lboulov448woks
Discussion:Espagnol/Grammaire/Conjugaison/Progressif
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text/x-wiki
n'est ce pas plutôt "Estamos escuchando el padre" (nous sommes en train d'écouter le père)? <br />
Parce que comme ça ça me paraît bizarre...
--[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 18 avril 2009 à 14:40 (UTC)
:Oui c’est effectivement comme tu le dis.--[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 18 avril 2009 à 20:11 (UTC)
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Discussion:Espagnol/Grammaire/Possessifs
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text/x-wiki
Je vais mettre tout ça en tableau, ce sera certainement plus clair {{Smiley|clin d'œil}}--[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 24 avril 2009 à 10:57 (UTC)
: {{Fait}}Voilà ! Aux autres pour la suite ! --[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 24 avril 2009 à 11:37 (UTC)
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Wikiversité:La salle café/40 2009
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KunMilanoRobot
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text/x-wiki
<noinclude>__NOTOC__ __NEWSECTIONLINK__ </noinclude>
= La salle café du 28 septembre 2009 au 04 octobre 2009 =
<noinclude>
{| align="right" rules="all" width="100px" cellpadding="0" cellspacing="0" style="margin: 0 0 1em 1em; border: 1px solid #999; border-right-width: 2px; border-bottom-width: 2px; font-size:90%; text-align:center; background-color: #FFFFFF;"
! bgcolor="#bfbfff" scope=row| <span style="color:gray">Sous-pages</font>
|-
|[[Wikiversité:La salle café/37 2009|Du 07/09 au 13/09]]
|-
|[[Wikiversité:La salle café/38 2009|Du 14/09 au 20/09]]
|-
|[[Wikiversité:La salle café/39 2009|Du 21/09 au 27/09]]
|-
|bgcolor="#ccccff"| Semaine du 28 septembre au 4 octobre
|-
|[[Wikiversité:La salle café/41 2009|Du 05/10 au 11/10]]
|-
|[[Wikiversité:La salle café/42 2009|Du 12/10 au 18/10]]
|-
|[[Wikiversité:La salle café/43 2009|Du 19/10 au 25/10]]
|-
|<!-- choisissez une image et remplacez ce commentaire par [[Image:Nom_de_l’image.jpg|150px]] <small>description de l’image</small> -->
|}
[http://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Wikiversité:La_salle_café&action=purge <small>Café rafraîchi</small>][{{fullurl:Wikiversité:La salle café/{{#time:W Y}}|action=edit§ion=new}} <small>Ajouter un message</small>]__TOC__</noinclude>
== Nouveau gadget : '''Wiktionary Hover''' ==
Déjà disponible sur [[n:en:Special:Preferences]] dans l'onglet "Gadget", il s'agit d'une fonction javascript permettant d'afficher la définition Wiktionnaire du mot sur lequel on a double-cliqué ([[Discussion aide:Comment_créer_une_leçon|Firefox le propose aussi mais avec plusieurs dictionnaires au choix]]). [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] 30 septembre 2009 à 13:06 (UTC)
:{{fait}} [[MediaWiki:Common.js|Common.js]] a été modifié sur le modèle de [[n:MediaWiki:Common.js|Common.js de fr.wn]]. [[Utilisateur:Xzapro4|Xzapro4]] <sub>[[Discussion Utilisateur:Xzapro4|discuter]]</sub> 18 octobre 2009 à 13:59 (UTC)
::Vu sur l'IRC : pas besoin de remplacer tous les hyperliens vers le Wiktionnaire. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] 22 octobre 2009 à 17:23 (UTC)
== physique ==
bonjour vs n auriez pas un site a me conseiller pour les cours de physique de 4{{e}} annee moyenne en faite de 6{{e}} aussi si c est possible merci
na9ra prep fi tounes 2{{e}} anné sm chkoun ynajem y3awenni
:Il y a bien [[:Catégorie:Cours_de_physique_de_collège|des cours de 4{{e}} ici]]. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] 30 septembre 2009 à 18:41 (UTC)
:: Google peut très bien t'aider pour cette question {{Smiley|clin d'œil}} [[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 6 octobre 2009 à 12:24 (UTC)
== ANTLR ==
Bonjour, Je cherche un cours sur ANTLR ? pouvez m'aidez ? merci.
:Il y a un site officiel de [[w:ANTLR]] en anglais : http://www.antlr.org/. [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] 3 octobre 2009 à 20:40 (UTC)
[[Catégorie:La salle café]]
qj36rwtjlhyimn9d7v39gwq1i1sc78r
Logiciel libre
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2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6
Yas
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text/x-wiki
<code>closet wuiki</code>
ge6l6iuzub0lp0jcomp5f8qvt9nfb73
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881453
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JackPotte
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Révocation des modifications de [[Special:Contributions/2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6|2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6]] ([[User talk:2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6|discussion]]) vers la dernière version créée par [[User:Lydie Noria|Lydie Noria]]
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text/x-wiki
{{Leçon
| département = Informatique théorique
| idfaculté = informatique
| cours = [[Bureautique avancée]]<br />[[Système d'Information pour Stratégie et Pilotage d'Entreprise]]<br />[[Droit informatique]]
| niveau = 16
| 1 = {{C|Historique|4}}
| 2 = {{C|CopyLeft et OpenSource|4}}
| 3 = {{C|Les différentes licences|3}}
| 4 = {{C|La gestion des projets|3}}
| 5 = {{C|Le marché du logiciel libre|3}}
| 6 = {{C|Les extensions naturelles|2}}
| 7 = {{C|Les cours universitaires libres|2}}
| 8 = {{C|Aspects juridiques|3}}
| 9 = {{C|Débats et limites|3}}
| annexe1 = {{Ann|Références|4}}
| quiz1 = {{Qu|QCM 1 Le logiciel libre|3}}
| quiz2 = {{Qu|QCM 2 Le marché du logiciel libre|3}}
| quiz3 = {{Qu|QCM 3 Les aspects juridiques du logiciel libre|2}}
| autres projets = oui
| w = Logiciel libre
| wikt = Logiciel libre
| b = Logiciels libres
| q = Logiciel libre
| n = Catégorie:Logiciel libre
| commons = Category:Free software
}}
8wlogr81x9ox08icyyf7oi5b13tyroi
Projet:Valoriser ses connaissances avec Wikipédia/Documents électroniques et flux d'information Université Paris 2015
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196.217.137.151
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text/x-wiki
{{Projet collaboratif|projet=Valoriser ses connaissances avec Wikipédia|image=People_together.svg|texte=
Cette page est dédiée à l'atelier « Valoriser ses connaissances avec Wikipédia »,
* Formation en Master I DEFI (Documents électroniques et flux d'information) et Master CRDM (Communication Rédactionnelle Dédiée au Multimédia)I dirigée par [http://www.u-paris10.fr/m-barbe-lionel-280226.kjsp Lionel Barbe], Maître de conférences à l'Université Paris Ouest Nanterre
* L'objectif d’enfant gâter érotique Systématique Spécifique Gautier Fitness Muscle est d'enrichir des articles de [[w:Wikipédia|Wikipedia]], liés au domaine des [[w:Sciences de l'information et de la communication|Sciences de l'information et de la communication]]
* Il s'agit d'une action coordonnée avec [[w:wikimedia Allemagne|Wikimedia Allemagne]], visant à développer des méthodes d'enseignement innovantes dans le cadre du [http://dep-infocom.u-paris10.fr/ département Information et Communication] de l'Université Leverkusen Ouest en l’Allmagne
}}
{| class="wikitable"
!
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|}
== Objectif ==
La vocation de cette action est de travailler collectivement autour de contributions à Wikipédia tout en enrichissant ses propres connaissances. Les étudiants seront amenés, après un temps initial de prise en main de la syntaxe Wiki, à créer et diffuser des contenus sur Wikipédia.
== Calendrier ==
'''Sessions en présentiel''' :
Les sessions en présentiel sont organisées par demi-groupes :
Planning des séances :
De A à K compris :
* Le 28 janvier 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 11 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 4 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 18 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 01 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 15 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
De L à Z :
* Le 4 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 18 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 11 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 25 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 08 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* <s>Le 22 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408</s>
'''Travail à distance'''
* Les étudiants du groupe n'ayant pas de séance en présentiel pendant la semaine devront consacrer à distance 3 heures au projet.
* Les tâches demandées sont notamment : Avancement du développement des articles Wikipédia, recherche d'informations et de médias en ligne, recherche d'informations et de médias en bibliothèques
'''Ordinateurs portables'''
* Il est conseillé aux étudiants qui disposent d'un ordinateur portable de l'amener en cours.
== Consignes aux étudiants : débuter sur Wikipedia ==
* Cette page a vocation à être enrichie au fur et à mesure par les étudiants qui signaleront leur travail dans les rubriques appropriées.
==== Création des pages Wikipédia utilisateurs ====
* La première étape pour chaque étudiant est la création d'une page Wikipédia à leur nom et prénom. Les étudiants souhaitant rester anonymes utiliseront leur prénom et les deux premières lettres de leur nom.
* Tous les étudiants doivent créer leur page utilisateur impérativement avant le 28 janvier car il ne sera pas possible de créer cette page en cours (4 comptes maximum depuis une salle de cours)
* L'identifiant Wikipédia est valable pour Wikiversité, il n’est pas nécessaire de créer un autre compte.
* sur sa page, chaque étudiant devra mentionner :
- Boite info : Participation à un projet pédagogique
- Lien vers la page Wikiversité du projet
- Lien vers la page Wikiversité du responsable du projet : Lionel Barbe
* Chaque étudiant doit ensuite remplir le tableau de correspondance des pseudos
'''À part ces informations, les étudiants peuvent personnaliser leur page à leur guise.'''
==== Liens utiles ====
Pour prendre connaissances des us et coutumes de Wikipédia, rien de tel qu'un tour d’horizon du projet.
<span style="font-size:1.1em">'''Chaque étudiant doit avoir parcouru au moins une fois chaque page qui suit :'''</span>
; Syntaxe Wiki : [[w:Aide:Syntaxe | Page d’aide Wikipédia sur la syntaxe wiki]]
; Boite utilisateur pour enrichir vos pages de présentation
: [[w:Wikipédia:Boîte Utilisateur]]
: [[w:Modèle:Boîte Utilisateur]]
; Conseils au contributeur en science : [[w:Projet:Sciences/Charte du contributeur en science sur Wikipédia |Charte du contributeur en science sur Wikipédia]]
; Éligibilité au statut "Bon article" : [[w:Wikipédia:Critères d’admissibilité des articles]]
; Comment rédiger un bon article : [[w:Aide:Comment rédiger un bon article]]
; Critères d'admissibilité des articles : [[w:Wikipédia:Critères d'admissibilité des articles]]
; Principes fondateurs de Wikipédia : [[w:Wikipédia:Principes fondateurs]]
; Le bistro de wikipédia : [[w:Wikipédia:Le Bistro]]
; L'avenue des cafés et bistros : [[w:Wikipédia:Avenue des cafés et bistros]]
; Le portail des sciences humaines et sociales : [[w:Projet:Sciences humaines et sociales]]
; Aide Wikipédia (l'indispensable en bref) : [[w:Aide:Wikipédia en bref]]
; Lien vers la page du coordinateur du projet : [[w:Utilisateur:Io |Lionel Barbe]]
; Insérer une image : [[w:Aide:Insérer une image]]
== Sélection d’articles ==
Cette année, deux thématiques seront privilégiées : les étudiants proposeront d'autres articles au fur et à mesure. Une rubrique "Divers" est également créée.
=== Internet, médias, communication ===
{| class="wikitable"
|-
! ARTICLE !! ÉQUIPE !! AVANCEMENT
|-
| [[w:Sciences de l'information et de la communication|Sciences de l'information et de la communication]] || ||
|-
| [[w:Offre de formation en sciences de l'information et de la communication|Offre de formation en sciences de l'information et de la communication]] ||||
|-
| [[w:Portail:Médias|Portail : Médias]] || ||
|-
| [[w:Biens communs|Biens communs]] || ||
|-
| [[w:Portail:Internet|Portail : Internet]] || ||
|-
| [[w:Portail:Sciences_de_l'information_et_des_bibliothèques|Portail : Sciences de l'information et des bibliothèques]] || ||
|-
| [[w:Wikipédia|Wikipedia : Wikipedia dans l'enseignement]] || [[w:Utilisateur:MarineLrre|MarineLrre]] [[w:Utilisateur:Annesofrx|Annesofrx]] || Terminé
|-
| [[w:Pascal Froissart|Pascal Froissart]] ||[[w:Utilisateur:phaasM1]] / [[w:Utilisateur:phaasM1]]|| En cours
|-
| [[w:Catégorie : chercheur en communication]] || ||
|-
| Abcdrduson : Site spécialisé sur le rap || [[w:Utilisateur:Samyamri|Samyamri]] [[w:Utilisateur:Fabien.gr|Fabien.gr]] || En cours
|-
| [[w:Analogiste|Analogiste]] || ||
|-
| [[w:Internet.org|Internet.org]] || [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]] / [[w:Utilisateur:Vik's Adp|Vik's Adp]] || En cours
|-
| [[w:Génération Z|Génération Z]] || [[w:Utilisateur MarineDef|MarineDef|Manon-Fraise|Lucie04]] || En cours
|-
| [[w:Biens communs numériques|Biens communs numériques]] || ||
|-
| [[w:Copyfraud|Copyfraud]] ||
|-
| [[w:Enclosure informationnelle|Enclosure informationnelle]] || [[w:Utilisateur:sembenis|sembenis]] || En cours
|-
| [[w:CRIJ Bretagne]] || [[w:Utilisateur:MeganeG|MeganeG]] / [[w:Utilisateur:c.gautier56|c.gautier56]] || En cours
|-
| [[w:Youtubeur|Youtubeur]] (compléter un article déjà existant) || [[w:Utilisateur:Leilaa_b|Leilaa_B]] || En cours
|-
| [[w:Lecture savante|Lecture savante]] || ||
|-
| [[w:Science des données|Science des données]] || [[w:Utilisateur:laurentngandu|Laurent]] || Terminé
|-
| [[w:Simon Chignard|Simon Chignard]] || [[w:Utilisateur:Vath|Vath]] || En cours
|-
| [[w:FING|FING]] || ||
|-
| [[w:Jacques-François Marchandise|Jacques-François Marchandise]] || [[w:Utilisateur:Kougoum|Kougoum]]/[[w:Utilisateur:Kouame|Kouame]] || En cours
|-
|[https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Spécial:Pages_liées/Modèle:Sources_secondaires&from=90508&back=0 Pages contenant le modèle "sources secondaires"] || ||
|-
|[https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Spécial%3APages+liées&target=Modèle%3AÉbauche&namespace= Pages contenant le modèle "Ebauche"] || ||
|-
| [[w:Marc Hiver|Marc Hiver]] || laurathom,sandvp || En cours
|-
| [[w:Web-documentaire|Web-documentaire]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG]] || Terminé
|-
| [[w:Philippe_Bouquillion|Philippe Bouquillion]] || [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]]) || Terminé
|-
| Traduction compléte de la page Rafael Barba (De l'anglais au français)
|| [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]])
|| Terminé
|-
| [[w:Bruno Bachimont|Bruno Bachimont]] || [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG]] || Terminé
|-
| [[w:Théorie de la communication à double étage|Théorie de la communication à double étage]] || [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Lucie Bi]] || Terminé
|-
| [[w:Veille_stratégique|Veille stratégique]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] || En cours
|-
|[[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] || [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]] || En cours
|-
|[[w:L'utopie de la communication|L'utopie de la communication]] || [[w:Utilisateur:Guettachey|Guettachey]] || Terminé
|-
|[[w:Usages et gratifications|Usages et gratifications]] || [[w:Utilisateur:Guettachey|Guettachey]] || Terminé
|-
| [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]] || [[w:Utilisateur:Marion.Lem|Marion.Lem]] || Terminé
||
|-
| [//fr.wikipedia.org/wiki/Éditorialisation] Editorialisation
|| JulieMG
||Terminé
|-
|}
=== Médiation / Vulgarisation scientifique ===
{| class="wikitable"
|-
! ARTICLE !! ÉQUIPE !! AVANCEMENT
|-
| [[w:Benoit Reeves|Benoit Reeves]] || [[w:Utilisateur:BourgeoisYo|BourgeoisYo]] || En cours
|-
| [[w:Pierre Barthélémy|Pierre Barthélémy]] || ScarlettNasri || En cours
|-
| [[w:Passeur de sciences|Passeur de sciences]] || ||
|-
| [[w:Jean-Paul Fritz|Jean-Paul Fritz]] || Lucie Bi ||En cours
|-
| [[w:Chroniques de l'espace-temps|Chroniques de l'espace-temps]] || ||
|-
| [[w:Vulgarisation|Vulgarisation]] || ||
|-
| [[w:Catégorie:Vulgarisation_scientifique|Catégorie : vulgarisation]] || ||
|-
| [[w:Catégorie:Journaliste_scientifique|Catégorie : Journaliste_scientifique]] || ||
|-
| [[w:Animation_scientifique|Animation scientifique]] || Sophie Bordes || Terminé
|-
| [[w:Illustris|Illustris]] || [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Lucie Bi]] || En cours
|-
| [[w:Projet génographique|Projet génographique]] || ||
|-
| [[w:Bisphénol S|Bisphénol S]] || ||
|-
| [[w:Silvana Condemi|Silvana Condemi]] || [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]])
||Terminé
|-
|}
=== Divers ===
{| class="wikitable"
|-
! ARTICLE !! ÉQUIPE !! AVANCEMENT
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== Tableau de correspondance pseudos/noms ==
'''La solution idéale pour les étudiants est d’utiliser "prénom nom" comme pseudo. Néanmoins, si vous préférez ne pas apparaître sous votre identité ou si vous préférez utilisez un pseudo, vous indiquerez dans le tableau ci-dessous la correspondance :'''
"pseudo wikipedia" > "prénom" "deux premières lettres du nom"
== Avancement des travaux ==
'''Cette section est très importante. Vous y inscrirez au fur et à mesure les travaux effectués. Les informations indiquées dans cette section permettront d'évaluer votre travail.'''
=== Modèle de présentation ===
Vous suivrez ce modèle de présentation :
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Collaboration à l'écriture de la page wikipédia du label parisien indépendant "''' Born Bad '''"
==== Problèmes rencontrés ====
==== Bilan individuel de cette expérience ====
J’ai appris à écrire un lien interne pointant vers une autre page wikipédia.
=== " Exemple '' '' ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: exemple]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
==== Bilan des articles auxquels j'ai/nous avons participé ====
Notre article sur le twitter chinois ...
=== Samy Amri/Fabien Grimaud ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Fabien.gr|Utilisateur: Samy Amri Fabien Grimaud]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Fabien.gr|Discussion Fabien Grimaud]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/ Fabien.gr|Fabien Grimaud Samy Amri]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé : création de la page : abcdrduson (site) ====
Nous avons crée avec Samy Amri, la page du site consacré au rap : abcdrduson.com, toutes nos contributions ont été faite à partir de mon profil. Nous n’avons pas encore eu de réponse quant à la relecture de Wikipédia sur notre fiche. Nous avons été tout d’abord trouvé très étonné de ne trouver aucune référence à ce site sur Wikipedia puisqu’il s'agit d'un média très respecté en matière de rap français et américain.
==== Problèmes rencontrés ====
Au niveau du contenu, nous voulions d’un commun accord, parler d’un site de rap relativement connu et crédible qui s’est établi comme une référence d’autant plus que la presse écrite (magazine) n’existe quasiment plus. Notre principal problème fut que nous manquions de sources écrites étant donné qu’il s’agit d’un site internet. Nous nous sommes rabattu sur des interviews des rédacteurs de ce site ainsi que de plusieurs articles de sites de quotidiens nationaux (Le Monde, Libération, Slate) qui interroge ces rédacteurs sur des questions liés au rap ce qui prouve leur réputation sérieuse. Certains articles ne faisait que mentionner le site mais il était toujours référencé comme un des meilleurs webzine en matière de rap. Cela a causé une certaine frustration chez nous puisque nous connaissions très bien le média et nous nous sentions capable d’en parler sans dénaturer le site en lui même, les sources ont été une grande barrière pour nous que nous avons réussi a surmonter tant bien que mal.
Nous avons eu quelques difficultés par rapport à la mise en page notamment les codes que nous avons finalement réussi à appréhender plus facilement en s'inspirant de code source de pages déjà existantes. Nous ne pouvions mettre de photo car elles ne sont pas libres de droit.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Fabien :
Participer à un tel projet à deux, m'a permit de comprendre les enjeux du principe de travail collaboratif. Il m'a montré que Wikipédia peut réellement être une source de recherches scientifiques auxquels chacun peut participer.
Les différentes contraintes du principe de Wikipédia : (sources, neutralité,mise en page…) prouvent sa volonté d’être un outil scientifique crédible.
Samy :
J'avais déjà essayé de modifier un article sur wikipedia (sans être au courant des règles intrinseques au site) il y a quelques années ce qui n'vaait pas été fructueux. Participer à un projet sur wikipedia m'a permis de me rendre compte de l'exigence d'un site tel que celui-ci et de l'énorme dimension collaborative dont il dépend. Cela m'a personnellement enrichi en me permettant de parler d'un sujet qui me parle malgré nos difficltés à sourcer nos informations. Si notre page est accepté par la communauté, cela représenterai une réelle réussite à mes yeux car les critères de sélections sont très exigeant mais aussi et surtout parce que l'abcdr mérite amplement une page wikipedia de part leur investissement et leur honnêteté quant à leur démarche.
=== James HADDADI ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:HDD James|James Haddadi]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:HDD James|Discuster avec moi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/HDD James|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:John Moore (photographe)|John Moore]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai réalisé un article sur un photoreporter de Getty Images.
==== Problèmes rencontrés ====
* L'appréhension de wikipédia (sa mise en forme et son code) ne m'a posé aucun problème, c’est très intuitif et le copier-coller d'une partie de code déjà existante rend la chose très rapide. Cependant dans cet exercice, j’ai eu plus de difficultés quant à la partie récupération des informations, en effet, si l’utilisation technique de wikipédia m'a demandé quelques minutes, la recherche du sujet à réaliser m'a demandé plusieurs semaines.
* De plus, obtenir des informations sur internet sur une personne peu connue d'un grand public se révèle rapidement limité. Je me suis rendu compte que 99% des sources parlants de mon photographe pratiquent le simple "copier-coller" du contenu qu’ils ont trouvés précédemment. Le résultat est que presque toutes mes sources ont les mêmes phrases...
* J’ai attendue d’avoir mon article structuré et sourcé au maximum avant de le publier, pour le moment je n'ai aucun retour dessus, ce qui me semble une bonne nouvelle (?). Je n'ai pas mis de photographie n'en ayant aucune libre de droit sur internet. (je dois envoyer un mail à la personne lui demandant gentiment une photo à me donner).
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Je suis content d’avoir fait ce travail, le sentiment de contribution à un ensemble se fait sentir, aussi petite ma contribution est-elle, je suis assez content de l'avoir fait, comme un petit accomplissement valorisant.
* Ce fut surtout l’occasion de lire un maximum sur un sujet qui m'intéresse et par sérendipité trouver de nombreux contenus m'intéressant particulièrement dans des projets pro. avenir.
==== "Mariame Maarouf" ====
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Maarmar|Utilisateur:Maarmar]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Maarmar|Discussion Maarmar]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
J’ai commencé par corriger des articles afin de me familiariser avec la syntaxe wikipédia et l’utilisation du wikicode . Ensuite, j’ai enrichie deux articles concernant des oeuvres de l'auteur Louis Bromfield. J’ai terminé en créant la page du recueil ''Miroirs et Fumées'' de Neil Gaiman. Pour ce faire j’ai repris le modèle d'un autre recueil du même auteur. La page a été validée mais il a quand même été rajouté un bandeau pour motif de source insuffisantes.
=== Problèmes rencontrés ===
Le principal problème rencontré a été la copie du wikicode du recueil sur lequel j’ai pris exemple puisque, faute d'une mauvaise manipulation j’ai modifié cette page plutôt que celle que je voulais créer (modification qui consistait en la suppression d'une importante partie de la page).
Lors de l'ajout de ma section sur la page wikiversité, j’ai aussi éprouvé quelques difficultés puisque ma page ne voulait pas s'enregistrer pour cause de "Publicité fréquente".
=== Bilan individuel de cette expérience ===
Ce cours m'a appris comment utiliser un wiki ce que je n’avais jamais fait auparavant avec le statut de participant. J’ai aussi pu approcher un nouvel aspect du travail collaboratif. Ceci dit, j’ai encore quelques difficultés à comprendre la pertinence de ce cours dans le cadre du master DEFI toutefois quand il m’est arrivé à deux reprises de mentionner ce cours lors d'entretiens pour des stages, les recruteurs semblaient trouver l’idée plutôt intéressante.
=== Firouze BETOU ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Ezuorif]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Ezuorif |Discussion Ezuorif]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Ezuorif|Ezuorif]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Jean-Michel Salaün|Jean-Michel Salaün]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Jean-Michel Salaün'''
* Je rédige un article sur un chercheur en sciences de l'information. Imaginer une structure ''ad hoc'' pour cet objet documentaire a été une première difficulté.
Je souhaitais publier un contenu non figé pour susciter l'écriture collaborative et qui s'inscrive dans la tradition "wikipédienne". Les bandeaux "admissible" et "ébauche" ont été retirés après un travail de recherche de références valides et de synthèse. Une requête diplomatique à trouvé une suite favorable après d'un des administrateurs.
==== Problèmes rencontrés ====
* L'image que j’ai identifié comme libre de droits sur le site "babelio" a été retirée de la plateforme wikicommons et donc de mon article. Ce n’est pas dérangeant car des
moocs en ligne et autres interviews de Jean-Michel salaün circulent sur le Web. En, outre l'image n’est pas le point fort de cet article: il s'agit de présenter le travail d'un scientifique.
J’ai rencontrés des difficultés d'ordre technique. L'enregistrement des modifications n'a pas eu lieu à plusieurs reprises.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Par ce travail, j’ai pu manifester mon intérêt pour les travaux de Jean-Michel Salaün et créer une page qui n'existais pas. J’ai compris le fonctionnement et les difficultés du travail collaboratif.
En tant que nouvel arrivant dans la communauté, il faut se plier à certaines règles et accepter que d'autres interviennent librement sur son travail.
=== Youri BOURGEOIS ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: BourgeoisYo]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: BourgeoisYo |Discussion BourgeoisYo]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/BourgeoisYo|BourgeoisYo]]
* La page créée pour Benoît Reeves: [[w:Benoît_Reeves]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Benoît Reeves'''
* J’ai pu regrouper pas mal d'informations en ligne sur Benoit Reeves grâce à son site web et sa page LinkedIn ainsi que le site de son père. J’ai aussi trouvé plusieurs articles de presse attestant de ses nombreuses activités souvent liées à son père, mais pas que. Je lui ai également envoyé un mail pour confirmer les informations présentes sur sa page, qu’il n'a pas infirmées. Cet article me semble avoir sa place sur Wikipédia car Benoit Reeves semble bénéficier d'une notoriété grandissante notamment grace aux nombreuses conférences qu’il organise régulièrement. J’ai appuyé mon article de plusieurs sources et de références (son site et celui de son père, article du Ouest France, Le Dauphiné, etc). En revanche je n'ai malheureusement pas pu lui attribuer d'image parce qu’il n'y en avait pas déjà sur Wikipédia et que je n'en ai pas trouvé de photo libre de droits. Cependant un autre utilisateur a apparemment pu lui attribuer une image. Les informations de la page restent tout de même relativement complètes même si la catégorie Conférence pourrait éventuellement susciter l'écriture collaborative en étant régulièrement mise à jour.
==== Problèmes rencontrés ====
* (Comme vous le savez) Ma page a d’abord été supprimée, car une autre page dédiée à Benoît Reeves avait déjà été supprimée. Je l'ai donc soumise à une procédure de restauration en y ajoutant des sources supplémentaires et en argumentant sur la notoriété et le travail de l'intéressé. Globalement l'expérience m'aurait permis de me rendre compte de la difficulté de présenter un article sur Wikipédia ainsi que des sources de façon pertinente. Aussi, bien que j'aie réussi à intégrer une image à ma page d'utilisateur, cela s'est également révélé être plus complexe que je le pensais.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce travail a été une expérience nouvelle et enrichissante puisque je n’avais jamais contribué à Wikipédia. J’ai pu ainsi découvrir l'esprit communautaire (pour le meilleur et pour le pire) du travail collaboratif, à travers le bistrot et les autres espaces de discussions. J’ai aussi découvert les différentes hiérarchies attribuées aux collaborateurs. Et pour finir la procédure de création et publication d'un article notamment en travaillant ces sources. Ce travail a donc enrichi ma vision de la plateforme et m'incitera sûrement à contribuer davantage.
=== Andréeya ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Andréeya]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai choisi de traduire la page anglaise du peintre Dante Gabriel Rossetti. S'il existait bel et bien une page française sur l’artiste, celle-ci ne contenait que des informations succinctes. La version anglaise affichant une biographie complète et une véritable analyse des œuvres du peintre, j’ai essayé de la retranscrire le plus fidèlement possible.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n’ai rencontré aucun problème particulier, en ce qui concerne la mise en page ou l’utilisation des codes wikipédia. Au jour d’aujourd’hui (30 mars), mon article a subi quelques corrections de la part des contributeurs mais n’a pas été supprimé. Là où ça a été plus ardu, c’est au niveau de la traduction elle-même. L’article original contenant de nombreux termes relatifs au monde de l’art et de la peinture, ainsi qu’un vocabulaire assez pointu dans ce domaine, il était parfois difficile de trouver une traduction exacte. Il en va de même pour certaines expressions idiomatiques ou tournurse de phrase.
Autre problème: l’article anglais faisait parfois référence à des personnalités du monde de l’art plus ou moins connu au Royaume-Uni, mais à la notoriété assez limité en France. La question de savoir si garder certaine partie du texte original apportait une pertinence quelconque au texte français, est très souvent revenue.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
L’expérience a été enrichissante. Outre le fait qu’elle m’ait permis de m’exercer à la traduction, j’ai, grâce à cette atelier, pu compléter et enrichir de manière significative une page. J’ai également découvert le wikicode, chose à laquelle je ne m’étais auparavant jamais intéressé, et ait rapidement appris à l’utiliser.|}|}|}|}|}|}|}
=== Niazyqassim ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Niazyqassim|Niazyqassim]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai décidé de traduire un article Arabe vers Français car l’article n’existe pas en Français et j’ai essai de compléter au mieux cet article.
==== Problèmes rencontrés ====
* la suppression d’article suite à un manque de sources;
* la recherche de source et de références ;
* mettre une photo n’existe pas sur Wikimédia Commons;
* la mise en forme de l’article en respectant la typographie, les liens internes, etc.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Avec toues les problèmes rencontrés sur Wikipedia, mon Bilan individuel de cette expérience m’a permet de connaitre le fonctionnement de ce site et d’être capable de publier des articles.
=== Jennifer Walheim ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Jennifer.wa]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Jennifer.wa |Discussion Jennifer.wa]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Jennifer.wa|Jennifer.wa]]
* Les pages de traduction en français créées pour [[w:Matthew McCaslin|Matthew McCaslin]] et pour [[w:Derek Lam|Derek Lam]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction d'un article sur '''Matthew McCaslin''' et traduction d'un article sur '''Derek Lam'''
* Contrairement à la création d'un article, la traduction des articles offre l'avantage d’avoir au préalable une trame qui facilite l'apprentissage. Cette trame permet également de comprendre les mécanismes de rédaction sur Wikipédia. En plus de la traduction des pages anglaises, j’ai tenté de rajouter des informations concernant l'artiste contemporain et le designer, tous deux américains.
Ainsi je me suis appuyée d’articles et de sites complémentaires pour la rédaction des informations nouvelles. Par la suite, j’ai tenté de rajouter des images mais rien n'était disponible sur Wikipédia Commons et il était très compliqué de trouver des images libres de droits.
==== Problèmes rencontrés ====
* La partie la plus compliquée pour ma part reste l'ajout des images. En effet, pour l’article de Matthew McCaslin, j’ai pu trouver une image sur un blog qui ne mentionnait pas de copyright. J’ai alors cité la source quant à l'ajout de cette image avec le nom du blog, la personne qui avait pris la photo. Mais cette dernière a été supprimé de Wikipédia Commons. Il semblait alors que les images qui ne spécifiait par qu'elle était entièrement libre de droits, étaient automatiquement supprimer. Du moins il me semble.
Je n'ai pas retenté l'expérience pour l’article de Derek Lam et impossible de trouver des photos libres de droits.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Ce travail est pour moi une expérience inédite et complémentaire d'une première expérience dans la logistique d'une organisation d'un "Edit-a-thon" organisé par le musée des Arts Décoratifs en mars 2014. J’ai pu alors contribuer avec l'apprentissage du wikicode et me mettre dans la peau d'un contributeur.
Cette expérience permet également de balayer les éventuels aprioris sur l'illusion de la facilité que représente la création d’articles ou l'ajout éventuel de photo. Outre les aprioris et aussi énervant que cela puisse être, cela reste rassurant de voir que les pages sont tout de même très surveillées.
=== Laura Hoummad ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: LauraHou]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: LauraHou |Discussion LauraHou]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/LauraHou|LauraHou]]
* La page créée pour [[w:Louis Marie Desprez|Louis Marie Desprez]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Louis Marie Desprez'''
La rédaction de cet article s'inscrit dans la continuité d'un travail de mémoire de recherche réalisé l'année précédente sur le procès de Louis Desprez. J’ai profité de mes connaissances acquises précédemment pour créer cet article, mais j’ai également réalisé plusieurs recherches complémentaires.
L'avantage de rédiger un nouvel article a été pour moi de réaliser un travail complet puisqu’il m'a fallu non seulement apprendre les règles syntaxiques de Wikipedia, mais il m'a également fallu faire un travail de recherche et de rédaction suffisamment poussé afin que l’article ne soit pas supprimé.
==== Problèmes rencontrés ====
Le premier problème rencontré a été pour moi l'assimilation de la syntaxe wiki. J’ai du retourné de nombreuses fois sur la page d'aide de Wikipedia pour bien comprendre les règles, notamment pour l'insertion des références qui n’est pas intuitive pour une personne débutante.
Mon deuxième problème a été l'insertion d'une image. La démarche a effectué n'était pas simple à réaliser sans la page d'aide fournie à cet effet. Ce n'est qu'en suivant scrupuleusement les étapes que j’ai pu insérer mon image sans trop de difficulté.
Dans tous les cas, pour un utilisateur débutant, il semble presque impossible de rédiger un article syntaxiquement correcte sans l'aide apportée par les pages Wikipedia qui a constitué un plus pour moi.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Grâce à ce projet collaboratif, je me suis rendue compte que la rédaction d'un article n'était, bien au-delà de tout ce que j’avais imaginé, pas une chose simple à réaliser. Il m'a fallu ajouter de nombreuses sources, créer une structure suffisamment élaborée pour que mon article soit recevable.
Ce projet a été une très bonne expérience pour moi, il m'a permis de valoriser mon travail sur Louis Desprez et de collaborer à l'enrichissement de l'encyclopédie Wikipedia.
J’ai également trouvé très intéressant l’idée d'apprendre les codes syntaxiques afin d'insérer une boîte utilisateur, de créer des liens vers d'autres pages et de mettre en forme du texte.
J’ai aussi surtout compris et assimilé la charte Wikipédia sur laquelle repose constamment l’idée de collaboration que je trouve intéressante.
=== Leila Bekkar ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Leilaa_b|Utilisateur:Leilaa_b]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Leilaa_b|Discussion Leilaa_b]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia : [[w:Spécial:Contributions/Leilaa_b|Leilaa_b]]
* La page modifiée sur les "youtubeurs" : [[w:Youtubeur|Youtubeur]] et ajout sur la page du [[w:Contouring|contouring]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur les "youtubeurs"
Etant passionnée de Youtube et de ce qui se publie sur la plateforme, je suis allée voir si une page Wikipédia sur les "youtubeurs" existait déjà. Il y en avait en effet une qui était incomplète, j’ai donc décidé d'y apporter mes connaissances. D'ailleurs, lorsque j’ai recherché la page Wikipedia, elle se trouvait sur la seconde page de Google tandis qu'elle figure sur la première à présent. La rédaction de cet article part donc d'un réel intérêt pour le sujet et de connaissances personnelles dues à ma grande activité sur Youtube. L'avantage de cet article a été de pouvoir juger de mes connaissances en parallèle avec les sources qui confirmaient ou non mes pensées.
En ce qui concerne la page sur le "contouring", j’ai ajouté une phrase expliquant que les youtubeuses beauté avaient davantage démocratisé la technique en publiant des vidéos démonstratives sur la plateforme YouTube.
==== Problèmes rencontrés ====
Pour moi, le problème principal que j’ai rencontré réside dans les modifications venues d'autres internautes qui ne correspondaient pas tout à fait à ce que je souhaitais faire sur cette page. D'ailleurs, certaines modifications contenaient des fautes d'orthographe ce qui ajoutait une charge en plus à mon travail.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif m'a permis de voir le fonctionnement de wikipédia, bien plus simple que ce que j'aurai pu penser à l'origine. Le wikitext est simple à comprendre et ne m'a posé aucun problème. Ceci dit, la rédaction de l’article en lui même était complexe notamment pour citer les sources. Beaucoup de mes connaissances sur Youtube étaient personnelles et aller chercher des sources qui les confirmaient ne fut pas une tâche simple. Egalement, la dimension "collaborative" qui forme la base de Wikipedia m'a quelque peu perturbée surtout sur les changements de mon article que je ne voyais pas de cette manière. Ceci dit, les connaissances apportées par les autres internautes ont apporté une plus-value à l’article et c’est ce qui importe le plus.
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=== Sophie Bordes ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Sophbordes|Utilisateur:Sophie Bordes]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Sophbordes|Discussion Sophie Bordes]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia : [[w:Spécial:Contributions/Sophbordes|Sophie Bordes]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction & rédaction de la page sur Cheryl Strayed (en Français) et ajout d'éléments à la page Animation Scientifique
J’ai beaucoup apprécié travailler sur l’article sur l'animation scientifique notamment en "amont", c'est-à-dire trouver les sources fiables, organiser l’article etc. C'était très intéressant de devoir combiner des compétences techniques tout en devant mettre en pratique ses capacités rédactionnelles et synthétiques.
J’ai également appris beaucoup de choses sur l'animation scientifique, un sujet que je ne connaissais pas du tout.
Au sujet de l’article sur Cheryl Strayed, j’ai pu utiliser mes capacités en anglais pour traduire l'article, ce qui est toujours un bon entraînement pour s'améliorer. Pour le coup, c’était plus facile puisque j'étais déjà plus à l'aise avec Wikipedia et que je me "contentais" de traduire.
Je suis assez satisfaite de mon travail puisque aucun de mes articles n'a été supprimé, je pense donc avoir plutôt bien compris comment marchait Wikipedia.
==== Problèmes rencontrés ====
Au début, j’ai eu un peu de mal avec la manière de rédiger les articles et j’ai plus souvent utilisé le code "simple" que les balises à devoir ajouter soi-même parce que c’était plus facile. D'habitude, je me débrouille plutôt bien avec l'HTML etc. mais là c’était très différent de ce que je voyais d'habitude (sur wordpress, blogger ou tumblr). Mais je m'y suis fait peu à peu et cela m'a permis de sortir un peu de ma zone de confort.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
C'était vraiment intéressant et vraiment bien. Déjà, parce que nous étions autonomes et cela permet de se familiariser à son rythme avec la plateforme et les outils. Ensuite, parce que je n’avais jamais trop osé m'aventurer dans les "coulisses" de Wikipedia. Cela m'avait l'air très compliqué et d’être une communauté assez fermée. Au final, je me rends compte qu'en se débrouillant un peu cela reste intuitif et donc plutôt simple d'utilisation. Et je suis assez fière d’avoir apporté ma petite contribution.
=== Nathalie Djonda ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Nathalie Djonda|Utilisateur:Nathalie Djonda]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Nathalie Djonda|Discussion Nathalie Djonda]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia : [[w:Spécial:Contributions/Nathalie Djonda|Nathalie Djonda]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction et rédaction de la "Gambie de Wikipédia anglaise à Wikipedia en Français"
Travailler sur Wikipédia a été une grande opportunité pour moi. Étant anglophone, j’ai utilisé mes compétences de la langue anglaise, pour traduire l'histoire de la Gambie de la langue anglaise à la langue française. J’ai beaucoup appris lors de ce travail. Cela m'a permis d’améliorer mes connaissances car j’ai fait beaucoup de recherches complémentaires pour pouvoir faire la traduction et écrire l'article, mais aussi de pouvoir contribuer au projet de Wikipedia. J’étais ravie de voir que mon article n’était pas supprimé; ce qui me prouve que j’ai fait un excellent travail.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n'ai pas rencontre un problème majeur durant mon travail. Mais ce qui m'avait un peu dérangé, c’est le fait que certains internautes modifient l’article n’importe comment et le laisser après pour que je revienne corriger. Cela avait un peu perturber ma rédaction au commencement.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet de l’Édition Numérique de Mr. Lionel Barbe m'a permis d’acquérir assez de connaissance sur Wikipedia. J'avais depuis quelques années souhaité travailler avec Wikipedia. Donc pour moi s'est une grande opportunité. La rédaction était facile mais c’est la création des sources qui était un peut difficile. Mais je suis contente que cette difficulté m'a amené à apprendre à mettre les sources. Aujourd’hui je suis fière d’avoir compati à la rédaction de la page de la Gambie en Français sur Wikipedia, c’est ce qui est le plus important.
=== Lucie BIGO ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Utilisateur:Lucie Bi]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Lucie Bi |Discussion Lucie Bi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Lucie Bi|Contributions Lucie Bi]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai commencé par simplement traduire un article de l'anglais au français, pour me familiariser avec l’utilisation de Wikipédia. J’ai donc parcouru le portail "ébauches" de la plateforme, et j’ai décidé de rédiger l’article français consacré à la [[w:Mère_Noël|Mère Noël]].
* J’ai ensuite décidé de m’atteler au thème de l’[[w:alimentation_durable|alimentation durable]]. Je me suis pour cela appuyée sur des sites internet et un livre emprunté à la bibliothèque. Avant de publier mon article, je l'ai soumis à l'espace de relecture. J’ai reçu de nombreux conseils concernant les règles de typographie, de référencement, et les liens (je n’avais pas fait attention aux pages d’homonymie). J’ai donc beaucoup appris et j’ai pu publier cet article en bonne et due forme.
* J’ai ensuite rédigé l’article sur la [[w:théorie_de_la_communication_à_double_étage|théorie de la communication à double étage]] ; nous avions abordé ce concept au premier semestre et je me souvenais qu’il n'y avait quasiment pas d'informations sur Wikipédia.
* Enfin, j’ai créé la page du projet [[w:Illustris|Illustris]], mais je n’avais plus assez de temps pour un faire un article approfondi et complet (sans compter de la difficulté de vulgariser des données aussi techniques), je l'ai donc publié en tant qu'ébauche.
* J’ai également amélioré le style de l’article [[w:application portable|application portable]], qui n'était pas rédigé dans un style encyclopédique et ne respectait pas vraiment les règles typographiques.
==== Problèmes rencontrés ====
J’ai voulu créer la page de Jean-Paul Fritz, journaliste de vulgarisation scientifique. J’ai donc commencé un brouillon puis je l'ai contacté pour lui demander une photo. Il m'a alors répondu qu’il préférait ne pas être sur Wikipedia car il estimait ne pas répondre aux critères de notoriété de la plateforme. Il est vrai que je n’avais quasiment pas trouvé de sources indépendantes; je m'étais appuyée presque exclusivement sur son blog, les sites pour lesquels il écrit, et son profil linkedin.
Hormis cela, je n'ai pas eu de problèmes sur les articles publiés. La prise en main a été rapide et assez simple.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce module m'a permis d'apprendre que les règles de publication sont très strictes sur Wikipedia et que les pages sont sans cesse corrigées voire supprimées. Ce module très concret nous a permis de collaborer à une plateforme que tout le monde utilise en tant que visiteur mais très peu en tant que contributeurs. Je n'imaginais pas non plus qu’il existait tant de règles typographiques à respecter.
=== Mégane Gambaretti ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:MeganeG|Utilisateur:MeganeG]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:MeganeG|Discussion MeganeG]]
* La page créée pour le CRIJ Bretagne (supprimée) lien vers le brouillon : [[w:Utilisateur:MeganeG/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur le "CRIJ Bretagne" ====
Étant de Rennes, nous savons que beaucoup de jeunes se rendent au CRIJ Bretagne pour de multiples raisons (chercher un job d'été, projet de voyage ...) et qu’il participe également à la création de nombreux évènements tels que des festivals. Il fait partie intégrante de la vie rennaise. Nous avons vu qu’il n'y avait aucune page wikipédia dédiée à cette organisation, c’est la raison pour laquelle nous avons décidé de nous y intéresser.
Concernant nos sources d'information, nous sommes tout d’abord aller voir sur le site officiel du CRIJ. Puis nous avons tapé sur Google "CRIJ Bretagne" pour trouver différentes sources qui y faisaient références. Nous avons trouver différents articles de sources fiables telles qu'Ouest-France, Rennes-maville ou encore le télégramme.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré lors de la création de notre page wikipédia sur le CRIJ Bretagne (Centre Régional d'Information jeunesse) a été la suppression de notre page à deux reprises. Alors que nous pensions avoir un nombre de sources suffisant et qui sont fiables, notre page a été supprimée par des administrateurs différents pour cause : "ne répond pas aux critères d'admissibilité".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Cette expérience m'a montrée qu’il était pas si facile de faire valider sa page sur Wikipedia. Wikipedia étant réputé comme n'étant pas une source très fiable, je pensais qu’il était plus simple de créer sa page sur cette plate-forme. Il faut vraiment avoir des sources fiables et des liens redirigés vers des sites externes. Cette expérience m'a tout de même montrée comment modifier et créer une page wikipédia.
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=== Mélanie Darrieux ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: WikiMelD]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: WikiMelD |Discussion WikiMelD]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/WikiMelD|WikiMelD]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] et [[w:Internet.org|Internet.org]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid''' ====
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Grâce à cette expérience, j’ai appris à créé des pages Wikipédia. Jusqu'ici je n’avais fait que des modifications pour corriger des erreurs d'informations. J’ai découvert le projet Internet.org et les travaux d'Olivier Ertzscheid. J’ai réalisé ce que signifiait le travail collaboratif et les contraintes qui en découlent. Il est difficile en tant qu'étudiante de voir son travail être corrigé, critiqué, bloqué, voir supprimé par des inconnus sans raisons apparentes parfois. Il est dommage que les personnes qui suppriment des articles ne viennent pas aide plutôt. Ils ont oublié qu’ils ont été nouveaux sur la plateforme Wikipédia un jour comme nous.
* J’ai appris à créer des box "sommaire" qui est la base des pages Wikipédia, les infobox pour les personnes et programmes, portails et catégories.
=== Big Equipe ===
* La page utilisateur de Marine sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: MarineDef]]
* La page utilisateur de Manon sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Manon-fraise]]
* La page utilisateur Lucie sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Lucie04]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: MarineDef |Discussion MarineDef]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Manon-fraise |Discussion Manon-fraise]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Lucie04 |Discussion Lucie04]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/MarineDef|MarineDef]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Manon-fraise|Manon-fraise]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Lucie04|Lucie04]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Génération Z]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''la Génération Z''' ====
* Avant de commencer le travail en groupe , nous avons crée individuellement notre page utilisateur Wikipedia.
* Puis une première étape à consisté au choix du sujet sur lequel nous voulions travailler. Nous avions le choix entre la création d'une page Wikipedia ou bien l'ajout d'information sur un sujet déjà existant. Nous avons décidé de travailler sur la page, déjà existante, de " la génération z". Nous voulions compléter cette article qui contenais des informations des plus succinctes. La deuxième étape, qui a pris une grosse partie du temps, a été de chercher un maximum d'informations et de sources pour pouvoir construire notre article. La génération z n’est pas un sujet facile car ce terme désigne un mouvement générationnel actuel sur lequel nous avons encore trop peu de recule. Les informations sont donc clairsemées et difficile à trouver. Nous avons décidé de nous concentrer sur la partie "la génération z et le monde du travail " ( domaine dans lequel les informations étaient plus abondantes). Nous voulions également travailler sur "la génération z et le contexte social" mais par manque d'éléments et de sources sur ce sujet, nous avons mis l’idée de côté. Nous ne voulions pas prendre le risque de partir sur la rédaction d'une partie qui serait assurément subjective et hypothétique.
Le blog d'Eric Delcroix, spécialiste en web 2.0, nous a été d'une grande aide puisqu’il représente une importante source d’articles portant sur la génération z. Nous avons également trouver des articles de presses, des études faites pas les entreprises...
* Enfin la dernière étape a consisté à rassembler toutes nos notes et nos sources et de les rédiger dans un texte clair et construit. Une fois la rédaction faite nous avons publié notre article sur la page puis nous avons sourcé les passages issus de tels ou tels sites web.
==== Problèmes rencontrés ====
* Globalement nous n’avons pas été confrontées à de grosses difficultés. En revanche nous avons pris le risque de publier notre article à l'avant dernière séance. Nous aurions pu voir notre travail se faire supprimer dès sa publication mais point positif, il est resté en ligne. Nous avons vu par la suite l'apparition du bandeau " cet article n’est pas rédigé dans un style encyclopédique" . Nous avons donc tenté avec Marine (lucie étant déjà partie en Allemagne) de reformuler certaines expressions trop imagés ou les passages trop subjectifs mais malgré cela le bandeau est resté. Ce n’est pas évident car nous recevons l'information que la rédaction n’est pas assez encyclopédique mais hormis cela nous n'avons aucunes orientations précises sur les éléments sur lesquels se sont basés les wikipediens pour noter ça.
Une autre difficulté réside dans l’utilisation des sources. Finalement sourcer un document n’est pas si simple et ces dernières doivent répondre à des critères bien précis ( sources de plus de tant d'années, de tel type...).
* Depuis la publication de notre article, quelques modification ont été faites telles que la correction de fautes d'orthographes, des commentaires sur le style de la rédaction, et des ajouts ou suppressions de mots. Finalement notre travail sur Wikipedia s'est relativement bien passé et nous n'avons pas été confronté à de grandes difficultés que cela soit sur la rédaction de l'article, la publication de ces dernier ou encore les retours et commentaires des wikipediens.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Manon Fraisse: ce travail m'a permis de réaliser que créer un article ou modifier des éléments sur des pages Wikipédia n'étaient pas si complexe que cela. La démarche est plutôt facile et accessible. Cependant je n’avais pas réalisé que Wikipedia était finalement très codifié et que rien n'est laissé au hasard. Avec du recul ça semble logique puisque la force de ce site repose sur le système de travail collaboratif, mais c’est également sa faiblesse. Chaque individu y va de son avis, de ses connaissances et ensemble il est possible de construire quelque chose de très riche. Cependant ce travail demande un cadre et doit répondre à des règles précises mises en place.
De plus l'une des difficulté lorsqu'on débute sur Wikipedia est d'admettre que des inconnus remettent en question notre travail. Il faut de l'humilité et accepter les corrections, les suppressions ou commentaires des autres wikipediens. Le travail collaboratif ne se fait pas n’importe comment et à mon avis c’est vraiment quelque chose qui se pratique et s'apprend. C'est une expérience enrichissante, intéressante et utile dans l'apprentissage du travail avec autrui.
Marine Defendini : Ce travail m'a permis de découvrir "l’envers du décor" du célèbre site, mine d'informations, qu'est Wikipédia. Je n’avais encore jamais eu l’occasion de modifier ou contribuer à la mise en ligne d'un article. Néanmoins je dois reconnaître que les manipulations n'étaient aussi difficiles que ce que j’avais pu me figurer. Une fois le fonctionnement compris, il était assez simple d'effectuer des modifications sur une page. De plus j’ai aussi beaucoup appris sur le travail collaboratif. Je rejoindrais ici les dires de ma collègue Manon, qui a très justement exposé la difficulté d'admettre que notre travail puisse être amené à être modifié ou critiqué par des inconnus. Ce projet sur Wikipédia nous a permis de parfois remettre en question notre manière de rédiger un texte (il nous a été demandé de reprendre notre contribution avec des termes plus explicites et plus académiques). Le plus dur, selon moi, a été de trouver les sources adéquates, car selon le sujet que nous choisissions, il était parfois difficile de trouver les sources nécessaires pour la mise en ligne de notre article. J’ai beaucoup apprécié travailler sur Wikipédia, cette expérience a été très enrichissante, tant d'un point de vue scolaire, que d'un point de vue collaboratif.
Lucie Gaillot : Avant ce cours, je n’avais qu’une vision partielle de Wikipédia. Il m’aidait à alimenter mes exposés et répondait à de nombreuses questions que je pouvais me poser. Pour tout avouer, je n’avais jamais pensé à créer ou à contribuer à un article. Il était donc intéressant de voir l’envers du décor. J’ai eu la chance de travailler avec Marine et Manon qui sont de très bonnes rédactrices avec de bonnes idées. Nous avons mis en commun nos recherches et avons discuté du thème ensemble. Cependant, étant partie en Allemagne pour mon semestre en Erasmus, j’ai eu plus de difficultés à trouver du temps pour travailler. J’ai donc pu constater un véritable travail d’équipe dans la réalisation de cet article et je les en remercie. Wikipédia est aujourd’hui une découverte assez surprenante. Je pensais qu’il était simple de rédiger quelques phrases et d’appuyer sur enregistrer. En effet, depuis le début de mes études, on m’avertit sur la fiabilité des informations du site et au final, je réalise qu’il faut être précis et clair dans sa rédaction sous peine d’être censuré ou corrigé (et pas toujours de manière très agréable). La Génération Z est un sujet passionnant mais compliqué à rédiger à cause du manque d’informations. Le thème étant récent, les sources et informations sont encore peu nombreuses ou limitées. Espérons qu’à l’avenir ce sujet fasse plus parler de lui.
=== Clémence Gautier ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:c.gautier56|Utilisateur:c.gautier56]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:c.gautier56|Discussion c.gautier56]]
* La page créée pour le CRIJ Bretagne (supprimée) lien vers le brouillon : [[w:Utilisateur:MeganeG/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article pour le CRIJ Bretagne ====
Venant de Rennes, en Bretagne, nous avons pu constater que le CRIJ (centre régional d'information jeunesse) fait partie intégrante des différentes manifestations culturelles au sein de Rennes et de sa métropole. De plus, ce centre est également important pour la jeunesse rennaise (aides au logement, recherche d’emploi,...).
Aucune page wikipédia n'était dédiée à cette organisation, pour cela nous avons trouver intéressant d’en créer une.
Concernant nos sources d'information, nous sommes tout d’abord allées sur le site officiel du CRIJ. Ensuite, nous avons trouver divers articles sur Google parlant de ce centre et de ses différentes manifestations (Ouest France, Le Télégramme, Rennes Métropole,...).
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été, à deux reprises, la suppression de notre page sur le CRIJ (Centre Régional d'Information Jeunesse)Bretagne. Alors que nous pensions avoir rempli les différents critères, notamment au niveau de la fiabilité des sources, des administrateurs ont supprimé notre page pour "non respect des critères d'admissibilité".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Même si notre page a été supprimée à plusieurs reprises, ce cours m'a permis d'appréhender Wikipédia et son utilisation. Me servant depuis de nombreuses années de cette plate-forme, à titre informatif, je ne l'avais jamais utilisé en tant qu'utilisateur. Ce projet collaboratif m'a permis d'apprendre le fonctionnement du wikicode, qui est relativement simple au final.
=== Julie Kouame/ Kenne Audrey Kougoum ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Knjdsn|Utilisateur:Knjdsn]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Knjdsn|Discussion Knjdsn]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Knjdsn|Knjdsn]]
* Voici le lien vers la Page de Jacques-François Marchandise que nous avons créée (lien vers le brouillon) : [[w:Utilisateur:Knjdsn/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Jacques-François Marchandise''' ====
Nous avons créé une page Wikipedia sur Jacques-François Marchandise, acteur clef du numérique mais qui pourtant n’avais aucune page dédiée jusqu'alors sur la plateforme. Cela a donc été très intéressant au final de travailler sur lui car au fil des recherches nous avons pu apprendre qui il était, ce qu’il faisait et ainsi le poids qu’il avait dans la sphère numérique qui fait partie intégrante de notre ère.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le problème majeur auquel nous avons dû faire face a été celui de trouver un sujet, intéressant, de départ. Jacques-François Marchandise n'était pas notre premier choix. Mais nous avons eu beaucoup de difficultés à trouver des informations (sources écrites, trace dans les journaux etc) sur notre première idée (Kebab Nabab). C'est la raison qui nous a poussé à changer de sujet.
* Un des autres problèmes auquel nous avons été confronté a été celui de récolter des informations afin d'alimenter la biographie de Jacques-François Marchandise. Cela n'a vraiment pas été chose aisé, car il nous manquait des informations cruciales. De facto nous avons décidé de lui envoyer un mail dans l'espoir d’avoir ces informations manquantes et essentielles. Il nous a d'ailleurs très gentiment répondu et ainsi aidé à affiner notre travail.
* La publication de la photo qui n'a pas voulu se terminer lorsque nous étions en cours...Certainement un problème technique...
* Les suppressions récurrentes de notre article.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Kenne Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser (et d'énerver) en un instant.
=== Mariame Maarouf ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Maarmar|Utilisateur:Maarmar]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Maarmar|Discussion Maarmar]]
* La page créée : [[w:Miroirs_et_Fumées]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
J’ai commencé par corriger des articles afin de me familiariser avec la syntaxe wikipédia et l’utilisation du wikicode . Ensuite, j’ai enrichie deux articles concernant des oeuvres de l'auteur Louis Bromfield. J’ai terminé en créant la page du recueil ''Miroirs et Fumées'' de Neil Gaiman. Pour ce faire j’ai repris le modèle d'un autre recueil du même auteur. La page a été validée mais il a quand même été rajouté un bandeau pour motif de source insuffisantes.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été la copie du wikicode du recueil sur lequel j’ai pris exemple puisque, faute d'une mauvaise manipulation j’ai modifié cette page plutôt que celle que je voulais créer (modification qui consistait en la suppression d'une importante partie de la page). Lors de l'ajout de ma section sur la page wikiversité, j’ai aussi éprouvé quelques difficultés puisque ma page ne voulait pas s'enregistrer pour cause de "Publicité fréquente".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce cours m'a appris comment utiliser un wiki ce que je n’avais jamais fait auparavant avec le statut de participant. J’ai aussi pu approcher un nouvel aspect du travail collaboratif. Ceci dit, j’ai encore quelques difficultés à comprendre la pertinence de ce cours dans le cadre du master DEFI toutefois quand il m’est arrivé à deux reprises de mentionner ce cours lors d'entretiens pour des stages, les recruteurs semblaient trouver l’idée plutôt intéressante.
===Julie Kouame/ Kenne Audrey Kougoum=== CECI N'EST PAS NOTRE TRAVAIL.
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: WikiMelD]]
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* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] et [[w:Internet.org|Internet.org]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid''' ====
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Kenne Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser en un instant.
=== SEMITI benoit ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Sembenis]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Sembenis |Discussions Sembenis]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Sembenis|Contributions/Sembenis]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Enclosure informationnelle]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai créé ma page utilisateur dans un premier temps et par la suite je me suis lancé dans la decouverte des potentialtés qu'offre la pateforme de wikipedia pour l'édition de documents.
* J’ai ensuite parcourus la liste des notions proposées à développer et le concept d'"enclosure informationnelle" a retenu mon attention. Il me semble que cette notion soit à la base de la dynamique des activités humaines. M"engagé dans l'édition de cet article m'a paru indispensable pour informer les utilisateurs des ressources de Wikipedia sur la prise en compte de ce phénomène incontournable car lié aux aptitudes de la pensée humaine et aussi susciter des élans de collaboration afin d'arriver à une présentation exhaustive des aspects de cette réalité.
* C'est une activité passionnante que de pouvoir renseigner sur un thème donné et de créer des ramifications entre les divers notions pour promouvoir leur compréhension.
* La création de l’article sur "l'enclosure informationnelle" s'avère une entreprise nécessitant de la collaboration et la mobilisation de divers angles d'approches afin de proposer une étude satisfaisante du point de vue de tout esprit critique.
==== Problèmes rencontrés ====
* La rédaction de cet article sous la charte grahique de Wikipedia a laissé place à certaines difficultés. Même si on peut recevoir des bandeaux indiquant que l’on s'éloigne du modèlè sollicité, les zones de défaillance ne sont pas pointées précisement ce qui peut laisser dans un desarroi lors de la redaction. Notre but n’est pas d'entrer en conflit avec des critiques mais plutôt se faire compendre et aussi comprendre sans ambiguités les reproches qui nous sont faites.
* Pendant la redaction de notre article, on est dubitatif quant à l'intéret suscité chez les lecteurs. Un thème peut être analysé de plusieurs manières et j’ai eu l'impression que si l’on veut charrier une liste de suiveurs, il faudrait alors aborder notre sujet au travers un angle d'approche communement percu et valorisé.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* La rédaction d’article sur Wikipedia est une expérience très instructive.
D'une part, c’est un moyen d'expression et de contribution dans le domaine de l'édition. L'on peut inscrit sur un support accessible à tous, un point de vue, le compte rendu d'une recherche, ouvrir des voies de reflexion en stimulant l'intellect des utilisateurs de Wikipedia.Par l'édition et la recherche documentaire en vue d'éditer des articles, l’on prend conscience de ses possibilités d'interactions dans la constitution de ressources numériques.
D'autre part, l’on prend conscience de la délicatesse à observer lors de la rédaction d'un article. On ne peut pas écrire n’importe quoi, avancer une idée sans fondements et sources relatives. Etant donné, que les articles sont promus à être mis en ligne et visible par tous, on est contraint de produire un contenu irréprochable du point de vue du fond et de la forme.
* J’ai appris énormement de Wikipedia et de ses possibilités offertes:
-Accès à des ressources en ligne.
-Création de Pages wiki.
-Modification de pages (corrections).
-contribution par apports d'idées.
-Formation gratuite aux activités d'édition en ligne.
Dès à présent, je poursuis la tendance et je suis prêt à apporter ma collaboration à l'édition d’article sur Wikipedia.
=== Julie Kouame/ Audrey Kougoum CECI N'EST PAS NOTRE TRAVAIL. ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: WikiMelD]]
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* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] et [[w:Internet.org|Internet.org]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid'''
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser en un instant.
=== Aurore Rambaud ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Aurore_Rbd|Aurore_Rbd]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Aurore_Rbd|Contributions Aurore_Rbd]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Aurore_Rbd|Discussions Aurore_Rbd]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Cyberharcèlement|Cyberharcèlement]], [[sexting]] et [[w:En_détresse_(téléfilm)|En Detresse]]
==== Bilans des articles auxquels j’ai participé ====
Pour ce projet, j’ai choisi de
contribuer à l’enrichissement de la page consacrée au Cyberharcelèment mais
aussi à d’autres pages en liens avec ce phénomène, tel que le sexting ou encore
en rédigeant la synopsis d’un téléfilm qui abordait ce sujet. Rédigeant mon
mémoire sur cette thématique, j’ai profité de mes connaissances acquises lors
de mes recherches, pour rédiger mes articles. C’est aussi par intérêt personnel,
face à un phénomène qui ne cesse de prendre de l’ampleur, que je me suis intéressée
à ce thème.
==== Problèmes rencontrés ====
C’est avec beaucoup d’appréhension
que j’ai commencé à publier sur Wikipédia. Par peur de voir mes contributions effacées
ou de ne pas arriver à m’adapter à cet outil. En réalité tout est très bien
expliqué, que ce soit au niveau du code ou de la syntaxe. Néanmoins, sur certains de mes articles j’ai dû
apporter des références complémentaires. La difficulté est aussi de rédiger
correctement ses contributions, tout en restant très objectif et en ne rentrant
pas dans le commentaire comme on pourrait le faire pour un exercice
universitaire. D’où cette nécessité de constamment référencer ce que l’on
avance. D’un point de vue général je n’ai pas rencontré d’importants soucis.
==== Bilan de l'expérience ====
Mettre à profit ses connaissances
est une très bonne expérience. J’ai souvent consulté Wikipédia pour mes
recherches ou simplement par intérêt personnel. Jusqu’ici je trouvais que c’était
un outil efficace mais inaccessible, dans le sens où je pensais que seul des
chercheurs ou des professeurs pouvaient contribuer à cette encyclopédie en
ligne. Aujourd’hui je comprends que chacun peut devenir contributeur sur Wikipédia
et que ce n’est pas réserver à une élite. Ravie d’avoir pu découvrir plus précisément
cet outil, je pense continuer à contribuer à l’encyclopédie en ligne qui est un
bon outil pour partager des informations et contribuer à l’enrichissement de
chacun.
=== Marion Lemonnier ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Marion.Lem|Marion.Lem]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Marion.Lem|Discussions Marion.Lem]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Marion.Lem|Contributions Marion.Lem]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Liquidfeedback|LiquidFeedback]], [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]] et [[w:Contenu de marque|Contenu de marque]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai réalisé dans un premier temps un article français sur le logiciel [[w:Liquidfeedback|LiquidFeedback]], que j’ai découvert dans un ouvrage et qui présente un concept atypique de la politique sur internet. Je me suis inspirée de la page anglaise tout en enrichissant l’article français avec des critiques françaises.
* J’ai ensuite complété l’article sur les [[w:Contenu de marque|Contenus de marque]] (domaine autour duquel j’ai beaucoup travaillé durant mes études) et en l'enrichissant je me suis rendue compte qu’il n'existait pas d’article sur le [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]], j'en ai donc créé un. Et j’ai ajouté quelques modifications à d’autres articles.
==== Problèmes rencontrés ====
* Au début j’ai eu du mal à trouver une idée de sujet qui n’avait pas déjà sa page Wikipédia. Ensuite j’ai commencé un article sur « L’apprentissage par cœur » que j’avais trouvé dans les « Articles à créer ». Mais ma page a été supprimée pour cause de « Bac à sable », sûrement trop similaire à celle de « Méthode d'apprentissage cognitif ». J’ai donc dû me tourner vers un autre sujet. J’ai fait en sorte de référencer au mieux mon premier article sur « LiquidFeedBack » avec des sources françaises et anglaises. Un utilisateur l’a ensuite affiché en tant qu’article « orphelin ». J’ai donc dû pointer d’autres pages sur mon article.
* Suite à ça, lorsque je me rendais sur Wikipédia je me suis finalement prise au jeu en enrichissant d’autres pages, jusque-là sans rencontrer d’autres problèmes.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Grâce à cette expérience, j’ai appris à utiliser les ficelles pour enrichir le contenu de Wikipédia. J’avais déjà des connaissances en matière de codage mais ici j’en ai découvert un nouveau, simple à utiliser et bien documenté en cas de soucis par l’encyclopédie. C’était un travail intéressant que de découvrir l’organisation « backoffice » de cette grande encyclopédie que j’utilise très souvent en tant que lectrice.
=== Viktor Andriampanana ===
* Ma page utilisateur sur Wikipedia : [[w:Utilisateur:Vik's_Adp|Vik's Adp]]
* Me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Vik's_Adp|Discussion]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Vik's_Adp|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Avec [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]], nous avons voulu proposer une page française du projet [[w:Internet.org|Internet.org]]. Personnellement, je trouve l’objectif de ce projet vraiment louable, car connecter tous les êtres humains entre eux en éradiquant la fracture numérique est une tâche complexe mais qui serait tellement profitable pour l’humanité entière.
Il existait déjà une page Wikipedia dédiée à ce projet en anglais, qui plus est complète. Nous aurions pu nous contenter de traduire celle-ci sans chercher à collecter nous-mêmes des informations sur le projet. Or nous avons préféré effectuer un vrai travail de recherche pour proposer une toute nouvelle page. Cela a vraiment été enrichissant, pour ma part j’ai beaucoup appris sur les contraintes à surmonter pour développer les réseaux de télécommunications tout en s’adaptant à l’environnement. Par ailleurs, la majorité de nos sources étaient en anglais donc du travail de traduction nous en avons fait. Puisque nous étions deux à travailler sur la même page, il a fallu s’organiser. Lorsque WikiMelD était en train d’éditer l’article, de mon côté je recherchais de nouvelles informations, et ''vice versa''.
En plus de la création de cet article, j’ai voulu apporter une petite contribution à une page dans domaine qui me tient à cœur, à savoir l’automobile. La plupart des pages liées à ce domaine existent déjà et sont bien fournies (par exemple les pages des constructeurs, de l’architecture des moteurs à pistons, etc), du coup mon apport ne pouvait être que minime. Après être tombé sur la page dédiée au [[w:Downsizing_(mécanique)|downsizing]], j’ai finalement trouvé quelque chose à rajouter pour montrer les limites de cette pratique.
==== Problèmes rencontrés ====
Mon premier souci a été de m’habituer au wikicode. Ce fut particulièrement compliqué pour l’insertion des balises pour les références de bas de page. Mais les principaux problèmes se sont révélés par la suite lorsque de charmants utilisateurs se sont mêlés de la création de la page sur Internet.org… Aussitôt que nous ajoutions des éléments, assitôt ils furent supprimés. C’est surtout WikiMelD qui a le plus subi, par exemple lorsqu’elle a inséré une image à notre article elle a immédiatement été supprimée. Du coup, WikiMelD a préféré se lancer dans la création d’une autre page sur un autre sujet. C’est vraiment démoralisant de voir que lorsqu’on fait tout son possible pour contribuer à Wikipedia, d’autres utilisateurs cherchent tout bonnement à nous mettre des bâtons dans les roues. Finalement, lorsque j’étais tout seul sur la page Internet.org je n’ai plus été embêté par ces enquiquineurs de Wikipedia. J’ai même pu y ajouter une image (qui de plus n’était pas dans Wikimedia commons) et jusqu’à présent l’image demeure !
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce fut une expérience très enrichissante de participer à ce projet collaboratif. En effet, Wikipedia est un site que l’on utilise souvent et c’est intéressant d’en connaitre le fonctionnement. L’intransigeance de certains utilisateurs qui n’hésitent pas à supprimer ce qui leur semble mauvais est irritante, mais cela prouve également que sur Wikipedia on ne peut pas y mettre n’importe quoi car il faut toujours prouver ce qu'on écrit avec des sources fiables. C’est un point plutôt rassurant à mon sens. A l’avenir, j’essaierai de contribuer de temps en temps à Wikipedia maintenant que je connais les bases du wikicode. Ainsi j’essaierai de tenir la page Internet.org à jour dans la mesure où elle concerne un projet en cours qui ne cesse de se développer.
=== « Elodie Alphonso » et « Rym Zerga » ===
* Notre page utilisateur sur wikipedia : [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]]
* Nos pages respectives : [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]] et [[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]]
* Pour nous contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Méridy-Pumpkin|Discution Méridy-Pumplin]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Méridy-Pumpkin|Contributions de Méridy-Pumpkin]]
* Voici les liens vers les pages crées : [[w:Philippe_Bouquillion|Philippe Bouquillion]] et [[w:Silvana_Condemi|Silvana Condemi]]
* Traduction : [[w:Rafael_Barba#Description|Rafael Barba]] et [[w:Aisha_Dee|Aisha Dee]]
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé ====
Rédaction d'un article sur '''Philippe Bouquillion''' et '''Silvana Condemi'''. '''Traduction complète de la page de Rafael Barba (passant de l'anglais au français)'''
Nous avons décidé, dans un premier temps, de créer la page Wikipedia de Philippe Bouquillion, notre ancien professeur à l’université Paris 13. Les informations trouvées proviennent de différents sites. La photographie nous a été envoyée par monsieur Bouquillion lui-même. Nous sommes convaincues que cet article à sa place sur Wikipedia car monsieur Bouquillion est assez reconnu dans le domaine des sciences de l’information et de la communication.
Nous avons également voulu nous s'essayer à de la traduction, pour ce faire nous avons traduit la page de Rafael Barba et d'Aisha Dee.
Afin de contribuer un peu plus au projet collaboratif, nous avons, par la suite décidé de créer la page de Silvana Condemi, reconnu dans le domaine de la paléoanthropologie. Les sources utilisées ont également tirées de plusieurs sites. Nous avions mis une photo d'elle mais malheureusement, elle a été supprimé.
Nous aimerions rajouter que nous avons fait des traductions ainsi que des petits rajouts dans des articles.
==== Problèmes rencontrés ====
Nous n’avons pas rencontré de problèmes particuliers, hormis la présence des bandeaux. En effet, nous peinons à faire retirer le bandeau d’admissibilité sur la page de Philippe Bouquillion et celle de Silvana Condemi. De plus, il est parfois compliquer de faire valider les photographies, comme c’est le cas pour la page de Silvana Condemi. Cependant, aucune de nos pages n'a pour le moment été supprimées.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Elodie :'''
Participer à ce projet a été une expérience très intéressante et enrichissante. Grâce à cet exercice, j’ai eu la possibilité de découvrir un peu plus en profondeur l’univers de Wikipedia ainsi que celui du domaine des langages de balisage (le wikicode). J’ai aussi eu le plaisir de faire de la traduction.
Grâce à ce projet, j’ai appris à créer une page sur wikipedia mais surtout, je sais maintenant qu’il y a un processus à suivre et des règles à respecter sur cette encyclopédie en ligne. Ce n’est pas parce que Wikipedia est gratuit et modifiable par tous qu’il ne possède pas d'arbitrage. De plus, je trouve cela assez plaisant de voir l'évolution d’un projet qu’on a commencé.
* '''Rym :'''
Je tiens à dire que c’est la première fois que je participe à la création d'une page wikipédia, je peux dire que ça a été une expérience vraiment intéressante et enrichissante, j’ai apprécié créer et gérer une page wikipédia, cela m'a permis de comprendre et de découvrir beaucoup de chose, comme par exemple l'univers très réglementé de Wikipédia et tout ce qui se rapporte au langage, code à connaitre dans ce domaine.
Je peux confirmer le fait qu'on a intérêt à respecter les règles pour pouvoir avancer un travail ou sinon il se retrouve supprimé ou alors nous voyons un bandeau apparaitre (d'ailleurs par moment très compliqué à supprimer). Et de ce fait nous avons vraiment intérêt à suivre le bon processus pour que l’on puisse voir l'aboutissement de notre travail, mais ça en vaut la peine. J’aimerai rajouter, que nous sommes très satisfaite du travail que nous avons accompli jusque là, nous avons suivi ce travail avec beaucoup d'attention. En effet, nous faisions attention à ne pas perdre les données que nous avions mis. Nous avons essayé de suivre à la lettre le règlement pour pouvoir à la fin arriver à l'aboutissement de ce projet. Arrivé à la fin du travail, nous pouvons dire que c’est une grande satisfaction et je terminerai par le fait que ce projet collaboratif que vous nous avez fait découvrir a vraiment été, cette année une chose très appréciable.
=== Manja Andrianarijaona ===
* Ma page utilisateur sur Wikipedia : [[w:Utilisateur:Manja ANDRIA|Manja ANDRIA]]
* Me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Manja ANDRIA|Discussion]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Manja ANDRIA|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai créé la page de SAEMO, un des services rattaché à la Sauvegarde du Val d’Oise, se chargeant du bien être social des enfants et des adolescents. Très peu connu, je pense que ce service mérite d’être à la disposition de tous vu les bienfaits qu’il apporte. Je voulais également créer une page dédiée au « Contouring », un principe de maquillage consistant à redessiner le visage et pour cacher ses imperfections.
==== Problèmes rencontrés ====
Au début, j’ai eu un peu de mal à maîtriser l’outil mais après, cela est devenu plus facile. L’article sur «Le Contouring » a été supprimé très vite dès sa mise en ligne et cela malgré la densité de la documentation en amont. En effet, au tout début j’ai recherché le terme « Contouring » sur google et je n’ ai pas trouvé d’article édité par Wikipédia. Donc je me suis dit que ce serait pour moi une opportunité de pouvoir enrichir encore Wikipédia. Mais en fait, c’est après avoir publié l’article que je me suis rendu compte que ça été un doublon d’un autre article déjà existant mais qui pour le compte n’est pas encore admissible. Pour l’article SAEMO, il me manquait les sources fiables pour que la page soit réellement admissible sur Wikipédia.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Expérience qui m’a permise de découvrir comment on publie des articles sur wikipédia, expérience très enrichissante puisque je n’ai jamais créé et publié d’article Wikipédia. Cela m’ a appris également par quels obstacles et étapes il faut passer pour pouvoir poster un article sur Wikipédia.
=== Manuel NGOMA ===
Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[M.goma]]
Pour me contacter: Discussion
Mes contributions: [[Claudio Descalzi (Trad.Italien)]], [[Université de Pise]].
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: Traduction et rédaction d'un article sur Claudio Descalzi ====
J’ai traduit la page italienne du chef d'entreprise Claudio Descalzi. Il n'existait pas une page française sur ce chef d'entreprise. La version italienne ne contient que des informations succinctes. Dans la page française j’ai mis certaines informations qui ne sont pas présentes dans sa biographie italienne.
==== Problèmes rencontrés ====
J’ai eu du mal à faire la mise en page et à utiliser les codes Wikipédia. J’ai aussi eu des difficultés à sourcer mes articles et à mettre des liens. La version italienne avait peu de notes et de références. Les acronymes, abréviations, sigles et les termes pétroliers présents dans l’article original n'ont pas été faciles à traduire. Il m'a été difficile de donner une traduction précise de ces expressions et termes.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif a été une expérience enrichissante et inédite. J’ai découvert que la rédaction d'un article sur Wikipédia devait respecter plusieurs critères(charte, wikicode...).L'une des étapes la plus délicate est la citation des sources d'un article. Je suis content d’avoir contribué à ce projet et aussi d’avoir enrichi Wikipédia.
Je demande toujours quel est l'apport ce cours pour les étudiants du master1 DEFI.
=== Sandy Vapaille et Laura Thomazo ===
* Notre page utilisateur sur wikipedia : [[w:Utilisateur:SandVP|SandVP]] et [[w:Utilisateur:Laurathom|Laurathom]]
* Pour nous contacter : [[w:Discussion_utilisateur:SandVP|Discussion SandVP]] et [[w:Discussion_utilisateur:Laurathom|Discussion Laurathom]]
* La page créée sur Marc Hiver a été supprimée et vous a été envoyé par mail.
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé ===
Rédaction d'un article sur '''Marc Hiver'''
Notre professeur Marc Hiver nous ayant fait part de son envie d’avoir sa propre page Wikipédia au premier semestre, nous avons décidé de lui créer dans le cadre de cet atelier. Nous avons par la suite appris que cette page avait déjà été créée mais supprimée. Marc Hiver étant principalement connu pour sa Web-revue des industries culturelles et numériques nous avons donc jugé qu’il serait intéressant de l’évoquer sur la page Wikipédia pour peut-être éviter une nouvelle suppression de l’article. Concernant nos sources d’informations, elles viennent principalement des sites web gérés par Marc Hiver (son site personnel et celui de la Web-revue), mais aussi du site web de l’Université Paris-Ouest. D’autres sources telles que « Linkedin » et le site web des éditions « L’Harmattan », les éditions ayant publié le livre de Marc Hiver, ont été utilisées.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été la suppression de notre page sur Marc Hiver. En effet, alors que nous pensions avoir rempli les différents critères, notamment au niveau de la fiabilité des sources, des administrateurs ont supprimé notre page pour « non-respect des critères d'admissibilité » concernant un manque de « sources secondaires fiables et indépendantes ». Il est vrai que peu d’informations sont disponibles sur Internet à propos de Marc Hiver mais nous pensions que le peu de sources utilisées étaient réellement pertinentes et fiables. Le second problème rencontré concerne plutôt la difficulté à utiliser Wikipédia, notamment en ce qui concerne le wikicode. Enfin, nous n’avions pas compris le principe du brouillon ce qui fait que nous n’avons pas pu enregistrer notre article sous cette forme. Mais heureusement nous avons conservé des impressions d’écran de notre travail.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Sandy :'''
Cet atelier sur Wikipédia fut une expérience intéressante et enrichissante. En effet, grâce à ce projet j’ai pu découvrir l’envers du décor de Wikipédia notamment l’utilisation du wikicode et les nombreuses règles à respecter pour pouvoir publier un article. Je sais dorénavant qu’il n’est vraiment pas si facile de faire valider une page sur Wikipédia, ce qui a complétement changé la vision que j’avais de cette encyclopédie en ligne réputée comme une source d’information peu fiable. Ce fut également intéressant d’endosser le rôle de contributeur et non plus celui d’un utilisateur venu simplement consulter une page à titre informatif.
* '''Laura :'''
C'est la première fois que je participe à l'élaboration d'une page wikipédia et j'en ai appris beaucoup de chose, comme la création d'un wikicode. Ce fut une expérience enrichissante et j’espère pouvoir la réutiliser dans mon projet professionnel. Cependant, j’ai pu constater la surveillance accrue de Wikipédia par ses administrateurs lors de la création ou la modification d'une page. Il est important d'apporter des sources fiables aux pages wikipédia et on ne peut le découvrir que lorsque l’on devient contributeur sur cette encyclopédie en ligne.
=== Youssef Guettache ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Guettachey|Youssef Guettache]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Guettachey|Me contacter]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : Mes [[w:Spécial:Contributions/Guettachey|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Outre une modification de la page [[w:Born Bad Records|Born Bad Records]] que j’ai effectué à titre de test, j’ai crée une page consacrée à la présentation de l'ouvrage de Philippe Breton, [[w:L'Utopie de la communication|"L'utopie de la communication"]], dans lequel il analyse l'avènement de la communication comme valeur centrale de notre société et dont la lecture nous avait été chaudement recommandée par M. Buxton au premier semestre. M'étant aperçu qu’il n'en existait pas, j’ai également crée une page consacrée au courant et modèle des [[w:Usages et gratifications|usages et gratifications]] (présentation, critiques, bibliographie, annexes), dont le principal investigateur fut le sociologue Elihu Katz, et qui questionne la fonction remplie par l'usage des médias au sein de différents publics. Ma démarche fut avant tout d'enrichir Wikipédia en articles consacrées aux sciences de l'information et de la communication. Pour cela, j’ai aussi fait en sorte que mes articles renvoient vers le maximum de pages (pertinentes) possible.
==== Problèmes rencontrés ====
A ce jour, aucune des deux pages n'a été supprimée. Pas de problèmes majeurs donc. Les principales difficultés de l'exercice ont plutôt résidées dans l'écriture de ces pages.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
D'ordinaire, les outils informatiques ne sont pas mon fort. J'avais donc au départ quelques appréhensions, qui se sont vite dissipées lorsque je me suis rendu compte de la simplicité de Wikipédia (Si on ne sais pas, on copie-colle le code et ça marche), même si j’ai pu constater qu'une contribution n'est validée que si elle respecte les règles, ce qui à le mérite de garantir à cette plateforme une certaine fiabilité. Grâce à cette matière, j’ai pu consolider mes connaissances et en acquérir de nouvelles. C'était donc une expérience très enrichissante.
=== Laura Purcarea ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:LauraPUR|Utilisateur: LauraPUR]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:LauraPUR|Discussion LauraPUR]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia FR : [[w:Spécial:Contributions/LauraPUR|LauraPUR]] et Wikipedia RO [[w:ro:Special:Contribuții/LauraPUR|LauraPUR]]
* Lien vers la page créee en roumain : [[w:ro: Manuel Valls|Manuel Valls]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Tout d’abord j’ai créé ma page d’utilisateur. Ensuite, j’ai choisi de contribuer à l’enrichissement de la page rédigée en roumain consacrée au [[w:ro: Manuel Valls|Manuel Valls]]. Comme la politique est un domaine que m’intéresse beaucoup j’ai trouvé aisément le sujet. Concernant mes sources d'informations, j’ai utilisé divers sites politiques mais également la page française Wikipédia de Manuel Valls afin d’enrichir l’article roumain. Cela m'a permis non seulement d’améliorer mes connaissances politiques car j’ai fait beaucoup de recherches complémentaires pour pouvoir finaliser l’article mais également permis de m’habituer avec le wikicode.
==== Problèmes rencontrés ====
Un problème souvent rencontré a été l'enregistrement des modifications qui n'a pas marché à plusieurs reprises. Comme Wikipedia est une encyclopédie modifiable, mon article a porté seulement une correction de la part d’autres contributeurs. Il s’agit d’une modification faite au sujet du père de Manuel Valls et de ses peintures célèbres que j’avais mentionné dans mon article. Cependant, j’ai trouvé la modification pertinente car cela pouvait avoir une coloration publicitaire. Par la suite j’ai fait attention à toutes les informations postées pour éviter ce genre de conflit.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif m'a permis de comprendre l’Univers Wikipedia. Tout d’abord, j’ai compris la règle de « 90-9-1 » grâce à cette expérience. Je suis très contente de ne plus faire maintenant partie des 90% des bénéficiers qui n’ont jamais contribué à la rédaction Wikipédia et j’espère dorénavant de rester dans le 9% qui contribuent de manière occasionnelle. Par ailleurs, j’ai appris diverses choses très utiles notamment comment insérer un lien interne ou externe et comment modifier le wikicode. A l’avenir j’aimerais bien continuer d’enrichir d’autres pages Wikipédia portant sur des sujets politiques.
=== Mathilde V ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Vath~frwiki|Mathilde Veuille]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Vath~frwiki|Me contacter]]
* Contributions : [[w:Simon Chignard|Simon Chignard]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai crée la page de Simon Chignard qui est une référence pour les questions relatives à l'Open Data. Ma page n'a pas été supprimé donc j’espère qu'elle le restera.
==== Problèmes rencontrés ====
L'auteur n'a publié qu'un livre, j’ai donc dû chercher des sources secondaire pour construire sa page. En ce qui concerne son parcours professionnel, je me suis appuyée sur les informations générales que les sources secondaires reprennent même si j'aurai rajouté quelques informations prises sur son compte Linkedin.
=== Sarah LAURENT ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Be greeeen|Sarah Laurent]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Be greeeen|Discussion Be greeeen]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Be_greeeen|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Artips|Artips]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* Création de la page Artips, une newsletter de qualité à laquelle je suis abonnée depuis {{unité|2|ans}} et qui, selon moi, avait sa place sur Wikipédia. J’ai eu la curiosité de tapper "Artips" dans la barre de recherche Google, pour constater si la page que j’ai créé apparait en première dans les requêtes. Ce n’est pas le cas et c’est d'ailleurs un peu déconcertant car son admissibilité est même à vérifier.
* Rajout d'informations complémentaires et de sources sur l’article consacré à L'éléphant (revue)
==== Problèmes rencontrés ====
* J’ai abordé la création d'un article avec beaucoup d'appréhension. Au départ, j’avais tendance à copier/coller tout ce que je rédigeais dans un document Word et donc à enregistrer mon contenu parallèlement de peur qu’il ne disparaisse, ne soit effacé. Par conséquent, j’ai suivi la notice de Wikipédia assez minutieusement ; ce qui a surement était bénéfique car j’ai finalement eu la "chance" de ne voir disparaitre aucun des contenus que j’avais publié.
* Ces derniers mois, il m'étais arrivée plusieurs fois de m'arrêter à un kiosque devant une revue intitulée "l'éléphant" ; ainsi, j’ai été voir si elle disposait d'une page Wikipédia. En constatant que la page existait, mais était très peu fournie en informations, j’ai décidé d'y apporter ma contribution : mes recherches pourraient non seulement assouvir ma curiosité, mais aussi bénéficier à la communauté. Toutefois, au moment de rajouter ma contribution, je me suis rendue compte qu'une discussion était en cours pour savoir si l’article devait être conservé ou supprimé. En effet, un bandeau apposé en haut de l’article signalait : "l'admissibilité de cette page est actuellement débattue". J’ai donc donné mon avis, et argumenté en faveur de la conservation de cette page avant d'ajouter des sources et toute la partie historique de la revue.
* J’ai eu un peu de difficulté à comprendre quelle image était libre d’être importée sur Commons, et donc par la suite d’être publiée ou non. J'avais donc téléchargée la photo de la couverture du livre Artips qui a finalement été supprimée.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* J’ai apprécié de pouvoir me (re)familiariser avec le principe des balises, que j’avais déjà appréhendé par le passé, mais que je n’avais pas eu l’occasion d’utiliser depuis un certain temps.
* L'exploration du fonctionnement de Wikipédia a été une véritable surprise : je ne l'imaginais pas si strict et j’ai trouvé très intéressant de voir tous les rouages qui se cachent derrière cet outil si populaire que, en tant qu'étudiants, nous sommes amenés à utiliser très régulièrement. Je partais avec l’idée que n’importe quelle entreprise, individu, entité, pouvait avoir sa propre page Wikipédia. En fait, j’ai découvers un véritable système qui dispose de ses propres normes, codes et règles auxquelles il faut se plier scrupuleusement.
* Peut-être suis-je atteinte par ce qu'on pourrait appeler le "virus" Wikipédia", car depuis que nous avons commencé ce cours -et ce projet- j’ai dorénavant l'envie spontanée, lorsque je lis un article sur Wikipédia, de le compléter ou modifier lorsque celui me semble peu fournit en information. Honnêtement, je ne le fais pas forcément, mais j’ai au moins acquis cette espèce de recul critique sur les articles Wikipédia. Mon opinion sur ceux-ci a évolué : en ayant constaté la difficulté de créer et de publier du contenu sur cet encyclopédie participative, je me suis rendue compte que sa facilité d'accès ne remettait par en cause sa fiabilité. C'est au contraire un outil qui se veut crédible d'un point de vue scientifique, et moins susceptible de contenir des erreurs que ce que je pensais.
=== '''Laurent Ngandu''' ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[Utilisateur:Laurentngandu|Laurent]]
* Pour me contacter: [[Discussion utilisateur:Laurentngandu|Discuster avec moi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[Spécial:Contributions/Laurentngandu|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Science_des_données|Science des données]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai réalisé un article sur les data sciences ou science des données en français.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le wikicode était compliqué au départ, mais après quelques heures passées à travailler sur Wikipedia, très vite je l'ai trouvé simple à faire par la suite.
* Pour mon article, rajouter les informations ne m'a pas posé des problèmes, tant que les sources étaient citées. Par contre une affirmation sans sources était plus susceptibles d’être tout simplement supprimée.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Le simple fait de savoir que mon article sera consulté par d'autres utilisateurs dans le cadre leurs recherches, me rend fier, car j’ai contribué à la diffusion d'un savoir. Aussi petite qu'était ma contribution, elle tout de même utile pour que continue à évoluer le web collaboratif. Grâce à cette expérience, je participerai plus souvent dans l'avenir à la rédaction et modification des articles en ligne.
=== Khalidiatou Sylla ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Kadie.sy|Kadie.sy]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Kadie.sy|Discussions Kadie.sy]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Kadie.sy|Contributions Kadie.sy]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Maus|Maus]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai contribué à la Page française de [[Maus]] , une bande dessinée crée par Art Spielgman.
* Pour cela j’ai relu les deux tomes de Maus, mais également recherché des interviews de l'auteur. La plupart étaient en anglais. Je me suis également largement inspirée de la page en anglais de Maus, qui a été noté d'une étoile pour sa qualité.
==== Problèmes rencontrés ====
* J’ai plusieurs fois changé de sujet, car beaucoup de pages qui m'intéressaient étaient déjà complètes. J’ai été surprise de voir que celle de Maus en français n'avait pas été aussi développer que la version anglaise, Car Art Spiegelman est dessinateur respecté en France et très reconnu pour son art.
* Il a été difficile de trouver des articles le concernant en français, qui datent de l'époque.
* Un des autres problèmes que j’ai pu rencontré est celui des sources. Il fut très difficile d’en trouver en français, Maus a été publié il y'a plus de {{unité|20|ans}} désormais l'auteur en parle de moins en moins dans les médias.
* Ma contribution pour cette page en français a donc été beaucoup de traduction. J’ai préféré éviter de passer par un site de traduction ce qui a prit plus de temps mais qui m'a permis de mieux rédiger sans faire de copier coller.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Je consulte souvent wikipedia, et c’est vrai qu'en lisant des articles qui n'avaient pas été très développé en version française, j'hésitais pourtant à me lancer à y contribuer. Il est vrai que le codage peut décourager ainsi que les nombreuses suppressions de pages. Mais il y a une réel fierté à pouvoir exposer son travail sur ce site qui est tellement visité. C'est assez flatteur de se dire qu'on a pu contribuer au partage d'information sur wikipedia. Il y a un véritable travail d'écriture demandé, c’est alors là que les cours de journalisme entrent en jeu. Afin d’être comprit des internautes des qualités rédactionnelles et beaucoup de recherches sont requises pour avoir un article fiable.
=== Bilan individuel de cette expérience ==
J’ai pu contribuer à l'encyclopédie Wikipédia même si je ne l'utilise pas lorsque j’ai des projets. Je pense n'avoir pas terminé définitivement la page de l'auteur et espère qu'elle sera améliorée par d'autres contributeurs et moi-même.
== '''Eleonora Rudakova''' ==
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Eleonora_Rudakova|Eleonora Rudakova]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Eleonora_Rudakova|Me contacter]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Eleonora_Rudakova|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Valeria_Gaï_Germanica#Biographie_et_carrière|Valeria Gaï Germanica]]
'''Bilan des articles auxquels j’ai participé'''
Pour ce projet, j’ai choisi de créer une page française consacrée a la réalisatrice russe Valeria Gaï Germanica. Il excite la page en russe, en anglais, mais une page française contient juste plusieurs phrase concernant de son origine et l’information sur un seul film, sans photos du tout. Pourtant, elle est déjà filmée beaucoup de films, et elle est très célèbre en Russie. Outre cela, elle a reçu la Mention spéciale dans le Festival de Cannes en 2008 en France. Donc, a mon avis, on doit compléter l’article, donner plus information de sa biographie, filmographie et nominations.
Car il y a manque de l’information en français sur le sujet de Valeria Gaï Germanica, j’ai pu utiliser mes capacités en anglais, en français et en russe, pour traduire l’article. Concernant mes sources d'information, je suis tout d’abord allée sur la page wikipedia russe et anglais. Apres, j’ai lu plusieurs articles en français et complété les faits manquants.
'''Problèmes rencontrés'''
Pour moi, le problème principal que j’ai rencontré, c’est qu'il y’a très peu d’informations sur Valeria Gaï Germanica, car elle est personne un peu fermé de nature, donc il faut le temps de trouver l'interview et l’article concernant de sa vie. Outre cela, c’était difficile de traduire les noms de certains films, car il n’existe pas en langue française, donc j’ai décidée d’écrire les titres en anglais.
De plus, j’ai rencontré le problème de création de InfoBox et insertion de la photo. Grâce à l’aide de notre professeur monsieur Lionel Barbe, j’ai trouvée la photo sur Wikicommons et réussi de crée InfoBox.
'''Bilan individuel de cette expérience'''
Ce projet collaboratif une expérience nouvelle et enrichissante puisque je n’avais jamais contribué à Wikipédia. Maintenant je sais créer et modifier une Page. Outre cela, cette expérience permet m’exercer à la traduction et utiliser mes connaissances de trois langues.
Merci pour ce projet et cette expérience.
*
== '''Mégane Le Prado''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Meganelp|Meganelp]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Meganelp|Discussion : Meganelp]]
Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
La page créée pour le « Morning Post »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Morning_Post
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* Tout d’abord, j’ai crée ma page profil.
Pour ma contribution au projet j’ai choisi de créer une page pour « my little box ». J’ai donc cherché un maximum de sources sur ce sujet.
Les sources dont j’ai disposé étaient principalement des articles de presse en ligne, ou de blogs. J’avais pris le parti de ne publier la page qu’une fois celle-ci complètement terminé, afin d’éviter tous problèmes, comme le manque de sources par exemple.
En parallèle j’ai cherché une page à traduire en français, sur la page wikipédia qui recense toutes les pages susceptibles d’être créées. J’ai choisi de traduire cette page : https://en.wikipedia.org/wiki/The_Morning_Post
==== Problèmes rencontrés ====
Les sources que j’ai pu trouver pour « My little box » étaient principalement des articles de presse en ligne, et beaucoup de blogs beauté. J’ai conservé les plus « sérieuses ». Les sources sont importantes pour la crédibilité de l'article, et éviter que la page ne soit supprimée . Une fois la page terminé je l’ai publié, mais rapidement celle-ci a été supprimée, car cette page « Ne répond pas aux critères d'admissibilité de Wikipédia »
Pour la traduction le plus difficile a été d’essayer de rester fidèle au sens de la page d’origine, et de faire une traduction correcte bien entendu. Je n’ai publié la page qu’au dernier moment, une fois celle-ci complètement fini, et cette fois pas de mauvaise surprise, ma page n’a pas été supprimée !
=== Bilan individuel de cette expérience ===
Si j’utilise régulièrement wikipédia pour mes recherches, je n’avais encore jamais collaboré sur wikipédia. Je me suis rendue compte que les informations publiées étaient surveillées. Les « patrouilleurs » notamment sont là pour vérifier les publications. Les articles doivent répondre à des critères précis afin d’être accepté. Cela rassure quant à la véracité des informations que l’on peut trouver sur wikipédia.
Cette expérience m’a permis d’apprendre à utiliser le wikicode, et de mettre dans la peau d’un contributeur. Une expérience enrichissante qui m'a permis de découvrir une autre facette de wikipédia (participer à la collaboration) !
== '''Julie Musig-Guillembert''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG JulieMG]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:JulieMG|Discussion : JulieMG]]
Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
* La page créée pour « Bruno Bachimont »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Bruno_Bachimont
* La page modifiée pour « Web-Documentaire »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Web-documentaire
* La page modifiée pour « Editorialisation »: https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89ditorialisation
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Tout d’abord, j’ai créé une page consacrée à Bruno Bachimont. J’ai passé énormément de temps à récolter des sources secondaires, bien plus que d'écrire l’article en lui-même qui est resté longtemps en mode brouillon. La page a bien été acceptée (sans bandeau), j’ai donc par la suite envoyé un mail à Mr Bachimont pour avoir une photo libre de droit. Elle a été intégrée dans une boite à outils.
Ensuite, en collaboration avec Julia Lhermitte, j’ai grandement modifié l’article consacré au concept de Web-documentaire qui avait un contenu trop mince : nouveau plan avec trois parties, ajout de la bibliographie, de liens externes et de sources secondaires.
Enfin, j’ai décidé de modifier l’article concernant l'éditorialisation en rajoutant un grand 2 avec trois sous-parties et donc d'autres sources secondaires pour appuyer mes propos.
==== Problèmes rencontrés ====
Les articles à propos de l'éditorialisation et du web-documentaire étant déjà créés, j’ai rencontré seulement des difficultés avec la page de Bruno Bachimont. Je tiens à dire qu’il est extrêmement compliqué de publier sur wikipédia notamment lorsqu’il s'agit de justifier la notoriété d'une personne. Ma page est longtemps restée en brouillon, face aux critiques des utilisateurs ("pas assez de sources secondaires..."). Après avoir mis une vingtaine de sources secondaires, je l'ai publiée et la page est restée. Pour terminer, trouver des images libres de droit a été difficile ainsi que tout le processus d'insérer une image.
=== Bilan individuel de cette expérience ===
En principe, j'utilise wikipédia pour mes recherches et je pense continuer à le faire juste pour ça. Certes, le contenu doit être justifié et certifié. Néanmoins, il existe trop de contraintes. Il faut savoir que j’ai "limite" terminé d'écrire l’article de Bruno Bachimont pour le publier alors que normalement c’est un site de collaboration...
=== '''Astrid Amegnran''' et '''Stéphanie Moreau''' ===
* Notre page utilisateur commune sur wikipedia : [[w:Utilisateur:phaasM1|phaasM1]]
* Pour nous contacter : [[w:Discussion_utilisateur: phaasM1 |Discussion phaasM1 ]]
* Nos pages respectives : [[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]] [[w:Utilisateur:Phanie mo|Phanie mo]]
* Lien vers le brouillon de la page Pascal Froissart (page supprimée) : https://fr.wikipedia.org/wiki/Utilisateur:PhaasM1/Brouillon
* Lien vers la page Suzy Menkes -contribution personnel - article à compléter en anglais [[w:en:Suzy Menkes|Suzy Menkes]] ([[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]] )
* Voici la liste de nos contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:contributions/Astridam|Astridam ]] [[w:Spécial:contributions/Phanie mo|Phanie mo ]] [[w:Spécial:contributions/phaasM1|phaasM1 ]]
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé : rédaction d'un article sur '''Pascal Froissart''' & ''' Suzy Menkes''' ([[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]]) ====
* Nous avons crée nos pages Wikipédia.
* Nous avons d’abord commencé à faire des recherches sur Pascal Froissart . La curiosité notamment, face à l’étude de ce domaine - peu familier pour des non-spécialistes bien que présent au quotidien- qu’est la rumorologie nous a amené à travailler sur ce chercheur .La rumeur, aux origines lointaines fait l’objet de vastes et actuelles recherches : en témoignent, les ouvrages de Pascal Froissart , son site qui y est consacré où sont repertoriés, par ailleurs, les colloques, ses interventions médiatiques, contributions et articles scientifiques multilingues de collègues et rumorologues(et thèses) ayant pour sujet la rumeur. L’intérêt était donc d’apprendre à connaître ce qu’était cette science de la rumeur et d’offrir une certaine visibilité à ses multiples travaux,à travers l’utilisation et la pratique de Wikipedia aux ,travaux de Pascal Froissart dignes d’intérêt.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le premier problème que nous avons est lors de la rédaction de l’article sur Wikipédia. En effet, le langage wikicode a été difficile à appréhender pour les néophytes que nous sommes, ce qui a eu des conséquences , notamment, sur la création de la dropbox et également, quant à l’insertion d’une photo via Wikimedia Commons (droit d’auteurs & règles concernant l’importation d’une image) dans les premiers temps.
* Le second problème que nous avons rencontré a été la suppression de l’article (ce qui est, à notre avis,pour tout le monde assez frustrant), une fois posté sans explication notable.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Astrid :'''
J’avais pu appréhender l’environnement de Wikipédia ainsi que son éthique (et ses règles strictes) en participant l’année dernière au projet Fashion-Edith -a-thon qui se déroulait à Paris, menée par le musée des Arts Décoratifs en partenariat avec Wikipedia (Europeana Fashion)où j’ai pu contribuer à la rédaction d’articles ou compléter des pages existantes ayant attraits à l’univers de la mode.
Mais l’usage de Wikipédia dans ce TD a été inédit car plus approfondi. Travailler à deux sur la page de Pascal Froissart m’a permis de comprendre les enjeux du travail collaboratif ainsi que ses exigences et de n’être non plus contributeur mais créateur. Le regroupement d’informations a été un vrai travail de recherches puis de mise en forme;phase qui s’est avérée assez complexe,pour ma part. J’ajouterai que le travail au brouillon et la possibilité de prévisualiser les articles avant la publication m’a été très utile.
Je remercie Mr Lionel Barbe pour ce TD,son accompagnement tout au long de l’avancement de nos projet mais aussi pour sa démarche de sensibilisation quant à la charte et logique même de Wikipédia: un “projet d’encyclopédie libre” dont je retiendrai les notions clés d’enrichissement de contenu, d’apport d’une valeur ajoutéE, d’implication dans un projet collaboratif et enfin,la possibilité d’éditer par tous. Ce cours a enrichit mes connaissances en matière d’usage d’un outil numérique et coopératif.
Par ailleurs, j’ai souhaité compléter en anglais, l’article dédié à la journaliste de mode Suzy Menkes , ce qui était une réelle envie de ma part. Les sources en anglais ne manquaient pas mais l’enjeu était de référencer suffisamment tout en produisant un travail personnel afin d’être fidèle à la valeur d’honnêteté revendiquée par Wikipedia.
J’ai essayé de mettre en pratique la syntaxe de Wikipédia à travers des tentatives de citations.
Un des problèmes majeurs a été une nouvelle fois ici, l’ajout d’une image récente de Suzy Menkes via Wikimedia Commons (problèmes de copyright et de téléchargement).
* '''Stéphanie :'''
Grâce à ce projet, je me suis rendue compte qu’écrire un article sur Wikipédia était plus compliqué que je ne le pensais. Cela m’a permis de voir une autre facette de Wikipédia. J’ai trouvé cette expérience intéressante bien que compliqué. Cela m’a aussi permis de comprendre tout le travail de recherche fait autour de chaque article posté.
== '''Nicolas PERARD''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Marco-Verratti|Utilisateur:Marco-Verratti]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Marco-Verratti|Discussion Marco-Verratti]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Marco-Verratti|Contributions Marco-Verratti]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* En cherchant à quoi je pouvais contribuer, j’ai regardé la page wikipédia d’un vieux film que j’aime beaucoup, et j’ai vu qu’il n’y avait rien dans la partie synopsis. J’ai donc commencé par rédiger puis rajouter le synopsis de ce film pour rendre sa page plus complète. J’ai reçu un message pour me remercier de ma contribution. Voici la page du film : [[w:Les_Copains_d'Eddie_Coyle|Les copains d'Eddie Coyle]]
* Je me suis ensuite lancé dans la traduction de l’espagnol vers le français de la page wikipédia d’un plat que j’ai mangé de nombreuse fois, constatant que ce plat ne possédait pas sa page en français. Pour cela j’ai d’abord rédigé ma page sur le brouillon puis j’ai ensuite directement publié la page. Voici la page du plat que j’ai crée : [[w:Bouillon_de_côtes|Bouillon de côtes]] Et voici une capture d’écran de mon travail (au cas où la page ne serait pas validée). [http://www.hapshack.com/images/QyJBD.png capture d’écran de mon travail]
* Je suis ensuite resté dans le domaine de la traduction mais cette fois-ci pour une traduction du français vers l’espagnol. J’ai repris la page française du film auquel j’avais rajouté le synopsis, pour la traduire et la publier sur le wikipédia espagnol, car ce film ne possédait pas sa page dans cette langue. J’ai d’abord travaillé sur mon brouillon du wikipédia espagnol avant de là aussi directement publier. [[w:es:Los amigos de Eddie Coyle|Los amigos de Eddie Coyle]]
* Pour finir, j’ai cette fois-ci créé une page en français qui n’existait en aucunes langue, celle de l’Espace Musée qui se situe à l’aéroport Roissy-Charles-de-Gaulle. Ma méthode a été la même, j’ai d’abord fignolé mon article sur mon brouillon, puis je l’ai directement publié. La page a été validé car j’ai reçu un message pour me remercier de cette contribution et un autre me disant qu’elle a été référencé. J’ai créé cette page car j’ai travaillé à l’organisation de l’inauguration de ce lieu lorsque j’étais en stage dans la société des deux fils de l’homme qui est à la base de ce projet. Je connaissais donc le sujet et les preuves de notoriété que vous pouvez voir dans notes et références ont je pense bien aidé à l’acceptation rapide de la page. Page de l'espace musée : [[w:Espace_Musée|Espace Musée]]
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour ma traduction de la page du film « Les copains d’Eddie Coyle » du français vers l’espagnol, j’ai travaillé sur le brouillon du wikipedia espagnol, mais je n’ai pas trouvé pas le bouton « publier votre article » comme sur le wikipédia français. J’ai donc été obligé de taper le nom de l’article que je voulais créer dans la zone de recherche du wikipédia espagnol pour constater que la page n’existe pas, pour ensuite pouvoir cliquer sur le lien qui m’invite à la créer.
* Toujours concernant cette page du film « Les copains d’Eddie Coyle » en espagnol, je ne suis pas arrivé à afficher correctement l’info-box de droite. J’etais pourtant sûr d’avoir la bonne balise, car je l’avais reprise sur la page espagnol d’un autre film, mais cela m'a donnée [http://www.hapshack.com/images/YFyf.png ceci] et je n'ai jamais compris pourquoi. Les informations techniques étaient cependant écrites dans le corps de la page et deux jours après sa création j’ai constaté qu’un bot avait rajouté l’info-box.
* J’ai aussi eu parfois du mal avec les notes et références pour leur donner la forme et la syntaxe exacte que je voulais. Mais à force de regarder comment elles sont codées dans le wikicode des autres pages et en copiant les codes on finit par obtenir le résultat désiré.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Je dirais que ce module m’a d’abord permis de comprendre comment fonctionne wikipédia, mais j’ai surtout appris des choses concrètes, à savoir à comment éditer wikipédia. Que ce soit pour compléter une page, pour de la traduction du français vers une autre langue, d’une autre langue vers le français ou simplement pour créer une nouvelle page. Grâce à ce cours, je possède désormais les bases qui me permettent aujourd’hui de dire que je sais comment me servir de wikipédia et comment créer une page de A à Z. C’est une très bonne chose pour moi et une compétence (très appréciable) de plus à rajouter sur mon CV.
== '''Sonia JELAIEL''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Periodistaa|Utilisateur Periodistaa]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Periodistaa|Discussion Periodistaa]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Periodistaa|Contributions Periodistaa]]
* La page créée pour Wedding dash : [[w:Wedding_Dash|w:Wedding_dash]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur le jeu '''Wedding dash'''
* ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]'', édité par Playfirst, est un jeu auquel je joue régulièrement. J’ai pu noter en faisant quelques recherches que l’article explicatif en anglais existait, mais pas celui en Français. J’ai donc entrepris la démarche de créer l’article français sur ce jeu, sur Wikipédia. En suivant les instructions très détaillées et explicatives du site, j’ai pu pas à pas créer mon article, en traduisant d’une part les termes de l’article anglais, et en ajoutant d’autre part certaines informations récoltées lors de mes recherches préalables. Le jeu est sorti dans plusieurs éditions limitées, que j’ai pu détailler, après avoir expliqué le principe même de ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]''.
==== Problèmes rencontrés ====
* Je n'ai pas rencontré de problème significatif, si ce n'est celui de l'agencement des sections. En effet, j’ai eu du mal à déterminer l'importance des différentes sections et sous-sections. Par ailleurs, un contributeur de Wikipédia a ajouté sur mon article la partie "Accueil' - faisant référence à l'accueil critique qu'avait reçu le jeu - mais il fut difficile pour moi de remplir cette partie, n'ayant pas pu trouver de réelles sources et données chiffrant ou détaillant cet aspect. Je peux néanmoins dire que Wikipédia est, contrairement aux idées reçues, une plateforme où nous pouvons facilement contribuer au savoir collectif, le site nous guidant pas à pas. Il est tout de même primordial d'écrire des informations cohérentes et vérifiées, sources à l'appui.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Cette expérience fut très enrichissante intellectuellement et pédagogiquement car je n’avais jamais créé/contribué à un article sur Wikipédia. Ce cours a démystifié la grosse machine Wikipédia, et m'a prouvé que je pouvais aussi en être un rouage. Je voyais les contributeurs de ce site comme des érudits inaccessibles, loin de me douter que je pouvais moi même créer une page. De plus, la dimension collaborative est très intéressante : j’ai en effet été en contact avec un contributeur qui m'a aidée notamment pour l'agencement de ma page, ce qui fut très utile. J’ai été passionnée par la création de cette page, car ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]'' est un jeu que j'affectionne et que je connais par coeur, ayant terminé chaque édition limitée qui est sortie. Ainsi, créer cette page sur Wikipédia, le top du référencement sur internet, a été stimulant. Je réitérerai sans doute l'expérience ; j'étais utilisatrice très fréquente de Wikipédia, je peux à présent me vanter d’être contributrice.
== '''DUPERRET Thomas''' ==
* Ma [[w:Utilisateur:Duptom89|page utilisateur]] sur Wikipedia
* Me [[w:Discussion_utilisateur:Duptom89|contacter]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Duptom89|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai contribué à la mise à jour de la page de Judith Butler, philosophe américaine spécialiste des études de genre. Découvertes à l’occasion de l’hystérie collective qui a secoué le pays lors du "mariage pour tous" en 2013, je me suis tout de suite pris de fascination pour ce type d'études universitaires et leurs représentants ; Judith Butler en est la plus illustre. Parce qu'elle gagne encore à être connue en Europe, j’ai décidé d'étayer sa page Wikipedia à partir de sa version anglaise : j’ai ainsi procédé à la traduction de plus de 5000 signes, répartis en trois paragraphes.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n'ai rencontré aucun problème particulier sur Wikipedia, dont l'interface fluide et ergonomique favorise une prise en main rapide, même pour les plus novices - dont je fais partie. Les principaux problèmes auxquels j’ai été confronté ont eu principalement trait à la nature même du sujet sélectionné : qui dit études universitaires dit jargon très spécifique - une difficulté supplémentaire en termes de traduction. Il m'a donc fallu vérifier rigoureusement chaque terme à la consonance un peu barbare. L'autre difficulté a tenu dans la recherche systématique des équivalences françaises des pages insérées sous forme de liens dans le texte original. Dans le même ordre d'idées, reproduire les notes et références s'est avéré fastidieux - je m'attendais naïvement à pouvoir copier-coller un wikicode, ça n'a pas été le cas, et il m'a donc fallu insérer manuellement chaque référence - en vérifiant au préalable sa validité, certaines n'étant plus accessibles.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Une révélation, ou presque : cette liberté de contribuer - qui se traduit par la possibilité presque grisante de pouvoir modifier des pages Internet en temps réel -, le sentiment de partager un projet collectif et enrichissant, ainsi que la découverte d'une communauté de passionnés œuvrant de manière désintéressée pour la propagation gratuite des connaissance, m'ont enchanté. J’ai pour habitude de consulter Wikipedia, comme tant d'autres j'imagine ; aller au-delà du miroir et se familiariser avec les rouages de cette gigantesque machinerie n'en a été que plus exaltant. Je pense par la suite compléter régulièrement les pages relatives aux études de genre.
== '''Julia Lhermitte''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:julialh|Julia Lhermitte]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Julialh|Discuter avec moi]]
La liste de mes contributions sur Wikipédia :
* La page réécrite au complet pour : [[w:Web-documentaire|web-documentaire ]]
* Maintenance sur la page veille stratégique
* Maintenance sur la page [[w:Barre_au_sol|barre au sol]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Premièrement j’ai collaboré avec Julie Musig-Guillembert pour la réécriture et la restructuration de la page Web-Documentaire.
Cet article manquait largement de sources pertinentes et d'un contenu exhaustif. Tout d’abord nous avons structuré l’article en 3 parties. Ensuite nous avons chacune participé à la rédaction du contenu. Enfin l'ajout des liens externes, des sources secondaires et de la bibliographie a été nécessaire.
Deuxièmement j’ai participé à la maintenance de la page veille stratégique par la correction des liens internes homonymes et la réécriture d'une partie de l'introduction.
Troisièmement pour le sujet barre au sol j’ai ajouté et réécrit du contenu. Par ailleurs cette page n'étant aucunement sourcé, j’ai fait un travaille de recherche en amont afin de référencer ce sujet par des sources pertinentes.
==== Problèmes rencontrés ====
Afin de sourcer au mieux le sujet Web-Documentaire j’ai dû assimiler les notions de bibliographie, liens internes et liens externes pour une page Wikipedia. L'ajout des sources est une partie au-quelle j’ai consacrée un temps plus important. Par ailleurs pour le sujet "veille stratégique" je me suis heurtée au problème des liens qui dirige vers des homonymies. Pour cela j’ai procédé parfois à une réécriture plus pertinente des termes. Pour finir le sujet "barre au sol" m'a demandé un gros travail de recherche. En effet cette disciplines manque véritablement d'écrits. L'ajout de contenu a été par conséquent difficile.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
le fait de participer à un projet d'encyclopédie universelle a été une expérience très valorisante.
Je suis depuis longtemps intéressée à la philosophie open source et collaborative mais je n'y avais jamais vraiment contribué. Par ailleurs cette expérience m'a permis de véritablement comprendre la notion de travail collaboratif. En effet contrairement à un travail coopératif le travail collaboratif n’est pas hiérarchisé. Cette méthode de travail me plaît en parti car elle n’est pas hiérarchisée. Celle-ci exige des membres de l’équipe ou de la communauté un partage de la responsabilité et le travail individuel s'identifie difficilement. Tandis que le travail coopératif engage la responsabilité des acteurs et permet à la fin du projet de discerner avec aisance le travail individuel effectué. Enfin cela m'a donné l'envie de continuer sur ma lancée de contribuer à Wikipedia.
== '''Aïda Amor''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Amoraiida]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Amoraiida|Discuter avec moi]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Amoraiida|Contributions Amoraiida]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai participé à la rédaction de l’article sur le jeu [[w:Temple_Run|Temple Run]]. Ce jeu avait fait fureur lors de sa sortie sur smartphone il y a quelques années. J’ai remarqué qu'un article en anglais existait déjà et qu’il était complet contrairement à la version française qui n'était qu'une simple ébauche. J’ai pris plaisir à rédiger cet article car j'étais moi-même une grande fan de ce jeu.
==== Problèmes rencontrés ====
Les problèmes rencontrés lors de la rédaction de l’article sur [[w:Temple_Run|Temple Run ]]<nowiki/>sont liés au wikicode. En effet, il m'a fallu quelques séances pour m'y habituer, mais aussi au niveau de la traduction de l’article et de sa rédaction: j’ai tenté de garder une certaine cohérence avec l’article anglais.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Participer à ce projet a été une expérience valorisante d'autant plus que les sujets que l’on pouvait traiter étaient très larges. Ce projet m'a permis d’appréhender au mieux l'outils Wikipedia. J’ai compris comment fonctionnait Wikipedia et le travail coopératif. Je ne pensais pas que rédiger un article sur l'encyclopédie en ligne serait aussi compliqué : des alertes sont envoyées pour vous avertir des erreurs commises ou votre article est modifié.
Globalement je suis satisfaite d’avoir eu ce module car je suis maintenant capable de créer un article sur wikipedia sans problème.
== '''Roux Anne-Sophie et Larrere Marine''' ==
* La page de notre contribution commune : [[Wikipédia]] chapitre : [https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikipédia#Wikipédia_dans_l.27enseignement]
* Nos pages utilisateurs respectives : [[w:Utilisateur:Annesofrx|Annesofrx]] [[w:MarineLrre:Annesofrx|MarineLrre]]
* Nos contributions respectives : [[w:Spécial:Contributions/Annesofrx|Contributions Annesofrx]] [[w:Spécial:Contributions/MarineLrre|Contributions MarineLrre]]
==== Bilan de notre contribution ====
Nous avons voulu ajouter une sous-partie "Wikipédia dans l'enseignement" à la section "influence" de la page Wikipédia. Nous avons suivi un fil conducteur pour structurer notre paragraphe, avec les suggestions de Lionel Barbe pour les recherches de sources. Nous avons choisi de ne pas faire de brouillon et de ne pas poster le paragraphe sans l'avoir fini, pour éviter les risques de suppression. Un contributeur nous a "remercié" pour la contribution, mais il nous a quand même été noté qu'une des sources mises était une source primaire, et que la référence nécessitait plutôt une source secondaire ou tertiaire. Cette contribution reste cependant bien théorique et s'inscrit dans le reste de la page de Wikipédia, ce qui lui a sûrement valu sa conservation.
==== Problème(s) rencontré(s) ====
Quelques difficultés de départ pour maîtriser les différentes façons de mettre des sources en notes. Il subsiste également un bandeau "cette section ne cite pas suffisamment de sources" qui avait été mis avant que nous mettions nos sources et qui n'a pas été actualisé depuis.
==== Bilan individuel de cette contribution commune ====
'''Anne-Sophie''' : Les objectifs donnés dans ce cours interactif nous ont permis d'avancer pas à pas dans ce travail collaboratif. Cela m'a donné une nouvelle image de Wikipédia, celle d'une plateforme collaborative dense, complexe (mais qui s'"apprivoise" vite) et qui demande de la rigueur. De plus, créer "Wikipédia dans l'enseignement" a finalement fait écho au cours en lui-même, à ses finalités. Et celles-ci se sont confirmées : nous avons de nous-même acquis une base de savoirs sur Wikipédia, en expérimentant, en essayant, en modifiant et en finalisant nos contributions. Le tout en fonction des envies, des expériences de chacun (guidé par un enseignant "passeur"). C'est cette imbrication de l'individuel dans le collectif qui est plaisant.
'''Marine''' : Cette contribution collective nous à permis de comprendre quelques rouages de cette plateforme bien ficelée. Le fait de créer par nos propres moyens une partie, qui plus est, sur la page "Wikipédia" rajoute de l’intérêt à ce travail. Faire des recherches pour rendre cet article fiable vis-à-vis des lecteurs a été très enrichissant. Cette partie n'a pas été supprimée et recevoir les remerciements d'un contributeur nous fait prendre conscience que ce projet est "réel", mais surtout que nous sommes capable de contribuer à cette grande encyclopédie en ligne que nous avons longtemps utilisé comme outils de recherche. Enfin, le sujet choisi a été d'autant plus intéressant, car nous étions concernées, et cela nous à permis en plus de la maîtrise des outils, d’avoir une vraie réflexion.
==== Bilan des contributions personnelles ====
'''Anne-Sophie''' : En dehors de cette contribution commune, j’ai par ailleurs ajouté quelques informations sur la page [[Consom'action]] et sur celle du [[végétalisme]]. J’ai également ajouté une section "ondes et santé" à la page [[onde électromagnétique]], avec 3 sous parties. Le problèmes étant que j’ai parlé principalement d'un chercheur à l'origine de la découverte des nuisances, et il est très compliqué de trouver des sources secondaires fiables à son sujet (lobby...) Celles que j’avais mises ne suffisaient pas et des contributeurs ont remis en question la neutralité de ma contribution. J’ai alors contacté ce chercheur qui m'a envoyé plusieurs documents de sources secondaires fiables, mais ma contribution avait déjà été supprimée. Chose que je comprends, car traiter de la santé sur Wikipédia reste très délicat, d'autant plus sur un sujet sensible, controversé, bloqué qui est celui de la remise en cause de l'innocuité des ondes... Même l'OMS n'aurait pas été une source fiable selon leurs dires, ni même celles d’articles dans lesquels ce chercheur apparaît en tant qu'"expert" identifié. Je pense aussi que mon opinion devait se "faire sentir" au travers de ma contribution, à cause de l'omniprésence des travaux de ce chercheur, même si j’ai veillé à la neutralité du ton et que j’ai par exemple mis le lien d'un pédopsychiatre de renom ou ai précisé que la France avait réfuté la nuisances des ondes. Cette expérience m'aura permis de voir que Wikipédia ne peut être un outil de vulgarisation scientifique que dans une moindre mesure. Cela m'a aussi donné envie de continuer à contribuer sur Wikipédia sur des sujets qui me plaisent en restant prudente sur la neutralité.
'''Marine''' :
Contributions personnelles: j’ai choisi ensuite de traduire un paragraphe de la page sur la ville de Birmingham issue du Wikipédia anglais. J’ai ainsi ajouté ce passage à la page de Birmingham sur le Wikipédia français. Cela concernait le sujet des musées et des galeries d'art de la ville. En effet sur le Wikipédia français, il n'y avait aucune information culturelle de ce genre.
Enfin, j’ai modifié quelques phrases et fautes d'orthographes concernant la page sur la ville de Pau, dont je suis originaire.
Problèmes rencontrés: j’ai eu quelques problèmes de sources à trouver notamment pour la contribution sur la page de Birmingham, mais rien de plus étant donné que la modification n'a pas été très importante.
Bilan de l'expérience personnelle: cette expérience a été des plus intéressante. En effet, ayant fait une première contribution en binôme, je voulais faire de nouvelles contributions différentes en étant seule, afin de continuer à appréhender l'outils qu'est Wikipédia et voir jusqu'où je pouvais aller.
J’ai donc créé un article à deux, puis j’ai traduit un paragraphe d'un Wikipédia étranger que j’ai ajouté au Wikipédia Français et j’ai corrigé des fautes sur une page. J’ai beaucoup apprécié découvrir cet outils de l'intérieur, qui demande de la rigueur dans les apports mais aussi un certain travail en amont pour que le tout soit fiable et permette de répondre à son but premier: la diffusion du savoir.
[[Catégorie:Projet terminé]]
nu5jf5kpm806qkyjwxmmar4fe989erf
881452
881451
2022-08-18T15:48:46Z
Crochet.david
317
Révocation des modifications de [[Special:Contributions/196.217.137.151|196.217.137.151]] ([[User talk:196.217.137.151|discussion]]) vers la dernière version créée par [[User:Crochet.david.bot|Crochet.david.bot]]
wikitext
text/x-wiki
{{Projet collaboratif|projet=Valoriser ses connaissances avec Wikipédia|image=People_together.svg|texte=
Cette page est dédiée à l'atelier « Valoriser ses connaissances avec Wikipédia »,
* Formation en Master I DEFI (Documents électroniques et flux d'information) et Master CRDM (Communication Rédactionnelle Dédiée au Multimédia)I dirigée par [http://www.u-paris10.fr/m-barbe-lionel-280226.kjsp Lionel Barbe], Maître de conférences à l'Université Paris Ouest Nanterre
* L'objectif est d'enrichir des articles de [[w:Wikipédia|Wikipedia]], liés au domaine des [[w:Sciences de l'information et de la communication|Sciences de l'information et de la communication]]
* Il s'agit d'une action coordonnée avec [[w:wikimedia France|Wikimedia France]], visant à développer des méthodes d'enseignement innovantes dans le cadre du [http://dep-infocom.u-paris10.fr/ département Information et Communication] de l'Université Paris Ouest Nanterre
}}
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== Objectif ==
La vocation de cette action est de travailler collectivement autour de contributions à Wikipédia tout en enrichissant ses propres connaissances. Les étudiants seront amenés, après un temps initial de prise en main de la syntaxe Wiki, à créer et diffuser des contenus sur Wikipédia.
== Calendrier ==
'''Sessions en présentiel''' :
Les sessions en présentiel sont organisées par demi-groupes :
Planning des séances :
De A à K compris :
* Le 28 janvier 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 11 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 4 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 18 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 01 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 15 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
De L à Z :
* Le 4 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 18 février 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 11 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 25 mars 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* Le 08 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408
* <s>Le 22 avril 2015, de 10h30 à 12h30 en DD 408</s>
'''Travail à distance'''
* Les étudiants du groupe n'ayant pas de séance en présentiel pendant la semaine devront consacrer à distance 3 heures au projet.
* Les tâches demandées sont notamment : Avancement du développement des articles Wikipédia, recherche d'informations et de médias en ligne, recherche d'informations et de médias en bibliothèques
'''Ordinateurs portables'''
* Il est conseillé aux étudiants qui disposent d'un ordinateur portable de l'amener en cours.
== Consignes aux étudiants : débuter sur Wikipedia ==
* Cette page a vocation à être enrichie au fur et à mesure par les étudiants qui signaleront leur travail dans les rubriques appropriées.
==== Création des pages Wikipédia utilisateurs ====
* La première étape pour chaque étudiant est la création d'une page Wikipédia à leur nom et prénom. Les étudiants souhaitant rester anonymes utiliseront leur prénom et les deux premières lettres de leur nom.
* Tous les étudiants doivent créer leur page utilisateur impérativement avant le 28 janvier car il ne sera pas possible de créer cette page en cours (4 comptes maximum depuis une salle de cours)
* L'identifiant Wikipédia est valable pour Wikiversité, il n’est pas nécessaire de créer un autre compte.
* sur sa page, chaque étudiant devra mentionner :
- Boite info : Participation à un projet pédagogique
- Lien vers la page Wikiversité du projet
- Lien vers la page Wikiversité du responsable du projet : Lionel Barbe
* Chaque étudiant doit ensuite remplir le tableau de correspondance des pseudos
'''À part ces informations, les étudiants peuvent personnaliser leur page à leur guise.'''
==== Liens utiles ====
Pour prendre connaissances des us et coutumes de Wikipédia, rien de tel qu'un tour d’horizon du projet.
<span style="font-size:1.1em">'''Chaque étudiant doit avoir parcouru au moins une fois chaque page qui suit :'''</span>
; Syntaxe Wiki : [[w:Aide:Syntaxe | Page d’aide Wikipédia sur la syntaxe wiki]]
; Boite utilisateur pour enrichir vos pages de présentation
: [[w:Wikipédia:Boîte Utilisateur]]
: [[w:Modèle:Boîte Utilisateur]]
; Conseils au contributeur en science : [[w:Projet:Sciences/Charte du contributeur en science sur Wikipédia |Charte du contributeur en science sur Wikipédia]]
; Éligibilité au statut "Bon article" : [[w:Wikipédia:Critères d’admissibilité des articles]]
; Comment rédiger un bon article : [[w:Aide:Comment rédiger un bon article]]
; Critères d'admissibilité des articles : [[w:Wikipédia:Critères d'admissibilité des articles]]
; Principes fondateurs de Wikipédia : [[w:Wikipédia:Principes fondateurs]]
; Le bistro de wikipédia : [[w:Wikipédia:Le Bistro]]
; L'avenue des cafés et bistros : [[w:Wikipédia:Avenue des cafés et bistros]]
; Le portail des sciences humaines et sociales : [[w:Projet:Sciences humaines et sociales]]
; Aide Wikipédia (l'indispensable en bref) : [[w:Aide:Wikipédia en bref]]
; Lien vers la page du coordinateur du projet : [[w:Utilisateur:Io |Lionel Barbe]]
; Insérer une image : [[w:Aide:Insérer une image]]
== Sélection d’articles ==
Cette année, deux thématiques seront privilégiées : les étudiants proposeront d'autres articles au fur et à mesure. Une rubrique "Divers" est également créée.
=== Internet, médias, communication ===
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| [[w:Sciences de l'information et de la communication|Sciences de l'information et de la communication]] || ||
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| [[w:Offre de formation en sciences de l'information et de la communication|Offre de formation en sciences de l'information et de la communication]] ||||
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| [[w:Portail:Médias|Portail : Médias]] || ||
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| [[w:Biens communs|Biens communs]] || ||
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| [[w:Portail:Internet|Portail : Internet]] || ||
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| [[w:Portail:Sciences_de_l'information_et_des_bibliothèques|Portail : Sciences de l'information et des bibliothèques]] || ||
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| [[w:Wikipédia|Wikipedia : Wikipedia dans l'enseignement]] || [[w:Utilisateur:MarineLrre|MarineLrre]] [[w:Utilisateur:Annesofrx|Annesofrx]] || Terminé
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| [[w:Pascal Froissart|Pascal Froissart]] ||[[w:Utilisateur:phaasM1]] / [[w:Utilisateur:phaasM1]]|| En cours
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| [[w:Catégorie : chercheur en communication]] || ||
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| Abcdrduson : Site spécialisé sur le rap || [[w:Utilisateur:Samyamri|Samyamri]] [[w:Utilisateur:Fabien.gr|Fabien.gr]] || En cours
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| [[w:Analogiste|Analogiste]] || ||
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| [[w:Internet.org|Internet.org]] || [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]] / [[w:Utilisateur:Vik's Adp|Vik's Adp]] || En cours
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| [[w:Génération Z|Génération Z]] || [[w:Utilisateur MarineDef|MarineDef|Manon-Fraise|Lucie04]] || En cours
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| [[w:Biens communs numériques|Biens communs numériques]] || ||
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| [[w:Copyfraud|Copyfraud]] ||
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| [[w:Enclosure informationnelle|Enclosure informationnelle]] || [[w:Utilisateur:sembenis|sembenis]] || En cours
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| [[w:CRIJ Bretagne]] || [[w:Utilisateur:MeganeG|MeganeG]] / [[w:Utilisateur:c.gautier56|c.gautier56]] || En cours
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| [[w:Youtubeur|Youtubeur]] (compléter un article déjà existant) || [[w:Utilisateur:Leilaa_b|Leilaa_B]] || En cours
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| [[w:Lecture savante|Lecture savante]] || ||
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| [[w:Science des données|Science des données]] || [[w:Utilisateur:laurentngandu|Laurent]] || Terminé
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| [[w:Simon Chignard|Simon Chignard]] || [[w:Utilisateur:Vath|Vath]] || En cours
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| [[w:FING|FING]] || ||
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| [[w:Jacques-François Marchandise|Jacques-François Marchandise]] || [[w:Utilisateur:Kougoum|Kougoum]]/[[w:Utilisateur:Kouame|Kouame]] || En cours
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|[https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Spécial:Pages_liées/Modèle:Sources_secondaires&from=90508&back=0 Pages contenant le modèle "sources secondaires"] || ||
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|[https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Spécial%3APages+liées&target=Modèle%3AÉbauche&namespace= Pages contenant le modèle "Ebauche"] || ||
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| [[w:Marc Hiver|Marc Hiver]] || laurathom,sandvp || En cours
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| [[w:Web-documentaire|Web-documentaire]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG]] || Terminé
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| [[w:Philippe_Bouquillion|Philippe Bouquillion]] || [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]]) || Terminé
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| Traduction compléte de la page Rafael Barba (De l'anglais au français)
|| [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]])
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| [[w:Bruno Bachimont|Bruno Bachimont]] || [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG]] || Terminé
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| [[w:Théorie de la communication à double étage|Théorie de la communication à double étage]] || [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Lucie Bi]] || Terminé
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| [[w:Veille_stratégique|Veille stratégique]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] || En cours
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|[[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] || [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]] || En cours
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|[[w:L'utopie de la communication|L'utopie de la communication]] || [[w:Utilisateur:Guettachey|Guettachey]] || Terminé
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|[[w:Usages et gratifications|Usages et gratifications]] || [[w:Utilisateur:Guettachey|Guettachey]] || Terminé
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| [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]] || [[w:Utilisateur:Marion.Lem|Marion.Lem]] || Terminé
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| [//fr.wikipedia.org/wiki/Éditorialisation] Editorialisation
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=== Médiation / Vulgarisation scientifique ===
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| [[w:Benoit Reeves|Benoit Reeves]] || [[w:Utilisateur:BourgeoisYo|BourgeoisYo]] || En cours
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| [[w:Pierre Barthélémy|Pierre Barthélémy]] || ScarlettNasri || En cours
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| [[w:Passeur de sciences|Passeur de sciences]] || ||
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| [[w:Jean-Paul Fritz|Jean-Paul Fritz]] || Lucie Bi ||En cours
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| [[w:Chroniques de l'espace-temps|Chroniques de l'espace-temps]] || ||
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| [[w:Vulgarisation|Vulgarisation]] || ||
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| [[w:Catégorie:Vulgarisation_scientifique|Catégorie : vulgarisation]] || ||
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| [[w:Catégorie:Journaliste_scientifique|Catégorie : Journaliste_scientifique]] || ||
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| [[w:Animation_scientifique|Animation scientifique]] || Sophie Bordes || Terminé
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| [[w:Illustris|Illustris]] || [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Lucie Bi]] || En cours
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| [[w:Projet génographique|Projet génographique]] || ||
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| [[w:Bisphénol S|Bisphénol S]] || ||
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| [[w:Silvana Condemi|Silvana Condemi]] || [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]] ([[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]] et [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]])
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=== Divers ===
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| [[w:John Moore (photographe)|John Moore]] || [[w:Utilisateur:HDD James|James Haddadi]] || Terminé
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| [[w:Louis Marie Desprez|Louis Marie Desprez]] || Laura Hoummad || Terminé
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|[[w:Wedding_Dash_(série)|Wedding Dash]]
|[[Utilisateur:Periodistaa|periodistaa]]
|Terminé
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| [[w:Jean-Michel Salaün|Jean Michel Salaün]] || Firouze Betou || Terminé
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| [[w:Alimentation durable|Alimentation durable]] || Lucie Bi || Terminé
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| [[w:Kebab Nabab|Kebab Nabab]] || Kouame Kougoum || En cours
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| [[w:Matthew_McCaslin|Matthew McCaslin]] et [[w:Derek_Lam|Derek Lam]] (Trad. français des deux articles)
|| Jennifer Walheim ||Terminé
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| [[w:Dante Gabriel Rossetti|Dante Gabriel Rossetti]] || Andrée Yacé || Terminé
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| [[w:Artips|Artips]] || [[w:Utilisateur:Be greeeen|Be greeeen]] || Terminé
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| [[w:Wings for Life World Run|Wings for Life World Run]] || |[[w:Utilisateur:etetrel|etetrel]] || En cours
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| [[w:My little box|My little box]] || [[w:Utilisateur:meganelp|meganelp]] || En cours
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| [[w:Liquidfeedback|LiquidFeedback]] || [[w:Utilisateur:Marion.Lem|Marion.Lem]] || Terminé
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| [[w:Miroirs et Fumées|Miroirs et Fumées]] || Maarmar || En cours
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| [[w:L'Éléphant (revue)|L'Éléphant (revue)]] || [[w:Utilisateur:Be greeeen|Be greeeen]] || Terminé
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| [[w:Carte_heuristique|Carte heuristique]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] || En cours
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| [[w:Valeria Gaï Germanica|Valeria Gaï Germanica]] || [[w:Utilisateur:Eleonora Rudakova|Eleonora Rudakova]] || En cours
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| [[w:ro:Manuel_Valls|Manuel Valls]](Roumain)
|| [[w:Utilisateur:LauraPUR|LauraPUR]] || En cours
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| [[w:Sites touristiques de Paris|Sites touristiques de Paris]] || tnvo15 || En cours
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| [[w:Posh Isolation|Posh Isolation]] || [[w:Utilisateur:Guettachey|Guettachey]] ||
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| [[w:Barre_au_sol|barre au sol]] || [[w:Utilisateur:julialh|julialh]] || En cours
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| [[w:Cyberharcèlement|Cyberharcèlement]] || [[w:Utilisateur:Aurore_Rbd|Aurore_Rbd]] || En cours
|-
|[[w:Temple_Run|Temple Run]]
|[[w:Utilisateur:Amoraiida|Amoraiida]]
|En cours
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| [[w:Abdullah Al-Baradouni|Abdullah Al-Baradouni]] || [[w:Utilisateur:Niazyqassim|Niazyqassim]] || En cours
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| [[w:Suzy Menkes|Suzy Menkes ( contribution article anglais) ]] || [[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]] || En cours
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| [[w:Claudio Descalzi (Trad.Italien) ]] || [[w:Utilisateur:M.goma]] || Terminé
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| [[w:Le Contouring|Le Contouring]] || [[w:Utilisateur:Manja ANDRIA|Manja ANDRIA]] || En cours
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| [[w:SAEMO|SAEMO]] || [[w:Utilisateur:Manja ANDRIA|Manja ANDRIA]] || En cours
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|[[w:Cheryl_Strayed|Cheryl Strayed]]
|SophBordes
|En cours
|-
| [[w:Maus|Maus]] || [[w:Utilisateur:kadie.sy|kadie.sy]] || En cours
|-
| [[w:Judith Butler|Judith Butler]] || [[Utilisateur:Duptom89|Duptom89]] || Terminé
|}
== Tableau de correspondance pseudos/noms ==
'''La solution idéale pour les étudiants est d’utiliser "prénom nom" comme pseudo. Néanmoins, si vous préférez ne pas apparaître sous votre identité ou si vous préférez utilisez un pseudo, vous indiquerez dans le tableau ci-dessous la correspondance :'''
"pseudo wikipedia" > "prénom" "deux premières lettres du nom"
== Avancement des travaux ==
'''Cette section est très importante. Vous y inscrirez au fur et à mesure les travaux effectués. Les informations indiquées dans cette section permettront d'évaluer votre travail.'''
=== Modèle de présentation ===
Vous suivrez ce modèle de présentation :
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Collaboration à l'écriture de la page wikipédia du label parisien indépendant "''' Born Bad '''"
==== Problèmes rencontrés ====
==== Bilan individuel de cette expérience ====
J’ai appris à écrire un lien interne pointant vers une autre page wikipédia.
=== " Exemple '' '' ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: exemple]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
==== Bilan des articles auxquels j'ai/nous avons participé ====
Notre article sur le twitter chinois ...
=== Samy Amri/Fabien Grimaud ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Fabien.gr|Utilisateur: Samy Amri Fabien Grimaud]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Fabien.gr|Discussion Fabien Grimaud]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/ Fabien.gr|Fabien Grimaud Samy Amri]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé : création de la page : abcdrduson (site) ====
Nous avons crée avec Samy Amri, la page du site consacré au rap : abcdrduson.com, toutes nos contributions ont été faite à partir de mon profil. Nous n’avons pas encore eu de réponse quant à la relecture de Wikipédia sur notre fiche. Nous avons été tout d’abord trouvé très étonné de ne trouver aucune référence à ce site sur Wikipedia puisqu’il s'agit d'un média très respecté en matière de rap français et américain.
==== Problèmes rencontrés ====
Au niveau du contenu, nous voulions d’un commun accord, parler d’un site de rap relativement connu et crédible qui s’est établi comme une référence d’autant plus que la presse écrite (magazine) n’existe quasiment plus. Notre principal problème fut que nous manquions de sources écrites étant donné qu’il s’agit d’un site internet. Nous nous sommes rabattu sur des interviews des rédacteurs de ce site ainsi que de plusieurs articles de sites de quotidiens nationaux (Le Monde, Libération, Slate) qui interroge ces rédacteurs sur des questions liés au rap ce qui prouve leur réputation sérieuse. Certains articles ne faisait que mentionner le site mais il était toujours référencé comme un des meilleurs webzine en matière de rap. Cela a causé une certaine frustration chez nous puisque nous connaissions très bien le média et nous nous sentions capable d’en parler sans dénaturer le site en lui même, les sources ont été une grande barrière pour nous que nous avons réussi a surmonter tant bien que mal.
Nous avons eu quelques difficultés par rapport à la mise en page notamment les codes que nous avons finalement réussi à appréhender plus facilement en s'inspirant de code source de pages déjà existantes. Nous ne pouvions mettre de photo car elles ne sont pas libres de droit.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Fabien :
Participer à un tel projet à deux, m'a permit de comprendre les enjeux du principe de travail collaboratif. Il m'a montré que Wikipédia peut réellement être une source de recherches scientifiques auxquels chacun peut participer.
Les différentes contraintes du principe de Wikipédia : (sources, neutralité,mise en page…) prouvent sa volonté d’être un outil scientifique crédible.
Samy :
J'avais déjà essayé de modifier un article sur wikipedia (sans être au courant des règles intrinseques au site) il y a quelques années ce qui n'vaait pas été fructueux. Participer à un projet sur wikipedia m'a permis de me rendre compte de l'exigence d'un site tel que celui-ci et de l'énorme dimension collaborative dont il dépend. Cela m'a personnellement enrichi en me permettant de parler d'un sujet qui me parle malgré nos difficltés à sourcer nos informations. Si notre page est accepté par la communauté, cela représenterai une réelle réussite à mes yeux car les critères de sélections sont très exigeant mais aussi et surtout parce que l'abcdr mérite amplement une page wikipedia de part leur investissement et leur honnêteté quant à leur démarche.
=== James HADDADI ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:HDD James|James Haddadi]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:HDD James|Discuster avec moi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/HDD James|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:John Moore (photographe)|John Moore]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai réalisé un article sur un photoreporter de Getty Images.
==== Problèmes rencontrés ====
* L'appréhension de wikipédia (sa mise en forme et son code) ne m'a posé aucun problème, c’est très intuitif et le copier-coller d'une partie de code déjà existante rend la chose très rapide. Cependant dans cet exercice, j’ai eu plus de difficultés quant à la partie récupération des informations, en effet, si l’utilisation technique de wikipédia m'a demandé quelques minutes, la recherche du sujet à réaliser m'a demandé plusieurs semaines.
* De plus, obtenir des informations sur internet sur une personne peu connue d'un grand public se révèle rapidement limité. Je me suis rendu compte que 99% des sources parlants de mon photographe pratiquent le simple "copier-coller" du contenu qu’ils ont trouvés précédemment. Le résultat est que presque toutes mes sources ont les mêmes phrases...
* J’ai attendue d’avoir mon article structuré et sourcé au maximum avant de le publier, pour le moment je n'ai aucun retour dessus, ce qui me semble une bonne nouvelle (?). Je n'ai pas mis de photographie n'en ayant aucune libre de droit sur internet. (je dois envoyer un mail à la personne lui demandant gentiment une photo à me donner).
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Je suis content d’avoir fait ce travail, le sentiment de contribution à un ensemble se fait sentir, aussi petite ma contribution est-elle, je suis assez content de l'avoir fait, comme un petit accomplissement valorisant.
* Ce fut surtout l’occasion de lire un maximum sur un sujet qui m'intéresse et par sérendipité trouver de nombreux contenus m'intéressant particulièrement dans des projets pro. avenir.
==== "Mariame Maarouf" ====
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Maarmar|Utilisateur:Maarmar]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Maarmar|Discussion Maarmar]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
J’ai commencé par corriger des articles afin de me familiariser avec la syntaxe wikipédia et l’utilisation du wikicode . Ensuite, j’ai enrichie deux articles concernant des oeuvres de l'auteur Louis Bromfield. J’ai terminé en créant la page du recueil ''Miroirs et Fumées'' de Neil Gaiman. Pour ce faire j’ai repris le modèle d'un autre recueil du même auteur. La page a été validée mais il a quand même été rajouté un bandeau pour motif de source insuffisantes.
=== Problèmes rencontrés ===
Le principal problème rencontré a été la copie du wikicode du recueil sur lequel j’ai pris exemple puisque, faute d'une mauvaise manipulation j’ai modifié cette page plutôt que celle que je voulais créer (modification qui consistait en la suppression d'une importante partie de la page).
Lors de l'ajout de ma section sur la page wikiversité, j’ai aussi éprouvé quelques difficultés puisque ma page ne voulait pas s'enregistrer pour cause de "Publicité fréquente".
=== Bilan individuel de cette expérience ===
Ce cours m'a appris comment utiliser un wiki ce que je n’avais jamais fait auparavant avec le statut de participant. J’ai aussi pu approcher un nouvel aspect du travail collaboratif. Ceci dit, j’ai encore quelques difficultés à comprendre la pertinence de ce cours dans le cadre du master DEFI toutefois quand il m’est arrivé à deux reprises de mentionner ce cours lors d'entretiens pour des stages, les recruteurs semblaient trouver l’idée plutôt intéressante.
=== Firouze BETOU ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Ezuorif]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Ezuorif |Discussion Ezuorif]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Ezuorif|Ezuorif]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Jean-Michel Salaün|Jean-Michel Salaün]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Jean-Michel Salaün'''
* Je rédige un article sur un chercheur en sciences de l'information. Imaginer une structure ''ad hoc'' pour cet objet documentaire a été une première difficulté.
Je souhaitais publier un contenu non figé pour susciter l'écriture collaborative et qui s'inscrive dans la tradition "wikipédienne". Les bandeaux "admissible" et "ébauche" ont été retirés après un travail de recherche de références valides et de synthèse. Une requête diplomatique à trouvé une suite favorable après d'un des administrateurs.
==== Problèmes rencontrés ====
* L'image que j’ai identifié comme libre de droits sur le site "babelio" a été retirée de la plateforme wikicommons et donc de mon article. Ce n’est pas dérangeant car des
moocs en ligne et autres interviews de Jean-Michel salaün circulent sur le Web. En, outre l'image n’est pas le point fort de cet article: il s'agit de présenter le travail d'un scientifique.
J’ai rencontrés des difficultés d'ordre technique. L'enregistrement des modifications n'a pas eu lieu à plusieurs reprises.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Par ce travail, j’ai pu manifester mon intérêt pour les travaux de Jean-Michel Salaün et créer une page qui n'existais pas. J’ai compris le fonctionnement et les difficultés du travail collaboratif.
En tant que nouvel arrivant dans la communauté, il faut se plier à certaines règles et accepter que d'autres interviennent librement sur son travail.
=== Youri BOURGEOIS ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: BourgeoisYo]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: BourgeoisYo |Discussion BourgeoisYo]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/BourgeoisYo|BourgeoisYo]]
* La page créée pour Benoît Reeves: [[w:Benoît_Reeves]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Benoît Reeves'''
* J’ai pu regrouper pas mal d'informations en ligne sur Benoit Reeves grâce à son site web et sa page LinkedIn ainsi que le site de son père. J’ai aussi trouvé plusieurs articles de presse attestant de ses nombreuses activités souvent liées à son père, mais pas que. Je lui ai également envoyé un mail pour confirmer les informations présentes sur sa page, qu’il n'a pas infirmées. Cet article me semble avoir sa place sur Wikipédia car Benoit Reeves semble bénéficier d'une notoriété grandissante notamment grace aux nombreuses conférences qu’il organise régulièrement. J’ai appuyé mon article de plusieurs sources et de références (son site et celui de son père, article du Ouest France, Le Dauphiné, etc). En revanche je n'ai malheureusement pas pu lui attribuer d'image parce qu’il n'y en avait pas déjà sur Wikipédia et que je n'en ai pas trouvé de photo libre de droits. Cependant un autre utilisateur a apparemment pu lui attribuer une image. Les informations de la page restent tout de même relativement complètes même si la catégorie Conférence pourrait éventuellement susciter l'écriture collaborative en étant régulièrement mise à jour.
==== Problèmes rencontrés ====
* (Comme vous le savez) Ma page a d’abord été supprimée, car une autre page dédiée à Benoît Reeves avait déjà été supprimée. Je l'ai donc soumise à une procédure de restauration en y ajoutant des sources supplémentaires et en argumentant sur la notoriété et le travail de l'intéressé. Globalement l'expérience m'aurait permis de me rendre compte de la difficulté de présenter un article sur Wikipédia ainsi que des sources de façon pertinente. Aussi, bien que j'aie réussi à intégrer une image à ma page d'utilisateur, cela s'est également révélé être plus complexe que je le pensais.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce travail a été une expérience nouvelle et enrichissante puisque je n’avais jamais contribué à Wikipédia. J’ai pu ainsi découvrir l'esprit communautaire (pour le meilleur et pour le pire) du travail collaboratif, à travers le bistrot et les autres espaces de discussions. J’ai aussi découvert les différentes hiérarchies attribuées aux collaborateurs. Et pour finir la procédure de création et publication d'un article notamment en travaillant ces sources. Ce travail a donc enrichi ma vision de la plateforme et m'incitera sûrement à contribuer davantage.
=== Andréeya ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Andréeya]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai choisi de traduire la page anglaise du peintre Dante Gabriel Rossetti. S'il existait bel et bien une page française sur l’artiste, celle-ci ne contenait que des informations succinctes. La version anglaise affichant une biographie complète et une véritable analyse des œuvres du peintre, j’ai essayé de la retranscrire le plus fidèlement possible.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n’ai rencontré aucun problème particulier, en ce qui concerne la mise en page ou l’utilisation des codes wikipédia. Au jour d’aujourd’hui (30 mars), mon article a subi quelques corrections de la part des contributeurs mais n’a pas été supprimé. Là où ça a été plus ardu, c’est au niveau de la traduction elle-même. L’article original contenant de nombreux termes relatifs au monde de l’art et de la peinture, ainsi qu’un vocabulaire assez pointu dans ce domaine, il était parfois difficile de trouver une traduction exacte. Il en va de même pour certaines expressions idiomatiques ou tournurse de phrase.
Autre problème: l’article anglais faisait parfois référence à des personnalités du monde de l’art plus ou moins connu au Royaume-Uni, mais à la notoriété assez limité en France. La question de savoir si garder certaine partie du texte original apportait une pertinence quelconque au texte français, est très souvent revenue.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
L’expérience a été enrichissante. Outre le fait qu’elle m’ait permis de m’exercer à la traduction, j’ai, grâce à cette atelier, pu compléter et enrichir de manière significative une page. J’ai également découvert le wikicode, chose à laquelle je ne m’étais auparavant jamais intéressé, et ait rapidement appris à l’utiliser.|}|}|}|}|}|}|}
=== Niazyqassim ===
* ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Niazyqassim|Niazyqassim]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai décidé de traduire un article Arabe vers Français car l’article n’existe pas en Français et j’ai essai de compléter au mieux cet article.
==== Problèmes rencontrés ====
* la suppression d’article suite à un manque de sources;
* la recherche de source et de références ;
* mettre une photo n’existe pas sur Wikimédia Commons;
* la mise en forme de l’article en respectant la typographie, les liens internes, etc.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Avec toues les problèmes rencontrés sur Wikipedia, mon Bilan individuel de cette expérience m’a permet de connaitre le fonctionnement de ce site et d’être capable de publier des articles.
=== Jennifer Walheim ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Jennifer.wa]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Jennifer.wa |Discussion Jennifer.wa]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Jennifer.wa|Jennifer.wa]]
* Les pages de traduction en français créées pour [[w:Matthew McCaslin|Matthew McCaslin]] et pour [[w:Derek Lam|Derek Lam]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction d'un article sur '''Matthew McCaslin''' et traduction d'un article sur '''Derek Lam'''
* Contrairement à la création d'un article, la traduction des articles offre l'avantage d’avoir au préalable une trame qui facilite l'apprentissage. Cette trame permet également de comprendre les mécanismes de rédaction sur Wikipédia. En plus de la traduction des pages anglaises, j’ai tenté de rajouter des informations concernant l'artiste contemporain et le designer, tous deux américains.
Ainsi je me suis appuyée d’articles et de sites complémentaires pour la rédaction des informations nouvelles. Par la suite, j’ai tenté de rajouter des images mais rien n'était disponible sur Wikipédia Commons et il était très compliqué de trouver des images libres de droits.
==== Problèmes rencontrés ====
* La partie la plus compliquée pour ma part reste l'ajout des images. En effet, pour l’article de Matthew McCaslin, j’ai pu trouver une image sur un blog qui ne mentionnait pas de copyright. J’ai alors cité la source quant à l'ajout de cette image avec le nom du blog, la personne qui avait pris la photo. Mais cette dernière a été supprimé de Wikipédia Commons. Il semblait alors que les images qui ne spécifiait par qu'elle était entièrement libre de droits, étaient automatiquement supprimer. Du moins il me semble.
Je n'ai pas retenté l'expérience pour l’article de Derek Lam et impossible de trouver des photos libres de droits.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Ce travail est pour moi une expérience inédite et complémentaire d'une première expérience dans la logistique d'une organisation d'un "Edit-a-thon" organisé par le musée des Arts Décoratifs en mars 2014. J’ai pu alors contribuer avec l'apprentissage du wikicode et me mettre dans la peau d'un contributeur.
Cette expérience permet également de balayer les éventuels aprioris sur l'illusion de la facilité que représente la création d’articles ou l'ajout éventuel de photo. Outre les aprioris et aussi énervant que cela puisse être, cela reste rassurant de voir que les pages sont tout de même très surveillées.
=== Laura Hoummad ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: LauraHou]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: LauraHou |Discussion LauraHou]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/LauraHou|LauraHou]]
* La page créée pour [[w:Louis Marie Desprez|Louis Marie Desprez]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Louis Marie Desprez'''
La rédaction de cet article s'inscrit dans la continuité d'un travail de mémoire de recherche réalisé l'année précédente sur le procès de Louis Desprez. J’ai profité de mes connaissances acquises précédemment pour créer cet article, mais j’ai également réalisé plusieurs recherches complémentaires.
L'avantage de rédiger un nouvel article a été pour moi de réaliser un travail complet puisqu’il m'a fallu non seulement apprendre les règles syntaxiques de Wikipedia, mais il m'a également fallu faire un travail de recherche et de rédaction suffisamment poussé afin que l’article ne soit pas supprimé.
==== Problèmes rencontrés ====
Le premier problème rencontré a été pour moi l'assimilation de la syntaxe wiki. J’ai du retourné de nombreuses fois sur la page d'aide de Wikipedia pour bien comprendre les règles, notamment pour l'insertion des références qui n’est pas intuitive pour une personne débutante.
Mon deuxième problème a été l'insertion d'une image. La démarche a effectué n'était pas simple à réaliser sans la page d'aide fournie à cet effet. Ce n'est qu'en suivant scrupuleusement les étapes que j’ai pu insérer mon image sans trop de difficulté.
Dans tous les cas, pour un utilisateur débutant, il semble presque impossible de rédiger un article syntaxiquement correcte sans l'aide apportée par les pages Wikipedia qui a constitué un plus pour moi.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Grâce à ce projet collaboratif, je me suis rendue compte que la rédaction d'un article n'était, bien au-delà de tout ce que j’avais imaginé, pas une chose simple à réaliser. Il m'a fallu ajouter de nombreuses sources, créer une structure suffisamment élaborée pour que mon article soit recevable.
Ce projet a été une très bonne expérience pour moi, il m'a permis de valoriser mon travail sur Louis Desprez et de collaborer à l'enrichissement de l'encyclopédie Wikipedia.
J’ai également trouvé très intéressant l’idée d'apprendre les codes syntaxiques afin d'insérer une boîte utilisateur, de créer des liens vers d'autres pages et de mettre en forme du texte.
J’ai aussi surtout compris et assimilé la charte Wikipédia sur laquelle repose constamment l’idée de collaboration que je trouve intéressante.
=== Leila Bekkar ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Leilaa_b|Utilisateur:Leilaa_b]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Leilaa_b|Discussion Leilaa_b]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia : [[w:Spécial:Contributions/Leilaa_b|Leilaa_b]]
* La page modifiée sur les "youtubeurs" : [[w:Youtubeur|Youtubeur]] et ajout sur la page du [[w:Contouring|contouring]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur les "youtubeurs"
Etant passionnée de Youtube et de ce qui se publie sur la plateforme, je suis allée voir si une page Wikipédia sur les "youtubeurs" existait déjà. Il y en avait en effet une qui était incomplète, j’ai donc décidé d'y apporter mes connaissances. D'ailleurs, lorsque j’ai recherché la page Wikipedia, elle se trouvait sur la seconde page de Google tandis qu'elle figure sur la première à présent. La rédaction de cet article part donc d'un réel intérêt pour le sujet et de connaissances personnelles dues à ma grande activité sur Youtube. L'avantage de cet article a été de pouvoir juger de mes connaissances en parallèle avec les sources qui confirmaient ou non mes pensées.
En ce qui concerne la page sur le "contouring", j’ai ajouté une phrase expliquant que les youtubeuses beauté avaient davantage démocratisé la technique en publiant des vidéos démonstratives sur la plateforme YouTube.
==== Problèmes rencontrés ====
Pour moi, le problème principal que j’ai rencontré réside dans les modifications venues d'autres internautes qui ne correspondaient pas tout à fait à ce que je souhaitais faire sur cette page. D'ailleurs, certaines modifications contenaient des fautes d'orthographe ce qui ajoutait une charge en plus à mon travail.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif m'a permis de voir le fonctionnement de wikipédia, bien plus simple que ce que j'aurai pu penser à l'origine. Le wikitext est simple à comprendre et ne m'a posé aucun problème. Ceci dit, la rédaction de l’article en lui même était complexe notamment pour citer les sources. Beaucoup de mes connaissances sur Youtube étaient personnelles et aller chercher des sources qui les confirmaient ne fut pas une tâche simple. Egalement, la dimension "collaborative" qui forme la base de Wikipedia m'a quelque peu perturbée surtout sur les changements de mon article que je ne voyais pas de cette manière. Ceci dit, les connaissances apportées par les autres internautes ont apporté une plus-value à l’article et c’est ce qui importe le plus.
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=== Sophie Bordes ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Sophbordes|Utilisateur:Sophie Bordes]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Sophbordes|Discussion Sophie Bordes]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia : [[w:Spécial:Contributions/Sophbordes|Sophie Bordes]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction & rédaction de la page sur Cheryl Strayed (en Français) et ajout d'éléments à la page Animation Scientifique
J’ai beaucoup apprécié travailler sur l’article sur l'animation scientifique notamment en "amont", c'est-à-dire trouver les sources fiables, organiser l’article etc. C'était très intéressant de devoir combiner des compétences techniques tout en devant mettre en pratique ses capacités rédactionnelles et synthétiques.
J’ai également appris beaucoup de choses sur l'animation scientifique, un sujet que je ne connaissais pas du tout.
Au sujet de l’article sur Cheryl Strayed, j’ai pu utiliser mes capacités en anglais pour traduire l'article, ce qui est toujours un bon entraînement pour s'améliorer. Pour le coup, c’était plus facile puisque j'étais déjà plus à l'aise avec Wikipedia et que je me "contentais" de traduire.
Je suis assez satisfaite de mon travail puisque aucun de mes articles n'a été supprimé, je pense donc avoir plutôt bien compris comment marchait Wikipedia.
==== Problèmes rencontrés ====
Au début, j’ai eu un peu de mal avec la manière de rédiger les articles et j’ai plus souvent utilisé le code "simple" que les balises à devoir ajouter soi-même parce que c’était plus facile. D'habitude, je me débrouille plutôt bien avec l'HTML etc. mais là c’était très différent de ce que je voyais d'habitude (sur wordpress, blogger ou tumblr). Mais je m'y suis fait peu à peu et cela m'a permis de sortir un peu de ma zone de confort.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
C'était vraiment intéressant et vraiment bien. Déjà, parce que nous étions autonomes et cela permet de se familiariser à son rythme avec la plateforme et les outils. Ensuite, parce que je n’avais jamais trop osé m'aventurer dans les "coulisses" de Wikipedia. Cela m'avait l'air très compliqué et d’être une communauté assez fermée. Au final, je me rends compte qu'en se débrouillant un peu cela reste intuitif et donc plutôt simple d'utilisation. Et je suis assez fière d’avoir apporté ma petite contribution.
=== Nathalie Djonda ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Nathalie Djonda|Utilisateur:Nathalie Djonda]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Nathalie Djonda|Discussion Nathalie Djonda]]
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==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Traduction et rédaction de la "Gambie de Wikipédia anglaise à Wikipedia en Français"
Travailler sur Wikipédia a été une grande opportunité pour moi. Étant anglophone, j’ai utilisé mes compétences de la langue anglaise, pour traduire l'histoire de la Gambie de la langue anglaise à la langue française. J’ai beaucoup appris lors de ce travail. Cela m'a permis d’améliorer mes connaissances car j’ai fait beaucoup de recherches complémentaires pour pouvoir faire la traduction et écrire l'article, mais aussi de pouvoir contribuer au projet de Wikipedia. J’étais ravie de voir que mon article n’était pas supprimé; ce qui me prouve que j’ai fait un excellent travail.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n'ai pas rencontre un problème majeur durant mon travail. Mais ce qui m'avait un peu dérangé, c’est le fait que certains internautes modifient l’article n’importe comment et le laisser après pour que je revienne corriger. Cela avait un peu perturber ma rédaction au commencement.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet de l’Édition Numérique de Mr. Lionel Barbe m'a permis d’acquérir assez de connaissance sur Wikipedia. J'avais depuis quelques années souhaité travailler avec Wikipedia. Donc pour moi s'est une grande opportunité. La rédaction était facile mais c’est la création des sources qui était un peut difficile. Mais je suis contente que cette difficulté m'a amené à apprendre à mettre les sources. Aujourd’hui je suis fière d’avoir compati à la rédaction de la page de la Gambie en Français sur Wikipedia, c’est ce qui est le plus important.
=== Lucie BIGO ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Lucie Bi|Utilisateur:Lucie Bi]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Lucie Bi |Discussion Lucie Bi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Lucie Bi|Contributions Lucie Bi]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai commencé par simplement traduire un article de l'anglais au français, pour me familiariser avec l’utilisation de Wikipédia. J’ai donc parcouru le portail "ébauches" de la plateforme, et j’ai décidé de rédiger l’article français consacré à la [[w:Mère_Noël|Mère Noël]].
* J’ai ensuite décidé de m’atteler au thème de l’[[w:alimentation_durable|alimentation durable]]. Je me suis pour cela appuyée sur des sites internet et un livre emprunté à la bibliothèque. Avant de publier mon article, je l'ai soumis à l'espace de relecture. J’ai reçu de nombreux conseils concernant les règles de typographie, de référencement, et les liens (je n’avais pas fait attention aux pages d’homonymie). J’ai donc beaucoup appris et j’ai pu publier cet article en bonne et due forme.
* J’ai ensuite rédigé l’article sur la [[w:théorie_de_la_communication_à_double_étage|théorie de la communication à double étage]] ; nous avions abordé ce concept au premier semestre et je me souvenais qu’il n'y avait quasiment pas d'informations sur Wikipédia.
* Enfin, j’ai créé la page du projet [[w:Illustris|Illustris]], mais je n’avais plus assez de temps pour un faire un article approfondi et complet (sans compter de la difficulté de vulgariser des données aussi techniques), je l'ai donc publié en tant qu'ébauche.
* J’ai également amélioré le style de l’article [[w:application portable|application portable]], qui n'était pas rédigé dans un style encyclopédique et ne respectait pas vraiment les règles typographiques.
==== Problèmes rencontrés ====
J’ai voulu créer la page de Jean-Paul Fritz, journaliste de vulgarisation scientifique. J’ai donc commencé un brouillon puis je l'ai contacté pour lui demander une photo. Il m'a alors répondu qu’il préférait ne pas être sur Wikipedia car il estimait ne pas répondre aux critères de notoriété de la plateforme. Il est vrai que je n’avais quasiment pas trouvé de sources indépendantes; je m'étais appuyée presque exclusivement sur son blog, les sites pour lesquels il écrit, et son profil linkedin.
Hormis cela, je n'ai pas eu de problèmes sur les articles publiés. La prise en main a été rapide et assez simple.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce module m'a permis d'apprendre que les règles de publication sont très strictes sur Wikipedia et que les pages sont sans cesse corrigées voire supprimées. Ce module très concret nous a permis de collaborer à une plateforme que tout le monde utilise en tant que visiteur mais très peu en tant que contributeurs. Je n'imaginais pas non plus qu’il existait tant de règles typographiques à respecter.
=== Mégane Gambaretti ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:MeganeG|Utilisateur:MeganeG]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:MeganeG|Discussion MeganeG]]
* La page créée pour le CRIJ Bretagne (supprimée) lien vers le brouillon : [[w:Utilisateur:MeganeG/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur le "CRIJ Bretagne" ====
Étant de Rennes, nous savons que beaucoup de jeunes se rendent au CRIJ Bretagne pour de multiples raisons (chercher un job d'été, projet de voyage ...) et qu’il participe également à la création de nombreux évènements tels que des festivals. Il fait partie intégrante de la vie rennaise. Nous avons vu qu’il n'y avait aucune page wikipédia dédiée à cette organisation, c’est la raison pour laquelle nous avons décidé de nous y intéresser.
Concernant nos sources d'information, nous sommes tout d’abord aller voir sur le site officiel du CRIJ. Puis nous avons tapé sur Google "CRIJ Bretagne" pour trouver différentes sources qui y faisaient références. Nous avons trouver différents articles de sources fiables telles qu'Ouest-France, Rennes-maville ou encore le télégramme.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré lors de la création de notre page wikipédia sur le CRIJ Bretagne (Centre Régional d'Information jeunesse) a été la suppression de notre page à deux reprises. Alors que nous pensions avoir un nombre de sources suffisant et qui sont fiables, notre page a été supprimée par des administrateurs différents pour cause : "ne répond pas aux critères d'admissibilité".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Cette expérience m'a montrée qu’il était pas si facile de faire valider sa page sur Wikipedia. Wikipedia étant réputé comme n'étant pas une source très fiable, je pensais qu’il était plus simple de créer sa page sur cette plate-forme. Il faut vraiment avoir des sources fiables et des liens redirigés vers des sites externes. Cette expérience m'a tout de même montrée comment modifier et créer une page wikipédia.
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=== Mélanie Darrieux ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: WikiMelD]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: WikiMelD |Discussion WikiMelD]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/WikiMelD|WikiMelD]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] et [[w:Internet.org|Internet.org]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid''' ====
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Grâce à cette expérience, j’ai appris à créé des pages Wikipédia. Jusqu'ici je n’avais fait que des modifications pour corriger des erreurs d'informations. J’ai découvert le projet Internet.org et les travaux d'Olivier Ertzscheid. J’ai réalisé ce que signifiait le travail collaboratif et les contraintes qui en découlent. Il est difficile en tant qu'étudiante de voir son travail être corrigé, critiqué, bloqué, voir supprimé par des inconnus sans raisons apparentes parfois. Il est dommage que les personnes qui suppriment des articles ne viennent pas aide plutôt. Ils ont oublié qu’ils ont été nouveaux sur la plateforme Wikipédia un jour comme nous.
* J’ai appris à créer des box "sommaire" qui est la base des pages Wikipédia, les infobox pour les personnes et programmes, portails et catégories.
=== Big Equipe ===
* La page utilisateur de Marine sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: MarineDef]]
* La page utilisateur de Manon sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Manon-fraise]]
* La page utilisateur Lucie sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Lucie04]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: MarineDef |Discussion MarineDef]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Manon-fraise |Discussion Manon-fraise]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Lucie04 |Discussion Lucie04]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/MarineDef|MarineDef]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Manon-fraise|Manon-fraise]]
* Voici la liste des contributions de Manon sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Lucie04|Lucie04]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Génération Z]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''la Génération Z''' ====
* Avant de commencer le travail en groupe , nous avons crée individuellement notre page utilisateur Wikipedia.
* Puis une première étape à consisté au choix du sujet sur lequel nous voulions travailler. Nous avions le choix entre la création d'une page Wikipedia ou bien l'ajout d'information sur un sujet déjà existant. Nous avons décidé de travailler sur la page, déjà existante, de " la génération z". Nous voulions compléter cette article qui contenais des informations des plus succinctes. La deuxième étape, qui a pris une grosse partie du temps, a été de chercher un maximum d'informations et de sources pour pouvoir construire notre article. La génération z n’est pas un sujet facile car ce terme désigne un mouvement générationnel actuel sur lequel nous avons encore trop peu de recule. Les informations sont donc clairsemées et difficile à trouver. Nous avons décidé de nous concentrer sur la partie "la génération z et le monde du travail " ( domaine dans lequel les informations étaient plus abondantes). Nous voulions également travailler sur "la génération z et le contexte social" mais par manque d'éléments et de sources sur ce sujet, nous avons mis l’idée de côté. Nous ne voulions pas prendre le risque de partir sur la rédaction d'une partie qui serait assurément subjective et hypothétique.
Le blog d'Eric Delcroix, spécialiste en web 2.0, nous a été d'une grande aide puisqu’il représente une importante source d’articles portant sur la génération z. Nous avons également trouver des articles de presses, des études faites pas les entreprises...
* Enfin la dernière étape a consisté à rassembler toutes nos notes et nos sources et de les rédiger dans un texte clair et construit. Une fois la rédaction faite nous avons publié notre article sur la page puis nous avons sourcé les passages issus de tels ou tels sites web.
==== Problèmes rencontrés ====
* Globalement nous n’avons pas été confrontées à de grosses difficultés. En revanche nous avons pris le risque de publier notre article à l'avant dernière séance. Nous aurions pu voir notre travail se faire supprimer dès sa publication mais point positif, il est resté en ligne. Nous avons vu par la suite l'apparition du bandeau " cet article n’est pas rédigé dans un style encyclopédique" . Nous avons donc tenté avec Marine (lucie étant déjà partie en Allemagne) de reformuler certaines expressions trop imagés ou les passages trop subjectifs mais malgré cela le bandeau est resté. Ce n’est pas évident car nous recevons l'information que la rédaction n’est pas assez encyclopédique mais hormis cela nous n'avons aucunes orientations précises sur les éléments sur lesquels se sont basés les wikipediens pour noter ça.
Une autre difficulté réside dans l’utilisation des sources. Finalement sourcer un document n’est pas si simple et ces dernières doivent répondre à des critères bien précis ( sources de plus de tant d'années, de tel type...).
* Depuis la publication de notre article, quelques modification ont été faites telles que la correction de fautes d'orthographes, des commentaires sur le style de la rédaction, et des ajouts ou suppressions de mots. Finalement notre travail sur Wikipedia s'est relativement bien passé et nous n'avons pas été confronté à de grandes difficultés que cela soit sur la rédaction de l'article, la publication de ces dernier ou encore les retours et commentaires des wikipediens.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Manon Fraisse: ce travail m'a permis de réaliser que créer un article ou modifier des éléments sur des pages Wikipédia n'étaient pas si complexe que cela. La démarche est plutôt facile et accessible. Cependant je n’avais pas réalisé que Wikipedia était finalement très codifié et que rien n'est laissé au hasard. Avec du recul ça semble logique puisque la force de ce site repose sur le système de travail collaboratif, mais c’est également sa faiblesse. Chaque individu y va de son avis, de ses connaissances et ensemble il est possible de construire quelque chose de très riche. Cependant ce travail demande un cadre et doit répondre à des règles précises mises en place.
De plus l'une des difficulté lorsqu'on débute sur Wikipedia est d'admettre que des inconnus remettent en question notre travail. Il faut de l'humilité et accepter les corrections, les suppressions ou commentaires des autres wikipediens. Le travail collaboratif ne se fait pas n’importe comment et à mon avis c’est vraiment quelque chose qui se pratique et s'apprend. C'est une expérience enrichissante, intéressante et utile dans l'apprentissage du travail avec autrui.
Marine Defendini : Ce travail m'a permis de découvrir "l’envers du décor" du célèbre site, mine d'informations, qu'est Wikipédia. Je n’avais encore jamais eu l’occasion de modifier ou contribuer à la mise en ligne d'un article. Néanmoins je dois reconnaître que les manipulations n'étaient aussi difficiles que ce que j’avais pu me figurer. Une fois le fonctionnement compris, il était assez simple d'effectuer des modifications sur une page. De plus j’ai aussi beaucoup appris sur le travail collaboratif. Je rejoindrais ici les dires de ma collègue Manon, qui a très justement exposé la difficulté d'admettre que notre travail puisse être amené à être modifié ou critiqué par des inconnus. Ce projet sur Wikipédia nous a permis de parfois remettre en question notre manière de rédiger un texte (il nous a été demandé de reprendre notre contribution avec des termes plus explicites et plus académiques). Le plus dur, selon moi, a été de trouver les sources adéquates, car selon le sujet que nous choisissions, il était parfois difficile de trouver les sources nécessaires pour la mise en ligne de notre article. J’ai beaucoup apprécié travailler sur Wikipédia, cette expérience a été très enrichissante, tant d'un point de vue scolaire, que d'un point de vue collaboratif.
Lucie Gaillot : Avant ce cours, je n’avais qu’une vision partielle de Wikipédia. Il m’aidait à alimenter mes exposés et répondait à de nombreuses questions que je pouvais me poser. Pour tout avouer, je n’avais jamais pensé à créer ou à contribuer à un article. Il était donc intéressant de voir l’envers du décor. J’ai eu la chance de travailler avec Marine et Manon qui sont de très bonnes rédactrices avec de bonnes idées. Nous avons mis en commun nos recherches et avons discuté du thème ensemble. Cependant, étant partie en Allemagne pour mon semestre en Erasmus, j’ai eu plus de difficultés à trouver du temps pour travailler. J’ai donc pu constater un véritable travail d’équipe dans la réalisation de cet article et je les en remercie. Wikipédia est aujourd’hui une découverte assez surprenante. Je pensais qu’il était simple de rédiger quelques phrases et d’appuyer sur enregistrer. En effet, depuis le début de mes études, on m’avertit sur la fiabilité des informations du site et au final, je réalise qu’il faut être précis et clair dans sa rédaction sous peine d’être censuré ou corrigé (et pas toujours de manière très agréable). La Génération Z est un sujet passionnant mais compliqué à rédiger à cause du manque d’informations. Le thème étant récent, les sources et informations sont encore peu nombreuses ou limitées. Espérons qu’à l’avenir ce sujet fasse plus parler de lui.
=== Clémence Gautier ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:c.gautier56|Utilisateur:c.gautier56]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:c.gautier56|Discussion c.gautier56]]
* La page créée pour le CRIJ Bretagne (supprimée) lien vers le brouillon : [[w:Utilisateur:MeganeG/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article pour le CRIJ Bretagne ====
Venant de Rennes, en Bretagne, nous avons pu constater que le CRIJ (centre régional d'information jeunesse) fait partie intégrante des différentes manifestations culturelles au sein de Rennes et de sa métropole. De plus, ce centre est également important pour la jeunesse rennaise (aides au logement, recherche d’emploi,...).
Aucune page wikipédia n'était dédiée à cette organisation, pour cela nous avons trouver intéressant d’en créer une.
Concernant nos sources d'information, nous sommes tout d’abord allées sur le site officiel du CRIJ. Ensuite, nous avons trouver divers articles sur Google parlant de ce centre et de ses différentes manifestations (Ouest France, Le Télégramme, Rennes Métropole,...).
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été, à deux reprises, la suppression de notre page sur le CRIJ (Centre Régional d'Information Jeunesse)Bretagne. Alors que nous pensions avoir rempli les différents critères, notamment au niveau de la fiabilité des sources, des administrateurs ont supprimé notre page pour "non respect des critères d'admissibilité".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Même si notre page a été supprimée à plusieurs reprises, ce cours m'a permis d'appréhender Wikipédia et son utilisation. Me servant depuis de nombreuses années de cette plate-forme, à titre informatif, je ne l'avais jamais utilisé en tant qu'utilisateur. Ce projet collaboratif m'a permis d'apprendre le fonctionnement du wikicode, qui est relativement simple au final.
=== Julie Kouame/ Kenne Audrey Kougoum ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Knjdsn|Utilisateur:Knjdsn]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Knjdsn|Discussion Knjdsn]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Knjdsn|Knjdsn]]
* Voici le lien vers la Page de Jacques-François Marchandise que nous avons créée (lien vers le brouillon) : [[w:Utilisateur:Knjdsn/Brouillon]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Jacques-François Marchandise''' ====
Nous avons créé une page Wikipedia sur Jacques-François Marchandise, acteur clef du numérique mais qui pourtant n’avais aucune page dédiée jusqu'alors sur la plateforme. Cela a donc été très intéressant au final de travailler sur lui car au fil des recherches nous avons pu apprendre qui il était, ce qu’il faisait et ainsi le poids qu’il avait dans la sphère numérique qui fait partie intégrante de notre ère.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le problème majeur auquel nous avons dû faire face a été celui de trouver un sujet, intéressant, de départ. Jacques-François Marchandise n'était pas notre premier choix. Mais nous avons eu beaucoup de difficultés à trouver des informations (sources écrites, trace dans les journaux etc) sur notre première idée (Kebab Nabab). C'est la raison qui nous a poussé à changer de sujet.
* Un des autres problèmes auquel nous avons été confronté a été celui de récolter des informations afin d'alimenter la biographie de Jacques-François Marchandise. Cela n'a vraiment pas été chose aisé, car il nous manquait des informations cruciales. De facto nous avons décidé de lui envoyer un mail dans l'espoir d’avoir ces informations manquantes et essentielles. Il nous a d'ailleurs très gentiment répondu et ainsi aidé à affiner notre travail.
* La publication de la photo qui n'a pas voulu se terminer lorsque nous étions en cours...Certainement un problème technique...
* Les suppressions récurrentes de notre article.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Kenne Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser (et d'énerver) en un instant.
=== Mariame Maarouf ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur: Maarmar|Utilisateur:Maarmar]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Maarmar|Discussion Maarmar]]
* La page créée : [[w:Miroirs_et_Fumées]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
J’ai commencé par corriger des articles afin de me familiariser avec la syntaxe wikipédia et l’utilisation du wikicode . Ensuite, j’ai enrichie deux articles concernant des oeuvres de l'auteur Louis Bromfield. J’ai terminé en créant la page du recueil ''Miroirs et Fumées'' de Neil Gaiman. Pour ce faire j’ai repris le modèle d'un autre recueil du même auteur. La page a été validée mais il a quand même été rajouté un bandeau pour motif de source insuffisantes.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été la copie du wikicode du recueil sur lequel j’ai pris exemple puisque, faute d'une mauvaise manipulation j’ai modifié cette page plutôt que celle que je voulais créer (modification qui consistait en la suppression d'une importante partie de la page). Lors de l'ajout de ma section sur la page wikiversité, j’ai aussi éprouvé quelques difficultés puisque ma page ne voulait pas s'enregistrer pour cause de "Publicité fréquente".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce cours m'a appris comment utiliser un wiki ce que je n’avais jamais fait auparavant avec le statut de participant. J’ai aussi pu approcher un nouvel aspect du travail collaboratif. Ceci dit, j’ai encore quelques difficultés à comprendre la pertinence de ce cours dans le cadre du master DEFI toutefois quand il m’est arrivé à deux reprises de mentionner ce cours lors d'entretiens pour des stages, les recruteurs semblaient trouver l’idée plutôt intéressante.
===Julie Kouame/ Kenne Audrey Kougoum=== CECI N'EST PAS NOTRE TRAVAIL.
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* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Olivier Ertzscheid|Olivier Ertzscheid]] et [[w:Internet.org|Internet.org]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid''' ====
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Kenne Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser en un instant.
=== SEMITI benoit ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: Sembenis]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur: Sembenis |Discussions Sembenis]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Sembenis|Contributions/Sembenis]]
* Voici le lien vers l’objet documentaire crée: [[w:Enclosure informationnelle]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai créé ma page utilisateur dans un premier temps et par la suite je me suis lancé dans la decouverte des potentialtés qu'offre la pateforme de wikipedia pour l'édition de documents.
* J’ai ensuite parcourus la liste des notions proposées à développer et le concept d'"enclosure informationnelle" a retenu mon attention. Il me semble que cette notion soit à la base de la dynamique des activités humaines. M"engagé dans l'édition de cet article m'a paru indispensable pour informer les utilisateurs des ressources de Wikipedia sur la prise en compte de ce phénomène incontournable car lié aux aptitudes de la pensée humaine et aussi susciter des élans de collaboration afin d'arriver à une présentation exhaustive des aspects de cette réalité.
* C'est une activité passionnante que de pouvoir renseigner sur un thème donné et de créer des ramifications entre les divers notions pour promouvoir leur compréhension.
* La création de l’article sur "l'enclosure informationnelle" s'avère une entreprise nécessitant de la collaboration et la mobilisation de divers angles d'approches afin de proposer une étude satisfaisante du point de vue de tout esprit critique.
==== Problèmes rencontrés ====
* La rédaction de cet article sous la charte grahique de Wikipedia a laissé place à certaines difficultés. Même si on peut recevoir des bandeaux indiquant que l’on s'éloigne du modèlè sollicité, les zones de défaillance ne sont pas pointées précisement ce qui peut laisser dans un desarroi lors de la redaction. Notre but n’est pas d'entrer en conflit avec des critiques mais plutôt se faire compendre et aussi comprendre sans ambiguités les reproches qui nous sont faites.
* Pendant la redaction de notre article, on est dubitatif quant à l'intéret suscité chez les lecteurs. Un thème peut être analysé de plusieurs manières et j’ai eu l'impression que si l’on veut charrier une liste de suiveurs, il faudrait alors aborder notre sujet au travers un angle d'approche communement percu et valorisé.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* La rédaction d’article sur Wikipedia est une expérience très instructive.
D'une part, c’est un moyen d'expression et de contribution dans le domaine de l'édition. L'on peut inscrit sur un support accessible à tous, un point de vue, le compte rendu d'une recherche, ouvrir des voies de reflexion en stimulant l'intellect des utilisateurs de Wikipedia.Par l'édition et la recherche documentaire en vue d'éditer des articles, l’on prend conscience de ses possibilités d'interactions dans la constitution de ressources numériques.
D'autre part, l’on prend conscience de la délicatesse à observer lors de la rédaction d'un article. On ne peut pas écrire n’importe quoi, avancer une idée sans fondements et sources relatives. Etant donné, que les articles sont promus à être mis en ligne et visible par tous, on est contraint de produire un contenu irréprochable du point de vue du fond et de la forme.
* J’ai appris énormement de Wikipedia et de ses possibilités offertes:
-Accès à des ressources en ligne.
-Création de Pages wiki.
-Modification de pages (corrections).
-contribution par apports d'idées.
-Formation gratuite aux activités d'édition en ligne.
Dès à présent, je poursuis la tendance et je suis prêt à apporter ma collaboration à l'édition d’article sur Wikipedia.
=== Julie Kouame/ Audrey Kougoum CECI N'EST PAS NOTRE TRAVAIL. ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur: WikiMelD]]
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==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur '''Internet.org''' et '''Olivier Ertzscheid'''
* J’ai créé ma page utilisateur.
* J’ai commencé par créer un article avec une deuxième personne (Vik's Adp) sur le programme Internet.org, adapté de la page Wikipédia anglaise. Ce qui a été à première vue facile pour un premier article. Cela a été enrichissant parce que je ne connaissait pas ce projet. J’ai voulu rendre sa compréhension simple et mettre l'accent sur ce que ce programme tente ou a déjà réalisé.
* J’ai créé la page sur Olivier Ertzscheid seule. La rédaction de cet article s'est mieux déroulée. J’ai d’abord travaillé en brouillon, puis je l'ai enregistrée dans Wikipédia. L'écriture a donc pris du temps ; pour répertorier un certain nombre de travaux du maître de conférence et ses idées principales. Quelques personnes ont participé en ajoutant des informations.
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour l’article sur Internet.org, j’ai rencontré des problèmes. Plusieurs wikipédiens, trois ou quatre, se sont mis, à chaque fois que l’on travaillait en cours sur l'article, à supprimer des informations ou à critiquer l'article. Leurs notifications nous empêchait de continuer notre travail et donc de l'améliorer. Ces personnes nous bloquaient pendant le cours parce que nous ne pouvions enregistrer nos modifications. Notre erreurs a été de créer la page Internet.org sans la laisser en brouillon suffisamment longtemps pour quelle soit un peu complète et conforme à Wikipédia. J’ai aussi eu des problèmes pour déposer une image que je pensais libre de droits via WikiCommons. La première n'était pas conforme aux règles de Wikipédia. Elle a donc été supprimée. Du coup, il n'y a toujours pas d'image.
* Une personne a mis les bandeaux "admissible" et "sources" à l’article sur Olivier Ertzscheid, mais depuis plusieurs personnes ont participé à l'article, peu. Ce qui est embêtant, c’est lorsque des personnes jugent nécessaire de supprimer des informations vrais et importantes. Dans ce cas, je n'ose pas la remettre mais c’est un manque pour l'article. Un bandeau "conforme à Wikipédia" a été inséré juste après l'enregistrement, mais je l'ai retiré après avoir améliorer l’article pour qu’il soit conforme à la charte graphique de Wikipédia. Il est dommage que l’on pointe un manque de sources alors qu’il y en a 35 dans la rubrique "Notes et références".
==== Bilan individuel de cette expérience ====
''' Julie'''
* Cette expérience a été très enrichissante pour moi. Nous utilisons wikipédia chaque jours dans nos recherches sans savoir comment ça marche.Grâce à ce cours, j’ai appris à créé et à modifier une page Wikipédia.C'est une première expérience pour moi sur wikipédia. Aujourd’hui je peux créer, modifier une page wiki sans problème. Je sais comment fonction wikipédia et le sérieux de cette page. Parce que chaque article est vérifié avant d’être en ligne. On ne publie pas n’importe quoi sur wikipédia. On a eu assez de difficulté à créer une page sur Jacques François Marchandise car chaque fois notre page était supprimée et il faut reprendre. C'est un peu énervant mais il est important d’avoir assez de sources pour pouvoir publier un article sur wikipedia. En moins de deux mois, on a appris à faire une page wikipédia et ça c’est vraiment génial. Mais j'aimerais vraiment connaitre la personne qui surprime les pages parce qu'elle abuse un peu. Des fois on a assez de sources mais la page est quand même supprimée. Je trouve que c’est abusé. Dans l’ensemble j’ai appris beaucoup de choses. Merci Monsieur Barbe pour ce cours.
'''Audrey'''
* Je sais maintenant créer une Page Wikipedia ! Jamais je n'aurais imaginé le faire un jour ou que cela était possible. Cette expérience m'a permis de prendre conscience que la création d'une page Wikepdia ne s'improvise pas, c’est quelque chose de (très) sérieux. Il y a un vrai travail de recherche derrière ce qui de facto m'a appris qu'une Page Wikipedia ne se faisait pas en un claquement de doigt. C'est très intéressant de voir "l’envers du décors" en ce sens que Wikipedia fait partie de notre quotidien, on l'utilise parfois machinalement et au final on ne se demande que rarement comment tout cela est fait, on ne sait même, pas, comment cela est fait. Ce cours a donc été une véritable découverte enrichissante.
Je suis contente d’avoir pu travailler avec mon binome. Car cela a été très difficile de supporter les incessantes surpressions d'article. Le moral (ou l'égo ?) en prend un coup, ce n’est pas facile surtout quand on s'investit vraiment. Voir son travail détruit a le don de démoraliser en un instant.
=== Aurore Rambaud ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Aurore_Rbd|Aurore_Rbd]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Aurore_Rbd|Contributions Aurore_Rbd]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Aurore_Rbd|Discussions Aurore_Rbd]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Cyberharcèlement|Cyberharcèlement]], [[sexting]] et [[w:En_détresse_(téléfilm)|En Detresse]]
==== Bilans des articles auxquels j’ai participé ====
Pour ce projet, j’ai choisi de
contribuer à l’enrichissement de la page consacrée au Cyberharcelèment mais
aussi à d’autres pages en liens avec ce phénomène, tel que le sexting ou encore
en rédigeant la synopsis d’un téléfilm qui abordait ce sujet. Rédigeant mon
mémoire sur cette thématique, j’ai profité de mes connaissances acquises lors
de mes recherches, pour rédiger mes articles. C’est aussi par intérêt personnel,
face à un phénomène qui ne cesse de prendre de l’ampleur, que je me suis intéressée
à ce thème.
==== Problèmes rencontrés ====
C’est avec beaucoup d’appréhension
que j’ai commencé à publier sur Wikipédia. Par peur de voir mes contributions effacées
ou de ne pas arriver à m’adapter à cet outil. En réalité tout est très bien
expliqué, que ce soit au niveau du code ou de la syntaxe. Néanmoins, sur certains de mes articles j’ai dû
apporter des références complémentaires. La difficulté est aussi de rédiger
correctement ses contributions, tout en restant très objectif et en ne rentrant
pas dans le commentaire comme on pourrait le faire pour un exercice
universitaire. D’où cette nécessité de constamment référencer ce que l’on
avance. D’un point de vue général je n’ai pas rencontré d’importants soucis.
==== Bilan de l'expérience ====
Mettre à profit ses connaissances
est une très bonne expérience. J’ai souvent consulté Wikipédia pour mes
recherches ou simplement par intérêt personnel. Jusqu’ici je trouvais que c’était
un outil efficace mais inaccessible, dans le sens où je pensais que seul des
chercheurs ou des professeurs pouvaient contribuer à cette encyclopédie en
ligne. Aujourd’hui je comprends que chacun peut devenir contributeur sur Wikipédia
et que ce n’est pas réserver à une élite. Ravie d’avoir pu découvrir plus précisément
cet outil, je pense continuer à contribuer à l’encyclopédie en ligne qui est un
bon outil pour partager des informations et contribuer à l’enrichissement de
chacun.
=== Marion Lemonnier ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Marion.Lem|Marion.Lem]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Marion.Lem|Discussions Marion.Lem]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Marion.Lem|Contributions Marion.Lem]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Liquidfeedback|LiquidFeedback]], [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]] et [[w:Contenu de marque|Contenu de marque]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai réalisé dans un premier temps un article français sur le logiciel [[w:Liquidfeedback|LiquidFeedback]], que j’ai découvert dans un ouvrage et qui présente un concept atypique de la politique sur internet. Je me suis inspirée de la page anglaise tout en enrichissant l’article français avec des critiques françaises.
* J’ai ensuite complété l’article sur les [[w:Contenu de marque|Contenus de marque]] (domaine autour duquel j’ai beaucoup travaillé durant mes études) et en l'enrichissant je me suis rendue compte qu’il n'existait pas d’article sur le [[w:Consumer magazine|Consumer magazine]], j'en ai donc créé un. Et j’ai ajouté quelques modifications à d’autres articles.
==== Problèmes rencontrés ====
* Au début j’ai eu du mal à trouver une idée de sujet qui n’avait pas déjà sa page Wikipédia. Ensuite j’ai commencé un article sur « L’apprentissage par cœur » que j’avais trouvé dans les « Articles à créer ». Mais ma page a été supprimée pour cause de « Bac à sable », sûrement trop similaire à celle de « Méthode d'apprentissage cognitif ». J’ai donc dû me tourner vers un autre sujet. J’ai fait en sorte de référencer au mieux mon premier article sur « LiquidFeedBack » avec des sources françaises et anglaises. Un utilisateur l’a ensuite affiché en tant qu’article « orphelin ». J’ai donc dû pointer d’autres pages sur mon article.
* Suite à ça, lorsque je me rendais sur Wikipédia je me suis finalement prise au jeu en enrichissant d’autres pages, jusque-là sans rencontrer d’autres problèmes.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Grâce à cette expérience, j’ai appris à utiliser les ficelles pour enrichir le contenu de Wikipédia. J’avais déjà des connaissances en matière de codage mais ici j’en ai découvert un nouveau, simple à utiliser et bien documenté en cas de soucis par l’encyclopédie. C’était un travail intéressant que de découvrir l’organisation « backoffice » de cette grande encyclopédie que j’utilise très souvent en tant que lectrice.
=== Viktor Andriampanana ===
* Ma page utilisateur sur Wikipedia : [[w:Utilisateur:Vik's_Adp|Vik's Adp]]
* Me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Vik's_Adp|Discussion]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Vik's_Adp|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Avec [[w:Utilisateur:WikiMelD|WikiMelD]], nous avons voulu proposer une page française du projet [[w:Internet.org|Internet.org]]. Personnellement, je trouve l’objectif de ce projet vraiment louable, car connecter tous les êtres humains entre eux en éradiquant la fracture numérique est une tâche complexe mais qui serait tellement profitable pour l’humanité entière.
Il existait déjà une page Wikipedia dédiée à ce projet en anglais, qui plus est complète. Nous aurions pu nous contenter de traduire celle-ci sans chercher à collecter nous-mêmes des informations sur le projet. Or nous avons préféré effectuer un vrai travail de recherche pour proposer une toute nouvelle page. Cela a vraiment été enrichissant, pour ma part j’ai beaucoup appris sur les contraintes à surmonter pour développer les réseaux de télécommunications tout en s’adaptant à l’environnement. Par ailleurs, la majorité de nos sources étaient en anglais donc du travail de traduction nous en avons fait. Puisque nous étions deux à travailler sur la même page, il a fallu s’organiser. Lorsque WikiMelD était en train d’éditer l’article, de mon côté je recherchais de nouvelles informations, et ''vice versa''.
En plus de la création de cet article, j’ai voulu apporter une petite contribution à une page dans domaine qui me tient à cœur, à savoir l’automobile. La plupart des pages liées à ce domaine existent déjà et sont bien fournies (par exemple les pages des constructeurs, de l’architecture des moteurs à pistons, etc), du coup mon apport ne pouvait être que minime. Après être tombé sur la page dédiée au [[w:Downsizing_(mécanique)|downsizing]], j’ai finalement trouvé quelque chose à rajouter pour montrer les limites de cette pratique.
==== Problèmes rencontrés ====
Mon premier souci a été de m’habituer au wikicode. Ce fut particulièrement compliqué pour l’insertion des balises pour les références de bas de page. Mais les principaux problèmes se sont révélés par la suite lorsque de charmants utilisateurs se sont mêlés de la création de la page sur Internet.org… Aussitôt que nous ajoutions des éléments, assitôt ils furent supprimés. C’est surtout WikiMelD qui a le plus subi, par exemple lorsqu’elle a inséré une image à notre article elle a immédiatement été supprimée. Du coup, WikiMelD a préféré se lancer dans la création d’une autre page sur un autre sujet. C’est vraiment démoralisant de voir que lorsqu’on fait tout son possible pour contribuer à Wikipedia, d’autres utilisateurs cherchent tout bonnement à nous mettre des bâtons dans les roues. Finalement, lorsque j’étais tout seul sur la page Internet.org je n’ai plus été embêté par ces enquiquineurs de Wikipedia. J’ai même pu y ajouter une image (qui de plus n’était pas dans Wikimedia commons) et jusqu’à présent l’image demeure !
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce fut une expérience très enrichissante de participer à ce projet collaboratif. En effet, Wikipedia est un site que l’on utilise souvent et c’est intéressant d’en connaitre le fonctionnement. L’intransigeance de certains utilisateurs qui n’hésitent pas à supprimer ce qui leur semble mauvais est irritante, mais cela prouve également que sur Wikipedia on ne peut pas y mettre n’importe quoi car il faut toujours prouver ce qu'on écrit avec des sources fiables. C’est un point plutôt rassurant à mon sens. A l’avenir, j’essaierai de contribuer de temps en temps à Wikipedia maintenant que je connais les bases du wikicode. Ainsi j’essaierai de tenir la page Internet.org à jour dans la mesure où elle concerne un projet en cours qui ne cesse de se développer.
=== « Elodie Alphonso » et « Rym Zerga » ===
* Notre page utilisateur sur wikipedia : [[w:Utilisateur:Méridy-Pumpkin|Méridy-Pumpkin]]
* Nos pages respectives : [[w:Utilisateur:Sheyna|Sheyna]] et [[w:Utilisateur:Rym666|Rym666]]
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* Traduction : [[w:Rafael_Barba#Description|Rafael Barba]] et [[w:Aisha_Dee|Aisha Dee]]
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé ====
Rédaction d'un article sur '''Philippe Bouquillion''' et '''Silvana Condemi'''. '''Traduction complète de la page de Rafael Barba (passant de l'anglais au français)'''
Nous avons décidé, dans un premier temps, de créer la page Wikipedia de Philippe Bouquillion, notre ancien professeur à l’université Paris 13. Les informations trouvées proviennent de différents sites. La photographie nous a été envoyée par monsieur Bouquillion lui-même. Nous sommes convaincues que cet article à sa place sur Wikipedia car monsieur Bouquillion est assez reconnu dans le domaine des sciences de l’information et de la communication.
Nous avons également voulu nous s'essayer à de la traduction, pour ce faire nous avons traduit la page de Rafael Barba et d'Aisha Dee.
Afin de contribuer un peu plus au projet collaboratif, nous avons, par la suite décidé de créer la page de Silvana Condemi, reconnu dans le domaine de la paléoanthropologie. Les sources utilisées ont également tirées de plusieurs sites. Nous avions mis une photo d'elle mais malheureusement, elle a été supprimé.
Nous aimerions rajouter que nous avons fait des traductions ainsi que des petits rajouts dans des articles.
==== Problèmes rencontrés ====
Nous n’avons pas rencontré de problèmes particuliers, hormis la présence des bandeaux. En effet, nous peinons à faire retirer le bandeau d’admissibilité sur la page de Philippe Bouquillion et celle de Silvana Condemi. De plus, il est parfois compliquer de faire valider les photographies, comme c’est le cas pour la page de Silvana Condemi. Cependant, aucune de nos pages n'a pour le moment été supprimées.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Elodie :'''
Participer à ce projet a été une expérience très intéressante et enrichissante. Grâce à cet exercice, j’ai eu la possibilité de découvrir un peu plus en profondeur l’univers de Wikipedia ainsi que celui du domaine des langages de balisage (le wikicode). J’ai aussi eu le plaisir de faire de la traduction.
Grâce à ce projet, j’ai appris à créer une page sur wikipedia mais surtout, je sais maintenant qu’il y a un processus à suivre et des règles à respecter sur cette encyclopédie en ligne. Ce n’est pas parce que Wikipedia est gratuit et modifiable par tous qu’il ne possède pas d'arbitrage. De plus, je trouve cela assez plaisant de voir l'évolution d’un projet qu’on a commencé.
* '''Rym :'''
Je tiens à dire que c’est la première fois que je participe à la création d'une page wikipédia, je peux dire que ça a été une expérience vraiment intéressante et enrichissante, j’ai apprécié créer et gérer une page wikipédia, cela m'a permis de comprendre et de découvrir beaucoup de chose, comme par exemple l'univers très réglementé de Wikipédia et tout ce qui se rapporte au langage, code à connaitre dans ce domaine.
Je peux confirmer le fait qu'on a intérêt à respecter les règles pour pouvoir avancer un travail ou sinon il se retrouve supprimé ou alors nous voyons un bandeau apparaitre (d'ailleurs par moment très compliqué à supprimer). Et de ce fait nous avons vraiment intérêt à suivre le bon processus pour que l’on puisse voir l'aboutissement de notre travail, mais ça en vaut la peine. J’aimerai rajouter, que nous sommes très satisfaite du travail que nous avons accompli jusque là, nous avons suivi ce travail avec beaucoup d'attention. En effet, nous faisions attention à ne pas perdre les données que nous avions mis. Nous avons essayé de suivre à la lettre le règlement pour pouvoir à la fin arriver à l'aboutissement de ce projet. Arrivé à la fin du travail, nous pouvons dire que c’est une grande satisfaction et je terminerai par le fait que ce projet collaboratif que vous nous avez fait découvrir a vraiment été, cette année une chose très appréciable.
=== Manja Andrianarijaona ===
* Ma page utilisateur sur Wikipedia : [[w:Utilisateur:Manja ANDRIA|Manja ANDRIA]]
* Me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Manja ANDRIA|Discussion]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Manja ANDRIA|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai créé la page de SAEMO, un des services rattaché à la Sauvegarde du Val d’Oise, se chargeant du bien être social des enfants et des adolescents. Très peu connu, je pense que ce service mérite d’être à la disposition de tous vu les bienfaits qu’il apporte. Je voulais également créer une page dédiée au « Contouring », un principe de maquillage consistant à redessiner le visage et pour cacher ses imperfections.
==== Problèmes rencontrés ====
Au début, j’ai eu un peu de mal à maîtriser l’outil mais après, cela est devenu plus facile. L’article sur «Le Contouring » a été supprimé très vite dès sa mise en ligne et cela malgré la densité de la documentation en amont. En effet, au tout début j’ai recherché le terme « Contouring » sur google et je n’ ai pas trouvé d’article édité par Wikipédia. Donc je me suis dit que ce serait pour moi une opportunité de pouvoir enrichir encore Wikipédia. Mais en fait, c’est après avoir publié l’article que je me suis rendu compte que ça été un doublon d’un autre article déjà existant mais qui pour le compte n’est pas encore admissible. Pour l’article SAEMO, il me manquait les sources fiables pour que la page soit réellement admissible sur Wikipédia.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Expérience qui m’a permise de découvrir comment on publie des articles sur wikipédia, expérience très enrichissante puisque je n’ai jamais créé et publié d’article Wikipédia. Cela m’ a appris également par quels obstacles et étapes il faut passer pour pouvoir poster un article sur Wikipédia.
=== Manuel NGOMA ===
Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[M.goma]]
Pour me contacter: Discussion
Mes contributions: [[Claudio Descalzi (Trad.Italien)]], [[Université de Pise]].
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: Traduction et rédaction d'un article sur Claudio Descalzi ====
J’ai traduit la page italienne du chef d'entreprise Claudio Descalzi. Il n'existait pas une page française sur ce chef d'entreprise. La version italienne ne contient que des informations succinctes. Dans la page française j’ai mis certaines informations qui ne sont pas présentes dans sa biographie italienne.
==== Problèmes rencontrés ====
J’ai eu du mal à faire la mise en page et à utiliser les codes Wikipédia. J’ai aussi eu des difficultés à sourcer mes articles et à mettre des liens. La version italienne avait peu de notes et de références. Les acronymes, abréviations, sigles et les termes pétroliers présents dans l’article original n'ont pas été faciles à traduire. Il m'a été difficile de donner une traduction précise de ces expressions et termes.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif a été une expérience enrichissante et inédite. J’ai découvert que la rédaction d'un article sur Wikipédia devait respecter plusieurs critères(charte, wikicode...).L'une des étapes la plus délicate est la citation des sources d'un article. Je suis content d’avoir contribué à ce projet et aussi d’avoir enrichi Wikipédia.
Je demande toujours quel est l'apport ce cours pour les étudiants du master1 DEFI.
=== Sandy Vapaille et Laura Thomazo ===
* Notre page utilisateur sur wikipedia : [[w:Utilisateur:SandVP|SandVP]] et [[w:Utilisateur:Laurathom|Laurathom]]
* Pour nous contacter : [[w:Discussion_utilisateur:SandVP|Discussion SandVP]] et [[w:Discussion_utilisateur:Laurathom|Discussion Laurathom]]
* La page créée sur Marc Hiver a été supprimée et vous a été envoyé par mail.
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé ===
Rédaction d'un article sur '''Marc Hiver'''
Notre professeur Marc Hiver nous ayant fait part de son envie d’avoir sa propre page Wikipédia au premier semestre, nous avons décidé de lui créer dans le cadre de cet atelier. Nous avons par la suite appris que cette page avait déjà été créée mais supprimée. Marc Hiver étant principalement connu pour sa Web-revue des industries culturelles et numériques nous avons donc jugé qu’il serait intéressant de l’évoquer sur la page Wikipédia pour peut-être éviter une nouvelle suppression de l’article. Concernant nos sources d’informations, elles viennent principalement des sites web gérés par Marc Hiver (son site personnel et celui de la Web-revue), mais aussi du site web de l’Université Paris-Ouest. D’autres sources telles que « Linkedin » et le site web des éditions « L’Harmattan », les éditions ayant publié le livre de Marc Hiver, ont été utilisées.
==== Problèmes rencontrés ====
Le principal problème rencontré a été la suppression de notre page sur Marc Hiver. En effet, alors que nous pensions avoir rempli les différents critères, notamment au niveau de la fiabilité des sources, des administrateurs ont supprimé notre page pour « non-respect des critères d'admissibilité » concernant un manque de « sources secondaires fiables et indépendantes ». Il est vrai que peu d’informations sont disponibles sur Internet à propos de Marc Hiver mais nous pensions que le peu de sources utilisées étaient réellement pertinentes et fiables. Le second problème rencontré concerne plutôt la difficulté à utiliser Wikipédia, notamment en ce qui concerne le wikicode. Enfin, nous n’avions pas compris le principe du brouillon ce qui fait que nous n’avons pas pu enregistrer notre article sous cette forme. Mais heureusement nous avons conservé des impressions d’écran de notre travail.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Sandy :'''
Cet atelier sur Wikipédia fut une expérience intéressante et enrichissante. En effet, grâce à ce projet j’ai pu découvrir l’envers du décor de Wikipédia notamment l’utilisation du wikicode et les nombreuses règles à respecter pour pouvoir publier un article. Je sais dorénavant qu’il n’est vraiment pas si facile de faire valider une page sur Wikipédia, ce qui a complétement changé la vision que j’avais de cette encyclopédie en ligne réputée comme une source d’information peu fiable. Ce fut également intéressant d’endosser le rôle de contributeur et non plus celui d’un utilisateur venu simplement consulter une page à titre informatif.
* '''Laura :'''
C'est la première fois que je participe à l'élaboration d'une page wikipédia et j'en ai appris beaucoup de chose, comme la création d'un wikicode. Ce fut une expérience enrichissante et j’espère pouvoir la réutiliser dans mon projet professionnel. Cependant, j’ai pu constater la surveillance accrue de Wikipédia par ses administrateurs lors de la création ou la modification d'une page. Il est important d'apporter des sources fiables aux pages wikipédia et on ne peut le découvrir que lorsque l’on devient contributeur sur cette encyclopédie en ligne.
=== Youssef Guettache ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Guettachey|Youssef Guettache]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Guettachey|Me contacter]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : Mes [[w:Spécial:Contributions/Guettachey|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Outre une modification de la page [[w:Born Bad Records|Born Bad Records]] que j’ai effectué à titre de test, j’ai crée une page consacrée à la présentation de l'ouvrage de Philippe Breton, [[w:L'Utopie de la communication|"L'utopie de la communication"]], dans lequel il analyse l'avènement de la communication comme valeur centrale de notre société et dont la lecture nous avait été chaudement recommandée par M. Buxton au premier semestre. M'étant aperçu qu’il n'en existait pas, j’ai également crée une page consacrée au courant et modèle des [[w:Usages et gratifications|usages et gratifications]] (présentation, critiques, bibliographie, annexes), dont le principal investigateur fut le sociologue Elihu Katz, et qui questionne la fonction remplie par l'usage des médias au sein de différents publics. Ma démarche fut avant tout d'enrichir Wikipédia en articles consacrées aux sciences de l'information et de la communication. Pour cela, j’ai aussi fait en sorte que mes articles renvoient vers le maximum de pages (pertinentes) possible.
==== Problèmes rencontrés ====
A ce jour, aucune des deux pages n'a été supprimée. Pas de problèmes majeurs donc. Les principales difficultés de l'exercice ont plutôt résidées dans l'écriture de ces pages.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
D'ordinaire, les outils informatiques ne sont pas mon fort. J'avais donc au départ quelques appréhensions, qui se sont vite dissipées lorsque je me suis rendu compte de la simplicité de Wikipédia (Si on ne sais pas, on copie-colle le code et ça marche), même si j’ai pu constater qu'une contribution n'est validée que si elle respecte les règles, ce qui à le mérite de garantir à cette plateforme une certaine fiabilité. Grâce à cette matière, j’ai pu consolider mes connaissances et en acquérir de nouvelles. C'était donc une expérience très enrichissante.
=== Laura Purcarea ===
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:LauraPUR|Utilisateur: LauraPUR]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:LauraPUR|Discussion LauraPUR]]
* Voici la liste des contributions sur Wikipedia FR : [[w:Spécial:Contributions/LauraPUR|LauraPUR]] et Wikipedia RO [[w:ro:Special:Contribuții/LauraPUR|LauraPUR]]
* Lien vers la page créee en roumain : [[w:ro: Manuel Valls|Manuel Valls]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Tout d’abord j’ai créé ma page d’utilisateur. Ensuite, j’ai choisi de contribuer à l’enrichissement de la page rédigée en roumain consacrée au [[w:ro: Manuel Valls|Manuel Valls]]. Comme la politique est un domaine que m’intéresse beaucoup j’ai trouvé aisément le sujet. Concernant mes sources d'informations, j’ai utilisé divers sites politiques mais également la page française Wikipédia de Manuel Valls afin d’enrichir l’article roumain. Cela m'a permis non seulement d’améliorer mes connaissances politiques car j’ai fait beaucoup de recherches complémentaires pour pouvoir finaliser l’article mais également permis de m’habituer avec le wikicode.
==== Problèmes rencontrés ====
Un problème souvent rencontré a été l'enregistrement des modifications qui n'a pas marché à plusieurs reprises. Comme Wikipedia est une encyclopédie modifiable, mon article a porté seulement une correction de la part d’autres contributeurs. Il s’agit d’une modification faite au sujet du père de Manuel Valls et de ses peintures célèbres que j’avais mentionné dans mon article. Cependant, j’ai trouvé la modification pertinente car cela pouvait avoir une coloration publicitaire. Par la suite j’ai fait attention à toutes les informations postées pour éviter ce genre de conflit.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Ce projet collaboratif m'a permis de comprendre l’Univers Wikipedia. Tout d’abord, j’ai compris la règle de « 90-9-1 » grâce à cette expérience. Je suis très contente de ne plus faire maintenant partie des 90% des bénéficiers qui n’ont jamais contribué à la rédaction Wikipédia et j’espère dorénavant de rester dans le 9% qui contribuent de manière occasionnelle. Par ailleurs, j’ai appris diverses choses très utiles notamment comment insérer un lien interne ou externe et comment modifier le wikicode. A l’avenir j’aimerais bien continuer d’enrichir d’autres pages Wikipédia portant sur des sujets politiques.
=== Mathilde V ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Vath~frwiki|Mathilde Veuille]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Vath~frwiki|Me contacter]]
* Contributions : [[w:Simon Chignard|Simon Chignard]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai crée la page de Simon Chignard qui est une référence pour les questions relatives à l'Open Data. Ma page n'a pas été supprimé donc j’espère qu'elle le restera.
==== Problèmes rencontrés ====
L'auteur n'a publié qu'un livre, j’ai donc dû chercher des sources secondaire pour construire sa page. En ce qui concerne son parcours professionnel, je me suis appuyée sur les informations générales que les sources secondaires reprennent même si j'aurai rajouté quelques informations prises sur son compte Linkedin.
=== Sarah LAURENT ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Be greeeen|Sarah Laurent]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Be greeeen|Discussion Be greeeen]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Be_greeeen|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Artips|Artips]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* Création de la page Artips, une newsletter de qualité à laquelle je suis abonnée depuis {{unité|2|ans}} et qui, selon moi, avait sa place sur Wikipédia. J’ai eu la curiosité de tapper "Artips" dans la barre de recherche Google, pour constater si la page que j’ai créé apparait en première dans les requêtes. Ce n’est pas le cas et c’est d'ailleurs un peu déconcertant car son admissibilité est même à vérifier.
* Rajout d'informations complémentaires et de sources sur l’article consacré à L'éléphant (revue)
==== Problèmes rencontrés ====
* J’ai abordé la création d'un article avec beaucoup d'appréhension. Au départ, j’avais tendance à copier/coller tout ce que je rédigeais dans un document Word et donc à enregistrer mon contenu parallèlement de peur qu’il ne disparaisse, ne soit effacé. Par conséquent, j’ai suivi la notice de Wikipédia assez minutieusement ; ce qui a surement était bénéfique car j’ai finalement eu la "chance" de ne voir disparaitre aucun des contenus que j’avais publié.
* Ces derniers mois, il m'étais arrivée plusieurs fois de m'arrêter à un kiosque devant une revue intitulée "l'éléphant" ; ainsi, j’ai été voir si elle disposait d'une page Wikipédia. En constatant que la page existait, mais était très peu fournie en informations, j’ai décidé d'y apporter ma contribution : mes recherches pourraient non seulement assouvir ma curiosité, mais aussi bénéficier à la communauté. Toutefois, au moment de rajouter ma contribution, je me suis rendue compte qu'une discussion était en cours pour savoir si l’article devait être conservé ou supprimé. En effet, un bandeau apposé en haut de l’article signalait : "l'admissibilité de cette page est actuellement débattue". J’ai donc donné mon avis, et argumenté en faveur de la conservation de cette page avant d'ajouter des sources et toute la partie historique de la revue.
* J’ai eu un peu de difficulté à comprendre quelle image était libre d’être importée sur Commons, et donc par la suite d’être publiée ou non. J'avais donc téléchargée la photo de la couverture du livre Artips qui a finalement été supprimée.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* J’ai apprécié de pouvoir me (re)familiariser avec le principe des balises, que j’avais déjà appréhendé par le passé, mais que je n’avais pas eu l’occasion d’utiliser depuis un certain temps.
* L'exploration du fonctionnement de Wikipédia a été une véritable surprise : je ne l'imaginais pas si strict et j’ai trouvé très intéressant de voir tous les rouages qui se cachent derrière cet outil si populaire que, en tant qu'étudiants, nous sommes amenés à utiliser très régulièrement. Je partais avec l’idée que n’importe quelle entreprise, individu, entité, pouvait avoir sa propre page Wikipédia. En fait, j’ai découvers un véritable système qui dispose de ses propres normes, codes et règles auxquelles il faut se plier scrupuleusement.
* Peut-être suis-je atteinte par ce qu'on pourrait appeler le "virus" Wikipédia", car depuis que nous avons commencé ce cours -et ce projet- j’ai dorénavant l'envie spontanée, lorsque je lis un article sur Wikipédia, de le compléter ou modifier lorsque celui me semble peu fournit en information. Honnêtement, je ne le fais pas forcément, mais j’ai au moins acquis cette espèce de recul critique sur les articles Wikipédia. Mon opinion sur ceux-ci a évolué : en ayant constaté la difficulté de créer et de publier du contenu sur cet encyclopédie participative, je me suis rendue compte que sa facilité d'accès ne remettait par en cause sa fiabilité. C'est au contraire un outil qui se veut crédible d'un point de vue scientifique, et moins susceptible de contenir des erreurs que ce que je pensais.
=== '''Laurent Ngandu''' ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[Utilisateur:Laurentngandu|Laurent]]
* Pour me contacter: [[Discussion utilisateur:Laurentngandu|Discuster avec moi]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[Spécial:Contributions/Laurentngandu|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Science_des_données|Science des données]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé: ====
* J’ai réalisé un article sur les data sciences ou science des données en français.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le wikicode était compliqué au départ, mais après quelques heures passées à travailler sur Wikipedia, très vite je l'ai trouvé simple à faire par la suite.
* Pour mon article, rajouter les informations ne m'a pas posé des problèmes, tant que les sources étaient citées. Par contre une affirmation sans sources était plus susceptibles d’être tout simplement supprimée.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Le simple fait de savoir que mon article sera consulté par d'autres utilisateurs dans le cadre leurs recherches, me rend fier, car j’ai contribué à la diffusion d'un savoir. Aussi petite qu'était ma contribution, elle tout de même utile pour que continue à évoluer le web collaboratif. Grâce à cette expérience, je participerai plus souvent dans l'avenir à la rédaction et modification des articles en ligne.
=== Khalidiatou Sylla ===
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Kadie.sy|Kadie.sy]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur: Kadie.sy|Discussions Kadie.sy]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Kadie.sy|Contributions Kadie.sy]]
* Liens vers les pages auxquels j’ai contribué : [[w:Maus|Maus]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* J’ai contribué à la Page française de [[Maus]] , une bande dessinée crée par Art Spielgman.
* Pour cela j’ai relu les deux tomes de Maus, mais également recherché des interviews de l'auteur. La plupart étaient en anglais. Je me suis également largement inspirée de la page en anglais de Maus, qui a été noté d'une étoile pour sa qualité.
==== Problèmes rencontrés ====
* J’ai plusieurs fois changé de sujet, car beaucoup de pages qui m'intéressaient étaient déjà complètes. J’ai été surprise de voir que celle de Maus en français n'avait pas été aussi développer que la version anglaise, Car Art Spiegelman est dessinateur respecté en France et très reconnu pour son art.
* Il a été difficile de trouver des articles le concernant en français, qui datent de l'époque.
* Un des autres problèmes que j’ai pu rencontré est celui des sources. Il fut très difficile d’en trouver en français, Maus a été publié il y'a plus de {{unité|20|ans}} désormais l'auteur en parle de moins en moins dans les médias.
* Ma contribution pour cette page en français a donc été beaucoup de traduction. J’ai préféré éviter de passer par un site de traduction ce qui a prit plus de temps mais qui m'a permis de mieux rédiger sans faire de copier coller.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Je consulte souvent wikipedia, et c’est vrai qu'en lisant des articles qui n'avaient pas été très développé en version française, j'hésitais pourtant à me lancer à y contribuer. Il est vrai que le codage peut décourager ainsi que les nombreuses suppressions de pages. Mais il y a une réel fierté à pouvoir exposer son travail sur ce site qui est tellement visité. C'est assez flatteur de se dire qu'on a pu contribuer au partage d'information sur wikipedia. Il y a un véritable travail d'écriture demandé, c’est alors là que les cours de journalisme entrent en jeu. Afin d’être comprit des internautes des qualités rédactionnelles et beaucoup de recherches sont requises pour avoir un article fiable.
=== Bilan individuel de cette expérience ==
J’ai pu contribuer à l'encyclopédie Wikipédia même si je ne l'utilise pas lorsque j’ai des projets. Je pense n'avoir pas terminé définitivement la page de l'auteur et espère qu'elle sera améliorée par d'autres contributeurs et moi-même.
== '''Eleonora Rudakova''' ==
* Ma page utilisateur sur Wikipédia : [[w:Utilisateur:Eleonora_Rudakova|Eleonora Rudakova]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Eleonora_Rudakova|Me contacter]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Eleonora_Rudakova|Mes contributions]]
* Mon objet documentaire crée: [[w:Valeria_Gaï_Germanica#Biographie_et_carrière|Valeria Gaï Germanica]]
'''Bilan des articles auxquels j’ai participé'''
Pour ce projet, j’ai choisi de créer une page française consacrée a la réalisatrice russe Valeria Gaï Germanica. Il excite la page en russe, en anglais, mais une page française contient juste plusieurs phrase concernant de son origine et l’information sur un seul film, sans photos du tout. Pourtant, elle est déjà filmée beaucoup de films, et elle est très célèbre en Russie. Outre cela, elle a reçu la Mention spéciale dans le Festival de Cannes en 2008 en France. Donc, a mon avis, on doit compléter l’article, donner plus information de sa biographie, filmographie et nominations.
Car il y a manque de l’information en français sur le sujet de Valeria Gaï Germanica, j’ai pu utiliser mes capacités en anglais, en français et en russe, pour traduire l’article. Concernant mes sources d'information, je suis tout d’abord allée sur la page wikipedia russe et anglais. Apres, j’ai lu plusieurs articles en français et complété les faits manquants.
'''Problèmes rencontrés'''
Pour moi, le problème principal que j’ai rencontré, c’est qu'il y’a très peu d’informations sur Valeria Gaï Germanica, car elle est personne un peu fermé de nature, donc il faut le temps de trouver l'interview et l’article concernant de sa vie. Outre cela, c’était difficile de traduire les noms de certains films, car il n’existe pas en langue française, donc j’ai décidée d’écrire les titres en anglais.
De plus, j’ai rencontré le problème de création de InfoBox et insertion de la photo. Grâce à l’aide de notre professeur monsieur Lionel Barbe, j’ai trouvée la photo sur Wikicommons et réussi de crée InfoBox.
'''Bilan individuel de cette expérience'''
Ce projet collaboratif une expérience nouvelle et enrichissante puisque je n’avais jamais contribué à Wikipédia. Maintenant je sais créer et modifier une Page. Outre cela, cette expérience permet m’exercer à la traduction et utiliser mes connaissances de trois langues.
Merci pour ce projet et cette expérience.
*
== '''Mégane Le Prado''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Meganelp|Meganelp]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Meganelp|Discussion : Meganelp]]
Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
La page créée pour le « Morning Post »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Morning_Post
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* Tout d’abord, j’ai crée ma page profil.
Pour ma contribution au projet j’ai choisi de créer une page pour « my little box ». J’ai donc cherché un maximum de sources sur ce sujet.
Les sources dont j’ai disposé étaient principalement des articles de presse en ligne, ou de blogs. J’avais pris le parti de ne publier la page qu’une fois celle-ci complètement terminé, afin d’éviter tous problèmes, comme le manque de sources par exemple.
En parallèle j’ai cherché une page à traduire en français, sur la page wikipédia qui recense toutes les pages susceptibles d’être créées. J’ai choisi de traduire cette page : https://en.wikipedia.org/wiki/The_Morning_Post
==== Problèmes rencontrés ====
Les sources que j’ai pu trouver pour « My little box » étaient principalement des articles de presse en ligne, et beaucoup de blogs beauté. J’ai conservé les plus « sérieuses ». Les sources sont importantes pour la crédibilité de l'article, et éviter que la page ne soit supprimée . Une fois la page terminé je l’ai publié, mais rapidement celle-ci a été supprimée, car cette page « Ne répond pas aux critères d'admissibilité de Wikipédia »
Pour la traduction le plus difficile a été d’essayer de rester fidèle au sens de la page d’origine, et de faire une traduction correcte bien entendu. Je n’ai publié la page qu’au dernier moment, une fois celle-ci complètement fini, et cette fois pas de mauvaise surprise, ma page n’a pas été supprimée !
=== Bilan individuel de cette expérience ===
Si j’utilise régulièrement wikipédia pour mes recherches, je n’avais encore jamais collaboré sur wikipédia. Je me suis rendue compte que les informations publiées étaient surveillées. Les « patrouilleurs » notamment sont là pour vérifier les publications. Les articles doivent répondre à des critères précis afin d’être accepté. Cela rassure quant à la véracité des informations que l’on peut trouver sur wikipédia.
Cette expérience m’a permis d’apprendre à utiliser le wikicode, et de mettre dans la peau d’un contributeur. Une expérience enrichissante qui m'a permis de découvrir une autre facette de wikipédia (participer à la collaboration) !
== '''Julie Musig-Guillembert''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:JulieMG|JulieMG JulieMG]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:JulieMG|Discussion : JulieMG]]
Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia :
* La page créée pour « Bruno Bachimont »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Bruno_Bachimont
* La page modifiée pour « Web-Documentaire »: https://fr.wikipedia.org/wiki/Web-documentaire
* La page modifiée pour « Editorialisation »: https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89ditorialisation
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Tout d’abord, j’ai créé une page consacrée à Bruno Bachimont. J’ai passé énormément de temps à récolter des sources secondaires, bien plus que d'écrire l’article en lui-même qui est resté longtemps en mode brouillon. La page a bien été acceptée (sans bandeau), j’ai donc par la suite envoyé un mail à Mr Bachimont pour avoir une photo libre de droit. Elle a été intégrée dans une boite à outils.
Ensuite, en collaboration avec Julia Lhermitte, j’ai grandement modifié l’article consacré au concept de Web-documentaire qui avait un contenu trop mince : nouveau plan avec trois parties, ajout de la bibliographie, de liens externes et de sources secondaires.
Enfin, j’ai décidé de modifier l’article concernant l'éditorialisation en rajoutant un grand 2 avec trois sous-parties et donc d'autres sources secondaires pour appuyer mes propos.
==== Problèmes rencontrés ====
Les articles à propos de l'éditorialisation et du web-documentaire étant déjà créés, j’ai rencontré seulement des difficultés avec la page de Bruno Bachimont. Je tiens à dire qu’il est extrêmement compliqué de publier sur wikipédia notamment lorsqu’il s'agit de justifier la notoriété d'une personne. Ma page est longtemps restée en brouillon, face aux critiques des utilisateurs ("pas assez de sources secondaires..."). Après avoir mis une vingtaine de sources secondaires, je l'ai publiée et la page est restée. Pour terminer, trouver des images libres de droit a été difficile ainsi que tout le processus d'insérer une image.
=== Bilan individuel de cette expérience ===
En principe, j'utilise wikipédia pour mes recherches et je pense continuer à le faire juste pour ça. Certes, le contenu doit être justifié et certifié. Néanmoins, il existe trop de contraintes. Il faut savoir que j’ai "limite" terminé d'écrire l’article de Bruno Bachimont pour le publier alors que normalement c’est un site de collaboration...
=== '''Astrid Amegnran''' et '''Stéphanie Moreau''' ===
* Notre page utilisateur commune sur wikipedia : [[w:Utilisateur:phaasM1|phaasM1]]
* Pour nous contacter : [[w:Discussion_utilisateur: phaasM1 |Discussion phaasM1 ]]
* Nos pages respectives : [[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]] [[w:Utilisateur:Phanie mo|Phanie mo]]
* Lien vers le brouillon de la page Pascal Froissart (page supprimée) : https://fr.wikipedia.org/wiki/Utilisateur:PhaasM1/Brouillon
* Lien vers la page Suzy Menkes -contribution personnel - article à compléter en anglais [[w:en:Suzy Menkes|Suzy Menkes]] ([[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]] )
* Voici la liste de nos contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:contributions/Astridam|Astridam ]] [[w:Spécial:contributions/Phanie mo|Phanie mo ]] [[w:Spécial:contributions/phaasM1|phaasM1 ]]
==== Bilan des articles auxquels nous avons participé : rédaction d'un article sur '''Pascal Froissart''' & ''' Suzy Menkes''' ([[w:Utilisateur:Astridam|Astridam]]) ====
* Nous avons crée nos pages Wikipédia.
* Nous avons d’abord commencé à faire des recherches sur Pascal Froissart . La curiosité notamment, face à l’étude de ce domaine - peu familier pour des non-spécialistes bien que présent au quotidien- qu’est la rumorologie nous a amené à travailler sur ce chercheur .La rumeur, aux origines lointaines fait l’objet de vastes et actuelles recherches : en témoignent, les ouvrages de Pascal Froissart , son site qui y est consacré où sont repertoriés, par ailleurs, les colloques, ses interventions médiatiques, contributions et articles scientifiques multilingues de collègues et rumorologues(et thèses) ayant pour sujet la rumeur. L’intérêt était donc d’apprendre à connaître ce qu’était cette science de la rumeur et d’offrir une certaine visibilité à ses multiples travaux,à travers l’utilisation et la pratique de Wikipedia aux ,travaux de Pascal Froissart dignes d’intérêt.
==== Problèmes rencontrés ====
* Le premier problème que nous avons est lors de la rédaction de l’article sur Wikipédia. En effet, le langage wikicode a été difficile à appréhender pour les néophytes que nous sommes, ce qui a eu des conséquences , notamment, sur la création de la dropbox et également, quant à l’insertion d’une photo via Wikimedia Commons (droit d’auteurs & règles concernant l’importation d’une image) dans les premiers temps.
* Le second problème que nous avons rencontré a été la suppression de l’article (ce qui est, à notre avis,pour tout le monde assez frustrant), une fois posté sans explication notable.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* '''Astrid :'''
J’avais pu appréhender l’environnement de Wikipédia ainsi que son éthique (et ses règles strictes) en participant l’année dernière au projet Fashion-Edith -a-thon qui se déroulait à Paris, menée par le musée des Arts Décoratifs en partenariat avec Wikipedia (Europeana Fashion)où j’ai pu contribuer à la rédaction d’articles ou compléter des pages existantes ayant attraits à l’univers de la mode.
Mais l’usage de Wikipédia dans ce TD a été inédit car plus approfondi. Travailler à deux sur la page de Pascal Froissart m’a permis de comprendre les enjeux du travail collaboratif ainsi que ses exigences et de n’être non plus contributeur mais créateur. Le regroupement d’informations a été un vrai travail de recherches puis de mise en forme;phase qui s’est avérée assez complexe,pour ma part. J’ajouterai que le travail au brouillon et la possibilité de prévisualiser les articles avant la publication m’a été très utile.
Je remercie Mr Lionel Barbe pour ce TD,son accompagnement tout au long de l’avancement de nos projet mais aussi pour sa démarche de sensibilisation quant à la charte et logique même de Wikipédia: un “projet d’encyclopédie libre” dont je retiendrai les notions clés d’enrichissement de contenu, d’apport d’une valeur ajoutéE, d’implication dans un projet collaboratif et enfin,la possibilité d’éditer par tous. Ce cours a enrichit mes connaissances en matière d’usage d’un outil numérique et coopératif.
Par ailleurs, j’ai souhaité compléter en anglais, l’article dédié à la journaliste de mode Suzy Menkes , ce qui était une réelle envie de ma part. Les sources en anglais ne manquaient pas mais l’enjeu était de référencer suffisamment tout en produisant un travail personnel afin d’être fidèle à la valeur d’honnêteté revendiquée par Wikipedia.
J’ai essayé de mettre en pratique la syntaxe de Wikipédia à travers des tentatives de citations.
Un des problèmes majeurs a été une nouvelle fois ici, l’ajout d’une image récente de Suzy Menkes via Wikimedia Commons (problèmes de copyright et de téléchargement).
* '''Stéphanie :'''
Grâce à ce projet, je me suis rendue compte qu’écrire un article sur Wikipédia était plus compliqué que je ne le pensais. Cela m’a permis de voir une autre facette de Wikipédia. J’ai trouvé cette expérience intéressante bien que compliqué. Cela m’a aussi permis de comprendre tout le travail de recherche fait autour de chaque article posté.
== '''Nicolas PERARD''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Marco-Verratti|Utilisateur:Marco-Verratti]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Marco-Verratti|Discussion Marco-Verratti]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Marco-Verratti|Contributions Marco-Verratti]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
* En cherchant à quoi je pouvais contribuer, j’ai regardé la page wikipédia d’un vieux film que j’aime beaucoup, et j’ai vu qu’il n’y avait rien dans la partie synopsis. J’ai donc commencé par rédiger puis rajouter le synopsis de ce film pour rendre sa page plus complète. J’ai reçu un message pour me remercier de ma contribution. Voici la page du film : [[w:Les_Copains_d'Eddie_Coyle|Les copains d'Eddie Coyle]]
* Je me suis ensuite lancé dans la traduction de l’espagnol vers le français de la page wikipédia d’un plat que j’ai mangé de nombreuse fois, constatant que ce plat ne possédait pas sa page en français. Pour cela j’ai d’abord rédigé ma page sur le brouillon puis j’ai ensuite directement publié la page. Voici la page du plat que j’ai crée : [[w:Bouillon_de_côtes|Bouillon de côtes]] Et voici une capture d’écran de mon travail (au cas où la page ne serait pas validée). [http://www.hapshack.com/images/QyJBD.png capture d’écran de mon travail]
* Je suis ensuite resté dans le domaine de la traduction mais cette fois-ci pour une traduction du français vers l’espagnol. J’ai repris la page française du film auquel j’avais rajouté le synopsis, pour la traduire et la publier sur le wikipédia espagnol, car ce film ne possédait pas sa page dans cette langue. J’ai d’abord travaillé sur mon brouillon du wikipédia espagnol avant de là aussi directement publier. [[w:es:Los amigos de Eddie Coyle|Los amigos de Eddie Coyle]]
* Pour finir, j’ai cette fois-ci créé une page en français qui n’existait en aucunes langue, celle de l’Espace Musée qui se situe à l’aéroport Roissy-Charles-de-Gaulle. Ma méthode a été la même, j’ai d’abord fignolé mon article sur mon brouillon, puis je l’ai directement publié. La page a été validé car j’ai reçu un message pour me remercier de cette contribution et un autre me disant qu’elle a été référencé. J’ai créé cette page car j’ai travaillé à l’organisation de l’inauguration de ce lieu lorsque j’étais en stage dans la société des deux fils de l’homme qui est à la base de ce projet. Je connaissais donc le sujet et les preuves de notoriété que vous pouvez voir dans notes et références ont je pense bien aidé à l’acceptation rapide de la page. Page de l'espace musée : [[w:Espace_Musée|Espace Musée]]
==== Problèmes rencontrés ====
* Pour ma traduction de la page du film « Les copains d’Eddie Coyle » du français vers l’espagnol, j’ai travaillé sur le brouillon du wikipedia espagnol, mais je n’ai pas trouvé pas le bouton « publier votre article » comme sur le wikipédia français. J’ai donc été obligé de taper le nom de l’article que je voulais créer dans la zone de recherche du wikipédia espagnol pour constater que la page n’existe pas, pour ensuite pouvoir cliquer sur le lien qui m’invite à la créer.
* Toujours concernant cette page du film « Les copains d’Eddie Coyle » en espagnol, je ne suis pas arrivé à afficher correctement l’info-box de droite. J’etais pourtant sûr d’avoir la bonne balise, car je l’avais reprise sur la page espagnol d’un autre film, mais cela m'a donnée [http://www.hapshack.com/images/YFyf.png ceci] et je n'ai jamais compris pourquoi. Les informations techniques étaient cependant écrites dans le corps de la page et deux jours après sa création j’ai constaté qu’un bot avait rajouté l’info-box.
* J’ai aussi eu parfois du mal avec les notes et références pour leur donner la forme et la syntaxe exacte que je voulais. Mais à force de regarder comment elles sont codées dans le wikicode des autres pages et en copiant les codes on finit par obtenir le résultat désiré.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Je dirais que ce module m’a d’abord permis de comprendre comment fonctionne wikipédia, mais j’ai surtout appris des choses concrètes, à savoir à comment éditer wikipédia. Que ce soit pour compléter une page, pour de la traduction du français vers une autre langue, d’une autre langue vers le français ou simplement pour créer une nouvelle page. Grâce à ce cours, je possède désormais les bases qui me permettent aujourd’hui de dire que je sais comment me servir de wikipédia et comment créer une page de A à Z. C’est une très bonne chose pour moi et une compétence (très appréciable) de plus à rajouter sur mon CV.
== '''Sonia JELAIEL''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Periodistaa|Utilisateur Periodistaa]]
* Pour me contacter : [[w:Discussion_utilisateur:Periodistaa|Discussion Periodistaa]]
* Voici la liste de mes contributions sur Wikipédia : [[w:Spécial:Contributions/Periodistaa|Contributions Periodistaa]]
* La page créée pour Wedding dash : [[w:Wedding_Dash|w:Wedding_dash]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Rédaction d'un article sur le jeu '''Wedding dash'''
* ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]'', édité par Playfirst, est un jeu auquel je joue régulièrement. J’ai pu noter en faisant quelques recherches que l’article explicatif en anglais existait, mais pas celui en Français. J’ai donc entrepris la démarche de créer l’article français sur ce jeu, sur Wikipédia. En suivant les instructions très détaillées et explicatives du site, j’ai pu pas à pas créer mon article, en traduisant d’une part les termes de l’article anglais, et en ajoutant d’autre part certaines informations récoltées lors de mes recherches préalables. Le jeu est sorti dans plusieurs éditions limitées, que j’ai pu détailler, après avoir expliqué le principe même de ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]''.
==== Problèmes rencontrés ====
* Je n'ai pas rencontré de problème significatif, si ce n'est celui de l'agencement des sections. En effet, j’ai eu du mal à déterminer l'importance des différentes sections et sous-sections. Par ailleurs, un contributeur de Wikipédia a ajouté sur mon article la partie "Accueil' - faisant référence à l'accueil critique qu'avait reçu le jeu - mais il fut difficile pour moi de remplir cette partie, n'ayant pas pu trouver de réelles sources et données chiffrant ou détaillant cet aspect. Je peux néanmoins dire que Wikipédia est, contrairement aux idées reçues, une plateforme où nous pouvons facilement contribuer au savoir collectif, le site nous guidant pas à pas. Il est tout de même primordial d'écrire des informations cohérentes et vérifiées, sources à l'appui.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
* Cette expérience fut très enrichissante intellectuellement et pédagogiquement car je n’avais jamais créé/contribué à un article sur Wikipédia. Ce cours a démystifié la grosse machine Wikipédia, et m'a prouvé que je pouvais aussi en être un rouage. Je voyais les contributeurs de ce site comme des érudits inaccessibles, loin de me douter que je pouvais moi même créer une page. De plus, la dimension collaborative est très intéressante : j’ai en effet été en contact avec un contributeur qui m'a aidée notamment pour l'agencement de ma page, ce qui fut très utile. J’ai été passionnée par la création de cette page, car ''[[w:Wedding_Dash|Wedding dash]]'' est un jeu que j'affectionne et que je connais par coeur, ayant terminé chaque édition limitée qui est sortie. Ainsi, créer cette page sur Wikipédia, le top du référencement sur internet, a été stimulant. Je réitérerai sans doute l'expérience ; j'étais utilisatrice très fréquente de Wikipédia, je peux à présent me vanter d’être contributrice.
== '''DUPERRET Thomas''' ==
* Ma [[w:Utilisateur:Duptom89|page utilisateur]] sur Wikipedia
* Me [[w:Discussion_utilisateur:Duptom89|contacter]]
* Mes [[w:Spécial:Contributions/Duptom89|contributions]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai contribué à la mise à jour de la page de Judith Butler, philosophe américaine spécialiste des études de genre. Découvertes à l’occasion de l’hystérie collective qui a secoué le pays lors du "mariage pour tous" en 2013, je me suis tout de suite pris de fascination pour ce type d'études universitaires et leurs représentants ; Judith Butler en est la plus illustre. Parce qu'elle gagne encore à être connue en Europe, j’ai décidé d'étayer sa page Wikipedia à partir de sa version anglaise : j’ai ainsi procédé à la traduction de plus de 5000 signes, répartis en trois paragraphes.
==== Problèmes rencontrés ====
Je n'ai rencontré aucun problème particulier sur Wikipedia, dont l'interface fluide et ergonomique favorise une prise en main rapide, même pour les plus novices - dont je fais partie. Les principaux problèmes auxquels j’ai été confronté ont eu principalement trait à la nature même du sujet sélectionné : qui dit études universitaires dit jargon très spécifique - une difficulté supplémentaire en termes de traduction. Il m'a donc fallu vérifier rigoureusement chaque terme à la consonance un peu barbare. L'autre difficulté a tenu dans la recherche systématique des équivalences françaises des pages insérées sous forme de liens dans le texte original. Dans le même ordre d'idées, reproduire les notes et références s'est avéré fastidieux - je m'attendais naïvement à pouvoir copier-coller un wikicode, ça n'a pas été le cas, et il m'a donc fallu insérer manuellement chaque référence - en vérifiant au préalable sa validité, certaines n'étant plus accessibles.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Une révélation, ou presque : cette liberté de contribuer - qui se traduit par la possibilité presque grisante de pouvoir modifier des pages Internet en temps réel -, le sentiment de partager un projet collectif et enrichissant, ainsi que la découverte d'une communauté de passionnés œuvrant de manière désintéressée pour la propagation gratuite des connaissance, m'ont enchanté. J’ai pour habitude de consulter Wikipedia, comme tant d'autres j'imagine ; aller au-delà du miroir et se familiariser avec les rouages de cette gigantesque machinerie n'en a été que plus exaltant. Je pense par la suite compléter régulièrement les pages relatives aux études de genre.
== '''Julia Lhermitte''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:julialh|Julia Lhermitte]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Julialh|Discuter avec moi]]
La liste de mes contributions sur Wikipédia :
* La page réécrite au complet pour : [[w:Web-documentaire|web-documentaire ]]
* Maintenance sur la page veille stratégique
* Maintenance sur la page [[w:Barre_au_sol|barre au sol]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
Premièrement j’ai collaboré avec Julie Musig-Guillembert pour la réécriture et la restructuration de la page Web-Documentaire.
Cet article manquait largement de sources pertinentes et d'un contenu exhaustif. Tout d’abord nous avons structuré l’article en 3 parties. Ensuite nous avons chacune participé à la rédaction du contenu. Enfin l'ajout des liens externes, des sources secondaires et de la bibliographie a été nécessaire.
Deuxièmement j’ai participé à la maintenance de la page veille stratégique par la correction des liens internes homonymes et la réécriture d'une partie de l'introduction.
Troisièmement pour le sujet barre au sol j’ai ajouté et réécrit du contenu. Par ailleurs cette page n'étant aucunement sourcé, j’ai fait un travaille de recherche en amont afin de référencer ce sujet par des sources pertinentes.
==== Problèmes rencontrés ====
Afin de sourcer au mieux le sujet Web-Documentaire j’ai dû assimiler les notions de bibliographie, liens internes et liens externes pour une page Wikipedia. L'ajout des sources est une partie au-quelle j’ai consacrée un temps plus important. Par ailleurs pour le sujet "veille stratégique" je me suis heurtée au problème des liens qui dirige vers des homonymies. Pour cela j’ai procédé parfois à une réécriture plus pertinente des termes. Pour finir le sujet "barre au sol" m'a demandé un gros travail de recherche. En effet cette disciplines manque véritablement d'écrits. L'ajout de contenu a été par conséquent difficile.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
le fait de participer à un projet d'encyclopédie universelle a été une expérience très valorisante.
Je suis depuis longtemps intéressée à la philosophie open source et collaborative mais je n'y avais jamais vraiment contribué. Par ailleurs cette expérience m'a permis de véritablement comprendre la notion de travail collaboratif. En effet contrairement à un travail coopératif le travail collaboratif n’est pas hiérarchisé. Cette méthode de travail me plaît en parti car elle n’est pas hiérarchisée. Celle-ci exige des membres de l’équipe ou de la communauté un partage de la responsabilité et le travail individuel s'identifie difficilement. Tandis que le travail coopératif engage la responsabilité des acteurs et permet à la fin du projet de discerner avec aisance le travail individuel effectué. Enfin cela m'a donné l'envie de continuer sur ma lancée de contribuer à Wikipedia.
== '''Aïda Amor''' ==
* Ma page utilisateur : [[w:Utilisateur:Amoraiida]]
* Pour me contacter: [[w:Discussion_utilisateur:Amoraiida|Discuter avec moi]]
* Liste de mes contributions : [[w:Spécial:Contributions/Amoraiida|Contributions Amoraiida]]
==== Bilan des articles auxquels j’ai participé ====
J’ai participé à la rédaction de l’article sur le jeu [[w:Temple_Run|Temple Run]]. Ce jeu avait fait fureur lors de sa sortie sur smartphone il y a quelques années. J’ai remarqué qu'un article en anglais existait déjà et qu’il était complet contrairement à la version française qui n'était qu'une simple ébauche. J’ai pris plaisir à rédiger cet article car j'étais moi-même une grande fan de ce jeu.
==== Problèmes rencontrés ====
Les problèmes rencontrés lors de la rédaction de l’article sur [[w:Temple_Run|Temple Run ]]<nowiki/>sont liés au wikicode. En effet, il m'a fallu quelques séances pour m'y habituer, mais aussi au niveau de la traduction de l’article et de sa rédaction: j’ai tenté de garder une certaine cohérence avec l’article anglais.
==== Bilan individuel de cette expérience ====
Participer à ce projet a été une expérience valorisante d'autant plus que les sujets que l’on pouvait traiter étaient très larges. Ce projet m'a permis d’appréhender au mieux l'outils Wikipedia. J’ai compris comment fonctionnait Wikipedia et le travail coopératif. Je ne pensais pas que rédiger un article sur l'encyclopédie en ligne serait aussi compliqué : des alertes sont envoyées pour vous avertir des erreurs commises ou votre article est modifié.
Globalement je suis satisfaite d’avoir eu ce module car je suis maintenant capable de créer un article sur wikipedia sans problème.
== '''Roux Anne-Sophie et Larrere Marine''' ==
* La page de notre contribution commune : [[Wikipédia]] chapitre : [https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikipédia#Wikipédia_dans_l.27enseignement]
* Nos pages utilisateurs respectives : [[w:Utilisateur:Annesofrx|Annesofrx]] [[w:MarineLrre:Annesofrx|MarineLrre]]
* Nos contributions respectives : [[w:Spécial:Contributions/Annesofrx|Contributions Annesofrx]] [[w:Spécial:Contributions/MarineLrre|Contributions MarineLrre]]
==== Bilan de notre contribution ====
Nous avons voulu ajouter une sous-partie "Wikipédia dans l'enseignement" à la section "influence" de la page Wikipédia. Nous avons suivi un fil conducteur pour structurer notre paragraphe, avec les suggestions de Lionel Barbe pour les recherches de sources. Nous avons choisi de ne pas faire de brouillon et de ne pas poster le paragraphe sans l'avoir fini, pour éviter les risques de suppression. Un contributeur nous a "remercié" pour la contribution, mais il nous a quand même été noté qu'une des sources mises était une source primaire, et que la référence nécessitait plutôt une source secondaire ou tertiaire. Cette contribution reste cependant bien théorique et s'inscrit dans le reste de la page de Wikipédia, ce qui lui a sûrement valu sa conservation.
==== Problème(s) rencontré(s) ====
Quelques difficultés de départ pour maîtriser les différentes façons de mettre des sources en notes. Il subsiste également un bandeau "cette section ne cite pas suffisamment de sources" qui avait été mis avant que nous mettions nos sources et qui n'a pas été actualisé depuis.
==== Bilan individuel de cette contribution commune ====
'''Anne-Sophie''' : Les objectifs donnés dans ce cours interactif nous ont permis d'avancer pas à pas dans ce travail collaboratif. Cela m'a donné une nouvelle image de Wikipédia, celle d'une plateforme collaborative dense, complexe (mais qui s'"apprivoise" vite) et qui demande de la rigueur. De plus, créer "Wikipédia dans l'enseignement" a finalement fait écho au cours en lui-même, à ses finalités. Et celles-ci se sont confirmées : nous avons de nous-même acquis une base de savoirs sur Wikipédia, en expérimentant, en essayant, en modifiant et en finalisant nos contributions. Le tout en fonction des envies, des expériences de chacun (guidé par un enseignant "passeur"). C'est cette imbrication de l'individuel dans le collectif qui est plaisant.
'''Marine''' : Cette contribution collective nous à permis de comprendre quelques rouages de cette plateforme bien ficelée. Le fait de créer par nos propres moyens une partie, qui plus est, sur la page "Wikipédia" rajoute de l’intérêt à ce travail. Faire des recherches pour rendre cet article fiable vis-à-vis des lecteurs a été très enrichissant. Cette partie n'a pas été supprimée et recevoir les remerciements d'un contributeur nous fait prendre conscience que ce projet est "réel", mais surtout que nous sommes capable de contribuer à cette grande encyclopédie en ligne que nous avons longtemps utilisé comme outils de recherche. Enfin, le sujet choisi a été d'autant plus intéressant, car nous étions concernées, et cela nous à permis en plus de la maîtrise des outils, d’avoir une vraie réflexion.
==== Bilan des contributions personnelles ====
'''Anne-Sophie''' : En dehors de cette contribution commune, j’ai par ailleurs ajouté quelques informations sur la page [[Consom'action]] et sur celle du [[végétalisme]]. J’ai également ajouté une section "ondes et santé" à la page [[onde électromagnétique]], avec 3 sous parties. Le problèmes étant que j’ai parlé principalement d'un chercheur à l'origine de la découverte des nuisances, et il est très compliqué de trouver des sources secondaires fiables à son sujet (lobby...) Celles que j’avais mises ne suffisaient pas et des contributeurs ont remis en question la neutralité de ma contribution. J’ai alors contacté ce chercheur qui m'a envoyé plusieurs documents de sources secondaires fiables, mais ma contribution avait déjà été supprimée. Chose que je comprends, car traiter de la santé sur Wikipédia reste très délicat, d'autant plus sur un sujet sensible, controversé, bloqué qui est celui de la remise en cause de l'innocuité des ondes... Même l'OMS n'aurait pas été une source fiable selon leurs dires, ni même celles d’articles dans lesquels ce chercheur apparaît en tant qu'"expert" identifié. Je pense aussi que mon opinion devait se "faire sentir" au travers de ma contribution, à cause de l'omniprésence des travaux de ce chercheur, même si j’ai veillé à la neutralité du ton et que j’ai par exemple mis le lien d'un pédopsychiatre de renom ou ai précisé que la France avait réfuté la nuisances des ondes. Cette expérience m'aura permis de voir que Wikipédia ne peut être un outil de vulgarisation scientifique que dans une moindre mesure. Cela m'a aussi donné envie de continuer à contribuer sur Wikipédia sur des sujets qui me plaisent en restant prudente sur la neutralité.
'''Marine''' :
Contributions personnelles: j’ai choisi ensuite de traduire un paragraphe de la page sur la ville de Birmingham issue du Wikipédia anglais. J’ai ainsi ajouté ce passage à la page de Birmingham sur le Wikipédia français. Cela concernait le sujet des musées et des galeries d'art de la ville. En effet sur le Wikipédia français, il n'y avait aucune information culturelle de ce genre.
Enfin, j’ai modifié quelques phrases et fautes d'orthographes concernant la page sur la ville de Pau, dont je suis originaire.
Problèmes rencontrés: j’ai eu quelques problèmes de sources à trouver notamment pour la contribution sur la page de Birmingham, mais rien de plus étant donné que la modification n'a pas été très importante.
Bilan de l'expérience personnelle: cette expérience a été des plus intéressante. En effet, ayant fait une première contribution en binôme, je voulais faire de nouvelles contributions différentes en étant seule, afin de continuer à appréhender l'outils qu'est Wikipédia et voir jusqu'où je pouvais aller.
J’ai donc créé un article à deux, puis j’ai traduit un paragraphe d'un Wikipédia étranger que j’ai ajouté au Wikipédia Français et j’ai corrigé des fautes sur une page. J’ai beaucoup apprécié découvrir cet outils de l'intérieur, qui demande de la rigueur dans les apports mais aussi un certain travail en amont pour que le tout soit fiable et permette de répondre à son but premier: la diffusion du savoir.
[[Catégorie:Projet terminé]]
rhw74nmagdz4zjf5ohn1ovojbbxxlyu
Recherche:Suicide vu par l'enfant
104
57671
881448
881386
2022-08-18T14:41:25Z
JackPotte
2411
Révocation des modifications de [[Special:Contributions/160.176.12.161|160.176.12.161]] ([[User talk:160.176.12.161|discussion]]) vers la dernière version créée par [[User:Crochet.david|Crochet.david]]
wikitext
text/x-wiki
{{Travail de recherche
| idfaculté = psychologie
}}
Le '''Suicide vu par l'enfant''', est une
recherche psychologique<ref group=Note>La psychogénétique de [[w:Jean Piaget|Jean Piaget]] s'inspire du travail d'[[w:Épistémologie génétique|Épistémologie génétique]] de [[w:James Mark Baldwin|James Mark Baldwin]] qui a influencé celui de [[w:Peggy Sastre|Peggy Sastre]] sur l’évoféminisme</ref> d'Alexandre Gilbert<ref group=Note>Alexandre Gilbert (né le [[w:30 octobre|30 octobre]] [[w:1980|1980]]), [http://galeriechappe.org marchand d'art], est le fils de [[w:en:Laurence_de_Cambronne|Laurence de Cambronne]] et [[w:Marc Gilbert|Marc Gilbert]], décédé par suicide.</ref>.
== Problématique ==
Nous analyserons le développement psychique de l'enfant suicidaire<ref group=Note>Meurtre du [[w:Surmoi|Surmoi]] chez Freud ou du [[w:Dasein|Dasein]] chez [[w:Martin Heidegger|Martin Heidegger]] et [[w:Parallaxe|Parallaxe]] pour [[w:Slavoj Zizek|Slavoj Zizek]]</ref>, l'exposition de l'enfant à un parent suicidaire et le deuil après suicide, sujets étudiés notamment par Marie-Frédérique Bacqué et Cécile Paesmans.
== Introduction : Statistiques & Définitions ==
75% des décès par suicide (Acte réussi) concernent des hommes (pendaison puis armes à feu) et 65% des personnes hospitalisées suite à une tentative de suicide (Parasuicide) sont des femmes (surtout par intoxication médicamenteuse)<ref>[http://www.caminteresse.fr/economie-societe/qui-se-suicide-le-plus-les-femmes-ou-les-hommes-1112114/ Qui se suicide le plus, les femmes ou les hommes ?], caminteresse</ref>{{,}}<ref>[http://www.theses.fr/s113514 Agressions sexuelles et tentatives de suicide chez les femmes par Juliette Leclercq], thèses.Fr</ref>{{,}}<ref>[https://www.memoireonline.com/08/08/1443/m_lien-tentative-suicide-perte-objet-hysterique.html Le lien entre la tentative de suicide et la perte d'objet chez l'hystérique], , Mémoire online</ref>. La femme est plus affine au passage à l’acte avec infinitude tandis que l'homme est prisonnier de sa finitude<ref>[http://frblogs.timesofisrael.com/dialogue-avec-philippe-kong/ Dialogue avec Philippe Kong], Times of Israel</ref>. De 1980 à 2005, le taux de suicide a plus que doublé<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-cause-freudienne-2004-3-page-49.htm Le risque suicidaire par Jean-Pierre Deffieux], Cairn</ref>.
Le suicide est pour les [[w:Philosophie du suicide|philosophes]], une liberté ([[w:Sénèque|Sénèque]]), un choix d'être ([[w:Jean-Paul Sartre|Sartre]]), un [[w:Lapalissade|truisme]] ([[w:Emmanuel Levinas|Emmanuel Levinas]]), un moyen à proscrire de résoudre l'absurde, recommandant de l'affronter par la révolte ([[w:Albert Camus|Albert Camus]]); et pour le généticien, situé sur le gène [[w:SKA2|SKA2]].
Première cause de décès chez les occidentaux âgés de moins de trente-cinq ans, laissant cinq à dix proches, Crosby et Sacks évaluent à 1,1% la population américaine endeuillée après un suicide<ref>[https://www.cairn.info/suicides-et-tentatives-de-suicide--9782257203984-page-253.htm La « postvention » : les interventions pour ceux qui restent, par Monique Séguin, Francine de Montigny, 2010], Cairn</ref>. À noter que le trouble bipolaire enregistre le plus fort risque de suicide, trente fois supérieur à la population générale, 15 à 19 % « réussissant » leur suicide et 25 à 50 % qui font au moins une tentative de suicide dans leur vie.
En 2014, [[w:Kathryn Abel|Kathryn Abel]] montre l'effet d'un événement externe stressant sur la santé mentale d'un enfant, dans l'étude publiée par le British Medical Journal, au même titre que les guerres ou les famines, comme le risque de psychose qui augmente de 84% si un enfant perd son père, sa mère, un frère ou une soeur avant l'âge de 3 ans. S'il s'agit d'un suicide, le risque est trois fois plus important si la mort survient avant l'âge de 2 ans, et deux fois si c'est après. Le risque est plus élevé s'il s'agit d'un accident plutôt que d'une maladie. Il n'y a pas d'effet avant la naissance qui signifie que c'est dans les échanges avec les parents que l'effet a lieu. La mort de grands-parents n'a pas d'impact sur le risque de psychose. Le risque est plus élevé pour les psychoses affectives, comme la maniaco-dépression, mais pas pour les psychoses non affectives, comme la schizophrénie<ref>[https://www.lapresse.ca/actualites/sante/201401/24/01-4732266-le-deuil-en-bas-age-un-facteur-de-psychose-selon-une-etude.php Le deuil en bas âge, un facteur de psychose, selon une étude], La Presse</ref>.
=== Le [[w:Principe de nirvana|Principe de nirvana]] ===
[[w:Sigmund Freud|Sigmund Freud]] s'est suicidé mais n'a pas écrit explicitement sur le sujet qu’il place dans la rubrique des « méprises », soit des actes dont « l’effet manqué semble constituer l’élément essentiel »<ref>[http://agora.qc.ca/thematiques/mort/dossiers/freud_sigmund Sigmund Freud], Agora</ref>. Il décrit la [[w:pulsion de mort|pulsion de mort]] comme une éradication pure et simple de toute excitation dont « le moi ne peut se tuer que lorsqu’il peut, de par le retour de l’[[w:Théories de la relation d'objet|investissement d’objet]], se traiter lui-même comme un objet. »<ref>[http://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2008-1-page-181.htm S. Freud, « Deuil et mélancolie »], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-savoirs-et-cliniques-2004-2-page-11.htm Le suicide est-il un acte ? de Geneviève Morel ], Cairn</ref>{{,}}<ref group=Note>Pour Freud, « le suicide manifeste la victoire de la pulsion sexuelle sur la pulsion de vie (pulsion du Moi). Il postule, pour que le suicide soit possible, la nécessité d'une régression et d'une lutte contre la résistance au suicide ; il distingue donc bien ce qui est du registre de l'agir et ce qui appartient au symptôme névrotique. Le suicide est ainsi considéré comme un aboutissement et non comme une position d'équilibre, de compromis persistant : "Il ne faut pas oublier que le suicide n'est rien d’autre qu'une sortie, une action, un aboutissement de conflits psychiques, et qu’il s'agit d'expliquer le caractère de l'acte et comment le suicidé vient à bout de la résistance (contre l'acte du suicide). Or cet acte il le définit comme "un substitut" et non une conséquence de la psychose (séance du 20 avril 1910). Dans cette perspective, la tentative de suicide est considérée comme une alternative à ce que Freud nomme ici, avec ambiguité "psychose". » (Psychanalyse et résilience de Boris Cyrulnik et Philippe Duval)</ref>{{,}}<ref group=Note>Freud a dit : "Rien n’est moins mystérieux que le suicide du mélancolique, ce qui reste mystérieux, c’est la mélancolie elle-même", "et dans les deux situations opposées de l'amour le plus extrême et du suicide, le moi, par des chemins totalement différents, est subjugués par l'objet". (Sigmund Freud, Deuil et mélancolie, 1917)</ref>.
=== L'Acte réussi ===
Le suicide est analysé au cours du séminaire XI de [[w:Jacques Lacan|Jacques Lacan]], ''Les quatre concepts fondamentaux de la psychanalyse''<ref>http://www.valas.fr/IMG/pdf/S11_FONDEMENTS.pdf</ref>{{,}}<ref>[http://aejcpp.free.fr/lacan/1957-05-31.htm Les clefs de la psychanalyse, L’Express, par Madeleine Chapsal], AEJCPP</ref>{{,}}<ref>[https://laregledujeu.org/2014/11/28/18365/aux-prises-avec-le-reel/ Aux prises avec le Réel par Bernard-Henri Lévy], La règle du jeu</ref>. Seul acte qui puisse réussir sans ratage », il « procède du parti pris de ne rien savoir » , d'être ''inter-dit'' (rapport d’être qui ne peut pas se savoir). Jacques-Alain Miller parle de ''court-circuit''<ref>[http://wapol.org/ornicar/articles/lzm0095.htm Un court-circuit freudien par Catherine Lazarus-Matet], Wapol</ref> ou d{{'}}''échec au [[w:sinthome|sinthome]]'' (tautologie du singulier)<ref group=Note>[http://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2011-2-page-47.htm Monique Lauret D'un rêve sinthome comme échec au suicide : "Le sinthome (du grec, (suntithémi), « mettre ensemble »), est un élément nouveau qui ne rentre pas dans la chaîne borroméenne à trois, Réel, Symbolique et Imaginaire." (Séminaire Le sinthome, le livre XXIII)]</ref>. Le ''ratage'' (essence de l'objet)<ref group=Note>Le plus-de-jouir est corrélatif de ce que j’appellerais, pour parler comme Damazzio — je me cultive —, un état du corps propre et, comme tel, le plus-de-jouir est asexué. Il commande, mais qu’est-ce qu’il commande? Il ne commande pas un “ ça marche ”, mais un “ ça rate ” que, précisément, nous écrivons $. Quand on barre une lettre, en général c’est parce qu’on s’est trompé, non? Ici, le plus-de-jouir commande un “ ça rate ” et précisément un “ ça rate ” dans l’ordre sexuel. Je ne vois pas ce qui empêche de considérer que ce $ écrit: il n’y a pas de rapport sexuel, d’autant que la lettre initiale, [[w:Sujet de l'inconscient|S]], est la même que celle de sexe. Ça conduirait à dire que l’inexistence du rapport sexuel précisément est devenue évidente, jusqu’à pouvoir être explicitée, écrite, à partir du moment où l’objet petit a (cause du désir) est monté au sociel. Tandis que dans le régime du discours du maître, c’était une vérité refoulée par le signifiant maître. Et on doit constater qu’aujourd’hui le signifiant maître, les signifiants maîtres, n’arrivent plus à faire exister le rapport sexuel. [http://www.congresoamp.com/fr/template.php?file=Textos/Conferencia-de-Jacques-Alain-Miller-en-Comandatuba.html Conférence de Jacques-Alain Miller en Comandatuba]</ref> est la « logique où la contingence prouve, ou au moins atteste, l’impossible » par un gain de savoir car « l’acte ne réussit jamais si bien qu’à rater » ou « tout acte manqué est un discours réussi ». Dans sa ''Leçon du 12 février 1958'', Jacques Lacan<ref name="article lacan">[http://af.bibliotherapie.free.fr/Article%20Lacan.htm Article Lacan sur Bibliotherapie]</ref>{{,}}<ref>Autres écrits, {{p.|542}}), Paris, PUF, 2001</ref> développe l’idée que l'enfant non désiré par sa mère a ''une irrésistible pente au suicide''. Selon lui, plus l'enfant cherche à sortir de cette ''chaîne signifiante'' plus il s'y inscrit. Par le suicide, il devient ''signe éternel'' à la beauté ''horrifique'' et ''contagieuse'' (ce qui est précieux, Agalma, [[w:Effet Werther|Effet Werther]], Effet Papageno de Thomas Niederkrotenthaler, [[w:Aokigahara|Aokigahara]], [[w:Pont du Golden Gate|Pont du Golden Gate]], [[w:Tour Eiffel|Tour Eiffel]])<ref group=Note>La fille de Jacques Lacan, Sybille, écrit dans son livre [http://www.lemonde.fr/disparitions/article/2013/11/09/mort-de-l-ecrivaine-sibylle-lacan_3511291_3382.html#ChzLEzwZ68Wf8gdb.99 ''Mon père''] : « Quand je suis née, mon père n'était déjà plus là. Je pourrais même dire, quand j’ai été conçue, qu’il ne vivait plus vraiment avec ma mère. Une rencontre à la campagne entre mari et femme, alors que tout était fini, est à l'origine de ma naissance. Je suis le fruit du désespoir, d'aucuns diront du désir, mais je ne le crois pas. » (…) A son compagnon Christian Valas, elle confie cette lettre datée du 7 janvier 2013 : « Si je me suicide, je veux que les circonstances de ma mort ne soient occultées en aucun cas (presse, amis, etc.) Cette demande doit être considérée comme faisant partie de mes dernières volontés… » </ref>. Pour Lacan, au ''savoir défaillant'' est substitué un acte comme ''suicide du sujet'', fruit d'un ''forçage'' : le ''passage à l’acte'' (acte sans parole, l'Objet a évacue le sujet dans le Réel, destitution subjective<ref>[http://banmarchive.org.uk/collections/newformations/09_07.pdf The undergrowth of enjoyment, de Slavoj Zizek], banmarchive</ref>), l{{'}}''acting out'' (passionnel selon Lacan, parade du phallus imaginaire, délirante mais qui aura un sens, black out, somnanbulisme<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-1995-2-page-513.htm?contenu=resume La perception somnambulique
Marie-Claire Durieux], Cairn</ref>, [[w:Syndrome d'Elpénor|Syndrome d'Elpénor]])<ref>[https://www.cairn.info/load_pdf.php?ID_ARTICLE=FP_012_0045 Le concept d’aliénation en psychanalyse par Maria Cristina Poli], Cairn</ref>{{,}}<ref group=Note>Dans l'acte, nous dit Lacan, un sujet n'en existe pas moins comme divisé. Nous pouvons ainsi mesurer la difference entre un point d'acte. ou le sujet pour divisé qu'il soit n'assume pas moins les conséquences de ce qu'il a mis en oeuvre. Il s'agit toujours de déni, "ce qui a affaire à l'ambiguité qui résulte des effets de l'acte comme tel. L'aliénation nait de la négation du Grand Autre, en passant hors du seuil et plus rien n'est assumable. (L'inconscient ignore la négation, donc la contradiction.)</ref>, ''seuil [[w:Signifiant (psychanalyse)|signifiant]] qui le fait devenir autre'', qu’il appelle ''[[w:Jouissance|Jouissance]]'' (problème du XXIe s, le désir étant celui du XXe s) et que Freud appelle les ''compulsions de répétition et de destin'', dans ''Au-delà du principe de plaisir''.
=== Le Parasuicide ===
[[w:Serge Lebovici|Serge Lebovici]] signale : « le goût de l'enfant pour les [[w:Comportement ordalique|conduites ordaliques]] d'essai, pas tant le résultat d'une dépression (appauvrissement du moi, affect de restriction, ignorance, ne rien vouloir savoir, lâcheté morale de celui qui cède sur son désir selon Lacan<ref>[https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-psychologie-clinique-2005-1-page-63.htm La dépression est la vérité inversée du désir par Didier Robin], Cairn</ref>) que d'un jeu avec la violence et avec la mort, de conduites suicidaires aux conduites de mutilations du corps, troubles de l'appétit, ravage anorexique, boulimie, toxicomanie, le goût dangereux pour l’utilisation des véhicules rapides »<ref>[http://documents.irevues.inist.fr/bitstream/handle/2042/8212/MURS_1989_16_65.pdf La mort chez l'enfant. Point de vue d'un pédopsychiatre, Serge Lebovici]</ref>, le soutien de l’expropriation<ref>[https://www.corriere.it/cultura/18_luglio_09/heidegger-quaderni-neri-donatella-di-cesare-d306a486-838d-11e8-b0f1-5852deebaad6.shtml Heidegger, i «Quaderni neri» 1948-51], Corriere</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2001-1-page-123.html La répressivité par Steven Wainrib], Cairn</ref> ou les cas de réassignation sexuelle ([[w:Complexe de Diane|Complexe de Diane]])<ref>[http://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2013-1.htm Passer à l'acte, par Philippe Kong], Cairn</ref>.
== Le Suicide au risque de la psychanalyse ==
=== La Phylogénèse ===
Nous analyserons la [[w:phylogénèse|phylogénèse]] (parenté entre êtres vivants) du suicide dans le [[w:Judaïsme|Judaïsme]], le monde [[w:Arabe|Arabe]] et en [[w:Asie|Asie]]. Nathalie de Kernier précise que le geste suicidaire à l’adolescence entraîne une fixation autour de l’infanticide<ref> https://www.theses.fr/2009PA05H013</ref>.
==== Le Complexe de Caïn ====
Pour Montaigne, on ne peut pas dire que D.ieu ne peut pas attenter à ses jours car c'est déjà un blasphème de dire ce que D;ieu peut ou ne peut pas faire<ref>https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k1320789m/f1</ref>. En revanche le judaïsme, remonte au péché originel qui explique l'angoisse du manque symbolique, pendant la castration, et au complexe hystéroépileptique de Caïn abordé par [[w:Léopold Szondi|Léopold Szondi]], [[w:Gérard Haddad|Gérard Haddad]] et [[w:Antoine Vergote|Antoine Vergote]]. Eve, en devenant simple mortelle, est la mère du suicide ; [[w:Cain|Cain]], Abel et Seth, les premiers enfants endeuillés par un suicide virtuel. [[w:Abel|Abel]], berger nomade favori de [[w:Dieu|Dieu]], ne travaille pas, frappé de sidération obsessionnelle qui annonce son suicide virtuel symbolisé par la main de Cain, qui annonce [[w:Abraham|Abraham]] et [[w:Pilate|Pilate]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2005-2-page-199.htm Gisèle Chaboudez : Rapport sexuel et rapport des sexes par Olivier Douville], Cairn</ref>.
La violence disruptive du sédentaire Cain, arrive par court circuit, due à sa patrimonialisation toute-puissante et maniaque<ref>[https://coborder.wordpress.com/2015/02/19/quelle-est-la-difference-entre-un-pervers-narcissique-et-un-bipolaire/ Quelle est la différence entre un Pervers Narcissique et un Bipolaire ?], Coborder</ref> d’être le fils de Dieu. Leur [[w:forclusion|forclusion]] (effacement qui refoule et abolit tout vestige ou effet secondaire de sa propre dynamique) du nom-du-père entraine le surgissement du [[w:Grand Autre|Grand Autre]] qui les condamne. [[w:Seth|Seth]], dont le nom signifie fondation est le premier enfant endeuillé par le suicide qui va vaincre son destin. La bible parle du désir d’en finir assouvi de [[w:Saül|Saül]], [[w:Achitophel|Achitophel]], [[w:Samson|Samson]] ou [[w:Judas|Judas]] ; et refoulé d'[[w:Elie|Elie]], [[w:Jonas|Jonas]] et [[w:Jérémie|Jérémie]], mais tous meurent sans descendance.
Les auteurs survivants de la [[w:Shoah|Shoah]] qui se sont suicidés comme [[w:Paul Celan|Paul Celan]], [[w:Primo Levi|Primo Levi]] et [[w:Bruno Bettelheim|Bruno Bettelheim]] témoignent d'une intransmissibilité d'une histoire hors norme qui met en péril l'identité d'homme. Les traumas massifs des survivants de la [[w:Shoah|Shoah]], présentant des états dépressifs réactionnels aux ruptures dans la vie sentimentale comme dans les rapports amicaux, ne parviennent pas à vivre les déceptions et les séparations sans réactiver de terribles émotions qui bloquent l'enrichissement du narcissisme dont les capacités de fantasmatisation sont réduites par la reviviscence d'une imagerie terrifiante du passé et la permanence de deux attitudes psychiques, de deux réalités simultanées<ref>[http://www.bulletindepsychiatrie.com/shoah.htm Les syndromes des survivants de la Shoah, De la question des traumas massifs], Bulletin de psichiatrie</ref>.
Pour [[w:Freud|Freud]], une des raisons de l'antisémitisme européen (maladie auto-immune pour [[w:Hanania Alain Amar|Hanania Alain Amar]]) provient de l'appréhension des enfants chrétiens face à la circoncision perçue comme une castration. Pour [[w:Gérard Huber|Gérard Huber]], le [[w:Mont du Temple|Mont du Temple]] où était récité le Nom de D.ieu en est le symbole<ref>[http://www.akadem.org/sommaire/cours/freud-et-l-egypte/freud-lecteur-de-la-bible-06-06-2007-6964_4231.php Freud, lecteur de la bible], Akadem</ref>. Pour [[w:Jean-François Lyotard|Jean-François Lyotard]], le judaïsme est structuré comme une psychose ("Figure forclose") et le [[w:Sophisme|sophisme]] de [[w:Robert Faurisson|Robert Faurisson]] "il n'y a pas eu de chambres à gaz" ne peut être réfuté, suivant le [[w:Syllogisme|syllogisme]] : "les témoins sont morts et ceux qui témoignent n'y étaient pas puisqu’ils sont non-morts." ("Le différend")<ref>Suzanna Achache-Wiznitzer, dans "Racisme extraordinaire ou l'art de tuer les métaphores"</ref>. Pour Jacques Lacan (Écrits, pp 107-108) : « À la différence du signe, de la fumée qui n’est pas sans feu, feu qu’elle indique avec appel éventuellement à l’éteindre, le symptôme ne s’interprète que dans l’ordre du signifiant. »
==== Le Complexe du Surmusulman ====
Le [[w:Liste des pays par taux de suicide|suicide]] est marginal en [[w:Afrique|Afrique]] avec un taux d'1/100k. Il monte à 2/100k au [[w:Maroc|Maroc]] et en [[w:Algérie|Algérie]], 4/100k en [[w:Tunisie|Tunisie]], proche des 5/100k en [[w:Grèce|Grèce]], et loin des 10/100k au [[w:Royaume-Uni|Royaume-Uni]], 26/100k en France et 73/100k en [[w:Biélorussie|Biélorussie]]<ref>{{lien web |langue=en|url=http://www.who.int/gho/mental_health/suicide_rates/en/ |titre=Rapports et graphiques disponibles pour chaque pays |consulté le= |série=Site de l'OMS - Santé mentale |éditeur=Organisation Mondiale de la Santé |date=2012}}.</ref>.
[[w:René Laforgue|René Laforgue]], proche de [[w:Matthias Göring|Matthias Göring]], pendant la guerre, fonde l{{'}}''Institut de psychanalyse de Casablanca'', dans sa villa, ''La Clarté'', et développe les concepts de ''super ego individuel'', de ''super ego collectif'' et de ''névrose d’échec''<ref>[http://www.cairn.info/psychanalyse-en-terre-d-islam--9782749208848.htm Psychanalyse en terre d’islam, Introduction à la psychanalyse au Maghreb], Cairn</ref>. En Occident, le mal est inhérent à l’homme tandis que dans le monde arabo-musulman, la responsabilité de la maladie est imputée à l’« autre » (surnaturel ou interpersonnel) et toujours située à l’extérieur du moi, du domaine de la fatalité, du sort, de la volonté de Dieu, etc. Les régimes autocratiques et la crainte de la répression produit une personnalité [[w:paranoïaque|paranoïaque]] dont la vacance du sujet et la précaution langagière [[w:phobique|phobique]] (peur sans objet) provoquent une auto-occultation : « Que Dieu nous protège du mot “je” (âna)! » et les prénoms qui portent ‘Abd… (« esclave » de Dieu)<ref>[https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-psychologie-clinique-2007-2-page-161.htm De quelques résistances à la pratique psychanalytique dans la culture arabo-musulmane], Cairn</ref>, nous dit Ali Aouattah, allant jusqu'au [[w:Trouble de la personnalité évitante|Trouble de la personnalité évitante]].
[[w:Fethi Benslama|Fethi Benslama]] s'interroge sur le dérèglement entre le réel et les ''formes symboliques'' des extrémismes de l’[[w:Islam|Islam]], comme l'affirmation [[w:coran|coran]]ique selon laquelle [[w:Allah|Allah]] n’est pas le père, où les personnages centraux sont des fils, considérés comme adultes à l'âge de quinze ans, induisant un refoulement de la mère<ref>[https://www.cairn.info/revue-essaim-2006-2-page-219.htm À propos du livre de Fethi Benslama, Déclaration d’insoumission à l’usage des musulmans et de ceux qui ne le sont pas], Cairn</ref>. Les « radicaux » sont victimes d’une désidentification devenue suridentification (voir aussi l'hyperidentification au ''floodlighting'' des [[w:Actualités cinématographiques|Actualités cinématographiques]] pendant la guerre et de l’[[w:Information en continu|Information en continu]], au XXIe s<ref>[https://www.telerama.fr/television/lors-des-attentats-les-chaines-d-info-fonctionnent-comme-un-cerveau-traumatise-marianne-kedia-psychologue,140140.php Attentat de Nice : “Les chaînes d'info fonctionnent comme un cerveau traumatisé”], Telerama</ref>). On ne peut mourir que pour une idée que l’on ne comprend pas, rappelle Paul-Laurent Assoun citant Hitler. Le fanatisme est « l’esprit de conséquence » poussé au maximum qui n’avertit pas en vain de sa violence. Le pire ne l’arrêtera pas. Bien au contraire. Le « surmoi terroriste » n’est que la terrible invention du « moi humilié »<ref>[http://www.humanite.fr/du-moi-humilie-au-surmoi-terroriste-588993 Du « moi humilié » au « surmoi terroriste »], L’Humanite</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-de-psychotherapie-psychanalytique-de-groupe-2010-2-page-41.htm La violence n’est pas l’agressivité : une perspective psychanalytique des liens, de Pierre Benghozi], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.youtube.com/watch?v=XiYyXRkpJXo Tuer le mort, Le désir révolutionnaire], Etudes psychanalytiques</ref> ([[w:Fausse bannière|Fausse bannière]], [[w:Kompromat (renseignement)|Kompromat (renseignement)]], [[w:Slut-shaming|Slut-shaming]], [[w:Cancel culture|Cancel culture]], [[w:Public shaming|Public shaming]], [[w:Online shaming|Online shaming]]), du surmâle chez [[w:Alfred Jarry|Alfred Jarry]] puis [[w:Paul Audi|Paul Audi]].
[[w:Vamik Volkan|Vamik Volkan]], parle des [[w:Child suicide bombers in the Israeli–Palestinian conflict|enfants-martyrs dans le conflit israélo-palestinien]], choisis ''éduqués'', ''tout puissants'' et ''narcissiques'' dont l'identité est perturbée par la recherche d'un élément externe à internaliser, pour stabiliser leur monde interne, souvent une ''méthode d'enseignement'' qui ''force'' l'identité d'un groupe, ethnique ou religieux, dans les ''fissures'' de l'identité individuelle endommagée ou subjuguée de la personne. Bachelard parle aussi de ''Complexe d'Empédocle'', purification du monde par le feu.
==== Le Rossignol de l’empereur de Chine ====
La question du suicide en Asie commence avec l’histoire de [[w:Bouddha|Bouddha]] qui mit fin à ses jours en offrant son corps à une tigresse affamée allaitant cinq tigrons, qui deviennent les cinq premiers disciples de Bouddha. Ferenczi dit que la [[w:métempsychose|métempsychose]] ([[w:réincarnation|réincarnation]], [[w:karma|karma]]) pour « engendrer un corps » évite un processus mélancolique en actualisant un mouvement primaire de mort<ref>[https://www.cairn.info/resume.php?ID_ARTICLE=TOP_130_0113 Théories infantiles sur le suicide et tentative d’auto-engendrement], Cairn</ref>.
Chez les hindous et les jaïns, il est considéré comme acceptable d’en finir avec la vie en jeûnant (''prayopavesha''). Pour Livio Boni, la grève de la faim pose « le rapport, entre oralité et phallicité chez [[w:Gandhi|Gandhi]], au point que la pratique du Brahamacharya est inconcevable dissociée du jeûne quasiment permanent, qui ne peut se limiter au végétarisme strict. Car la réactivation du désir oral déstabilisante se transpose ou coïncide, avec le désir génital pour se traduire en désir phallique et en agressivité moïque. Les transitivité et traductibilité pulsionnelles immédiates, depuis l'oralité jusqu'à l'agressivité, passent par l'analité (violentes dysenteries lors des grèves de la faim, sources le conduisant vers le désir génital et l'identification phallique<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2012-1-page-173.htm
Aux sources du lien tyrannique d'Albert Ciccone, Revue française de psychanalyse 2012 (Vol. 76), pages 173 à 191], Cairn</ref>). » Il dira à la fin de sa vie devenir ''psychiquement une femme<ref>[http://www.ipa.org.uk/IPA_Docs/Livio_Boni.pdf De la psychanalyse à l'Inde, et retour. Formes et raisons de la réévaluation du féminin dans la modernité indienne, de Livio Boni], IPA</ref>.'' Pour [[w:Girindrasekhar Bose|Girindrasekhar Bose]], en Inde, « les premiers soins maternels, conduiraient l'enfant à vouloir prodiguer à sa mère exactement les mêmes soins, avant qu’il s'identifie, peu importe qu’il soit fille ou garçon, à sa mère, et prendrait plaisir à faire comme elle avec des poupées, faisant siens ses centres d’intérêt »<ref>[http://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2013-1-page-229.htm Livio Boni : L’Inde de la psychanalyse. Le sous-continent de l’inconscient], Cairn</ref>. Pour Michel Hanus, le recours à la crémation, tradition répandue en Inde est le résultat d'un suicide post-mortem<ref>[http://www.liberation.fr/evenement/1995/10/31/une-sorte-de-suicide-post-mortem-pour-le-psychanalyste-michel-hanus-la-cremation-rend-difficile-le-t_145564 Une sorte de suicide post mortem], Libération</ref>.
Pour [[w:Léon Vandermeersch|Léon Vandermeersch]], le suicide en Chine découle de la « transmission de la signification de rites et dogmes séculaires n'attribuant aucune transcendance à la mort » dont « la banalisation du monde des esprits fait que vie et mort pourraient se côtoyer et s'interpénétrer sans fracture<ref>[https://www.cairn.info/revue-l-en-je-lacanien-2003-1-page-187.htm Geneviève Morel, Clinique du suicide], Cairn</ref>. » Huo Datong, parle de la détresse hallucinatoire de la jeunesse chinoise dont l'idéogramme figuratif, provoque une contiguïté du symbolique et de l'imaginaire<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2009-2-p-247.htm Huo Datong : La Chine sur le divan], Cairn</ref>.
Dans la suite de la leçon V, Jacques Lacan parle de la langue japonaise et de la lettre, l{{'}}''[[w:On'yomi|On'yomi]]'' et le ''[[w:Kun'yomi|Kun'yomi]]''. « C’est la lettre et non pas le signifiant qui fait appui de signifiant »<ref>[http://www.ali-provence.com/2012/06/lecon-v-du-seminaire-r-s-i-de-lacan-lituraterre-par-isabelle-heyman-14-mars-2012/ Seminaire RSI de Jacques Lacan], All Provence</ref>{{,}}<ref>Dictionnaire de la psychanalyse: 3e édition, d'Elisabeth Roudinesco, Michel Plon</ref>. Pour Kosuke Tsuiki, le ''sujet'' (opposé au ''verbe'' et au ''prédicat'', en grammaire) n'existe pas dans la langue japonaise, ce qui retire la possibilité de définir d{{'}}''où l’on parle''<ref>[https://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2006-3-page-69.htm La psychanalyse au Japon], Cairn</ref> (cf [[w:Normopathie|Normopathie]]).
Pour Janine Chasseguet-Spirel, le pervers avance masqué, il se recouvre de sa parure excrémentiel pour masquer sa nature anale, désengendrée et fausse. Elle prend l’exemple du rossignol de l’empereur de Chine pour illustrer le processus d’identification et d’introjection génital du stade sadique anal.
=== La Protogénèse ===
Nous analyserons la protogénèse (construction psychique par rapport au tiers exclu) du suicide à travers l'étude de Jacques Lacan qui reprend les notions de [[w:Roman Jakobson|Roman Jakobson]], [[w:Ferdinand de Saussure|Ferdinand de Saussure]] et de [[w:Claude Lévi-Strauss|Claude Lévi-Strauss]] : le [[w:Réel, symbolique et imaginaire|Réel, le Symbolique et l'Imaginaire]] pour analyser les [[w:Complexes familiaux|Complexes familiaux]] :
*[[w:Complexe d'Œdipe|Complexe d'Œdipe]] (stade de la castration, régime de la croyance et de l'incertitude - superstition "négative" d’un désir impossible chez l’obsessionnel, absence de foi "positive" d'un désir insatisfait chez l’hystérique - être-au-monde, dénégation métaphysique, nécessaire solitude)<ref>http://paris2014.champlacanien.net/?p=762</ref>,
*Complexe d'Intrusion (stade de la frustration, régime de la conviction, désir masochiste du pervers<ref>https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-psychologie-clinique-2006-1-page-47.htm</ref>, pauvre-en-monde, négation animaliste/grecque, salutaire solitude, dévastation, déprédation<ref>[http://associationpsychanalytiquedefrance.org/activites-ouvertes/journees-ouvertes/la-conviction-en-question/ La conviction en question], APF</ref>)
*Complexe de Sevrage (stade de la privation, régime de la certitude, désir prévenu du phobique, être-sans-monde, forclusion juive, difficile solitude, désolation)<ref>[http://www.causefreudienne.net/croyance-et-certitude/ Croyance et certitude], Cause freudienne</ref>{{,}}<ref>[http://phaenex.uwindsor.ca/ojs/leddy/index.php/phaenex/article/download/3479/2718 L’Einsamkeit comme Grundbegriff D’une idée fragmentée chez Heidegger* de Christophe Perrin], uwindsor</ref>{{,}}<ref>[http://www.akadem.org/medias/documents/3_la_desolation.pdf La désolation], Akadem</ref>.
La jonction du symbolique et de l’imaginaire, est l’amour (sens, le dire de l'Un tout-seul = ce qu’Heidegger nomme le soutien de l’expropriation), celle de l’imaginaire et du réel, la haine (jouissance de l'autre) et celle du réel et du symbolique, l’ignorance (jouissance phallique, ratage du sexuel et de la jouissance)<ref>[https://www.cairn.info/revue-cliniques-mediterraneennes-2004-2-page-59.htm Passion de l’ignorancee, d'Alain Vanier], Cairn</ref>{{,}}<ref>[http://psychanalyse-paris.com/L-idiot-international.html L’idiot International], Psychanalyse Paris</ref>, dont la [[w:Grammaire Générative|Grammaire Générative]] Universelle de [[w:Noam Chomsky|Noam Chomsky]], zone de compétence innée, et inconsciente du développement du langage produit un raisonnement par abduction et une [[w:Théorie de l’information|théorie de l’information]] et [[w:Théorie du cygne noir|du cygne noir]]<ref>https://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2014-2-p-63.htm</ref>.
==== Le Complexe d'Œdipe ====
Le stade de la [[w:Castration (psychanalyse)|Castration]], ou [[w:Stade phallique|Stade phallique]], est un manque symbolique (ek-sistence comprendre Dette symbolique : reconnaissance de l'héritage de nos ancêtres dont le [[w:péché originel|péché originel]] est une tentative d'explication de l'angoisse qu'elle procure) d'objet imaginaire (phallus), dont l'agent est le père réel. La dette est dette de sens, imprescriptible et inextinguible, jusqu’à la réparation et l’affranchissement<ref>https://www.cairn.info/revue-topique-2002-2-page-41.htm</ref>, dans la névrose. Dans la psychose, la dette n’est plus exprimable en valeur comptable<ref>https://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2005-2-page-73.htm</ref> car c’est d’un manque réel d’objet symbolique qu’il est question (privation et forclusion de sa trace signifiante).
Pour Lacan, « le rejet de la castration marque le délire (changement de sillon) de la pensée. » Les névroses hystériques (l’hystérie d'angoisse, l'hystérophobie et l’hystérie de conversion) frappent l'individu qui a buté sur le complexe d'Œdipe, obligé de faire un retour en arrière vers les stades antérieurs de son passé, refluant vers le stade oral et parallèlement vers le stade phallique (plaisir lié à l’exhibition, au voyeurisme concernant les organes génitaux : “ Ce que le voyeur cherche et trouve, ce n’est qu’une ombre, une ombre derrière le rideau. Il y fantasmera n’importe quelle magie de présence”<ref>Lacan, Les quatre concepts fondamentaux de la psychanalyse, p. 166)</ref>{{,}}<ref>[http://anjoumedecine.free.fr/PS2130.html Névroses et symptômes somatiques], Anjoumedecine</ref>. On parle alors de ratage du sexuel d’entrée (fixation au stade anal) ou de sortie (non-résolution du conflit) pouvant entrainer l’absence d’intériorisation de l’interdit de l’inceste ([[w:Otto Rank|Otto Rank]] face à [[w:Anaïs Nin|Anaïs Nin]])<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2002-4-page-96.htm Et aussi… Un marqueur fondamental], Cairn</ref>{{,}}<ref group=Note>"Ce qui rate de l'Autre donne naissance au langage. Mais le ratage dans la jouissance donne lieu à la répétition, car prendre un par un l’objet de la jouissance, c’est tout différent que l'Un de la fusion universelle. En même temps, l’objet se met à la place de ce qui rate de la relation à l'autre, et à partir de là, il donne lieu au fantasme. Le désir, c’est une relation au fantasme, il nait de l'écart entre le besoin et la demande. Alors que la demande se formule à autrui par la parole, dans ce manque laissé par le ratage de la recherche de la fusion, le besoin vise un objet spécifique et s'en satisfait en decà des mots. Il cherche à s'imposer sans tenir compte du langage, ni de l'inconscient de l'Autre. » ''Actualités psychopathologiques de l'adolescence'', d' Yves Morhain et René Roussillon, Chapitre 8)</ref>{{,}}<ref>[http://dimpsy.online.fr/dimensionsdelapsychanalyse/bibliotheque/2011/Rene-Lew_Colloque-Buenos-Aires_8-9-avril-2011_Echappement_2e-version-rouge.pdf L’échappement ou : Le ratage signifiant au centre de la cure, ou encore : Comment jouer de négativité à bon escient ? de René Lew], Caline</ref>. Lacan conclut, « l'hystérique (désir insatisfait) est un esclave qui cherche un maître sur qui régner. »
Le complexe d'Œdipe se termine par la castration chez le garçon et commence par la castration chez la fille. S'appuyant sur le complexe d’[[w:Oreste|Oreste]] de Melanie Klein<ref>[http://www.spp.asso.fr/wp/?p=5953 Mélanie Klein, ou le matricide comme douleur et comme créativité], Spp Asso</ref> et d'[[w: Complexe d'Electre|Électre]] de [[w:Carl Jung|Carl Jung]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-journal-des-psychologues-2009-3-page-67.htm Le matricide feminin], Cairn</ref>, Michèle Gastambide & Jean-Pierre Lebrun affirment qu'une femme préfère se suicider plutôt que d’attenter à la vie de sa mère. L'Œdipe inversé est un désir pour le parent de même sexe. Il entraîne une haine inconsciente de celui-ci et la recherche d'un conjoint lui ressemblant. Pour Freud, la prise de conscience du complexe d'Œdipe, est un tournant dans l'analyse et pour Lacan, par l{{'}}''identification au symptôme'', la fin de la cure<ref>[http://wapol.org/ornicar/articles/168sol.htm L'Identification au symptôme à la fin de l'analyse], Wapol</ref> car elle annule l{{'}}''absence de signification'' phallique qui cause la répulsion<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2010-1-page-109.htm La mélancolie d’Althusser], Cairn</ref> et permet d'accoucher du ''[[w:Surmoi|Surmoi]]'' (impératif de la jouissance, "tu dois être comme le père" et "tu ne dois pas être comme le père")<ref>[https://www.cairn.info/revue-che-vuoi-2006-1-page-143.htm Jouissance(s) et loi du surmoi de Monique Tricot], Cairn</ref>.
==== Le Complexe d'intrusion ====
Le stade de la Frustration est un manque imaginaire d'objet réel (sein maternel), dont l'agent est le père symbolique ou Nom-du-Père<ref>[http://www.edupsi.com/timone/J.J.Gorog.95...shtml.htm Castration, Frustration et Privation. Une lecture du séminaire IV, « La relation d'objet » Par Jean-Jacques Gorog], Edupsi</ref> : [[w:Angoisse de morcellement|angoisse de morcellement]], fétichisme (perversion des perversions), addiction (recherche du manque, [[w:La Psychanalyse du feu|complexe d’Hoffmann]])<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-carnet-psy-2001-1-page-17.htm Psychanalyse de l’« objet ». « Objet-drogue », « objet-alcool »], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-savoirs-et-cliniques-2011-1-page-99.htm?fbclid=IwAR2PNGXtqhKZEZChZVitDD6Lk0FKn6cA56sbeFJKpiMbAejn6N0Omq4tZ_E Présentation de l'ouvrage de François Perrier. L'alcool au singulier, L'eau de feu et la libido de Sylvette Ego], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/les-ivresses--2908206315-page-229.htm?contenu=resume# L'ivresse et la solitude une pathologie de la rencontre de Demetrio Barcia], Cairn</ref>, réification (traitement du sujet comme un objet) ou instrumentalisation. « Le dédoublement ainsi ébauché dans le sujet, c’est l’identification au frère qui lui permet de s’achever : elle fournit l’image qui fixe l’un des pôles du masochisme (désir sans jouissance) primaire. Ainsi la non-violence du suicide primordial engendre la violence du meurtre imaginaire du frère »<ref name="article lacan"/>{{,}}<ref>''L’Énigme du suicide à l'adolescence'', Annie Birraux, Philippe Givre, ''Clinique des suicides lents et non violents. La tendance à la mort comme objet d’appétit</ref> (frère réel ou frère-jouet, Là où Çà joue, le Je doit devenir auteur du jeu de son inconscient)<ref>[http://www.spp.asso.fr/wp/?p=5889 L’efficacité symbolique de la psychanalyse], SPP</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2004-1-page-109.htmq Là où Çà joue], Cairn</ref>.
« Le complexe d'intrusion est excessif dans la [[w:gémellité|gémellité]] », « comme dans une fratrie suffisamment rapprochée (moins de 18 mois, [[w:Folie à deux|Folie à deux]]) »<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2008-1-page-21.htm Fratrie, gémellité, folie à deux : comment devient-on thérapeute de famille ?], Cairn</ref> avec « un "ministre des affaires extérieures" qui gère la communication" et un "ministre des affaires intérieures" qui dirige la sphère privée ». Pendant le sevrage, elle le réactive et l'amène à une régression qui peut évoluer en psychose [[w:Schizophrénie|schizophrénique]] (inconscient à ciel ouvert), première cause de suicide chez les jeunes<ref>[http://www.apcof.fr/?texte=lironie-dans-la-psychose-sa-logique-et-sa-fonction-la-theorie-de-lironie-la-clinique-de-la-jouissance L’ironie dans la psychose : sa logique et sa fonction – 6eme Journée Atelier Histoire des concepts – La clinique de l’ironie et le dit-schizophrène], APCOF</ref>{{,}}<ref>[http://wapol.org/ornicar/articles/lng0082.htm Qu'est-ce qu'un enfant pour une femme schizophrène ? de Katty Langelez], Wapol</ref>{{,}}<ref>[http://www.causefreudienne.net/le-corps-du-schizophrene-quelques-references-theoriques/ Le corps du schizophrène : quelques références théoriques], Cause freudienne</ref>{{,}}<ref group=Note>Dans la population des personnes dont les deux parents sont schizophrènes, 27 personnes sur 100 sont susceptibles d'être touchées. Alors que chez les frères, sœurs et faux jumeaux des patients schizophrènes qui n'ont que la moitié de leurs gènes en commun, le risque est de 10%, il atteint 50% chez les vrais jumeaux, qui ont un génome quasi identique.</ref>, névrose hypocondriaque, destruction imaginaire en impulsions perverses ou culpabilité obsessionnelle (désir impossible<ref>[https://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2016-1-page-25.htm Tentatives de feindre l’impossible et « faire désirer »
par Luminitza Claudepierre Tigirlas], Cairn</ref>, [[w:Trouble obsessionnel compulsif|Trouble obsessionnel compulsif]], [[w:Trouble des habitudes et des impulsions|Trouble des habitudes et des impulsions]], [[w:Syllogomanie|Syllogomanie]], [[w:Syndrome de Diogène|Syndrome de Diogène]], inquiétante étrangeté, [[w:Culpabilité du survivant|Culpabilité du survivant]]). Lacan conclut : "l'obsessionnel a trouvé son maître et attend sa mort pour prendre sa place." La crise suicidaire est au coeur du problème de la "substitution"<ref>[https://www.cairn.info/revue-imaginaire-et-inconscient-2004-2-page-71.htm Réflexions autour du double fraternel par Régine Scelles], cairn</ref> ([[w:Lady Macbeth|Lady Macbeth]], [[w:Emmanuel Lévinas|Emmanuel Lévinas]])<ref>[https://tsunamicnublog.wordpress.com/2016/04/27/levinas-and-macbeth/ LEVINAS AND MACBETH]</ref>.
Le « [[w:Stade anal|stade anal]] (satisfaction d'un besoin que pour la satisfaction d'un autre)<ref>[http://lexique-de-lacan.blogspot.fr/2010/08/analite.html Analité], Lexique de Lacan</ref> dans la musique Rock qui « arrache les tripes », « s'élabore autour d'un phallus puissant entraînant à sa suite une horde »<ref>Totem et tambour: Une petite histoire du rock’n roll et quelques réflexions, de Manuella Rebotini</ref>, le « fantasme d’éventration » au « fondement de la création littéraire »<ref>[http://www.cairn.info/revue-le-coq-heron-2005-1-page-100.htm Le cas Serge André : un psychanalyste écrivain atteint de cancer], Cairn</ref> », la [[w:mélancolie|mélancolie]], être d'objet, de [[w:déchet|déchet]] sans parole. Il nous faut faire intervenir à cet endroit les éléments proprement lacaniens concernant la notion d’objet. Le mécanisme vexatoire est lié à la présence matérielle de l’objet de rebut ("Le saint est le rebut de la jouissance", dit Lacan. Il dit, en novembre 1974, que la charité « c’est l’archi-raté » (comprendre acte archi-manqué et/ou "Donner" la mort est un archiratage forcément religieux.). Dans Télévision, le saint, « plutôt se met-il à faire le déchet : il décharite, ce pour réaliser ce que la structure impose, à savoir permettre au sujet, au sujet de l’inconscient, de le prendre pour cause de son désir. »), l’objet de déchet, l’objet a. C’est lui qui d’une maille à l’endroit fait une maille à l’envers. C’est lui qui prend le contre-pied systématique des penchants et des goûts du sujet, dévoilant en toute circonstance la cause nauséabonde de toute aspiration, toute élévation, toute inclination.<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-revue-lacanienne-2009-1-page-71.htm Théorie et clinique psychanalytique. L’écho de l’automatisme mental de Jean-Jacques Tyszler]</ref>{{,}}<ref>[http://www.vacarme.org/article2223.html Le psychotique et le psychanalyste, entretien avec Jacques Borie], Vacarme</ref> ; ou [[w:manie|maniaque]] (fantasme de réparation chez Mélanie Klein)<ref>[http://theses.univ-lyon2.fr/documents/getpart.php?id=lyon2.2008.gonin_a&part=146607 La réparation kleinienne], Univ Lyon 2</ref>{{,}}<ref>[http://eduardo.mahieu.free.fr/2008/legerete_ey.html Manie], Eduardo Mahieu</ref>, par un langage sans objet, parataxe, déliaison, jouissance impossible<ref>[http://www.pipolnews.eu/wp-content/uploads/2015/01/Les-six-paradigmes-de-la-jouissance-RETR.pdf Les six paradigmes de la jouissance], Pipolnews</ref>, relevant du [[w:Déplacement (psychanalyse)|déplacement]] comme métonymie infinie avant retour mortel (« Pêcher mortel où le moi est la métonymie du désir », dit Lacan car « le sujet n’est lesté par aucun a ») et ''désintrication pulsionnelle'' par sa propre ''exportation''<ref>[http://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2009-4-page-987.htm Pulsion de mort et destructivité, de Denys Ribas], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2001-3-page-921.htm “Du divan à l’écran. Montages cinématographiques, montages interprétatifs ”, de Murielle Gagnebin], Cairn</ref> : [[w:Mythomanie|Mythomanie]] (chiqué=artifice=beau=démonstration<ref>[http://aejcpp.free.fr/lacan/1977-02-26.htm Intervention de Jacques Lacan à Bruxelles, publiée dans Quarto (Supplément belge à La lettre mensuelle de l’École de la cause freudienne), 1981, n° 2.], AEJCPP</ref>{{,}}<ref>[http://journals.openedition.org/palimpsestes/67 De « Assez » à « Enough » ou l’androgynie comme figure du bilinguisme beckettien], Openedition</ref> à distinguer du [[w:Secret|secret]]), [[w:Oniomanie|Oniomanie]], [[w:Kleptomanie|Kleptomanie]], [[w:Nymphomanie|Nymphomanie]], [[w:Pyromanie|Pyromanie]] ([[w:La Psychanalyse du feu|Complexe d'Empédocle]], [[w:Ludomanie|Ludomanie]], [[w:Érotomanie|Érotomanie]], [[w:Toxicomanie|Toxicomanie]], [[w:Dipsomanie|Dipsomanie]], [[w:Bibliomanie|Bibliomanie]], [[w:Mélomane|Mélomanie]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-topique-2012-3-page-7.htm La mélo-manie ou la voix objet de passions], Cairn</ref>, [[w:Manie dansante|Manie dansante]], [[w:Traités internationaux de la guerre froide|Pactomanie]], [[w:Théories du complot maçonnique|Pyramidomanie]],
[[w:Arithmomanie|Arithmomanie]], Cleftomanie etc
==== Le Complexe de sevrage ====
Le stade de la Privation est un manque réel (comprendre ''Trou''<ref group=Note>Le réel s’avère donc comme ce qui fait obstacle au symbolique, ce qui ré-siste à la trouure. Ce pourquoi le symbolique in-siste. Entre les deux l’imaginaire fait surface. Mais pas n’importe quelle surface : une surface orientée, par opposition à la surface inorientée que représente le réel. Seule une surface (tour du désir) peut boucher un trou. Ce qui fait « trou » au sens de défaut au symbolique dans la psychose, c’est une surface désorientée. Ce qui permet de s’en sortir c’est l’orientation. [http://une-psychanalyse.com/structure_du_borromeen.pdf Richard Abibon dans Structure du nœud borroméen ]</ref> ou ''Un n’espace/temps de l’âme-a-tiers'') d'objet symbolique (phallus), dont l'agent est le père imaginaire. Le signifiant, forclos, mortifie le corps, provoque perversité (l'échec de l'introjection de l'objet, jouissance sans libido) et psychose (peur du monde extérieur, menace de viol)<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-coq-heron-2007-1-page-81.htm Cramponnement, attachement et complexe de sevrage. Hermann et Bowlby avec Lacan. L’exemple des addictions], Cairn</ref> du « parlêtre (être qui parle mais qui se retrouve traumatisé par cette parole, ce « traumatisme », trou dans la langue qui fonde le trauma, point négatif qui ne peut être pensé que négativement, et entraine une jouissance de l'impasse). Le réel ne parvient pas à être symbolisé, faute de savoir adéquat et conduit au syllogisme.
Au [[w:Stade oral|Stade oral]] et par complexe du sevrage, Lacan entend un processus de séparation, de rupture avec la vie parasitaire indépendant du processus de l'ablactation (fin de l'allaitement)<ref group=Note>La séparation, c'est le second moment après l'aliénation. Celui-ci est fondé sur la structure de l'intersection, (...) gîte de (...) la métonymie. C'est là que rampe, c'est là que glisse, c'est là que fuit, tel le furet, ce que nous appelons le désir. (...) La science se situe au point précis que je vous ai défini comme celui de la séparation, qu'elle peut soutenir aussi le mode d'existence du savant, de l'homme de science. - Ce corps de la science, nous n'en concevrons la pensée qu'à reconnaître qu'il est, dans la relation subjective, l'équivalent de ce que j'ai appelé ici l'objet petit "a". - 239 (Séparation, 1964 - Les quatre concepts de la psychanalyse, J.Lacan - 194 Et 195) Venons à la seconde opération, où se ferme la causation du sujet, pour y éprouver la structure du bord dans sa fonction de limite, mais aussi dans la torsion qui motive l'empiètement de l'inconscient. Cette opération nous l'appellerons: séparation. Nous y reconnaîtrons ce que Freud appelle ICHSPALTUNG ou refente du sujet, et saisirons pourquoi, dans le texte où Freud l'introduit, il la fonde dans une refente non du sujet, mais de l'objet (phallique nommément). La forme logique que vient à modifer dialectiquement cette seconde opération, s'appelle en logique symbolique : l'intersection - Par cette voie le sujet se réalise dans la perte où il a surgi comme ics, par le manque qu'il produit dans l'Autre, suivant le tracé que Freud découvre comme la pulsion la plus radicale et qu'il dénomme : pulsion de mort. (1964 - Position de l'inconscient J.Lacan- 840-844)</ref>{{,}}<ref>[http://patrickfrasellepsychanalyse.over-blog.com/2014/09/la-phase-orale-vue-par-la-psychanalyse.html La phase orale vue par la psychanalyse de Patrick Frasselle]</ref>{{,}}<ref group=Note>Le stade oral (de 0 à 8 mois) est caractérisé par une relation symbiotique, où l’objet est partiel (sein, lait). Ce stade est marqué par l’angoisse de dévoration (être dévoré), d’abandon et de persécution (paranoïde et schizoïde). Par exemple, la mélancolie intègre l’incorporation et la dévoration, puisqu’elle supprime l’existence de l’objet dans son individualité. C’est à ce stade qu’intervient le Surmoi de type kleinien, dont nous avons parlé (cf. IV.2.1.2., supra). La cruauté surmoïque de type mélancolique relève davantage du stade oral que du stade anal, contrairement à ce qu’ont pu théoriser certains auteurs. Car il s’agit d’une culpabilité délirante, et non névrotique (Surmoi oedipien) : « Chez les mélancoliques, il y a un véritable parallélisme entre la précision du côté de l’action et l’importance de la « peccadille » du côté de la faute. C’est la démesure dans l’appréciation du futile qui contribue à préparer le délire mégalomaniaque de culpabilité du mélancolique » (Binswanger, 1960, p. 254). De même, chez les patients bipolaires, le sujet est en pulsion orale : il se tourne avidemment vers le monde des objets qu’il tente de contrôler, c’est-à-dire ici de détruire (contrairement à l’emprise du stade anal). A ce niveau, le narcissisme est auto-érotique (il précède l’amour objectal), avec angoisse de morcellement, comme dans la schizophrénie. Le stade du miroir (vers 7-8 mois Lacan, 1949) échoue dans la psychose, car il ne permet pas l’instauration de l’acquisition du « Je », d’un Je sujet du discours. Cet échec est corollaire de l’absence de conscience du corps propre, des limites de ce corps, et du corps (donc du visage) de l’autre. Or, le stade du miroir est ce qui permet que la relation d’objet devienne anaclitique, sinon l’objet est total (la mère).</ref>{{,}}<ref>[http://theses.univ-lyon2.fr/documents/getpart.php?id=lyon2.2007.bilheran_a&part=126980 Temps, développement libidinal, psychoses], Thèse Lyon II</ref>. Dans le tome VII de l'encyclopédie de [[w:Lucien Febvre|Lucien Febvre]], Lacan nous dit que la tendance à la mort est vécue par l’homme comme ''objet d’un appétit'' que lui donne le sevrage, et se révèle dans des suicides très spéciaux qui se caractérisent comme ''non violents'', sous la forme orale du complexe : ''[[w:grève de la faim|grève de la faim]] de l’[[w:anorexie mentale|anorexie mentale]]'', ''empoisonnement lent de certaines toxicomanies par la bouche'', ''régime de famine des névroses gastriques''<ref>[http://aejcpp.free.fr/lacan/1938-03-00.htm Circonstances et objets de l'activité psychique], AEJCPP</ref>, idée développée par [[w:Massimo Recalcati|Massimo Recalcati]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2011-2-page-59.htm L’anorexie comme suicide différé par Massimo Recalcati], Cairn</ref>. Pour [[w:Pascal Fugier|Pascal Fugier]], la ''séparation prématurée'' est ''facteur de mort'' qu'on retrouve dans les pratiques symboliques comme la sépulture et les ''nostalgies de l’humanité'' : suicides, toxicomanies et anorexies<ref>[http://www.revue-interrogations.org/Jacques-Lacan-Les-complexes Jacques Lacan, Les complexes familiaux dans la formation de l’individu.Essai d’analyse d’une fonction en psychologie], Revue Interrogations</ref>. Il correspond chez Mélanie Klein au stade [[w:Envie et gratitude (psychanalyse)|Envie et gratitude]]. On pense à la dialectique de l'[[w:Agoraphobie|agoraphobie]] (peur du déconfinement, syndrome de la cabane) et de la [[w:Claustrophobie|claustrophobie]], du secret et de la révélation, ce qui parait sans apparaître, ce qui est séparé et qui se livre dans cette séparation<ref>[https://www.cairn.info/article.php?ID_ARTICLE=MEDIU_037_0299 2013/4 Ontologie du secret, de Pierre Boutang par Jérôme Besnard], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/la-pensee-interdite--9782130573500-page-127.htm Transparence et secret, par Alain Vanier, dans La pensée interdite (2009), pages 127 à 138], Cairn</ref>.
=== L’[[w:Ontogenèse|Ontogénèse]] ===
L’analyse ontogénétique (concept utilisé par [[w:Gilbert Simondon|Gilbert Simondon]] pour étudier les transformations structurelles de l'enfance à l'âge adulte et qui lui donne son organisation ou sa forme finale) de [[w:Serge Tisseron|Serge Tisseron]] nous dit que : « les images du monde virtuel sont indécidables, « avec elles tout est menacé de se dématérialiser, les rencontres, les objets, l’argent<ref>[https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-psychologie-clinique-2012-1-page-11.htm# Argent, cadre et psychanalyse de Luiz Eduardo Prado de Oliveira], Cairn</ref>. » Avec [[w:Sylvain Missonnier|Sylvain Missonnier]], il s'interroge sur la « relation d'objet virtuel », (ROV), constituant le lien biopsychique établi en prénatal entre les (re)devenants parents et « l'enfant du dedans » qui annonce « transitionnalités et transformations »<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2009-4-page-75.htm De l’idéal virtuel à l’autre réel], Cairn</ref>. Le virtuel ne s'oppose pas au réel mais à l'actuel. L'enfant non désiré, né d'une relation d'objet virtuelle, a 3 fois plus de chance d’être suicidaire<ref>[http://www.nytimes.com/2010/05/04/health/research/04risk.html?_r=0 Children of Suicide Victims Are Vulnerable], [[w:The New York Times|The New York Times]]</ref>.
==== La [[w:Pédomorphose|Pédomorphose]], manque actuel d'objet virtuel ====
Sylvie Faure-Pragier nous dit : « Depuis les [[w:Grottes de Lascaux|grottes de Lascaux]], l'histoire de l'humanité s'écrit à partir du fil rouge de ces stratégies de simulation langagière et iconique pour combler l'absence et arrêter [[w:Chronos|Chronos]] en affinant de plus en plus les leurres perceptifs. La [[w:réalité virtuelle|réalité virtuelle]] d'aujourd'hui n'est que le visage actuel de cette longue histoire où l'ont précédée le [[w:dessin|dessin]], la [[w:peinture|peinture]], la [[w:photographie|photographie]], le [[w:cinéma|cinéma]] muet puis sonorisé, la simulation numérique<ref>[http://www.carnetpsy.com/article.php?id=1473&PHPSESSID=gafjuplmpith1hur66b30p28s3 Des souris, des écrans et des hommes (1). Une relation d'objet virtuelle ?], Carnetpsy</ref> ».
[[w:Michel Thevoz|Michel Thevoz]] associe : « le [[w:maniérisme|maniérisme]] du XVIe siècle à des types de [[w:névrose obsessionnelle|névrose obsessionnelle]], l’âge [[w:baroque|baroque]] aux fonctions hallucinatoires, les utopies du [[w:siècle des Lumières|siècle des Lumières]] au délire rationnel, le [[w:Symbolisme|Symbolisme]] à la [[w:mélancolie|mélancolie]], l’[[w:Art Nouveau|Art Nouveau]] à l’[[w:Hystérie|hystérie]], le [[w:Cubisme|Cubisme]] à la [[w:schizophrénie|schizophrénie]], le [[w:Surréalisme|Surréalisme]] à la [[w:paranoïa|paranoïa]] et le [[w:Body art|Body art]] à la [[w:perversion|perversion]]<ref>[http://www.leseditionsdeminuit.fr/images/3/extrait_2277.pdf L’Esthetique du suicide], Les éditions de minuit</ref> ».
[[w:Gilles Deleuze|Gilles Deleuze]] évoque la [[w:Pop philosophie|Pop'philosophie]] où "il s’agit de regarder tout objet non comme on regarderait l’intérieur d’une boîte, mais en envisageant tout ce qu’il y a autour, ce qui met la pensée à l’épreuve du monde. « Pop’ » est avant tout « le bruit que fait la boîte lorsque son couvercle saute ». D’où l’importance de l’apostrophe (en tuché, et italiques en automaton, version pop'analytique)<ref>https://www.philomag.com/les-livres/notre-selection/quest-ce-que-la-popphilosophie-36806?fbclid=IwAR3WeRnlHkyX1wBkvChg-TroIWlPni7Kz_AqJceC1iYt9wUL2ss394tfYvQ</ref>. Deleuze se défenestre en 1995 ([https://www.researchgate.net/publication/345377535_Approche_phenomenologique_de_la_defenestration Voir] L'approche phénoménologique de la défenestration).
==== Le Suicide, actualisation du manque d'objet virtuel ====
Dans le ''[[w:Crépuscule des idoles|Crépuscule des idoles]], Divagations d'un inactuel'', [[w:Friedrich Nietzsche|Friedrich Nietzsche]] voit « la mort choisie librement, la mort en temps voulu, avec lucidité et d’un cœur joyeux, accomplie au milieu d’enfants et de témoins, alors qu’un adieu réel est encore possible, alors que celui qui nous quitte existe encore et qu’il est véritablement capable d’évaluer ce qu’il a voulu, ce qu’il a atteint, de récapituler sa vie. »
De la [[w:Vie intra-utérine|vie intra-utérine]], le moi précoce, protège « le sujet » des traumatismes « [[w:abject|abjects]] » (à chaque moi son objet, à chaque surmoi son abject), répulsion, pulsion violente, qui peuvent provenir « d’un dedans exorbitant » selon [[w:Julia Kristeva|Julia Kristeva]]<ref>[http://www.mikaversionglauque.fr/pages/abjection.html L'abjection selon Julia Kristeva], Mikaversionglauque</ref> que [[w:Mélanie Klein|Mélanie Klein]] repère dans « l’identification projective » (bons et mauvais objets) et « le [[w:Clivage de l'objet|clivage]] (pas de clivage sans collage.) »<ref>[http://cafe-psy.over-blog.com/article-prochains-debats-mercredi-11-et-25-mai-2011-73054285.html Prochains débats], Café Psy</ref>. L'excorporation : projection, identification projective (etc.) met en relief l'espace et non les objets qui se rencontrent en lui. Vomir n’est pas intentionnel (processus non graduel) mais la sensation physique intolérable de remplissage, débordement, perversion évidente quand la perlaboration est impossible et la réponse narcissique devant des objets ou les situations suscitent le rejet<ref>[http://www.imagoclinica.com/pdf/Le%20processus%20psychanalytique.pdf Le processus psychanalytique: du symptôme au trou émotionnel de Nicolás Caparrós], Imago Clinica</ref> ; incapacité à s’imposer quoi que ce soit, qui est l'essence de la veulerie, qui ne vise plus le nom mais le corps<ref>[http://www.psychologies.com/Moi/Se-connaitre/Comportement/Articles-et-Dossiers/Les-7-nouveaux-peches-capitaux/7 André Comte Sponville, Les 7 nouveaux péchés capitaux], Psychologies</ref>.
Pour [[w:Jacques Derrida|Jacques Derrida]], "Partir sans laisser d'adresse devient alors la bénédiction ultime : laisser l'autre survivre sans la surcharge d'un héritage, sans le poids d'un deuil (« le deuil est le phénomène de la mort et c'est le seul phénomène derrière lequel il n'est rien »)", "Pouvoir hériter de ses écrits, nécessite qu’il se donne la mort." Il dit : le Cinéma, les médias et les télé-technologies mettent en scène des spectres dont on ne peut pas faire son deuil, On ne peut pas faire son deuil du dégoûtant : on ne peut que le vomir", comme "[[w:Antigone|Antigone]], qui est pour [[w:Hegel|Hegel]] l'inassimilable, l'indigeste absolu, inclassable et irrecevable". Dans Antitheos, Holderlin parle de l'impatience de Dieu. C'est également le cas des [[w:Spectres de Marx|Spectres de Marx]] qui contredisent la théorie de [[w:La Fin de l'histoire et le Dernier Homme|La Fin de l'histoire et le Dernier Homme]] de [[w:Francis Fukuyama|Francis Fukuyama]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-diogene-2009-4-page-72.htm Marxisme et déconstruction en Chine de Wei Xiaoping], Cairn</ref>.
==== Le Perpétuel Actuel, [[w:symbolisation|symbolisation]] du manque d'objet virtuel ====
Le lieu du symbolique n’est pas l'esprit mais le corps. Pour Anne-Laurence Coopman, le [[w:paraplégique|paraplégique]] vit dans un « perpétuel actuel » car aucun fil conducteur, moment porteur ou signifiant ne vient l'aider à s’inscrire dans une certaine temporalité. Ce « trop de réel », irreprésentable et impensable, que Freud voit comme l’instance du trauma peut amener le patient au plus proche d’un éprouvé de destruction et d’anéantissement de soi<ref>[http://www.cairn.info/revue-cahiers-de-psychologie-clinique-2008-1-page-109.htm Traumatisme somatique : « l’esprit comme jouet du corps »], Cairn</ref>. "La (menace de déliaison<ref>[https://www.cairn.info/revue-libres-cahiers-pour-la-psychanalyse-2010-1-page-129.htm Le moi menacé de mort d'Annie Roux], Cairn</ref>) l'actuel découle donc d’un processus de désintrication pulsionnelle, autrement dit, de désorganisation psychique" dit Claude Smadja<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2014-5-page-1503.htm Le Psychanalyste face à la menace de l'actuel de Claude Smadja], Cairn</ref>. Un retour d'investissement d'objet dont le désir d'opulence entraine un surendettement moral, jusqu'à payer de sa personne<ref>[https://www.cairn.info/revue-psychotropes-2009-3-page-9.htm La dette… jusqu'à payer de sa personne de Christian Bucher], Cairn</ref>.
== L'Enfant endeuillé par suicide ({{abréviation|EES|enfant endeuillé par suscide}}) ==
Pour [[w:Serge Lebovici|Serge Lebovici]], les « enfants ayant assisté à la mort violente d'un de leurs parents sont terriblement touchés sur le plan de leur avenir psychiatrique. Le suicide d'un des parents est souvent considéré comme un événement honteux qu’il faut cacher. Bien entendu les enfants connaissent rapidement la cause de la mort du suicidé et s'installe ainsi un lourd secret de famille qui pèse là encore sur les conditions de vie. (...) En dépit des apparences, la mort d'un parent entraîne toujours deuil et surtout sentiment de culpabilité chez l'enfant. On entend souvent pourtant le survivant accuser les enfants d'insouscience : «mon fils est égoïste, il continue à jouer etc.». Ces parents qui se plaignent de l'insensibilité de leurs enfants ne savent sans doute pas que la dépression est [[w:Dépression masquée|masquée]] par des moyens défensifs bien connus en psychiatrie qu'on appelle les défenses [[w:Manies|maniaques]]. On connaît la manie de deuil et on sait que «la vieille femme indigne», lorsqu'elle est veuve, commence à s'amuser<ref>[http://documents.irevues.inist.fr/bitstream/handle/2042/8212/MURS_1989_16_65.pdf La mort chez l'enfant. Point de vue d'un pédopsychiatre, Serge Lebovici]</ref>. »
Pour Michel Hanus : « Ce sont ces endeuillés qui ont le plus besoin d'aide et de soutien et qui en reçoivent le moins, victimes de stigmatisation sociale et sentiment de culpabilité qui entraine une culture du secret »<ref>Le deuil après suicide, Michel Hanus, Perspectives Psy, volume 47, n°4, octobre-décembre 2008</ref>. « Le deuil inhibé correspond à une absence des symptômes normaux du deuil dans un premier temps. Les perturbations affectives s’effacent au profit de nombreux troubles somatiques. Ce type de deuil est fréquent chez l’enfant et chez les personnes dont les capacités verbales et mentales sont faibles », dit [[w:Christophe Fauré|Christophe Fauré]]<ref>[http://www.psydoc-france.fr/conf&rm/conf/endeuilles/textesexperts/FAURE.pdf « Effets et conséquences du suicide sur l’entourage : modalités d’aide et de soutien » Question 1a : « Deuil normal, deuil difficile, deuil compliqué, deuil pathologique » Dr Christophe Fauré - Psychiatre], Psydoc France</ref>.
Cecile Paesmans nous dit : « Si la littérature consacrée au deuil est abondante, le deuil après suicide, en particulier chez l'enfant, est un sujet, à ce jour, peu abordé dans la littérature scientifique, voire même inexistant, au vu de nos recherches, dans la littérature systémique<ref>[https://www.cairn.info/revue-etudes-sur-la-mort-2005-1-page-101.htm Enfants endeuillé par le suicide], Cairn</ref>. Le sentiment de honte et l’attitude provocatrice de la famille qui se « désolidarise » du suicidé dans une attitude de dissimulation réprobatrice a besoin de « réparer » d’une manière ou d’une autre ce qui s’est passé, se faire pardonner aux yeux des autres et à leurs propres yeux une faute qu’ils n’ont pas commise en s’occupant, par exemple, de façon assidue d’une personne qui ressemble au suicidé. L’illusion dérisoire de préserver une certaine stabilité par le silence qui apparaît au début comme la meilleure solution pour l’entourage et la famille, se transforme avec le temps en un véritable poison pour le corps et l’esprit ; chacun s’enferme à l’intérieur de lui-même »<ref>[http://www.systemique.be/spip/spip.php?article75 Le deuil après suicide], Systemique</ref>.
=== L’Épigénèse ===
Le risque de psychose augmente de 84% chez les enfants endeuillés. Le chiffre double, en cas de deuil par suicide après deux ans et triple avant deux ans<ref>[http://www.lapresse.ca/actualites/sante/201401/24/01-4732266-le-deuil-en-bas-age-un-facteur-de-psychose-selon-une-etude.php Le deuil en bas âge, un facteur de psychose, selon une étude], La presse.ca</ref>. Pour [[w:Boris Cyrulnik|Boris Cyrulnik]], la [[w:Résilience (psychologie)|Résilience]] permet de revenir d'un état de [[w:Trouble de stress post-traumatique|stress post traumatique]] mais il décèle aussi une pente vers le suicide chez l'enfant, assimilé à un accident, du à une carence plus importante en [[w:Sérotonine|Sérotonine]] ou à un environnement anxiogène, qui l'interroge sur le contexte épigénétique (mécanisme contextuel modulant le patrimoine génétique)<ref>[http://www.leparisien.fr/societe/le-suicide-des-enfants-un-phenomene-sous-estime-29-09-2011-1630658.php Le suicide des enfants, «un phénomène sous-estimé»], [[w:Le Parisien|Le Parisien]]</ref>{{,}}<ref>[http://www.lefigaro.fr/actualite-france/2011/09/28/01016-20110928ARTFIG00690-premiere-etude-sur-le-suicide-des-enfants.php Première étude sur le suicide des enfants], [[w:Le Figaro|Le Figaro]]</ref>.
==== La [[w:Physiopathologie|Physiopathogénèse]]<ref>[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003448705002994 Suicide et schizophrénie : évaluation du risque et prévention], Science direct</ref> ====
Il existe trois forme de physiopathogénèse: le ''Complexe d'Hermione'' (système de pare-exciation déficient), le ''Complexe de Perséphone'' (angoisse de perte d'objet) et le ''Complexe de l’albatros'' (désengendrement). [[w:Jenny Aubry|Jenny Aubry]] a étudié les cas des enfant séparés: "Si la mère est névrosée, il témoigne de sa culpabilité, si elle est perverse, il lui sert de fétiche et si elle est psychotique, il incarne sa forclusion<ref>[https://www.cairn.info/revue-champ-lacanien-2006-2-page-41.htm Quelques remarques sur les notes de Lacan à Jenny Aubry et sur la psychose chez l’enfant de Patrick Barillot], Cairn</ref>."
===== Le [[w:Hermione|Complexe d’Hermione]] =====
Le suicide parental et/ou [[w:André Green|Complexe de la mère morte]] appliqué au deuil après suicide correspond au Complexe d’Hermione, suicidée sur le corps de Pyrrhus. Pour Freud, « le traumatisme arrive car quand les systèmes (psychiques) ne sont pas en mesure de lier les quantités d'excitation qui arrivent, les conséquences de l'effraction du pare stimuli s'installent d'autant plus facilement. Et l'expérience demeure dans le psychisme comme un corps étranger<ref>[http://www.cairn.info/revue-enfances-et-psy-2008-1-page-97.htm Parcours dans la mucoviscidose : un cas clinique], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://heroscontemporainsetpsychanalyse.wordpress.com/2012/10/02/les-chevaliers-du-zodiaque-ou-lhyperactivit/ Les chevaliers du zodiaque ou l'hyperactivité], Angélique Christaki</ref>. »
Dans ''Suicide maternel et psychanalyse'', [[w:Marie-Frédérique Bacqué|Marie-Frédérique Bacqué]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-etudes-sur-la-mort-2005-1-page-79.htm Suicide Maternel et psychanalyse], Cairn</ref>, constate chez l'enfant endeuillé un système [[w:Homéostase|homéostatique]] de ''pare-excitation'' déficient, provoquant un sentiment agressif d{{'}}''abandon'' et un ''fonctionnement limite de la personnalité'' ne permettant pas d'atteindre la castration mais l'entrainant vers une pente suicidaire, non pas par ''identification'' mais pour rechercher la ''mêmeté'' ou l{{'}}''indifférenciation'', jusqu'à devenir ''greffon salvateur'', ''bébé antidépresseur'' parfois jusqu'à la ''stérilité psychogène.'' (Voir aussi syndrôme de [[w:Pénélope|Pénélope]])<ref>[https://www.cairn.info/revue-libres-cahiers-pour-la-psychanalyse-2003-2-page-129.htm Héroïnes de Miguel de Azambuja], Cairn</ref>.
===== Le Complexe de Perséphone =====
L’[[w:angoisse de perte d'objet|angoisse de perte d'objet]] de Perséphone<ref>[https://www.cairn.info/revue-cahiers-jungiens-de-psychanalyse-2003-3-page-21.htm Déméter au divan par Mariette Mignet], Cairn</ref> ou [[w:Caliban (Shakespeare)|Caliban]] (la perte d’objet est la définition du risque, comportement anobjectal, coefficient beta), angoisse d'abandon pour Sigmund Freud, dépression anaclitique pour [[w:René Spitz|René Spitz]] ou « syndrome d'abandon » pour [[w:Germaine Guex|Germaine Guex]] permet de distinguer les angoisses de castration et de morcellement, « organisations » plus fragiles dites « caractérielles », mettant sans cesse à l'épreuve la sollicitude et la bienveillance des adultes, par des attitudes provocatrices et agressives. La dépression obsessionnelle est par excellence le deuil du père, ou d'un objet assimilé au registre paternel. [[w:Octave Mannoni|Octave Mannoni]] parle de ''Complexe de Caliban'', d'[[w:Complexe d'infériorité|infériorité]] et de dépendance<ref>[https://www.cairn.info/revue-de-psychotherapie-psychanalytique-de-groupe-2002-2-page-181.htm La figure de l’otage Les organisateurs inconscients de la violence en institution], Cairn</ref> (Figure de l'otage, Complexe du martyr, "moi sans soi"<ref>[https://www.cairn.info/revue-pardes-2007-1-page-123.htm La substitution et la sollicitude, Comment [[w:Emmanuel Lévinas|Lévinas]] reprit [[w:Martin Heidegger|Heidegger]] par [[w:Jean-Luc Marion|Jean-Luc Marion]]], Cairn</ref>). Charlotte de Parseval, fait un parallèle entre les concepts de ''Faux self'' de Winnicott, de ''Nourrisson savant'' de Ferenczi, et de ''Personnalité comme si'' d'Hélène Deutsch, ou psychose ordinaire ([[w:Jacques Alain Miller|Jacques Alain Miller]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-l-information-psychiatrique-2010-5-page-405.htm Une clinique de la psychose ordinaire], Cairn</ref>{{,}}<ref>https://www.causefreudienne.net/la-psychose-ordinaire/</Ref>) survenant par crainte de l'effondrement du à un traumatisme narcissique précoce d'empiètement qu’il ne peut modifier de façon ''alloplastique'' (en modifiant son environnement). Le suicide, pris dans une pulsion infanticide/parricide<ref>[http://www.le-gout-de-la-psychanalyse.fr/?p=3011 Les aléas de la fonction paternelle dans la névrose et dans la perversion], Le goût de la psychanalyse</ref>, devient alors fantasme d'excommunicationn, de licenciement, d'expulsion ou ''auto-éjaculation homoérotique''<ref>[https://www.cairn.info/revue-topique-2011-4-page-117.htm Suicide ou meurtre en famille ? de Delphine Bonnichon], Cairn</ref>. Freud dit de l’identification dans la perte d’objet dans « Deuil et Mélancolie » (1917) à propos de l’énigme du suicide: « Dans les deux situations les plus opposées de la passion amoureuse et du suicide, le moi est subjugué par l’objet, quoique de deux manières totalement différentes<ref>[https://www.cairn.info/revue-libres-cahiers-pour-la-psychanalyse-2001-1-page-75.htm État amoureux et perte d’objet de Robert C. Bak], cairn</ref>. » Pour Lacan, l’amour est comique, menteur et une forme de suicide qui fait "de l’Un avec du deux ou du plus d’Un<ref>[https://www.cairn.info/revue-l-en-je-lacanien-2008-1-page-139.htm Au nom de l’amourt par Stéphane Habib], Cairn</ref>.
===== Le Désengendrement =====
Les Complexes de l'Albatros (inhibition intellectuelle chez l'enfant intellectuellement précoce) et de ''Complexe de [[w:Jonas|Jonas]]'' (phobie de sa propre puissance), ou du ''Complexe d'[[w:Actéon|Actéon]]'' (phobie du savant, qui viole du regard dit [[w:Sartre|Jean-Paul Sartre]]), c’est en se transformant de façon ''autoplastique'' (tendance à la désorganisation inhibée par un clivage narcissique défensif et mutilant), que son ''hypermaturation intellectuelle'' peut devenir ''prostitution de l'intellect''<ref>[https://www.cairn.info/revue-travail-genre-et-societes-2003-2-page-129.htm Je suis une prostituée, tu seras un travailleur du sexe. Une filiation impossible], Cairn</ref> masquant sa ''déprivation'' et son ''amaturité'' cachée s'appuyant sur l{{'}}''introjection mimétique'' de son parent. L{{'}}''enfant thérapeute'' devient alors, selon Jean-Francois Rabain un ''Bébé météo'' à ne pas confondre avec le [[w:Bébé-médicament|Bébé-médicament]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-coq-heron-2007-2-page-122.htm De Ferenczi à Winnicott : le « nourrisson savant » et le faux self], Cairn</ref>.
Pour [[w:Geneviève Delaisi de Parseval|Geneviève Delaisi de Parseval]], le désir d’avoir un enfant chez les hommes, leur permet de « s’assurer de leur fécondité, se démarquer de leur propre père ou médiatiser un deuil<ref>La Part du père de Geneviève Delaisi de Parseval. (Points Essais, Seuil, 2004).</ref>. » La [[w:Grossesse|grossesse]] et l'interruption ont la même fonction symbolique : un inconcevable<ref>Interruption volontaire de grossesse : la dynamique du sens de Bernadette Rondot-Mattauer. (Erès, 2003).</ref>{{,}}<ref>[http://www.psychologies.com/Famille/Maternite/Desir-d-enfant/Articles-et-Dossiers/Les-enjeux-inconscients-de-l-IVG Les enjeux inconscients de l'IVG], Psychologies</ref>, une pure contingence, bloquant « la double illusion de la complétude narcissique, de la bisexualité réalisée, du fantasme d’auto-engendrement : hermaphrodite dans son désir, à la fois homme et femme, le sujet n’est finalement plus ni homme ni femme (objet a ne remplissant pas sa fonction de bouche-trou, [[w:Association du syndrome de Benjamin|Syndrome de Benjamin]]) », dit Fern Nevjinsky<ref>[http://www.cairn.info/revue-bulletin-de-psychologie-2009-5-page-467.htm Que sait-on de l’infertilité psychogène masculine ?], Cairn</ref>.
==== L’Autogénèse ====
Il existe trois formes d'auto-engendrement : le ''Complexe de Périandre'' (inceste), le ''Complexe de Télémaque'' (invocation de la loi) et le ''Complexe de Prométhée'' (épistémophilie du paranoïaque).
===== Le [[w:Périandre|Complexe de Périandre]] =====
[[w:Paul-Claude Racamier|Paul-Claude Racamier]] oppose à l’Œdipe, l’[[w:Inceste|inceste]], pare-feu libidinal, irreprésentable, vide de la pensée, blanche et opératoire, engrènement de l’ordre de l’agir, du faire agir, circuit interactif, entrainant un ''saccage psychique'' (M. Hurni et G. Stoll), désobjectalisant ([[w:André Green|André Green]]), provoquant une indifférenciation transsubjective, antifantasmatique, antisymbolique. Désengendré, la représentation et le sexe du père sont exclus ». La mère tarit le désir de l'enfant devenu fétiche, « ''objet - non-objet'' » faire-valoir, instrument narcissique et combat le sexuel comme son ennemi le plus intime<ref>[http://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2002-1-page-179.htm L’incestuel dans les familles], Cairn</ref>. Le père devient la mère, la mère devient le père, le gendre devient le fils, l'enfant devient le parent pour poursuivre et revivifier une relation de séduction narcissique. Les enfants appellent leurs parents par leurs prénoms et la porte de leur chambre ne ferme pas. Il s’apparente au [[w:Complexe de Jocaste|Complexe de Jocaste]], qu'on retrouve chez certaines mères ménopausées (écoulement, assèchement)<ref>[https://www.cairn.info/article.php?ID_ARTICLE=RFP_694_1013 Quel retour d'âge ? Début de la fin ou fin du début ? par Jacqueline Schaeffer], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2001-2-page-99.htm Le réveil des angoisses précoces d'écoulement ou d'assèchement lors de l'apprentissage de la propreté
Nathalie Barabé], Cairn</ref>.
===== Le [[w:Télémaque|Complexe de Télémaque]] =====
[[w:Massimo Recalcati|Massimo Recalcati]] l'oppose au complexe d'Œdipe. Il est transgresseur et "invocateur de la loi". L'autorité d'Ulysse, si elle s’autorécuse, devient incestuelle, dit [[w:Hannah Arendt|Hannah Arendt]], « pure culture de la pulsion de mort » et « omnipotence inanitaire », dit Racamier. Faire preuve d’humour en tenant à l’enfant un « discours plein de sollicitude consolatrice », repulsionnalise l’interdit et entraine une coexcitation sadomasochique incestuelle.
Cette transgression expropriante dont parlent [[w:Georges Bataille|Georges Bataille]], [[w:Peter Sloterdjik|Peter Sloterdjik]] ou [[w:Mehdi Beladj Kacem|Mehdi Beladj Kacem]] invoque aussi le [[w:cynisme|cynisme]] stoîcien et son influence sur la psychanalyse. Il faut différencier le trait d’esprit ('''épargne de l’énergie psychique''' qui, par l’inhibition ou la répression, sert à maintenir inconsciente l’idée qu’exprime le mot d’esprit), du comique ('''épargne de représentation''', en mettant en scène de façon condensée des idées qui nécessiteraient une grande mobilisation de moyens verbaux) et de l’humour ('''épargne d’affects''')<ref>[https://www.cairn.info/revue-de-psychotherapie-psychanalytique-de-groupe-2005-1-page-63.htm L'humour des patients schizophrènes], Cairn</ref>. Le rire, comparable à la "honte anale (qui) vise le lâchage du contrôle (est une) honte sexuelle (qui) joint la décharge du rire à la décharge orgastique, et l’exhibition du rire rejoint l’exhibition du sexe féminin"<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2017-1-page-45.htm Le propre de la femme ? Le rire de Sarah et de Déméter], Cairn</ref>.
Le triomphe et la culpabilité d’avoir inversé l’ordre générationnel personnifie dans le réel, pour le parent, l’autorité grand-parentale. Pour Freud, la crédulité de l’amour devient une source importante, sinon la source originelle de l’autorité. Le rapport moi/surmoi devient homomorphe (pareil et pas pareil) au rapport enfant/parent. (voir aussi la comparaison avec [[w:Louis XIV|Louis XIV]] de [[w:Fénelon|Fénelon]] dans [[w:Les Aventures de Télémaque (Fénelon)|Les Aventures de Télémaque (Fénelon)]], la grâce du suicide chez [[w:Catherine Millot|Catherine Millot]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2005-2-page-163.htm La passion du renoncement], Cairn</ref>, l'optimisme de [[w:Candide|Candide]] de [[w:Voltaire|Voltaire]] et la vision du videngeur d'excréments chez [[w:Yuko Mishima|Yuko Mishima]])
===== Le [[w:La Psychanalyse du feu|Complexe de Prométhée]] =====
Prométhée signifie "celui qui pense avant" ; son jumeau, [[w:Épiméthée|Épiméthée]], "celui qui pense après". [[w:Gaston Bachelard|Gaston Bachelard]] en fait un complexe d'Œdipe de la vie intellectuelle<ref>[http://www.psydoc-france.fr/conf&rm/conf/endeuilles/textesexperts/WALTER.pdf Les mecanismes d'adaptation, de défense, de refoulement, Les sequelles psycho-pathologiques lors du deuil après suicide, Walter Brest], Psydoc France</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-telemaque-2012-1-page-19.htm Épistémophilie par Jacques Arveiller], Cairn</ref> [[w:Sublimation (psychanalyse)|épistemophilique]] (Lacan dit passion (terreur sans langage pour Anne Dufourmantelle) ''trumaine plutomythique'')<ref>[http://www.champlacanienfrance.net/IMG/pdf/L14MBousseyroux.pdf Un savoir comme enfer de Michel Bousseyroux], Champ Lacanien France</ref>{{,}}<ref>[http://www.cairn.info/revue-topique-2014-2-page-63.htm La pulsion épistémophilique : la place du savoir dans le transfert. Freud, Klein et Lacan], Cairn</ref>{{,}}<ref>[http://www.cairn.info/revue-champ-psychosomatique-2005-2-page-109.htm La vie sexuelle de Catherine M. ou la nouvelle « Belle au bois dormant »], Cairn</ref>. Pour Mireille Guittonneau-Bertholet, les théories infantiles sur le suicide, dans un jeu paradoxal permettent de s’auto-engendrer et se déprendre de la figure d’un mort à laquelle ils ont été précocement identifiés<ref>[https://www.cairn.info/resume.php?ID_ARTICLE=TOP_130_0113 Théories infantiles sur le suicide et tentative d’auto-engendrement], Cairn</ref> (reliance et déliance, sublimation, sexualité inactive ou homosexuelle après avoir converti sa sexualité inachevée (infantile) en une pulsion de savoir : voir [[w:Un souvenir d'enfance de Léonard de Vinci|Un souvenir d'enfance de Léonard de Vinci]], le syndrome de ''Trouble brain injury'' de Ruth Bettelheim, fille du psychanalyste suicidé<ref>[http://www.huffingtonpost.com/ruth-bettelheim/tbi-military-suicides_b_2108976.html Why Heroes Kill Themselves], Huffington Post</ref>, du [[w:graffiti|graffiti]] et des réseaux sociaux, désaffiliations provisoires, sans rémunération et/ou contre amende, du nom-du-père, père symbolique ou père mort<ref>[https://sejed.revues.org/185 Le psychologue à l’écoute des adolescents tagueurs], SEJED</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-perspectives-psy-2009-2-page-176.htm Scarifications et « représentation de peau »], Cairn</ref> « car en s'autographiant par la mise en scène d'un fantasme d'auto-engendrement, en surinvestissant (sentimental<ref>[http://leplus.nouvelobs.com/contribution/1237869-valerie-trierweiler-ou-le-tragique-surinvestissement-sentimental-des-femmes.html Valérie Trierweiler, ou le tragique surinvestissement sentimental des femmes], L’Obs</ref>, législatif<ref>[https://www.cairn.info/revue-archives-de-politique-criminelle-2012-1-page-31.htm Le surinvestissement législatif en matière d’infractions sexuelles], Cairn</ref>, numérique<ref>[https://www.cairn.info/devoreurs-d-ecrans--9782804702748-p-105.htm Le surinvestissement des espaces numériques], Cairn</ref>, éducatif<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-revue-internationale-de-l-education-familiale-2009-2-page-117.htm Le surinvestissement des mères coréennes pour la réussite scolaire des enfants], Cairn</ref>, sportif<ref>[https://www.cairn.info/revue-perspectives-psy-2006-2-p-157.htm Le surinvestissement sportif : une parade contre l’angoisse de la perte et l’intolérance à l’affect], Cairn</ref> ou du savoir<ref>[https://www.cairn.info/revue-enfances-et-psy-2002-1-p-105.htm De la phobie scolaire au surinvestissement du savoir], Cairn</ref>) sa signature, oraison funèbre et ex voto »<ref>''Psychologie de la violence », de Christophe Bormans, 2004</ref> puisque comme dit Lacan : « c’est aussi bien, comme désir de mort en effet que l'homme s'affirme pour les autres que dans l’ambiguïté vitale de son désir immédiat ». L’Ecclésiaste le dit : « qui accroît sa science, accroît sa douleur. »
==== La Parthénogénèse ====
Il existe trois forme de parthénogénèse: le ''Complexe d'Hamlet'' (autocannibalisme), le ''Complexe de Thésée'' (parricide) et le ''Syndrôme de l'imposteur'' (cannibalisme).
===== [[w:Hamlet|Le Complexe d'Hamlet]] =====
Pour [[w:Goethe|Goethe]], la pensée d'Hamlet inhibe son acte<ref>[http://www.lacanquotidien.fr/blog/wp-content/uploads/2013/11/LQ-349.pdf Hamlet et le désir], Lacan Quotidien</ref>. Il pense trop... et trop bien<ref>https://www.cairn.info/revue-cliniques-mediterraneennes-2002-1-page-221.htm</ref> avant de tuer Claudius (le frère de son père) qui a réalisé, son désir œdipien inconscient devenant alors ''phallus réel'', signifant en tant que tel de la puissance et cause de sa procrastination, après la rencontre avec le fantôme de son père qui entraîne sa "dépersonnalisation".
Lacan fait dire à la mère d’Hamlet : « Je suis ce que je suis, avec moi il n’y a rien à faire, je suis une vraie [[w:Stade génital|génitale]]. Moi, je ne connais pas le deuil. Elle est simplement un con béant. Quand l’un est parti, l’autre arrive. C’est de cela qu’il s’agit. » Hamlet n’a plus de désir pour Ophélie qui a cessé d’être une femme mais une mère potentielle, ou le ''phallus''. (Voir le [https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2009-2-page-221.htm Complexe d’Oblomov])
L'indisponibilité de l'enfant désengendré par l’[[w:Incorporation (psychanalyse)|incorporation]] du parent de même sexe, détournant la composante incestueuse au profit d’un fantasme d’auto-engendrement, système défensif évitant le clivage, le deuil de la scène primitive et le sentiment d’usurpation, devient [[w:Parthénogénése|parthénogénétique]] (autocannibalique) et entraine un [[w:cannibalisme|cannibalisme]] polysémique rompant la chaîne transgénérationnelle en avalant son père et en s'accaparant sa toute-puissance<ref>[https://www.cairn.info/revue-de-psychotherapie-psychanalytique-de-groupe-2005-2-page-69.htm Apport de la clinique des groupes à la métapsychologie : le concept d’auto-engendrement de Jean-Bernard Chapelier], Cairn</ref>. » Selon René Kaës, « la parthénogénèse (reproduction monoparentale ou mono-engendrement) est une défense contre l'horreur de l'inceste : si l'enfant nait d'un coït, ce sera l'enfant abhorré d'un désir incestueux pour le frère : par un rêve de parthénogénèse, la mère à venir se protège des dangers de ce désir<ref>Le travail de l'Inconscient, de René Kaës, p.26</ref> », par la diffraction du transfert<ref>[https://www.cairn.info/revue-de-psychotherapie-psychanalytique-de-groupe-2005-2-page-109.htmLes configurations du lien, la chaîne associative groupale et la diffraction du transfert, par Claudine Vacheret], Carin</ref>. On retrouve aussi cette description dans le ''Complexe de la Madone et de la Putain''.
===== Le [[w:Thésée|Complexe de Thésée]] =====
Dans son livre [[w:Dostoïevski et le parricide|Dostoïevski et le parricide]], Freud évoque le masochisme appaisé par les situations les plus dures qui deviennent comme de véritables respirations<ref>[https://www.cairn.info/revue-l-en-je-lacanien-2007-2-page-119.htm
Dostoïevski et le parricide : du fantasme de l'amour du père au fantasme du meurtre du père par
Annie Miriel], Cairn</ref>.
Jean Ménéchal y voit la digestion du père par l'enfant endeuillé par le suicide<ref>[https://www.cairn.info/psychanalyse-et-politique--9782749209234-p-137.htm Le complexe de Thésée], Cairn</ref>. De la perversion à la sublimation (élévation symbolique d’un objet imaginaire à la dignité de la Chose réelle<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2002-2-page-57.htm À quoi sert la sublimation ? de Baldine Saint Girons], Cairn</ref>), s'élabore une structure hystérique et parricide<ref>[https://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2009-1-page-5.htm L’hystérie masculine], Cairn</ref>, basée sur l'alliance et une fraternité dépassant le cadre familial. Pour [[w:René Girard|René Girard]], on ne peut aimer que par le truchement d'un tiers (ici le père), dans une configuration triangulaire et nihiliste, dont le désir mimétique et dégradé entraine la violence (ici le suicide)<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-telemaque-2007-2-page-93.htm Pour en finir avec le XXe siécle et ses éternelles adolescences, un roman d’éducation pour le troisième millénaire], Cairn</ref>. [[w:Bertrand Gervais|Bertrand Gervais]] y voit un [[w:Trouble dissociatif de l'identité|Trouble dissociatif de l'identité]] labyrinthique. [[w:René Kaës|René Kaës]] dit : "Comme Œdipe, Thésée part a la recherche de son pére et le tue, mais il sait au départ qui est son pére, et c’est indirectement qu’il provoque sa mort. De même. l'inceste de Thésée est déplacé de la mére sur une belle soeur ; celui de [[w:Phèdre (mythologie)|Phèdre]] est déplacé du fils sur le beau-fils, [[w:Hippolyte fils de Thésée|Hippolyte]]. Dans le destin de Thésée, le complexe d'Œdipe ne s'exprimera que par des actes manqués. Dans celui d'Œdipe, il ne s'exprimera que par des actes réussis (la réussite de l’acte fait l’échec du rapport)<ref>''Le travail de l'Inconscient: Textes choisis, présentés et annotés'', de René Kaës, Didier Anzieu</ref>."
===== Le [[w:Syndrome de l'imposteur|Syndrome de l'imposteur]] =====
L'indisponibilité et l'incorporation cannibalique et nihiliste est assimilable a ce que [[w:Karl Marx|Marx]] et [[w:Georg Lukacs|Lukacs]] nomment la [[w:réification|réification]] (traitement du sujet comme un objet propre à la [[w:Névrose obsessionnelle|Névrose obsessionnelle]] [[w:Toute-puissance (psychanalyse)|toute-puissante]]), contre laquelle, le suicide devient un pur acte précurseur philosophique (Lukacs) et une ambiguïté parfaite contre la [[w:Société du spectacle|Société du spectacle]] ([[w:Guy Debord|Debord]]). Elle est le fruit de la ''Société du Suicide'' ([[w:Jean Baudrillard|Baudrillard]]), de l’exclusion des journalistes dans l’entre-deux-guerres (Naït-Bouda)<ref>[http://communication.revues.org/5104 Vers un journalisme réifié ?], Revues</ref> et du processus d'[[w:Autofiction|autofiction]] de la [[w:Téléréalité|téléréalité]] (Bouchoux<ref>[http://www.huffingtonpost.fr/2015/10/21/mon-roi-maiwenn-echapper-pervers-narcissique_n_8345592.html "[[w:Mon Roi|Mon Roi]]" de [[w:Maïwenn|Maïwenn]]: Comment échapper au pervers narcissique ?], The Huffington Post</ref>), propre au perfectionnisme sceptique<ref>[https://www.cairn.info/stanley-cavell-le-cinema-et-le-scepticisme--9782130569732.htm Stanley Cavell, le cinéma et le scepticisme par Élise Domenach], Cairn</ref> qui voit dans l’[[w:Identification projective|Identification projective]] au ''faux père réel'', brouillage du [[w:Trait unaire|Trait unaire]], une forme de [[w:Perversion narcissique|perversion narcissique]], dont la victime machiavélique<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2007-1-page-203.htm Virilité en perte par Silvia Lipp], Cairn</ref> devient, selon Simone Korff-Sausse, [[w:cannibalisme|cannibale]]<ref>[http://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2003-3-page-943.htm Hystérie et perversion : le pervers narcissique], Cairn</ref>{{,}}<ref>[http://www.cairn.info/article.php?ID_REVUE=RFP&ID_NUMPUBLIE=RFP_673&ID_ARTICLE=RFP_673_0925 Korff-Sausse S., La femme du pervers narcissique, Revue française de psychanalyse 2003/3, Volume 67, p. 925-942.], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://fr.sott.net/article/3963-La-victime-oubliee-les-femmes-qui-aiment-les-psychopathes], Sott</ref>. L'imposteur doit à tout prix imposer sa certitude à la crédulité de sa victime<ref>[https://www.cairn.info/revue-cliniques-mediterraneennes-2010-1-page-11.htm L'imposture héroïque], Cairn</ref>. On pense aussi au cas de maternités ou de paternités imposées. « Le héros est celui qui peut impunément être trahi » (Séminaire VII, p. 370)<ref>[https://lacanquotidien.fr/blog/2012/01/on-en-parle/ On en parle], Lacan quotidien</ref>. Les cas de « rage narcissique » ([[w:Heinz Kohut|Heinz Kohut]])<ref>[http://www.cairn.info/revue-recherches-en-psychanalyse-2004-2-page-41.htm Le crime d’amour-propre], Cairn</ref>{{,}}<ref>[http://www.adhes.net/la-perspective-de-heinz-kohut-paul-denis.aspx La perspective de Heinz Kohut Paul Denis], Adhes</ref>, de « narcissisme criminel » ([[w:Jean-Claude Romand|Jean-Claude Romand]]) fait dire à Freud, les criminels, conscients de leur culpabilité, passent à l’acte pour se libérer d'une tension afin d’obtenir une punition masochiste, elle aussi, source de soulagement contre la souffrance (le signifiant représente le sujet pour un autre signifiant, emprisonnement du sens non délivré par le surmoi, diplopie du moi, surimpression paraphrénique), propre aux affabulations de [[w:Pinocchio|Pinocchio]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-lettre-de-l-enfance-et-de-l-adolescence-2010-1-page-59.htm L’impensable mise à mort de Pinocchio. Quand la fiction échappe à son créateur], Cairn</ref>. "Dans cette occurrence, l’objet interne externalisé est frappé à mort. À l’inverse, lors du suicide mélancolique, c’est l’objet externe internalisé qui est visé", dit Guy Roger<ref>[https://www.cairn.info/revue-topique-2005-1-page-9.htm Désir d’amour], Cairn</ref>.
=== L’Épiphylogénèse ===
La question de la transmission du comportement suicidaire à l'enfant endeuillé par le suicide nous conduit à étudier dans ''Technique et Temps : La faute d’[[w:Épiméthée|Épiméthée]]'', ce que [[w:Bernard Stiegler|Bernard Stiegler]] nomme épiphylogénèse (passé hérité qui n'a pourtant pas été vécu, évolution non génétique supposant l’hérédité de l’acquis<ref>[http://arsindustrialis.org/epiphylogénèse- Epiphylogenese], Ars Industrialis</ref>, principe transformisme lamarckien<ref>https://www.youtube.com/watch?v=_0_OVnxfhw0</ref>) dite rétention tertiaire ou la mémoire extériorisée dans des organes mnémotechniques, des mémoires matérialisées et extériorisées (arraisonnées, stockées dans des mémoires artificielles, Autre de l’Autre réel, impossible, faire qui nous
échappe<ref>[http://www.aefl.fr/pdf_journees_sinthome/Commentaire%20de%20la%20Leçon%20IV%20du%20séminaire%20Le%20Sinthome.pdf Le sinthome], AEFL</ref>.), font disparaître ce qui est là, remodèle le rapport de la conscience à ce qui arrive et supprime notre disponibilité au monde<ref>[http://rhuthmos.eu/IMG/pdf/benjamin_fernandez_le_temps_du_monde.pdf Benjamin Fernandez, Le temps du monde], Ruthmos</ref>. Nous partirons de la Parthénogénèse (stade oral) pour comprendre comment l’auto-désengendrement<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-carnet-psy-2003-4-page-27.htm# La parentalité : un nouveau concept pour quelles réalités ?, la place du père
de François Marty], Cairn</ref> de l'enfant (stade anal) peut conduire à sa réification dit syndrome du kamikaze (stade phallique).
==== L’Auto-désengendrement ====
Il existe trois formes d'auto-désengendrements: ''Complexe de Laïos'' (avortement), ''Complexe de Médée'' (infanticide) ou ''Effet Golem'' (maltratance).
===== Le [[w:Laïos|Complexe de Laïos]]<ref>[https://www.cairn.info/resume.php?ID_ARTICLE=RFP_G1993_57N2_0551 Le complexe de Laïos selon John Munder Ross par Cléopâtre Athanassiou], Cairn</ref> =====
La réification de l'{{abréviation|EES|enfant endeuillé par suicide}} par l’[[w:Infanticide|euthanasie néonatale]]<ref>[http://www.ieb-eib.org/fr/pdf/etude-je-ne-veux-pas-de-cet-enfant.pdf Je ne veux pas de cet enfant], Leb eib</ref>. [[w:Roland Gori|Roland Gori]] voit l’objet de la haine du sujet comme la part innommable de l’être échappant à l’appropriation, à jamais perdue au champ de la parole<ref>[https://www.cairn.info/revue-cliniques-mediterraneennes-2003-2-page-131.htm Lacan, le symbolique et le signifiant de Patrick Juignet], Cairn</ref> et du langage. Pour Kyveli Vogiatzoglou, c’est la passion du sujet qui vise la destruction de son objet, pour éradiquer l'autre, jusqu'à forclore le terme même de l'altérité, en se retirant du lien social, fondé sur le symbolique, pour abolir la différence, et « lutter contre la désorganisation psychique et la dépersonnalisation (la non-reconnaissance de l’image spéculaire dit Lacan)», dit Paul Denis<ref>[http://www.spp.asso.fr/wp/?publication_cdl=la-haine La Haine], SPP</ref>. Elle peut conduire au [[w:Syndrome de Silverman|Syndrome de Silverman]] et au [[w:Syndrome de Münchhausen par procuration|Syndrome de Münchhausen par procuration]].
===== Le [[w:Médée|Complexe de Médée]] =====
Il illustre la réification de l'{{abréviation|EES|enfant endeuillé par suicide}} par la réduction de l'enfant à un statut de pur objet réel, expression d’un fantasme d’[[w:anéantissement|anéantissement]] (question du sacrifice et de l’auto-appropriation chez [[w:Jean-Luc Marion|Jean-Luc Marion]] et [[w:Jan Patočka|Jan Patočka]]<ref>[https://www.bnf.fr/fr/mediatheque/jean-luc-marion-et-la-question-du-sacrifice Jean-Luc Marion et la question du sacrifice], BNF</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/le-complexe-de-medee--9782804159054.htm Le complexe de Médée : Quand une mère prive le père de ses enfants par Alain Depaulis], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-enfances-et-psy-2009-3-page-111.htm Infanticide et sacrifice], Cairn</ref>, rupture avec une solitude radicale ([[w:Dilemme du hérisson|Dilemme du hérisson]]), pas par l’isolement mais par la mise en spectacle de son irréductible différence, abréaction pour devenir « plus femme que mère », car « elle est tout simplement ailleurs » dit [[w:Caroline Eliacheff|Caroline Eliacheff]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-recherches-en-psychanalyse-2010-1-page-77.htm Médée, une lecture de la haine à la lumière de la clinique mère-enfant]</ref>. Elle est [[w:nécrophile|nécrophile]] (Sophie de Mijolla-Mellor), lorsque son prédateur, fasciné par son [[w:inquiétante étrangeté|inquiétante étrangeté]] (doute qu’une chose soit morte ou vivante), provoque un trouble désorganisateur du sujet dont la perversion se déplace du fétichisme (qui a trait au désaveu, ou à la « répudiation ») au masochisme originaire<ref>[https://www.cairn.info/revue-multitudes-2006-2-page-53.htm Deleuze avec Masoch par Éric Alliez], Cairn</ref>, ne pouvant s’appliquer à lui-même cette exigence de jouir sans libido, selon Lacan, il l’applique au partenaire, objet d’un forçage (sadisme, exhibitionnisme, voyeurisme, nécrophilie) par le [[w:racket|racket]], l’escroquerie, âme de la perversion<ref>[http://www.cairn.info/revue-psychanalyse-2006-2-page-55.htm La (dé)mission perverse de Pierre Bruno], Cairn</ref>. Lacan disait "La perversion est l'essence de l'homme"<ref>[L’enfant, objet a de Lacan d'Alain Vanier], Cairn</ref>. Le viol sans prédation devient un viol induit, non captatif, sans rapt ni prise d'otage, sans effet de surprise, qui répond à un désir de corruption, de "dévastation" et de "déprédation" sans désir d'appropriation<ref>[https://www.cairn.info/revue-l-information-psychiatrique-2008-3-page-193.htm 2008/3 La perversion narcissique, un concept en évolution d'Alberto Eiguer], Cairn</ref>. A contrario, la mère abandonneuse, abandonnée dans un premier temps, reproduit son propre déracinement, en livrant ses enfants à un orphelinat, à une vie sans père ou à une famille dysfonctionelle. L’enfant abandonné, fruit d'un abandon social, est jalousé, a fortiori.
===== Le Complexe de l’[[w:Homo sacer|Homo sacer]] =====
L'[[w:Effet Golem|Effet Golem]], l'[[w:Acrasie|acrasie]], le management de l'intimidation, du découragement du plus faible<ref>[https://www.cairn.info/revue-sociologie-2015-2-page-195.htm?fbclid=IwAR3C1sYHiSKEVvS1yAQCZorrQh0xYaK6jhDTjgvWdBsQtSy-9Rqmk3x3YhA# Que peuvent dire les suicides au travail ? Christian Baudelot et Michel Gollac], Cairn</ref>, proche du ''Complexe de Prospero'' (paternalisme agressif), [[w:Syndrome Queen Bee|Syndrome Queen Bee]] (patronnes misogynes), ''Effet spectateur'' (ou [[w:Effet du témoin|Effet du témoin]]) ou [[w:Effet Matthieu|Effet Matthieu]] (encouragement du plus fort)<ref>[http://www.arches.ro/revue/no01/no1art8.htm Le passé de l'idéalisation Une interprétation du mythe de Pygmalion, de Corneliu Irimia], Arches</ref>, cette réification de l'{{abréviation|EES|enfant endeuillé par suicide}}, [[w:solipsisme|solipsisme]], emprise, [[w:Pensée désidérative|Pensée désidérative]] [[w:biais d'optimisme|biais d'optimisme]] ou [[w:Effet Pygmalion|Effet Pygmalion]], perversion d'une jouissance sans libido (Verbicide<ref>[https://www.cairn.info/revue-cahiers-du-genre-2015-1-page-135.htm Verbicide. D’une vulnérabilité qui n’ose dire son nom d'Alyson Cole], Cairn</ref>, [[w:Faute de la victime (psychologie)|Faute de la victime]], non-dénonciation, disqualification [[w:Performativité|performative]]<ref>[https://www.idixa.net/Pixa/pagixa-1409071659.html], Idixa</ref>, [[w:Gaslighting|détournement cognitif]], déconstruction, dissociation, contre-initiation allant jusqu'au crime pédophile, voir aussi le ''Complexe de Cratée''), [[w:pulsion de mort|pulsion de mort]] de la possessivité car le gouffre entre le désir, toujours irréalisé et la demande toujours croissante pour tenter en vain de le rejoindre, ne peut alors que s’accroître. Son besoin d’emprise et de passiver, veut l’inclure comme une mère peut porter un enfant<ref>[https://www.cairn.info/revue-topique-2008-3-page-7.htm Le fantasme de Pygmalion, de Sophie de Mijolla-Mellor], Cairn</ref>. Lacan parle de jalouissance<ref>[http://www.franceculture.fr/emission-l-essai-et-la-revue-du-jour-la-jalousie-une-passion-inavouable-revue-la-clinique-lacanienne Jacques Munier], France Culture</ref>{{,}}<ref>[http://www.cairn.info/revue-l-en-je-lacanien-2008-1-page-93.htm La jalouissance et le plaisir], Cairn</ref> (mélange de la jalousie de la jouissance de l’autre et du plus-de-jouir<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2013-1-page-197.htm Le plus-de-jouir par Gisèle Chaboudez], Cairn</ref> que confère le sentiment de jalousie, une rivalité imaginaire) voir « le ravage<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2016-4-page-123.htm « La putain de sa mère ». Insulte et ravage dans le lien mère-fille], Cairn</ref> (jalousie inconsciente, cf [[w:Le Ravissement de Lol V. Stein|Le Ravissement de Lol V. Stein]])<ref>[http://atelierlorient.viabloga.com/files/BrassierLolVstein.pdf Lol V.Stein : du ravissement au ravage], Atelier Liorent</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2005-5-page-1613.htm Marguerite Obscur Donnadieu Duras : “ Sublime, forcément sublime ”], Cairn</ref>.
Cette haine jalouse invente l’[[w:Objet a|Objet a]] et le fait surgir comme une tentative de rendre plus consistant l’objet du fantasme dans la névrose hystérique (ennui de vivre, « L’hystérique dit toujours la vérité. », dit Lacan). », nous dit Marie-Francois Haas<ref>[http://www.champlacanienfrance.net/IMG/pdf/Haas_M46.pdf La folie de l’amour : spécificité de la jalousie féminine], Champ lacanien</ref>, comme dans les cas de [[w:Trouble oppositionnel avec provocation|Trouble oppositionnel avec provocation]]. L'œdipe inversé contrarié, est un conflit avec le parent de sexe opposé et un désir homosexuel pour celui de même sexe, par défaut, qui lui est ensuite refusé, à nouveau.
Pour [[w:Ariane Bilheran|Ariane Bilheran]], le [[w:Harcèlement|harcèlement]] (asymétrique) qui s'oppose au conflit (symétrique), même sexuel ou physique (torture), reste psychologique, vise la destruction psychologique et l'autodestruction, propre à la démocratie, où le harcèlement physique et sexuel, est interdit, propre au modèle totalitaire du sort de l'Homo sacer, décrit par [[w:Giorgio Agamben|Giorgio Agambenn]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-champ-psy-2015-2-page-141.htm Harcèlement sexuel et traumatisme psychique : aspects cliniques et psychopathologiques
Khadija Chahraoui], Cairn</ref>. Christian Sommer rappelle que son étymologie arabe ''herse'', suggère qu'elle doit d'abord et pendant longtemps se faire précéder par une charrue<ref>[https://www.cairn.info/mythologie-de-l-evenement--9782130654339-page-165.htm Épilogue. Après le dernier dieu de Christian Sommer], Cairn</ref>. On distingue harcèlement moral (calomnie, placard, dénonciation, divulgation, Disclosure), du harcèlement de rue (Catcalling, [[w:Stalking|Stalking]]: le « rejeté » pourchasse, le « rancunier » traque, se venge, terrorise, l' « âme-sœur » s’immisce, le « prétendant maladroit » va vers ceux en couple, le « prédateur » espionne, attaque).
==== L’[[w:Ontophylogenèse|Ontophylogénèse]] ====
La parenté phylogénétique, le rapport au tiers exclu protogénétique et la transformation finale ontogénétique, sont des causes endogamiques du suicide. Le rapport contextuel épigénétique, la transmission du non vécu ėpiphylogėnėtiques sont en revanche des effets exogamiques, où la séparation devient communication (stade oral primitif dans une perspective non kleinienne), ce que [[w:Simone Weil|Simone Weil]], après [[w:Platon|Platon]], nomme le [[w:Metaxu|Metaxu]], structure ontophylogénétique des EES. Il existe trois formes d'ontophilogénèse : le ''Syndrome de Bonnie & Clyde'' (identification à l’agresseur), l'Auto-réification (normopathie) et la ''Théorie du Kamikaze'' (devenir-media).
===== Le Syndrome de Bonnie & Clyde =====
L’[[w:Hybristophilie|Hybristophilie]] ou syndrome de Bonnie & Clyde, l’Enclitophilie, le [[w:Complexe de Cendrillon|Complexe de Cendrillon]] et ''[[w:Syndrome de Peter Pan|de Peter Pan]]'', participent au [[w:Identification à l'agresseur|processus d'Identification à l'agresseur]], propre à l’[[w:Hystérie|hystérique]], de l'{{abréviation|EES|enfant endeuillé par suscide}} peut s’apparenter alternativement au syndromes de [[w:Syndrome de Stockholm|Stockholm]] et de [[w:Syndrome de Lima|Lima]]. L'auto-réfication peut devenir un [[w:Syndrome de Münchhausen|Syndrome de Münchhausen]] dans le cas du désir de [[w:Myrrha|Myrrha]] pour son père, avant d’être métamorphosée en arbre, se fissurant pour donner vie à l’enfant œdipien, [[w:Adonis|Adonis]] qui, à son tour, séduira [[w:Vénus|Vénus]]. [[w:Axel Honneth|Axel Honneth]]<ref group=Note>Dans son [http://www.contretemps.eu/interventions/psychanalyse-théorie-sociale-psychanalyse-est-elle-facteur-émancipation article] « Le travail de la négativité. Une révision psychanalytique de la théorie de la reconnaissance », [[w:Axel Honneth|Axel Honneth]] dit de la psychanalyse qu'elle a un potentiel normatif et un potentiel explicatif. Sur le plan normatif, elle permet de répondre à l’exigence de ne pas « présumer trop des forces rationnelles du sujet », de donner une place aux forces de liaison inconscientes non rationnelles du sujet.</ref> distingue la réification « authentique » et inconsciente (le génocide, la guerre, l’esclavage économique…) et la réification « fictive » consciente (présentation instrumentale de soi, prostitution, cruauté interpersonnelle<ref>[http://www.cairn.info/revue-du-mauss-2011-2-page-259.htm Réification et reconnaissance. Une discussion avec Axel Honneth], Cairn</ref> et tendresse<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2002-4-page-1073.htm La pulsion de cruauté de Dominique Cupa], Cairn</ref> alternées par autoconservation (oralité, faim)<ref>[https://www.spp.asso.fr/publication_cdl/tendresse-et-cruaute/ Tendresse et cruauté], stp asso</ref>, pitié, syndrome d'[[w:Antigone|Antigone]] (désengendrement comme chez Marie-Antoinette ou Annie Ernaux, dont le refus de transmission vient d’un défaut de transmission), syndrome d'[[w:Ismène|Ismène]] (sœur résignée d’[[w:Antigone|Antigone]]) du trouble psychique des femmes occidentales, nées entre 1950 et 1965, dite « génération de la misère sexuelle<ref>[http://www.youscribe.com/catalogue/ressources-pedagogiques/litterature/theatre/antigone-et-ismene-ou-le-conflit-entre-la-revolte-et-la-sagesse-2396490 Antigone et Ismene ou le conflit entre la revolte et la sagesse], Youscribe</ref>. »)
===== Le [[w:Appel à Galilée|Syndrome de Galilée]] =====
Honneth s'interroge sur le concept d{{'}}''auto-réification'', comme oubli de la reconnaissance de soi<ref>[http://www.revue-mitwelt.fr/publication-honneth-la-reification-comme-oubli-de-la-reconnaissance-1.html Honneth: La réification comme oubli de la reconnaissance], Revue Mitwelt</ref>, attitude objectivante par rapport à sa propre subjectivité. La réification devient le fruit abîmé et pourri de cet oubli<ref>[http://www.implications-philosophiques.org/ethique-et-politique/philosophie-politique/le-concept-de-reification-comme-absence-et-oubli/ Le concept de réification comme absence et oubli], Implications philosophiques</ref>. On peut y voir ici une forme de [[w:Normopathie|Normopathie]] et d’allusion aux travaux de [[w:Martin Heidegger|Martin Heidegger]], pour qui le « [[w:nihilisme|nihilisme]] », réduction de l'être à l'étant, corollaire de la « [[w:métaphysique|métaphysique]] » est « oubli de l'être », dans la [[w:technique|technique]] et où le Dasein serait un suicide qui dure toute la vie (volonté de puissance (Nietzsche), de volonté (Heidegger), de pureté ([[w:Bernard-Henri Lévy|Bernard-Henri Lévy]]) et d'oubli (Freud)) ; ou de [[w:Leo Strauss|Leo Strauss]], celui du [[w:positivisme|positivisme]] scientifique et l’[[w:historicisme|historicisme]], dans la lignée de [[w:Hegel|Hegel]] et d'[[w:Auguste Comte|Auguste Comte]].
===== La Théorie du Kamikaze =====
L'homme dit non-civilisé ne serait alors pas un nihiliste qui nous renvoie au stade d'intrusion, de frustration, du miroir produisant fétichisme, addiciton et instrumentalisation. On pense au concept de Persona chez [[w:Carl Jung|Carl Jung]] et de ''Faux Self'' chez [[w:Donald Winnicott|Donald Winnicott]], à la deuxième peau des mannequins-chrysalides sans désir réel, auto-érotisés et narcissiques<ref>[http://www.spp.asso.fr/wp/?publication_cdl=trendy-sexy-et-inconscient-regards-dune-psychanalyste-sur-la-mode Trendy, sexy et inconscient. Regards d’une psychanalyste sur la mode], SPP</ref>, aux casques des [[w:Daft Punk|Daft Punk]] ou de Winslow Leach dans [[w:Phantom of the Paradise|Phantom of the Paradise]], à [[w:Frankenstein|Frankenstein]], à la [[w:Collection de squelettes du professeur Hirt|collection de squelettes juifs du professeur Hirt]], au [[w:Clonage|clonage]], au transsexualisme, indifférentiation qui « prend l’organe pour le signifiant, le pénis réel pour le phallus symbolique » (Lacan)<ref>http://trans.info.free.fr/sm%20mingot.pdf</ref>{{,}}<ref>https://mondesfrancophones.com/espaces/psyches/linteret-pour-la-psychanalyse-dans-les-travaux-de-judith-butler-entretien-avec-livio-boni/</ref>, à la mort de [[w:Socrate|Socrate]] et au concept de [[w:Buzz (marketing)|Buzz]] : le consommateur potentiel devient lui-même le média dit [[w:Laurent de Sutter|Laurent de Sutter]] ; le média devient l'objet de la communication et non son moyen, sur le modèle de la théorie des médias de [[w:Marshall McLuhan|Marshall McLuhan]].<ref>[https://diacritik.com/2017/01/12/laurent-de-sutter-le-kamikaze-est-comme-nous-un-etre-mediatique-le-grand-entretien/ Laurent de Sutter : «Le kamikaze est comme nous, un être médiatique» (Le grand entretien)], Diacritik</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/revue-adolescence1-2010-2-page-331.htm Violon ». La tentative de suicide d’une adolescente : travail de deuil et sublimation], Cairn</ref>.
==== La [[w:Morphogenèse|Morphogenèse]] ====
Nous analyserons comment les enfants endeuillés par le suicide médiatisent leur rapport au parent suicidé par une volonté de savoir ([[w:épistémologie|épistémologie]] [[w:Morphogenèse|morphogénétique]]) (stade oral). L’enfant, comme dans les romans de [[w:Paul Claudel|Paul Claudel]], [[w:Gilles Deleuze|Gilles Deleuze]] ou [[w:Witold Gombrowicz|Witold Gombrowicz]], trahit le signifiant qu’il ne supporte plus (stade sadique oral dit de la morsure)<ref>[http://antioedipe.unblog.fr/2007/09/11/de-claudel-a-gombrowicz-ou-de-lacan-a-deleuze-deux-lectures-de-linconscient/ De Claudel à Gombrowicz, ou de Lacan à Deleuze-Guattari : la question de la dignité], Antioedipe</ref>, qui crée l'érosion du sujet et la question de son irremplaçabilité ([[w:Baïonnette intelligente|Baïonnette intelligente]]).
Le concept de [[w:Champ_morphogénétique|Morphogenèse]]) de [[w:Ross Granville Harrison|Ross Granville Harrison]] et [[w:Alan Turing|Alan Turing]] qui ont influencé la ''[[w:Théorie des catastrophes|Théorie des catastrophes]]'' de [[w:René Thom|René Thom]], ''la généalogie morphologique du structuralisme'' de [[w:Jean Petitot (philosophe)|Jean Petitot]], la [[w:Formule canonique du mythe|Formule canonique du mythe]] de [[w:Claude Lévi-Strauss|Claude Lévi-Strauss]] et la [[w:Théorie du chaos|Théorie du chaos]] nous interrogeront sur les stades de développement de l'EES, en prénatal (stade des sirènes), au stade oral (stade de la morsure) et anal (syndrome d'Ulysse).
===== Le Stade des sirènes =====
[[w:Peter Sloterdjik|Peter Sloterdjik]] y voit ''Le stade des sirènes. De la première alliance sonosphérique'' (olfactif/foetal chez [[w:Françoise Dolto|Françoise Dolto]]), en référence au personnage d'[[w:Ulysse|Ulysse]] (etymo. Oddyseus, "faché, énervé, hainteux"). L'oreille est l'orifice le plus important, le plus offert car il ne peut pas se clore (indépendance de la fonction symbolique<ref>[http://virole.pagesperso-orange.fr/NatStrucLSF.pdf La langue des signes des sourds], Benoit Virole</ref>). Devenir sourd est une castration qui fracture l'image spéculaire. La voix non entendue, qui reste en suspens créant des « mal-entendus » réduite à un ''flatus vocis'' qui ne peut que faire écho à celle des autres et les autres voix lui font écho<ref>[http://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2008-2-page-71.htm Psychanalyse et clinique de la surdité], Cairn</ref>. On pense au travaux de [[w:Francisco Goya|Francisco Goya]], [[w:Ludwig van Beethoven|Ludwig van Beethoven]], [[w:Helen Keller|Helen Keller]] et [[w:Thomas Edison|Thomas Edison]]. Pour [[w:Blaise Cendrars|Blaise Cendrars]], "Notre premier sens individuel est l’oreille qui perçoit les rythmes de notre vie particulière, individuelle. C’est pourquoi toutes les maladies commencent par des troubles auditifs qui sont, comme des éclosions de la vie sous-marine, la clé du passé et les prémices d’un devenir intarissable."
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* [[w:Années 580 av. J.-C.|580 av J.-C.]]: [[w:Arignote|Arignote]], [[w:Myia|Myia]], [[w:Damo (philosophe)|Damo]], Telauges, Mnesarchus, enfants de [[w:Pythagore|Pythagore]]
* [[w:Ier siècle av. J.-C.|Ier s av. J.-C.]] : [[w:Alexandre Helios|Alexandre Helios]], [[w:Cleopatre Selene|Cleopatre Selene]] et [[w:Ptolemee Philadelphe|Ptolemee Philadelphe]], de [[w:Cleopatre|Cleopatre]] et [[w:Marc-Antoine|Marc-Antoine]].
* [[w:30|30]]-[[w:65|65]] : [[w:Claudia Augusta|Claudia Augusta]], fille de [[w:Néron|Néron]] et [[w:Poppée|Poppée]]
* [[w:XVIe siècle|XVIe s]] : [[w:Yodo-dono|Yodo-dono]], [[w:Hatsu|Hatsu]] et [[w:Oeyo|Oeyo]], filles de [[w:Azai Nagamasa|Azai Nagamasa]]
** [[w:Oda Nobutada|Oda Nobutada]], [[w:Oda Nobukatsu|Nobukatsu]], [[w:Oda Nobutaka|Nobutaka]], [[w:Oda Katsunaga|Katsunaga]], [[w:Hashiba Hidekatsu|Hashiba Hidekatsu]], [[w:Tokuhime|Tokuhime]], enfants d'[[w:Oda Nobunaga|Oda Nobunaga]]
* [[w:1863|1863]] : [[w:Victor Basch|Victor Basch]], fils de Fanny et [[w:Raphaël Basch|Raphaël Basch]]
* [[w:1886|1886]] : [[w:Alexandre Stavisky|Alexandre]], fils d'Emmanuel Stavisky
* [[w:1891|1891]] : Hélène Marie et Marcelle, filles de [[w:Georges Boulanger|Georges Boulanger]]
* [[w:1893|1893]] : Frédéric et Mireille, enfants de [[w:Berty Albrecht|Berty Albrecht]]
* [[w:1895|1895]] : Lucie, Louise, Marie, Denis, enfants de [[w:Jean Coutrot|Jean Coutrot]]
* [[w:1900|1900]] : [[w:Wolfgang Pauli|Wolfgang Pauli]], fils de Bertha Camilla Schütz
* [[w:1901|1901]] : [[w:Vassili Djougachvili|Vassili]] et [[w:Svetlana Allilouïeva|Svetlana]], fils de [[w:Nadejda Allilouïeva-Staline|Nadejda Staline]]
* [[w:1903|1903]] : Anne&Claude-Pierre, de [[w:Pierre Brossolette|Pierre Brossolette]]<ref>[http://teleobs.nouvelobs.com/la-selection-teleobs/20150521.OBS9375/les-enfants-de-pierre-brossolette-temoignent.html Les enfants de Pierre Brosolette temoignent], Le Nouvel Observateur</ref>
* [[w:1905|1905]] : Arnold, Adelheid et Olaf, enfants de [[w:Kurt Gerstein|Kurt Gerstein]]
* [[w:1919|1919]] : Étienne, fils de [[w:Nicole Girard-Mangin|Nicole Girard-Mangin]]
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* [[w:1927|1927]] : François, fils de [[w:Jean Fontenoy|Jean Fontenoy]]
* [[w:1930|1930]] : Paul, Régis et Pierre de [[w:Gérard Blain|Gérard Blain]]
* [[w:1934|1934]] : [[w:Wolf Rüdiger Hess|Wolf]], de [[w:Rudolf Hess|Rudolf Hess]]
* [[w:1934|1934]] : [[w:Jacques Chessex|Jacques Chessex]]
* [[w:1945|1945]] : Cristina Graetz, fille d'[[w:Arthur Koestler|Arthur Koestler]]
* [[w:1921|1921]] : [[w:Harald Quandt|Harald Quandt]], fils de [[w:Magda Goebbels|Magda Goebbels]]
* [[w:1928|1928]] : [[w:Manfred Rommel|Manfred Rommel]], fils d'[[w:Erwin Rommel|Erwin Rommel]]<ref>[http://www.atlantico.fr/pepites/erwin-rommel-fils-revele-details-mort-593102.html Manfred Rommel revele les details de la mort de son pere], Atlantico</ref>
* [[w:1941|1941]] : Maria et Géza, enfants de [[w:Pál Teleki|Pál Teleki]]
* [[w:1941|1941]] : [[w:Slobodan Milosevic|Slobodan Milosevic]], de Svetavar&Stanislava M.
* [[w:1944|1944]] : [[w:Marie-France Pisier|Marie-France Pisier]] et [[w:Évelyne Pisier|Évelyne Pisier]]
* [[w:1966|1966]] : [[w:en:Paula White|Paula White]]
* [[w:1966|1966]] : [[w:Christophe Castaner|Christophe Castaner]]
* [[w:1973|1973]] : [[w:Rula Jebreal|Rula Jebreal]]
* [[w:1982|1982]] : [[w:Édouard Bergeon|Édouard Bergeon]]
* [[w:1986|1986]] : [[w:Charlotte Le Bon|Charlotte Le Bon]], de Richard Lebon
* [[w:2021|2021]] : Carmen Vázquez-Vigo, de [[w:Verónica Forqué|Verónica Forqué]]
* [[w:2022|2022]] : Léo, de [[w:Philippe Nassif|Philippe Nassif]]
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===== Le Stade de la morsure =====
[[w:Donald Winicott|Donald Winicott]] parle de stade sadique-oral, stade de la morsure qui suit le stade du suçotement, origine de toute agressivités et de l'amour-lutte<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2002-4-page-1157.htm Freud, Winnicott : les pulsions de destruction ou le goût des passerelles], Cairn</ref>. Freud évoque "La migraine hystérique accompagnée d’une sensation de pression au sommet du crâne, aux tempes et autre, (…) caractéristique des scènes où la tête est maintenue dans un but de pratiques buccales (...) (comme la) répulsion envers les photographes qui emploient un serre-tête"<ref>[http://www.regardconscient.net/archives/0212jakobfreud.html Freud et son père], Regard conscient</ref>{{,}}<ref>[http://ww3.haverford.edu/psychology/ddavis/ffliess.html Masson, J.M. (1985) (Ed.) The complete letters of Sigmund Freud to Wilhelm Fliess, 1887-1904. Cambridge: Harvard University Press. excerpts.]</ref><ref>https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2001-5-page-1447.htm Oralité et attachement par Bernard Brusset], Cairn</ref>.
Mais pour vivre, il faut pouvoir intriquer les différents aspects des pulsions : non plus seulement « avaler », comme c’était le cas in utero, mais bien « téter », avec ce que cela comporte de fermeture du sphincter buccal, puis, très vite, « mordre », avec ce que cela comporte de délicat discernement entre l’objet que l’on tète et celui que l’on mord. Les mères qui continuent à allaiter un bébé au cours et au-delà de sa poussée dentaire peuvent témoigner de cette intrication. [[w:Mélanie Klein|Mélanie Klein]] dit : "Le désir libidinal de sucer s’accompagne du but restrictif d’aspirer, de vider, d’épuiser en suçant (fécondation orale)<ref>cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2001-5-page-1447.htm</ref>."
La mise en acte ou [[w:Abréaction|abréaction]] délivre le sujet des "connexions de la paranoïa avec le complexe fraternel [qui] se manifestent par la fréquence des thèmes de filiation, d'usurpation, de spoliation, comme sa structure narcissique se révèle dans les thèmes plus paranoïdes ([[w:Délire d'interprétation de Sérieux et Capgras|interprétations délirantes]]) de l'intrusion, de l'influence, du dédoublement, du double et de toutes les transmutations délirantes du corps. Ces connexions s'expliquent en ce que le groupe familial, réduit à la mère et à la fratrie, dessine un complexe psychique où la réalité tend à rester imaginaire", nous dit Lacan.
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* [[w:1930|1930]] : [[w:André Malraux|André Malraux]]
* [[w:1941|1941]] : [[w:Roland Jaccard|Roland Jaccard]]
* [[w:1945|1945]] : [[w:Isabel Allende Bussi|Isabel Allende Bussi]], fille de [[w:Salvador Allende|Salvador Allende]]
* [[w:1965|1965]] : [[w:Yoshiki|Yoshiki]]
* [[w:1966|1966]] : Fils de [[w:Raoul Lévy|Raoul Lévy]]
* [[w:1977|1977]] : Suse Baader, fille d'[[w:Andreas Baader|Andreas Baader]]
* [[w:1979|1979]] : [[w:Bertrand Boulin|Bertrand]] et [[w:Fabienne Boulin-Burgeat|Fabienne]], de [[w:Robert Boulin|Robert Boulin]]
* [[w:1981|1981]] : David, fils de Harry Mayen et [[w:Romy Schneider|Romy Schneider]]
* [[w:1986|1986]] : Catherine Hutin-Blay, fille de [[w:Jacqueline Roque|Jacqueline Roque]]
* [[w:1993|1993]] : Pierre Beregovoy, fils de [[w:Pierre Beregovoy|Pierre Beregovoy]]
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* [[w:1993|1993]] : Juan-Pablo et Manuela, enfants de [[w:Pablo Escobar|Pablo Escobar]]
* [[w:1994|1994]] : Yvonne, fille de [[w:Stella Goldschlag|Stella Goldschlag]]
* [[w:1994|1994]] : Henri, fils de [[w:François de Grossouvre|François de Grossouvre]]<ref>[http://tempsreel.nouvelobs.com/societe/20100522.OBS4325/la-these-du-suicide-de-francois-de-grossouvre-contestee.html La these du suicide contestee], Le Nouvel Observateur</ref>
* [[w:1998|1998]] : Pierre&Arthur, fils de [[w:Nino Ferrer|Nino Ferrer]]
* [[w:2003|2003]] : Bérangère, Bastien&Blanche, de [[w:Bernard Loiseau|Bernard Loiseau]]
* [[w:2009|2009]] : Enfants de [[w:Roh Moo-hyun|Moo-hyun]]
* [[w:2010|2010]] : Milo et Alice, enfants de [[w:Krisztina Rády|Krisztina Rády]]
* [[w:2013|2013]] : Roman de [[w:Kate Barry|Kate Barry]]
* [[w:2015|2015]] : Paul Inder, fils de [[w:Lemmy Kilmister|Lemmy Kilmister]]
* [[w:2017|2017]] : fils de [[w:Mark Fisher|Mark Fisher]]
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===== Le Syndrome d'Ulysse =====
Le ''Syndrome d'[[w:Ulysse|Ulysse]]'' ([[w:Trouble de stress post-traumatique|stress]] extrême du personnage prototypique du [[w:Thriller (genre)|Thriller]] et enfant endeuillé par le suicide ({{abréviation|EES|enfant endeuillé par suicide}}) de sa mère, déchet « sans nom dans aucune langue » fait du symptôme, s’acte en « tombant », hypocondrie narcissique, holophrastique (quand toute une phrase s'exprime par un seul mot), a-syntaxique et inter-jective comme maladie « [[w:Extimité|extime]] », « possédé » de lui-même et enfermé dehors, victime du [[w:Syndrome du voyageur|Syndrome du voyageur]] », loin de sa « domiciliation existentielle », rejoignant son corps pulsionnel et s’incarnant en « se déclarant », tout en « échouant », comme « colis en souffrance », « différentiel » entre le réel du corps et le « parlêtre »<ref>[http://www.ecarts-identite.org/french/numero/article/art_124-125.pdf Écarts d'identité N°124/125, Corps en exil, Le corps de l’exil, à l’épreuve de la psychanalyse, de Paul-Laurent Assoun, Professeur de psychologie à l’Université de Paris VII.]</ref>.
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* [[w:Ulysse|Ulysse]] et [[w:Ctimène|Ctimène]], enfants d'[[w:Anticlée|Anticlée]] et [[w:Laërte|Laërte]] (ou [[w:Sisyphe|Sisyphe]]).
* [[w:Antiga one|Antigone]], [[w:Ismène|Ismène]], [[w:Étéocle|Étéocle]]&[[w:Polynice|Polynice]], d'[[w:Œdipe|Œdipe]]&[[w:Jocaste|Jocaste]].
* [[w:Thésée|Thésée]], fils d'[[w:Égée|Égée]].
* [[w:Démophon|Démophon]] et [[w:Acamas|Acamas]], fils de [[w:Phèdre|Phèdre]]
* [[w:Nausinoos|Nausinoos]] et [[w:Nausithoos|Nausithoos]], fils d'[[w:Ulysse|Ulysse]] et [[w:Calypso|Calypso]]
* [[w:Déipyle|Déipyle]], fille d'[[w:Adraste|Adraste]]
* Hyllos, fils d'[[w:Héraclès|Héraclès]] et [[w:Déjanire|Déjanire]]
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* [[w:Eumélos|Eumélos]] et Périmèle, d'[[w:Alceste|Alceste]] et [[w:Admète|Admète]]
* Polydora, d'[[w:Antigone (Phthie)|Antigone]] et [[w:Pélée|Pélée]]
* Thersite, Onchestos, Prothoos, Céleutor, Lycopée et Mélanippos, d'[[w:Agrios fils de Porthaon|Agrios]]
* Coronos, Phocos et Priasos, fils de [[w:Cénée|Cénée]]
* [[w:Méléagre|Méléagre]], [[w:Tydée|Tydée]], Mélanippe, [[w:Déjanire|Déjanire]]&Agélas, de [[w:Althée|Althée]]&[[w:Œnée|Œnée]].
* Les enfants d'[[w:Alcinoé|Alcinoé]]
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* [[w:1857|1857]] : ''[[w:Madame Bovary|Madame Bovary]]'' : Berth
* [[w:1877|1877]] : ''[[w:Anna Karenine|Anna Karenine]]'', Serge
* [[w:1919|1919]] : ''[[w:Ulysse (roman)|Ulysse]]'' : Milly Bloom, fille de [[w:Leopold Bloom|Leopold Bloom]]
* [[w:1924|1924]] : ''[[w:Le Village indien|Le Village indien]]'' d'[[w:Ernest Hemingway|Ernest Hemingway]]<ref>[http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:hMeZjwme-E4J:departments.knox.edu/engdept/commonroom/Volume_Eleven/number_two/Gutmann-Gonzalez/print.doc+&cd=2&hl=fr&ct=clnk&gl=fr&client=safari A Lacanian Analysis of Hemingway’s Search for Spirituality], Mandy Gutmann-Gonzalez</ref>{{,}}<ref>[https://www.youtube.com/watch?v=FsyjQ0f00zE#t=2.207140679 Running from crazy 2013 Running Documentary National Geographic Full New]</ref>
* [[w:1949|1949]] : ''[[w:Mort d'un commis voyageur|Mort d'un commis voyageur]]'', Biff et Wily Loman
* [[w:1954|1954]] : ''[[w:À l'est d'Éden|À l'est d'Éden]]'', Adam Trask
* [[w:1958|1958]] : ''[[w:Sueurs froides|Sueurs froides]]'' : [[w:Kim Novak|Madeleine Elster]], de Carlotta Valdes
* [[w:1963|1963]] : ''[[w:X-Men|X-Men]]'' : [[w:Rachel Summers|Rachel Summers]] fille de [[w:Jean Grey|Jean Grey]]
** Akihiro fils de [[w:Wolverine|Wolverine]] puis Akihira
** Lilith Drake fille de Zofia Dracula
** Morph fils de [[w:Moira McTaggert|Moira McTaggert]]
** Ana et Alyosha, de [[w:Kraven le chasseur (Serguei Kravinoff)|Kraven le chasseur]]
** Nathan Summers, fils de Madelyne Prior
* [[w:1972|1972]] : ''Prisoner on the Hell Planet'', [[w:Art Spiegelman|Art Spiegelman]]
* [[w:1976|1976]] : ''[[w:La Petite Fille au bout du chemin|La Petite Fille au bout du chemin]], Ryan Jacobs
* [[w:1977|1977]] : ''[[w:Largo Winch (bande dessinée)|Largo Winch]]'' : June, fille de Dennis Tarrant
* [[w:1979|1979]] : ''Papa'', [[w:Aude Picault|Aude Picault]]
* [[w:1984|1984]] : ''[[w:XIII (bande dessinée)|XIII]]'' : Sean Mullway, fils de Francis Mullway
* [[w:1984|1984]] : ''[[w:Dragon Ball Z|Dragon Ball Z]]'' : [[w:Sangohan|Sangohan]]&[[w:Trunk|Trunk]]
* [[w:2002|2002]] : ''[[w:The Slaughter Rule|The Slaughter Rule]]'' : [[w:Ryan Gosling|Roy Chutney]]
* [[w:2003|2003]] : ''[[w:Le Retour du roi|Le Retour du roi]]'', [[w:Boromir|Boromir]]&[[w:Faramir|Faramir]], de [[w:Denethor|Denethor]]
* [[w:2003|2003]] : ''[[w:X-Men 2|X-Men 2]]'' : Cypher & [[w:William Stryker|Jason Stryker]]
* [[w:2003|2003]] : ''[[w:Capturing the Friedmans|Capturing the Friedmans]]'' : D, J et Arnold Friedman
* [[w:2004|2004]] : ''[[w:Lost : Les Disparus|Lost : Les Disparus]]'' : [[w:James Ford (Lost, les disparus)|James Ford]]
* [[w:2005|2005]] : ''Falaises'' d'[[w:Olivier Adam|Olivier Adam]] : Adam
* [[w:2005|2005]] : ''[[w:Caché|Caché]]'' : Walid Afidr, fils de Majid
* [[w:2006|2006]] : ''[[w:Ne le dis à personne (film)|Ne le dis à personne]]'' : Margot Beck
* [[w:2006|2006]] : ''[[w:Heroes|Heroes]]'' : [[w:Nathan Petrelli|Nathan]] et [[w:Peter Petrelli|Peter]], fils d'[[w:Arthur Petrelli|Arthur Petrelli]]
* [[w:2008|2008]] : ''[[w:Gran Torino|Gran Torino]]'' : Mitch et Steve
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* [[w:2008|2008]] : ''[[w:The Wrestler|The Wrestler]]'' : [[w:Evan Rachel Wood|Stephanie]], de [[w:Mickey Rourke|Mickey Rourke]]
* [[w:2011|2011]] : ''L'Étoile polaire'' : [[w:Sara Forestier|Sara Forestier]]
* [[w:2011|2011]] : ''[[w:Detachment|Detachment]]'' : [[w:Adrian Brody|Adrian Brody]], Henry Barthes
* [[w:2012|2012]] : ''[[w:Mad Men|Mad Men]]'' : Nigel, de Lane Pryce
* [[w:2014|2014]] : ''[[w:Trois souvenirs de ma jeunesse|Trois souvenirs de ma jeunesse]]'' : Paul Dédalus
* [[w:2015|2015]] : ''[[w:Un amour impossible|Un amour impossible]]'' : Pierre Angot
* [[w:2015|2015]] : ''[[w:007 Spectre|007 Spectre]]'' : Madeleine Swann, de [[w:Mr. White (James Bond)|Mr. White]]
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Fais de beaux rêves (film, 2016)|Fais de beaux rêves]]'': [[w:Massimo Gramellini|Massimo Gramellini]]
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Gods of Egypt|Gods of Egypt]]'' : [[w:Horus|Horus]], de [[w:Isis|Isis]]
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Bates Motel (série télévisée)|Bates Motel]]'' : Alex Romero
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Une Histoire d'Amour et de Ténèbres (film)|Une Histoire d'Amour&de Ténèbres]]'' : Amir Tessler
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Captain Fantastic|Captain Fantastic]]'' : Bodevan,Kyelyr,Vespyr,R,Z,N
* [[w:2017|2017]] : ''[[w:Sage Femme (film)|Sage Femme]]'' : Claire Breton
* [[w:2017|2017]] : ''[[w:How to get away with murder|How to get away with murder]]'' : Wes Gibbins, Asher Millstone
* [[w:2017|2017]] : ''[[w:Marilyne|Marilyne]]'' : Marilyne, ([[w:Adeline d'Hermy|Adeline d'Hermy]])
* [[w:2017|2017]] : ''[[w:Paris, etc.|Paris, etc.]]'' : Marianne et Mathilde
* [[w:2017|2017]] : ''[[w:D'après une histoire vraie (film)|D'après une histoire vraie]]'' : Delphine et Elle ([[w:Mathilde Seigner|Mathilde Seigner]], [[w:Eva Green|Eva Green]])
* [[w:2018|2018]] : ''[[w:Three Billboards : Les Panneaux de la vengeance|Three Billboards : Les Panneaux de la vengeance]]'' : Polly & Jane
* [[w:2018|2018]] : ''[[w:The Haunting of Hill House|The Haunting of Hill House]]'' : Steven, Shirley, Theodora, Luke, Nell
* [[w:2018|2018]] : ''[[w:Cold War (film, 2018)|Cold War]]'' : le fils de Zula
* [[w:2018|2018]] : ''[[w:Bird Box (film)|Bird Box]]'' : Olympia
* [[w:2018|2018]] : ''[[w:Sérotonine (roman)|Sérotonine]]'' : Florent-Claude
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* [[w:2019|2019]] : ''[[w:Vice (film, 2018)|Vice]]'' : Lynne Cheney
* [[w:2019|2019]] : ''[[w:Ad Astra|Ad Astra]]'' : Roy McBride
* [[w:2021|2021]] : ''[[w:Stillwater (film)|Stillwater]]'' : Allison Baker ([[w:Abigail Breslin|Abigail Breslin]])
* [[w:2021|2021]] : ''[[w:Le Pouvoir du chien|Le Pouvoir du chien]]'' : Peter Gordon ([[w:Kodi Smit-McPhee|Kodi Smit-McPhee]])
* [[w:2021|2021]] : ''[[w:Impardonnable (film, 2021)|Impardonnable]]'' : Ruth Slater
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== Conclusion : Le Risque [[w:Hyperlexie|Hyperlexique]], la sublimation épistémophile ==
La graphomanie hyperlexique suicidaire expose l'EES au ''Complexe d’Albion'', une impudence dégénérative du signifiant, au ''Stade de l’Expulsion'', débâcle du stade sadique anal, négation du désaveu, et au ''Complexe de Moïse'', rencontre du risque, perte d’objet et devenir-signifiant.
=== Le Complexe d’Albion ===
Les organes mnémotechniques d’indisponibilité de l'{{abréviation|EES|enfant endeuillé par suicide}} comme le [[w:smartphone|smartphone]] (syndrôme de [[w:Saint-Denis|Saint-Denis]]<ref>https://laregledujeu.org/2018/04/12/33718/smartphones-avons-nous-perdu-la-tete/</ref>, le Pad [[w:Bloomberg|Bloomberg]], le transhumanisme de [[w:Ray Kurzweil|Ray Kurzweil]]<ref>[http://www.cairn.info/revue-la-pensee-de-midi-2010-1-page-18.htm La vie rêvée de l’homme], Cairn</ref> et le [[w:tatouage|tatouage]] traditionnel ou contemporain : « comme à l’envers de l’hystérie qui, par le symptôme de conversion détourne le corps comme site somatique, de sa consistance charnelle. Ce que le sujet hystérique abhorre, c’est le corps comme chair, comme matière corporelle animale brute, charnelle. Il y a du "se faire objet", c'est-à-dire une position activement passive et douloureuse qui si elle se décline comme plaisir, est une économie pulsionnelle qui s’apparente au masochisme, pour élever un bout de corps au rang de signifiant (stade anal)<ref>[http://www.cairn.info/revue-champ-psychosomatique-2004-4-page-159.htm Le tatouage, de la parure à l’œuvre de soi], Cairn</ref> », nous dit Simone Wiener. On retrouve ce type de profil impudent chez les acteurs<ref>http://www.pierresullivan.com/Site/Psychanalyse/Entrees/2009/9/27_Limpudique_Albion.html</ref>.
La haine (volonté de détruire l’objet du désir du sujet) devient non pas lien interne trop sadomasochique mais désengendrement, nihilisme éthique, désaveu du pulsionnel entrainant des rapports de commensalité (se nourrissant l’un l’autre) pour « oublier » et transformer ses origines, négation (égocentrisme, manière ''divine'' de penser selon Nietzsche, retour dissolvant de la pulsion pour Kristeva) ou dénégation (action d'ignorer ou de faire semblant d'ignorer un objet). L’autorité devient le produit du travail de deuil originaire, nous dit André Carel<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2002-1-,page-21.htm Le processus d’autorité], Cairn</ref> qu'on pourrait qualifier d'anti-intraception selon le mot de [[w:Theodor W. Adorno|Theodor W. Adorno]]. Pour Lacan, la colère, nervosité née de l'anxiété, « c’est quand les petites chevilles ne vont pas dans les petits trous », c’est l’affect qui surgit quand du réel se met en travers des entreprises du désir ; la haine est liée au signifiant: "étouffer".
La honte, affect social surgit du dévoilement de l’extime, ce qui me constitue sans être moi, désir, chose, objet, symptome, qui ont ce que voile cet autre affect qu’est la pudeur. La rage narcissique, pendant agressif de la honte, dont le moteur est l'opprobre, se ramène à l’[[w:exhibitionnisme|exhibitionnisme]] (dont la finalité est l’effroi<ref>[http://www.oedipe.org/prixoedipe/2014/abelhauser Alain Abelhauser Mal de femme. La perversion au féminin], Oedipe</ref>, Attention seeking) sans bornes du Soi [[w:mégalomane|mégalomane]] ([[w:Narcissisme malfaisant|Narcissisme malfaisant]]), [tandis que] le trouble fondamental à l’origine de la rage se rattache à l’omnipotence de cette structure narcissique <ref>https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2003-5-page-1657.htm</ref>. L’impudence, impitoyable ou effrontée, honte nouvelle corrélative d’une dégénerescence du signifiant maitre (Nom-du-père, S1)<ref>[http://www.association-freudienne.be/pdf/11-Note.lecture.LES_AFFECTS_LACANIENS.pdf. Les affects lacaniens, Colette Soler], Association freudienne</ref>.
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* [[w:1815|1815]] : [[w:Napoléon Alexandre Berthier|Napoléon Alexandre Berthier]]: fils de [[w:Louis-Alexandre Berthier|Louis-Alexandre Berthier]]
* [[w:1844|1844]] : [[w:Ludwig Boltzmann|Ludwig Boltzmann]]: Arthur, Ida, Elsa
* [[w:1889|1889]] : [[w:Jean Cocteau|Jean Cocteau]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-bulletin-de-psychologie-2006-4-page-421.htm À travers les livres], Cairn</ref>, fils de Georges Cocteau
* [[w:1937|1937]] : [[w:Jane Fonda|Jane Fonda]], fille d'[[w:Henry Fonda|Henry Fonda]]<ref>[http://www.closermag.fr/people/people-anglo-saxons/jane-fonda-explique-pourquoi-sa-mere-s-est-suicidee-407892 Jane Fonda explique pourquoi sa mère s'est suicidée], Closer</ref>
* [[w:1945|1945]] : Doon et Amy Arbus, filles de [[w:Diane Arbus|Diane Arbus]]<ref>[http://www.tabletmag.com/jewish-arts-and-culture/83088/the-other-arbus The other Arbus], Tabletmag</ref>
* [[w:1945|1945]] : [[w:David Milch|David Milch]]<ref>[http://www.slate.fr/story/107571/fou-ecrire-serie-geniale Faut-il être fou pour ecrire une serie geniale], Slate</ref>
* [[w:1956|1956]] : [[w:Michèle Bernier|Michèle Bernier]], fille du [[w:Professeur Choron|Pr. Choron]]&Odile Vaudelle
* [[w:1962|1962]] : [[w:Alexandre Diego Gary|Alexandre]], de [[w:Jean Seberg|Jean Seberg]] et [[w:Romain Gary|Romain Gary]]<ref>[http://www.lemonde.fr/societe/article/2009/05/26/diego-gary-sa-vie-a-lui-enfin_1198160_3224.html Sa vie à lui, enfin], Le Monde</ref>
* [[w:1962|1962]] : [[w:Demi Moore|Demi Moore]], de Dan Guynes
* [[w:1964|1964]] : [[w:Emilie Deleuze|Emilie Deleuze]], fille de [[w:Gilles Deleuze|Gilles Deleuze]]<ref>[http://www.lesinrocks.com/2008/04/15/cinema/actualite-cinema/interview-demilie-deleuze-regarde-ces-ciels-1151929/ Interview d’Emilie Deleuze – “Regarde ces ciels”], Les Inrockuptibles</ref>
* [[w:1964|1964]] : [[w:Melissa Gilbert|Melissa Gilbert]]
* [[w:1961|1961]] : [[w:Élisabeth Borne|Élisabeth Borne]]
* [[w:1964|1964]] : [[w:Olivier Delacroix|Olivier Delacroix]]
* [[w:1970|1970]] : [[w:Axel Kahn|Axel]], [[w:Jean-François Kahn|Jean-François]], [[w:Olivier Kahn|Olivier]]: de [[w:Jean Kahn-Dessertenne|Jean Kahn-Dessertenne]]
* [[w:1971|1971]] : [[w:Stanislas Merhar|Stanislas Merhar]]<ref>[http://www.purepeople.com/article/stanislas-merhar-evoque-avec-pudeur-le-suicide-de-son-pere_a94984/1 Stanislas Merhar évoque avec pudeur le suicide de son père], Pure People</ref>
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* [[w:1973|1973]] : [[w:Chloé Delaume|Chloé Delaume]]
* [[w:1978|1978]] : [[w:Amoreena Winkler|Amoreena Winkler]]
* [[w:1979|1979]] : [[w:Jared Leto|Jared Leto]]
* [[w:1980|1980]] : Anais Guertin-Lacroix
* [[w:1981|1981]] : Boris Eustache, fils de [[w:Jean Eustache|Jean Eustache]]<ref>[http://www.revuezinzolin.com/2013/08/boris-eustache-suis-je-le-gardien-de-mon-pere/ Boris Eustache : Suis-je le gardien de mon père ?], Revue Zinzolin</ref>
* [[w:1987|1987]] : [[w:Ronda Rousey|Ronda Rousey]]
* [[w:1993|1993]] : William, Willie et Lydia Zavatta, d'[[w:Achille Zavatta|Achille Zavatta]]
* [[w:1999|1999]] : [[w:Arnold et Willy|Arnold et Willy]] : Tyler Lambert, fils de [[w:Dana Plato|Dana Plato]]
* [[w:1999|1999]] : Nicolas Buffet, fils de [[w:Bernard Buffet|Bernard Buffet]]<ref>[http://www.parismatch.com/Culture/Livres/franoise-sagan-nicolas-buffet-alcool-143654 Survivre à des parents terribles (Deuxième partie)], Paris Match</ref>
* [[w:2009|2009]] : Jordan Chandler fils d'[[w:Evan Chandler|Evan Chandler]]
* [[w:2011|2011]] : Nastya Carax, fille de [[w:Katerina Golubeva|Katerina Golubeva]] (et [[w:Leos Carax|Leos Carax]])
* [[w:2014|2014]] : Zelda Williams, de [[w:Robin Williams|Robin Williams]]<ref>[http://www.dailymail.co.uk/tvshowbiz/article-3223757/Zelda-Williams-posts-moving-message-year-father-Robin-Williams-s-suicide.html Zelda Williams posts moving messages], Dailymail</ref>
* [[w:2014|2014]] : [[w:Les Filles d'à côté|Filles d'à côté]]: Romain&Jim, fils de [[w:Thierry Redler|Thierry Redler]]
* [[w:2016|2016]] : Madison&Mackenzie, filles de [[w:Dave Mirra|Dave Mirra]]
* [[w:2017|2017]] : Pauline, fille de [[w:Jean-Michel Lambert|Jean-Michel Lambert]]
* [[w:2020|2020]] : [[w:Mehdi Belhaj Kacem|Mehdi Belhaj Kacem]]
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=== Le Stade de l’Expulsion ===
« Les altérations du discours témoignent d’un ''devenir signifiant'' de ces mots et donc de la transformation que le Moi a dû concéder à sa participation à l’expérience hallucinatoire, partie essentielle du processus du rêve, comme du processus analytique, nous dit [[w:Jean Claude Rolland|Jean Claude Rolland]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-francaise-de-psychanalyse-2007-4-page-1223.htm Le « devenir signifiant ».], Cairn</ref>. » Une forme de rage ou de va-tout, qui peut devenir une prise de risque, inespérée ou perte d’objet, nous disent [[w:Anne Dufourmantelle|Anne Dufourmantelle]]<ref>[http://www.lemonde.fr/m-perso/article/2016/10/19/faut-il-comme-trump-jouer-son-va-tout_5016604_4497916.html Faut-il, comme Trump, jouer son va-tout ?], Le Monde</ref> ou [[w:Baldine Saint Girons|Baldine Saint Girons]]<ref>[http://www.theses.fr/1992PA100017 Fiat lux : une philosophie du sublime], Theses</ref>, candidature pare-excitation ou identification paradoxale, selon [[w:Geneviève Delaisi de Parseval|Geneviève Delaisi de Parseval]]<ref>[http://rue89.nouvelobs.com/2016/11/15/trump-melenchon-kempf-legion-dhonneur-les-arts-lettres-265659 Trump, Mélenchon, Kempf, la Légion d’honneur et les Arts et Lettres], Nouvel Observateur</ref>, proche de l’acting out.
Dans la saga [[w:Star Wars|Star Wars]], Shmi Skywalker ne pouvant rien dire du père d'[[w:Anakin Skywalker|Anakin Skywalker]] (métaphore paternelle, [[w:Gatekeeping|Gatekeeping]]<ref>https://www.cairn.info/revue-cahiers-critiques-de-therapie-familiale-2015-1-page-35.htm</ref>, provoque chez son fils la Forclusion du nom du Père, l'investit comme ''objet-secours-sauveur'' (voir le triangle dramatique "persécuteur-sauveur-victime", de [[w:Stephen Karpman|Stephen Karpman]]). Il ne peut pas diriger ses ressentiments contre cette mère trop aimante, non complétée par un Père qui puisse médiatiser le rapport d'Anakin à sa mère<ref>[https://www.cairn.info/star-wars-au-risque-de-la-psychanalyse--9782749216188.htm Star Wars au risque de la psychanalyse, Dark Vador, adolescent mélancolique ?], Cairn</ref>.{{,}}<ref>[https://psychologienumerique.wordpress.com/cinema/starwars/ Starwars : la chute du côté « obscure » de la Force], Psychologie Numérique</ref>{{,}}<ref>[http://www.scienceshumaines.com/dark-vador-chez-le-psy_fr_26074.htmlDark Vador chez le psy], Sciences Humaines</ref> La mort de Shmi, entraine la perte d’objet, l’oubli nécessaire, la prise de risque, la toute-puissance d'Anakin, sa tentative de cicatrisation, le risque d'effondrement psychique immobilisé par ''gèle'' provoque en lui un fonctionnement ''pervers'', une ''agonie primitive'', une ''terreur agonistique'' ([[w:Terreur nocturne|Terreur nocturne]], [[w:Paralysie du sommeil|Paralysie du sommeil]]), un ''court-circuit'' et un ''collapsus topique''<ref>[https://psychologienumerique.wordpress.com/cinema/starwars/ Star Wars], Psychologie Numérique</ref>{{,}}<ref>[http://www.spp.asso.fr/wp/?p=9182 Adolescences, états critiques du moi], SPP</ref> dans une fuite et une prise d’autonomie. Selon Arthur Leroy<ref>[http://www.franceinter.fr/depeche-retour-aux-sources-de-la-mythologie-star-wars Retour aux sources de la mythologie Star Wars], France Inter</ref>, « [[w:Dark Vador|Dark Vador]] s’est enveloppé de sa peur initiale et, par son apparence, la fait partager aux autres ».
Ferenczi dit que certaines formes d’[[w:asthme|asthme]] peuvent parfois prendre le sens d’une tentative de suicide. L'[[w:Étoile de la mort|Étoile de la mort]], clin d'eil à la ''La Voix des airs'' de [[w:René Magritte|René Magritte]], excorporation surréaliste, inerte et métonymique de l'absence de tranmission devenue démission du personnage suicidaire questionne sa relation à sa descendance, Pour Jacques Roisin, le suicide de la mère de Magritte : "C'est comme si les actions réalisées jusqu'alors par les uns et les autres n'avaient fait que déployer des lignes d'influence d'une force centripète. Le temps suivant avait été celui d'une force centrifuge"<ref>[http://www.levif.be/actualite/belgique/magritte-ce-jeune-tyran/article-normal-24253.html Magritte, ce jeune tyran], Le Vif</ref>{{,}}<ref>[http://www.szondiforum.org/m506.rtf René Magritte, un destin particulier de la pulsion scopique], Szondiforum</ref>{{,}}<ref group=Note>Le débordement par la jouissance et l'invasion du signifiant provoque le morcellement. « Tout le symbolique est réel » (comme dans l’[[w:Autisme|Autisme]], impossible de faire semblant); auto-érotisme archaïque antérieur au [[w:Stade du miroir|stade du miroir]] (Lacan énonce : « L’œil et le regard, telle est pour nous la schize dans laquelle se manifeste la pulsion au niveau du champ [[w:scopique|scopique]] » (Voir ce que nous ne pouvons pas voir, [[w:Méduse (mythologie)|La Méduse]]) où "le regard est au-dehors, je suis regardé, c'est-à-dire je suis tableau") où le corps-organisme apparaît morcelé, avec ses sensations et perceptions désorganisées et sans unité et dont la « fonction, sociale, [la maladie mentale], c’est l’ironie (...) à la racine de toute relation sociale. » Lire [http://lacanian.memory.online.fr/AQuinet_Troureg.htm Le trou du regard, d'Antonio Quinet]</ref>{{,}}<ref>[http://auriol.free.fr/psychanalyse/affaire_entendue.htm Affaire Entendue par Bernard Auriol>, Cairn</ref>. On peut y voir l'origine du [[w:Coît interrompu|Coît interrompu]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2010-1-page-45.htm# Le symptôme sexuel et son effet « neurasthénique » par Gérard Pommier], </ref> lié à l’[[w:asexualité|asexualité]] (impuissance ou Un puis Sens - masochiste de la libido sans objet<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2001-2-page-93.htm Hypothèses sur le masochisme par Jacques Sédat], Cairn</ref>) au [[w:Stade autoérotique|Stade autoérotique]]<ref>[http://www.cairn.info/revue-recherches-en-psychanalyse-2010-2-page-251.htm L’asexualité, phénomène contemporain ?], Cairn</ref> de l'effet de pousse-à-la-femme<ref>[http://www.cairn.info/revue-che-vuoi-2006-1-page-63.htm Du fantasme au pousse-à-la-femme, la psychose], Cairn</ref>. Il relance alors son désir par l’[[w:Aphanisis|Aphanisis]].
Elisabeth Ventura dit que le comédien fait l’expérience de la métamorphose du corps, médium de l’incarnation du verbe, pour transmettre l’expérience du sublime, comme symbolisation<ref>[http://www.theses.fr/2012PA100103 Le sublime du comédien], thèses</ref>. La mise en scène de Dolore (souffrance, ''en italien''), amuïssement du fils de [[w:Madame Butterfly|Madame Butterfly]], le personnage principal de l'opéra de [[w:Giacomo Puccini|Giacomo Puccini]], correspond lui à ce qu’[[w:Herbert Marcuse|Herbert Marcuse]] nomme une désymbolisation répressive, symbole du ''Ratage de l'Œdipe'', du Surmoi incestueux qui n'atteint pas la castration et entraine la régression vers les stades oral et anal (stade phallique). (Voir aussi [[w:Liste de suicides dans une œuvre d'opéra|Liste de suicides dans une œuvre d'opéra]]).
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* [[w:1900|1900]] : Kristof, fils de [[w:Sándor Márai|Sándor Márai]]
* [[w:1904|1904]] : Dolore fils de [[w:Madame Butterfly|Madame Butterfly]] ([[w:Daniel Auteuil|Daniel Auteuil]], [[w:Elli Medeiros|Elli Medeiros]])
* [[w:1914|1914]] : [[w:Béatrix Beck|Béatrix Beck]]
* [[w:1918|1918]] : [[w:Jeanne Modigliani|Jeanne]], fille de [[w:Jeanne Hébuterne|Jeanne]] et [[w:Amedeo Modigliani|Amedeo Modigliani]]
* [[w:1924|1924]] : [[w:Maud Linder|Maud Linder]] fille de [[w:Max Linder|Max Linder]]<ref>[http://www.telerama.fr/cinema/max-linder-l-histoire-tragique-d-un-genie-comique-sauve-par-sa-fille, 91128.php Max Linder, l'histoire tragique d'un génie comique sauvé par sa fille], Telerama</ref>
* [[w:1930|1930]] : P.Thompson&G.Lavinsky, de [[w:Vladimir Maïakovski|Maïakovski]]
* [[w:1937|1937]] : [[w:Francis Weber|Francis Weber]], de [[w:Georgette Paul|Georgette Paul]]
* [[w:1959|1959]] : [[w:Perry Farrell|Perry Farrell]]
* [[w:1963|1963]] : Frieda et Nicholas Hugues, enfants de [[w:Sylvia Plath|Sylvia Plath]]
* [[w:1968|1968]] : [[w:Mariane Pearl|Mariane Pearl]]
* [[w:1968|1968]] : [[w:Robin Douglas-Home|Robin Douglas-Home]]: Sholto
* [[w:1968|1968]] : [[w:Tricky|Tricky]], Maxinquaye<ref>[http://www.theguardian.com/music/2010/sep/19/tricky-mixed-race-interview Mixed race interview], [[w:The Guardian|The Guardian]]</ref>
* [[w:1976|1976]] : [[w:Freddie Prinze, Jr.|Freddie Prinze, Jr.]], son of [[w:Freddie Prinze|Freddie Prinze]]
* [[w:1977|1977]] : [[w:Sarah Biasini|Sarah Biasini]], fille de [[w:Romy Schneider|Romy Schneider]]
* [[w:1979|1979]] : [[w:Lola Dewaere|Lola Dewaere]], fille de [[w:Patrick Dewaere|Patrick Dewaere]]<ref>[http://www.closermag.fr/people/news-people/lola-dewaere-je-considere-le-suicide-de-mon-pere-comme-un-abandon-125786 Lola Dewaere : "Je considère le suicide de mon père comme un abandon"], Closer</ref>
* [[w:1980|1980]] : Natalie, fille de [[w:Ian Curtis|Ian Curtis]]
* [[w:1981|1981]] : [[w:Dimitri Rassam|Dimitri]], fils de [[w:Jean-Pierre Rassam|Jean-Pierre Rassam]]<ref>[http://www.purepeople.com/article/dimitri-rassam-fils-de-carole-bouquet-le-producteur-precoce-se-devoile_a159345/1 Dimitri Rassam, fils de Carole Bouquet : Le producteur précoce se dévoile], Purepeople</ref>
* [[w:1992|1992]] : [[w:Frances Cobain|Frances Cobain]] fille de [[w:Kurt Cobain|Kurt Cobain]]<ref>[http://www.bfmtv.com/culture/frances-bean-cobain-je-sais-que-mon-pere-m-aimaitbr-875677.html Je sais que mon pere m'aimait], [[w:BFMTV|BFMTV]]</ref>
* [[w:1995|1995]] : ''[[w:Élisa (film, 1995)|Élisa]]'' : [[w:Vanessa Paradis|Elisa]], de [[w:Florence Thomassin|Florence Thomassin]]
* [[w:1997|1997]] : [[w:Thomas Langmann|Thomas Langmann]], fils de [[w:Anne-Marie Rassam|Anne-Marie Rassam]]
* [[w:2003|2003]] : ''[[w:Les Invasions barbares|Les Invasions barbares]]'' : Guo Jing
* [[w:2004|2004]] : ''[[w:Backstage|Backstage ]]'' : Lucie
* [[w:2006|2006]] : ''[[w:Dexter|Dexter]]'' & [[w:Debra Morgan|Debra Morgan]], d'[[w:Harry Morgan|Harry Morgan]]
* [[w:2008|2008]] : Matilda-Rose, fille de [[w:Heath Ledger|Heath Ledger]]
* [[w:2011|2011]] : Culla May, fille de [[w:Johnny Lewis (acteur)|Johnny Lewis]]
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* [[w:2016|2016]] : ''[[w:La Loi d'Alexandre|La Loi d'Alexandre]]'' : [[w:Hande Kodja|Julia Del Sol]]
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:Alliés (film)|Alliés]]'' : [[w:Anna|Anna]] fille de [[w:Marianne Beauséjour|Marianne Beauséjour]]
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:The OA|The OA]]'' :
* [[w:2016|2016]] : ''[[w:StartUp (série télévisée)|StartUp]]'': Phil Rask
* [[w:2017|2017]] : ''Rien n'est joué d'avance'', Patrick Bourdet
* [[w:2017|2017]] : Lillian Jean, Toni, Christopher Nicholas, de [[w:Chris Cornell|Chris Cornell]]
* [[w:2017|2017]] : Amandine Chancel, fille de Ludovic et petite fille de [[w:Sheila|Sheila]]
* [[w:2017|2017]] : Tyler, Jaime, Lily & Lila, fils de [[w:Chester Bennington|Chester Bennington]]
* [[w:2017|2017]] : [[w:The End of the F***ing World|The End of the F***ing World]]
* [[w:2018|2018]] : [[w:Cheba Louisa|Cheba Louisa]] : Zohra
* [[w:2019|2019]] : [[w:Au nom de la terre|Au nom de la terre]]: Thomas et Emma
* [[w:2020|2020]] : [[w:Je ne rêve que de vous|Je ne rêve que de vous]]: . Jean et Georges
* [[w:2020|2020]] : [[w:Le bureau des légendes|Le bureau des légendes]]: Anton Kharlov
* [[w:2020|2020]] : [[w:Le Jeu de la Dame|Le Jeu de la Dame]]: Beth Harmon
* [[w:2020|2020]] : [[w:Lupin (série télévisée, 2021)|Lupin]]: Assane Diop
* [[w:2021|2021]] : [[w:The Last Paradiso|The Last Paradiso]]: Bianca Schettino
* [[w:2021|2021]] : [[w:Innocent (série télévisée, 2021)|Innocent]]: Lorena Ortiz
* [[w:2021|2021]] : [[w:Every Breath You Take (film) |Every Breath You Take]]: Daphne
* [[w:2021|2021]] : [[w:Cruel Summer (série télévisée)|Cruel Summer]]: Martin
* [[w:2021|2021]] : [[w:Schwarze Insel|Schwarze Insel]]: Helena Yung
* [[w:2021|2021]] : [[w:Clickbait (miniseries)|Clickbait]]: Nick and Sophie Brewer
* [[w:2021|2021]] : [[w:Transparent (série télévisée)|Transparent]]: Colton
* [[w:2021|2021]] : [[w:Braqueurs (film, 2015)|Braqueurs]] (série): Kris
* [[w:2022|2022]] : [[w:En thérapie|En thérapie]]: Dr Philippe Dayan
* [[w:2022|2022]] : [[w:Iosi, el espía arrepentido|Iosi, el espía arrepentido]]: Yosi
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=== Le Complexe de Moïse ===
[[w:Karl Abraham|Karl Abraham]] distingue le stade sadique-anal de la [[w:rétention|rétention]] ([[w:constipation|constipation]] "réplétive", possessive due à un sentiment d'abandon et de méfiance, propre à la [[w:Névrose obsessionnelle|Névrose obsessionnelle]] [[w:Toute-puissance (psychanalyse)|toute-puissante]] (Mythe individuel, tenu par l'Œdipe, non morcellé du phorophobe)<ref>[http://e-learning-formation.com/plateforme/formation/local/cerfpa/secretaire-medicale/Mod2/chap5/pionniers.html Les pionniers de la psychosomatique], E-learning</ref> de l’avarice (épargne excessive) ou de la radinerie (manque de prodigalité) ; et le stade sadique-anal de l'expulsion ou [[w:débâcle|débâcle]], [[w:diarrhée|diarrhée]] "agressive", captative (débourser pour sur-posséder), rapt, [[w:acting-out|acting-out]] illusoire de contrôler la situation, syndrome d’agrippement<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-coq-heron-2007-1-page-73.htm], Cairn</ref> ([[w:Stage mother|Stage mother]], [[w:Helicopter parent|Helicopter parent]]), dépendance par l'activité et le besoin de donner, perversion ''in fine'' du ''[[w:Lien social (psychanalyse)|Discours capitaliste]]'' de l'enfant illégitime ou adopté, confronté à une double loyauté (voir les loyautés contextuelles de [[w:Ivan Boszormenyi-Nagy|Ivan Boszormenyi-Nagy]])<ref>[https://www.cairn.info/revue-figures-de-la-psy-2011-2-page-127.htm Propos sur le complexe de Moïse], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/article.php?ID_ARTICLE=TOP_118_0085&DocId=421211&hits=3583+3574+ De la lutte pour « rester vivant » à la création d’un « territoire rêvé ». À propos de La carte et le territoire de Michel Houellebecq De Christine Condamin], Cairn</ref>{{,}}<ref>[https://www.cairn.info/article.php?ID_ARTICLE=PSY_007_0027&DocId=344281&hits=8884+8878+8873+8868+6327+6319+8+5+ La possibilité d’une psychanalyse ? de Marie Jean Sauret], Cairn</ref>. C’est le cas du [[w:Bitcoin|Bitcoin]], selon l’analyse de Jacques Favier et Adli Takkal Bataille<ref>Bitcoin. La monnaie acéphale, de Jacques Favier, Adli Takkal Bataille</ref> et de [[w:Bartleby|Bartleby]]<ref>http://www.psychasoc.com/Textes/Formes-et-strategie-du-refus.-L-heureux-fuse</ref>. La disruption devient condensation capitaliste ([[w:Jean-Marie Dru|Jean-Marie Dru]]) et la débacle décondensation exosomatique ([[w:Bernard Stiegler|Bernard Stiegler]]).
Dans le Séminaire XVII de Jacques Lacan : L’envers de la psychanalyse, il s’agit dans les quatre cas, d’un savoir porté, ou plutôt recelé par un sujet et qui subit une altération venant d’un autre sujet, qui tous deux en fait portent des fonctions: savoir extorqué et formalisé dans le discours du maître, savoir défié dans le discours de l’hystérique, savoir adressé et formalisé dans le discours de l’analyste, savoir imposé dans le discours universitaire. Ainsi le lien social serait une machine de transfert et d’altération du savoir à partir de la libido. Car le lien social est avant tout machine libidinale<ref>[https://blogs.mediapart.fr/rene-fiori/blog/260216/psychanalyse-en-politique Psychanalyse et Politique de René Fori]</ref>. Lacan a appelé l’objet, le nom ou la personne qui vous encouragent à demander de l’aide à un psychanalyste, le « signifiant du transfert »<ref>[https://www.cairn.info/revue-savoirs-et-cliniques-2005-1-page-191.html La psychanalyse depuis Samuel Beckett par Franz Kaltenbeck], Cairn</ref>.
Pour [[w:Gérard Pommier|Gérard Pommier]], le don est l'objet du refoulement, ce que nous ne voulons pas savoir (et le surdon, ce que nous ne pouvons pas savoir<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-carnet-psy-2010-9-page-29.htm Enfants surdoués par Caroline Goldman], Cairn</ref>), car en naissant nous nous donnons et disparaissons comme sujet, c’est notre refoulement originaire. Le don est hallucinatoire, irréel, suicidiaire. Il faut donc donner pour ne pas se donner et échapper au risque suicidaire, de guerre et d'agression. Le prénom est notre vrai nom, parce qu’il correspond à un don singulier et qu’il est le symbole d’une séparation<ref>[http://www.cairn.info/revue-la-clinique-lacanienne-2011-2-page-97.htm Spécificité du « passage à l’acte » suicidaire], [[w:Gérard Pommier|Gérard Pommier]])</ref>. Chez le pervers, dont la frustration ou l’intrusion est un manque imaginaire d’objet réel, voit l’objet de son désir substitué par un don.
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* [[w:1886|1886]] : ''[[w:Cinq psychanalyses|Cinq psychanalyses]]'' : [[w:Sergueï Pankejeff|Sergueï Pankejeff]]
* [[w:1897|1897]] : [[w:Wilhelm Reich|Wilhelm Reich]], fils de Cecilia Roniger
* [[w:1898|1898]] : [[w:René Magritte|René Magritte]], fils de Régina Bertinchamps
* [[w:1902|1902]] : Marius Tausk, fils de [[w:Victor Tausk|Victor Tausk]]
* [[w:1908|1908]] : Célia de La Serna, mère de [[w:Che Guevara|Che Guevara]].
* [[w:1922|1922]] : [[w:Kurt Vonnegut|Kurt Vonnegut]]
* [[w:1939|1939]] : [[w:Anna Freud|Anna]] et Ernst Ludwig, de [[w:Sigmund Freud|Sigmund Freud]]<ref group=Note>The Nazi army had wanted to take Freud for interrogation, but Anna offered herself instead. Before she left, Freud placed in her daughter’s hand a poison, a strategy to kill herself in case they decided to torture her. Anna was released, in unknown circumstances, and the family emigrated to London. Anna took care of Freud, helping him with his medicine and treatment, and continued her work. Freud died in 1939. {{Cite book|title = The Death of Sigmund Freud: The Legacy of His Last Days|last = Edmundson|first = Mark|publisher = Bloomsbury|year = 2007|isbn = 978-1-58234-537-6|location = |pages = ?}}</ref>
* [[w:1940|1940]] : Stefan Rafael, fils de [[w:Walter Benjamin|Walter Benjamin]]
* [[w:1948|1948]] : [[w:Catherine Millet|Catherine Millet]], fille de Simone Millet
* [[w:1966|1966]] : ''[[w:Rien ne s'oppose à la nuit|Rien ne s'oppose à la nuit]]'', [[w:Delphine de Vigan|Delphine de Vigan]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-dialogue-2012-1-page-139.htm Notes de lecture], Cairn</ref>
* [[w:1970|1970]] : Noriko Tomita et Iichiro Hiraoka, de [[w:Yukio Mishima|Mishima]]
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* [[w:1970|1970]] : Eric Celan, fils de [[w:Paul Celan|Paul Celan]]<ref>[http://next.liberation.fr/livres/2001/03/22/le-sixieme-sens_358744 Le sixieme sens], Libération</ref>
* [[w:1971|1971]] : [[w:Benny Sela|Benny Sela]]
* [[w:1977|1977]] : ''Mort d'un silence'' de [[w:Clémence Boulouque|Clémence Boulouque]]
* [[w:1985|1985]] : Sophie, fille de [[w:Vladimir Jankelevitch|Vladimir Jankelevitch]]<ref>[https://www.cairn.info/revue-le-telemaque-2003-2-page-155.htm Le Telemaque], Cairn</ref>
* [[w:1987|1987]] : Renzo et Lisa Lorenza, enfants de [[w:Primo Levi|Primo Levi]]
* [[w:1990|1990]] : Ruth et Bruno, enfants de [[w:Bruno Bettelheim|Bruno Bettelheim]]
* [[w:2002|2002]] : [[w:Une Histoire d'Amour et de Ténèbres|Une Histoire d'Amour et de Ténèbres]], d'Amos Oz
* [[w:2011|2011]] : ''Le Silence et la honte'', Solweig Ely
* [[w:2012|2012]] : ''Onze ans avec Lou'', [[w:Bernard Chapuis|Bernard Chapuis]]
* [[w:2017|2017]] : ''Parler'', [[w:Sandrine Rousseau|Sandrine Rousseau]]
* [[w:2019|2019]] : [[w:Barbara Stiegler|Barbara Stiegler]], fille de [[w:Bernard Stiegler|Bernard Stiegler]]
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== Notes ==
{{Références|groupe=Note|colonnes=2}}
== Références ==
{{Références|colonnes=2}}
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Wikiversité:Journal des nouveaux arrivants/2009
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Changement de nom
wikitext
text/x-wiki
<noinclude>{{Wikiversité:Journal des nouveaux arrivants/En-tête}}</noinclude>
== PoppyFr ==
Bonjour à tous,
Je suis PoppyFr, nouvel inscrit sur la Wikiversité et sur le Meta-Wiki en général !
Je suis intéressé par les facultés de Mathématiques, Sports et Loisirs ainsi que Technologies et Sciences Appliquées et je vais tenter d'y contribuer en y apportant mes modestes connaissances.
Je suis un grand admirateur de Wikipédia, mais la Wikiversité m'intéresse plus encore car elle allie connaissance et pédagogie, et j’espère qu'un jour elle sera aussi célèbre que sa grande sœur...
Après plusieurs années à consulter les différents projets du Meta-Wiki j’ai finalement décidé de sauter le pas et d'aider moi aussi dans la mesure du possible les internautes en quête de savoir :-)
N'hésitez pas à me faire des remarques sur quoi que ce soit, le fond, la forme et tout le reste ! Bref, n'hésitez pas à me contacter je me ferai un plaisir de vous répondre.
Enfin je voulais préciser que je risque de ne pas consacrer énormément de temps à la Wikiversité ayant un emploi du temps assez chargé, mais je vais faire mon possible pour l'enrichir petit à petit.
<br />(première étape, apprendre la syntaxe pour écrire correctement...)
À bientôt :)
[[Utilisateur:PoppyFr|PoppyFr]] 18 février 2009 à 14:15 (UTC)
:Bienvenue à toi. La syntaxe est relativement simple. De toute façon si tu fais des erreurs, on les rectifie par la suite, donc c’est surtout de l'apprentissage par observations (le mimétisme). Si tu as des questions la [[Wikiversité:La salle café|salle café]] est là pour répondre à tes questions et doutes. Et puis le mot d'ordre la wikiversité c’est : '''Surtout, n’hesite pas'''. [[Utilisateur:Crochet.david|Crochet.david]] 18 février 2009 à 14:38 (UTC)
::Bienvenue PoppyFr. {{Smiley|sourire}} [[Utilisateur:Karl1263|Karl1263]] <small><sup>[[Discussion Utilisateur:Karl1263|discuter]]</sup></small> 18 février 2009 à 17:48 (UTC)
== Anne ==
Bonjour ! <br />
Je m'appelle Anne (pseudo: .Anja.) j’ai {{unité|14|ans}} et je m'intéresse de près aux langues vivantes (anglais & surtout espagnol). je suis en Seconde générale(anglais lv1 niveau correcte esp. lv2 niveau correct) à la maison (instruction en famille, je prends des cours par correspondance :-P ce qui me laisse beaucoup de temps libre :-D !)... <br />
Passions: lecture, Espagne, chevaux, les animaux, la rando, la nature, l'"informatique", mon cochon d'inde, la radio, l'économie, la médecine, la biologie, les émissions télé scientifiques & santé, reportages (f5 arte...), la campagne, etc. <br />
Voilà ! À bientôt ! <br />
Anne <br />
[[Spécial:Contributions/83.198.225.73|83.198.225.73]] 2 avril 2009 à 16:40 (UTC)
:Bienvenue à toi Anne. N'oublies de te connecter quand tu contribues au wiki. {{Smiley|sourire}} [[Utilisateur:Karl1263|Karl1263]] <small><sup>[[Discussion Utilisateur:Karl1263|discuter]]</sup></small> 2 avril 2009 à 16:43 (UTC)
::Welcome to you ! 14 ? tu n'es donc pas emprisonné par le système éducatif d'aujourd'hui qui fait qu'on met {{unité|4|ans}} a sortir d’un collège ou chaque année on nous rabâche les même chose ^^ . --[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 2 avril 2009 à 19:19 (UTC)
:: eh non :-). ça me permet surtout de progresser à mon rythme, sans avoir de pression. Je peux avoir de l'avance dans des domaines, ou alors bien revoir mes bases quand il le faut. Pas de contrainte de temps.. C’est l'idéal :).
--[[Utilisateur:.Anja.|.Anja.]] 3 avril 2009 à 09:39 (UTC)
Il n’est pas obligatoire de passer {{unité|4|ans}} au collège, même quand on est scolarisé(e) dans une école publique... Je suis passée de la 4{{e}} à la seconde et ça n'a pas posé de problème :). Ce genre de cas est même de plus en plus fréquent, je suis loin d’être une exception. Les enseignants sont un peu débordés et les programmes ne sont pas parfaits, mais l'école reste un espace où le dialogue est possible, ne soyons pas si pessimistes. Désolée pour le hors sujet... Et à bientôt.
[[Utilisateur:Héliade|Héliade]] 10 décembre 2009 à 15:44 (UTC)
== Emyx6 - Présentation ==
Bonsoir,
Désormais libre de mon temps, belge vivant en Suisse, je désire mettre mes humbles compétences au service de la communauté de Wikipédia et de la formidable Wikiversité.
Ayant été journaliste, je pense avoir quelques connaissances en français, philosophie, sociologie, psychologie, science de la famille, cosmologie et informatique.
Je comprends quatre langues, en parle plus ou moins trois (mais n'écris plus qu'en français).
Ainsi, je pense pouvoir être utile pour :
<b>- Tout ce qui touche au rédactionnel : rédaction, corrections, petites traductions, etc.;<br />
- La mise en page et la mise en forme. </b><br />
N'hésitez pas à me faire des remarques - ou à émettre des suggestions - quant à mon travail au sein de l'encyclopédie ou de l'université.
Et encore un grand merci à Wikipédia pour toutes les informations qu'elle m'a procurées!
Ema 3 mai 2009 à 20:32 (UTC)
== Onyx ==
Bonsoir à toute la communauté !
Je viens juste de rejoindre le partage de connaissances mondial !
J'espère vraiment pouvoir contribuer à son développement.
Étudiant en Mathématiques à l'université, je me passionne également pour les jeux de rôle, le karaté, l'informatique, la nature et plein d'autres petites choses {{Smiley|sourire}}
Je suis ouvert à toute remarque permettant de m'améliorer, donc n'hésitez pas !
Voili voilou, bonne soirée à toutes et à tous !
[[Utilisateur:Onyx|Onyx]] 3 mai 2009 à 22:07 (UTC)
:Welcome ! --[[Utilisateur:Javelot1|Javelot1]] 3 mai 2009 à 22:29 (UTC)
== Ma présentation ==
Bonjour tout le monde, je m'appelle Hugo. Je m'intéresse aux insectes et plus particulièrement aux fourmis. D'ailleurs, je vais essayer de contribuer au mieux à votre projet en incluant peut-être des références aux fourmis si cela s'avère judicieux. Saviez-vous que les fourmis sont présentes sur terres avec plus de quelques centaines de milliards d'individus ? Bon, je me perds, voilà, je n'ai rien à dire de plus.
Cordialement,
Hugo W.
[[Utilisateur:Hugo W.|Hugo W.]] 27 juillet 2009 à 18:55 (UTC)
== Héliade ==
Bonjour,
Enthousiasmée par le projet et disposant actuellement de pas mal de temps libre, j’ai décidé de venir apporter mon petit grain de sel.
Je viens d’avoir {{unité|21|ans}} et suis licenciée en lettres modernes, mais je ne m'enferme pas dans la littérature pour autant. J’aime apprendre tous azimuts, de la grammaire aux langues (vivantes mais aussi anciennes puisque j’ai étudié le latin et l'ancien français) en passant par la chimie, l'anatomie, la physiologie, la traductologie, l'informatique (même si j’ai de gros progrès à faire en programmation), la psychologie, la pédagogie... Ma bibliothèque est très mal rangée mais on y trouve de tout !
Je suis prête à donner un coup de pouce en grammaire à ceux que ça intéresse, et éventuellement à rédiger de brefs articles relevant de mon domaine d'études. Si vous avez des suggestions ou des critiques, n'hésitez pas.
À bientôt,
[[Utilisateur:Héliade|Héliade]] 10 décembre 2009 à 14:37 (UTC)
:Bienvenue à toi {{Smiley|sourire}} [[Utilisateur:Vivelefrat|Vivelefrat]] <sup>[[Discussion_Utilisateur:Vivelefrat|Discuter]]</sup><sub><span style="margin: 0px 12px 0px -6ex;">[[Spécial:Emailuser/Vivelefrat|mail]]</span></sub> 10 décembre 2009 à 16:32 (UTC)
::Bienvenue Héliade ! Et surtout [[Wikiversité:N'hésitez pas !|N'hésite pas !]] {{Smiley|sourire}} [[Utilisateur:Karl1263|Karl1263]] <small><sup>[[Discussion Utilisateur:Karl1263|discuter]]</sup></small> 10 décembre 2009 à 17:48 (UTC)
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Signaux physiques (PCSI)/Exercices/Optique géométrique : lentilles minces
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wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points '''(x<sub>0</sub>, 0)''' et '''(0, y<sub>0</sub>)''' avec '''x<sub>0</sub>''' et '''y<sub>0</sub>''' non nuls ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'équation cartésienne de cette droite s'écrit : <math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math><ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit <math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, x_0 + \beta\, 0 = 1\;</math> ou <math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math> et que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>On écrit alors </span>que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, 0 + \beta\, y_0 = 1\;</math> ou <math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>finalement l'équation de la droite se réécrit : <math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Déduire de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;p_i\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif (mais non impossible) de l'utiliser à la place de celle vue en cours.</ref>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrit, avec <math>\;p_o = \overline{OA_o}</MATH>, <MATH>\;p_i = \overline{OA_i}\;</MATH> et la vergence <math>\;C = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>, selon <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = C\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne <math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes se réécrivant sous la forme <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math> s'interprète par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math><ref name="Weierstrass"> Ce point objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> est appelé « point objet de Weierstrass » , il admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> et le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass, le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille et le grandissement transverse par cette dernière d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> valant <math>\;G_t(O) = +1</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Karl Theodor Wilhelm Weierstrass (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <math>\;F_o\;</math> (foyer principal objet) et <math>\;O\;</math> (centre optique),
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature réelle ou virtuelle du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math> dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math>$ et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse"> '''Henri Pierre Maxime Bouasse (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du '''XX{{ème}}''' siècle (relativité et mécanique quantique) envers lesquels il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On pourra déterminer la nature (réelle ou virtuelle) de l'image connaissant celle (réelle ou virtuelle) de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> (point objet de Weierstrass, symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\big)\;</math><ref>On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }p_o < 0,\\
\text{virtuel si }p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on pourra aussi en déduire la disposition (droite ou inversée) et la dimension (agrandie ou rapetissée) de l'image d'un objet linéique transverse suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Principe de la discussion : </span>suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> (par le signe de <math>\;p_o\big)</math>, en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> (par le signe de <math>\;p_i\big)</math>, le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse (par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel en deçà de '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass)<ref name="Weierstrass" />, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''F<sub>i</sub>''' et '''W<sub>i</sub>'''</u> (point image de Weierstrass) <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On développe ci-dessous le même principe de discussion …
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
7h45syunmm2n8ph2n8q570wz9pzhac4
881457
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2022-08-18T17:03:15Z
Phl7605
31541
wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>». <br>{{Al|5}}Le champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points '''(x<sub>0</sub>, 0)''' et '''(0, y<sub>0</sub>)''' avec '''x<sub>0</sub>''' et '''y<sub>0</sub>''' non nuls ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'équation cartésienne de cette droite s'écrit : <math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math><ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit <math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, x_0 + \beta\, 0 = 1\;</math> ou <math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math> et que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>On écrit alors </span>que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, 0 + \beta\, y_0 = 1\;</math> ou <math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>finalement l'équation de la droite se réécrit : <math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Déduire de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;p_i\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif (mais non impossible) de l'utiliser à la place de celle vue en cours.</ref>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrit, avec <math>\;p_o = \overline{OA_o}</MATH>, <MATH>\;p_i = \overline{OA_i}\;</MATH> et la vergence <math>\;C = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>, selon <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = C\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne <math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes se réécrivant sous la forme <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math> s'interprète par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math><ref name="Weierstrass"> Ce point objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> est appelé « point objet de Weierstrass » , il admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> et le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass, le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille et le grandissement transverse par cette dernière d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> valant <math>\;G_t(O) = +1</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Karl Theodor Wilhelm Weierstrass (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <math>\;F_o\;</math> (foyer principal objet) et <math>\;O\;</math> (centre optique),
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature réelle ou virtuelle du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math> dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math>$ et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse"> '''Henri Pierre Maxime Bouasse (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du '''XX{{ème}}''' siècle (relativité et mécanique quantique) envers lesquels il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On pourra déterminer la nature (réelle ou virtuelle) de l'image connaissant celle (réelle ou virtuelle) de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> (point objet de Weierstrass, symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\big)\;</math><ref>On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }p_o < 0,\\
\text{virtuel si }p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on pourra aussi en déduire la disposition (droite ou inversée) et la dimension (agrandie ou rapetissée) de l'image d'un objet linéique transverse suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Principe de la discussion : </span>suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> (par le signe de <math>\;p_o\big)</math>, en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> (par le signe de <math>\;p_i\big)</math>, le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse (par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel en deçà de '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass)<ref name="Weierstrass" />, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''F<sub>i</sub>''' et '''W<sub>i</sub>'''</u> (point image de Weierstrass) <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On développe ci-dessous le même principe de discussion …
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
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2022-08-18T18:56:28Z
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wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
=== Champ angulaire de l'objectif longue focale ===
{{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>.
{{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]]
{{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ;
{{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1<sup>ère</sup> démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}}
=== Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal ===
{{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif.
{{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>».
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>».
{{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>»
{{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points '''(x<sub>0</sub>, 0)''' et '''(0, y<sub>0</sub>)''' avec '''x<sub>0</sub>''' et '''y<sub>0</sub>''' non nuls ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'équation cartésienne de cette droite s'écrit : <math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math><ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit <math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, x_0 + \beta\, 0 = 1\;</math> ou <math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math> et que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>On écrit alors </span>que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, 0 + \beta\, y_0 = 1\;</math> ou <math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>finalement l'équation de la droite se réécrit : <math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1</math>.}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Déduire de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;p_i\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif (mais non impossible) de l'utiliser à la place de celle vue en cours.</ref>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrit, avec <math>\;p_o = \overline{OA_o}</MATH>, <MATH>\;p_i = \overline{OA_i}\;</MATH> et la vergence <math>\;C = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>, selon <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = C\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math><ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne <math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes se réécrivant sous la forme <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math> s'interprète par <div style="text-align: center;">la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)</math>.</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math><ref name="Weierstrass"> Ce point objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> est appelé « point objet de Weierstrass » , il admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> et le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass, le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille et le grandissement transverse par cette dernière d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> valant <math>\;G_t(O) = +1</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Karl Theodor Wilhelm Weierstrass (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <math>\;F_o\;</math> (foyer principal objet) et <math>\;O\;</math> (centre optique),
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature réelle ou virtuelle du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math> dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math>$ et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse"> '''Henri Pierre Maxime Bouasse (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du '''XX{{ème}}''' siècle (relativité et mécanique quantique) envers lesquels il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On pourra déterminer la nature (réelle ou virtuelle) de l'image connaissant celle (réelle ou virtuelle) de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> (point objet de Weierstrass, symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\big)\;</math><ref>On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }p_o < 0,\\
\text{virtuel si }p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on pourra aussi en déduire la disposition (droite ou inversée) et la dimension (agrandie ou rapetissée) de l'image d'un objet linéique transverse suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Principe de la discussion : </span>suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> (par le signe de <math>\;p_o\big)</math>, en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> (par le signe de <math>\;p_i\big)</math>, le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse (par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel en deçà de '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass)<ref name="Weierstrass" />, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''F<sub>i</sub>''' et '''W<sub>i</sub>'''</u> (point image de Weierstrass) <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On développe ci-dessous le même principe de discussion …
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(2)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3')''' : </span> si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(1)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br><span style="color:#ffffff;"><small></small>Cas '''(3)''' : </span> sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
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wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
=== Champ angulaire de l'objectif longue focale ===
{{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>.
{{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]]
{{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ;
{{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1<sup>ère</sup> démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}}
=== Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal ===
{{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif.
{{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>».
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>».
{{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>»
{{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x<sub>0</sub>, 0) et (0, y<sub>0</sub>) avec x<sub>0</sub> et y<sub>0</sub> non nuls ====
{{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit : <math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math><ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit <math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1</math>.
{{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, x_0 + \beta\, 0 = 1\;</math> ou <math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math> et que <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow \alpha\, 0 + \beta\, y_0 = 1\;</math> ou <math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}</math> ;
{{Al|5}}finalement l'équation de la droite se réécrit : «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
{{Al|5}}Déduire de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
{{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ;
{{Al|5}}la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i\;)</math>».</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
{{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math><ref name="Weierstrass"> Ce point objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> est appelé « point objet de Weierstrass » , il admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> et le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1</math> ;<br>{{Al|3}}la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass, le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille et le grandissement transverse par cette dernière d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> valant <math>\;G_t(O) = +1</math>. <br>{{Al|3}}'''Karl Theodor Wilhelm Weierstrass (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <math>\;F_o\;</math> (foyer principal objet) et <math>\;O\;</math> (centre optique),
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature réelle ou virtuelle du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math> dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
{{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math>$ et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
{{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse"> '''Henri Pierre Maxime Bouasse (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du '''XX{{ème}}''' siècle (relativité et mécanique quantique) envers lesquels il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature (réelle ou virtuelle) de l'image connaissant celle (réelle ou virtuelle) de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> (point objet de Weierstrass, symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\big)\;</math><ref>On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }p_o < 0,\\
\text{virtuel si }p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
{{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition (droite ou inversée) et la dimension (agrandie ou rapetissée) de l'image d'un objet linéique transverse suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
{{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> (par le signe de <math>\;p_o\big)</math>, en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> (par le signe de <math>\;p_i\big)</math>, le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse (par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part).
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel en deçà de '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass)<ref name="Weierstrass" />, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''F<sub>i</sub>''' et '''W<sub>i</sub>'''</u> (point image de Weierstrass) <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
{{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
{{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
{{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
{{Al|5}}vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion …
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}ur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
{{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
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2022-08-19T04:46:50Z
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31541
wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
=== Champ angulaire de l'objectif longue focale ===
{{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>.
{{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]]
{{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ;
{{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1<sup>ère</sup> démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}}
=== Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal ===
{{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif.
{{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>».
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>».
{{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>»
{{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x<sub>0</sub>, 0) et (0, y<sub>0</sub>) avec x<sub>0</sub> et y<sub>0</sub> non nuls ====
{{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>».
{{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ;
<center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
{{Al|5}}Déduire de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
{{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ;
{{Al|5}}la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
{{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>»,
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
{{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
{{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX<sup>ème</sup> siècle <math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]] et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature (réelle ou virtuelle) de l'image connaissant celle (réelle ou virtuelle) de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> (point objet de Weierstrass, symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\big)\;</math><ref>On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }p_o < 0,\\
\text{virtuel si }p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
{{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition (droite ou inversée) et la dimension (agrandie ou rapetissée) de l'image d'un objet linéique transverse suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
{{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> (par le signe de <math>\;p_o\big)</math>, en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> (par le signe de <math>\;p_i\big)</math>, le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse (par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part).
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel en deçà de '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass)<ref name="Weierstrass" />, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''F<sub>i</sub>''' et '''W<sub>i</sub>'''</u> (point image de Weierstrass) <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
{{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
{{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
{{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
{{Al|5}}vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion …
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}ur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
{{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
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wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
=== Champ angulaire de l'objectif longue focale ===
{{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>.
{{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]]
{{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ;
{{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1<sup>ère</sup> démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}}
=== Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal ===
{{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif.
{{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>».
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>».
{{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>»
{{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x<sub>0</sub>, 0) et (0, y<sub>0</sub>) avec x<sub>0</sub> et y<sub>0</sub> non nuls ====
{{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>».
{{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ;
<center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
{{Al|5}}Déduire de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
{{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ;
{{Al|5}}la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
{{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>»,
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
{{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
{{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX<sup>ème</sup> siècle <math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]] et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }\;p_o < 0,\\
\text{virtuel si }\;p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }\;p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }\;p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
{{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
{{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />.
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ;
* <u>Cas '''(1')'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''W<sub>o</sub>''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel au-delà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''O'''</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuel (en deçà de '''O''')</u> <math>\;p_i < 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel (au-delà de '''O''')</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réel entre '''O''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
{{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
{{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
{{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
{{Al|5}}vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion …
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}ur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
{{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
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2022-08-19T11:16:06Z
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31541
wikitext
text/x-wiki
{{Exercice
| titre = Optique géométrique : lentilles minces
| idfaculté = physique
| numéro = 14
| chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]]
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
| niveau = 14
}}
__TOC__
{{clr}}
== Projection d'une diapositive ==
{{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>.
{{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection.
{{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]]
{{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>.
{{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1<sup>ère</sup> approximation, comme étant à l'infini.</ref>.
{{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2<sup>ème</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}}
== Appareil photographique et objectif longue focale ==
{{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>».
=== Champ angulaire de l'objectif longue focale ===
{{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>.
{{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]]
{{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ;
{{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1<sup>ère</sup> démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}}
=== Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal ===
{{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif.
{{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>».
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>».
{{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>»
{{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}}
== Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue ==
=== Préliminaire, réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ===
==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x<sub>0</sub>, 0) et (0, y<sub>0</sub>) avec x<sub>0</sub> et y<sub>0</sub> non nuls ====
{{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>».
{{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ;
<center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}}
==== Préliminaire : Réécriture de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ====
{{Al|5}}Déduire de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1<sup>ère</sup> relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}}
==== Traduction graphique de la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ====
{{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>
{{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ;
{{Al|5}}la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente ===
{{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1<sup>ère</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2<sup>ème</sup> relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>»,
* tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et
* déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ;
{{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ».
{{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX<sup>ème</sup> siècle <math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]] et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réel si }\;p_o < 0,\\
\text{virtuel si }\;p_o > 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{réelle si }\;p_i > 0,\\
\text{virtuelle si }\;p_i < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref> ;
{{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\
\text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0
\end{array}
\right\rbrace
</math>, qu'elle est
<math>
\left\lbrace
\begin{array}{l}
\text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\
\text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1
\end{array}
\right\rbrace
</math>.</ref>.
{{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ;
{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />.
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]]
* <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ;
* <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ;
* <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ;
* <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><math>\;\big(</math>c.-à-d. au delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />.
[[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(1')\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(1')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou virtuel]]
* <u>Cas '''(2)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image virtuelle droite et agrandie (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(2)\;</math> on a le cas <math>\;(3)\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince convergente</u> :
{{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille comprise entre <math>\;f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie) et <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>)], <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass, [l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini].
}}
=== Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente ===
{{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente.
{{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et
{{Al|5}}vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente.
{{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion …
{{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> :
[[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
* <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A<sub>o</sub>''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''F<sub>i</sub>''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ;
* <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''O''' et '''F<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel entre '''F<sub>o</sub>''' et '''W<sub>o</sub>'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle en deçà de '''W<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ;
* <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A<sub>o</sub>''' virtuel au-delà de '''W<sub>o</sub>'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A<sub>i</sub>''' virtuelle entre '''W<sub>i</sub>''' et '''F<sub>i</sub>'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>.
[[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]]
{{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente :
* <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ;
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]]
* <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}ur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>.
{{clr}}
[[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]]
{{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> :
{{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}}
== Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>.
=== Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ».
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> :
[[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> :
* Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div>
* Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}}
=== Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ?
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}}
== Oculaire de Plössl ==
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>.
=== Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl ===
==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> :
* le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal,
* le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>,
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement).
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}}
==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}}
==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon :
* l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer :
* <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis
* <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative).
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}}
==== Détermination des points principaux objet '''H<sub>o</sub>''' et image '''H<sub>i</sub>''' de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer :
* l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal,
* l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
[[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous.
[[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math>
* un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math>
* l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math>
* un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal,
* dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière,
* rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>,
* l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante :
* on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ;
* on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}}
==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon :
* l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>,
* l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que
* la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et
* la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>.
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines
* le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et
* le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique :
* un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ;
* un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A<sub>i</sub>B<sub>i</sub>''' d'un objet linéique transverse '''A<sub>o</sub>B<sub>o</sub>''' de pied '''A<sub>o</sub>''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>,
* l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> :
[[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant),
[[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]]
* un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}}
==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math>
* un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma),
* un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit
* <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>,
* <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H<sub>o</sub>''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H<sub>i</sub>''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> :
* l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>,
* l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>.
[[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ;
* en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
* en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ;
<div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}}
=== Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>.
==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini.
{{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}}
==== Calcul de la puissance de l'oculaire ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}}
==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}}
== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand ==
=== Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure :
* la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div>
* la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan].
==== Vergence d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S<sub>e</sub>S<sub>s</sub>''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et
<br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}}
==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons :
[[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]]
* en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>,
* en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories
* les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et
* les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>.
===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement
# la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille,
# la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille.
{{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>
# <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}}
===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe.
{{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image :
* couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>,
* couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}}
===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie =====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe,
* d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture
* puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter.
{{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]]
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>,
* <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer
* à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis,
* dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi.
==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet :
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}}
==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles.
{{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}}
==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles :
* l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune,
* l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement :
* les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune,
* les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine
* <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et
* <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> :
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et
* pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>.
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> :
* pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et
* pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}}
=== Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet ===
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué
* d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis
* d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ;
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}}
==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>.
{{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir :
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet,
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et
* si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ;
<br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div>
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ;
<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent,
* dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et
* si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>,
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}}
==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ====
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles).
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé :
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>,
* <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />.
{{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec
* <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div>
* <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div>
<span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div>
# <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div>
# <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence :
* <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>,
* <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ;
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>,
* on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> :
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>,
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et
* <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>,
* soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ;
<div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}}
== Notes et références ==
<references />
{{Bas de page
| idfaculté = physique
| précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
| suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]]
}}
ck62mcc9f91qoy6umjvof6bprtrdb0p
Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur
104
75146
881465
881405
2022-08-19T04:45:41Z
Mekkiwik
5298
/* mfi données intercalaires */
wikitext
text/x-wiki
{{Annexe
| idfaculté = biologie
| numéro = 12
| niveau =
| précédent = [[../archeo/]]
| suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]]
<pre>
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
</pre>
====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
<pre>
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
</pre>
====bsu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;;4;;gta;9;;atgj
0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;;36;;aca;**;;gaa
0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;;6;;aaa;3;;gaa
0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;;40;;cta;4;;gta
0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;;14;;ggc;22;;aca
0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;;9;;tta;4;;tac
2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;;27;;cgt;**;;caa
1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;;atc;9;;cca;4;;aac
3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;;**;;gca;29;;agc
1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;;gca;4;;aac;11;;gaa
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;;56;;acc;26;;caa
1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;;gta;30;;ggc;11;;aaa
0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;;aac;27;;cgt;80;;cta
0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;;atgf;8;;cca;**;;ctc
0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;;aac;**;;gca;35;;ttc
0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;;intra;13;;cgt;81;;gac
0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;;atc gca;**;;gga;9;;gaa
2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;;60;;atgf;**;;aaa
0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;;gca;**;;gac;;;
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;;gca;5;;aac;;;
0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;;gga;34;;tcc;;;
0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;;9;;gaa;;;
0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;;9;;gta;;;
0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;;11;;atgf;;;
0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;;12;;gac;;;
0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;;5;;ttc;;;
1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;;22;;aca;;;
0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;;5;;tac;;;
1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;;24;;tgg;;;
0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;;9;;cac;;;
0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;;49;;caa;;;
0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;;5;;ggc;;;
0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;;7;;tgc;;;
1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;;265;;tta;;;
0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;;**;;ttg;;;
0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;;25;;gaa;;;
0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;;3;;agc;;;
0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;;10;;aac;;;
0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;;15;;atc;;;
0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;;10;;gga;;;
1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;;17;;cac;;;
16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;;12;;ttc;;;
15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;;11;;gac;;;
0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;;17;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;6;;tca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;2;;atgi;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;19;;atgj;;;
;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;;5;;gca;;;
;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;;15;;cca;;;
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;;9;;cgt;;;
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;;14;;tta;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;;
</pre>
=====bsu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;bsu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6994;9459;350;*;
;;rRNA;9810;11364;99;*;16s
;;tRNA;11464;11540;11;*;atc
;;tRNA;11552;11627;81;*;gca
;;rRNA;11709;14636;55;*;23s
;;rRNA;14692;14810;36;*;5s
fin;comp;CDS;14847;15794;;0;
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;comp;misc_RNA;2910872;2911051;64;*;
fin;comp;CDS;2911116;2912888;;;
deb;comp;CDS;2952828;2953349;61;*;
;comp;misc_RNA;2953411;2953550;244;*;
fin;;CDS;2953795;2954460;;0;
deb;comp;CDS;2959257;2961188;43;*;
;comp;misc_RNA;2961232;2961479;106;*;
fin;comp;CDS;2961586;2962431;;;
deb;comp;CDS;3033696;3035435;153;*;
;;misc_RNA;3035589;3035721;8;*;
fin;;CDS;3035730;3036332;;0;
deb;comp;CDS;3036603;3037871;23;*;
;comp;misc_RNA;3037895;3038168;44;*;
fin;comp;CDS;3038213;3039931;;0;
deb;comp;CDS;3102629;3105043;109;*;
;comp;misc_RNA;3105153;3105367;102;*;
fin;comp;CDS;3105470;3105805;;0;
deb;comp;CDS;3127825;3129027;167;*;
;comp;misc_RNA;3129195;3129333;196;*;
fin;;CDS;3129530;3131113;;0;
deb;comp;CDS;3169763;3171646;232;*;
;comp;tRNA;3171879;3171950;25;*;gaa
;comp;tRNA;3171976;3172066;3;*;agc
;comp;tRNA;3172070;3172144;10;*;aac
;comp;tRNA;3172155;3172231;15;*;atc
;comp;tRNA;3172247;3172320;10;*;gga
;comp;tRNA;3172331;3172406;17;*;cac
;comp;tRNA;3172424;3172499;12;*;ttc
;comp;tRNA;3172512;3172588;11;*;gac
;comp;tRNA;3172600;3172676;17;*;atgf
;comp;tRNA;3172694;3172786;6;*;tca
;comp;tRNA;3172793;3172869;2;*;atgi
;comp;tRNA;3172872;3172948;19;*;atgj
;comp;tRNA;3172968;3173040;5;*;gca
;comp;tRNA;3173046;3173122;15;*;cca
;comp;tRNA;3173138;3173214;9;*;cgt
;comp;tRNA;3173224;3173309;14;*;tta
;comp;tRNA;3173324;3173398;5;*;ggc
;comp;tRNA;3173404;3173490;10;*;ctg
;comp;tRNA;3173501;3173576;37;*;aaa
;comp;tRNA;3173614;3173689;32;*;aca
;comp;tRNA;3173722;3173797;20;*;gta
;comp;rRNA;3173818;3173935;55;*;5s
;comp;rRNA;3173991;3176918;167;*;23s
;comp;rRNA;3177086;3178640;464;*;16s
;;misc_RNA;3179105;3179206;99;*;
fin;;CDS;3179306;3179884;;0;
deb;;CDS;3187503;3188048;124;*;
;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*;
fin;;CDS;3188414;3189082;;;
deb;;CDS;3193863;3194348;106;*;
;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc
fin;comp;CDS;3194635;3195465;;;
deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*;
;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*;
fin;comp;CDS;3335751;3336272;;;
deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*;
;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*;
fin;comp;CDS;3360974;3361111;;;
deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*;
;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*;
fin;comp;CDS;3364618;3364962;;;
deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*;
;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*;
fin;;CDS;3404835;3405626;;0;
deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*;
;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*;
fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0;
deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*;
;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*;
fin;comp;CDS;3451248;3451718;;;
deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*;
;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*;
fin;comp;CDS;3491655;3492689;;;
deb;;CDS;3544642;3545604;284;*;
;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg
fin;;CDS;3546234;3546827;;0;
deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*;
;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*;
;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*;
fin;comp;CDS;3856782;3856937;;;
deb;;CDS;3946394;3946909;0;*;
;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*;
fin;;CDS;3947158;3948399;;;
deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*;
;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*;
fin;;CDS;3989331;3989873;;0;
deb;;CDS;3997221;3997709;65;*;
;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*;
deb;;CDS;3997964;3999097;68;*;
;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*;
fin;;CDS;3999350;4000486;;0;
deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*;
;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*;
fin;;CDS;4005752;4006945;;0;
deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*;
;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*;
fin;;CDS;4097416;4098150;;;
deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*;
;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc
;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac
;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa
;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa
fin;comp;CDS;4155433;4156725;;;
deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*;
;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*;
fin;;CDS;4170045;4171352;;0;
</pre>
====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
</pre>
====bsu intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
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290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
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;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
</pre>
====bsu intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
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</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
</pre>
====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
<pre>
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp
;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp
fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp
&emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp
&emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
</pre>
====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
</pre>
====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]]
<pre>
bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
</pre>
===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
<pre>
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
</pre>
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
</pre>
====lmo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;;;;;;;
;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;;;;;;;
;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
</pre>
=====lmo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
<pre>
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
</pre>
====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
<pre>
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
</pre>
===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
<pre>
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
</pre>
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
<pre>
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
</pre>
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
>1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
</pre>
====lam données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;;2;;gta;111;;ggc
0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;;13;;aaa;112;;ggc
0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;;23;;cta;35;;ggc
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;;10;;aca;**;;ccg
0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;;atc;11;;ggc;35;;gaa
3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;;8;;tta;9;;tca
0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;;gca;5;;cgt;3;;atgf
0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;;29;;cca;6;;gac
3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;;aac;12;;atgj;7;;ttc
1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;;gta;27;;atgi;4;;tac
0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;;intra;3;;atgf;12;;tgg
1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;;atc gca;6;;gac;7;;cac
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;;19;;ttc;23;;caa
1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;;5;;gga;40;;tgc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;;2;;atc;**;;ttg
0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;;**;;agc;34;;tac
1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;;10;;tcc;**;;caa
0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;;**;;aac;6;;tca
0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;;;;;;;;7;;gac
0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;;;;;;;;4;;cac
0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;;;;;;;;**;;gta
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;;;;;;;;5;;gta
0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;;;;;;;;**;;gaa
1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;;;;;;;;8;;cgt
0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;;;;;;;;**;;cca
0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;;;;;;;;;
0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;;;;;;;;;;
0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;;;;;;;;;;
0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;;
0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;;
0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;;
0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====lam autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
</pre>
===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome<br>
<pre>
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
</pre>
=====ppm plasmide=====
*Plasmide<br>
<pre>
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
</pre>
=====ppm plasmide MAJ=====
<pre>
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
</pre>
====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome<br>
<pre>
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
</pre>
*Plasmide<br>
<pre>
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
</pre>
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
<pre>
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
</pre>
====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
</pre>
*Plasmide
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
</pre>
====ppm données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
</pre>
=====ppm autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
</pre>
====ppmp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;;
;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;;
10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;;tta
20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;;aca
30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;;tcg
40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;;tcc
50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;;ctt
60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;;tcg
70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;;tca
80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;;
90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;;
100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;;
110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;;
120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;;;
130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;;;
140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;;;
150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;;;
160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;;;
170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;;;
180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;;
190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;;;
200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;;;
210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;;
220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;;;
230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;;
240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;;
250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;;
260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;;
270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;;
280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;;
290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;;
300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;;
310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;;
320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;;
330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;;
340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;;
350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;;
360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;;
370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;;
380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;;
390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;;
400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;;
reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;;
;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;;
;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;;
;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;;
;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;;
;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;;
</pre>
=====ppmp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;ppmp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3920;4174;536;*;
;;tRNA;4711;4803;5;*;agc
;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc
;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa
;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt
;;tRNA;5112;5186;101;*;cca
;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg
;;tRNA;5366;5441;7;*;tat
;;tRNA;5449;5522;6;*;caa
;;tRNA;5529;5605;5;*;cac
;;tRNA;5611;5686;125;*;gac
;;tRNA;5812;5887;10;*;gga
;;tRNA;5898;5973;4;*;aac
;;tRNA;5978;6066;9;*;tac
;;tRNA;6076;6153;82;*;ata
;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi
;;tRNA;6317;6392;4;*;aac
;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg
;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa
;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc
;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc
;;tRNA;6908;6980;7;*;cga
;;tRNA;6988;7065;5;*;cca
;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg
;;tRNA;7161;7235;4;*;atc
;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf
;;tRNA;7323;7398;109;*;gca
;;tRNA;7508;7584;3;*;cga
;;tRNA;7588;7668;13;*;cta
;;tRNA;7682;7758;8;*;atc
;;tRNA;7767;7841;4;*;aac
;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg
deb;;CDS;7953;8324;-24;*;
;;tRNA;8301;8378;8;*;gac
;;tRNA;8387;8473;86;*;tac
;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa
;;tRNA;8647;8720;4;*;gga
;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc
;;tRNA;8808;8882;100;*;acg
deb;comp;CDS;8983;9600;89;*;
;;tRNA;9690;9771;3;*;tta
;;tRNA;9775;9849;35;*;aca
fin;comp;CDS;9885;10169;;;
deb;comp;CDS;10320;10622;116;*;
;;tRNA;10739;10813;18;*;aca
fin;comp;CDS;10832;11146;;;
deb;comp;CDS;11363;11599;94;*;
;;tRNA;11694;11765;106;*;aga
fin;;CDS;11872;12312;;0;
deb;;CDS;13199;14083;226;*;
;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg
;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc
;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt
;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg
;;tRNA;14660;14751;119;*;tca
fin;;CDS;14871;15080;;0;
deb;comp;CDS;227125;227388;444;*;
;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga
deb;comp;CDS;228152;228391;126;*;
;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other
fin;comp;CDS;228741;229064;;;
deb;comp;CDS;229793;229999;24;*;
;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca
deb;comp;CDS;230872;231393;164;*;
;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta
fin;;CDS;232618;233067;;0;
deb;;CDS;369072;371174;102;*;
;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b
fin;;CDS;371577;374243;;;
</pre>
===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
<pre>
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
;184906..184982;atgj;;39;;;39;;
;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
</pre>
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
<pre>
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
</pre>
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
<pre>
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
</pre>
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
</pre>
====pmq données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc;7;;aac
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc;297;;agc
;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf;9;;gaa
;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj;**;;ctc
;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc;16;;gca
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg;12;;gaa
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc;16;;gta
1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca;17;;gac
1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA;9;;cac
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca;9;;caa
;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt;8;;aaa
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc;3;;ctg
;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg;**;;ggc
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa;49;;ctg
;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;;19;;gta;17;;gta;9;;caa;**;;ctg
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;;20;;gac;13;;atgf;17;;cac;40;;ctc
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;;15;;ttc;49;;gac;12;;gac;13;;tcc
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta;19;;atgj
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;;agc;3;;ctg;13;;aca;15;;aac;**;;tcg
1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;;atc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac;7;;tta
;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;;atc;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca;19;;atgi
;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;;atc;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa;**;;atgf
2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;;aac;158;;cca;9;;caa;9;;gcc;230;;cac
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;;aac;4;;gca;12;;ggc;**;;atc;**;;cac
;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;;ttc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg;;;
;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;;19;;tcg;20;;tta;106;;cca;;;
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt;;;
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc;;;
;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;;;;;;39;;acg;19;;atc;13;;ctg;;;
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;;;;;;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc;;;
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;;;;;;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa;;;
;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;;;;;;10;;aac;5;;gta;28;;tac;;;
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;;;;;;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc;;;
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;;;;;;11;;gaa;18;;tac;5;;gga;;;
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;;;;;;17;;gta;4;;aac;16;;cca;;;
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;;;;;;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt;;;
;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;;;;;;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc;;;
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;;;;;;11;;acg;34;;gac;42;;cta;;;
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;;;;;;10;;cac;13;;cac;8;;aaa;;;
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;;;;;;5;;caa;8;;caa;9;;caa;;;
2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;;;;;;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg;;;
15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;;;;;;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf;;;
13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;;;;;;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc;;;
0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;;;;;;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;19;;cca;10;;tgc;**;;atc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;aga;**;;cca;;;;;;
;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====pmq autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pmq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9206;10276;318;*;
;;rRNA;10595;12131;280;*;16s
;;rRNA;12412;15341;97;*;23s
;;rRNA;15439;15555;178;*;5s
fin;;CDS;15734;17190;;;
deb;;CDS;20252;21532;47;*;
;;tRNA;21580;21669;137;*;tca
fin;;CDS;21807;22157;;;
deb;;CDS;25422;26165;222;*;
;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg
fin;;CDS;26644;27168;;;
deb;;CDS;178456;179454;299;*;
;;rRNA;179754;181290;266;*;16s
;;rRNA;181557;184486;170;*;23s
;;rRNA;184657;184773;15;*;5s
;;tRNA;184789;184876;29;*;agc
;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj
;;tRNA;185022;185097;15;*;gta
;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf
;;tRNA;185204;185280;48;*;gac
;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc
;;tRNA;185410;185485;9;*;aca
;;tRNA;185495;185579;15;*;tac
;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa
fin;comp;CDS;185854;187104;;0;
deb;comp;CDS;217565;218146;129;*;
;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg
fin;;CDS;218612;219643;;;
deb;;CDS;230970;231455;186;*;
;;tmRNA;231642;232004;140;*;
fin;;CDS;232145;232804;;;
deb;;CDS;253921;254526;673;*;
;;rRNA;255200;256736;280;*;16s
;;rRNA;257017;259946;97;*;23s
;;rRNA;260044;260160;55;*;5s
;;tRNA;260216;260292;19;*;atc
;;tRNA;260312;260387;16;*;gca
;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa
;;tRNA;260485;260569;20;*;tac
;;tRNA;260590;260665;3;*;aac
;;tRNA;260669;260744;19;*;gta
;;tRNA;260764;260840;20;*;gac
;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc
;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa
;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg
;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc
;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc
;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt
;;tRNA;261375;261448;158;*;cca
;;tRNA;261607;261682;4;*;gca
;;tRNA;261687;261759;5;*;acc
;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg
;;tRNA;261874;261961;17;*;agc
;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc
;;tRNA;262060;262134;39;*;acg
;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc
;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc
fin;;CDS;262670;263515;;;
deb;;CDS;578195;579055;320;*;
;;rRNA;579376;580913;269;*;16s
;;rRNA;581183;584112;168;*;23s
;;rRNA;584281;584397;31;*;5s
;;tRNA;584429;584501;10;*;aac
;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc
;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa
;;tRNA;584722;584797;17;*;gta
;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf
;;tRNA;584907;584983;67;*;gac
;;tRNA;585051;585125;11;*;acg
;;tRNA;585137;585212;10;*;cac
;;tRNA;585223;585297;5;*;caa
;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa
;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc
;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc
;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg
;;tRNA;585698;585774;19;*;cca
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;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s
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;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s
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;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s
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;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s
fin;comp;CDS;8158136;8158708;;;
deb;;CDS;8256928;8257746;86;*;
;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga
;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca
;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt
;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc
;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta
;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa
;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa
;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg
;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf
;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc
;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa
;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc
;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s
;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s
;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s
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deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*;
;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s
;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s
;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s
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deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*;
;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj
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deb;;CDS;8389988;8390512;296;*;
;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s
;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s
;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s
fin;comp;CDS;8395989;8396255;;;
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;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*;
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deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*;
;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac
fin;;CDS;8617576;8618541;;0;
deb;;CDS;8724363;8724614;455;*;
;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg
fin;comp;CDS;8725326;8725559;;;
</pre>
====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
</pre>
====pmq intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
- t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
</pre>
====pmq intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42
;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753
</pre>
====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
<pre>
pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp
;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp
;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp
;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp
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;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
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;354;comp’;169;;394;187;<201;19
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;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
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taux;50%;73%;62%;;;;;
</pre>
===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
<pre>
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
</pre>
====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
<pre>
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
</pre>
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
<pre>
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
</pre>
====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
</pre>
====lbu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;;3;;gta;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;;138;;gaa;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;;6;;atgj;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;;8;;tcc;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;;**;;aac;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;;26;;gac;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;;atc;3;;gaa;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;;atc;2;;gta;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;;35;;cgt;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;;gca;**;;ggc;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;;gca;3;;gac;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;;2;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;;aac;35;;cgt;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;;ggc;19;;ggc;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;;intra;3;;cca;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;;atc gca;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;;;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;;;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;;;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;;;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;;;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;;;;;;;;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;;;;;;;;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;;;;;;;;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;;;;;;;;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;;;;;;;;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;;;;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;;;;;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;;;;;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;;;;;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;;;;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;;;;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;;;;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;;;;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;;;;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;;;;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;;;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;;;;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;;;;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;11;;atgf
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
</pre>
=====lbu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
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</pre>
===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
</pre>
====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
<pre>
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
</pre>
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
<pre>
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
</pre>
====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
</pre>
====ban données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;;1;;gaa;20;;atgf;13;;gaa
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;;8;;aac;54;;tca;**;;atgj
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;;11;;atc;20;;tca;139;;
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;;6;;tgg;16;;gca;13;;aaa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;;9;;aca;10;;cca;21;;gaa
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;;9;;ttc;3;;cgt;41;;gac
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;;4;;gac;16;;tta;**;;ttc
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;;20;;atgf;29;;ggc;1;;gga
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;;54;;tca;13;;cta;**;;aga
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;;20;;tca;5;;aaa;;;
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;;16;;gca;87;;caa;;;
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;;10;;cca;46;;gac;;;
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;;3;;cgt;4;;gta;;;
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;;atc;16;;tta;8;;gaa;;;
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;;gca;29;;ggc;3;;agc;;;
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;;22;;cta;**;;aac;;;
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;;9;;cac;10;;gca;;;
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;;4;;aca;5;;ggc;;;
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;;gta;**;;gta;5;;aaa;;;
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;;aac;14;;tgc;65;;caa;;;
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;;atgf;5;;ggc;17;;tac;;;
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;;intra;63;;caa;5;;gta;;;
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;;atc gca;19;;cac;24;;gaa;;;
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;;7;;tgg;4;;acc;;;
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;;gaa;17;;tac;**;;aac;;;
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;;5;;gta;4;;gta;;;
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;;24;;gaa;9;;aca;;;
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;;;;;;4;;acc;22;;cac;;;
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;;;;;;**;;aac;29;;cta;;;
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;;;;;;3;;gac;16;;ggc;;;
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;;;;;;**;;atgf;3;;tta;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;;;;;;1;;gga;10;;cgt;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;;;;;;4;;cca;16;;cca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;;;;;;3;;cgt;20;;gca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;;;;;;16;;tta;54;;tca;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;;;;;;29;;ggc;20;;cta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;;;;;;14;;cta;1;;atgf;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;;;;;;5;;aaa;12;;gac;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;;;;;87;;caa;14;;ttc;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;;;;;;46;;gac;10;;aca;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;;;;;;4;;gta;13;;aaa;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;;1;;gaa;10;;gga;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;;;;;;8;;aac;7;;atc;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;;11;;atc;7;;aac;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;6;;tgg;6;;agc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;9;;aca;**;;gaa;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;ttc;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;4;;gac;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;suite;;suite;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====ban autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
</pre>
====ban séquences====
<pre>
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
</pre>
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
<pre>
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
</pre>
====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
<pre>
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
</pre>
====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
</pre>
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
<pre>
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
</pre>
==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
<pre>
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
</pre>
====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
<pre>
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
</pre>
====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
<pre>
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
</pre>
====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;;
</pre>
====psor données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;;13;;tta;13;;atgj;12;;tgc
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;;15;;atgf;6;;ttc;3;;aac
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;;9;;gaa;6;;atc;**;;aca
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;;6;;gga;31;;cca;8;;gta
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;;5;;gta;11;;tgg;20;;gaa
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;;16;;gac;6;;atgi;10;;aaa
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;;4;;aac;6;;cca;10;;aca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;;4;;aca;11;;agc;7;;gac
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;;15;;tac;6;;tca;9;;gta
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;;14;;cta;12;;aaa;5;;gaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;;7;;aga;6;;caa;**;;aaa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;;gca;11;;caa;19;;aga;;;
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;;gca;6;;aaa;11;;gga;;;
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;;gca;3;;tca;4;;tac;;;
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;;gca;9;;ttc;4;;aca;;;
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;;8;;atgj;31;;aac;;;
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;;gca;21;;atgi;16;;aac;;;
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;;gca;6;;cca;5;;gac;;;
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;;gca;4;;cac;6;;gta;;;
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;;gca;25;;tgc;9;;gga;;;
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;;13;;tta;15;;gaa;;;
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;;tta;15;;atgf;13;;atgf;;;
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;;gaa;9;;gaa;**;;tta;;;
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;gga;;;;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;;gga;5;;gta;;;;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;;gga;16;;gac;;;;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;;aca;4;;aac;;;;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;;4;;aca;;;;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;;atgi;15;;tac;;;;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;;atgj;11;;cta;;;;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;;13;;ggc;;;;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;;gga;7;;aga;;;;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;;gga;11;;caa;;;;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;;gga;6;;aaa;;;;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;;aca;3;;tca;;;;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;ttc;;;;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;;tta atgi;8;;atgj;;;;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;;21;;atgi;;;;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;;6;;cca;;;;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;;9;;cac;;;;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;;21;;aaa;;;;;;
7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;;6;;tgc;;;;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;;10;;cgt;;;;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;7;;aga;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;9;;ggc;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;5;;gac;;;;;;
;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;;8;;gta;;;;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;;**;;gaa;;;;;;
;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====psor autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
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</pre>
===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
<pre>
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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<dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
</pre>
====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
<pre>
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
</pre>
====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
<pre>
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
</pre>
====cdc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;;6;;aac;4;;aac;33;;aca
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;;15;;tta;5;;gaa;4;;gta
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;;7;;atgf;5;;gta;6;;gaa
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;;9;;gaa;10;;gac;**;;aaa
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;;5;;gga;14;;aca;;;
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;;5;;gta;9;;tac;;;
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;;9;;gac;10;;gga;;;
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;;14;;aca;9;;aga;;;
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;;8;;tac;11;;caa;;;
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;;29;;cta;2;;aaa;;;
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;;7;;aga;17;;tca;;;
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;;88;;caa;8;;agc;;;
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;;gca;3;;tca;85;;cca;;;
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;;6;;ttc;60;;tgg;;;
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;;gca;14;;atgj;6;;cca;;;
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;;gca;23;;atgi;3;;atc;;;
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;;gca;7;;cca;7;;ttc;;;
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;;8;;cac;**;;atgj;;;
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;;aac;7;;aaa;5;;aac;;;
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;;aac;6;;tgc;15;;tta;;;
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;;5;;aac;7;;atgf;;;
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;;gga;15;;tta;14;;gaa;;;
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;;7;;atgf;5;;gga;;;
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;;atgj;9;;gaa;5;;gta;;;
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;10;;gac;;;
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;;gga;5;;gta;9;;ggc;;;
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;;aca;9;;gac;**;;aga;;;
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;;14;;aca;;;;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;;9;;tac;;;;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;;23;;cta;;;;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;;24;;ggc;;;;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;;9;;aga;;;;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;;;;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;;2;;aaa;;;;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;;;;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;;6;;ttc;;;;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;;14;;atgj;;;;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cdc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
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deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
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;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
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;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
</pre>
====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
<pre>
cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
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cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
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tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
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gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
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aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
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gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;;
</pre>
===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
<pre>
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
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dir ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
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dir ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
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dir ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
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dir ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
<> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
<comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
<>comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
>comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
<dir ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
</pre>
====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
<pre>
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
</pre>
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
<pre>
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
</pre>
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
<pre>
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
</pre>
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
<pre>
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;
</pre>
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
<pre>
cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0
gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0
gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21
aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
caa;11;aga;954;;;;;;;
aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1;
tca;18;;;;;;;16s;68;
agc;8;;;;;16s;217;gca;271;
cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0
tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3
cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
atgj;114;;;;;16s;261;16s;52;
;;;;;;23s;201;gca;373;
cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75
;;cds;281;;;;;5s;7;2
16s;321;16s°;100;;;;;;;
23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1;
5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161;
tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201;
atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217;
gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134
atgj;11;;;;;23s;78;23s;100;
atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320;
cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
</pre>
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
<pre>
;cdc;;;;;;cdc8;;;;;
ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;;
0;dir ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir ;4194196..4196423;23s’;100;2228;
;dir ;10810..12317;16s;52;1508;;dir ;4196524..4197091;16s°;320;568;
;dir ;12370..12445;gca;249;76;;dir ;4197412..4199044;23s°;100;1633;
1;dir ;12695..15596;23s;111;2902;;dir ;4199145..4201593;23s’;126;2449;
;dir ;15708..15824;5s;126;117;;dir ;4201720..4201836;5s;127;117;
;dir ;15951..16460;cds;11;510;NadR;dir ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR
;dir ;16472..17353;cds;457;882;mecano;dir ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano
;dir ;17811..19082;cds;319;1272;S-ligase;dir ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase
;dir ;19402..19857;cds;0;456;Nuc-de;dir ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de
;dir ;19858..19949;tcc;37;92;;dir ;4205873..4205964;tcc;37;92;
2;dir ;19987..20251;ncRNA;76;265;;dir ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;
;dir ;20328..21965;cds;;1638;III-tau;dir ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau
;;;;;;;;;;;;
;comp;23419..24624;cds;505;1206;Glyco-tr;dir ;4306341..4307538;16s;0;1198;
;dir ;25130..26637;16s;279;1508;;dir ;4307539..4308225;cds;100;687;xylose
;dir ;26917..29816;23s;180;2900;;dir ;1..796;23s°;181;796;
;dir ;29997..30113;5s;6;117;;dir ;978..1094;5s;6;117;
3;dir ;30120..30194;aac;6;75;;dir ;1101..1175;aac;6;75;
;dir ;;**41aas;12;;;dir ;;**41aas;12;;
;dir ;33877..33952;gta;75;76;;dir ;4868..4943;gta;75;76;
;dir ;34028..34441;cds;308;414;hp-414;dir ;5019..5432;cds;308;414;hp-414
;dir ;34750..38181;cds;;3432;pyruvate;dir ;5741..9172;cds;;3432;pyruvate
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;dir;4300349..4300807;cds;554;459;Helix
;dir ;127011..127715;cds;281;705;CwlD;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740
;dir ;127997..129505;16s;279;1509;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204
;dir ;129785..132685;23s;131;2901;;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;
;dir ;132817..132933;5s;6;117;;dir ;4304432..4304548;5s;6;117;
4;dir ;132940..133014;aac;4;75;;dir ;4304555..4304629;aac;4;75;
;dir ;;**16aas;8;;;dir ;;**16aas;8;;
;dir ;134534..134610;atgj;114;77;;dir ;4306150..4306226;atgj;114;77;
;dir ;134725..136115;16s;68;1391;;;;;;;
;dir ;136184..136259;gca;271;76;;dir ;4232593..4234098;16s;217;1506;
;dir ;136531..139430;23s;126;2900;;dir ;4234316..4237215;23s;126;2900;
;dir ;139557..139673;5s;213;117;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;
;comp;139887..141071;cds;372;1185;B6;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6
5;dir ;141444..143795;cds;21;2352;Art-red;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red
;dir ;143817..144356;cds;776;540;Art-reda;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda
;dir ;145133..146640;16s;52;1508;;dir ;94032..94736;cds;281;705;CwlD
;dir ;146693..146768;gca;373;76;;dir ;95018..95994;16s°;100;977;
;dir ;147142..150041;23s;126;2900;;dir ;96095..97613;23s°;126;1519;
;dir ;150168..150284;5s;7;117;;dir ;97740..97856;5s;7;117;
6;dir ;150292..150366;aac;5;75;;dir ;97864..97938;aac;6;75;
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</pre>
=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
<pre>
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;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
</pre>
====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
<pre>
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;<4307539..4308225;687;;;;
CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
</pre>
====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
<pre>
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
</pre>
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
<pre>
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total) ;4 025;3 807;3 528
CDS (total) ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA) ;155;116;160
RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs ;108;83;105
ncRNAs ;4;4;4
Pseudo Genes (total) ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays ;4;9; -
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
</pre>
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
</pre>
====cdc8 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;;aac;6;;aac;33;;aca
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;;tta;15;;tta;4;;gta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;;atgf;7;;atgf;6;;gaa
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;;gaa;9;;gaa;**;;aaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;;gga;5;;gga;;;
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;;gta;5;;gta;;;
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;;gac;9;;gac;;;
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;;aca;14;;aca;;;
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;;tac;10;;tac;;;
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;;cta;28;;cta;;;
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;;aga;7;;aga;;;
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;;caa;89;;caa;;;
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;;tca;3;;tca;;;
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;;ttc;6;;ttc;;;
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;;atgj;14;;atgj;;;
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;;atgi;29;;atgi;;;
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;;cca;7;;cca;;;
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;;cac;8;;cac;;;
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;;aaa;**;;aaa;;;
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;tgc;4;;aac;;;
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;;aac;5;;gaa;;;
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gta;;;
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;;atgf;11;;gac;;;
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;;gaa;14;;aca;;;
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;9;;tac;;;
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;;gta;10;;gga;;;
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;;gac;9;;aga;;;
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;;aca;11;;caa;;;
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;;tac;2;;aaa;;;
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;;cta;18;;tca;;;
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;;ggc;8;;agc;;;
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;;aga;85;;cca;;;
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;60;;tgg;;;
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;;aaa;5;;cca;;;
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;3;;atc;;;
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;;ttc;7;;ttc;;;
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;;atgj;**;;atgj;;;
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;;aac;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;;tta;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;;atgf;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;gaa;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;;gga;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;;gta;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;;gac;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;;;;;
</pre>
===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
<pre>
28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
</pre>
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
<pre>
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
</pre>
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
<pre>
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
</pre>
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
</pre>
====cbc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;;3;;gca;84;;cgt
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;;**;;atgi;20;;agc
;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;;27;;aac;306;;tca
2;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;;**;;aac;20;;agc
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;;;**;;tca
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;;;5;;tac
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;;;**;;aca
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;;;17;;gaa
;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;;aac;;;;9;;gta
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;;ttc;;;;4;;gac
;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;;atgi;;;;5;;aca
1;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;;aac;;;;18;;gaa
1;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;;;7;;gta
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;;;57;;gac
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;;;;;;17;;gaa
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;;;;;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;;;;;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;;;;;;**;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;;;;;;4;;tta
1;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;;;;;;53;;atgf
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;;;;;;10;;atgf
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;;;;;;**;;atgj
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;;;;;18;;ggg
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;;;;;;**;;acc
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;;;;;;7;;cca
1;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;;;6;;gga
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;;;;;;5;;aga
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;;;26;;aag
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;;;29;;cca
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;;;24;;gga
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;;;**;;cga
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;;;5;;gta
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;;;3;;gac
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;;;4;;ttc
1;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;;;9;;ggc
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;**;;tgc
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;;
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
4;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
13;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
9;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;18;657;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cbc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
</pre>
===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
<pre>
28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
</pre>
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
<pre>
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
</pre>
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
<pre>
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
</pre>
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
</pre>
====cbn données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;;311;;aaa;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;;**;;ttc;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;;61;;gag;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;;6;;caa;18;;aca
;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;;4;;aga;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;;19;;gga;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;;16;;cta;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;;**;;gaa;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;;gca;4;;gca;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;;gca;**;;atgi;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;;;46;;atgj
1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;;atc;;;;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;;atc;;;;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;;;46;;atgj
;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;;aac;;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;;ttc;;;;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;;ttc;;;;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;;aaa;;;;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;;gaa;;;;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;;atgi;;;;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;;;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;;aac;;;;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;;;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;;ttc;;;;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;;aac;;;;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;;gca atc;;;;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;;gca atc;;;;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;;;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;;;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;;;;;4;;aaa
2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;;;4;;caa
11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;;;5;;cac
9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;6;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;**;;cca
;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;39;;tac
;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
</pre>
=====cbn autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;20118;20459;206;*;
;;tRNA;20666;20741;214;*;acg
fin;;CDS;20956;21813;;;
deb;comp;CDS;34861;36105;307;*;
;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa
;;tRNA;36500;36575;13;*;gta
;;tRNA;36589;36665;5;*;gac
;;tRNA;36671;36746;18;*;aca
;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa
;;tRNA;36852;36927;13;*;gta
;;tRNA;36941;37017;5;*;gac
;;tRNA;37023;37098;106;*;aca
fin;comp;CDS;37205;38164;;;
deb;comp;CDS;135851;137197;168;*;
;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca
fin;comp;CDS;137573;137743;;0;
deb;;CDS;161395;161805;158;*;
;;tRNA;161964;162052;5;*;tta
;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf
;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj
;;tRNA;162262;162350;5;*;tta
;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf
;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj
;;tRNA;162585;162673;5;*;tta
;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf
fin;comp;CDS;163235;163759;;0;
deb;;CDS;174610;176142;115;*;
;;tRNA;176258;176332;275;*;aac
fin;;CDS;176608;177999;;;
deb;;CDS;178351;179727;453;*;
;;rRNA;180181;181692;237;*;16s
;;rRNA;181930;184833;48;*;23s
;;tRNA;184882;184956;14;*;aac
;;rRNA;184971;185087;7;*;5s
;;tRNA;185095;185169;435;*;aac
fin;comp;CDS;185605;186639;;0;
deb;;CDS;221558;222268;140;*;
;;tRNA;222409;222484;106;*;aac
fin;;CDS;222591;223772;;;
deb;;CDS;577193;578356;60;*;
;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag
fin;comp;CDS;578560;579072;;;
deb;comp;CDS;943937;944485;261;*;
;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg
fin;;CDS;945182;945985;;;
deb;;CDS;954881;955486;59;*;
;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt
fin;;CDS;955713;956147;;;
deb;;CDS;1025682;1026566;379;*;
;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta
;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac
;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc
;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc
;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc
;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc
fin;;CDS;1027765;1027989;;;
deb;;CDS;1679540;1680001;6;*;
;comp;gene;1680008;1681575;128;*;
fin;comp;CDS;1681704;1683125;;;
deb;;CDS;1865810;1866349;45;*;
;;gene;1866395;1867531;88;*;
fin;comp;CDS;1867620;1868972;;;
deb;;CDS;2029941;2030711;104;*;
;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac
;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s
;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc
;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca
;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s
fin;comp;CDS;2036154;2036600;;;
deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*;
;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s
;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s
;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s
fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0;
deb;;CDS;2168490;2168942;590;*;
;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s
;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s
;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s
fin;;CDS;2174439;2174690;;;
deb;;CDS;2281037;2283634;144;*;
;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s
;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s
;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s
deb;;CDS;2288746;2288985;117;*;
;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga
;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc
;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca
fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0;
deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*;
;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga
;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga
;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa
;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa
;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac
;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag
;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga
;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga
;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca
;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag
;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga
;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga
;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc
;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta
;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa
;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa
;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac
;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag
;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga
;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga
;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc
;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca
fin;comp;CDS;2352512;2352910;;;
deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*;
;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg
fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0;
deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*;
;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac
;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta
;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac
;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca
fin;;CDS;2455508;2456227;;;
deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*;
;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s
;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s
;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s
deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*;
;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa
;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc
;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s
;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc
;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s
;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s
;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s
fin;comp;CDS;2710157;2711029;;;
deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*;
;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa
;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s
;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s
;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s
fin;comp;CDS;2726593;2727531;;;
deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*;
;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag
;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa
;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga
;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga
;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta
;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa
;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s
;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s
;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc
;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca
;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s
fin;comp;CDS;2737834;2738727;;;
deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*;
;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc
deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*;
;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg
deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*;
;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg
fin;;CDS;2744098;2744829;;;
deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*;
;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt
;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc
;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca
;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca
fin;comp;CDS;2749181;2750461;;;
deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*;
;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca
;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi
;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s
;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s
;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s
fin;comp;CDS;2764060;2766609;;;
</pre>
====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
</pre>
====cbn intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
- t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
</pre>
====cbn intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
</pre>
====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
<pre>
deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp
;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp
fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp
deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp
;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp
;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp
;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp
fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp
deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp
;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp
fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp
deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp
;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp
;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp
;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp
;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp
;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp
deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp
;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp
fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp
deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp
;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp
;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp
;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp
;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp
;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp
fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp
deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp
;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp
fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp
deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp
;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp
fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp
deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp
;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp
fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;;
deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp
;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp
fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp
deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp
;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp
;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp
;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp
;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp
deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp
;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;<201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;<201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;<201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;<201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;<201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
</pre>
===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
<pre>
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
</pre>
====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
<pre>
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
</pre>
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
<pre>
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
</pre>
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;;
</pre>
====cle données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;;gca;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;;gca;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;;ggc;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;;atc;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;;gaa;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;;ggc;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;;gca;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;;gca;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;;gca;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;;atc;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;;gca;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;;agc;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;;gaa;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;;tcc;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;;gac;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;;aaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;;aac;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;;aac;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;;atc;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;;gca;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;;;;;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;;;;;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;;;;;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;;;;;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;;;;;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;;;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;;;;;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;;;;;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;;;;;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;;;;;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;;;;;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cle autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
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</pre>
===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
<pre>
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
>;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
</pre>
====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
<pre>
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
</pre>
====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
<pre>
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
</pre>
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
</pre>
====hmo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;;gcc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;;atc;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;;gca;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;;gca;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;;caa;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;;aac;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;;tcc;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;;aaa;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;;aac;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;;intra;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;;atc;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;;gca;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;;;;;;1;;ggc;;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;**;;tgc;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====hmo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
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;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
</pre>
===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
<pre>
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
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;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
<;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
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;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
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;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
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;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
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;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
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;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
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comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
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comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
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comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
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comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
</pre>
====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
<pre>
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
</pre>
====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
<pre>
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
</pre>
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
</pre>
====cbei données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;;1;;atgi;30;;tca;6;;gac
;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;;**;;gca;241;;agc;14;;gta
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;;4;;ttc;18;;tca;29;;gaa
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;;**;;tgc;**;;agc;10;;aca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;;6;;ttc;20;;tta;6;;gac
;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;;25;;gac;7;;atgf;16;;gta
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;;**;;gaa;6;;atgj;29;;gaa
;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;;1;;gca;22;;tta;10;;aca
;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;;**;;atgi;7;;atgf;6;;gac
;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;;;6;;atgj;14;;gta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;;;21;;tta;**;;gaa
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;;;70;;atgf;;;
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;;;21;;tta;;;
;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;;;**;;atgf;;;
;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;;;234;;aac;;;
;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;;;439;;aac;;;
;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;;;**;;aac;;;
;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;;;4;;cta;;;
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;;;**;;ggg;;;
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;;;17;;cca;;;
;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;;;149;;gga;;;
;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;;;6;;aga;;;
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;;gca;;;;16;;cca;;;
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;;atc;;;;35;;gga;;;
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;;gca;;;;5;;aga;;;
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;;;3;;cac;;;
;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;;atc;;;;7;;caa;;;
;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;;atc;;;;18;;aaa;;;
;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;;gca;;;;5;;cta;;;
;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;;;25;;ggc;;;
;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;;ttc;;;;5;;gga;;;
;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;;atgi;;;;57;;aag;;;
;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;;aaa;;;;7;;caa;;;
;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;;aaa;;;;18;;aaa;;;
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;;atgi;;;;5;;cta;;;
;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;;;25;;ggc;;;
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;;;;2* 140;;aac;;;;46;;gga;;;
;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;;;;71;;aac;;;;**;;cga;;;
;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;;;;tRNA 5s;;;;;;9;;tac;;;
;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;;;;2* 3;;aac;;;;27;;gta;;;
4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;12;;aca;;;
13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;;;;3;;gca atc;;;;9;;tac;;;
9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;;;;;;;;;;30;;gta;;;
0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;12;;aca;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;3;;cac;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;5;;cag;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;**;;aaa;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;79;;aaa;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;7;;cac;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;35;;aga;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gga;;;
</pre>
=====cbei autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbei;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;tRNA;15;91;1;*;atgi
;;tRNA;93;168;85;*;gca
fin;;CDS;254;769;;;
deb;;CDS;2710;2937;119;*;
;;tRNA;3057;3147;30;*;tca
;;tRNA;3178;3268;241;*;agc
;;tRNA;3510;3600;18;*;tca
;;tRNA;3619;3709;125;*;agc
fin;;CDS;3835;4350;;;
deb;;CDS;13821;14726;187;*;
;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt
fin;comp;CDS;15023;15913;;0;
deb;;CDS;124928;125338;275;*;
;;tRNA;125614;125702;20;*;tta
;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf
;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj
;;tRNA;125889;125977;22;*;tta
;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf
;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj
;;tRNA;126166;126254;21;*;tta
;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf
;;tRNA;126422;126510;21;*;tta
;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf
fin;;CDS;127272;129683;;;
deb;;CDS;138638;140143;307;*;
;;tRNA;140451;140525;234;*;aac
;;tRNA;140760;140834;439;*;aac
;;tRNA;141274;141348;299;*;aac
fin;;CDS;141648;143039;;;
deb;comp;CDS;144627;145649;548;*;
;;rRNA;146198;147709;140;*;16s
;;tRNA;147850;147925;3;*;gca
;;tRNA;147929;148005;111;*;atc
;;rRNA;148117;151030;70;*;23s
;;rRNA;151101;151217;5;*;5s
;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc
;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc
fin;;CDS;152059;153456;;0;
deb;;CDS;177450;178097;76;*;
;;tRNA;178174;178249;65;*;acc
fin;;CDS;178315;179508;;;
deb;;CDS;313730;316207;90;*;
;;tRNA;316298;316382;4;*;cta
;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg
fin;comp;CDS;316582;316986;;0;
deb;;CDS;402474;402953;125;*;
;;tRNA;403079;403154;17;*;cca
;;tRNA;403172;403245;149;*;gga
;;tRNA;403395;403471;6;*;aga
;;tRNA;403478;403553;16;*;cca
;;tRNA;403570;403643;35;*;gga
;;tRNA;403679;403755;5;*;aga
;;tRNA;403761;403836;3;*;cac
;;tRNA;403840;403914;7;*;caa
;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa
;;tRNA;404016;404100;5;*;cta
;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc
;;tRNA;404206;404279;5;*;gga
;;tRNA;404285;404360;57;*;aag
;;tRNA;404418;404492;7;*;caa
;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa
;;tRNA;404594;404678;5;*;cta
;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc
;;tRNA;404784;404857;46;*;gga
;;tRNA;404904;404980;325;*;cga
fin;;CDS;405306;405467;;;
deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc
;;rRNA;416312;417823;132;*;16s
;;tRNA;417956;418032;84;*;
;;rRNA;418117;421031;71;*;23s
;;tRNA;421103;421177;345;*;aac
fin;;CDS;421523;422449;;;
deb;;CDS;486264;486668;159;*;
;;tRNA;486828;486912;9;*;tac
;;tRNA;486922;486997;27;*;gta
;;tRNA;487025;487099;12;*;aca
;;tRNA;487112;487196;9;*;tac
;;tRNA;487206;487281;30;*;gta
;;tRNA;487312;487386;12;*;aca
;;tRNA;487399;487483;451;*;tac
fin;;CDS;487935;489110;;;
deb;;CDS;540067;540969;187;*;
;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg
fin;;CDS;541440;541820;;0;
deb;comp;CDS;541918;542985;252;*;
;;tRNA;543238;543312;354;*;
fin;;CDS;543667;544683;;;
deb;;CDS;772270;774093;262;*;
;;tmRNA;774356;774713;871;*;
fin;;CDS;775585;776133;;;
deb;;CDS;892419;893339;565;*;
;;rRNA;893905;895416;137;*;16s
;;tRNA;895554;895629;118;*;gca
;;rRNA;895748;898661;204;*;23s
;;rRNA;898866;898982;552;*;5s
fin;;CDS;899535;900446;;;
deb;;CDS;900798;902048;709;*;
;;rRNA;902758;904269;339;*;16s
;;rRNA;904609;907522;273;*;23s
;;rRNA;907796;907912;69;*;5s
fin;comp;CDS;907982;908449;;0;
deb;;CDS;951995;952630;97;*;
;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc
fin;;CDS;953210;954919;;;
deb;;CDS;1017389;1017694;70;*;
;;ncRNA;1017765;1018113;758;*;
fin;;CDS;1018872;1020263;;;
deb;;CDS;1646835;1647233;56;*;
;;ncRNA;1647290;1647483;182;*;
fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0;
deb;;CDS;1739334;1739933;380;*;
;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac
;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag
;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa
fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0;
deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*;
;;gene;1847876;1848058;588;*;
fin;;CDS;1848647;1849633;;;
deb;;CDS;1894180;1895406;34;*;
;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg
fin;;CDS;1896102;1896794;;;
deb;;CDS;2097496;2097915;727;*;
;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s
;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s
;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s
fin;;CDS;2104207;2104905;;;
deb;;CDS;2296804;2297472;104;*;
;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*;
fin;;CDS;2298150;2299064;;;
deb;;CDS;2305297;2306502;275;*;
;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*;
fin;;CDS;2307274;2308908;;0;
deb;;CDS;2339219;2340322;667;*;
;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s
;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s
;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac
;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s
fin;;CDS;2346520;2348088;;;
deb;;CDS;2351663;2352139;573;*;
;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s
;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s
;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac
;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s
fin;;CDS;2357903;2358316;;0;
deb;;CDS;2765706;2765873;282;*;
;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s
;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s
;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s
;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc
;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac
;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa
fin;;CDS;2772114;2774864;;;
deb;;CDS;3556683;3557051;565;*;
;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag
fin;comp;CDS;3558197;3558508;;;
deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*;
;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt
fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0;
deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*;
;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa
;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac
;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga
;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga
fin;;CDS;4259847;4260392;;;
deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*;
;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s
;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s
;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s
fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0;
deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*;
;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca
fin;;CDS;6162639;6163283;;0;
deb;;CDS;6165324;6165734;222;*;
;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc
;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s
fin;;CDS;6166343;6167074;;0;
deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*;
;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca
;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi
;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s
;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s
;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s
fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0;
deb;;CDS;6182670;6183419;190;*;
;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa
;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s
deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*;
;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa
;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s
;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s
;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s
fin;comp;CDS;6191091;6192203;;;
deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*;
;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s
;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s
;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s
;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s
;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s
;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s
fin;comp;CDS;6214382;6215329;;;
deb;;CDS;6256716;6257600;154;*;
;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*;
fin;comp;CDS;6258338;6258889;;;
deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*;
;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc
fin;comp;CDS;6306809;6307984;;;
deb;;CDS;6374512;6375684;125;*;
;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg
fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0;
deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*;
;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s
;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s
;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s
;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s
;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s
;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s
fin;comp;CDS;6404535;6405107;;;
deb;;CDS;6436810;6437790;192;*;
;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac
;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta
;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca
;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac
;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta
;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca
;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac
;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta
;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa
fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0;
deb;;CDS;6477551;6480031;501;*;
;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s
;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s
;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s
</pre>
====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
</pre>
====cbei intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
- t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
</pre>
====cbei intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
</pre>
====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
<pre>
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp;
deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp;
;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp;
;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp;
fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp;
deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp;
;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp;
fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp;
deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;;
;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;;
;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;;
;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp;
;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp;
;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;;
;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp;
;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp;
;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp;
;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp;
fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp;
deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp;
;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;;
;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp;
;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp;
deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp;
;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp;
;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp;
;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp;
;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp;
;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp;
;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp;
;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp;
fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp;
deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp;
;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp;
fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp;
deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp;
;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;;
;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp;
deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp;
;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp;
;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp;
;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;;
;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp;
;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp;
;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp;
;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp;
;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp;
;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp;
;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;;
;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp;
;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp;
;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp;
;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp;
;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp;
fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp;
deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp;
;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp;
;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp;
;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp;
fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp;
deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;<201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;<201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;<201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;<201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;<201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
</pre>
===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
</pre>
====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
<pre>
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
</pre>
====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
<pre>
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
</pre>
====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
<pre>
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
<pre>
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
</pre>
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
</pre>
====afn données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;;22;;aca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;;5;;tac
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;;3;;atgj
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;;6;;acc
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;;**;;atgf
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;;3;;aac
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;;8;;gaa
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;;atc;50;;gta
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;;11;;cca
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;;gca;8;;gga
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;;gca;**;;aga
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;;intra;30;;ctg
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;;atc gca;52;;ctc
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;;**;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;;18;;cac
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;;3;;caa
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;;16;;aaa
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;;**;;cta
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;;4;;gac
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;;8;;ttc
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;;9;;ggc
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;;;13;;tgc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;;;**;;tta
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;;;2;;gac
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;;;8;;ttc
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;;;9;;ggc
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;;;**;;tgc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;;;2;;gac
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;;;1;;ggc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;;;**;;tgg
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;;;6;;gta
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;;;8;;gaa
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;;;**;;aag
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;;12;;gag
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;;;111;;cag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;;;**;;cag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;;;;;
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;;;;;
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;;
</pre>
=====afn autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
<pre>
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
</pre>
====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
</pre>
====afn intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
- t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
</pre>
====afn intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
</pre>
14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
</pre>
====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
<pre>
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp
;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp
;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp
;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp
;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23;
;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp
;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp
;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp
;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70;
deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp
;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp
deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp
;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp
;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;;
deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
<pre>
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;<201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2 1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6 8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12 111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;<201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
<201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70%
</pre>
====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
</pre>
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
</pre>
===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
<pre>
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
</pre>
====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
<pre>
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
</pre>
====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
</pre>
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
<pre>
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
</pre>
==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
<pre>
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
</pre>
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
<pre>
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
</pre>
====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
<pre>
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
</pre>
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
</pre>
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;;8;;aca;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;;35;;tac;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;;**;;gga;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;;39;;cgg;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;;41;;cac;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;;58;;cca;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;;**;;cca;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;;1172;;tca;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;;atc;**;;tca;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;;52;;aca;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;;gca;539;;ttc;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;;gca;52;;aca;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;;gca;**;;ttc;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;;52;;aca;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;;gac;**;;ttc;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;;acc;21;;agc;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;;gac;30;;cgt;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;;32;;cgt;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;;acc;30;;cgt;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;;intra;33;;cgt;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;;atc gca;9;;cgt;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;;76;;agc;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;;35;;cgt;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;;9;;cgt;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;;**;;agc;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;;9* 37;;gta;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;;39;;gta;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;;**;;gta;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;;;;;;80;;gcc;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;;;;;;11* 102;;gaa;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;;;;;;253;;gaa;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;;;;;;47;;gaa;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;;;;;;**;;gcc;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;;;;;;3* 40;;atgf;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;;;;;;**;;atgf;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;;;;;;13;;ggc;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;;;;;;85;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;;;;;**;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;;;;;;13;;ggc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;;;;;;95;;tgc;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;;634;;tta;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;;;;;;95;;tgc;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;;479;;tta;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;;132;;tgc;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;**;;tta;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;;189;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;;45;;atgf;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;;2;;gtc;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;;35;;atgf;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;gtc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;30;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;85;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
</pre>
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*;
;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
fin;;CDS;1930887;1931621;;;
deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
fin;comp;CDS;2143485;2145269;;;
deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
;;regulatory;2226508;2226638;52;*;
fin;;CDS;2226691;2228829;;;
deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*;
;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*;
;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca
fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc
;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc
;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta
fin;;CDS;2380631;2381200;;;
deb;;CDS;2548825;2550261;595;*;
;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca
fin;comp;CDS;2558294;2559073;;;
deb;;CDS;2716829;2717467;98;*;
;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc
fin;comp;CDS;2717834;2719828;;;
deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*;
;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
fin;comp;CDS;2760829;2762043;;;
deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac
;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*;
;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac
;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*;
fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0;
deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*;
;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
fin;comp;CDS;2930138;2931472;;;
deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*;
;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0;
deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*;
;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*;
;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
deb;;CDS;4051244;4051564;82;*;
;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
fin;comp;CDS;4052080;4052250;;;
deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
</pre>
====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
</pre>
====spl intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
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</pre>
====spl intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
<pre>
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</pre>
*14.8.21 Paris
<pre>
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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</pre>
====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
<pre>
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</pre>
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
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</pre>
===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
<pre>
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
</pre>
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
<pre>
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
</pre>
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
<pre>
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
</pre>
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
</pre>
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;aa;c;x;hors bloc;c;x;hors bloc
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;;35;;gac;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;;**;;tgg;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;;2* 68;;tgg;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;;**;;gac;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;;gcc;;;;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;;atc;;;;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;;gaa;;;;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;;;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;;gca;;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;;gaa;;;;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;;gta;;;;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;;gta;;;;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;;;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;;gac;;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;;gac;;;;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;;acc;;;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;;tca;;;;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;;;;;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;;acc;;;;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;;;;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;;gaa;;;;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;;aaa;;;;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;;gta;;;;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;;gcc;;;;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;;gaa;;;;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;;gca;;;;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;;atc;;;;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;;gta;;;;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;;gca;;;;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;;aaa;;;;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;;gaa;;;;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;;gca;;;;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;;atc;;;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;;gta;;;;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;;aaa;;;;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;;gaa;;;;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;;73;;tgc
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;;**;;tta
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;;gaa;73;;tgc
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;;**;;tta
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;;gta;3;;ggc
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;;**;;tgc
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;;tca;;;
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;;gaa;;;
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;;aaa;;;
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;;gca;;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;;gta;;;
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;;
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;;;;
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;;;;
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;;;;
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;;;;
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;;
</pre>
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
</pre>
=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
</pre>
===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
<pre>
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
</pre>
====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
<pre>
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
</pre>
====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
<pre>
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
</pre>
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
</pre>
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;;atc;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;;atc;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;;gaa;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;;gca;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;;gac;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;;acc;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;;intra;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;;atc gca;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;;contig;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;;tgg;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;;gac;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;**;;tta
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;;
</pre>
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
fin;comp;CDS;193623;194339;;0;
deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
;;tRNA;219063;219144;212;*;tac
;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
fin;comp;CDS;280503;280757;;0;
deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
;;misc_f;304338;304432;-72;*;
;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
fin;comp;CDS;313805;314563;;;
deb;comp;CDS;316137;316262;245;*;
;;gene;316508;316948;113;*;
fin;comp;CDS;317062;318312;;1;
deb;;CDS;332934;333359;-426;*;
;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
deb;comp;CDS;411963;412901;233;*;
;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc
fin;comp;CDS;413496;414182;;;
deb;;CDS;422060;426022;39;*;
;comp;gene;426062;426701;264;*;
fin;;CDS;426966;427097;;;
deb;comp;CDS;461328;462446;441;*;
;;tRNA;462888;462972;601;*;tca
fin;comp;CDS;463574;463717;;0;
deb;;CDS;463890;464255;-366;*;
;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
deb;comp;CDS;488610;488825;294;*;
;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga
;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*;
;comp;gene;523850;524032;-4;*;
fin;comp;CDS;524029;524454;;;
deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
fin;comp;CDS;548345;552805;;;
deb;;CDS;590349;590696;-348;*;
;;mobile_el;590349;592284;-1539;*;
fin;;CDS;590746;592284;;0;
deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*;
;;repeat_reg;606309;606328;-20;*;
;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
fin;comp;CDS;607804;608298;;0;
deb;;CDS;614451;614669;479;*;
;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc
fin;;CDS;615518;615646;;0;
deb;;CDS;625353;625628;-276;*;
;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
fin;;CDS;625547;626050;;;
deb;comp;CDS;660139;661350;273;*;
;;gene;661624;662214;34;*;
fin;comp;CDS;662249;662533;;0;
deb;;CDS;664227;664940;-14;*;
;comp;gene;664927;666254;7;*;
fin;comp;CDS;666262;668610;;;
deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*;
;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*;
fin;comp;CDS;731144;731419;;0;
deb;comp;CDS;747736;748551;79;*;
;comp;gene;748631;749979;68;*;
fin;comp;CDS;750048;750362;;0;
deb;comp;CDS;756185;756652;170;*;
;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa
;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta
;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa
fin;comp;CDS;757458;758249;;;
deb;;CDS;782199;782768;47;*;
;;gene;782816;785265;13;*;
fin;;CDS;785279;786010;;;
deb;comp;CDS;797253;797513;3;*;
;comp;gene;797517;798173;1830;*;
fin;comp;CDS;800004;803876;;;
deb;;CDS;832389;834305;223;*;
;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj
;;tRNA;834613;834694;26;*;cta
;;tRNA;834721;834792;37;*;caa
;;tRNA;834830;834901;18;*;caa
;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj
;;tRNA;835045;835116;35;*;cag
;;tRNA;835152;835223;156;*;cag
fin;comp;CDS;835380;836555;;0;
deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*;
;comp;gene;850452;851159;103;*;
fin;;CDS;851263;851817;;0;
deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*;
;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*;
fin;comp;CDS;958041;958406;;;
deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*;
;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*;
deb;comp;CDS;960106;960453;867;*;
;;gene;961321;961434;545;*;
fin;;CDS;961980;962675;;;
deb;;CDS;966714;967040;-327;*;
;;mobile_el;966714;967930;-894;*;
;;gene;967037;967156;84;*;
;;gene;967241;967930;273;*;
fin;;CDS;968204;968368;;;
deb;;CDS;968555;968701;256;*;
;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga
fin;;CDS;969280;969912;;0;
deb;;CDS;1004964;1006640;32;*;
;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*;
;;misc_f;1006673;1006819;-122;*;
;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*;
;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*;
;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*;
;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*;
fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0;
deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*;
;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*;
fin;comp;CDS;1033173;1033523;;;
deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*;
;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*;
fin;;CDS;1123029;1123934;;1;
deb;;CDS;1143090;1144676;107;*;
;comp;gene;1144784;1144987;240;*;
fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0;
deb;;CDS;1146049;1146696;709;*;
;comp;gene;1147406;1148787;9;*;
fin;comp;CDS;1148797;1149747;;;
deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*;
;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*;
fin;;CDS;1173028;1174566;;;
deb;;CDS;1177520;1178338;1243;*;
;;gene;1179582;1179752;41;*;
deb;comp;CDS;1179794;1180537;535;*;
;;gene;1181073;1182912;-1531;*;
deb;;CDS;1181382;1181747;-366;*;
;;mobile_el;1181382;1182610;-906;*;
fin;;CDS;1181705;1182610;;;
deb;;CDS;1183247;1186789;359;*;
;comp;gene;1187149;1187571;12;*;
deb;comp;CDS;1187584;1188423;-840;*;
;comp;mobile_el;1187584;1188752;-303;*;
fin;comp;CDS;1188450;1188752;;;
deb;;CDS;1191235;1192398;17;*;
;comp;tRNA;1192416;1192488;114;*;acg
fin;comp;CDS;1192603;1193856;;;
deb;comp;CDS;1206541;1207404;12;*;
;comp;gene;1207417;1208120;20;*;
fin;comp;CDS;1208141;1208605;;;
deb;comp;CDS;1220100;1220765;82;*;
;comp;gene;1220848;1221270;186;*;
fin;;CDS;1221457;1222881;;0;
deb;comp;CDS;1268423;1269088;437;*;
;comp;tRNA;1269526;1269599;132;*;gac
fin;comp;CDS;1269732;1270472;;0;
deb;comp;CDS;1276071;1276874;165;*;
;comp;tRNA;1277040;1277113;52;*;gac
;comp;rRNA;1277166;1277285;169;*;120
;comp;rRNA;1277455;1280377;186;*;2923
;comp;tRNA;1280564;1280636;45;*;gca
;comp;tRNA;1280682;1280755;70;*;atc
;comp;rRNA;1280826;1282367;364;*;1542
fin;comp;CDS;1282732;1283304;;0;
deb;comp;CDS;1465720;1466553;419;*;
;;gene;1466973;1468487;30;*;
fin;;CDS;1468518;1469660;;;
deb;comp;CDS;1480677;1481042;22;*;
;comp;gene;1481065;1481979;65;*;
fin;comp;CDS;1482045;1482995;;;
deb;;CDS;1544994;1546253;128;*;
;comp;gene;1546382;1546600;181;*;
fin;comp;CDS;1546782;1547699;;;
deb;;CDS;1554556;1554981;-426;*;
;;mobile_el;1554556;1556972;-1995;*;
fin;;CDS;1554978;1555328;;;
deb;comp;CDS;1561637;1562476;-840;*;
;comp;mobile_el;1561637;1562805;-303;*;
fin;comp;CDS;1562503;1562805;;;
deb;;CDS;1566010;1567041;189;*;
;;tRNA;1567231;1567314;31;*;ctg
;;tRNA;1567346;1567429;35;*;ctg
;;tRNA;1567465;1567548;41;*;ctg
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deb;;CDS;1589588;1591177;-4;*;
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</pre>
===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
<pre>
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;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
</pre>
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
<pre>
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
</pre>
====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
<pre>
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903]
</pre>
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
<pre>
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
</pre>
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
</pre>
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;;37;;cag
0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;;47;;cag
0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;;gaa;34;;caa
0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;;atc;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;;gaa;9;;cta
0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;;gaa;135;;aaa
0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;;gca;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;;gaa;149;;aaa
0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;;gca;3;;gta
0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;;acc;132;;aaa
0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;;gac;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;;acc;**;;tac
0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;;intra;4;;gtc
0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;;atc gca;**;;gtc
0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;;;**;;ggc
0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;;;39;;ggc
0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;;;**;;aaa
0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;;;198;;cgt
0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;;;3;;cgt
0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;;;33;;atgf
0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;;;**;;atgf
0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;;;;;**;;tgg
0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;;;;;57;;cgg
0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;;;;;20;;cac
0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;;;;;42;;ctg
4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;;;;;**;;cca
28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;36;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;;;**;;ctg
</pre>
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
fin;comp;CDS;239419;240189;;;
deb;;CDS;247637;248134;223;;
;comp;gene;248358;250070;1;*;
;;gene;250072;250827;70;*;
fin;;CDS;250898;251953;;;
deb;;CDS;252709;253161;305;;
;;gene;253467;253733;-32;*;
;;gene;253702;254202;56;*;
fin;comp;CDS;254259;255716;;;
deb;;CDS;256527;257771;57;;
;;misc_f;257829;257899;8;*;
;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*;
fin;comp;CDS;257923;258426;;;
deb;comp;CDS;258345;258620;55;;
;;misc_f;258676;259006;38;*;
fin;comp;CDS;259045;260100;;;
deb;;CDS;261503;262756;114;;
;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg
;;misc_f;262898;297205;-34056;*;
;comp;gene;263150;263212;115;*;
fin;comp;CDS;263328;263669;;;
deb;comp;CDS;266110;266553;-1;;
;comp;gene;266553;266774;1;*;
;comp;gene;266776;266967;216;*;
fin;comp;CDS;267184;268005;;;
deb;comp;CDS;269289;270182;23;;
;;mobile_el;270206;270540;-263;*;
;;misc_f;270278;270540;0;*;
;;mobile_el;270541;271761;-1159;*;
deb;;CDS;270603;271754;7;;
;;mobile_el;271762;272190;-427;*;
;;misc_f;271764;272190;389;*;
;;ncRNA;272580;272654;192;*;
deb;;CDS;272847;273992;-38;;
;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*;
fin;comp;CDS;274101;275081;;;
deb;comp;CDS;277756;278802;11;;
;comp;gene;278814;279162;0;*;
;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*;
fin;comp;CDS;279178;279681;;;
deb;comp;CDS;279600;279875;55;;
;;gene;279931;280104;-174;*;
;;mobile_el;279931;280111;2;*;
;comp;gene;280114;280362;-249;*;
;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*;
fin;comp;CDS;280385;280735;;;
deb;;CDS;290510;290638;-5;;
;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*;
fin;comp;CDS;290649;291152;;;
deb;comp;CDS;313141;313242;473;;
;comp;gene;313716;313805;551;*;
;;gene;314357;315244;-16;*;
;;mobile_el;315229;316483;-1193;*;
fin;;CDS;315291;315590;;;
deb;;CDS;315587;316453;-4;;
;comp;gene;316450;317136;302;*;
;;gene;317439;317567;158;*;
fin;comp;CDS;317726;318319;;;
deb;comp;CDS;380069;380842;1;;
;comp;misc_f;380844;381260;-1;*;
;;mobile_el;381260;382590;-1240;*;
fin;;CDS;381351;381716;;;
deb;;CDS;381674;382579;11;;
;comp;misc_f;382591;382872;-134;*;
fin;comp;CDS;382739;383935;;;
deb;comp;CDS;388753;389727;523;;
;;misc_f;390251;391708;-117;*;
deb;comp;CDS;391592;391648;60;;
;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*;
fin;comp;CDS;391739;392605;;;
deb;comp;CDS;392602;392901;68;;
;;misc_f;392970;394418;87;*;
fin;;CDS;394506;395129;;;
deb;;CDS;408177;408461;147;;
;;gene;408609;408950;-4;*;
fin;;CDS;408947;409030;;;
deb;comp;CDS;475982;476371;76;;
;;ncRNA;476448;476561;110;*;
fin;;CDS;476672;477025;;;
deb;comp;CDS;506603;507082;121;;
;;ncRNA;507204;507287;-2;*;
fin;comp;CDS;507286;508080;;;
deb;;CDS;527581;527949;-1;;
;;gene;527949;528659;-20;*;
;;gene;528640;529130;366;*;
;;gene;529497;529592;52;*;
fin;comp;CDS;529645;530016;;;
deb;;CDS;533011;533826;-198;;
;;ncRNA;533629;533863;52;*;
fin;;CDS;533916;535697;;;
deb;comp;CDS;563848;564480;242;;
;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga
;;misc_f;564755;586056;-21242;*;
deb;comp;CDS;564815;565978;-121;;
;comp;gene;565858;566079;18;*;
;comp;gene;566098;566361;14;*;
;;gene;566376;566687;-4;*;
;;misc_f;566684;566776;0;*;
;;mobile_el;566777;568034;-1193;*;
fin;;CDS;566842;567141;;;
deb;;CDS;567138;568004;30;;
;;misc_f;568035;568247;67;*;
fin;;CDS;568315;568647;;;
deb;;CDS;573956;574339;189;;
;comp;misc_f;574529;574586;4;*;
;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*;
deb;comp;CDS;574737;575717;68;;
;comp;misc_f;575786;576825;572;*;
fin;;CDS;577398;577613;;;
deb;;CDS;580834;581379;-26;;
;;gene;581354;581662;-129;*;
deb;;CDS;581534;582097;54;;
;comp;gene;582152;582806;68;*;
fin;;CDS;582875;583060;;;
deb;comp;CDS;606265;607383;349;;
;comp;ncRNA;607733;607792;43;*;
deb;;CDS;607836;607988;18;;
;;mobile_el;608007;609351;-1287;*;
fin;;CDS;608065;609177;;;
deb;comp;CDS;657555;657938;92;;
;;gene;658031;658818;128;*;
fin;;CDS;658947;659150;;;
deb;comp;CDS;685929;686669;11;;
;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*;
deb;comp;CDS;686839;687747;103;;
;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*;
fin;comp;CDS;687997;688977;;;
deb;;CDS;695101;696276;153;;
;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag
;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag
;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj
;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa
;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa
;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta
;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj
fin;comp;CDS;697513;699177;;;
deb;;CDS;706093;707757;478;;
;;ncRNA;708236;708333;0;*;
fin;;CDS;708334;709740;;;
deb;;CDS;715412;715906;40;;
;comp;gene;715947;716597;123;*;
;comp;gene;716721;716870;75;*;
fin;comp;CDS;716946;718265;;;
deb;;CDS;733776;734102;117;;
;;gene;734220;735653;-4;*;
fin;;CDS;735650;736219;;;
deb;;CDS;736445;736699;200;;
;;gene;736900;737961;130;*;
fin;;CDS;738092;738853;;;
deb;;CDS;764180;765049;0;;
;;ncRNA;765050;765150;2;*;
fin;comp;CDS;765153;765875;;;
deb;;CDS;779598;780389;164;;
;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa
;;tRNA;780765;780840;2;*;gta
;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa
;;tRNA;781068;781143;3;*;gta
;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa
;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa
;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa
fin;;CDS;782085;783128;;;
deb;;CDS;836351;837436;-2;;
;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*;
fin;;CDS;837503;837562;;;
deb;comp;CDS;851014;852597;127;;
;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*;
fin;comp;CDS;852869;852997;;;
deb;;CDS;887423;887959;19;;
;comp;ncRNA;887979;888057;76;*;
fin;comp;CDS;888134;889819;;;
deb;;CDS;923264;925540;343;;
;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc
fin;comp;CDS;926225;926443;;;
deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;;
;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca
fin;;CDS;1032139;1033257;;;
deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;;
;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*;
fin;;CDS;1049833;1050108;;;
deb;;CDS;1079305;1080813;542;;
;;gene;1081356;1082185;57;*;
fin;;CDS;1082243;1083370;;;
deb;;CDS;1092876;1094234;10;;
;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*;
fin;comp;CDS;1094275;1095141;;;
deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;;
;;gene;1095544;1095846;-4;*;
deb;;CDS;1095843;1096829;735;;
;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc
fin;;CDS;1097886;1098824;;;
deb;;CDS;1140033;1140986;-1;;
;;ncRNA;1140986;1141063;118;*;
fin;comp;CDS;1141182;1144367;;;
deb;comp;CDS;1146011;1146595;-7;;
;;ncRNA;1146589;1146757;36;*;
fin;;CDS;1146794;1147315;;;
deb;;CDS;1169073;1169330;-28;;
;;ncRNA;1169303;1169402;9;*;
fin;comp;CDS;1169412;1170374;;;
deb;;CDS;1195123;1196373;-165;;
;;misc_f;1196209;1211412;-14702;*;
;;ncRNA;1196711;1196782;84;*;
fin;comp;CDS;1196867;1197532;;;
deb;;CDS;1203822;1204160;9;;
;;gene;1204170;1204403;-234;*;
deb;;CDS;1204170;1205537;-1137;;
;;gene;1204401;1205537;11;*;
fin;;CDS;1205549;1205731;;;
deb;;CDS;1205731;1206204;-74;;
;;gene;1206131;1206922;-10;*;
fin;;CDS;1206913;1207497;;;
deb;comp;CDS;1208517;1209119;-1;;
;comp;gene;1209119;1209655;29;*;
fin;;CDS;1209685;1210239;;;
deb;;CDS;1210346;1211179;233;;
;;gene;1211413;1211577;102;*;
fin;comp;CDS;1211680;1212003;;;
deb;;CDS;1218983;1219201;399;;
;;gene;1219601;1222248;56;*;
fin;comp;CDS;1222305;1222634;;;
deb;;CDS;1223264;1223449;114;;
;;gene;1223564;1223907;371;*;
fin;comp;CDS;1224279;1224545;;;
deb;;CDS;1238879;1239949;238;;
;;mobile_el;1240188;1240289;-30;*;
fin;;CDS;1240260;1240463;;;
deb;comp;CDS;1269168;1269275;47;;
;;ncRNA;1269323;1269389;313;*;
deb;comp;CDS;1269703;1269810;47;;
;;ncRNA;1269858;1269923;314;*;
deb;comp;CDS;1270238;1270345;47;;
;;ncRNA;1270393;1270460;288;*;
fin;comp;CDS;1270749;1271849;;;
deb;;CDS;1277957;1279348;-12;;
;;ncRNA;1279337;1279520;343;*;
fin;;CDS;1279864;1283607;;;
deb;;CDS;1286709;1286984;81;;
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;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg
;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*;
;;gene;4496750;4497940;240;*;
;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*;
fin;;CDS;4498272;4498637;;;
deb;;CDS;4498595;4499500;92;;
;comp;gene;4499593;4500791;468;*;
deb;;CDS;4501260;4501589;500;;
;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*;
fin;comp;CDS;4502103;4503431;;;
deb;;CDS;4506448;4506573;52;;
;comp;gene;4506626;4506856;4;*;
;;gene;4506861;4507109;15;*;
;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
</pre>
====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
</pre>
====eco intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
- t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
</pre>
====eco intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
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</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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</pre>
====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
</pre>
====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
<pre>
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;<201;10
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6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;<201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5
;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29%
;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;<201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
</pre>
===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
> comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
<;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
<;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
>;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
< comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
<> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
< comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
<;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
>;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
<;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
>;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
>;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
< comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
< comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
>;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
</pre>
====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
<pre>
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
</pre>
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
<pre>
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
</pre>
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
</pre>
====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
<pre>
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;>;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
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;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;;
;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;> comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
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;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;;
;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
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;;;°gtc;;;;;;<;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;<;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;1991914..1991987;tgc;54;;;;;comp;2116754..2116827;tgc;53;;;;;;;;;;
;comp;1992042..1992117;ggc;151;;;;;comp;2116881..2116956;ggc;151;;;;;;;;;;
;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2043468..2043557;tcg;93;;;;;comp;2192566..2192655;tcg;93;;;;;;;;;;
;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466309..2466383;agg;161;;;;;;2718788..2718862;agg;437;;;;;;;;;;
;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
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;comp;2518041..2518116;°gcc;39;;;;;comp;2771255..2771330;°gcc;220;;;;;comp;5322306..5322381;°gcc;220;;
;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco22;comp;2519257..2520672;cds;258;472;@Glu ligase;;ecoN22;comp;2772355..2773770;CDS;258;472;@Glu ligase;;;ecoN;;;;;
;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;<;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
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;comp;2521593..2522477;cds;;295; @XapR;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2726281..2729184;$23s;184;&2904;;;;comp;2961026..2965477;$23s;184;&4452;;;;;;;;;
;comp;2729369..2729444;gaa;171;;;;;comp;2965662..2965737;gaa;431;;;;;;;;;;
;comp;2729616..2731157;$16s;442;&1542;;;;comp;2966169..2967720;$16s;441;&1552;;;;;;;;;
;comp;2731600..2734173;cds;;858;@ClpB;;;comp;2968162..2970735;CDS;;858;@ClpB dep;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
;comp;2818553..2818645;agc;315;;;;;comp;3028693..3028785;agc;315;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3670886..3670962;atgf;347;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
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;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3423423..3423542;$5s;37;&120;;;;comp;3785374..3785489;$5s;39;&116;;;;;;;;;
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;comp;3423668..3423787;$5s;92;&120;;;;comp;3785620..3785735;$5s;777;&116;;;;;;;;;
;comp;3423880..3426783;$23s;174;&2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco36;comp;3706098..3707705;cds;567;536;@dip ABC;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;3708273..3708306;rpr;16;&34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
;;3836425..3836556;pseudo;396;&132;p-yicT;;;;4207641..4207735;tga;[300;;;;ok;comp;5254171..5254249;tga;[292;;
;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;>;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;>;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco38;comp;3940635..3941327;cds;480;231;%pu-tr YieP;;ecoN38;comp;4338643..4339335;CDS;479;231;%FadR tr ;;;;;;;;
;;3941808..3943349;$16s;85;&1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;> comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;> comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&1255;
eco40;;4034608..4035153;cds;377;182;@porphyrine O;;ecoN40;;4460971..4461516;CDS;377;182;@porphyrine M;;;< comp;5362140..5363543;CDS;;468;(IS66
;;4035531..4037072;$16s;68;&1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;>;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;< comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&1189;;;;<;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;< comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
</pre>
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
<pre>
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
</pre>
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;hors bloc
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;;8;;gac;37;;cag
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;;**;;tgg;48;;cag
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;;1472;;gaa;15;;atgj
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;;gaa;42;;atc;34;;caa
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;;gaa;2351;;atc;23;;caa
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;;gaa;**;;gaa;10;;cta
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;;atc;42;;gca;**;;atgj
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;;**;;atc;35;;aaa
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;;gca;;;;2;;gta
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;;;51;;aaa
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;;gaa;;;;3;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;;gaa;;;;48;;aaa
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;;gaa;;;;33;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;;gca;;;;**;;aaa
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;;;33;;tac
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;;;**;;tac
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;;gac;;;;4;;gtc
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;;acc;;;;**;;gtc
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;;gac;;;;4;;gtc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;;;**;;gtc
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;;acc;;;;4;;gtc
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;;acc;;;;**;;gtc
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;;gaa;;;;12;;tta
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;;gaa;;;;53;;tgc
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;;intra;;;;**;;ggc
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;;atc gca;;;;39;;gcc
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;;;**;;gcc
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;;;43;;gta
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;;;46;;gta
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;;;4;;gta
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;;;**;;aaa
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;;;63;;cgt
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;;;;;;62;;cgt
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;;;;;;62;;cgt
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;;;;;;64;;cgt
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;;;;;;3;;cgt
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;;;;;;**;;agc
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;;;;;;33;;atgf
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;;;;;;33;;atgf
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;;;;;;**;;atgf
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;;;;;;58;;cgg
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;;;;;;20;;cac
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;;;;;;42;;ctg
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;;;;;;**;;cca
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;;;;;;8;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;;;;;;116;;tac
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;;;;;6;;gga
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;;;;;;**;;acc
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;;;;;;36;;ggc
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;;;35;;ggc
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;;;;;;**;;ggc
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;34;;ctg
;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;**;;ctg
;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;;;39;;gcc
;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;39;;gcc
;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;;;**;;gcc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;gta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ctg
</pre>
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ecoN;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;231864;232436;365;*;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac
fin;;CDS;237812;238615;;1;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg
fin;;CDS;368927;369265;;0;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;
fin;;CDS;556537;556890;;0;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj
fin;comp;CDS;735603;737267;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa
fin;;CDS;809315;810358;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc
fin;comp;CDS;953030;953248;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca
fin;;CDS;1048604;1049722;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc
fin;;CDS;1215296;1216234;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc
fin;;CDS;1217586;1218524;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc
fin;;CDS;1835151;1835456;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc
fin;;CDS;2234179;2235096;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc
fin;;CDS;2771551;2771910;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf
fin;;CDS;3159575;3160075;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc
fin;;CDS;3342134;3343399;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf
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deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc
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;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc
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;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc
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;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa
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;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg
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deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc
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;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s
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;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc
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deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s
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;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s
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;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg
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;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;
</pre>
===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
<pre>
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
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comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
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;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
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;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
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;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
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;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
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;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
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;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
</pre>
====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
<pre>
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
</pre>
====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
<pre>
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;<u>86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;<u>371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
</pre>
====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
</pre>
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;;158;;atgf
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;;35;;ggc
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;;35;;ggc
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;;18;;ggc
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;;39;;atgf
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;;90;;ggc
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;;atc;39;;atgf
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;;atc;18;;ggc
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;;gaa;39;;atgf
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;;gaa;18;;ggc
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;;gcc;39;;atgf
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;;**;;ggc
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;;gca;13;;acc
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;;gta;35;;gga
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;;gca;52;;tac
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;;gca;**;;aca
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;;gta;35;;cgg
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;;gaa;76;;cac
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;;46;;cca
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;;gac;64;;cac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;;gac;**;;cca
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;;gac;54;;cta
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;;tca;46;;caa
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;;acc;21;;cta
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;;18;;cta
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;;acc;23;;atgj
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;;intra;70;;cta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;;gca;79;;atgj
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;;atc;31;;caa
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;;gta;39;;cta
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;;aaa;**;;atgj
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;;gaa;100;;tac
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;;gaa;100;;tac
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;;aaa;100;;tac
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;;gca;**;;tac
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;;gta;46;;gtc
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;;gcc;**;;gtc
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;;gaa;11;;ggc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;;contig;78;;tta
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;;tgg;37;;ggc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;;gac;**;;tgc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;;gac;56;;atgf
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;;tgg;**;;ctc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;;59;;cgt
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;57;;cgt
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;;;;;;85;;cgt
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;;;;;;29;;agc
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;;;31;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;43;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;42;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;21;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
</pre>
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
</pre>
====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;;97;;tta
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;;5;;ggc
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;;gaa;**;;tgc
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;;53;;tta
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;;gta;181;;tgc
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;;**;;tgc
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;;tca;;;
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;;gta;;;
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;;gca;;;
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;;aaa;;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;;gaa;;;
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;;
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;;
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;;;;;
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;;;;;
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;;;;;
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;;
</pre>
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
</pre>
===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
<pre>
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
< comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
</pre>
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
<pre>
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
</pre>
====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
<pre>
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
</pre>
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
</pre>
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
<pre>
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
fin;;CDS;3024018;3027455;;0;
deb;;CDS;3044891;3045361;133;*;
;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
fin;;CDS;3045965;3046882;;;
deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
fin;;CDS;3054079;3054915;;0;
deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
fin;;CDS;3269003;3269752;;0;
deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*;
;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
deb;;CDS;3290470;3291624;50;*;
;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
deb;;CDS;3334670;3335758;230;*;
;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
</pre>
====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;;atc;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;;gaa;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;;gaa;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;;gaa;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;;gaa;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;;gca;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;;gaa;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;;gaa;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;;gaa;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;;gaa;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;;gac;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;;acc;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;;gac;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;;gac;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;;acc;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;;intra;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;;atc;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;;gca;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;;;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;;;;;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;;;;;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;;;;;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;;;;;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;;;101;;atgf;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====amed autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
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deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
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;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
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;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
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;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
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fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
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;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
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deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
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;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
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;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
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;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
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;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
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fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
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;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
</pre>
===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
<pre>
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
</pre>
====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
<pre>
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
</pre>
====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
</pre>
====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
</pre>
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
<pre>
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
</pre>
==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
<pre>
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
</pre>
====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
<pre>
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
</pre>
====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
</pre>
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;hors bloc
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;;;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;;;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;;;60;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;;;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;;;1051;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;;;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;;;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;;;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;;;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;;;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;;;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;;;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;;
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;;
12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;;
16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;;
</pre>
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;
</pre>
====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
</pre>
====rtb intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
- t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
</pre>
====rtb intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
</pre>
====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
<pre>
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp
; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp
fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp
deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;;
; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382;
fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009;
deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;;
; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp
fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145;
deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;;
; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp
fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp
deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;;
; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951;
fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945;
deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp
; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp
fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp
deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp
23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp
5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp
fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp
deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585;
; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17;
fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;;
deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191;
; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp
fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;;
deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14;
; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152;
fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;;
deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp
; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp
; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp
fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp
</pre>
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
<pre>
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;<201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;<201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;<201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
</pre>
===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
<pre>
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
</pre>
====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
<pre>
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
</pre>
====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
</pre>
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;;;;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;;;;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;;;;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;;;;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;;;;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;;;;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;;;;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;;;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;;;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;;
</pre>
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
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;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
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;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
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;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
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;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
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;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
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deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
</pre>
===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
<pre>
;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
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comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
<>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
>;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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>comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;*
;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
;685835..686251;;cds;;;;;;139;;NUDIX hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;*
;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;*
comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;*
comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;*
;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;*
comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;*
comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;*
;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
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comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;*
comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;*
comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;*
;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;*
;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;*
;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;*
comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;*
< comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;*
comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;*
;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;*
;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;*
comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
<comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;*
comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;*
;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;*
comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;*
comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;*
comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;*
comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;*
comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;*
;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;*
;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;*
comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;*
comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;*
comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;*
comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;*
comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;*
comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;*
;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;*
;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;*
;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;*
comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;*
comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;*
comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;*
;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;*
;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;*
;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;*
;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;*
comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;*
comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;*
comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;*
;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;*
;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;*
;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
<;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;*
comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;*
comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
>;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
>;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
< comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
<;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
<comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
</pre>
====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
<pre>
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
</pre>
====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
<pre>
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
</pre>
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>.
<pre>
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;>;2768823..2769518;;cds;-12;232;&methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;;b8;;<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;>;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;<u>1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;<u>1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;<u>1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
</pre>
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
</pre>
====rpm données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;;atc;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;;atc;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;;atc;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;;atgf;23;;ggc
2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;;atgf;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;;atgf;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;;atgf;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;;;51;;atgf;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;;;;;;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;;;;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;;;;;;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;;;;;;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;;;;;;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;;;;;;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;;;;;;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;;;70;;gcg
4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;;;33;;gcg
35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;;;153;;ctg
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;;;47;;ctg
;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;;;**;;ctg
;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;;
</pre>
=====rpm autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rpm;;;;
deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
;;tRNA;468906;468982;125;atgf
fin;;CDS;469108;469863;;
deb;comp;CDS;534521;536161;367;
;;tRNA;536529;536603;92;acg
fin;comp;CDS;536696;537778;;
deb;;CDS;619174;620157;82;
;;regulatory;620240;620316;45;
fin;;CDS;620362;621558;;
deb;comp;CDS;658467;658931;110;
;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc
deb;;CDS;659272;660159;106;
;;tRNA;660266;660340;648;gtc
fin;comp;CDS;660989;661800;;
deb;comp;CDS;684188;685114;350;
;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg
;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg
fin;;CDS;685835;686251;;
deb;comp;CDS;691078;691803;-14;
;;misc_f;691790;691887;82;
;;rRNA;691970;692084;114;115
fin;comp;CDS;692199;694505;;
deb;;CDS;750262;751398;161;
;comp;rRNA;751560;751674;82;115
;comp;misc_f;751757;752004;598;
;;repeat_region;752603;752814;388;
fin;;CDS;753203;753760;;
deb;comp;CDS;839402;839962;163;
;comp;misc_f;840126;840415;631;
fin;comp;CDS;841047;844388;;
deb;;CDS;874585;875391;88;
;;tRNA;875480;875556;81;cac
fin;;CDS;875638;876117;;
deb;;CDS;885688;886299;176;
;;tRNA;886476;886552;144;ccc
fin;comp;CDS;886697;887233;;
deb;;CDS;932708;934243;93;
;comp;tRNA;934337;934413;35;cgt
;comp;tRNA;934449;934525;44;cgt
;comp;tRNA;934570;934646;449;cgt
fin;;CDS;935096;936175;;
deb;comp;CDS;978995;979396;138;
;comp;tRNA;979535;979609;23;ggc
;comp;tRNA;979633;979707;45;ggc
;comp;tRNA;979753;979827;29;ggc
;comp;tRNA;979857;979931;206;ggc
fin;;CDS;980138;981679;;
deb;;CDS;997575;997898;95;
;comp;tRNA;997994;998067;54;cag
;comp;tRNA;998122;998195;168;cag
fin;;CDS;998364;999509;;
deb;comp;CDS;1016768;1017427;130;
;comp;regulatory;1017558;1017770;123;
fin;comp;CDS;1017894;1019260;;
deb;;CDS;1050081;1051028;60;
;comp;tRNA;1051089;1051163;16;acc
;comp;tRNA;1051180;1051254;18;acc
;comp;tRNA;1051273;1051347;170;acc
fin;comp;CDS;1051518;1052885;;
deb;;CDS;1197836;1199341;197;
;;tRNA;1199539;1199623;126;cta
fin;;CDS;1199750;1201090;;
deb;;CDS;1206196;1206501;93;
;;tRNA;1206595;1206670;50;gta
fin;;CDS;1206721;1207092;;
deb;comp;CDS;1349719;1350132;81;
;comp;misc_f;1350214;1350534;286;
;comp;tRNA;1350821;1350897;129;atc
;comp;misc_f;1351027;1351159;11;
;comp;misc_f;1351171;1351556;-2;
fin;comp;CDS;1351555;1351782;;
deb;;CDS;1359745;1360302;176;
;;tRNA;1360479;1360555;37;gac
;;tRNA;1360593;1360669;274;gac
fin;;CDS;1360944;1361204;;
deb;;CDS;1416615;1417769;214;
;;tRNA;1417984;1418074;154;tcc
fin;comp;CDS;1418229;1419095;;
deb;comp;CDS;1454756;1457068;311;
;;ncRNA;1457380;1457769;111;
fin;;CDS;1457881;1458696;;
deb;comp;CDS;1472421;1473403;250;
;comp;tRNA;1473654;1473740;77;ttg
fin;comp;CDS;1473818;1474678;;
deb;comp;CDS;1576267;1577118;334;
;;repeat_region;1577453;1577846;905;
fin;comp;CDS;1578752;1579339;;
deb;comp;CDS;1731863;1733557;53;
;comp;regulatory;1733611;1733729;167;
fin;comp;CDS;1733897;1734196;;
deb;comp;CDS;1735298;1736380;219;
;;misc_f;1736600;1736849;82;
;;rRNA;1736932;1737046;52;115
;;tRNA;1737099;1737175;93;atgf
fin;comp;CDS;1737269;1737694;;
deb;comp;CDS;1770487;1770918;236;
;;ncRNA;1771155;1771251;22;
fin;;CDS;1771274;1773061;;
deb;comp;CDS;1812365;1813924;963;
;;misc_f;1814888;1815202;26;
deb;comp;CDS;1815229;1815837;80;
;comp;tRNA;1815918;1815991;34;gga
;comp;tRNA;1816026;1816111;195;tac
fin;;CDS;1816307;1817143;;
deb;comp;CDS;1833109;1833603;83;
;comp;tRNA;1833687;1833762;24;aag
;comp;tRNA;1833787;1833862;198;aag
fin;comp;CDS;1834061;1835224;;
deb;comp;CDS;1942676;1942888;141;
;comp;tRNA;1943030;1943121;160;agc
fin;comp;CDS;1943282;1944133;;
deb;comp;CDS;2087696;2090938;775;
;;misc_f;2091714;2091942;35;
fin;;CDS;2091978;2092247;;
deb;comp;CDS;2113248;2114603;219;
;comp;tRNA;2114823;2114899;55;aga
deb;comp;CDS;2114955;2115251;71;
;comp;tRNA;2115323;2115399;261;cca
fin;comp;CDS;2115661;2116041;;
deb;comp;CDS;2144042;2146288;185;
;;misc_f;2146474;2147259;69;
;;rRNA;2147329;2147443;52;115
;;tRNA;2147496;2147572;645;atgf
fin;comp;CDS;2148218;2148664;;
deb;;CDS;2268003;2268461;87;
;comp;tRNA;2268549;2268625;165;ccg
;comp;tRNA;2268791;2268867;56;ccg
fin;comp;CDS;2268924;2269910;;
deb;comp;CDS;2321621;2322403;74;
;;tRNA;2322478;2322554;225;ccc
fin;;CDS;2322780;2322974;;
deb;comp;CDS;2383763;2385853;216;
;;repeat_region;2386070;2386891;67;
fin;comp;CDS;2386959;2387270;;
deb;comp;CDS;2393295;2396009;1026;
;16s°;rRNA;2397036;2398062;-3;1027
fin;;CDS;2398060;2400888;;
deb;comp;CDS;2517845;2520559;229;
;comp;rRNA;2520789;2520903;82;115
;comp;misc_f;2520986;2521235;19;
;comp;misc_f;2521255;2521355;173;
fin;comp;CDS;2521529;2522152;;
deb;comp;CDS;2596508;2596738;989;
;comp;tRNA;2597728;2597815;194;tca
fin;;CDS;2598010;2599204;;
deb;comp;CDS;2621435;2622058;106;
;comp;tRNA;2622165;2622251;205;ctc
fin;;CDS;2622457;2623107;;
deb;;CDS;2631201;2631554;192;
;;tRNA;2631747;2631822;70;gcc
;;tRNA;2631893;2631968;69;gcc
;;tRNA;2632038;2632113;57;gcc
;;tRNA;2632171;2632246;166;gcc
deb;;CDS;2632413;2632965;538;
;comp;tRNA;2633504;2633579;93;aca
deb;comp;CDS;2633673;2634200;271;
;comp;tRNA;2634472;2634561;155;tcg
fin;;CDS;2634717;2635742;;
deb;comp;CDS;2655872;2656489;182;
;comp;tRNA;2656672;2656747;141;gag
fin;comp;CDS;2656889;2657674;;
deb;;CDS;2758160;2758312;110;
;comp;tRNA;2758423;2758509;94;tta
fin;comp;CDS;2758604;2759899;;
deb;;CDS;2768823;2769530;-11;
;;misc_f;2769520;2769766;81;
;;rRNA;2769848;2769962;118;115
fin;comp;CDS;2770081;2771016;;
deb;;CDS;2792922;2794778;129;
;;tRNA;2794908;2794982;92;caa
fin;comp;CDS;2795075;2795686;;
deb;;CDS;2862755;2862982;123;
;;tRNA;2863106;2863182;117;cca
;;tRNA;2863300;2863374;373;atgi
;;tRNA;2863748;2863823;157;gca
;;tRNA;2863981;2864056;15;aca
deb;;CDS;2864072;2864317;8;
;;tRNA;2864326;2864401;250;aaa
fin;;CDS;2864652;2865125;;
deb;;CDS;2867066;2868112;76;
;comp;tRNA;2868189;2868264;99;aaa
fin;comp;CDS;2868364;2868870;;
deb;comp;CDS;2887107;2888297;134;
;comp;regulatory;2888432;2888534;423;
fin;;CDS;2888958;2890178;;
deb;;CDS;2893891;2894430;25;
;;rRNA;2894456;2894570;51;115
;;tRNA;2894622;2894698;285;atgf
fin;;CDS;2894984;2895400;;
deb;comp;CDS;3034652;3035092;250;
;comp;tRNA;3035343;3035418;8;aaa
fin;comp;CDS;3035427;3035582;;
deb;comp;CDS;3252110;3252280;201;
;;repeat_region;3252482;3252814;354;
fin;comp;CDS;3253169;3254368;;
deb;comp;CDS;3305068;3306534;379;
;comp;tRNA;3306914;3306989;29;ttc
;comp;tRNA;3307019;3307094;34;ttc
;comp;tRNA;3307129;3307204;33;ttc
;comp;tRNA;3307238;3307313;60;ttc
fin;comp;CDS;3307374;3308864;;
deb;comp;CDS;3332977;3334356;54;
;;tRNA;3334411;3334487;176;cgg
fin;comp;CDS;3334664;3335983;;
deb;;CDS;3408217;3409026;91;
;comp;rRNA;3409118;3409232;81;115
;comp;misc_f;3409314;3409410;1;
fin;;CDS;3409412;3409711;;
deb;comp;CDS;3442569;3444509;193;
;comp;regulatory;3444703;3444904;173;
fin;;CDS;3445078;3445920;;
deb;comp;CDS;3456276;3461666;387;
;;tRNA;3462054;3462130;29;agg
fin;;CDS;3462160;3462951;;
deb;comp;CDS;3484140;3484604;331;
;comp;tmRNA;3484936;3485254;73;
fin;comp;CDS;3485328;3486527;;
deb;comp;CDS;3500025;3500675;210;
;;tRNA;3500886;3500959;27;tgc
;;tRNA;3500987;3501061;31;aac
;;tRNA;3501093;3501167;84;aac
fin;comp;CDS;3501252;3501659;;
deb;;CDS;3639978;3641276;172;
;;tRNA;3641449;3641525;70;gcg
;;tRNA;3641596;3641671;33;gcg
;;tRNA;3641705;3641780;389;gcg
fin;;CDS;3642170;3644392;;
deb;;CDS;3651524;3652711;55;
;;tRNA;3652767;3652843;184;cac
fin;comp;CDS;3653028;3653543;;
deb;;CDS;3710072;3710840;126;
;comp;tRNA;3710967;3711042;214;gaa
;comp;tRNA;3711257;3711332;125;gaa
fin;comp;CDS;3711458;3711664;;
deb;comp;CDS;3801285;3802196;44;
;comp;regulatory;3802241;3802347;126;
fin;;CDS;3802474;3803130;;
deb;comp;CDS;3804728;3805231;118;
;comp;tRNA;3805350;3805425;241;gag
fin;comp;CDS;3805667;3806140;;
deb;;CDS;3813820;3815895;138;
;;tRNA;3816034;3816109;220;atgi
fin;;CDS;3816330;3818993;;
deb;comp;CDS;3827982;3828878;90;
;comp;tRNA;3828969;3829042;292;ggg
fin;;CDS;3829335;3830670;;
deb;comp;CDS;3832305;3833264;311;
;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
;;tRNA;3834085;3834171;47;ctg
;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;
</pre>
====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
<pre>
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
<pre>
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
</pre>
===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
</pre>
====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
<pre>
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
</pre>
====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
<pre>
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
</pre>
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====rru données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;;202;;gcc
;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;;**;;gcc
1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;;81;;tgc
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;;atc;**;;aac
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;;27;;gga
;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;;**;;tac
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;;165;;acc
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;;**;;acc
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;;gca;;;
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;;
2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;;atgf;;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;;atgf;;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;;atgf;;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;;atc gca;;;
;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;;
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;;
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;;;;;;
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;;;;;;
1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;;;;;;
;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;;;;;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;;;;;;
1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;;;;;;
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;;;;;;
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;;;;;;
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;;;;;;
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;;;;;;
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;;;;;;
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;;;;;;
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;;;;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;;;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;;;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;;;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;;;;;;
1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;;
1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;;;;;;
35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;;
34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;;
1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;;
;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;;
</pre>
=====rru autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rru;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16232;16852;163;*;
;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg
fin;;CDS;17356;18378;;0;
deb;;CDS;117072;117287;37;*;
;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg
fin;;CDS;117701;123022;;;
deb;comp;CDS;149921;151093;147;*;
;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg
fin;comp;CDS;151454;152929;;0;
deb;;CDS;189941;191668;841;*;
;;rRNA;192510;194008;180;*;1477
;;tRNA;194189;194265;66;*;atc
;;tRNA;194332;194407;347;*;gca
;;rRNA;194755;197527;119;*;2758
;;rRNA;197647;197761;96;*;115
;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf
deb;comp;CDS;198222;198455;222;*;
;;rpr;198678;199866;145;*;
fin;comp;CDS;200012;200305;;;
deb;comp;CDS;211593;213335;261;*;
;;rpr;213597;214174;128;*;
fin;comp;CDS;214303;215160;;;
deb;comp;CDS;305449;306648;257;*;
;;tRNA;306906;306979;319;*;cag
fin;comp;CDS;307299;308303;;;
deb;comp;CDS;322896;323693;406;*;
;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa
fin;comp;CDS;324273;325601;;;
deb;;CDS;362552;362881;224;*;
;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc
;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc
fin;comp;CDS;363503;364531;;;
deb;;CDS;407067;407606;92;*;
;;tRNA;407699;407790;141;*;agc
fin;;CDS;407932;408774;;0;
deb;;CDS;419952;420275;57;*;
;;rpr;420333;422803;228;*;
fin;comp;CDS;423032;423388;;0;
deb;;CDS;466945;467925;115;*;
;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta
fin;comp;CDS;468210;468458;;;
deb;;CDS;529650;529988;67;*;
;;rpr;530056;530553;180;*;
fin;comp;CDS;530734;534255;;0;
deb;comp;CDS;536858;537154;111;*;
;;regulatory;537266;537472;38;*;
fin;;CDS;537511;538188;;;
deb;comp;CDS;559038;559457;239;*;
;;tRNA;559697;559772;170;*;aag
fin;;CDS;559943;560608;;0;
deb;;CDS;571949;572881;20;*;
;;regulatory;572902;573134;194;*;
fin;;CDS;573329;575266;;;
deb;comp;CDS;794877;795188;217;*;
;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc
fin;;CDS;795583;795846;;;
deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*;
;;rRNA;911379;912878;178;*;1477
;;tRNA;913057;913133;66;*;atc
;;tRNA;913200;913275;346;*;gca
;;rRNA;913622;916394;118;*;2758
;;rRNA;916513;916627;95;*;115
;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf
fin;;CDS;917538;921860;;0;
deb;;CDS;988887;989177;204;*;
;;rpr;989382;991847;533;*;
fin;comp;CDS;992381;992809;;;
deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*;
;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*;
fin;comp;CDS;1145882;1146607;;;
deb;;CDS;1159249;1160091;71;*;
;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag
fin;;CDS;1160356;1160613;;0;
deb;;CDS;1339162;1340364;168;*;
;;regulatory;1340533;1340749;238;*;
fin;;CDS;1340988;1342007;;;
deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*;
;;rpr;1363865;1364439;208;*;
fin;comp;CDS;1364648;1365022;;;
deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*;
;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg
fin;comp;CDS;1465635;1466303;;;
deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*;
;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*;
fin;;CDS;1502001;1504436;;;
deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*;
;;rpr;1580591;1581961;284;*;
fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0;
deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*;
;;rpr;1694053;1695967;193;*;
fin;comp;CDS;1696161;1697498;;;
deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*;
;;regulatory;1707586;1707782;93;*;
fin;;CDS;1707876;1709765;;;
deb;;CDS;1791953;1792159;116;*;
;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa
fin;comp;CDS;1792483;1792689;;;
deb;;CDS;1824299;1825738;98;*;
;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta
fin;;CDS;1826072;1827415;;;
deb;;CDS;1833133;1833408;284;*;
;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta
fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0;
deb;;CDS;1933548;1934138;85;*;
;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca
deb;;CDS;1934364;1934663;12;*;
;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga
fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0;
deb;;CDS;1959133;1959858;175;*;
;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc
fin;;CDS;1960326;1960439;;;
deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*;
;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca
fin;;CDS;1998595;2002550;;0;
deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*;
;;regulatory;2009119;2009340;129;*;
fin;;CDS;2009470;2011794;;;
deb;;CDS;2031997;2032863;123;*;
;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa
fin;comp;CDS;2033249;2033809;;;
deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*;
;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc
;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac
fin;;CDS;2094653;2094916;;;
deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*;
;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc
fin;;CDS;2306189;2306839;;;
deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*;
;;regulatory;2319857;2319989;73;*;
fin;;CDS;2320063;2321928;;;
deb;;CDS;2331183;2331521;73;*;
;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj
fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0;
deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*;
;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac
fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0;
deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*;
;;regulatory;2551172;2551329;147;*;
fin;;CDS;2551477;2552121;;0;
deb;;CDS;2559473;2560621;36;*;
;;tmRNA;2560658;2560994;131;*;
fin;;CDS;2561126;2561716;;;
deb;;CDS;2667051;2667758;354;*;
;;rpr;2668113;2669657;204;*;
fin;comp;CDS;2669862;2670212;;;
deb;;CDS;2714978;2715835;129;*;
;;rpr;2715965;2716300;262;*;
fin;;CDS;2716563;2717564;;0;
deb;;CDS;2729598;2731271;449;*;
;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf
;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115
;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758
;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca
;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc
;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477
fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0;
deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*;
;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc
fin;;CDS;2962475;2963359;;;
deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*;
;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg
deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*;
;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga
;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac
deb;;CDS;3127241;3128158;57;*;
;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca
fin;;CDS;3128419;3128652;;;
deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*;
;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc
fin;comp;CDS;3195117;3195512;;;
deb;;CDS;3320745;3322115;90;*;
;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi
fin;comp;CDS;3322342;3324432;;;
deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*;
;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc
;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc
deb;;CDS;3378807;3379370;234;*;
;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac
fin;comp;CDS;3379759;3380517;;;
deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*;
;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg
fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0;
deb;;CDS;3490378;3491148;84;*;
;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg
fin;;CDS;3491715;3492080;;;
deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*;
;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*;
;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*;
fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0;
deb;;CDS;3523910;3524125;371;*;
;;rpr;3524497;3525372;79;*;
fin;comp;CDS;3525452;3526372;;;
deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*;
;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*;
fin;;CDS;3707518;3707919;;;
deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*;
;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg
fin;comp;CDS;3720086;3720859;;;
deb;;CDS;3805869;3806813;130;*;
;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115
;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758
;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca
;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc
;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477
fin;;CDS;3813192;3814118;;;
deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*;
;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt
fin;;CDS;3826395;3827531;;0;
deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*;
;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*;
fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0;
deb;;CDS;4021982;4023163;27;*;
;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg
fin;;CDS;4023502;4023855;;0;
deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*;
;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg
fin;comp;CDS;4059560;4060126;;;
deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*;
;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg
fin;;CDS;4108262;4108843;;0;
deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*;
;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc
fin;;CDS;4262501;4263136;;;
</pre>
====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
</pre>
====rru intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende:
*Tableaux
<pre>
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
- t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
</pre>
====rru intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
</pre>
====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
<pre>
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449;
;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp
fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp
deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp
;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp
fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp
deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp
;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp
fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp
deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp
16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;;
;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp
;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp
23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp
5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp
;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp
deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57;
;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127;
fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;;
deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp
;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp
fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp
deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90;
;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp
fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp
deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp
;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165;
fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237;
deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234;
;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77;
;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp
fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp
deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp
;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp
fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84;
deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407;
;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;;
fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp
deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp
;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp
fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp
deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371;
;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79;
fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp
deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp
;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp
fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;;
deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp
;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp
fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp
deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130;
;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp
fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp
deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp
;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp
fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp
deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;;
16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp
;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp
;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;;
23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp
5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp
;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp
fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27;
deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp
;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;;
fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp
deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179;
;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp
fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp
deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp
;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;;
fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp
deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118;
;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;;
fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
<pre>
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15
;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24
;81;;;;287;;73;75;taux;63%
;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
;27;;406;;98;;85;86;'''fin;
;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18
;66;;92;;141;;92;98;total;25
;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72%
;;comp’;239;;170;;98;117;;
;;comp’;217;;86;;103;118;'''total;
;;;;;738;;151;127;<201;33
;;;71;;117;;163;131;total;49
;;comp’;283;comp’;139;;163;141;taux;67%
;;comp’;116;;131;;175;150;;
;;;98;;150;;202;150;;
;;;284;comp’;70;;224;170;;
;;;85;;63;;234;186;;
;;;12;;396;;262;215;;
;;;175;;215;;284;237;;
;;comp’;164;comp’;261;;354;287;;
;;comp’;123;;186;;406;343;;
;;comp’;295;;150;;430;396;;
;;;89;comp’;178;;721;407;;
;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
;;;202;;75;;27;43;;
;;comp’;449;;;;37;70;'''deb;
;;;354;comp’;171;;90;77;<201;10
;;;151;;343;;115;126;total;17
;;;93;comp’;166;;116;136;taux;59%
;;;57;;127;;123;139;;
;;;430;;103;;140;148;'''fin;
;;comp’;90;;60;;147;166;<201;11
;;comp’;140;;237;;164;171;total;17
;;;234;comp’;77;;187;178;taux;65%
;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;<201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
</pre>
===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
<comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
>comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
<;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
</pre>
====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
<pre>
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
</pre>
====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
<pre>
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
</pre>
*Détails
<pre>
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
</pre>
====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
</pre>
====oan1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;;146;;gaa
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;;**;;gaa
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;;atc;24;;tac
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;;**;;gga
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;;gca;245;;gac
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;;**;;gac
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;;atgf;;;
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;;atc gca;;;
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;;
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;;
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;;
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;;
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;;
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;;;;;;;
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;;;;;;;
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;;;;;;;
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;;;;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;;;;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;;;;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;;;;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;;;;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;;;;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;;;;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;;;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;;;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;;
26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;;
20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;;
</pre>
=====oan1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
</pre>
====oan2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;;atc
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;;gca
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;;atgf
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;;intra
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;;atc gca
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;;
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;;
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;;
</pre>
=====oan2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
</pre>
===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;*
comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;*
;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;*
comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;*
;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;*
comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
>comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
<comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
>;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
</pre>
====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
<pre>
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
</pre>
====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
<pre>
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
</pre>
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====abq données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;;206;;ccg
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;ccg
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;;atc;60;;tac
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;;**;;gga
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;;gca;76;;aag
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;;gca;**;;aag
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;;intra;38;;gag
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;;atc gca;**;;gag
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;;132;;gtg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;;**;;gtg
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;;220;;aac
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;;**;;tgc
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;;164;;gac
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;;**;;gta
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;;109;;cac
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;;**;;cac
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;;
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;;;;;;;
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;;;;;;;
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;;;;;;;
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;;;;;;;
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;;;;;;;
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;;;;;;;
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;;;;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;;;;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;;;;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;;;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;;;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;;;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;;;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;;;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;;;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;;
</pre>
=====abq autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
</pre>
====abqp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;;29;;ctg
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;;**;;gcc
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;;4;;aac
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;;**;;gac
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;;atc;1;;acc
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;;99;;gcg
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;;44;;gac
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;;gca;1;;gtc
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;;**;;cag
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;;
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;;atgf;;;
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;;intra;;;
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;;atc gca;;;
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;;
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;;
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;;
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;;
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;;;;;;;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;;;;;;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;;;;;;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;;;;;;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;;
</pre>
=====abqp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
</pre>
===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
<comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
>comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
>;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
</pre>
====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
<pre>
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
</pre>
====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
<pre>
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
</pre>
=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
<pre>
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
</pre>
=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de & (EAL & GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;* CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL & GGDEF;* CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;* hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;* modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;* comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;* CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;* CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;* recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;* CHC
comp;2234528..2234603;?gag;38;;;*;;;;comp;497334..497420;ttg;137;;;*
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comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;* modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;* CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
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;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
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;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;1808942..1809238;cds;10;99;ETC complex;*;;;;;1354141..1354437;cds;10;99;ETC complex;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;1826102..1826758;cds;;219;L-iso-Asp;*;;;;;1371285..1371941;cds;;219;L-iso-Asp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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comp;1878959..1879074;$5s;123;§116;;*;;;;comp;1427970..1428085;$5s;129;§116;;*
comp;1879198..1881950;$23s;272;§2753;;*;;;;comp;1428215..1430967;$23s;266;§2753;;*
comp;1882223..1882298;gca;32;;;*;;;;comp;1431234..1431309;gca;30;;;*
comp;1882331..1882407;atc;110;;;*;;;;comp;1431340..1431416;atc;108;;;*
comp;1882518..1883224;&16s°;100;§707;;*;;;;comp;1431525..1433015;$16s;779;§1491;;*
<comp;1883325..1883763;cds;;146;@p-erythrose;* comp;;;;;1433795..1437778;cds;;1328;@non ribosom;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;2163405..2167388;cds;775;1328;@non ribosom;* déplacé;;;;;;;;;;
;2168164..2168552;&16s°;100;§389;;*;;;;;;;;;;
comp;2168653..2169323;&16s°;522;§671;;* d’où?;;;;;;;;;;
comp;2169846..2170325;cds;;160;DUF2141;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
</pre>
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====abs données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;;32;;atc gca;109;;cac
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;;;**;;cac
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;;gca;;;;163;;gta
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;;;**;;gac
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;;;219;;aac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;;;**;;tgc
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;;;132;;gtg
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;;;;;;;;**;;gtg
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;;;;;;;;30;;gcc
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;;;;;;;;**;;ctg
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;;;;;;;;38;;gag
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;;;;;;;;**;;gag
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;;;;;;;;74;;aag
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;;;;;;;;**;;aag
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;;;;;;;;60;;gga
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;;;;;;;;**;;tac
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;;;;;;;;205;;ccg
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;;;;;;;;**;;ccg
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;;;;;;;;;;
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;;;;;;;;;;
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;;;;;;;;;;
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;;;;;;;;;;
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;;;;;;;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;;;;;;;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;;;;;;;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;;;;;;;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====abs autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
</pre>
====absp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;;30;;ctg
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;;**;;gcc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;;1;;acc
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;;atc;99;;gcg
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;;atc;35;;gac
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;;1;;gtc
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;;gca;**;;cag
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;;gca;4;;aac
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;;**;;gac
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;;atgf;;;
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;;atc gca;;;
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;;atc gca;;;
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;;
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;;
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;;
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;;;;;;;;;
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;;;;;;;;;
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;;;;;;;;;
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;;;;;;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;;
</pre>
=====absp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
</pre>
===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
<pre>
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
<comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
>;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
<;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
>;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
>;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
</pre>
====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
<pre>
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
</pre>
====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
<pre>
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
</pre>
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
</pre>
====agrc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;;41;;gac
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;;**;;gac
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;;atc;452;;gaa
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;;**;;gaa
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;;gca;26;;gga
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;;**;;tac
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;;atgf;;;
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;;atgf;;;
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;;atc gca;;;
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;;
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;;
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;;
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;;;;;;;
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;;;;;;;
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;;;;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;;;;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;;;;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;;;;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;;;;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;;;;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;;;;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;;;;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;;
</pre>
=====agrc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
</pre>
====agrl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;;793;ggc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;;**;;atgj
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;;atc;;;
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;;gca;;;
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;;
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;;atgf;;;
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;;atc gca;;;
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;;
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;;
</pre>
=====agrl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
</pre>
===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
<pre>
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
>;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
</pre>
====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
<pre>
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
</pre>
====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
<pre>
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
</pre>
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
</pre>
====aua données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;1752;;82;;;;404;ggc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;5s CDS;;16s tRNA;;;44;;atgf
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;;461;233;;atc;**;;atgf
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;;;tRNA 23s;;;51;;cgt
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;;;478;;gca;**;;cgt
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;;tRNA tRNA;;intra;;161;ttc
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;;;33;;atc gca;**;;acc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;;;;;;128;;gtc
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;;;;;;186;;gtc
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;;;;;;**;;gtc
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;;;;;;140;;gaa
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;;;;;;**;;gaa
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;;;;;;58;;gac
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;;;;;;270;gac
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;;;;;;**;;gta
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;;;;;;173;ccg
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;;;;;;**;;caa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;;;;;;132;;ctc
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;;;;;;**;;ctc
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;;;;;;24;;gga
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;;;;;;**;;tac
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;;;;;;208;;ggc
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;;;;;;**;;ggg
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;;;;;
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;;;;;
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;;;;;
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;;;;;
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;;;;;
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;;;;
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;;;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;;;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;;;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;;
</pre>
=====aua autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
<pre>
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
</pre>
===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
<pre>
alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
</pre>
====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
<pre>
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
</pre>
====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
</pre>
====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
</pre>
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
<pre>
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
</pre>
===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
</pre>
====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
<pre>
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
</pre>
====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
<pre>
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
</pre>
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
<pre>
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cvi données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;;6;;ttc;51;;ctg
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;;**;;ttc;33;;ctg
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;;6;;agc;57;;ctg
0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;;3;;cgt;**;;ctg
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;;**;;gaa;61;;acg
2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;;atc;3;;gaa;78;;ccg
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;;atc;7;;cgt;**;;ccg
1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;;5;;gaa;35;;atgj
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;;gca;**;;cgt;**;;atgj
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;;gca;23;;ggc;24;;acc
2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;;intra;22;;ggc;52;;gga
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;;atc gca;24;;ggc;**;;tac
0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;;atc gca;29;;ggc;38;;aaa
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;;45;;ggc;35;;aag
0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;;**;;tgc;28;;aaa
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;;32;;aac;37;;aag
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;;31;;aac;**;;aaa
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;;**;;aac;;;
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;;53;;tcc;;;
0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;;;;;**;;tcc;;;
1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;;;;;26;;cac;;;
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;;;;;45;;cac;;;
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;;;;;27;;cac;;;
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;;;;;18;;aga;;;
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;;;;;**;;cca;;;
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;;;;;7;;gac;;;
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;;;;**;;gta;;;
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;;;;8;;gcc;;;
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;;11;;gaa;;;
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;;;;;**;;gcc;;;
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;;;;;26;;gac;;;
0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;;26;;gac;;;
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;;;;;12;;gta;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;;26;;gac;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;;27;;gac;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;;6;;gta;;;
0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;;27;;gac;;;
3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;;6;;gtg;;;
26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;;**;;gac;;;
23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;;;
;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;;;
;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cvi autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
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<pre>
autres intercalaires;;cvi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;242272;242931;116;*;
;;regulatory;243048;243195;76;*;
fin;;CDS;243272;245170;;;
deb;comp;CDS;419401;420717;506;*;
;;rRNA;421224;422759;182;*;16s
;;tRNA;422942;423018;86;*;atc
;;tRNA;423105;423180;253;*;gca
;;rRNA;423434;426322;127;*;23s
;;rRNA;426450;426564;137;*;5s
fin;comp;CDS;426702;427856;;;
deb;;CDS;500524;501741;447;*;
;;rRNA;502189;503724;82;*;16s
;;tRNA;503807;503883;12;*;atc
;;tRNA;503896;503971;254;*;gca
;;rRNA;504226;507114;124;*;23s
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;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac
;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac
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;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s
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;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg
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;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg
fin;;CDS;3855646;3856641;;;
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;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s
;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca
;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc
;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s
fin;;CDS;4250379;4251968;;;
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;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf
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deb;;CDS;4433423;4433923;206;*;
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;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s
;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca
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;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s
fin;;CDS;4439859;4440494;;0;
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;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj
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deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*;
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deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*;
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;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc
;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga
;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac
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deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*;
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deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*;
;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa
;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag
;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa
;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag
;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa
fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0;
</pre>
====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
</pre>
====cvi intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
- t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
</pre>
====cvi intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
</pre>
====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
<pre>
;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp
;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12;
fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26;
deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12;
;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26;
;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12;
;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26;
;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12;
;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27;
fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6;
deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27;
;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6;
;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163;
;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;;
;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170;
;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55;
fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;;
deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp
;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp
fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp
deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp
;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp
fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp
deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp
;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp
fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp
deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp
;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp
fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51;
deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33;
;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57;
fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651;
deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp
;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp
fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp
deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp
;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp
fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;;
deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp
;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp
fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp
deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101;
;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp
fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp
deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp
;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp
;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp
fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;;
deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp
;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp
;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp
;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp
deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp
;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp
;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp
;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265;
;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp
fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206;
deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp
;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp
;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp
;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp
;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp
;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;;
fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87;
deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35;
;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125;
fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;;
deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp
;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp
fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp
deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp
;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp
fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp
deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp
;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp
;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp
;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp
;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp
;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131;
;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;;
fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp
deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp
;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp
fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp
deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp
;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp
fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp
;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;;
</pre>
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
<pre>
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;<201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;<201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
</pre>
====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
</pre>
====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]]
<pre>
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
</pre>
====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
<pre>
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
</pre>
====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
<pre>
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
</pre>
====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
<pre>
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
</pre>
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
<pre>
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====ade données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;;6;;gac
0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;;**;;gta
0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;;atc;60;;cag
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;;**;;gag
0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;;gca;22;;acc
0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;;intra;63;;gga
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;;atc gca;46;;tac
0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;;**;;aca
0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;;248;;aag
2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;;142;;aga
2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;;18;;cac
1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;;134;;cga
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;;**;;cca
0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;;278;;tcc
0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;;**;;tcg
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;;27;;tca
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;;73;;agc
0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;;**;;cgt
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;;
1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;;
0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;;;;;;;
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;;;;;;;
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;;;;;;;
0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;;;;;;;
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;;;;;;;
0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;;;;;;;
0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;;;;;;;
0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;;;;;;;
0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;;;;;;;
0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;;;;;;;
0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;;;;;;;
0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;;;;;;
0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;;;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;;;;;;
0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;;;;;;
0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;;;;;;
0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;;;;;;
0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;;;;;;
0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;;
0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;;;;;;
1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;;;;;;
22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;;;;;;;
21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;;
;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;;
</pre>
=====ade autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ade;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;7060;8055;91;*;
;;tRNA;8147;8220;44;*;caa
fin;;CDS;8265;8786;;;
deb;;CDS;20441;20881;158;*;
;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc
fin;comp;CDS;21333;22034;;;
deb;comp;CDS;432722;433183;119;*;
;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg
fin;comp;CDS;433458;435416;;0;
deb;comp;CDS;664814;666052;456;*;
;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac
;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta
fin;;CDS;666824;669520;;0;
deb;comp;CDS;691951;692988;157;*;
;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg
fin;;CDS;693563;694450;;0;
deb;;CDS;849021;851429;53;*;
;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi
fin;;CDS;851592;852335;;;
deb;;CDS;883315;883644;64;*;
;;rpr;883709;886604;98;*;
fin;comp;CDS;886703;887395;;;
deb;comp;CDS;887392;888668;77;*;
;;rpr;888746;892491;95;*;
fin;;CDS;892587;893286;;;
deb;;CDS;1055941;1057242;68;*;
;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg
fin;;CDS;1057492;1059753;;;
deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*;
;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc
fin;comp;CDS;1306401;1306958;;;
deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*;
;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*;
fin;;CDS;1312542;1313453;;0;
deb;;CDS;1441648;1442364;14;*;
;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc
fin;;CDS;1442562;1443500;;0;
deb;;CDS;1492304;1494853;691;*;
;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s
;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc
;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca
;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s
;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s
fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0;
deb;;CDS;1508769;1509182;3;*;
;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag
;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag
fin;comp;CDS;1509525;1511858;;;
deb;;CDS;1690794;1691075;9;*;
;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc
fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0;
deb;;CDS;1818424;1819266;110;*;
;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf
fin;;CDS;1819507;1820262;;;
deb;;CDS;1968293;1969147;141;*;
;;regulatory;1969289;1969371;108;*;
fin;;CDS;1969480;1970796;;;
deb;;CDS;2235017;2235631;38;*;
;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc
fin;;CDS;2235819;2237771;;;
deb;;CDS;2313926;2314942;38;*;
;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga
fin;comp;CDS;2315172;2317013;;;
deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*;
;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj
fin;;CDS;2337327;2339093;;;
deb;;CDS;2375620;2375955;53;*;
;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg
fin;;CDS;2376518;2377108;;;
deb;;CDS;2429105;2429527;190;*;
;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg
fin;;CDS;2429902;2430240;;0;
deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*;
;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg
fin;comp;CDS;2624033;2624191;;;
deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*;
;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc
;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga
;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac
;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca
fin;comp;CDS;2626004;2626774;;;
deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*;
;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg
fin;;CDS;2653636;2654361;;0;
deb;;CDS;2680375;2680698;91;*;
;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc
fin;comp;CDS;2680982;2681350;;;
deb;;CDS;2747439;2747711;94;*;
;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg
fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0;
deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*;
;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac
fin;;CDS;3029307;3029750;;;
deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*;
;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s
;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s
;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca
;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc
;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s
fin;comp;CDS;3082199;3082876;;;
deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*;
;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa
fin;comp;CDS;3144664;3145676;;;
deb;;CDS;3155946;3156653;78;*;
;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa
fin;;CDS;3157499;3158125;;;
deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*;
;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg
fin;;CDS;3254194;3254382;;;
deb;;CDS;3372825;3372986;107;*;
;;tmRNA;3373094;3373444;219;*;
fin;;CDS;3373664;3374548;;;
deb;;CDS;3793550;3793769;226;*;
;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg
fin;comp;CDS;3794456;3795775;;;
deb;;CDS;3805030;3806052;111;*;
;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta
fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0;
deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*;
;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta
fin;;CDS;3915853;3916260;;1;
deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*;
;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag
;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga
;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac
;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga
;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca
fin;comp;CDS;3921231;3921950;;;
deb;;CDS;4031625;4031963;149;*;
;;regulatory;4032113;4032269;67;*;
fin;;CDS;4032337;4034331;;;
deb;;CDS;4120462;4121640;34;*;
;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc
fin;;CDS;4121996;4123084;;0;
deb;;CDS;4164508;4166256;430;*;
;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*;
fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0;
deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*;
;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*;
;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc
;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg
fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0;
deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*;
;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca
;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc
;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt
fin;;CDS;4457526;4459313;;;
</pre>
====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
<pre>
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
</pre>
====ade intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
- t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
- t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
</pre>
====ade intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
</pre>
====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
<pre>
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp
;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127;
;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp
;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp
;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73;
;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492;
;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
<pre>
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;<201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;<201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;<201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
</pre>
====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
</pre>
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
<pre>
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
</pre>
====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
<pre>
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
</pre>
====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
<pre>
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
</pre>
====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
<pre>
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
</pre>
====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double.
<pre>
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
</pre>
====ant données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;;10;;cca
1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;;atc;96;;cta
;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;;gca;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;;gca;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;;gca;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;;acc;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;;acc;8;;aaa
1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;;intra;22;;gac
;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;;atc gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;;;;;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;;;;;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;;;;;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;
;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;;
6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;;
6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;;
2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;;
</pre>
=====ant autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ant;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;167574;168434;66;*;
;;tRNA;168501;168577;447;*;cga
fin;;CDS;169025;169261;;;
deb;;CDS;237275;237622;305;*;
;;rRNA;237928;239444;111;*;16s
;;tRNA;239556;239632;19;*;atc
;;tRNA;239652;239727;301;*;gca
;;rRNA;240029;242945;202;*;23s
;;rRNA;243148;243263;354;*;5s
fin;comp;CDS;243618;244301;;;
deb;comp;CDS;302333;303160;155;*;
;;tRNA;303316;303393;10;*;cca
;;tRNA;303404;303480;16;*;cac
;;tRNA;303497;303573;61;*;aga
;;tRNA;303635;303719;96;*;cta
;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf
fin;;CDS;303963;304103;;0;
deb;;CDS;316375;317343;110;*;
;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf
fin;;CDS;317640;318416;;;
deb;comp;CDS;373519;375741;120;*;
;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc
;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac
fin;comp;CDS;376093;376725;;;
deb;;CDS;597419;598486;47;*;
;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg
fin;;CDS;598827;600107;;;
deb;comp;CDS;751446;752990;73;*;
;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac
;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta
;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa
;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa
;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac
;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta
;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa
;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa
fin;comp;CDS;753837;754343;;;
deb;comp;CDS;833388;833978;142;*;
;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc
fin;comp;CDS;834298;836409;;0;
deb;;CDS;1445917;1449822;93;*;
;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa
fin;;CDS;1450262;1450510;;;
deb;;CDS;1615201;1615542;29;*;
;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc
fin;;CDS;1615747;1616595;;;
deb;;CDS;1703617;1703835;1;*;
;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf
;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa
fin;;CDS;1704118;1705149;;0;
deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*;
;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*;
fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0;
deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*;
;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac
;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac
fin;comp;CDS;2223023;2223931;;;
deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*;
;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc
;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga
;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi
;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc
fin;comp;CDS;2284362;2285048;;;
deb;;CDS;2323802;2324866;12;*;
;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc
;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s
;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s
;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca
;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc
;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s
fin;comp;CDS;2330835;2331530;;;
deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*;
;;tmRNA;2427398;2427792;181;*;
fin;;CDS;2427974;2428249;;;
deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*;
;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc
;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca
;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta
fin;;CDS;2583489;2585177;;;
deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*;
;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg
fin;comp;CDS;2637648;2637815;;;
deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*;
;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga
;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac
;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca
;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc
fin;comp;CDS;2639727;2640881;;;
deb;;CDS;2656033;2656263;231;*;
;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s
;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s
;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca
;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc
;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s
fin;comp;CDS;2662144;2662782;;;
deb;;CDS;2693436;2695451;95;*;
;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa
;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta
;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga
;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa
;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf
;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj
;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca
;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca
fin;;CDS;2696381;2696893;;;
deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*;
;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*;
fin;comp;CDS;2740399;2740944;;;
deb;;CDS;2825449;2825763;163;*;
;;rpr;2825927;2827069;233;*;
fin;;CDS;2827303;2828151;;;
deb;;CDS;3082950;3083174;143;*;
;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc
;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s
;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s
;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca
;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc
;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s
fin;;CDS;3089337;3090032;;;
</pre>
====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
</pre>
====ant intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
- t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
</pre>
====ant intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
</pre>
====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
<pre>
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp
;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp
;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp
;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp
;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16;
;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16;
;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14;
;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90;
;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp
;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp
;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
</pre>
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
<pre>
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
</pre>
====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
</pre>
====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]]
<pre>
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
</pre>
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
</pre>
====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
<pre>
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
</pre>
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
<pre>
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
</pre>
====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
<pre>
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;>1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
</pre>
====pub données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;;
;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;;
1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;;
2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;;
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;;
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;;
22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;;
;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;95;377;;;;;
</pre>
=====pub autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pub;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;9267;10214;4;*;
;;tmRNA;10219;10520;-2;*;
fin;comp;CDS;10519;10890;;0;
deb;comp;CDS;38328;38795;255;*;
;comp;ncRNA;39051;39405;42;*;
fin;comp;CDS;39448;40191;;;
deb;;CDS;41060;41653;20;*;
;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi
;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc
fin;comp;CDS;41900;43723;;;
deb;comp;CDS;114873;116147;3;*;
;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa
fin;comp;CDS;116257;117102;;0;
deb;comp;CDS;319204;319548;22;*;
;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc
fin;;CDS;319743;320384;;0;
deb;comp;CDS;407852;408448;68;*;
;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg
fin;;CDS;408609;410315;;;
deb;comp;CDS;414886;415407;26;*;
;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt
fin;;CDS;415586;416773;;;
deb;;CDS;438405;440213;2;*;
;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc
fin;comp;CDS;440311;441081;;;
deb;;CDS;461643;462362;2;*;
;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc
fin;;CDS;462540;462737;;;
deb;;CDS;466335;466550;5;*;
;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc
deb;;CDS;466720;466932;235;*;
;;tRNA;467168;467242;5;*;cac
fin;;CDS;467248;468645;;;
deb;comp;CDS;496262;498457;70;*;
;comp;regulatory;498528;498615;91;*;
fin;;CDS;498707;499813;;1;
deb;comp;CDS;509729;511027;330;*;
;;rRNA;511358;512832;98;*;1475
;;tRNA;512931;513007;9;*;atc
;;tRNA;513017;513092;149;*;gca
;;rRNA;513242;515995;446;*;2754
fin;;CDS;516442;516975;;;
deb;;CDS;563601;564479;52;*;
;;rRNA;564532;564646;13;*;115
fin;;CDS;564660;564785;;;
deb;;CDS;567715;568413;18;*;
;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf
fin;comp;CDS;568515;568709;;;
deb;comp;CDS;593396;594376;23;*;
;;tRNA;594400;594476;16;*;cga
fin;comp;CDS;594493;595425;;;
deb;;CDS;648881;649762;24;*;
;;regulatory;649787;649876;77;*;
fin;;CDS;649954;651060;;;
deb;comp;CDS;731869;732777;9;*;
;comp;regulatory;732787;732850;88;*;
fin;comp;CDS;732939;733529;;0;
deb;;CDS;785951;786466;32;*;
;;regulatory;786499;786587;-13;*;
fin;;CDS;786575;788023;;;
deb;comp;CDS;842772;843023;101;*;
;;tRNA;843125;843209;16;*;cta
fin;;CDS;843226;844659;;;
deb;;CDS;846722;849106;49;*;
;;tRNA;849156;849231;13;*;gta
;;tRNA;849245;849321;88;*;gac
fin;;CDS;849410;849778;;;
deb;;CDS;934654;936063;31;*;
;;tRNA;936095;936171;170;*;aga
fin;;CDS;936342;937382;;;
deb;;CDS;941232;942389;19;*;
;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac
;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc
fin;;CDS;942739;945366;;;
deb;;CDS;970015;971127;200;*;
;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa
fin;comp;CDS;971424;972251;;0;
deb;;CDS;975062;975328;0;*;
;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca
fin;;CDS;975511;976392;;;
deb;comp;CDS;985615;986127;93;*;
;;tRNA;986221;986297;4;*;cca
fin;;CDS;986302;986583;;;
deb;;CDS;988522;990216;50;*;
;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa
fin;;CDS;990365;990598;;;
deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*;
;;regulatory;1005818;1005886;4;*;
fin;;CDS;1005891;1007219;;1;
deb;;CDS;1029539;1031752;0;*;
;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc
fin;;CDS;1031913;1033166;;;
deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*;
;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg
deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*;
;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga
;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac
deb;;CDS;1087091;1087834;33;*;
;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca
deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*;
;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta
fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1;
deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*;
;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*;
deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*;
;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*;
fin;comp;CDS;1127719;1127925;;;
deb;;CDS;1165696;1166454;141;*;
;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj
fin;comp;CDS;1166737;1166964;;;
</pre>
====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
</pre>
====pub intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
</pre>
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
- t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
</pre>
====pub intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
</pre>
====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
<pre>
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4;
;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23;
;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
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;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
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;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
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;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
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;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
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;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp
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;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
</pre>
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
<pre>
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;<201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93%
;46;;26;comp’;75;;19;7;fin;
;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
;;;5;;88;;31;23;taux;100%
;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
</pre>
==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
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;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
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;;;;;;;;;;;
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comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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< comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
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<>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
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;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
</pre>
====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
<pre>
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
</pre>
====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
<pre>
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
</pre>
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
</pre>
====ase données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;;;**;;gca;14;;aag
;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;;;130;gga;2;;gtg
1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;;;17;;cca;**;;ggc
2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;;;5;;agc;28;;gtc
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;;;4;;ctg;38;;tgc
;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;;;11;;cag;**;;ggc
2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;;;4;;ggc;532;;gag
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;;;3;;cgt;57;;gag
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;;;43;;gcc;**;;cag
;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;;;**;;tgg;40;;cgt
;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;;;199;;tgg;**;;agc
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;;;110;;cag;;;
1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;;;4;;ctc;;;
;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;;;30;;gcg;;;
1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;;;1;;agc;;;
9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;;329;370;;;;;**;;atc;;;
45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;;408;524;;;;;;;;;;
35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;;;
2;5; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;
;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====ase autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ase;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;12497;13392;78;*;
;;tRNA;13471;13544;245;*;atc
;;tRNA;13790;13862;202;*;gca
fin;comp;CDS;14065;14607;;;
deb;comp;CDS;45153;45968;279;*;
;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg
fin;;CDS;46588;47385;;;
deb;;CDS;65469;66323;387;*;
;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg
fin;comp;CDS;66936;67442;;0;
deb;comp;CDS;145264;145572;595;*;
;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc
;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac
;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa
fin;comp;CDS;146807;147778;;;
deb;;CDS;153733;155094;555;*;
;;rRNA;155650;157166;345;*;16s
;;rRNA;157512;160585;105;*;23s
;;rRNA;160691;160807;377;*;5s
fin;comp;CDS;161185;161988;;0;
deb;;CDS;164168;164716;92;*;
;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa
fin;;CDS;165158;166444;;;
deb;;CDS;261106;261627;434;*;
;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa
fin;;CDS;262948;263811;;0;
deb;comp;CDS;457033;458691;185;*;
;;tRNA;458877;458950;74;*;acg
fin;comp;CDS;459025;460683;;0;
deb;;CDS;568633;569007;491;*;
;;rRNA;569499;571014;345;*;16s
;;rRNA;571360;574433;114;*;23s
;;rRNA;574548;574664;245;*;5s
fin;;CDS;574910;576340;;;
deb;;CDS;627485;628396;42;*;
;;tRNA;628439;628512;8;*;gac
fin;comp;CDS;628521;629174;;0;
deb;;CDS;643285;644433;1343;*;
;;tRNA;645777;645849;459;*;agg
fin;comp;CDS;646309;648462;;;
deb;;CDS;747348;748337;430;*;
;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac
fin;;CDS;749000;749491;;;
deb;;CDS;752175;754703;94;*;
;;tRNA;754798;754870;47;*;acc
;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj
fin;;CDS;755129;755296;;;
deb;;CDS;755829;756224;79;*;
;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg
fin;;CDS;756480;756857;;;
deb;;CDS;940643;942004;55;*;
;;tRNA;942060;942142;221;*;tta
fin;;CDS;942364;943218;;0;
deb;;CDS;1120784;1121443;33;*;
;;tmRNA;1121477;1121858;553;*;
fin;comp;CDS;1122412;1122636;;;
deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*;
;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc
fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0;
deb;;CDS;1222705;1223634;262;*;
;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta
fin;comp;CDS;1224225;1224701;;;
deb;;CDS;1237525;1238115;91;*;
;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac
fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0;
deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*;
;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag
;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag
fin;comp;CDS;1249654;1249878;;;
deb;;CDS;1335812;1336096;296;*;
;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga
fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0;
deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*;
;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga
;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca
fin;;CDS;1400763;1402112;;;
deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*;
;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s
;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s
;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s
fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0;
deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*;
;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac
fin;;CDS;1520860;1522122;;;
deb;;CDS;1522138;1522311;47;*;
;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi
fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0;
deb;;CDS;1604562;1605026;38;*;
;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta
fin;comp;CDS;1606269;1606883;;;
deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*;
;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*;
fin;;CDS;1620155;1620919;;0;
deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*;
;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg
fin;;CDS;1937036;1937656;;;
deb;;CDS;2434657;2435559;19;*;
;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc
fin;;CDS;2435813;2438881;;;
deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*;
;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s
;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s
;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s
fin;comp;CDS;2577025;2577462;;;
deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*;
;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc
;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg
deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*;
;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac
fin;comp;CDS;4902449;4903369;;;
deb;;CDS;4989030;4989761;22;*;
;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other
fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0;
deb;;CDS;5443888;5444526;409;*;
;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc
;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac
fin;comp;CDS;5445144;5446565;;;
deb;;CDS;6208479;6209489;104;*;
;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg
;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca
;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc
;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg
;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag
;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc
;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt
;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc
;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg
fin;;CDS;6210715;6210885;;0;
deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*;
;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga
fin;;CDS;6291049;6292041;;0;
deb;;CDS;6397947;6398423;699;*;
;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg
;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg
;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc
;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag
;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga
;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa
;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg
;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc
;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc
deb;;CDS;6400612;6401055;35;*;
;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag
;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc
;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg
;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg
;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg
;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac
;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc
;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc
;;ncRNA;6401861;6402227;7;*;
;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt
;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag
;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga
;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa
;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf
;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc
;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa
;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac
;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc
;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg
;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac
;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other
fin;comp;CDS;6403817;6404185;;;
deb;;CDS;6543191;6543619;412;*;
;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg
;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca
deb;;CDS;6544712;6545917;113;*;
;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac
fin;comp;CDS;6546284;6546739;;;
deb;;CDS;6934653;6935819;69;*;
;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc
fin;comp;CDS;6936014;6937450;;;
deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*;
;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s
;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s
;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s
fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0;
deb;;CDS;7455514;7456608;167;*;
;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg
fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0;
deb;;CDS;7481701;7483989;83;*;
;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s
;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s
;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s
fin;comp;CDS;7490105;7490731;;;
deb;;CDS;7670534;7671652;136;*;
;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc
;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc
;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc
fin;comp;CDS;7672180;7674045;;;
deb;;CDS;7710075;7711193;136;*;
;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc
;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc
;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc
fin;;CDS;7711727;7712905;;1;
deb;;CDS;8111157;8111843;546;*;
;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag
;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag
;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag
fin;comp;CDS;8113651;8114445;;;
deb;;CDS;8275151;8275810;65;*;
;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg
fin;comp;CDS;8276367;8276921;;;
deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*;
;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf
fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0;
deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*;
;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf
fin;comp;CDS;8399858;8402857;;;
deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*;
;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa
fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0;
deb;;CDS;8623005;8623730;64;*;
;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg
fin;comp;CDS;8624043;8624798;;;
deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*;
;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca
fin;comp;CDS;8822532;8824394;;;
deb;;CDS;8945870;8946763;190;*;
;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg
fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0;
deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*;
;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*;
;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc
fin;comp;CDS;8967346;8967687;;;
deb;;CDS;8969168;8969500;91;*;
;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg
fin;;CDS;8969798;8970505;;0;
deb;;CDS;9077764;9078855;329;*;
;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt
fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0;
deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*;
;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt
;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc
fin;;CDS;9087851;9089017;;0;
deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*;
;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca
fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0;
</pre>
====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
<pre>
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
</pre>
====ase intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
- t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
- t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
</pre>
====ase intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49
continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total
;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53
;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28
</pre>
====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
<pre>
ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412;
;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152;
;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380;
fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113;
deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178;
;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;;
fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69;
deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp
;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp
fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp
deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp
;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp
;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp
;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp
fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167;
deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp
;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp
;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83;
;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp
fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp
deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp
;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp
fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136;
deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp
;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp
fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp
deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp
;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136;
fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp
deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp
;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp
;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;;
;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546;
fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp
deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp
;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp
fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp
deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65;
;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419;
fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp
deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp
;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp
fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp
deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp
;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp
;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp
fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp
deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp
;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp
fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64;
deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp
;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp
fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp
deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175;
;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp
fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190;
deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204;
;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp
fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp
deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp
;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273;
fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp
deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91;
;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp
fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;;
deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329;
;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp
;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp
fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp
deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp
;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp
fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;;
deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp
;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017;
;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp
fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;;
deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;;
;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;;
;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;;
;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;;
fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;;
;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;;
</pre>
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
<pre>
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;245;;78;comp’;202;;19;13;;
;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb;
;;;387;;151;;23;31;<201;18
;15;;595;;338;;35;34;total;32
;62;;;;;;38;37;taux;56%
;;;92;;274;;42;38;;
;;;434;;817;;47;51;'''fin;
;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16
;;;42;comp’;8;;65;71;total;28
;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57%
;;comp’;430;comp’;148;;79;103;;
;47;;94;;138;;81;116;'''total;
;;;79;;103;;91;138;<201;34
;;;55;;221;;92;151;total;60
;;;203;;89;;94;171;taux;57%
;;comp’;262;;244;;113;178;;
;;;91;comp’;54;;135;221;;
;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;;
;;comp’;296;;13;;203;274;;
comp’;130;;373;;38;;279;296;;
;;comp’;217;;315;;317;315;;
;;;47;comp’;827;;362;338;;
;;;38;;1132;;373;345;;
;;;362;comp’;131;;387;370;;
;;comp’;19;comp’;151;;409;380;;
;29;;19;;19;;412;451;;
;;;23;;31;;434;817;;
;;;22;comp’;278;;524;1132;;
;20;;409;comp’;32;;595;'''-;;
5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;;
3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;;
;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls
8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;;
7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb;
11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;<201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
</pre>
===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
</pre>
====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
<pre>
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
</pre>
====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
<pre>
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
</pre>
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]
====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
</pre>
====blo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;;;43;;aac
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3* 431;;;**;;aac
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s CDS;;23s 5s;;;27;;ggc
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4* 170;;;41;;tgc
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;;;48;;gtc
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s 16s;;;;;31;;gtg
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;;;**;;ggc
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;;;29;;cgt
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;;;**;;cgt
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;;;89;;gcc
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;;;**;;gcc
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;;;87;;acg
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;;;**;;cta
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;;;48;;gtg
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;;;46;;gtc
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;;;**;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;;;39;;cag
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;;;**;;gag
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;;;42;;atc
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;;;**;;gca
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;;;1;;tac
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;;;4;;acc
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;;;**;;atgj
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;;;47;;gac
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;;;**;;ttc
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;;;;;;;
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;;;;;;;
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;;;;;;;
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;;;;;;;
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;;;;;;;
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;;;;;;;
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;;;;;;
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;;;;;;;
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;;;;;;;
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;;;
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;;;;;;;
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;;;
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;;;
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;;
</pre>
=====blo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;blo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54774;55427;6;*;
;comp;regulatory;55434;55585;84;*;
fin;;CDS;55670;56692;;0;
deb;;CDS;114598;115023;163;*;
;;tRNA;115187;115260;231;*;gta
fin;;CDS;115492;117195;;;
deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*;
;comp;regulatory;140900;141008;336;*;
fin;;CDS;141345;142817;;;
deb;;CDS;158126;158626;618;*;
;;rRNA;159245;160770;432;*;16s
;;rRNA;161203;164268;170;*;23s
;;rRNA;164439;164555;188;*;5s
fin;comp;CDS;164744;165571;;0;
deb;;CDS;205431;206360;187;*;
;;tmRNA;206548;206944;238;*;
deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*;
;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg
fin;comp;CDS;207612;207896;;;
deb;;CDS;327271;327864;8;*;
;comp;ncRNA;327873;328247;493;*;
fin;;CDS;328741;329403;;;
deb;;CDS;381615;382658;190;*;
;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac
;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac
fin;;CDS;383325;384260;;0;
deb;;CDS;439838;440116;-39;*;
;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac
fin;;CDS;440709;441398;;0;
deb;comp;CDS;502556;503389;159;*;
;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc
;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc
;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc
;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg
;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc
fin;;CDS;504209;506242;;;
deb;;CDS;518814;520943;64;*;
;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc
fin;;CDS;521298;522827;;;
deb;comp;CDS;647871;648668;95;*;
;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc
fin;;CDS;648912;649790;;;
deb;comp;CDS;745690;747108;187;*;
;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt
;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt
fin;comp;CDS;747590;749008;;;
deb;;CDS;774507;775529;116;*;
;;tRNA;775646;775716;94;*;caa
fin;;CDS;775811;777193;;;
deb;;CDS;777792;778490;218;*;
;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc
;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc
fin;;CDS;779150;780820;;;
deb;;CDS;790385;793456;272;*;
;;tRNA;793729;793802;467;*;cca
fin;;CDS;794270;795018;;1;
deb;comp;CDS;803537;804322;67;*;
;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg
fin;;CDS;804668;805267;;0;
deb;comp;CDS;840296;840865;192;*;
;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta
fin;comp;CDS;841295;842296;;;
deb;comp;CDS;884674;884868;174;*;
;comp;regulatory;885043;885146;70;*;
fin;comp;CDS;885217;886689;;0;
deb;comp;CDS;902480;903079;104;*;
;comp;regulatory;903184;903288;90;*;
fin;comp;CDS;903379;904746;;0;
deb;comp;CDS;935658;936719;336;*;
;;tRNA;937056;937131;149;*;cac
fin;;CDS;937281;938306;;0;
deb;comp;CDS;980173;980928;251;*;
;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga
fin;;CDS;981330;982538;;0;
deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*;
;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg
;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta
fin;;CDS;1202866;1203867;;0;
deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*;
;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg
fin;comp;CDS;1208379;1209137;;;
deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*;
;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg
;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc
;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc
fin;;CDS;1264898;1265449;;;
deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*;
;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg
fin;;CDS;1280764;1281390;;0;
deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*;
;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf
fin;;CDS;1295976;1296182;;;
deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*;
;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag
fin;comp;CDS;1350274;1350720;;;
deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*;
;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa
fin;;CDS;1389126;1390664;;;
deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*;
;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc
fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0;
deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*;
;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag
;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag
fin;;CDS;1424972;1425556;;0;
deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*;
;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*;
fin;;CDS;1448664;1450847;;0;
deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*;
;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*;
fin;comp;CDS;1479502;1480089;;;
deb;;CDS;1523012;1524079;62;*;
;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg
fin;comp;CDS;1524290;1525228;;;
deb;;CDS;1533182;1534495;306;*;
;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg
fin;;CDS;1535759;1536615;;0;
deb;;CDS;1605867;1606060;102;*;
;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc
;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca
fin;comp;CDS;1606708;1606953;;;
deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*;
;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca
fin;comp;CDS;1647042;1648019;;;
deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*;
;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s
;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s
;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s
;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s
;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s
;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s
fin;comp;CDS;1717641;1718426;;;
deb;;CDS;1769786;1769896;55;*;
;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg
fin;;CDS;1770354;1771364;;0;
deb;;CDS;1904329;1905534;130;*;
;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg
fin;;CDS;1905778;1906005;;;
deb;;CDS;1907638;1908330;573;*;
;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s
;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s
;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s
fin;;CDS;1914589;1915422;;;
deb;;CDS;1935774;1935953;178;*;
;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga
fin;;CDS;1936725;1939109;;;
deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*;
;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac
;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc
;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj
fin;;CDS;1971690;1971857;;;
deb;;CDS;1978293;1979240;71;*;
;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc
fin;;CDS;1979775;1981118;;;
deb;;CDS;2014827;2015627;397;*;
;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg
fin;;CDS;2016437;2018005;;;
deb;;CDS;2045606;2046892;179;*;
;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca
fin;;CDS;2047402;2047542;;;
deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*;
;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg
fin;;CDS;2068918;2070600;;;
deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*;
;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0;
deb;;CDS;2086731;2087744;224;*;
;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac
;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc
fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0;
deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*;
;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac
fin;;CDS;2111349;2112299;;0;
deb;;CDS;2129279;2130508;117;*;
;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi
fin;;CDS;2130837;2131049;;;
deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*;
;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg
fin;;CDS;2171669;2171887;;;
</pre>
====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
<pre>
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
</pre>
====blo intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52
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;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
</pre>
====blo intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
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</pre>
*14.8.21
<pre>
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;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210
</pre>
====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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</pre>
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;;;
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</pre>
===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
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;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
</pre>
====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
<pre>
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
</pre>
====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
<pre>
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
</pre>
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]
====sma données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;;;37;;other
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;;;37;;other
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;;;34;;other
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;;;**;;tct
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;;;20;;gag
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;;;21;;cag
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;;;62;;gag
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;;;42;;gag
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;;;**;;cag
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;;;47;;gaa
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;;;24;;gac
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;;;**;;ttc
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;;;79;;gga
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;;;**;;ggc
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;;;205;;cgt
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;;;**;;agc
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;;;46;;acc
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;;;**;;atgj
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;;;;;;153;gga
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;;;;;**;;cca
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;;;;;5;;aac
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;;;;;166;;aac
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;;;;;**;;atgi
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;;;;;40;;gtc
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;;;;;19;;gtc
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;;;;;1;;gtc
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;;;;;38;;tgc
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;;;;;**;;ggc
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;;;;;;;
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;;;;;;;
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;;;;;;;
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;;;;;;;
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;;;;;;;
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;;;;;;;
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;;;;;;;
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;;;;;;;
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;;;;;;;
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;;;;;;;
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;;;;;;;
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;;;;;;;
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;;;;;;;
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;;;;;;;
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;;;;;;;
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;;;;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;;;;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;;;;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;
</pre>
=====sma autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
</pre>
====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
</pre>
===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
</pre>
====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
<pre>
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
</pre>
====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
<pre>
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
</pre>
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]
====ksk données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;;;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;;;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;;;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;;;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;;;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;;;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;;;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;;
</pre>
=====ksk autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
</pre>
====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
</pre>
===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
<pre>
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
</pre>
====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
<pre>
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
</pre>
====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35;
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
</pre>
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
<pre>
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
</pre>
==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
> comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
< comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
<> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
</pre>
====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
<pre>
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
</pre>
====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
<pre>
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
</pre>
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
<pre>
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
</pre>
====npu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;;-1;;atgj
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;;**;;atgj
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;;atc;44;;other
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;;**;;other
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;;gca;156;;aaa
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;;intra;7;;other
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;;atc gca;6;;cac
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;;48;;gca
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;;8;;aca
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;;10;;atgf
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;;4;;cta
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;;6;;ccg
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;;;;;5;;ctc
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;;;;;3;;ctg
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;;;;;1;;cca
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;;;;;6;;tta
;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;;;;;6;;ttg
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;;;;;3;;caa
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;;;;;5;;cag
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;;;;;6;;aac
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;;;;;81;;aca
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;;;;;4;;cgt
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;;;;;4;;agc
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;;;;;7;;tac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;;;;;62;;gaa
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;;;;;3;;tgg
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;;;;;11;;atgi
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;;;;;3;;tgc
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;;;;;4;;other
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;;;;;**;;gac
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;;;;;88;;acc
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;;;;;**;;tac
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;;;;;;;
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;;;;;;;
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;;;;;;;
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;;;;;;;
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;;;;;;;
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;;;;;;;
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;;;;;;
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;;;;;;;
6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;;;;;;;
34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;;
28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;;;;;;;
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;;
;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;;
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;;
;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;;
</pre>
=====npu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
fin;comp;CDS;5656038;5656589;;;
deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
fin;comp;CDS;5758078;5758233;;;
deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
fin;comp;CDS;6077435;6078040;;;
deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;
</pre>
===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
</pre>
====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
<pre>
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
</pre>
====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
<pre>
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
</pre>
====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
<pre>
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
</pre>
====pmg données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;;10;;acc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;tac
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;;atc;;;
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;;
2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;;gca;;;
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;;atc gca;;;
1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;;
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;;;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;;;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;;;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;;;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;;;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;;;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;;;;
2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;;;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;;;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;;;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;;
;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;;
1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;;
26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;;
24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;;
2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;;
;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;;
</pre>
=====pmg autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pmg;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;65120;66082;306;*;
;comp;tmRNA;66389;66662;44;*;
fin;;CDS;66707;67831;;0;
deb;comp;CDS;74235;75521;4;*;
;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt
fin;;CDS;75867;77216;;0;
deb;;CDS;132034;132708;49;*;
;;tRNA;132758;132829;566;*;aac
fin;;CDS;133396;133845;;;
deb;comp;CDS;239249;240253;185;*;
;;tRNA;240439;240520;71;*;cta
fin;;CDS;240592;241041;;;
deb;comp;CDS;257573;258844;77;*;
;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt
fin;;CDS;259082;259333;;;
deb;comp;CDS;272771;274039;18;*;
;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi
fin;;CDS;274272;274832;;;
deb;;CDS;305431;305850;87;*;
;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc
fin;comp;CDS;306102;307331;;;
deb;;CDS;313891;314472;178;*;
;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca
fin;comp;CDS;314788;315123;;;
deb;comp;CDS;320549;321988;601;*;
;;rRNA;322590;324074;125;*;1483
;;tRNA;324200;324273;12;*;atc
;;tRNA;324286;324358;258;*;gca
;;rRNA;324617;327492;64;*;2882
;;rRNA;327557;327673;43;*;117
fin;comp;CDS;327717;328595;;;
deb;comp;CDS;354976;355167;88;*;
;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc
;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac
fin;;CDS;355522;355962;;;
deb;comp;CDS;434230;435660;17;*;
;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac
deb;comp;CDS;435901;436095;35;*;
;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg
fin;comp;CDS;436257;436595;;;
deb;;CDS;521448;522497;99;*;
;;tRNA;522597;522682;78;*;tta
fin;;CDS;522761;522994;;;
deb;comp;CDS;609397;609897;249;*;
;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca
fin;;CDS;610638;611399;;0;
deb;;CDS;656308;657498;17;*;
;;ncRNA;657516;657700;162;*;
fin;;CDS;657863;658162;;;
deb;;CDS;774440;775240;210;*;
;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc
fin;comp;CDS;775552;776280;;;
deb;comp;CDS;828018;828392;49;*;
;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc
fin;;CDS;828743;830740;;;
deb;;CDS;868731;869213;29;*;
;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj
fin;;CDS;869384;869671;;;
deb;;CDS;909742;910707;45;*;
;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf
fin;;CDS;911421;911810;;;
deb;;CDS;996073;996609;16;*;
;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa
fin;comp;CDS;996740;997858;;0;
deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*;
;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa
fin;;CDS;1040897;1041004;;0;
deb;;CDS;1044863;1045423;276;*;
;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca
fin;comp;CDS;1045962;1046666;;;
deb;;CDS;1134197;1134427;251;*;
;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg
fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0;
deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*;
;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga
fin;;CDS;1164647;1165600;;0;
deb;;CDS;1212124;1212894;58;*;
;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc
fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0;
deb;;CDS;1253753;1255123;525;*;
;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg
fin;;CDS;1255736;1256911;;;
deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*;
;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac
fin;;CDS;1261061;1262455;;;
deb;;CDS;1264859;1265974;12;*;
;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*;
fin;;CDS;1266131;1266904;;1;
deb;;CDS;1275239;1277272;0;*;
;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga
fin;;CDS;1277456;1278802;;;
deb;;CDS;1308006;1308797;50;*;
;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc
fin;;CDS;1308987;1309604;;;
deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*;
;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg
fin;;CDS;1420120;1420440;;;
deb;;CDS;1453287;1454075;35;*;
;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc
fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0;
deb;;CDS;1472925;1473932;94;*;
;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa
fin;;CDS;1474115;1474891;;;
deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*;
;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg
fin;comp;CDS;1486812;1487258;;;
deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*;
;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc
fin;comp;CDS;1501649;1501816;;;
deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*;
;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg
;;ncRNA;1518319;1518700;21;*;
fin;;CDS;1518722;1519471;;0;
deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*;
;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*;
fin;comp;CDS;1527743;1527955;;;
deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*;
;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc
fin;comp;CDS;1554812;1555288;;;
deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*;
;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta
fin;;CDS;1601425;1602279;;;
</pre>
====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
</pre>
====pmg intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
- t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
</pre>
====pmg intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
</pre>
====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
<pre>
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210;
;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp
;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
</pre>
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
<pre>
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
</pre>
===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]
====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
<pre>
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
</pre>
====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
</pre>
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
<pre>
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
</pre>
==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
>;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
<;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
</pre>
====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
<pre>
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
</pre>
====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
<pre>
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
</pre>
====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
<pre>
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
</pre>
====myr données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;;atc;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;;atc;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;;atc;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;;atc;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;;gca;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;;gca;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;;aac;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;;intra;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;;atc gca;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;;atc gca;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;;38;;gaa;;;
1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;;**;;gac;;;
33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;;186;;cta;;;
28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;341;;tta;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;tta;;;
;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;;9;;tta;;;
;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
</pre>
=====myr autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;myr;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;151454;152776;273;*;
;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca
fin;comp;CDS;153343;154476;;;
deb;comp;CDS;171836;174145;177;*;
;comp;regulatory;174323;174510;162;*;
fin;;CDS;174673;175134;;0;
deb;;CDS;211346;212332;123;*;
;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta
;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta
;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta
;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta
;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta
fin;comp;CDS;213058;214275;;;
deb;comp;CDS;294948;295334;146;*;
;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga
;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca
;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc
fin;;CDS;296032;297210;;;
deb;;CDS;327067;328053;115;*;
;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa
deb;;CDS;328708;328866;73;*;
;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc
;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa
;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa
;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa
;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa
;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa
fin;;CDS;329763;330281;;1;
deb;comp;CDS;353908;354384;259;*;
;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s
;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s
;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca
;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc
;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s
;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s
;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s
;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca
;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc
;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s
fin;comp;CDS;365786;366973;;;
deb;comp;CDS;407344;408819;144;*;
;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca
;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca
;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca
;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca
;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca
fin;comp;CDS;409575;409838;;;
deb;comp;CDS;539601;541829;209;*;
;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other
fin;comp;CDS;542191;543285;;0;
deb;comp;CDS;550792;551043;40;*;
;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa
;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa
;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa
;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa
;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa
;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa
fin;comp;CDS;551782;553257;;0;
deb;comp;CDS;571079;574315;165;*;
;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s
;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s
;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca
;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc
;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s
;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s
;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s
;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca
;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc
;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s
fin;comp;CDS;585979;586545;;;
deb;comp;CDS;719558;719755;16;*;
;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg
deb;comp;CDS;719903;721090;58;*;
;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc
;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac
;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca
fin;comp;CDS;721519;721818;;;
deb;;CDS;781522;782178;76;*;
;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf
fin;;CDS;782424;782978;;0;
deb;comp;CDS;783008;783451;332;*;
;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf
fin;comp;CDS;783970;785886;;;
deb;comp;CDS;814859;815281;544;*;
;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga
fin;comp;CDS;815910;816362;;0;
deb;;CDS;868515;869267;40;*;
;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga
;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga
;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga
;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga
;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga
;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga
fin;;CDS;870173;870646;;;
deb;;CDS;887776;888255;96;*;
;;regulatory;888352;888451;64;*;
fin;;CDS;888516;888722;;;
deb;comp;CDS;900643;902784;77;*;
;comp;regulatory;902862;902950;75;*;
fin;comp;CDS;903026;903424;;;
deb;;CDS;1010425;1011210;95;*;
;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa
;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa
fin;;CDS;1011852;1015055;;;
deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*;
;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg
fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0;
deb;;CDS;1113809;1114273;158;*;
;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s
;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s
;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca
;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc
;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s
;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s
;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s
;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca
;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc
;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s
;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac
fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0;
deb;;CDS;1214932;1215615;104;*;
;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc
fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0;
deb;;CDS;1391184;1391825;85;*;
;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac
;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac
fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0;
deb;;CDS;1597909;1598226;635;*;
;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac
;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac
;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac
fin;comp;CDS;1599612;1600157;;;
deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*;
;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*;
fin;comp;CDS;1607085;1607525;;;
deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*;
;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta
;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta
fin;;CDS;1645276;1646115;;;
deb;;CDS;1721814;1722689;66;*;
;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg
fin;comp;CDS;1722878;1723252;;;
deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*;
;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi
;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi
fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0;
deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*;
;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta
;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta
fin;;CDS;1927015;1927368;;;
deb;;CDS;1928728;1929714;125;*;
;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta
deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*;
;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta
;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc
fin;comp;CDS;1930922;1933519;;;
deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*;
;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc
;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc
;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc
fin;comp;CDS;1963080;1964066;;;
deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*;
;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s
;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc
;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca
;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s
;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s
fin;;CDS;2089086;2089943;;;
deb;;CDS;2147912;2148241;286;*;
;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt
;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt
fin;;CDS;2148800;2149288;;;
deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*;
;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf
deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*;
;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj
fin;;CDS;2209975;2210361;;;
deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*;
;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*;
fin;comp;CDS;2225810;2226118;;;
deb;;CDS;2302059;2303552;133;*;
;;regulatory;2303686;2303879;199;*;
fin;;CDS;2304079;2304477;;;
deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*;
;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca
fin;;CDS;2427624;2428565;;;
deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*;
;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj
fin;;CDS;2435619;2436269;;0;
deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*;
;;ncRNA;2506290;2506388;93;*;
fin;comp;CDS;2506482;2507468;;;
deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*;
;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s
;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc
;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca
;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s
;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s
fin;;CDS;2569751;2571682;;1;
deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*;
;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*;
fin;;CDS;2641765;2642745;;;
deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*;
;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca
fin;;CDS;2679438;2681390;;;
deb;;CDS;2729998;2731122;20;*;
;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc
;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc
;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc
;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc
;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc
fin;;CDS;2731880;2732548;;1;
deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*;
;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta
fin;comp;CDS;2978554;2978928;;;
deb;;CDS;3228192;3228908;79;*;
;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac
;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac
;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac
;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac
fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0;
deb;;CDS;3299472;3300458;99;*;
;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*;
fin;;CDS;3301177;3302400;;;
deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*;
;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca
fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0;
deb;;CDS;3457542;3458360;150;*;
;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac
;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac
;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac
;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac
fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0;
deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*;
;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*;
fin;;CDS;3477177;3479327;;0;
deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*;
;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*;
fin;;CDS;3490278;3492428;;0;
deb;;CDS;3951958;3953367;595;*;
;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga
;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga
fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0;
deb;;CDS;3975219;3976205;99;*;
;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca
;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca
;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc
fin;;CDS;3977553;3978161;;;
deb;;CDS;4054689;4055261;76;*;
;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*;
fin;;CDS;4055928;4056746;;;
</pre>
====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
</pre>
====myr intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
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- t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
</pre>
====myr intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
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</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
</pre>
====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;;
</pre>
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
<pre>
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;;
;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
;;;273;;208;;;;;
;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb;
;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18
;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26
;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69%
;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;;
;;;209;;32;;76;69;'''fin;
;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15
;;;16;;60;;85;75;total;22
;20 30;;58;;93;;90;81;%;68%
;;;76;;96;;90;88;;
;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total;
;;;54;;10;;114;93;<201;33
;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48
;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69%
;;comp’;158;comp’;47;;146;147;;
;;;;comp’;90;;150;201;;
;;comp’;104;;88;;150;208;;
;373;;85;comp’;593;;186;215;;
;151 202;;635;comp’;169;;209;220;;
;186;comp’;132;;314;;235;242;;
;;comp’;66;;51;;273;294;;
;24;;186;;69;;286;314;;
;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;;
;;comp’;125;;147;;497;-;;
;9;;108;;201;;595;-;;
;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls
;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb;
;;;114;;106;;40;43;<201;12
;;;150;comp’;145;;66;47;total;13
;;;299;comp’;353;;73;90;%;92%
;;;125;comp’;366;;95;100;;
;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin;
;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10
;;;497;;61;;123;145;total;18
;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56%
;;;90;;220;;128;183;;
;;;90;;215;;132;280;'''total;
;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22
;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31
;;;;;;;_;366;%;71%
;;;;;;;_;381;;
;;;;;;;_;466;;
;;;;;;;_;497;;
;;;;;;;_;593;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;<201;30;25;55;;;;;;
;total;39;40;79;;;;;;
;taux;77%;63%;70%;;;;;;
</pre>
===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;;
comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;;
comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;;
;;;;;;;;;;;
;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;;
comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;;
comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;;
;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;;
comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;;
;192053..193441;;CDS;;;;;;463;;
;;;;;;;;;;;
comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;;
comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;;
comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;;
;;;;;;;;;;;
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comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;;
;;;;;;;;;;;
comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;;
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comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;;
;;;;;;;;;;;
comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;;
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;;;;;;;;;;;
;507944..508621;;CDS;;1042;*1042;;;226;;
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;511274..511350;;atc;;158;;;158;;;
;511509..511585;;gca;;213;;;;;;
;511799..514683;;23s;;156;;;;2885;;
;514840..514945;;5s;;204;204;;;106;;
;515150..515902;;CDS;;;;;;251;;
;;;;;;;;;;;
;596537..597679;;CDS;;312;312;;;381;;
comp;597992..598074;;ctc;+;40;;40;;;;
comp;598115..598190;;aaa;2 aaa;23;;23;;;;
comp;598214..598289;;aaa;;128;128;;;;;
;598418..598936;;CDS;;;;;;173;;
;;;;;;;;;;;
;642117..643595;;CDS;;91;91;;;493;;
;643687..643758;;gaa;+;31;;31;;;;
;643790..643864;;gaa;2 gaa;162;162;;;;;
;644027..644278;;CDS;;1149;*1149;;;84;;
;645428..646927;;16s;;110;;;;1500;;
;647038..647114;;atc;;158;;;158;;;
;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
;651641..653437;;CDS;;;;;;599;;
;;;;;;;;;;;
;726614..727399;;CDS;;207;207;;;262;;
comp;727607..727684;;gta;;81;81;;;;;
comp;727766..728980;;CDS;;;;;;405;;
;;;;;;;;;;;
;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;;
comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;;
comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;;
;;;;;;;;;;;
;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;;
;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;;
;897383..897955;;CDS;;;;;;191;;
;;;;;;;;;;;
comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;;
;984298..984384;;agc;;15;;15;;;;
;984400..984477;;cca;;30;;30;;;;
;984508..984584;;aga;;93;93;;;;;
;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
</pre>
====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
<pre>
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
</pre>
====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
<pre>
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
</pre>
====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
<pre>
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====fps données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;;296;ttg
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;;**;;cta
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;;atc;43;;ctc
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;;26;;aaa
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;;gca;**;;aaa
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;;intra;31;;gaa
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;;atc gca;**;;gaa
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;;15;;agc
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;;33;;cca
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;;**;;aga
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;;34;;atgf
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;;**;;atgf
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;;43;;ggc
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;;**;;tta
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;;86;;acc
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;;141;;tac
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;;**;;aca
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;;
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;;;;;;;
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;;;;;;;
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;;;;;;;
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;;;;;;;
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;;;;;;;
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;;;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;;;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;;;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;;;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;;
;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;;
23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;;
</pre>
=====fps autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
</pre>
====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
</pre>
===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
<pre>
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
</pre>
====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
<pre>
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
</pre>
====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
</pre>
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
<pre>
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
</pre>
==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
</pre>
====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
<pre>
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
</pre>
====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
<pre>
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
</pre>
====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
<pre>
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
<pre>
tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====abra données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;;44;;gta;66;;ggc
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;;11;;aca;17;;cca
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;;7;;aaa;13;;cga
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;;8;;tta;**;;gac
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;;72;;gca;8;;tcg
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;;atc;7;;atgj;**;;gcc
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;;44;;atgi;9;;gga
1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;;atc;8;;tca;1;;cca
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;;4;;atgf;8;;cgt
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;;aac;11;;gac;**;;gaa
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;;gta;**;;ttc;63;;cac
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;;;**;;caa
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;;tac;;;;;;
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;;
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;;aac;;;;;;
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;;
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;;
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;;
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;;
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;;;;;;;;;;
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;;;;;;;;;;
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;;;;;;;;;;
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;;;;;;;;;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;;;;;;;;;;
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;;;;;;;;;;
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;;;;;;;;;;
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;;;;;;;;;;
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;;;;;;;;;;
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;;;;;;;;;;;;;
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;;
;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====abra autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abra;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6032;8602;39;*;
;;misc_binding;8642;8842;66;*;
fin;;CDS;8909;10186;;;
deb;;CDS;58474;59019;199;*;
;;misc_binding;59219;59468;96;*;
fin;;CDS;59565;60740;;;
deb;;CDS;175843;176448;64;*;
;;regulatory;176513;176610;67;*;
fin;;CDS;176678;178138;;;
deb;;CDS;226433;226846;115;*;
;;regulatory;226962;227062;128;*;
fin;;CDS;227191;228555;;;
deb;;CDS;241700;242158;14;*;
;;ncRNA;242173;242267;222;*;
fin;;CDS;242490;243404;;;
deb;;CDS;253260;253430;86;*;
;;tRNA;253517;253601;215;*;tac
;;rRNA;253817;255343;145;*;16s
;;tRNA;255489;255565;89;*;atc
;;rRNA;255655;258506;35;*;23s
;;rRNA;258542;258652;11;*;5s
;;tRNA;258664;258740;149;*;aac
;;rRNA;258890;259000;11;*;5s
;;tRNA;259012;259088;860;*;aac
deb;;CDS;259949;260053;433;*;
;;rRNA;260487;262013;145;*;16s
;;tRNA;262159;262235;89;*;atc
;;rRNA;262325;265176;35;*;23s
;;rRNA;265212;265322;14;*;5s
;;tRNA;265337;265412;44;*;gta
;;tRNA;265457;265532;11;*;aca
;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa
;;tRNA;265627;265713;8;*;tta
;;tRNA;265722;265797;72;*;gca
;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj
;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi
;;tRNA;266075;266165;8;*;tca
;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf
;;tRNA;266255;266330;11;*;gac
;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc
fin;;CDS;266558;267409;;;
deb;;CDS;296513;297367;98;*;
;;misc_binding;297466;297674;30;*;
fin;;CDS;297705;299270;;;
deb;;CDS;326721;327413;0;*;
;;misc_feature;327414;327533;18;*;
fin;;CDS;327552;328049;;;
deb;;CDS;574175;574945;-5;*;
;;misc_binding;574941;575144;43;*;
fin;;CDS;575188;576195;;;
deb;;CDS;582446;584125;49;*;
;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc
fin;;CDS;584431;586110;;;
deb;;CDS;625631;626317;84;*;
;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc
;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca
;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga
;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac
fin;;CDS;626952;627599;;;
deb;;CDS;633550;634710;63;*;
;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc
fin;;CDS;634924;636651;;;
deb;;CDS;690994;692286;64;*;
;;regulatory;692351;692446;55;*;
fin;;CDS;692502;693653;;;
deb;;CDS;755442;756548;64;*;
;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag
fin;;CDS;756819;757373;;;
deb;;CDS;807788;808216;108;*;
;;tRNA;808325;808401;216;*;aga
fin;;CDS;808618;808854;;0;
deb;comp;CDS;818257;818448;29;*;
;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*;
fin;comp;CDS;818548;818796;;;
deb;;CDS;829563;829871;155;*;
;;tRNA;830027;830102;27;*;agg
fin;;CDS;830130;831458;;;
deb;;CDS;862237;863004;104;*;
;;regulatory;863109;863206;46;*;
fin;;CDS;863253;863771;;1;
deb;;CDS;951162;951842;56;*;
;;misc_feature;951899;952022;10;*;
fin;;CDS;952033;952593;;;
deb;;CDS;979156;980118;92;*;
;comp;ncRNA;980211;980543;41;*;
fin;comp;CDS;980585;980917;;;
deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*;
;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*;
fin;comp;CDS;1001128;1001976;;;
deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*;
;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*;
;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*;
fin;comp;CDS;1034750;1035400;;;
deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*;
;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*;
fin;comp;CDS;1044360;1045796;;;
deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*;
;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*;
fin;;CDS;1057073;1058293;;;
deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*;
;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*;
fin;comp;CDS;1127899;1128741;;;
deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*;
;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*;
fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0;
deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*;
;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg
;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc
fin;comp;CDS;1177945;1179252;;;
deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*;
;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc
fin;comp;CDS;1188688;1189704;;;
deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*;
;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg
fin;comp;CDS;1194870;1196045;;;
deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*;
;;tmRNA;1222634;1222981;262;*;
fin;;CDS;1223244;1223657;;;
deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*;
;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc
fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0;
deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*;
;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc
fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0;
deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*;
;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga
;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca
;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt
;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa
fin;comp;CDS;1428665;1429210;;;
deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*;
;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac
;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s
;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s
;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s
deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*;
;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac
;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s
;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac
;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s
;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s
;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s
fin;comp;CDS;1444094;1444618;;;
deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*;
;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*;
fin;comp;CDS;1455181;1455630;;;
deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*;
;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta
fin;comp;CDS;1533446;1535560;;;
deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*;
;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg
deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*;
;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac
;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa
fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0;
deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*;
;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg
fin;comp;CDS;1718204;1718947;;;
deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*;
;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*;
fin;comp;CDS;1729832;1730329;;;
deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*;
;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa
fin;comp;CDS;1744337;1744720;;;
deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*;
;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc
fin;comp;CDS;1748022;1750199;;;
deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*;
;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*;
fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0;
</pre>
====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
<pre>
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
</pre>
====abra intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
- t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
</pre>
====abra intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
</pre>
====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge.
<pre>
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp
;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp
;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63;
;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714;
;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp
;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
<pre>
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;<201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
</pre>
===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
</pre>
====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
<pre>
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
</pre>
====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
<pre>
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
</pre>
====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
<pre>
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
</pre>
====apal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;;7;;ttc;9;;agc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;;4;;gac;**;;gaa
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;;55;;atgf;14;;cac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;;22;;tca;34;;caa
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;;atc;4;;atgi;**;;cta
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;;gca;45;;atgj;9;;gaa
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;;5;;gca;71;;cgt
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;;20;;tta;13;;cca
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;;aac;6;;aaa;**;;gga
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;;gta;15;;aca;1;;cgg
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;;**;;gta;**;;tcc
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;;tac;;;;;;
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;;atc gca;;;;;;
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;;
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;;
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;;
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;;;;;;;;;;;
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;;;;;;;;;;;
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;;;;;;;;;;;
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;;;;;;;;;;;
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;;;;;;;;;;;
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;;;;;;;;;;;
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;;;;;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;;
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;;
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====apal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
</pre>
===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
<pre>
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
</pre>
====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
<pre>
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
</pre>
====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
</pre>
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
</pre>
==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
</pre>
====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
<pre>
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
</pre>
====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
<pre>
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
</pre>
====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
<pre>
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
</pre>
====scc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;;10;;gag
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;;**;;cag
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;;atc;43;;gaa
1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;;gca;**;;aaa
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;;32;;cac
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;;atc;38;;cga
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;;gca;37;;aag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;;36;;cta
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;;**;;ggc
1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;;40;;tca
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;;25;;agc
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;;16;;cgc
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;;40;;tcg
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;;**;;tcc
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;;
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;;
;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;;;;;
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;;;;;
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;;;;;
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;;;;;
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;;;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;;;;;
2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;;;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;;;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;;;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;;;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;;;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;;;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;;;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;;
32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;;
31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;;
</pre>
=====scc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;scc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*;
;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg
fin;comp;CDS;216868;217047;;0;
deb;;CDS;243358;244170;812;*;
;;rRNA;244983;246519;132;*;16s
;;tRNA;246652;246725;79;*;atc
;;rRNA;246805;249778;72;*;23s
;;rRNA;249851;249962;175;*;5s
fin;comp;CDS;250138;250947;;;
deb;;CDS;300128;301798;669;*;
;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg
fin;;CDS;302992;304032;;;
deb;comp;CDS;316296;317216;152;*;
;;tRNA;317369;317442;176;*;gac
fin;;CDS;317619;318692;;;
deb;;CDS;330207;331004;16;*;
;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg
fin;;CDS;331356;333446;;1;
deb;comp;CDS;345290;346216;228;*;
;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg
fin;comp;CDS;346700;347059;;0;
deb;;CDS;422975;424363;71;*;
;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc
fin;;CDS;424759;426600;;;
deb;;CDS;436852;438168;237;*;
;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg
fin;;CDS;438680;440152;;1;
deb;comp;CDS;481186;482484;180;*;
;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj
fin;;CDS;482820;483494;;;
deb;;CDS;530805;532313;82;*;
;;tRNA;532396;532467;310;*;gta
fin;;CDS;532778;533485;;;
deb;;CDS;568939;569700;102;*;
;;tRNA;569803;569874;412;*;gga
fin;;CDS;570287;570952;;;
deb;;CDS;636017;636391;52;*;
;;tRNA;636444;636517;334;*;aca
fin;comp;CDS;636852;637013;;0;
deb;;CDS;640192;640530;79;*;
;;tmRNA;640610;640987;334;*;
fin;comp;CDS;641322;642209;;0;
deb;;CDS;711173;712012;51;*;
;comp;ncRNA;712064;712406;10;*;
fin;comp;CDS;712417;713229;;;
deb;comp;CDS;717326;717772;66;*;
;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac
fin;;CDS;718151;719386;;;
deb;comp;CDS;721419;723056;67;*;
;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag
;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag
fin;comp;CDS;723381;723911;;;
deb;comp;CDS;724974;725225;236;*;
;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg
fin;comp;CDS;725658;728366;;;
deb;comp;CDS;767509;768549;350;*;
;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s
;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s
;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca
;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s
fin;;CDS;774381;774947;;;
deb;;CDS;783089;784627;273;*;
;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa
;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa
fin;;CDS;785312;787483;;;
deb;comp;CDS;877367;879202;447;*;
;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s
;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s
;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca
;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s
fin;;CDS;885244;885867;;0;
deb;;CDS;900855;901490;73;*;
;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc
fin;;CDS;901852;903519;;;
deb;;CDS;928254;930545;138;*;
;;tRNA;930684;930755;32;*;cac
;;tRNA;930788;930861;38;*;cga
;;tRNA;930900;930972;37;*;aag
;;tRNA;931010;931091;36;*;cta
;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc
fin;;CDS;931623;932981;;;
deb;;CDS;937885;939693;171;*;
;;tRNA;939865;939938;437;*;aga
fin;;CDS;940376;940579;;0;
deb;comp;CDS;974079;974468;223;*;
;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc
deb;comp;CDS;974929;975384;112;*;
;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca
fin;;CDS;975665;976339;;0;
deb;;CDS;1069506;1069922;81;*;
;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta
fin;;CDS;1070166;1070981;;;
deb;;CDS;1084097;1084510;24;*;
;;regulatory;1084535;1084630;39;*;
fin;;CDS;1084670;1085716;;;
deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*;
;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac
fin;comp;CDS;1114496;1117318;;;
deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*;
;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa
fin;comp;CDS;1128044;1128334;;;
deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*;
;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg
fin;;CDS;1259057;1259779;;0;
deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*;
;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc
fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1;
deb;;CDS;1301674;1301952;54;*;
;;rpr;1302007;1306491;4;*;
fin;;CDS;1306496;1306978;;;
deb;;CDS;1319568;1319912;73;*;
;;rpr;1319986;1322002;84;*;
fin;comp;CDS;1322087;1322668;;;
deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*;
;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf
fin;;CDS;1365108;1366457;;;
deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*;
;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg
fin;comp;CDS;1479975;1481738;;;
deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*;
;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc
fin;comp;CDS;1523336;1523890;;;
deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*;
;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc
fin;;CDS;1542418;1544223;;0;
deb;;CDS;1691238;1692578;189;*;
;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg
fin;;CDS;1693416;1693646;;;
deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*;
;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi
fin;comp;CDS;1762481;1765135;;;
deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*;
;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg
deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*;
;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc
fin;;CDS;2035721;2036506;;0;
deb;;CDS;2185380;2186171;84;*;
;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca
;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc
;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc
;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg
;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc
;;ncRNA;2186809;2186906;133;*;
fin;comp;CDS;2187040;2188236;;;
</pre>
====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
</pre>
====scc intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
- t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
</pre>
====scc intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
</pre>
====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
<pre>
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193;
;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40;
;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
</pre>
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
<pre>
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;<201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;<201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;<201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
</pre>
====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
</pre>
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
</pre>
==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
</pre>
====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
<pre>
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
</pre>
====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
<pre>
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
</pre>
====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
<pre>
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
</pre>
====mfi données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;;85;;acc
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;;**;;tta
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;;5;;aac
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;;gca;58;;atgi
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;;gca;53;;gaa
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;;29;;cta
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;;gca;**;;cac
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;;90;;aag
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;;504;;ttg
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;;**;;aaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;;40;;tgg
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;;**;;tgc
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;;62;;aga
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;;**;;agg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;;99;;gta
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;;;;;**;;gtg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;;;;;76;;aca
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;;;;;44;;cca
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;;;;;170;;tac
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;;;;;7;;gac
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;;;;;**;;aaa
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;;;;;4;;gtc
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;;;;;**;;ttc
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;;;;;2;;ggc
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;;;;;**;;gga
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;;;;;;;
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;;;;;;
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;;;;;;;
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;;;;;;;
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;;
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;;;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;;
</pre>
=====mfi autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
</pre>
===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
</pre>
====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
<pre>
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
</pre>
====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
<pre>
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
</pre>
====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
<pre>
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
</pre>
====mja données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;;7;;ttc;91;;atgj
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;;29;;aac;**;;ctc
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;;gca;18;;atgi;23;;aga
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;;39;;gaa;**;;gaa
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;;gca;11;;cta;178;;acc
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;;**;;cac;**;;caa
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;;gac;14;;aca;34;;ggc
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;;8;;cca;**;;gga
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;;cac;83;;tac;;;
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;;**;;aaa;;;
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;;aaa;;;;;;
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;;;;;;
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;;;;;;
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;;;;;;
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;;;;;;
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;;;;;;
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;;;;;;
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;;;;;;
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;;;;;;
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;;;;;;
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;;;;;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;;;;;
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;;;;;;
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;;;;;;
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;;
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====mja autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
<pre>
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
</pre>
====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
<pre>
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
</pre>
*'''Le Tableau'''
<pre>
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
</pre>
====mja intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
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- t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
</pre>
====mja intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
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comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
</pre>
====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
<pre>
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
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;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp
;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp
deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123;
;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp
fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp
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;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp
fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp
deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp
;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp
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;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp
;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34;
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;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp
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;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79;
fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479;
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;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484;
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;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp
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;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68;
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;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484;
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deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp
;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473;
fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223;
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;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;;
;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
<pre>
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15
comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17
;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84%
;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;<201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;<201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;<201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;<201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
</pre>
===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
>comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
<;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
>;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
</pre>
====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
<pre>
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
</pre>
====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
<pre>
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
</pre>
====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
<pre>
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
</pre>
====mba données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;;132;;ctc
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;;**;;ctc
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;;71;;aac
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;;119;;atgi
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;;gca;**;;aac
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;;94;;gga
;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;;gca;**;;cta
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;;63;;atgf
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;;63;;atgf
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;;**;;atgf
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;;65;;tgc
;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;;;;;**;;tgc
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;;;;;112;;tac
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;;;;;**;;gac
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;;;;;223;;gcc
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;;;;;74;;atc
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;;;;;**;;atc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;;;;;94;;gtc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;;;;;7;;ttc
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;;;;;61;;ggc
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;;94;;gtc
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;;;;;7;;ttc
1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;;;;**;;ggc
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;;;;;;;
2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;;;;;;;
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;;
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;;;;;;;
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;;
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;;
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;;
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;;
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;;
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;;
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;;
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;;
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;;
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;;
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;;
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;;
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;;
17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;;
41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;;
;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;;
;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;;
</pre>
====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
</pre>
====mba intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
- t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
</pre>
====mba intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22
;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307
</pre>
====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp
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;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp
;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp
</pre>
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;;;;;;;;
;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb;
;;;535;;222;;36;125;<201;9
;;;80;;198;;64;126;total;25
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;;;173;;673;;89;187;;
;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin;
;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8
;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23
;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35%
;;;799;;;;235;220;;
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;65;;235;;126;;349;246;<201;17
;;;423;comp’;546;;377;273;total;48
;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35%
;;comp’;286;comp’;760;;433;307;;
;;;36;;1249;;535;349;;
;;;576;comp’;448;;536;351;;
;;comp’;745;comp’;506;;539;655;;
;112;;433;comp’;300;;567;673;;
;;comp’;154;;187;;576;717;;
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;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;;
;;;1379;;198;;1379;1249;;
;;;349;comp’;445;;1489;-;;
;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls
;;;2315;;199;;'''-12;35;;
;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb;
;;;567;;349;;96;177;<201;7
'''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21
;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
;;;1489;;1102;;154;221;;
;;;164;;218;;183;241;'''fin;
;;comp’;318;comp’;263;;241;263;<201;4
;;comp’;134;;153;;286;300;total;21
;;;539;;995;;298;375;taux;19%
;;comp’;514;comp’;477;;314;400;;
;;;269;;;;318;445;'''total;
;;comp’;1075;comp’;182;;349;448;<201;11
;;comp’;96;comp’;375;;488;477;total;42
;;comp’;718;comp’;35;;492;506;taux;26%
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;;;64;comp’;675;;566;546;;
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;94 7 61 94 7;comp’;566;;717;;745;717;;
;;;200;;351;;1075;760;;
;;;377;comp’;214;;2075;790;;
;;;89;;655;; ;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;toal;;;;;;;
<201;16;12;28;;;;;;;
total;46;44;90;;;;;;;
taux;35%;27%;31%;;;;;;;
</pre>
===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s 3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina sp. WH1;;;;;;;;;;;;
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;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;*
;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;*
;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;*
;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;*
comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;*
comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;*
;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;*
comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;*
;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
>;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
</pre>
====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
<pre>
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
</pre>
====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
<pre>
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
</pre>
====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
<pre>
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
</pre>
====mfe données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;;72;;tgc
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;;**;;tgc
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;;89;;atgf
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgf
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;;gca;111;;gac
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;;**;;tac
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;;gca;73;;cta
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;;**;;gga
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;;117;;ctc
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;;**;;ctc
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;;87;;aac
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;;110;;atgi
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;;;;;**;;aac
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;;;;;;227;gcc
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;;;;;62;;atc
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;;;;;**;;atc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;;;;;718;;gaa
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;;;;;**;;gaa
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;;;;;25;;ggc
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;;;;57;;ttc
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;;;;;71;;gtc
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;;;;;25;;ggc
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;;118;;ttc
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;;;;;**;;gtc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;;
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;;
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;;
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;;
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;;
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;;
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;;
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;;
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;;
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;;
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;;
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;;
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;;
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;;
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;;
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;;
</pre>
=====mfe autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
</pre>
===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
<pre>
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
</pre>
====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
<pre>
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
</pre>
====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
<pre>
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
</pre>
====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
</pre>
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]]
<pre>
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
</pre>
==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
<pre>
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49
</pre>
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
<pre>
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19
ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49
</pre>
====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
<pre>
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7
</pre>
====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
<pre>
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11
'''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40
&'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42
&'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
</pre>
====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
<pre>
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
</pre>
*tableau
<pre>
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
</pre>
=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
<pre>
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
</pre>
*'''Tableau'''
<pre>
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;
cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;;
pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
</pre>
=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
<pre>
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3
22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800
pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;
tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+; xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
</pre>
=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
<pre>
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12
;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
</pre>
=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
;<201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;"
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;"
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;"
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;"
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;"
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;"
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;"
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5;
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;"
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;"
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;"
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;"
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
</pre>
*'''Les résultats'''
<pre>
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
<pre>
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
</pre>
*'''Les calculs des bornes'''
<pre>
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
</pre>
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
<pre>
>0;;;<0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1
</pre>
=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
<pre>
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&25;°24;°6
ant;&10,9;27;&25;°15;°8
mja;&24,2;30;13;42;&36
pmg;&36,0;&39;14;39;&41
pub;&19,0;29;&36;44;&45
$II;;;;;
ade;&11,9;&36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&19,3;&42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&12,3;33;18;43;&35
rru;&10,1;31;18;41;&33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau
<pre>
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
-1;1671;'''17.5;;0;0;;
-2;4;0.0;;40;3.3;;
-3;5;0.1;;0;0;;
-4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10;
-5;9;0.1;;3;0.2;;
-6;4;0.0;;35;2.9;;16
-7;139;1.5;;19;1.6;;
-8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
-9;3;0.0;;25;2.0;;14
-10;93;1.0;;11;0.9;;
-11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
-12;2;0.0;;23;1.9;;8
-13;94;1.0;;15;1.2;;
-14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
-15;1;0.0;;25;2.0;;12
-16;58;0.6;;13;1.1;;
-17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
-18;5;0.1;;13;1.1;;1
-19;43;0.4;;12;1.0;;
-20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
-21;0;0;;11;0.9;;3
-22;22;0.2;;8;0.7;;
-23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
-24;1;0.0;;19;1.6;;8
-25;34;0.4;;11;0.9;;
-26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
-27;2;0.0;;6;0.5;; -2
-28;19;0.2;;8;0.7;;
-29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
-30;0;0;;5;0.4;; -3
-31;16;0.2;;8;0.7;;
-32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
-33;0;0;;3;0.2;; -4
-34;15;0.2;;7;0.6;;
-35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
-36;0;0;;3;0.2;;0
-37;9;0.1;;3;0.2;;
-38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
-39;0;0;;3;0.2;; -4
-40;5;0.1;;7;0.6;;
-41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
-42;0;0;;4;0.3;; -2
-43;16;0.2;;6;0.5;;
-44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
-45;0;0;;2;0.2;; -1
-46;5;0.1;;3;0.2;;
-47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
-48;0;0;;2;0.2;; -2
-49;11;0.1;;4;0.3;;
-50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
</pre>
*Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
<pre>
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
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gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
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80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
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-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
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-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
<pre>
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu 50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
</pre>
=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
<pre>
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
</pre>
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
<pre>
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88
3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335
4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56
5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83
6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84
7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93
8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68
10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;;
</pre>
*<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
<pre>
14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus
gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total
abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8
ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102
afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4
ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83
ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352
blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18
bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35
cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11
cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9
cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69
eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94
mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22
mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56
myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20
pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88
pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42
pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92
rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74
rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4
scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28
spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12
total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223
</pre>
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
<pre>
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰.
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
<pre>
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
</pre>
======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs
<pre>
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
</pre>
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
<pre>
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
</pre>
*Tableau cds-cds-x
<pre>
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5
'''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5
'''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8
'''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
</pre>
*Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
<pre>
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
<pre>
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20;
&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21;
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
<pre>
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
<pre>
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
<pre>
Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
</pre>
*<span id="fc40">Données</span>
<pre>
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
<pre>
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+ 40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15 611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
</pre>
=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
<pre>
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210"
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
</pre>
*'''Tableau'''
<pre>
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
</pre>
===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
<pre>
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
</pre>
==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
<pre>
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal >1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;;;apal;;;;12 *;1;;12
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
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;blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
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;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
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;ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
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2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;4;tcc;;tac;4;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;tta 2;atc;1;acc;;aac;5;agc;1
tta 2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;atgi 2;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;1
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;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;3;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
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aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;15;;;;;;;;;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;39;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
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;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
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;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
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;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+>a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
</pre>
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
<pre>
bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
</pre>
===La référence +5s >3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]]
<pre>
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
</pre>
===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
</pre>
==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]]
<pre>
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
</pre>
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
<pre>
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
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gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
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cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
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ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
</pre>
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
<pre>
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
</pre>
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
<pre>
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
</pre>
====Classement des tRNAs avec les 8 processus====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
<pre>
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
</pre>
==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
<pre>
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
</pre>
bbyayd8nippnl73pvipte9pxo2ogi2x
881467
881465
2022-08-19T06:13:02Z
Mekkiwik
5298
/* cbc données intercalaires */
wikitext
text/x-wiki
{{Annexe
| idfaculté = biologie
| numéro = 12
| niveau =
| précédent = [[../archeo/]]
| suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]]
<pre>
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
</pre>
====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
<pre>
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
</pre>
====bsu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;;4;;gta;9;;atgj
0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;;36;;aca;**;;gaa
0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;;6;;aaa;3;;gaa
0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;;40;;cta;4;;gta
0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;;14;;ggc;22;;aca
0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;;9;;tta;4;;tac
2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;;27;;cgt;**;;caa
1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;;atc;9;;cca;4;;aac
3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;;**;;gca;29;;agc
1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;;gca;4;;aac;11;;gaa
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;;56;;acc;26;;caa
1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;;gta;30;;ggc;11;;aaa
0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;;aac;27;;cgt;80;;cta
0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;;atgf;8;;cca;**;;ctc
0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;;aac;**;;gca;35;;ttc
0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;;intra;13;;cgt;81;;gac
0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;;atc gca;**;;gga;9;;gaa
2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;;60;;atgf;**;;aaa
0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;;gca;**;;gac;;;
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;;gca;5;;aac;;;
0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;;gga;34;;tcc;;;
0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;;9;;gaa;;;
0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;;9;;gta;;;
0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;;11;;atgf;;;
0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;;12;;gac;;;
0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;;5;;ttc;;;
1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;;22;;aca;;;
0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;;5;;tac;;;
1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;;24;;tgg;;;
0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;;9;;cac;;;
0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;;49;;caa;;;
0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;;5;;ggc;;;
0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;;7;;tgc;;;
1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;;265;;tta;;;
0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;;**;;ttg;;;
0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;;25;;gaa;;;
0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;;3;;agc;;;
0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;;10;;aac;;;
0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;;15;;atc;;;
0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;;10;;gga;;;
1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;;17;;cac;;;
16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;;12;;ttc;;;
15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;;11;;gac;;;
0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;;17;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;6;;tca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;2;;atgi;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;19;;atgj;;;
;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;;5;;gca;;;
;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;;15;;cca;;;
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;;9;;cgt;;;
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;;14;;tta;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;;
</pre>
=====bsu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;bsu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6994;9459;350;*;
;;rRNA;9810;11364;99;*;16s
;;tRNA;11464;11540;11;*;atc
;;tRNA;11552;11627;81;*;gca
;;rRNA;11709;14636;55;*;23s
;;rRNA;14692;14810;36;*;5s
fin;comp;CDS;14847;15794;;0;
deb;;CDS;19968;20558;52;*;
;;misc_RNA;20611;20823;56;*;
deb;;CDS;20880;22157;134;*;
;;tRNA;22292;22384;111;*;tca
fin;comp;CDS;22496;23149;;;
deb;;CDS;25852;26337;41;*;
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fin;;CDS;2953795;2954460;;0;
deb;comp;CDS;2959257;2961188;43;*;
;comp;misc_RNA;2961232;2961479;106;*;
fin;comp;CDS;2961586;2962431;;;
deb;comp;CDS;3033696;3035435;153;*;
;;misc_RNA;3035589;3035721;8;*;
fin;;CDS;3035730;3036332;;0;
deb;comp;CDS;3036603;3037871;23;*;
;comp;misc_RNA;3037895;3038168;44;*;
fin;comp;CDS;3038213;3039931;;0;
deb;comp;CDS;3102629;3105043;109;*;
;comp;misc_RNA;3105153;3105367;102;*;
fin;comp;CDS;3105470;3105805;;0;
deb;comp;CDS;3127825;3129027;167;*;
;comp;misc_RNA;3129195;3129333;196;*;
fin;;CDS;3129530;3131113;;0;
deb;comp;CDS;3169763;3171646;232;*;
;comp;tRNA;3171879;3171950;25;*;gaa
;comp;tRNA;3171976;3172066;3;*;agc
;comp;tRNA;3172070;3172144;10;*;aac
;comp;tRNA;3172155;3172231;15;*;atc
;comp;tRNA;3172247;3172320;10;*;gga
;comp;tRNA;3172331;3172406;17;*;cac
;comp;tRNA;3172424;3172499;12;*;ttc
;comp;tRNA;3172512;3172588;11;*;gac
;comp;tRNA;3172600;3172676;17;*;atgf
;comp;tRNA;3172694;3172786;6;*;tca
;comp;tRNA;3172793;3172869;2;*;atgi
;comp;tRNA;3172872;3172948;19;*;atgj
;comp;tRNA;3172968;3173040;5;*;gca
;comp;tRNA;3173046;3173122;15;*;cca
;comp;tRNA;3173138;3173214;9;*;cgt
;comp;tRNA;3173224;3173309;14;*;tta
;comp;tRNA;3173324;3173398;5;*;ggc
;comp;tRNA;3173404;3173490;10;*;ctg
;comp;tRNA;3173501;3173576;37;*;aaa
;comp;tRNA;3173614;3173689;32;*;aca
;comp;tRNA;3173722;3173797;20;*;gta
;comp;rRNA;3173818;3173935;55;*;5s
;comp;rRNA;3173991;3176918;167;*;23s
;comp;rRNA;3177086;3178640;464;*;16s
;;misc_RNA;3179105;3179206;99;*;
fin;;CDS;3179306;3179884;;0;
deb;;CDS;3187503;3188048;124;*;
;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*;
fin;;CDS;3188414;3189082;;;
deb;;CDS;3193863;3194348;106;*;
;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc
fin;comp;CDS;3194635;3195465;;;
deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*;
;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*;
fin;comp;CDS;3335751;3336272;;;
deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*;
;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*;
fin;comp;CDS;3360974;3361111;;;
deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*;
;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*;
fin;comp;CDS;3364618;3364962;;;
deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*;
;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*;
fin;;CDS;3404835;3405626;;0;
deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*;
;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*;
fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0;
deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*;
;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*;
fin;comp;CDS;3451248;3451718;;;
deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*;
;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*;
fin;comp;CDS;3491655;3492689;;;
deb;;CDS;3544642;3545604;284;*;
;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg
fin;;CDS;3546234;3546827;;0;
deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*;
;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*;
;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*;
fin;comp;CDS;3856782;3856937;;;
deb;;CDS;3946394;3946909;0;*;
;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*;
fin;;CDS;3947158;3948399;;;
deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*;
;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*;
fin;;CDS;3989331;3989873;;0;
deb;;CDS;3997221;3997709;65;*;
;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*;
deb;;CDS;3997964;3999097;68;*;
;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*;
fin;;CDS;3999350;4000486;;0;
deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*;
;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*;
fin;;CDS;4005752;4006945;;0;
deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*;
;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*;
fin;;CDS;4097416;4098150;;;
deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*;
;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc
;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac
;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa
;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa
fin;comp;CDS;4155433;4156725;;;
deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*;
;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*;
fin;;CDS;4170045;4171352;;0;
</pre>
====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
</pre>
====bsu intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
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290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
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;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
</pre>
====bsu intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
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</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
</pre>
====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
<pre>
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp
&emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp
&emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
&emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;;
</pre>
====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
</pre>
====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]]
<pre>
bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
</pre>
===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
<pre>
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
</pre>
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
</pre>
====lmo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;;;;;;;
;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;;;;;;;
;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
</pre>
=====lmo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
<pre>
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
</pre>
====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
<pre>
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
</pre>
===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
<pre>
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
</pre>
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
<pre>
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
</pre>
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
>1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
</pre>
====lam données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;;2;;gta;111;;ggc
0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;;13;;aaa;112;;ggc
0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;;23;;cta;35;;ggc
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;;10;;aca;**;;ccg
0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;;atc;11;;ggc;35;;gaa
3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;;8;;tta;9;;tca
0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;;gca;5;;cgt;3;;atgf
0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;;29;;cca;6;;gac
3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;;aac;12;;atgj;7;;ttc
1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;;gta;27;;atgi;4;;tac
0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;;intra;3;;atgf;12;;tgg
1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;;atc gca;6;;gac;7;;cac
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;;19;;ttc;23;;caa
1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;;5;;gga;40;;tgc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;;2;;atc;**;;ttg
0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;;**;;agc;34;;tac
1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;;10;;tcc;**;;caa
0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;;**;;aac;6;;tca
0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;;;;;;;;7;;gac
0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;;;;;;;;4;;cac
0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;;;;;;;;**;;gta
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;;;;;;;;5;;gta
0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;;;;;;;;**;;gaa
1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;;;;;;;;8;;cgt
0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;;;;;;;;**;;cca
0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;;;;;;;;;
0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;;;;;;;;;;
0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;;;;;;;;;;
0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;;
0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;;
0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;;
0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====lam autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
</pre>
===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome<br>
<pre>
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
</pre>
=====ppm plasmide=====
*Plasmide<br>
<pre>
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
</pre>
=====ppm plasmide MAJ=====
<pre>
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
</pre>
====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome<br>
<pre>
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
</pre>
*Plasmide<br>
<pre>
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
</pre>
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
<pre>
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
</pre>
====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
</pre>
*Plasmide
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
</pre>
====ppm données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
</pre>
=====ppm autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
</pre>
====ppmp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;;
;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;;
10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;;tta
20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;;aca
30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;;tcg
40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;;tcc
50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;;ctt
60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;;tcg
70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;;tca
80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;;
90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;;
100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;;
110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;;
120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;;;
130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;;;
140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;;;
150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;;;
160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;;;
170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;;;
180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;;
190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;;;
200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;;;
210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;;
220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;;;
230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;;
240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;;
250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;;
260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;;
270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;;
280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;;
290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;;
300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;;
310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;;
320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;;
330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;;
340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;;
350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;;
360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;;
370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;;
380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;;
390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;;
400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;;
reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;;
;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;;
;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;;
;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;;
;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;;
;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;;
</pre>
=====ppmp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;ppmp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3920;4174;536;*;
;;tRNA;4711;4803;5;*;agc
;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc
;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa
;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt
;;tRNA;5112;5186;101;*;cca
;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg
;;tRNA;5366;5441;7;*;tat
;;tRNA;5449;5522;6;*;caa
;;tRNA;5529;5605;5;*;cac
;;tRNA;5611;5686;125;*;gac
;;tRNA;5812;5887;10;*;gga
;;tRNA;5898;5973;4;*;aac
;;tRNA;5978;6066;9;*;tac
;;tRNA;6076;6153;82;*;ata
;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi
;;tRNA;6317;6392;4;*;aac
;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg
;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa
;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc
;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc
;;tRNA;6908;6980;7;*;cga
;;tRNA;6988;7065;5;*;cca
;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg
;;tRNA;7161;7235;4;*;atc
;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf
;;tRNA;7323;7398;109;*;gca
;;tRNA;7508;7584;3;*;cga
;;tRNA;7588;7668;13;*;cta
;;tRNA;7682;7758;8;*;atc
;;tRNA;7767;7841;4;*;aac
;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg
deb;;CDS;7953;8324;-24;*;
;;tRNA;8301;8378;8;*;gac
;;tRNA;8387;8473;86;*;tac
;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa
;;tRNA;8647;8720;4;*;gga
;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc
;;tRNA;8808;8882;100;*;acg
deb;comp;CDS;8983;9600;89;*;
;;tRNA;9690;9771;3;*;tta
;;tRNA;9775;9849;35;*;aca
fin;comp;CDS;9885;10169;;;
deb;comp;CDS;10320;10622;116;*;
;;tRNA;10739;10813;18;*;aca
fin;comp;CDS;10832;11146;;;
deb;comp;CDS;11363;11599;94;*;
;;tRNA;11694;11765;106;*;aga
fin;;CDS;11872;12312;;0;
deb;;CDS;13199;14083;226;*;
;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg
;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc
;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt
;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg
;;tRNA;14660;14751;119;*;tca
fin;;CDS;14871;15080;;0;
deb;comp;CDS;227125;227388;444;*;
;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga
deb;comp;CDS;228152;228391;126;*;
;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other
fin;comp;CDS;228741;229064;;;
deb;comp;CDS;229793;229999;24;*;
;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca
deb;comp;CDS;230872;231393;164;*;
;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta
fin;;CDS;232618;233067;;0;
deb;;CDS;369072;371174;102;*;
;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b
fin;;CDS;371577;374243;;;
</pre>
===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
<pre>
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
;184906..184982;atgj;;39;;;39;;
;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
</pre>
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
<pre>
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
</pre>
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
<pre>
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
</pre>
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
</pre>
====pmq données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc;7;;aac
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc;297;;agc
;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf;9;;gaa
;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj;**;;ctc
;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc;16;;gca
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg;12;;gaa
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc;16;;gta
1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca;17;;gac
1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA;9;;cac
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca;9;;caa
;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt;8;;aaa
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc;3;;ctg
;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg;**;;ggc
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa;49;;ctg
;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;;19;;gta;17;;gta;9;;caa;**;;ctg
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;;20;;gac;13;;atgf;17;;cac;40;;ctc
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;;15;;ttc;49;;gac;12;;gac;13;;tcc
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta;19;;atgj
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;;agc;3;;ctg;13;;aca;15;;aac;**;;tcg
1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;;atc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac;7;;tta
;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;;atc;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca;19;;atgi
;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;;atc;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa;**;;atgf
2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;;aac;158;;cca;9;;caa;9;;gcc;230;;cac
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;;aac;4;;gca;12;;ggc;**;;atc;**;;cac
;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;;ttc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg;;;
;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;;19;;tcg;20;;tta;106;;cca;;;
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt;;;
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc;;;
;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;;;;;;39;;acg;19;;atc;13;;ctg;;;
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;;;;;;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc;;;
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;;;;;;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa;;;
;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;;;;;;10;;aac;5;;gta;28;;tac;;;
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;;;;;;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc;;;
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;;;;;;11;;gaa;18;;tac;5;;gga;;;
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;;;;;;17;;gta;4;;aac;16;;cca;;;
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;;;;;;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt;;;
;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;;;;;;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc;;;
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;;;;;;11;;acg;34;;gac;42;;cta;;;
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;;;;;;10;;cac;13;;cac;8;;aaa;;;
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;;;;;;5;;caa;8;;caa;9;;caa;;;
2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;;;;;;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg;;;
15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;;;;;;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf;;;
13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;;;;;;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc;;;
0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;;;;;;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;19;;cca;10;;tgc;**;;atc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;aga;**;;cca;;;;;;
;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====pmq autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pmq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9206;10276;318;*;
;;rRNA;10595;12131;280;*;16s
;;rRNA;12412;15341;97;*;23s
;;rRNA;15439;15555;178;*;5s
fin;;CDS;15734;17190;;;
deb;;CDS;20252;21532;47;*;
;;tRNA;21580;21669;137;*;tca
fin;;CDS;21807;22157;;;
deb;;CDS;25422;26165;222;*;
;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg
fin;;CDS;26644;27168;;;
deb;;CDS;178456;179454;299;*;
;;rRNA;179754;181290;266;*;16s
;;rRNA;181557;184486;170;*;23s
;;rRNA;184657;184773;15;*;5s
;;tRNA;184789;184876;29;*;agc
;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj
;;tRNA;185022;185097;15;*;gta
;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf
;;tRNA;185204;185280;48;*;gac
;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc
;;tRNA;185410;185485;9;*;aca
;;tRNA;185495;185579;15;*;tac
;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa
fin;comp;CDS;185854;187104;;0;
deb;comp;CDS;217565;218146;129;*;
;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg
fin;;CDS;218612;219643;;;
deb;;CDS;230970;231455;186;*;
;;tmRNA;231642;232004;140;*;
fin;;CDS;232145;232804;;;
deb;;CDS;253921;254526;673;*;
;;rRNA;255200;256736;280;*;16s
;;rRNA;257017;259946;97;*;23s
;;rRNA;260044;260160;55;*;5s
;;tRNA;260216;260292;19;*;atc
;;tRNA;260312;260387;16;*;gca
;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa
;;tRNA;260485;260569;20;*;tac
;;tRNA;260590;260665;3;*;aac
;;tRNA;260669;260744;19;*;gta
;;tRNA;260764;260840;20;*;gac
;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc
;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa
;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg
;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc
;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc
;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt
;;tRNA;261375;261448;158;*;cca
;;tRNA;261607;261682;4;*;gca
;;tRNA;261687;261759;5;*;acc
;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg
;;tRNA;261874;261961;17;*;agc
;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc
;;tRNA;262060;262134;39;*;acg
;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc
;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc
fin;;CDS;262670;263515;;;
deb;;CDS;578195;579055;320;*;
;;rRNA;579376;580913;269;*;16s
;;rRNA;581183;584112;168;*;23s
;;rRNA;584281;584397;31;*;5s
;;tRNA;584429;584501;10;*;aac
;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc
;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa
;;tRNA;584722;584797;17;*;gta
;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf
;;tRNA;584907;584983;67;*;gac
;;tRNA;585051;585125;11;*;acg
;;tRNA;585137;585212;10;*;cac
;;tRNA;585223;585297;5;*;caa
;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa
;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc
;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc
;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg
;;tRNA;585698;585774;19;*;cca
;;tRNA;585794;585867;1;*;gga
;;tRNA;585869;585942;187;*;aga
fin;;CDS;586130;586885;;;
deb;;CDS;672473;672949;18;*;
;;tRNA;672968;673043;7;*;aac
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;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s
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;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s
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;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga
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;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt
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;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta
;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa
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;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg
;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf
;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc
;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa
;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc
;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s
;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s
;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s
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deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*;
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;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s
;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s
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deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*;
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deb;;CDS;8389988;8390512;296;*;
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;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s
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;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*;
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deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*;
;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac
fin;;CDS;8617576;8618541;;0;
deb;;CDS;8724363;8724614;455;*;
;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg
fin;comp;CDS;8725326;8725559;;;
</pre>
====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
</pre>
====pmq intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
- t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
</pre>
====pmq intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42
;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753
</pre>
====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
<pre>
pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp
;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp
;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp
;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp
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;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
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;354;comp’;169;;394;187;<201;19
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;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls
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;396;;149;;;;total;15
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;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
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taux;50%;73%;62%;;;;;
</pre>
===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
<pre>
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
</pre>
====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
<pre>
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
</pre>
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
<pre>
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
</pre>
====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
</pre>
====lbu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;;3;;gta;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;;138;;gaa;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;;6;;atgj;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;;8;;tcc;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;;**;;aac;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;;26;;gac;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;;atc;3;;gaa;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;;atc;2;;gta;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;;35;;cgt;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;;gca;**;;ggc;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;;gca;3;;gac;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;;2;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;;aac;35;;cgt;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;;ggc;19;;ggc;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;;intra;3;;cca;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;;atc gca;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;;;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;;;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;;;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;;;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;;;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;;;;;;;;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;;;;;;;;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;;;;;;;;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;;;;;;;;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;;;;;;;;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;;;;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;;;;;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;;;;;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;;;;;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;;;;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;;;;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;;;;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;;;;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;;;;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;;;;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;;;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;;;;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;;;;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;11;;atgf
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
</pre>
=====lbu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
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</pre>
===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
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comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
</pre>
====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
<pre>
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
</pre>
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
<pre>
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
</pre>
====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
</pre>
====ban données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;;1;;gaa;20;;atgf;13;;gaa
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;;8;;aac;54;;tca;**;;atgj
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;;11;;atc;20;;tca;139;;
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;;6;;tgg;16;;gca;13;;aaa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;;9;;aca;10;;cca;21;;gaa
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;;9;;ttc;3;;cgt;41;;gac
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;;4;;gac;16;;tta;**;;ttc
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;;20;;atgf;29;;ggc;1;;gga
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;;54;;tca;13;;cta;**;;aga
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;;20;;tca;5;;aaa;;;
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;;16;;gca;87;;caa;;;
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;;10;;cca;46;;gac;;;
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;;3;;cgt;4;;gta;;;
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;;atc;16;;tta;8;;gaa;;;
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;;gca;29;;ggc;3;;agc;;;
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;;22;;cta;**;;aac;;;
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;;9;;cac;10;;gca;;;
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;;4;;aca;5;;ggc;;;
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;;gta;**;;gta;5;;aaa;;;
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;;aac;14;;tgc;65;;caa;;;
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;;atgf;5;;ggc;17;;tac;;;
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;;intra;63;;caa;5;;gta;;;
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;;atc gca;19;;cac;24;;gaa;;;
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;;7;;tgg;4;;acc;;;
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;;gaa;17;;tac;**;;aac;;;
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;;5;;gta;4;;gta;;;
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;;24;;gaa;9;;aca;;;
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;;;;;;4;;acc;22;;cac;;;
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;;;;;;**;;aac;29;;cta;;;
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;;;;;;3;;gac;16;;ggc;;;
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;;;;;;**;;atgf;3;;tta;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;;;;;;1;;gga;10;;cgt;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;;;;;;4;;cca;16;;cca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;;;;;;3;;cgt;20;;gca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;;;;;;16;;tta;54;;tca;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;;;;;;29;;ggc;20;;cta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;;;;;;14;;cta;1;;atgf;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;;;;;;5;;aaa;12;;gac;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;;;;;87;;caa;14;;ttc;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;;;;;;46;;gac;10;;aca;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;;;;;;4;;gta;13;;aaa;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;;1;;gaa;10;;gga;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;;;;;;8;;aac;7;;atc;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;;11;;atc;7;;aac;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;6;;tgg;6;;agc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;9;;aca;**;;gaa;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;ttc;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;4;;gac;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;suite;;suite;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====ban autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
</pre>
====ban séquences====
<pre>
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
</pre>
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
<pre>
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
</pre>
====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
<pre>
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
</pre>
====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
</pre>
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
<pre>
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
</pre>
==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
<pre>
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
</pre>
====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
<pre>
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
</pre>
====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
<pre>
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
</pre>
====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;;
</pre>
====psor données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;;13;;tta;13;;atgj;12;;tgc
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;;15;;atgf;6;;ttc;3;;aac
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;;9;;gaa;6;;atc;**;;aca
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;;6;;gga;31;;cca;8;;gta
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;;5;;gta;11;;tgg;20;;gaa
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;;16;;gac;6;;atgi;10;;aaa
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;;4;;aac;6;;cca;10;;aca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;;4;;aca;11;;agc;7;;gac
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;;15;;tac;6;;tca;9;;gta
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;;14;;cta;12;;aaa;5;;gaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;;7;;aga;6;;caa;**;;aaa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;;gca;11;;caa;19;;aga;;;
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;;gca;6;;aaa;11;;gga;;;
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;;gca;3;;tca;4;;tac;;;
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;;gca;9;;ttc;4;;aca;;;
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;;8;;atgj;31;;aac;;;
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;;gca;21;;atgi;16;;aac;;;
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;;gca;6;;cca;5;;gac;;;
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;;gca;4;;cac;6;;gta;;;
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;;gca;25;;tgc;9;;gga;;;
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;;13;;tta;15;;gaa;;;
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;;tta;15;;atgf;13;;atgf;;;
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;;gaa;9;;gaa;**;;tta;;;
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;gga;;;;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;;gga;5;;gta;;;;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;;gga;16;;gac;;;;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;;aca;4;;aac;;;;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;;4;;aca;;;;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;;atgi;15;;tac;;;;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;;atgj;11;;cta;;;;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;;13;;ggc;;;;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;;gga;7;;aga;;;;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;;gga;11;;caa;;;;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;;gga;6;;aaa;;;;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;;aca;3;;tca;;;;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;ttc;;;;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;;tta atgi;8;;atgj;;;;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;;21;;atgi;;;;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;;6;;cca;;;;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;;9;;cac;;;;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;;21;;aaa;;;;;;
7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;;6;;tgc;;;;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;;10;;cgt;;;;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;7;;aga;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;9;;ggc;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;5;;gac;;;;;;
;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;;8;;gta;;;;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;;**;;gaa;;;;;;
;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====psor autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
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</pre>
===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
<pre>
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
</pre>
====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
<pre>
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
</pre>
====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
<pre>
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
</pre>
====cdc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;;6;;aac;4;;aac;33;;aca
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;;15;;tta;5;;gaa;4;;gta
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;;7;;atgf;5;;gta;6;;gaa
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;;9;;gaa;10;;gac;**;;aaa
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;;5;;gga;14;;aca;;;
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;;5;;gta;9;;tac;;;
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;;9;;gac;10;;gga;;;
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;;14;;aca;9;;aga;;;
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;;8;;tac;11;;caa;;;
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;;29;;cta;2;;aaa;;;
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;;7;;aga;17;;tca;;;
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;;88;;caa;8;;agc;;;
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;;gca;3;;tca;85;;cca;;;
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;;6;;ttc;60;;tgg;;;
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;;gca;14;;atgj;6;;cca;;;
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;;gca;23;;atgi;3;;atc;;;
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;;gca;7;;cca;7;;ttc;;;
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;;8;;cac;**;;atgj;;;
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;;aac;7;;aaa;5;;aac;;;
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;;aac;6;;tgc;15;;tta;;;
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;;5;;aac;7;;atgf;;;
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;;gga;15;;tta;14;;gaa;;;
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;;7;;atgf;5;;gga;;;
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;;atgj;9;;gaa;5;;gta;;;
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;10;;gac;;;
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;;gga;5;;gta;9;;ggc;;;
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;;aca;9;;gac;**;;aga;;;
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;;14;;aca;;;;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;;9;;tac;;;;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;;23;;cta;;;;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;;24;;ggc;;;;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;;9;;aga;;;;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;;;;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;;2;;aaa;;;;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;;;;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;;6;;ttc;;;;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;;14;;atgj;;;;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cdc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
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</pre>
====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
<pre>
cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
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23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
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aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
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cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
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aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
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cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
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cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
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23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;;
</pre>
===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
<pre>
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
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dir ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
<> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
<comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
<>comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
>comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
<dir ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
</pre>
====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
<pre>
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
</pre>
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
<pre>
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
</pre>
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
<pre>
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
</pre>
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
<pre>
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;
</pre>
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
<pre>
cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0
gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0
gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21
aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
caa;11;aga;954;;;;;;;
aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1;
tca;18;;;;;;;16s;68;
agc;8;;;;;16s;217;gca;271;
cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0
tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3
cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
atgj;114;;;;;16s;261;16s;52;
;;;;;;23s;201;gca;373;
cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75
;;cds;281;;;;;5s;7;2
16s;321;16s°;100;;;;;;;
23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1;
5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161;
tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201;
atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217;
gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134
atgj;11;;;;;23s;78;23s;100;
atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320;
cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
</pre>
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
<pre>
;cdc;;;;;;cdc8;;;;;
ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;;
0;dir ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir ;4194196..4196423;23s’;100;2228;
;dir ;10810..12317;16s;52;1508;;dir ;4196524..4197091;16s°;320;568;
;dir ;12370..12445;gca;249;76;;dir ;4197412..4199044;23s°;100;1633;
1;dir ;12695..15596;23s;111;2902;;dir ;4199145..4201593;23s’;126;2449;
;dir ;15708..15824;5s;126;117;;dir ;4201720..4201836;5s;127;117;
;dir ;15951..16460;cds;11;510;NadR;dir ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR
;dir ;16472..17353;cds;457;882;mecano;dir ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano
;dir ;17811..19082;cds;319;1272;S-ligase;dir ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase
;dir ;19402..19857;cds;0;456;Nuc-de;dir ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de
;dir ;19858..19949;tcc;37;92;;dir ;4205873..4205964;tcc;37;92;
2;dir ;19987..20251;ncRNA;76;265;;dir ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;
;dir ;20328..21965;cds;;1638;III-tau;dir ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau
;;;;;;;;;;;;
;comp;23419..24624;cds;505;1206;Glyco-tr;dir ;4306341..4307538;16s;0;1198;
;dir ;25130..26637;16s;279;1508;;dir ;4307539..4308225;cds;100;687;xylose
;dir ;26917..29816;23s;180;2900;;dir ;1..796;23s°;181;796;
;dir ;29997..30113;5s;6;117;;dir ;978..1094;5s;6;117;
3;dir ;30120..30194;aac;6;75;;dir ;1101..1175;aac;6;75;
;dir ;;**41aas;12;;;dir ;;**41aas;12;;
;dir ;33877..33952;gta;75;76;;dir ;4868..4943;gta;75;76;
;dir ;34028..34441;cds;308;414;hp-414;dir ;5019..5432;cds;308;414;hp-414
;dir ;34750..38181;cds;;3432;pyruvate;dir ;5741..9172;cds;;3432;pyruvate
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;dir;4300349..4300807;cds;554;459;Helix
;dir ;127011..127715;cds;281;705;CwlD;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740
;dir ;127997..129505;16s;279;1509;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204
;dir ;129785..132685;23s;131;2901;;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;
;dir ;132817..132933;5s;6;117;;dir ;4304432..4304548;5s;6;117;
4;dir ;132940..133014;aac;4;75;;dir ;4304555..4304629;aac;4;75;
;dir ;;**16aas;8;;;dir ;;**16aas;8;;
;dir ;134534..134610;atgj;114;77;;dir ;4306150..4306226;atgj;114;77;
;dir ;134725..136115;16s;68;1391;;;;;;;
;dir ;136184..136259;gca;271;76;;dir ;4232593..4234098;16s;217;1506;
;dir ;136531..139430;23s;126;2900;;dir ;4234316..4237215;23s;126;2900;
;dir ;139557..139673;5s;213;117;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;
;comp;139887..141071;cds;372;1185;B6;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6
5;dir ;141444..143795;cds;21;2352;Art-red;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red
;dir ;143817..144356;cds;776;540;Art-reda;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda
;dir ;145133..146640;16s;52;1508;;dir ;94032..94736;cds;281;705;CwlD
;dir ;146693..146768;gca;373;76;;dir ;95018..95994;16s°;100;977;
;dir ;147142..150041;23s;126;2900;;dir ;96095..97613;23s°;126;1519;
;dir ;150168..150284;5s;7;117;;dir ;97740..97856;5s;7;117;
6;dir ;150292..150366;aac;5;75;;dir ;97864..97938;aac;6;75;
;dir ;;**7aas;6;;;dir ;;**7aas;6;;
;dir ;150976..151049;aga;975;74;;dir ;98542..98615;aga;954;74;
;dir ;152025..152864;cds;;840;TIGR;dir ;99570..100409;cds;;840;TIGR
;;;;;;;;;;;;
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</pre>
=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
<pre>
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;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
</pre>
====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
<pre>
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;<4307539..4308225;687;;;;
CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
</pre>
====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
<pre>
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
</pre>
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
<pre>
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total) ;4 025;3 807;3 528
CDS (total) ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA) ;155;116;160
RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs ;108;83;105
ncRNAs ;4;4;4
Pseudo Genes (total) ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays ;4;9; -
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
</pre>
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
</pre>
====cdc8 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;;aac;6;;aac;33;;aca
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;;tta;15;;tta;4;;gta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;;atgf;7;;atgf;6;;gaa
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;;gaa;9;;gaa;**;;aaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;;gga;5;;gga;;;
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;;gta;5;;gta;;;
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;;gac;9;;gac;;;
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;;aca;14;;aca;;;
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;;tac;10;;tac;;;
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;;cta;28;;cta;;;
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;;aga;7;;aga;;;
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;;caa;89;;caa;;;
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;;tca;3;;tca;;;
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;;ttc;6;;ttc;;;
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;;atgj;14;;atgj;;;
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;;atgi;29;;atgi;;;
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;;cca;7;;cca;;;
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;;cac;8;;cac;;;
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;;aaa;**;;aaa;;;
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;tgc;4;;aac;;;
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;;aac;5;;gaa;;;
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gta;;;
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;;atgf;11;;gac;;;
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;;gaa;14;;aca;;;
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;9;;tac;;;
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;;gta;10;;gga;;;
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;;gac;9;;aga;;;
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;;aca;11;;caa;;;
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;;tac;2;;aaa;;;
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;;cta;18;;tca;;;
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;;ggc;8;;agc;;;
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;;aga;85;;cca;;;
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;60;;tgg;;;
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;;aaa;5;;cca;;;
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;3;;atc;;;
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;;ttc;7;;ttc;;;
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;;atgj;**;;atgj;;;
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;;aac;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;;tta;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;;atgf;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;gaa;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;;gga;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;;gta;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;;gac;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;;;;;
</pre>
===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
<pre>
28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
</pre>
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
<pre>
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
</pre>
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
<pre>
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
</pre>
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
</pre>
====cbc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;;3;;gca;84;;cgt
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;;**;;atgi;20;;agc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;;27;;aac;306;;tca
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;;**;;aac;20;;agc
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;;;**;;tca
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;;;5;;tac
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;;;**;;aca
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;;;17;;gaa
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;;aac;;;;9;;gta
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;;ttc;;;;4;;gac
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;;atgi;;;;5;;aca
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;;aac;;;;18;;gaa
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;;;7;;gta
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;;;57;;gac
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;;;;;;17;;gaa
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;;;;;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;;;;;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;;;;;;**;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;;;;;;4;;tta
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;;;;;;53;;atgf
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;;;;;;10;;atgf
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;;;;;;**;;atgj
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;;;;;18;;ggg
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;;;;;;**;;acc
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;;;;;;7;;cca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;;;6;;gga
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;;;;;;5;;aga
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;;;26;;aag
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;;;29;;cca
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;;;24;;gga
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;;;**;;cga
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;;;5;;gta
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;;;3;;gac
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;;;4;;ttc
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;;;9;;ggc
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;**;;tgc
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;;
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;;
;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;712;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cbc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
</pre>
===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
<pre>
28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
</pre>
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
<pre>
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
</pre>
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
<pre>
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
</pre>
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
</pre>
====cbn données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;;311;;aaa;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;;**;;ttc;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;;61;;gag;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;;6;;caa;18;;aca
;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;;4;;aga;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;;19;;gga;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;;16;;cta;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;;**;;gaa;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;;gca;4;;gca;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;;gca;**;;atgi;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;;;46;;atgj
1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;;atc;;;;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;;atc;;;;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;;;46;;atgj
;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;;aac;;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;;ttc;;;;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;;ttc;;;;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;;aaa;;;;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;;gaa;;;;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;;atgi;;;;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;;;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;;aac;;;;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;;;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;;ttc;;;;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;;aac;;;;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;;gca atc;;;;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;;gca atc;;;;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;;;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;;;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;;;;;4;;aaa
2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;;;4;;caa
11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;;;5;;cac
9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;6;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;**;;cca
;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;39;;tac
;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
</pre>
=====cbn autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;20118;20459;206;*;
;;tRNA;20666;20741;214;*;acg
fin;;CDS;20956;21813;;;
deb;comp;CDS;34861;36105;307;*;
;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa
;;tRNA;36500;36575;13;*;gta
;;tRNA;36589;36665;5;*;gac
;;tRNA;36671;36746;18;*;aca
;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa
;;tRNA;36852;36927;13;*;gta
;;tRNA;36941;37017;5;*;gac
;;tRNA;37023;37098;106;*;aca
fin;comp;CDS;37205;38164;;;
deb;comp;CDS;135851;137197;168;*;
;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca
fin;comp;CDS;137573;137743;;0;
deb;;CDS;161395;161805;158;*;
;;tRNA;161964;162052;5;*;tta
;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf
;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj
;;tRNA;162262;162350;5;*;tta
;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf
;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj
;;tRNA;162585;162673;5;*;tta
;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf
fin;comp;CDS;163235;163759;;0;
deb;;CDS;174610;176142;115;*;
;;tRNA;176258;176332;275;*;aac
fin;;CDS;176608;177999;;;
deb;;CDS;178351;179727;453;*;
;;rRNA;180181;181692;237;*;16s
;;rRNA;181930;184833;48;*;23s
;;tRNA;184882;184956;14;*;aac
;;rRNA;184971;185087;7;*;5s
;;tRNA;185095;185169;435;*;aac
fin;comp;CDS;185605;186639;;0;
deb;;CDS;221558;222268;140;*;
;;tRNA;222409;222484;106;*;aac
fin;;CDS;222591;223772;;;
deb;;CDS;577193;578356;60;*;
;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag
fin;comp;CDS;578560;579072;;;
deb;comp;CDS;943937;944485;261;*;
;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg
fin;;CDS;945182;945985;;;
deb;;CDS;954881;955486;59;*;
;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt
fin;;CDS;955713;956147;;;
deb;;CDS;1025682;1026566;379;*;
;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta
;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac
;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc
;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc
;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc
;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc
fin;;CDS;1027765;1027989;;;
deb;;CDS;1679540;1680001;6;*;
;comp;gene;1680008;1681575;128;*;
fin;comp;CDS;1681704;1683125;;;
deb;;CDS;1865810;1866349;45;*;
;;gene;1866395;1867531;88;*;
fin;comp;CDS;1867620;1868972;;;
deb;;CDS;2029941;2030711;104;*;
;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac
;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s
;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc
;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca
;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s
fin;comp;CDS;2036154;2036600;;;
deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*;
;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s
;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s
;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s
fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0;
deb;;CDS;2168490;2168942;590;*;
;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s
;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s
;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s
fin;;CDS;2174439;2174690;;;
deb;;CDS;2281037;2283634;144;*;
;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s
;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s
;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s
deb;;CDS;2288746;2288985;117;*;
;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga
;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc
;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca
fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0;
deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*;
;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga
;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga
;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa
;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa
;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac
;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag
;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga
;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga
;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca
;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag
;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga
;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga
;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc
;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta
;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa
;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa
;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac
;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag
;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga
;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga
;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc
;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca
fin;comp;CDS;2352512;2352910;;;
deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*;
;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg
fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0;
deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*;
;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac
;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta
;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac
;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca
fin;;CDS;2455508;2456227;;;
deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*;
;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s
;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s
;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s
deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*;
;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa
;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc
;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s
;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc
;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s
;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s
;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s
fin;comp;CDS;2710157;2711029;;;
deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*;
;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa
;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s
;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s
;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s
fin;comp;CDS;2726593;2727531;;;
deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*;
;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag
;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa
;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga
;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga
;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta
;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa
;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s
;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s
;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc
;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca
;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s
fin;comp;CDS;2737834;2738727;;;
deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*;
;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc
deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*;
;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg
deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*;
;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg
fin;;CDS;2744098;2744829;;;
deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*;
;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt
;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc
;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca
;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca
fin;comp;CDS;2749181;2750461;;;
deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*;
;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca
;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi
;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s
;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s
;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s
fin;comp;CDS;2764060;2766609;;;
</pre>
====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
</pre>
====cbn intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
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120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
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350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
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- t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
</pre>
====cbn intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
</pre>
====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
<pre>
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;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp
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deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp
;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp
;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp
;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp
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;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp
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;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp
;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp
;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp
;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp
;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
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;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp
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;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp
;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp
;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp
;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp
;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp
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;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp
fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp
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;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp
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;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp
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;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp
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;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp
;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp
;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp
;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp
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;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;<201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;<201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;<201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;<201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;<201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
</pre>
===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
<pre>
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
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;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
</pre>
====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
<pre>
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
</pre>
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
<pre>
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
</pre>
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;;
</pre>
====cle données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;;gca;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;;gca;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;;ggc;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;;atc;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;;gaa;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;;ggc;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;;gca;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;;gca;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;;gca;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;;atc;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;;gca;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;;agc;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;;gaa;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;;tcc;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;;gac;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;;aaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;;aac;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;;aac;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;;atc;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;;gca;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;;;;;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;;;;;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;;;;;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;;;;;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;;;;;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;;;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;;;;;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;;;;;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;;;;;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;;;;;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;;;;;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cle autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
deb;;CDS;149226;150632;335;*;
;;rRNA;150968;151085;4;*;118
;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa
;;rRNA;151621;153153;613;*;1533
;;rRNA;153767;156670;476;*;2904
;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa
;;tRNA;157229;157299;6;*;gga
;;tRNA;157306;157379;487;*;aga
fin;;CDS;157867;158490;;;
deb;comp;CDS;160912;161418;184;*;
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;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
</pre>
===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
<pre>
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
>;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
</pre>
====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
<pre>
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
</pre>
====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
<pre>
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
</pre>
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
</pre>
====hmo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;;gcc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;;atc;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;;gca;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;;gca;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;;caa;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;;aac;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;;tcc;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;;aaa;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;;aac;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;;intra;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;;atc;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;;gca;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;;;;;;1;;ggc;;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;**;;tgc;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====hmo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
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;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
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;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
</pre>
===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
<pre>
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
<;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
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;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
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;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
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;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
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;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
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comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
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comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
</pre>
====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
<pre>
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
</pre>
====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
<pre>
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
</pre>
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
<pre>
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
</pre>
====cbei données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;;1;;atgi;30;;tca;6;;gac
;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;;**;;gca;241;;agc;14;;gta
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;;4;;ttc;18;;tca;29;;gaa
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;;**;;tgc;**;;agc;10;;aca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;;6;;ttc;20;;tta;6;;gac
;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;;25;;gac;7;;atgf;16;;gta
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;;**;;gaa;6;;atgj;29;;gaa
;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;;1;;gca;22;;tta;10;;aca
;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;;**;;atgi;7;;atgf;6;;gac
;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;;;6;;atgj;14;;gta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;;;21;;tta;**;;gaa
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;;;70;;atgf;;;
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;;;21;;tta;;;
;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;;;**;;atgf;;;
;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;;;234;;aac;;;
;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;;;439;;aac;;;
;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;;;**;;aac;;;
;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;;;4;;cta;;;
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;;;**;;ggg;;;
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;;;17;;cca;;;
;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;;;149;;gga;;;
;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;;;6;;aga;;;
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;;gca;;;;16;;cca;;;
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;;atc;;;;35;;gga;;;
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;;gca;;;;5;;aga;;;
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;;;3;;cac;;;
;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;;atc;;;;7;;caa;;;
;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;;atc;;;;18;;aaa;;;
;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;;gca;;;;5;;cta;;;
;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;;;25;;ggc;;;
;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;;ttc;;;;5;;gga;;;
;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;;atgi;;;;57;;aag;;;
;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;;aaa;;;;7;;caa;;;
;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;;aaa;;;;18;;aaa;;;
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;;atgi;;;;5;;cta;;;
;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;;;25;;ggc;;;
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;;;;2* 140;;aac;;;;46;;gga;;;
;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;;;;71;;aac;;;;**;;cga;;;
;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;;;;tRNA 5s;;;;;;9;;tac;;;
;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;;;;2* 3;;aac;;;;27;;gta;;;
4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;12;;aca;;;
13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;;;;3;;gca atc;;;;9;;tac;;;
9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;;;;;;;;;;30;;gta;;;
0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;12;;aca;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;3;;cac;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;5;;cag;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;**;;aaa;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;79;;aaa;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;7;;cac;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;35;;aga;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gga;;;
</pre>
=====cbei autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cbei;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;tRNA;15;91;1;*;atgi
;;tRNA;93;168;85;*;gca
fin;;CDS;254;769;;;
deb;;CDS;2710;2937;119;*;
;;tRNA;3057;3147;30;*;tca
;;tRNA;3178;3268;241;*;agc
;;tRNA;3510;3600;18;*;tca
;;tRNA;3619;3709;125;*;agc
fin;;CDS;3835;4350;;;
deb;;CDS;13821;14726;187;*;
;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt
fin;comp;CDS;15023;15913;;0;
deb;;CDS;124928;125338;275;*;
;;tRNA;125614;125702;20;*;tta
;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf
;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj
;;tRNA;125889;125977;22;*;tta
;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf
;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj
;;tRNA;126166;126254;21;*;tta
;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf
;;tRNA;126422;126510;21;*;tta
;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf
fin;;CDS;127272;129683;;;
deb;;CDS;138638;140143;307;*;
;;tRNA;140451;140525;234;*;aac
;;tRNA;140760;140834;439;*;aac
;;tRNA;141274;141348;299;*;aac
fin;;CDS;141648;143039;;;
deb;comp;CDS;144627;145649;548;*;
;;rRNA;146198;147709;140;*;16s
;;tRNA;147850;147925;3;*;gca
;;tRNA;147929;148005;111;*;atc
;;rRNA;148117;151030;70;*;23s
;;rRNA;151101;151217;5;*;5s
;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc
;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc
fin;;CDS;152059;153456;;0;
deb;;CDS;177450;178097;76;*;
;;tRNA;178174;178249;65;*;acc
fin;;CDS;178315;179508;;;
deb;;CDS;313730;316207;90;*;
;;tRNA;316298;316382;4;*;cta
;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg
fin;comp;CDS;316582;316986;;0;
deb;;CDS;402474;402953;125;*;
;;tRNA;403079;403154;17;*;cca
;;tRNA;403172;403245;149;*;gga
;;tRNA;403395;403471;6;*;aga
;;tRNA;403478;403553;16;*;cca
;;tRNA;403570;403643;35;*;gga
;;tRNA;403679;403755;5;*;aga
;;tRNA;403761;403836;3;*;cac
;;tRNA;403840;403914;7;*;caa
;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa
;;tRNA;404016;404100;5;*;cta
;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc
;;tRNA;404206;404279;5;*;gga
;;tRNA;404285;404360;57;*;aag
;;tRNA;404418;404492;7;*;caa
;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa
;;tRNA;404594;404678;5;*;cta
;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc
;;tRNA;404784;404857;46;*;gga
;;tRNA;404904;404980;325;*;cga
fin;;CDS;405306;405467;;;
deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc
;;rRNA;416312;417823;132;*;16s
;;tRNA;417956;418032;84;*;
;;rRNA;418117;421031;71;*;23s
;;tRNA;421103;421177;345;*;aac
fin;;CDS;421523;422449;;;
deb;;CDS;486264;486668;159;*;
;;tRNA;486828;486912;9;*;tac
;;tRNA;486922;486997;27;*;gta
;;tRNA;487025;487099;12;*;aca
;;tRNA;487112;487196;9;*;tac
;;tRNA;487206;487281;30;*;gta
;;tRNA;487312;487386;12;*;aca
;;tRNA;487399;487483;451;*;tac
fin;;CDS;487935;489110;;;
deb;;CDS;540067;540969;187;*;
;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg
fin;;CDS;541440;541820;;0;
deb;comp;CDS;541918;542985;252;*;
;;tRNA;543238;543312;354;*;
fin;;CDS;543667;544683;;;
deb;;CDS;772270;774093;262;*;
;;tmRNA;774356;774713;871;*;
fin;;CDS;775585;776133;;;
deb;;CDS;892419;893339;565;*;
;;rRNA;893905;895416;137;*;16s
;;tRNA;895554;895629;118;*;gca
;;rRNA;895748;898661;204;*;23s
;;rRNA;898866;898982;552;*;5s
fin;;CDS;899535;900446;;;
deb;;CDS;900798;902048;709;*;
;;rRNA;902758;904269;339;*;16s
;;rRNA;904609;907522;273;*;23s
;;rRNA;907796;907912;69;*;5s
fin;comp;CDS;907982;908449;;0;
deb;;CDS;951995;952630;97;*;
;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc
fin;;CDS;953210;954919;;;
deb;;CDS;1017389;1017694;70;*;
;;ncRNA;1017765;1018113;758;*;
fin;;CDS;1018872;1020263;;;
deb;;CDS;1646835;1647233;56;*;
;;ncRNA;1647290;1647483;182;*;
fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0;
deb;;CDS;1739334;1739933;380;*;
;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac
;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag
;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa
fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0;
deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*;
;;gene;1847876;1848058;588;*;
fin;;CDS;1848647;1849633;;;
deb;;CDS;1894180;1895406;34;*;
;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg
fin;;CDS;1896102;1896794;;;
deb;;CDS;2097496;2097915;727;*;
;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s
;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s
;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s
fin;;CDS;2104207;2104905;;;
deb;;CDS;2296804;2297472;104;*;
;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*;
fin;;CDS;2298150;2299064;;;
deb;;CDS;2305297;2306502;275;*;
;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*;
fin;;CDS;2307274;2308908;;0;
deb;;CDS;2339219;2340322;667;*;
;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s
;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s
;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac
;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s
fin;;CDS;2346520;2348088;;;
deb;;CDS;2351663;2352139;573;*;
;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s
;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s
;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac
;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s
fin;;CDS;2357903;2358316;;0;
deb;;CDS;2765706;2765873;282;*;
;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s
;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s
;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s
;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc
;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac
;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa
fin;;CDS;2772114;2774864;;;
deb;;CDS;3556683;3557051;565;*;
;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag
fin;comp;CDS;3558197;3558508;;;
deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*;
;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt
fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0;
deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*;
;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa
;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac
;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga
;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga
fin;;CDS;4259847;4260392;;;
deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*;
;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s
;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s
;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s
fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0;
deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*;
;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca
fin;;CDS;6162639;6163283;;0;
deb;;CDS;6165324;6165734;222;*;
;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc
;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s
fin;;CDS;6166343;6167074;;0;
deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*;
;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca
;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi
;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s
;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s
;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s
fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0;
deb;;CDS;6182670;6183419;190;*;
;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa
;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s
deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*;
;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa
;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s
;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s
;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s
fin;comp;CDS;6191091;6192203;;;
deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*;
;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s
;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s
;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s
;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s
;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s
;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s
fin;comp;CDS;6214382;6215329;;;
deb;;CDS;6256716;6257600;154;*;
;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*;
fin;comp;CDS;6258338;6258889;;;
deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*;
;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc
fin;comp;CDS;6306809;6307984;;;
deb;;CDS;6374512;6375684;125;*;
;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg
fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0;
deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*;
;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s
;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s
;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s
;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s
;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s
;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s
fin;comp;CDS;6404535;6405107;;;
deb;;CDS;6436810;6437790;192;*;
;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac
;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta
;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca
;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac
;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta
;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca
;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac
;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta
;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa
fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0;
deb;;CDS;6477551;6480031;501;*;
;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s
;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s
;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s
</pre>
====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
</pre>
====cbei intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
- t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
</pre>
====cbei intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
</pre>
====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
<pre>
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp;
deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp;
;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp;
;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp;
fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp;
deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp;
;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp;
fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp;
deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;;
;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;;
;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;;
;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp;
;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp;
;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;;
;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp;
;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp;
;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp;
;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp;
fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp;
deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp;
;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;;
;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp;
;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp;
deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp;
;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp;
;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp;
;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp;
;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp;
;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp;
;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp;
;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp;
fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp;
deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp;
;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp;
fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp;
deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp;
;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;;
;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp;
deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp;
;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp;
;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp;
;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;;
;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp;
;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp;
;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp;
;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp;
;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp;
;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp;
;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;;
;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp;
;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp;
;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp;
;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp;
;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp;
fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp;
deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp;
;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp;
;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp;
;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp;
fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp;
deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
<pre>
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;<201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;<201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;<201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;<201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;<201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
</pre>
===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
</pre>
====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
<pre>
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
</pre>
====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
<pre>
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
</pre>
====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
<pre>
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
<pre>
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
</pre>
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
</pre>
====afn données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;;22;;aca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;;5;;tac
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;;3;;atgj
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;;6;;acc
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;;**;;atgf
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;;3;;aac
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;;8;;gaa
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;;atc;50;;gta
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;;11;;cca
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;;gca;8;;gga
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;;gca;**;;aga
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;;intra;30;;ctg
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;;atc gca;52;;ctc
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;;**;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;;18;;cac
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;;3;;caa
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;;16;;aaa
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;;**;;cta
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;;4;;gac
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;;8;;ttc
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;;9;;ggc
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;;;13;;tgc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;;;**;;tta
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;;;2;;gac
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;;;8;;ttc
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;;;9;;ggc
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;;;**;;tgc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;;;2;;gac
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;;;1;;ggc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;;;**;;tgg
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;;;6;;gta
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;;;8;;gaa
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;;;**;;aag
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;;12;;gag
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;;;111;;cag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;;;**;;cag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;;;;;
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;;;;;
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;;
</pre>
=====afn autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
<pre>
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
</pre>
====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
</pre>
====afn intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
- t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
</pre>
====afn intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
</pre>
14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
</pre>
====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
<pre>
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp
;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp
;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp
;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp
;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23;
;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp
;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp
;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp
;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70;
deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp
;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp
deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp
;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp
;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;;
deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
<pre>
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;<201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2 1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6 8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12 111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;<201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
<201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70%
</pre>
====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
</pre>
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
</pre>
===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
<pre>
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
</pre>
====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
<pre>
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
</pre>
====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
</pre>
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
<pre>
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
</pre>
==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
<pre>
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
</pre>
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
<pre>
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
</pre>
====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
<pre>
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
</pre>
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
</pre>
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;;8;;aca;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;;35;;tac;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;;**;;gga;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;;39;;cgg;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;;41;;cac;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;;58;;cca;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;;**;;cca;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;;1172;;tca;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;;atc;**;;tca;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;;52;;aca;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;;gca;539;;ttc;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;;gca;52;;aca;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;;gca;**;;ttc;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;;52;;aca;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;;gac;**;;ttc;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;;acc;21;;agc;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;;gac;30;;cgt;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;;32;;cgt;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;;acc;30;;cgt;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;;intra;33;;cgt;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;;atc gca;9;;cgt;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;;76;;agc;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;;35;;cgt;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;;9;;cgt;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;;**;;agc;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;;9* 37;;gta;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;;39;;gta;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;;**;;gta;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;;;;;;80;;gcc;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;;;;;;11* 102;;gaa;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;;;;;;253;;gaa;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;;;;;;47;;gaa;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;;;;;;**;;gcc;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;;;;;;3* 40;;atgf;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;;;;;;**;;atgf;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;;;;;;13;;ggc;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;;;;;;85;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;;;;;**;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;;;;;;13;;ggc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;;;;;;95;;tgc;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;;634;;tta;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;;;;;;95;;tgc;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;;479;;tta;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;;132;;tgc;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;**;;tta;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;;189;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;;45;;atgf;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;;2;;gtc;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;;35;;atgf;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;gtc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;30;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;85;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
</pre>
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*;
;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
fin;;CDS;1930887;1931621;;;
deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
fin;comp;CDS;2143485;2145269;;;
deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
;;regulatory;2226508;2226638;52;*;
fin;;CDS;2226691;2228829;;;
deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*;
;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*;
;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca
fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc
;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc
;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta
fin;;CDS;2380631;2381200;;;
deb;;CDS;2548825;2550261;595;*;
;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca
fin;comp;CDS;2558294;2559073;;;
deb;;CDS;2716829;2717467;98;*;
;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc
fin;comp;CDS;2717834;2719828;;;
deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*;
;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
fin;comp;CDS;2760829;2762043;;;
deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac
;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*;
;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac
;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*;
fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0;
deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*;
;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
fin;comp;CDS;2930138;2931472;;;
deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*;
;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0;
deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*;
;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*;
;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
deb;;CDS;4051244;4051564;82;*;
;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
fin;comp;CDS;4052080;4052250;;;
deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
</pre>
====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
</pre>
====spl intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
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;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
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;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;
</pre>
====spl intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
<pre>
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</pre>
*14.8.21 Paris
<pre>
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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</pre>
====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;fin;°CDS;2376525;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
<pre>
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
&234;&455;&830;;;;;606;;89;113;;
8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb;
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58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin;
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539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total;
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33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls
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76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4
35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13
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&257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin;
37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3
39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10
&104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30%
80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;;
102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total;
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;;48;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;<201;13;12;25
;;;;;;;;;total;31;31;62
;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
</pre>
===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
<pre>
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
</pre>
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
<pre>
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
</pre>
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
<pre>
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
</pre>
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
</pre>
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;aa;c;x;hors bloc;c;x;hors bloc
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;;35;;gac;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;;**;;tgg;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;;2* 68;;tgg;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;;**;;gac;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;;gcc;;;;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;;atc;;;;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;;gaa;;;;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;;;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;;gca;;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;;gaa;;;;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;;gta;;;;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;;gta;;;;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;;;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;;gac;;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;;gac;;;;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;;acc;;;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;;tca;;;;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;;;;;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;;acc;;;;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;;;;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;;gaa;;;;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;;aaa;;;;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;;gta;;;;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;;gcc;;;;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;;gaa;;;;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;;gca;;;;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;;atc;;;;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;;gta;;;;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;;gca;;;;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;;aaa;;;;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;;gaa;;;;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;;gca;;;;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;;atc;;;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;;gta;;;;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;;aaa;;;;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;;gaa;;;;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;;73;;tgc
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;;**;;tta
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;;gaa;73;;tgc
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;;**;;tta
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;;gta;3;;ggc
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;;**;;tgc
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;;tca;;;
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;;gaa;;;
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;;aaa;;;
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;;gca;;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;;gta;;;
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;;
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;;;;
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;;;;
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;;;;
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;;;;
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;;
</pre>
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
</pre>
=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
</pre>
===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
<pre>
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
</pre>
====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
<pre>
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
</pre>
====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
<pre>
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
</pre>
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
</pre>
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;;atc;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;;atc;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;;gaa;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;;gca;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;;gac;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;;acc;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;;intra;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;;atc gca;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;;contig;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;;tgg;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;;gac;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;**;;tta
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;;
</pre>
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
fin;comp;CDS;193623;194339;;0;
deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
;;tRNA;219063;219144;212;*;tac
;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
fin;comp;CDS;280503;280757;;0;
deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
;;misc_f;304338;304432;-72;*;
;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
fin;comp;CDS;313805;314563;;;
deb;comp;CDS;316137;316262;245;*;
;;gene;316508;316948;113;*;
fin;comp;CDS;317062;318312;;1;
deb;;CDS;332934;333359;-426;*;
;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
deb;comp;CDS;411963;412901;233;*;
;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc
fin;comp;CDS;413496;414182;;;
deb;;CDS;422060;426022;39;*;
;comp;gene;426062;426701;264;*;
fin;;CDS;426966;427097;;;
deb;comp;CDS;461328;462446;441;*;
;;tRNA;462888;462972;601;*;tca
fin;comp;CDS;463574;463717;;0;
deb;;CDS;463890;464255;-366;*;
;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
deb;comp;CDS;488610;488825;294;*;
;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga
;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*;
;comp;gene;523850;524032;-4;*;
fin;comp;CDS;524029;524454;;;
deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
fin;comp;CDS;548345;552805;;;
deb;;CDS;590349;590696;-348;*;
;;mobile_el;590349;592284;-1539;*;
fin;;CDS;590746;592284;;0;
deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*;
;;repeat_reg;606309;606328;-20;*;
;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
fin;comp;CDS;607804;608298;;0;
deb;;CDS;614451;614669;479;*;
;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc
fin;;CDS;615518;615646;;0;
deb;;CDS;625353;625628;-276;*;
;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
fin;;CDS;625547;626050;;;
deb;comp;CDS;660139;661350;273;*;
;;gene;661624;662214;34;*;
fin;comp;CDS;662249;662533;;0;
deb;;CDS;664227;664940;-14;*;
;comp;gene;664927;666254;7;*;
fin;comp;CDS;666262;668610;;;
deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*;
;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*;
fin;comp;CDS;731144;731419;;0;
deb;comp;CDS;747736;748551;79;*;
;comp;gene;748631;749979;68;*;
fin;comp;CDS;750048;750362;;0;
deb;comp;CDS;756185;756652;170;*;
;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa
;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta
;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa
fin;comp;CDS;757458;758249;;;
deb;;CDS;782199;782768;47;*;
;;gene;782816;785265;13;*;
fin;;CDS;785279;786010;;;
deb;comp;CDS;797253;797513;3;*;
;comp;gene;797517;798173;1830;*;
fin;comp;CDS;800004;803876;;;
deb;;CDS;832389;834305;223;*;
;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj
;;tRNA;834613;834694;26;*;cta
;;tRNA;834721;834792;37;*;caa
;;tRNA;834830;834901;18;*;caa
;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj
;;tRNA;835045;835116;35;*;cag
;;tRNA;835152;835223;156;*;cag
fin;comp;CDS;835380;836555;;0;
deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*;
;comp;gene;850452;851159;103;*;
fin;;CDS;851263;851817;;0;
deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*;
;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*;
fin;comp;CDS;958041;958406;;;
deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*;
;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*;
deb;comp;CDS;960106;960453;867;*;
;;gene;961321;961434;545;*;
fin;;CDS;961980;962675;;;
deb;;CDS;966714;967040;-327;*;
;;mobile_el;966714;967930;-894;*;
;;gene;967037;967156;84;*;
;;gene;967241;967930;273;*;
fin;;CDS;968204;968368;;;
deb;;CDS;968555;968701;256;*;
;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga
fin;;CDS;969280;969912;;0;
deb;;CDS;1004964;1006640;32;*;
;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*;
;;misc_f;1006673;1006819;-122;*;
;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*;
;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*;
;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*;
;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*;
fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0;
deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*;
;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*;
fin;comp;CDS;1033173;1033523;;;
deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*;
;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*;
fin;;CDS;1123029;1123934;;1;
deb;;CDS;1143090;1144676;107;*;
;comp;gene;1144784;1144987;240;*;
fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0;
deb;;CDS;1146049;1146696;709;*;
;comp;gene;1147406;1148787;9;*;
fin;comp;CDS;1148797;1149747;;;
deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*;
;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*;
fin;;CDS;1173028;1174566;;;
deb;;CDS;1177520;1178338;1243;*;
;;gene;1179582;1179752;41;*;
deb;comp;CDS;1179794;1180537;535;*;
;;gene;1181073;1182912;-1531;*;
deb;;CDS;1181382;1181747;-366;*;
;;mobile_el;1181382;1182610;-906;*;
fin;;CDS;1181705;1182610;;;
deb;;CDS;1183247;1186789;359;*;
;comp;gene;1187149;1187571;12;*;
deb;comp;CDS;1187584;1188423;-840;*;
;comp;mobile_el;1187584;1188752;-303;*;
fin;comp;CDS;1188450;1188752;;;
deb;;CDS;1191235;1192398;17;*;
;comp;tRNA;1192416;1192488;114;*;acg
fin;comp;CDS;1192603;1193856;;;
deb;comp;CDS;1206541;1207404;12;*;
;comp;gene;1207417;1208120;20;*;
fin;comp;CDS;1208141;1208605;;;
deb;comp;CDS;1220100;1220765;82;*;
;comp;gene;1220848;1221270;186;*;
fin;;CDS;1221457;1222881;;0;
deb;comp;CDS;1268423;1269088;437;*;
;comp;tRNA;1269526;1269599;132;*;gac
fin;comp;CDS;1269732;1270472;;0;
deb;comp;CDS;1276071;1276874;165;*;
;comp;tRNA;1277040;1277113;52;*;gac
;comp;rRNA;1277166;1277285;169;*;120
;comp;rRNA;1277455;1280377;186;*;2923
;comp;tRNA;1280564;1280636;45;*;gca
;comp;tRNA;1280682;1280755;70;*;atc
;comp;rRNA;1280826;1282367;364;*;1542
fin;comp;CDS;1282732;1283304;;0;
deb;comp;CDS;1465720;1466553;419;*;
;;gene;1466973;1468487;30;*;
fin;;CDS;1468518;1469660;;;
deb;comp;CDS;1480677;1481042;22;*;
;comp;gene;1481065;1481979;65;*;
fin;comp;CDS;1482045;1482995;;;
deb;;CDS;1544994;1546253;128;*;
;comp;gene;1546382;1546600;181;*;
fin;comp;CDS;1546782;1547699;;;
deb;;CDS;1554556;1554981;-426;*;
;;mobile_el;1554556;1556972;-1995;*;
fin;;CDS;1554978;1555328;;;
deb;comp;CDS;1561637;1562476;-840;*;
;comp;mobile_el;1561637;1562805;-303;*;
fin;comp;CDS;1562503;1562805;;;
deb;;CDS;1566010;1567041;189;*;
;;tRNA;1567231;1567314;31;*;ctg
;;tRNA;1567346;1567429;35;*;ctg
;;tRNA;1567465;1567548;41;*;ctg
fin;comp;CDS;1567590;1567892;;0;
deb;;CDS;1589588;1591177;-4;*;
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fin;;CDS;1592764;1593105;;0;
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</pre>
===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
<pre>
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;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
</pre>
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
<pre>
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
</pre>
====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
<pre>
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903]
</pre>
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
<pre>
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
</pre>
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
</pre>
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;;37;;cag
0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;;47;;cag
0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;;gaa;34;;caa
0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;;atc;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;;gaa;9;;cta
0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;;gaa;135;;aaa
0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;;gca;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;;gaa;149;;aaa
0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;;gca;3;;gta
0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;;acc;132;;aaa
0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;;gac;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;;acc;**;;tac
0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;;intra;4;;gtc
0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;;atc gca;**;;gtc
0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;;;**;;ggc
0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;;;39;;ggc
0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;;;**;;aaa
0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;;;198;;cgt
0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;;;3;;cgt
0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;;;33;;atgf
0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;;;**;;atgf
0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;;;;;**;;tgg
0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;;;;;57;;cgg
0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;;;;;20;;cac
0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;;;;;42;;ctg
4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;;;;;**;;cca
28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;36;;ggc
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;;;**;;ctg
</pre>
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
fin;comp;CDS;239419;240189;;;
deb;;CDS;247637;248134;223;;
;comp;gene;248358;250070;1;*;
;;gene;250072;250827;70;*;
fin;;CDS;250898;251953;;;
deb;;CDS;252709;253161;305;;
;;gene;253467;253733;-32;*;
;;gene;253702;254202;56;*;
fin;comp;CDS;254259;255716;;;
deb;;CDS;256527;257771;57;;
;;misc_f;257829;257899;8;*;
;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*;
fin;comp;CDS;257923;258426;;;
deb;comp;CDS;258345;258620;55;;
;;misc_f;258676;259006;38;*;
fin;comp;CDS;259045;260100;;;
deb;;CDS;261503;262756;114;;
;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg
;;misc_f;262898;297205;-34056;*;
;comp;gene;263150;263212;115;*;
fin;comp;CDS;263328;263669;;;
deb;comp;CDS;266110;266553;-1;;
;comp;gene;266553;266774;1;*;
;comp;gene;266776;266967;216;*;
fin;comp;CDS;267184;268005;;;
deb;comp;CDS;269289;270182;23;;
;;mobile_el;270206;270540;-263;*;
;;misc_f;270278;270540;0;*;
;;mobile_el;270541;271761;-1159;*;
deb;;CDS;270603;271754;7;;
;;mobile_el;271762;272190;-427;*;
;;misc_f;271764;272190;389;*;
;;ncRNA;272580;272654;192;*;
deb;;CDS;272847;273992;-38;;
;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*;
fin;comp;CDS;274101;275081;;;
deb;comp;CDS;277756;278802;11;;
;comp;gene;278814;279162;0;*;
;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*;
fin;comp;CDS;279178;279681;;;
deb;comp;CDS;279600;279875;55;;
;;gene;279931;280104;-174;*;
;;mobile_el;279931;280111;2;*;
;comp;gene;280114;280362;-249;*;
;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*;
fin;comp;CDS;280385;280735;;;
deb;;CDS;290510;290638;-5;;
;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*;
fin;comp;CDS;290649;291152;;;
deb;comp;CDS;313141;313242;473;;
;comp;gene;313716;313805;551;*;
;;gene;314357;315244;-16;*;
;;mobile_el;315229;316483;-1193;*;
fin;;CDS;315291;315590;;;
deb;;CDS;315587;316453;-4;;
;comp;gene;316450;317136;302;*;
;;gene;317439;317567;158;*;
fin;comp;CDS;317726;318319;;;
deb;comp;CDS;380069;380842;1;;
;comp;misc_f;380844;381260;-1;*;
;;mobile_el;381260;382590;-1240;*;
fin;;CDS;381351;381716;;;
deb;;CDS;381674;382579;11;;
;comp;misc_f;382591;382872;-134;*;
fin;comp;CDS;382739;383935;;;
deb;comp;CDS;388753;389727;523;;
;;misc_f;390251;391708;-117;*;
deb;comp;CDS;391592;391648;60;;
;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*;
fin;comp;CDS;391739;392605;;;
deb;comp;CDS;392602;392901;68;;
;;misc_f;392970;394418;87;*;
fin;;CDS;394506;395129;;;
deb;;CDS;408177;408461;147;;
;;gene;408609;408950;-4;*;
fin;;CDS;408947;409030;;;
deb;comp;CDS;475982;476371;76;;
;;ncRNA;476448;476561;110;*;
fin;;CDS;476672;477025;;;
deb;comp;CDS;506603;507082;121;;
;;ncRNA;507204;507287;-2;*;
fin;comp;CDS;507286;508080;;;
deb;;CDS;527581;527949;-1;;
;;gene;527949;528659;-20;*;
;;gene;528640;529130;366;*;
;;gene;529497;529592;52;*;
fin;comp;CDS;529645;530016;;;
deb;;CDS;533011;533826;-198;;
;;ncRNA;533629;533863;52;*;
fin;;CDS;533916;535697;;;
deb;comp;CDS;563848;564480;242;;
;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga
;;misc_f;564755;586056;-21242;*;
deb;comp;CDS;564815;565978;-121;;
;comp;gene;565858;566079;18;*;
;comp;gene;566098;566361;14;*;
;;gene;566376;566687;-4;*;
;;misc_f;566684;566776;0;*;
;;mobile_el;566777;568034;-1193;*;
fin;;CDS;566842;567141;;;
deb;;CDS;567138;568004;30;;
;;misc_f;568035;568247;67;*;
fin;;CDS;568315;568647;;;
deb;;CDS;573956;574339;189;;
;comp;misc_f;574529;574586;4;*;
;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*;
deb;comp;CDS;574737;575717;68;;
;comp;misc_f;575786;576825;572;*;
fin;;CDS;577398;577613;;;
deb;;CDS;580834;581379;-26;;
;;gene;581354;581662;-129;*;
deb;;CDS;581534;582097;54;;
;comp;gene;582152;582806;68;*;
fin;;CDS;582875;583060;;;
deb;comp;CDS;606265;607383;349;;
;comp;ncRNA;607733;607792;43;*;
deb;;CDS;607836;607988;18;;
;;mobile_el;608007;609351;-1287;*;
fin;;CDS;608065;609177;;;
deb;comp;CDS;657555;657938;92;;
;;gene;658031;658818;128;*;
fin;;CDS;658947;659150;;;
deb;comp;CDS;685929;686669;11;;
;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*;
deb;comp;CDS;686839;687747;103;;
;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*;
fin;comp;CDS;687997;688977;;;
deb;;CDS;695101;696276;153;;
;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag
;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag
;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj
;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa
;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa
;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta
;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj
fin;comp;CDS;697513;699177;;;
deb;;CDS;706093;707757;478;;
;;ncRNA;708236;708333;0;*;
fin;;CDS;708334;709740;;;
deb;;CDS;715412;715906;40;;
;comp;gene;715947;716597;123;*;
;comp;gene;716721;716870;75;*;
fin;comp;CDS;716946;718265;;;
deb;;CDS;733776;734102;117;;
;;gene;734220;735653;-4;*;
fin;;CDS;735650;736219;;;
deb;;CDS;736445;736699;200;;
;;gene;736900;737961;130;*;
fin;;CDS;738092;738853;;;
deb;;CDS;764180;765049;0;;
;;ncRNA;765050;765150;2;*;
fin;comp;CDS;765153;765875;;;
deb;;CDS;779598;780389;164;;
;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa
;;tRNA;780765;780840;2;*;gta
;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa
;;tRNA;781068;781143;3;*;gta
;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa
;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa
;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa
fin;;CDS;782085;783128;;;
deb;;CDS;836351;837436;-2;;
;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*;
fin;;CDS;837503;837562;;;
deb;comp;CDS;851014;852597;127;;
;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*;
fin;comp;CDS;852869;852997;;;
deb;;CDS;887423;887959;19;;
;comp;ncRNA;887979;888057;76;*;
fin;comp;CDS;888134;889819;;;
deb;;CDS;923264;925540;343;;
;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc
fin;comp;CDS;926225;926443;;;
deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;;
;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca
fin;;CDS;1032139;1033257;;;
deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;;
;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*;
fin;;CDS;1049833;1050108;;;
deb;;CDS;1079305;1080813;542;;
;;gene;1081356;1082185;57;*;
fin;;CDS;1082243;1083370;;;
deb;;CDS;1092876;1094234;10;;
;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*;
fin;comp;CDS;1094275;1095141;;;
deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;;
;;gene;1095544;1095846;-4;*;
deb;;CDS;1095843;1096829;735;;
;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc
fin;;CDS;1097886;1098824;;;
deb;;CDS;1140033;1140986;-1;;
;;ncRNA;1140986;1141063;118;*;
fin;comp;CDS;1141182;1144367;;;
deb;comp;CDS;1146011;1146595;-7;;
;;ncRNA;1146589;1146757;36;*;
fin;;CDS;1146794;1147315;;;
deb;;CDS;1169073;1169330;-28;;
;;ncRNA;1169303;1169402;9;*;
fin;comp;CDS;1169412;1170374;;;
deb;;CDS;1195123;1196373;-165;;
;;misc_f;1196209;1211412;-14702;*;
;;ncRNA;1196711;1196782;84;*;
fin;comp;CDS;1196867;1197532;;;
deb;;CDS;1203822;1204160;9;;
;;gene;1204170;1204403;-234;*;
deb;;CDS;1204170;1205537;-1137;;
;;gene;1204401;1205537;11;*;
fin;;CDS;1205549;1205731;;;
deb;;CDS;1205731;1206204;-74;;
;;gene;1206131;1206922;-10;*;
fin;;CDS;1206913;1207497;;;
deb;comp;CDS;1208517;1209119;-1;;
;comp;gene;1209119;1209655;29;*;
fin;;CDS;1209685;1210239;;;
deb;;CDS;1210346;1211179;233;;
;;gene;1211413;1211577;102;*;
fin;comp;CDS;1211680;1212003;;;
deb;;CDS;1218983;1219201;399;;
;;gene;1219601;1222248;56;*;
fin;comp;CDS;1222305;1222634;;;
deb;;CDS;1223264;1223449;114;;
;;gene;1223564;1223907;371;*;
fin;comp;CDS;1224279;1224545;;;
deb;;CDS;1238879;1239949;238;;
;;mobile_el;1240188;1240289;-30;*;
fin;;CDS;1240260;1240463;;;
deb;comp;CDS;1269168;1269275;47;;
;;ncRNA;1269323;1269389;313;*;
deb;comp;CDS;1269703;1269810;47;;
;;ncRNA;1269858;1269923;314;*;
deb;comp;CDS;1270238;1270345;47;;
;;ncRNA;1270393;1270460;288;*;
fin;comp;CDS;1270749;1271849;;;
deb;;CDS;1277957;1279348;-12;;
;;ncRNA;1279337;1279520;343;*;
fin;;CDS;1279864;1283607;;;
deb;;CDS;1286709;1286984;81;;
;comp;ncRNA;1287066;1287236;-150;*;
deb;comp;CDS;1287087;1287176;67;;
;comp;tRNA;1287244;1287328;209;*;tac
;comp;tRNA;1287538;1287622;159;*;tac
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deb;;CDS;1293527;1294144;281;;
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;;gene;4496750;4497940;240;*;
;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*;
fin;;CDS;4498272;4498637;;;
deb;;CDS;4498595;4499500;92;;
;comp;gene;4499593;4500791;468;*;
deb;;CDS;4501260;4501589;500;;
;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*;
fin;comp;CDS;4502103;4503431;;;
deb;;CDS;4506448;4506573;52;;
;comp;gene;4506626;4506856;4;*;
;;gene;4506861;4507109;15;*;
;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
</pre>
====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
</pre>
====eco intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
- t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
</pre>
====eco intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
</pre>
*14.8.21
<pre>
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</pre>
====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
<pre>
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;ncRNA;765050;2;;;deb;°CDS;2044938;261;;;fin;°CDS;3195141;;;;;mobile;4498181;-1240;
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;&tRNA;780765;2;;;;&tRNA;2058027;100;comp;;deb;°CDS;3268415;613;;;deb;°CDS;4501260;500;
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;&tRNA;781068;3;;;;&tRNA;2059851;37;;;fin;°CDS;3270625;;;;fin;°CDS;4502103;;
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;&tRNA;781577;432;;;;&tRNA;2062260;55;;;;gene;3281122;350;;;;gene;4506861;15;
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;mobile;1094245;-1228;;;;misc_f;2101396;4;;;;gene;3404495;0;;;;gene;4532050;126;
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;gene;1095544;-4;;;;misc_f;2102944;1;;;deb;°CDS;3418390;430;;;;gene;4534430;339;
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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;;
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;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;;
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;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp
fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp
;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp
;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
</pre>
====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
<pre>
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;<201;10
6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17
6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;<201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5
;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29%
;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;<201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
</pre>
===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
> comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
<;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
<;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
>;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
< comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
<> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
< comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
<;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
>;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
<;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
>;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
>;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
< comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
< comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
>;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
</pre>
====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
<pre>
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
</pre>
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
<pre>
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
</pre>
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
</pre>
====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
<pre>
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;>;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&116;
;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;;
;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&116;
;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
;;782085..783128;cds;;348;@quino;;;;809315..810358;CDS;;348;@quino NadA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;>;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
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;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;;
;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;> comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco10;;1095843..1096829;cds;735;329;§un-YcdU;;ecoN10;;1213982..1214809;CDS;165;276;§DUF4942;;;;;;;;
;comp;1097565..1097652;tcc;233;;;;;comp;1214975..1215062;tcc;233;;;;;;;;;;
;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
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;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;;
;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;*****;°gtc;*****;;;;;;1830711..1830787;°gtc;6;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;<;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;<;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco16;comp;1990954..1991619;cds;195;222;@UPF0149 YecA;;ecoN16;comp;2115794..2116459;CDS;195;222;@UPF0149 YecA;;;;;;;;
;comp;1991815..1991901;tta;12;;;;;comp;2116655..2116741;tta;12;;;;;;;;;;
;comp;1991914..1991987;tgc;54;;;;;comp;2116754..2116827;tgc;53;;;;;;;;;;
;comp;1992042..1992117;ggc;151;;;;;comp;2116881..2116956;ggc;151;;;;;;;;;;
;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco17;;2042368..2042898;cds;569;177;§pu-cytochrom;;ecoN17;comp;2191451..2192287;CDS;278;279;§hp-279;;;;;;;;
;comp;2043468..2043557;tcg;93;;;;;comp;2192566..2192655;tcg;93;;;;;;;;;;
;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco18;;2056858..2057574;cds;452;239;@pu-tr-YeeN;;ecoN18;;2232607..2233323;CDS;453;239;@tr-YebC;;;;;;;;
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;comp;2058203..2059846;cds;[4;548;@exporter;;;;2234179..2235096;CDS;[101;306;@tr-nitrogen;;;;;;;;
;; 2059851..2059926;aac;[37;;;;;;2235198..2236148;CDS;[37;317;@tr-Cbl;;;;;;;;
;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2286211..2286287;ccc;102;;;;;;2548803..2548879;ccc;101;;;;;;;;;;
;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466309..2466383;agg;161;;;;;;2718788..2718862;agg;437;;;;;;;;;;
;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
eco21;comp;2515643..2517832;cds;208;730;@pu-sensor;;;comp;2771140..2771215;°gcc;39;;;;;comp;5322191..5322266;°gcc;39;;
;comp;2518041..2518116;°gcc;39;;;;;comp;2771255..2771330;°gcc;220;;;;;comp;5322306..5322381;°gcc;220;;
;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco22;comp;2519257..2520672;cds;258;472;@Glu ligase;;ecoN22;comp;2772355..2773770;CDS;258;472;@Glu ligase;;;ecoN;;;;;
;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;<;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
;;2521539..2521567;rpr;25;&29;rpt-29;;;comp;2774536..2775420;CDS;;295;@LysR;;;;;;;;
;comp;2521593..2522477;cds;;295; @XapR;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco23;comp;2724448..2725746;cds;322;433;@glutarate sm;;ecoN23;comp;2959205..2960503;CDS;323;433;@glutarate pm;;;;;;;;
;comp;2726069..2726188;$5s;92;&120;;;;comp;2960827..2960942;$5s;83;&116;;;;;;;;;
;comp;2726281..2729184;$23s;184;&2904;;;;comp;2961026..2965477;$23s;184;&4452;;;;;;;;;
;comp;2729369..2729444;gaa;171;;;;;comp;2965662..2965737;gaa;431;;;;;;;;;;
;comp;2729616..2731157;$16s;442;&1542;;;;comp;2966169..2967720;$16s;441;&1552;;;;;;;;;
;comp;2731600..2734173;cds;;858;@ClpB;;;comp;2968162..2970735;CDS;;858;@ClpB dep;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco24;comp;2784529..2785011;cds;750;161;DUF5507;;ecoN24;;;;;;;;;;;;;;
;comp;2785762..2785837;atgi;559;;;;;;;****atgi*****;;;;;;;;;;;
;;2786397..2788649;cds;;751;pu-unYgaQ;;ecoN25;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3027207..3027773;CDS;280;189;@fructose 6;;;;;;;;
eco25;comp;2816937..2817503;cds;280;189;@fructose;;;comp;3028054..3028130;°cgt;63;;;;;;;;;;
;comp;2817784..2817860;°cgt;198;;;;;comp;3028194..3028270;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
;comp;2818553..2818645;agc;315;;;;;comp;3028693..3028785;agc;315;;;;;;;;;;
;comp;2818961..2819146;cds;;62;@Csr;;;comp;3029101..3029286;CDS;;62;@CsrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947387..2947463;°atgf;33;;;;;;3158643..3158719;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2999136..2999891;cds;;252;%pu-LysM;;;comp;3231870..3232625;CDS;;252;%glycan DD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3110366..3110441;ttc;148;;;;;;3341861..3341936;ttc;197;;;;;;;;;;
;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3670886..3670962;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco31;;;;;;;;ecoN31;comp;3673935..3674387;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;comp;3318213..3318289;atgf;347;;;;;comp;3682191..3682267;atgf;347;;;;;;;;;;
;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
;comp;3322072..3322158;ctc;14;;;;;comp;3686048..3686134;ctc;14;;;;;;;;;;
;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco35;;3422436..3423194;cds;228;253;@pu-YhdZ;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;@pu-ABC;;;;;;;;
;comp;3423423..3423542;$5s;37;&120;;;;comp;3785374..3785489;$5s;39;&116;;;;;;;;;
;comp;3423580..3423655;acc;12;;;;;comp;3785529..3785605;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3423668..3423787;$5s;92;&120;;;;comp;3785620..3785735;$5s;777;&116;;;;;;;;;
;comp;3423880..3426783;$23s;174;&2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco36;comp;3706098..3707705;cds;567;536;@dip ABC;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;3708273..3708306;rpr;16;&34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
;;3836425..3836556;pseudo;396;&132;p-yicT;;;;4207641..4207735;tga;[300;;;;ok;comp;5254171..5254249;tga;[292;;
;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;>;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;>;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco38;comp;3940635..3941327;cds;480;231;%pu-tr YieP;;ecoN38;comp;4338643..4339335;CDS;479;231;%FadR tr ;;;;;;;;
;;3941808..3943349;$16s;85;&1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;> comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;> comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&1255;
eco40;;4034608..4035153;cds;377;182;@porphyrine O;;ecoN40;;4460971..4461516;CDS;377;182;@porphyrine M;;;< comp;5362140..5363543;CDS;;468;(IS66
;;4035531..4037072;$16s;68;&1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;>;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;< comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&1189;;;;<;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;< comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
</pre>
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
<pre>
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
</pre>
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;hors bloc
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;;8;;gac;37;;cag
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;;**;;tgg;48;;cag
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;;1472;;gaa;15;;atgj
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;;gaa;42;;atc;34;;caa
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;;gaa;2351;;atc;23;;caa
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;;gaa;**;;gaa;10;;cta
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;;atc;42;;gca;**;;atgj
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;;**;;atc;35;;aaa
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;;gca;;;;2;;gta
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;;;51;;aaa
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;;gaa;;;;3;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;;gaa;;;;48;;aaa
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;;gaa;;;;33;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;;gca;;;;**;;aaa
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;;;33;;tac
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;;;**;;tac
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;;gac;;;;4;;gtc
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;;acc;;;;**;;gtc
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;;gac;;;;4;;gtc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;;;**;;gtc
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;;acc;;;;4;;gtc
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;;acc;;;;**;;gtc
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;;gaa;;;;12;;tta
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;;gaa;;;;53;;tgc
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;;intra;;;;**;;ggc
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;;atc gca;;;;39;;gcc
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;;;**;;gcc
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;;;43;;gta
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;;;46;;gta
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;;;4;;gta
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;;;**;;aaa
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;;;63;;cgt
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;;;;;;62;;cgt
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;;;;;;62;;cgt
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;;;;;;64;;cgt
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;;;;;;3;;cgt
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;;;;;;**;;agc
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;;;;;;33;;atgf
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;;;;;;33;;atgf
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;;;;;;**;;atgf
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;;;;;;58;;cgg
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;;;;;;20;;cac
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;;;;;;42;;ctg
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;;;;;;**;;cca
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;;;;;;8;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;;;;;;116;;tac
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;;;;;6;;gga
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;;;;;;**;;acc
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;;;;;;36;;ggc
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;;;35;;ggc
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;;;;;;**;;ggc
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;34;;ctg
;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;**;;ctg
;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;;;39;;gcc
;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;39;;gcc
;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;;;**;;gcc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;gta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ctg
</pre>
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ecoN;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;231864;232436;365;*;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac
fin;;CDS;237812;238615;;1;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg
fin;;CDS;368927;369265;;0;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;
fin;;CDS;556537;556890;;0;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj
fin;comp;CDS;735603;737267;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa
fin;;CDS;809315;810358;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc
fin;comp;CDS;953030;953248;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca
fin;;CDS;1048604;1049722;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc
fin;;CDS;1215296;1216234;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc
fin;;CDS;1217586;1218524;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc
fin;;CDS;1835151;1835456;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc
fin;;CDS;2234179;2235096;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc
fin;;CDS;2771551;2771910;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf
fin;;CDS;3159575;3160075;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc
fin;;CDS;3342134;3343399;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf
fin;;CDS;3682615;3683958;;0;
deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc
fin;comp;CDS;3686149;3686481;;;
deb;;CDS;3784553;3785311;62;*;
;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s
;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc
;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s
;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa
fin;;CDS;3789989;3790543;;1;
deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*;
;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg
fin;comp;CDS;4081154;4082845;;;
deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*;
;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga
fin;;CDS;4208036;4208857;;;
deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*;
;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s
;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa
;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s
;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s
;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac
;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg
fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0;
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;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg
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fin;;CDS;4379752;4380987;;0;
deb;;CDS;4460971;4461516;377;*;
;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s
;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc
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;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s
fin;comp;CDS;4467642;4468169;;;
deb;;CDS;4605577;4606434;374;*;
;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s
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deb;;CDS;4646462;4648150;436;*;
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;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s
;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;
deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc
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deb;;CDS;4864628;4865173;210;*;
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deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*;
;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg
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deb;;CDS;5042527;5042763;38;*;
;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg
;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg
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;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa
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deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s
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fin;comp;CDS;5128754;5129323;;;
deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga
fin;;CDS;5254542;5255171;;;
deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*;
;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc
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deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc
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;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc
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deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;
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deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc
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;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s
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;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s
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;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg
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deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;
</pre>
===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
<pre>
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
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comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
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;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
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comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
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comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
</pre>
====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
<pre>
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
</pre>
====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
<pre>
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;<u>86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;<u>371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
</pre>
====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
</pre>
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;;158;;atgf
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;;35;;ggc
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;;35;;ggc
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;;18;;ggc
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;;39;;atgf
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;;90;;ggc
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;;atc;39;;atgf
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;;atc;18;;ggc
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;;gaa;39;;atgf
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;;gaa;18;;ggc
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;;gcc;39;;atgf
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;;**;;ggc
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;;gca;13;;acc
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;;gta;35;;gga
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;;gca;52;;tac
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;;gca;**;;aca
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;;gta;35;;cgg
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;;gaa;76;;cac
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;;46;;cca
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;;gac;64;;cac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;;gac;**;;cca
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;;gac;54;;cta
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;;tca;46;;caa
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;;acc;21;;cta
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;;18;;cta
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;;acc;23;;atgj
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;;intra;70;;cta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;;gca;79;;atgj
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;;atc;31;;caa
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;;gta;39;;cta
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;;aaa;**;;atgj
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;;gaa;100;;tac
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;;gaa;100;;tac
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;;aaa;100;;tac
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;;gca;**;;tac
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;;gta;46;;gtc
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;;gcc;**;;gtc
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;;gaa;11;;ggc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;;contig;78;;tta
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;;tgg;37;;ggc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;;gac;**;;tgc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;;gac;56;;atgf
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;;tgg;**;;ctc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;;59;;cgt
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;57;;cgt
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;;;;;;57;;cgt
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;;;;;;85;;cgt
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;;;;;;29;;agc
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;;;31;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;43;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;42;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc
;;;;;;;;;;;;;;;;;;21;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;aac
;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
</pre>
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
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;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
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deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
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deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
</pre>
====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;;97;;tta
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;;5;;ggc
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;;gaa;**;;tgc
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;;53;;tta
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;;gta;181;;tgc
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;;**;;tgc
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;;tca;;;
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;;gta;;;
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;;gca;;;
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;;aaa;;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;;gaa;;;
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;;
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;;
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;;;;;
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;;;;;
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;;;;;
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;;
</pre>
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
</pre>
===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
<pre>
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
< comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
</pre>
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
<pre>
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
</pre>
====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
<pre>
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
</pre>
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
</pre>
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
<pre>
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
fin;;CDS;3024018;3027455;;0;
deb;;CDS;3044891;3045361;133;*;
;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
fin;;CDS;3045965;3046882;;;
deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
fin;;CDS;3054079;3054915;;0;
deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
fin;;CDS;3269003;3269752;;0;
deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*;
;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
deb;;CDS;3290470;3291624;50;*;
;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
deb;;CDS;3334670;3335758;230;*;
;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
</pre>
====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;;atc;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;;gaa;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;;gaa;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;;gaa;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;;gaa;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;;gca;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;;gaa;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;;gaa;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;;gaa;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;;gaa;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;;gac;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;;acc;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;;gac;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;;gac;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;;acc;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;;intra;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;;atc;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;;gca;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;;;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;;;;;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;;;;;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;;;;;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;;;;;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;;;101;;atgf;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====amed autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
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deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
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;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
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fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
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;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
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;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
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;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
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;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
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;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
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;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
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fin;;CDS;4151154;4151744;;;
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;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
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fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
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fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
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deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
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;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
</pre>
===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
<pre>
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
</pre>
====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
<pre>
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
</pre>
====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
</pre>
====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
</pre>
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
<pre>
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
</pre>
==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
<pre>
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
</pre>
====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
<pre>
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
</pre>
====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
</pre>
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;hors bloc
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;;;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;;;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;;;60;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;;;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;;;1051;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;;;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;;;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;;;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;;;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;;;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;;;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;;;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;;
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;;
12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;;
16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;;
</pre>
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;
</pre>
====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
</pre>
====rtb intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
- t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
</pre>
====rtb intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
</pre>
====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
<pre>
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp
; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp
fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp
deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;;
; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382;
fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009;
deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;;
; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp
fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145;
deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;;
; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp
fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp
deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;;
; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951;
fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945;
deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp
; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp
fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp
deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp
23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp
5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp
fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp
deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585;
; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17;
fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;;
deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191;
; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp
fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;;
deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14;
; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152;
fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;;
deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp
; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp
; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp
fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp
</pre>
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
<pre>
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;<201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;<201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;<201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
</pre>
===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
<pre>
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
</pre>
====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
<pre>
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
</pre>
====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
</pre>
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;;;;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;;;;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;;;;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;;;;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;;;;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;;;;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;;;;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;;;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;;;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;;
</pre>
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
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fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
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;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
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deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
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;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
</pre>
===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
<pre>
;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
<>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
>;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
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>comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;*
;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
;685835..686251;;cds;;;;;;139;;NUDIX hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;*
;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;*
comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;*
comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;*
comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;*
;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;*
comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;*
comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;*
;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;*
comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;*
comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;*
comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;*
;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;*
;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;*
;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;*
comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;*
< comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;*
comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;*
;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;*
;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;*
comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
<comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;*
comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;*
;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;*
comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;*
comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;*
comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;*
comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;*
comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;*
;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;*
;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;*
comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;*
comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;*
comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;*
comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;*
comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;*
comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;*
;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;*
;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;*
;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;*
comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
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comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;*
comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;*
;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;*
;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;*
;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;*
;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;*
comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;*
comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;*
comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;*
;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;*
;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;*
;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
<;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;*
comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;*
comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
>;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
>;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
< comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
<;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
<comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
</pre>
====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
<pre>
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
</pre>
====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
<pre>
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
</pre>
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>.
<pre>
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;>;2768823..2769518;;cds;-12;232;&methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;;b8;;<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;>;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;<u>1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;<u>1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;<u>1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
</pre>
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
</pre>
====rpm données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;;atc;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;;atc;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;;atc;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;;atgf;23;;ggc
2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;;atgf;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;;atgf;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;;atgf;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;;;51;;atgf;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;;;;;;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;;;;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;;;;;;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;;;;;;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;;;;;;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;;;;;;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;;;;;;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;;;70;;gcg
4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;;;33;;gcg
35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;;;153;;ctg
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;;;47;;ctg
;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;;;**;;ctg
;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;;
</pre>
=====rpm autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rpm;;;;
deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
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;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
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;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;
</pre>
====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
<pre>
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
<pre>
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
</pre>
===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
</pre>
====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
<pre>
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
</pre>
====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
<pre>
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
</pre>
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====rru données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;;202;;gcc
;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;;**;;gcc
1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;;81;;tgc
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;;atc;**;;aac
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;;27;;gga
;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;;**;;tac
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;;165;;acc
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;;**;;acc
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;;gca;;;
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;;
2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;;atgf;;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;;atgf;;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;;atgf;;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;;atc gca;;;
;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;;
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;;
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;;;;;;
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;;;;;;
1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;;;;;;
;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;;;;;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;;;;;;
1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;;;;;;
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;;;;;;
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;;;;;;
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;;;;;;
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;;;;;;
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;;;;;;
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;;;;;;
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;;;;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;;;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;;;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;;;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;;;;;;
1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;;
1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;;;;;;
35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;;
34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;;
1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;;
;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;;
</pre>
=====rru autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;rru;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16232;16852;163;*;
;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg
fin;;CDS;17356;18378;;0;
deb;;CDS;117072;117287;37;*;
;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg
fin;;CDS;117701;123022;;;
deb;comp;CDS;149921;151093;147;*;
;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg
fin;comp;CDS;151454;152929;;0;
deb;;CDS;189941;191668;841;*;
;;rRNA;192510;194008;180;*;1477
;;tRNA;194189;194265;66;*;atc
;;tRNA;194332;194407;347;*;gca
;;rRNA;194755;197527;119;*;2758
;;rRNA;197647;197761;96;*;115
;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf
deb;comp;CDS;198222;198455;222;*;
;;rpr;198678;199866;145;*;
fin;comp;CDS;200012;200305;;;
deb;comp;CDS;211593;213335;261;*;
;;rpr;213597;214174;128;*;
fin;comp;CDS;214303;215160;;;
deb;comp;CDS;305449;306648;257;*;
;;tRNA;306906;306979;319;*;cag
fin;comp;CDS;307299;308303;;;
deb;comp;CDS;322896;323693;406;*;
;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa
fin;comp;CDS;324273;325601;;;
deb;;CDS;362552;362881;224;*;
;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc
;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc
fin;comp;CDS;363503;364531;;;
deb;;CDS;407067;407606;92;*;
;;tRNA;407699;407790;141;*;agc
fin;;CDS;407932;408774;;0;
deb;;CDS;419952;420275;57;*;
;;rpr;420333;422803;228;*;
fin;comp;CDS;423032;423388;;0;
deb;;CDS;466945;467925;115;*;
;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta
fin;comp;CDS;468210;468458;;;
deb;;CDS;529650;529988;67;*;
;;rpr;530056;530553;180;*;
fin;comp;CDS;530734;534255;;0;
deb;comp;CDS;536858;537154;111;*;
;;regulatory;537266;537472;38;*;
fin;;CDS;537511;538188;;;
deb;comp;CDS;559038;559457;239;*;
;;tRNA;559697;559772;170;*;aag
fin;;CDS;559943;560608;;0;
deb;;CDS;571949;572881;20;*;
;;regulatory;572902;573134;194;*;
fin;;CDS;573329;575266;;;
deb;comp;CDS;794877;795188;217;*;
;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc
fin;;CDS;795583;795846;;;
deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*;
;;rRNA;911379;912878;178;*;1477
;;tRNA;913057;913133;66;*;atc
;;tRNA;913200;913275;346;*;gca
;;rRNA;913622;916394;118;*;2758
;;rRNA;916513;916627;95;*;115
;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf
fin;;CDS;917538;921860;;0;
deb;;CDS;988887;989177;204;*;
;;rpr;989382;991847;533;*;
fin;comp;CDS;992381;992809;;;
deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*;
;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*;
fin;comp;CDS;1145882;1146607;;;
deb;;CDS;1159249;1160091;71;*;
;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag
fin;;CDS;1160356;1160613;;0;
deb;;CDS;1339162;1340364;168;*;
;;regulatory;1340533;1340749;238;*;
fin;;CDS;1340988;1342007;;;
deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*;
;;rpr;1363865;1364439;208;*;
fin;comp;CDS;1364648;1365022;;;
deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*;
;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg
fin;comp;CDS;1465635;1466303;;;
deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*;
;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*;
fin;;CDS;1502001;1504436;;;
deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*;
;;rpr;1580591;1581961;284;*;
fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0;
deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*;
;;rpr;1694053;1695967;193;*;
fin;comp;CDS;1696161;1697498;;;
deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*;
;;regulatory;1707586;1707782;93;*;
fin;;CDS;1707876;1709765;;;
deb;;CDS;1791953;1792159;116;*;
;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa
fin;comp;CDS;1792483;1792689;;;
deb;;CDS;1824299;1825738;98;*;
;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta
fin;;CDS;1826072;1827415;;;
deb;;CDS;1833133;1833408;284;*;
;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta
fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0;
deb;;CDS;1933548;1934138;85;*;
;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca
deb;;CDS;1934364;1934663;12;*;
;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga
fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0;
deb;;CDS;1959133;1959858;175;*;
;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc
fin;;CDS;1960326;1960439;;;
deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*;
;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca
fin;;CDS;1998595;2002550;;0;
deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*;
;;regulatory;2009119;2009340;129;*;
fin;;CDS;2009470;2011794;;;
deb;;CDS;2031997;2032863;123;*;
;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa
fin;comp;CDS;2033249;2033809;;;
deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*;
;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc
;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac
fin;;CDS;2094653;2094916;;;
deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*;
;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc
fin;;CDS;2306189;2306839;;;
deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*;
;;regulatory;2319857;2319989;73;*;
fin;;CDS;2320063;2321928;;;
deb;;CDS;2331183;2331521;73;*;
;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj
fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0;
deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*;
;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac
fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0;
deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*;
;;regulatory;2551172;2551329;147;*;
fin;;CDS;2551477;2552121;;0;
deb;;CDS;2559473;2560621;36;*;
;;tmRNA;2560658;2560994;131;*;
fin;;CDS;2561126;2561716;;;
deb;;CDS;2667051;2667758;354;*;
;;rpr;2668113;2669657;204;*;
fin;comp;CDS;2669862;2670212;;;
deb;;CDS;2714978;2715835;129;*;
;;rpr;2715965;2716300;262;*;
fin;;CDS;2716563;2717564;;0;
deb;;CDS;2729598;2731271;449;*;
;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf
;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115
;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758
;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca
;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc
;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477
fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0;
deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*;
;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc
fin;;CDS;2962475;2963359;;;
deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*;
;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg
deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*;
;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga
;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac
deb;;CDS;3127241;3128158;57;*;
;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca
fin;;CDS;3128419;3128652;;;
deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*;
;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc
fin;comp;CDS;3195117;3195512;;;
deb;;CDS;3320745;3322115;90;*;
;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi
fin;comp;CDS;3322342;3324432;;;
deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*;
;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc
;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc
deb;;CDS;3378807;3379370;234;*;
;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac
fin;comp;CDS;3379759;3380517;;;
deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*;
;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg
fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0;
deb;;CDS;3490378;3491148;84;*;
;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg
fin;;CDS;3491715;3492080;;;
deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*;
;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*;
;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*;
fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0;
deb;;CDS;3523910;3524125;371;*;
;;rpr;3524497;3525372;79;*;
fin;comp;CDS;3525452;3526372;;;
deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*;
;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*;
fin;;CDS;3707518;3707919;;;
deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*;
;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg
fin;comp;CDS;3720086;3720859;;;
deb;;CDS;3805869;3806813;130;*;
;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115
;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758
;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca
;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc
;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477
fin;;CDS;3813192;3814118;;;
deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*;
;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt
fin;;CDS;3826395;3827531;;0;
deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*;
;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*;
fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0;
deb;;CDS;4021982;4023163;27;*;
;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg
fin;;CDS;4023502;4023855;;0;
deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*;
;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg
fin;comp;CDS;4059560;4060126;;;
deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*;
;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg
fin;;CDS;4108262;4108843;;0;
deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*;
;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc
fin;;CDS;4262501;4263136;;;
</pre>
====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
</pre>
====rru intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende:
*Tableaux
<pre>
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
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400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
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- t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
</pre>
====rru intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
</pre>
====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
<pre>
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp
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;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp
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;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp
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;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp
;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp
23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp
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;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp
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;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127;
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;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp
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;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp
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;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165;
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;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77;
;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp
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;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp
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;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp
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deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp
;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp
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;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp
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;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp
fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp
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;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp
;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;;
23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp
5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp
;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp
fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27;
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;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;;
fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp
deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179;
;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp
fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp
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;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;;
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;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;;
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</pre>
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
<pre>
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15
;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24
;81;;;;287;;73;75;taux;63%
;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
;27;;406;;98;;85;86;'''fin;
;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18
;66;;92;;141;;92;98;total;25
;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72%
;;comp’;239;;170;;98;117;;
;;comp’;217;;86;;103;118;'''total;
;;;;;738;;151;127;<201;33
;;;71;;117;;163;131;total;49
;;comp’;283;comp’;139;;163;141;taux;67%
;;comp’;116;;131;;175;150;;
;;;98;;150;;202;150;;
;;;284;comp’;70;;224;170;;
;;;85;;63;;234;186;;
;;;12;;396;;262;215;;
;;;175;;215;;284;237;;
;;comp’;164;comp’;261;;354;287;;
;;comp’;123;;186;;406;343;;
;;comp’;295;;150;;430;396;;
;;;89;comp’;178;;721;407;;
;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
;;;202;;75;;27;43;;
;;comp’;449;;;;37;70;'''deb;
;;;354;comp’;171;;90;77;<201;10
;;;151;;343;;115;126;total;17
;;;93;comp’;166;;116;136;taux;59%
;;;57;;127;;123;139;;
;;;430;;103;;140;148;'''fin;
;;comp’;90;;60;;147;166;<201;11
;;comp’;140;;237;;164;171;total;17
;;;234;comp’;77;;187;178;taux;65%
;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;<201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
</pre>
===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
<comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
>comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
<;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
</pre>
====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
<pre>
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
</pre>
====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
<pre>
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
</pre>
*Détails
<pre>
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
</pre>
====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
</pre>
====oan1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;;146;;gaa
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;;**;;gaa
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;;atc;24;;tac
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;;**;;gga
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;;gca;245;;gac
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;;**;;gac
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;;atgf;;;
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;;atc gca;;;
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;;
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;;
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;;
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;;
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;;
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;;;;;;;
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;;;;;;;
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;;;;;;;
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;;;;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;;;;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;;;;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;;;;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;;;;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;;;;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;;;;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;;;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;;;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;;
26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;;
20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;;
</pre>
=====oan1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
</pre>
====oan2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;;atc
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;;gca
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;;atgf
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;;intra
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;;atc gca
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;;
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;;
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;;
</pre>
=====oan2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
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;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
</pre>
===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
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comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
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comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
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comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
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comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
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;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
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comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
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comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
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comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
>comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
<comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
>;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
</pre>
====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
<pre>
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
</pre>
====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
<pre>
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
</pre>
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====abq données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;;206;;ccg
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;ccg
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;;atc;60;;tac
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;;**;;gga
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;;gca;76;;aag
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;;gca;**;;aag
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;;intra;38;;gag
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;;atc gca;**;;gag
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;;132;;gtg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;;**;;gtg
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;;220;;aac
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;;**;;tgc
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;;164;;gac
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;;**;;gta
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;;109;;cac
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;;**;;cac
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;;
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;;;;;;;
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;;;;;;;
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;;;;;;;
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;;;;;;;
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;;;;;;;
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;;;;;;;
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;;;;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;;;;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;;;;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;;;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;;;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;;;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;;;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;;;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;;;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;;
</pre>
=====abq autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
</pre>
====abqp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;;29;;ctg
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;;**;;gcc
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;;4;;aac
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;;**;;gac
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;;atc;1;;acc
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;;99;;gcg
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;;44;;gac
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;;gca;1;;gtc
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;;**;;cag
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;;
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;;atgf;;;
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;;intra;;;
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;;atc gca;;;
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;;
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;;
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;;
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;;
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;;;;;;;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;;;;;;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;;;;;;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;;;;;;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;;
</pre>
=====abqp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
</pre>
===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
<comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
>comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
>;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
</pre>
====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
<pre>
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
</pre>
====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
<pre>
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
</pre>
=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
<pre>
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
</pre>
=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de & (EAL & GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
<pre>
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;* CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL & GGDEF;* CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;* hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;* modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;* comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;* CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;* CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;* recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;* CHC
comp;2234528..2234603;?gag;38;;;*;;;;comp;497334..497420;ttg;137;;;*
comp;2234642..2234717;?gag;68;;;*;;;;;497558..498085;cds;;176;disulfide;*
comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;* modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;* CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
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;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
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;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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;;;;;;*;;;;;872533..872608;atgi;5;;;*
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;2562333..2562409;?ccg;205;;;*;;;;comp;873228..873304;cgt;212;;;*
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;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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comp;1879198..1881950;$23s;272;§2753;;*;;;;comp;1428215..1430967;$23s;266;§2753;;*
comp;1882223..1882298;gca;32;;;*;;;;comp;1431234..1431309;gca;30;;;*
comp;1882331..1882407;atc;110;;;*;;;;comp;1431340..1431416;atc;108;;;*
comp;1882518..1883224;&16s°;100;§707;;*;;;;comp;1431525..1433015;$16s;779;§1491;;*
<comp;1883325..1883763;cds;;146;@p-erythrose;* comp;;;;;1433795..1437778;cds;;1328;@non ribosom;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;2168164..2168552;&16s°;100;§389;;*;;;;;;;;;;
comp;2168653..2169323;&16s°;522;§671;;* d’où?;;;;;;;;;;
comp;2169846..2170325;cds;;160;DUF2141;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;927651..927896;cds;392;82;hp;* CHF;;;;comp;1576457..1577296;cds;243;280;ak reductase;* CHF
;928289..928371;tta;175;;;*;;;;comp;1577540..1577615;gaa;123;;;*
;928547..929164;cds;;206;@hp;* recombi;;;;comp;1577739..1579538;cds;;600;ss-DNA;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;1149458..1149532;gtc;106;;;*;;;;comp;1723802..1723878;gac;164;;;*
comp;1149639..1151516;cds;;626;@chemotaxis p;* modif;;;;comp;1724043..1724117;gta;106;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1724224..1724496;cds;;91;HU bind;*
;1243974..1245108;cds;131;378;tRNA MnmA;*;;;;;;;;;;*
;1245240..1245314;atgj;354;;;*;;;;comp;1730385..1731719;cds;91;445;trigger factor;*
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;;;;;;*;;;;comp;1732069..1733634;cds;106;522;malonyl CoA;*
;1279875..1280237;cds;74;121;hp;*;;;;comp;1733741..1735207;cds;129;489;bif NAD;*
comp;1280312..1280397;tac;148;;;*;;;;comp;1735337..1735412;?cac;109;;;*
comp;1280546..1281172;cds;;209;nitrogen NifQ;*;;;;comp;1735522..1735597;?cac;337;;;*
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;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
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>;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;* recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
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;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
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;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
</pre>
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
</pre>
====abs données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;;32;;atc gca;109;;cac
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;;;**;;cac
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;;gca;;;;163;;gta
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;;;**;;gac
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;;;219;;aac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;;;**;;tgc
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;;;132;;gtg
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;;;;;;;;**;;gtg
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;;;;;;;;30;;gcc
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;;;;;;;;**;;ctg
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;;;;;;;;38;;gag
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;;;;;;;;**;;gag
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;;;;;;;;74;;aag
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;;;;;;;;**;;aag
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;;;;;;;;60;;gga
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;;;;;;;;**;;tac
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;;;;;;;;205;;ccg
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;;;;;;;;**;;ccg
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;;;;;;;;;;
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;;;;;;;;;;
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;;;;;;;;;;
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;;;;;;;;;;
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;;;;;;;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;;;;;;;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;;;;;;;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;;;;;;;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====abs autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
</pre>
====absp données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;;30;;ctg
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;;**;;gcc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;;1;;acc
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;;atc;99;;gcg
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;;atc;35;;gac
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;;1;;gtc
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;;gca;**;;cag
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;;gca;4;;aac
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;;**;;gac
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;;atgf;;;
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;;atc gca;;;
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;;atc gca;;;
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;;
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;;
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;;
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;;;;;;;;;
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;;;;;;;;;
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;;;;;;;;;
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;;;;;;;;;
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;;;;;;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;;;;;;;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;;
</pre>
=====absp autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
</pre>
===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
<pre>
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
<comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
>;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
<;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
>;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
>;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
</pre>
====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
<pre>
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
</pre>
====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
<pre>
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
</pre>
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
</pre>
====agrc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;;41;;gac
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;;**;;gac
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;;atc;452;;gaa
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;;**;;gaa
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;;gca;26;;gga
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;;**;;tac
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;;atgf;;;
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;;atgf;;;
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;;intra;;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;;atc gca;;;
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;;
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;;
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;;
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;;;;;;;
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;;;;;;;
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;;;;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;;;;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;;;;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;;;;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;;;;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;;;;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;;;;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;;;;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;;
</pre>
=====agrc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
</pre>
====agrl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;;793;ggc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;;**;;atgj
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;;atc;;;
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;;gca;;;
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;;
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;;atgf;;;
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;;atc gca;;;
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;;
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;;
</pre>
=====agrl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
</pre>
===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
<pre>
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
>;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
</pre>
====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
<pre>
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
</pre>
====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
<pre>
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
</pre>
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
</pre>
====aua données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;1752;;82;;;;404;ggc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;5s CDS;;16s tRNA;;;44;;atgf
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;;461;233;;atc;**;;atgf
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;;;tRNA 23s;;;51;;cgt
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;;;478;;gca;**;;cgt
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;;tRNA tRNA;;intra;;161;ttc
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;;;33;;atc gca;**;;acc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;;;;;;128;;gtc
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;;;;;;186;;gtc
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;;;;;;**;;gtc
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;;;;;;140;;gaa
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;;;;;;**;;gaa
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;;;;;;58;;gac
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;;;;;;270;gac
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;;;;;;**;;gta
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;;;;;;173;ccg
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;;;;;;**;;caa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;;;;;;132;;ctc
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;;;;;;**;;ctc
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;;;;;;24;;gga
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;;;;;;**;;tac
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;;;;;;208;;ggc
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;;;;;;**;;ggg
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;;;;;
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;;;;;
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;;;;;
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;;;;;
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;;;;;
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;;;;
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;;;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;;;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;;;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;;
</pre>
=====aua autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
<pre>
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
</pre>
===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
<pre>
alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
</pre>
====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
<pre>
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
</pre>
====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
</pre>
====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
</pre>
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
<pre>
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
</pre>
===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
</pre>
====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
<pre>
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
</pre>
====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
<pre>
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
</pre>
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
<pre>
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====cvi données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;;6;;ttc;51;;ctg
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;;**;;ttc;33;;ctg
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;;6;;agc;57;;ctg
0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;;3;;cgt;**;;ctg
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;;**;;gaa;61;;acg
2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;;atc;3;;gaa;78;;ccg
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;;atc;7;;cgt;**;;ccg
1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;;5;;gaa;35;;atgj
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;;gca;**;;cgt;**;;atgj
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;;gca;23;;ggc;24;;acc
2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;;intra;22;;ggc;52;;gga
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;;atc gca;24;;ggc;**;;tac
0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;;atc gca;29;;ggc;38;;aaa
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;;45;;ggc;35;;aag
0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;;**;;tgc;28;;aaa
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;;32;;aac;37;;aag
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;;31;;aac;**;;aaa
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;;**;;aac;;;
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;;53;;tcc;;;
0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;;;;;**;;tcc;;;
1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;;;;;26;;cac;;;
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;;;;;45;;cac;;;
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;;;;;27;;cac;;;
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;;;;;18;;aga;;;
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;;;;;**;;cca;;;
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;;;;;7;;gac;;;
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;;;;**;;gta;;;
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;;;;8;;gcc;;;
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;;11;;gaa;;;
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;;;;;**;;gcc;;;
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;;;;;26;;gac;;;
0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;;26;;gac;;;
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;;;;;12;;gta;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;;26;;gac;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;;12;;gta;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;;27;;gac;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;;6;;gta;;;
0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;;27;;gac;;;
3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;;6;;gtg;;;
26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;;**;;gac;;;
23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;;;
;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;;;
;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====cvi autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;cvi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;242272;242931;116;*;
;;regulatory;243048;243195;76;*;
fin;;CDS;243272;245170;;;
deb;comp;CDS;419401;420717;506;*;
;;rRNA;421224;422759;182;*;16s
;;tRNA;422942;423018;86;*;atc
;;tRNA;423105;423180;253;*;gca
;;rRNA;423434;426322;127;*;23s
;;rRNA;426450;426564;137;*;5s
fin;comp;CDS;426702;427856;;;
deb;;CDS;500524;501741;447;*;
;;rRNA;502189;503724;82;*;16s
;;tRNA;503807;503883;12;*;atc
;;tRNA;503896;503971;254;*;gca
;;rRNA;504226;507114;124;*;23s
;;rRNA;507239;507353;280;*;5s
fin;;CDS;507634;508074;;;
deb;comp;CDS;521304;522338;119;*;
;;regulatory;522458;522723;124;*;
fin;;CDS;522848;524695;;;
deb;;CDS;526333;526644;31;*;
;;ncRNA;526676;526859;12;*;
fin;;CDS;526872;527483;;;
deb;comp;CDS;578634;581798;106;*;
;;ncRNA;581905;582364;130;*;
fin;;CDS;582495;583553;;;
deb;comp;CDS;680663;681856;177;*;
;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg
fin;comp;CDS;682177;684003;;1;
deb;comp;CDS;758940;759671;152;*;
;;tRNA;759824;759908;57;*;tac
fin;comp;CDS;759966;760805;;;
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;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa
;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag
;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa
;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag
;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa
fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0;
</pre>
====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
</pre>
====cvi intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
- t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
</pre>
====cvi intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
</pre>
====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
<pre>
;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp
;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12;
fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26;
deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12;
;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26;
;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12;
;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26;
;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12;
;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27;
fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6;
deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27;
;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6;
;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163;
;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;;
;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170;
;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55;
fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;;
deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp
;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp
fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp
deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp
;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp
fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp
deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp
;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp
fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp
deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp
;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp
fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51;
deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33;
;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57;
fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651;
deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp
;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp
fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp
deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp
;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp
fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;;
deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp
;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp
fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp
deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101;
;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp
fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp
deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp
;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp
;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp
fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;;
deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp
;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp
;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp
;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp
deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp
;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp
;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp
;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265;
;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp
fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206;
deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp
;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp
;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp
;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp
;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp
;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;;
fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87;
deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35;
;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125;
fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;;
deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp
;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp
fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp
deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp
;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp
fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp
deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp
;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp
;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp
;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp
;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp
;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131;
;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;;
fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp
deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp
;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp
fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp
deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp
;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp
fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp
;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;;
</pre>
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
<pre>
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;<201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;<201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
</pre>
====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
</pre>
====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]]
<pre>
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
</pre>
====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
<pre>
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
</pre>
====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
<pre>
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
</pre>
====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
<pre>
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
</pre>
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
<pre>
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====ade données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;;6;;gac
0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;;**;;gta
0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;;atc;60;;cag
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;;**;;gag
0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;;gca;22;;acc
0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;;intra;63;;gga
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;;atc gca;46;;tac
0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;;**;;aca
0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;;248;;aag
2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;;142;;aga
2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;;18;;cac
1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;;134;;cga
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;;**;;cca
0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;;278;;tcc
0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;;**;;tcg
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;;27;;tca
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;;73;;agc
0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;;**;;cgt
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;;
1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;;
0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;;;;;;;
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;;;;;;;
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;;;;;;;
0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;;;;;;;
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;;;;;;;
0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;;;;;;;
0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;;;;;;;
0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;;;;;;;
0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;;;;;;;
0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;;;;;;;
0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;;;;;;;
0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;;;;;;
0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;;;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;;;;;;
0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;;;;;;
0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;;;;;;
0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;;;;;;
0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;;;;;;
0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;;
0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;;;;;;
1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;;;;;;
22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;;;;;;;
21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;;
;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;;
</pre>
=====ade autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ade;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;7060;8055;91;*;
;;tRNA;8147;8220;44;*;caa
fin;;CDS;8265;8786;;;
deb;;CDS;20441;20881;158;*;
;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc
fin;comp;CDS;21333;22034;;;
deb;comp;CDS;432722;433183;119;*;
;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg
fin;comp;CDS;433458;435416;;0;
deb;comp;CDS;664814;666052;456;*;
;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac
;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta
fin;;CDS;666824;669520;;0;
deb;comp;CDS;691951;692988;157;*;
;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg
fin;;CDS;693563;694450;;0;
deb;;CDS;849021;851429;53;*;
;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi
fin;;CDS;851592;852335;;;
deb;;CDS;883315;883644;64;*;
;;rpr;883709;886604;98;*;
fin;comp;CDS;886703;887395;;;
deb;comp;CDS;887392;888668;77;*;
;;rpr;888746;892491;95;*;
fin;;CDS;892587;893286;;;
deb;;CDS;1055941;1057242;68;*;
;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg
fin;;CDS;1057492;1059753;;;
deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*;
;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc
fin;comp;CDS;1306401;1306958;;;
deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*;
;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*;
fin;;CDS;1312542;1313453;;0;
deb;;CDS;1441648;1442364;14;*;
;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc
fin;;CDS;1442562;1443500;;0;
deb;;CDS;1492304;1494853;691;*;
;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s
;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc
;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca
;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s
;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s
fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0;
deb;;CDS;1508769;1509182;3;*;
;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag
;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag
fin;comp;CDS;1509525;1511858;;;
deb;;CDS;1690794;1691075;9;*;
;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc
fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0;
deb;;CDS;1818424;1819266;110;*;
;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf
fin;;CDS;1819507;1820262;;;
deb;;CDS;1968293;1969147;141;*;
;;regulatory;1969289;1969371;108;*;
fin;;CDS;1969480;1970796;;;
deb;;CDS;2235017;2235631;38;*;
;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc
fin;;CDS;2235819;2237771;;;
deb;;CDS;2313926;2314942;38;*;
;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga
fin;comp;CDS;2315172;2317013;;;
deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*;
;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj
fin;;CDS;2337327;2339093;;;
deb;;CDS;2375620;2375955;53;*;
;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg
fin;;CDS;2376518;2377108;;;
deb;;CDS;2429105;2429527;190;*;
;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg
fin;;CDS;2429902;2430240;;0;
deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*;
;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg
fin;comp;CDS;2624033;2624191;;;
deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*;
;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc
;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga
;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac
;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca
fin;comp;CDS;2626004;2626774;;;
deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*;
;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg
fin;;CDS;2653636;2654361;;0;
deb;;CDS;2680375;2680698;91;*;
;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc
fin;comp;CDS;2680982;2681350;;;
deb;;CDS;2747439;2747711;94;*;
;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg
fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0;
deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*;
;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac
fin;;CDS;3029307;3029750;;;
deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*;
;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s
;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s
;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca
;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc
;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s
fin;comp;CDS;3082199;3082876;;;
deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*;
;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa
fin;comp;CDS;3144664;3145676;;;
deb;;CDS;3155946;3156653;78;*;
;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa
fin;;CDS;3157499;3158125;;;
deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*;
;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg
fin;;CDS;3254194;3254382;;;
deb;;CDS;3372825;3372986;107;*;
;;tmRNA;3373094;3373444;219;*;
fin;;CDS;3373664;3374548;;;
deb;;CDS;3793550;3793769;226;*;
;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg
fin;comp;CDS;3794456;3795775;;;
deb;;CDS;3805030;3806052;111;*;
;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta
fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0;
deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*;
;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta
fin;;CDS;3915853;3916260;;1;
deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*;
;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag
;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga
;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac
;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga
;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca
fin;comp;CDS;3921231;3921950;;;
deb;;CDS;4031625;4031963;149;*;
;;regulatory;4032113;4032269;67;*;
fin;;CDS;4032337;4034331;;;
deb;;CDS;4120462;4121640;34;*;
;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc
fin;;CDS;4121996;4123084;;0;
deb;;CDS;4164508;4166256;430;*;
;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*;
fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0;
deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*;
;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*;
;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc
;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg
fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0;
deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*;
;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca
;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc
;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt
fin;;CDS;4457526;4459313;;;
</pre>
====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
<pre>
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
</pre>
====ade intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
- t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
- t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
</pre>
====ade intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
</pre>
====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
<pre>
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp
;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127;
;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp
;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp
;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73;
;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492;
;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
<pre>
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;<201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;<201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;<201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
</pre>
====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
</pre>
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
<pre>
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
</pre>
====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
<pre>
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
</pre>
====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
<pre>
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
</pre>
====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
<pre>
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
</pre>
====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double.
<pre>
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
</pre>
====ant données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;;10;;cca
1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;;atc;96;;cta
;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;;gca;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;;gca;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;;gca;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;;acc;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;;acc;8;;aaa
1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;;intra;22;;gac
;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;;atc gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;;;;;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;;;;;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;;;;;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;
;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;;
6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;;
6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;;
2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;;
</pre>
=====ant autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ant;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;167574;168434;66;*;
;;tRNA;168501;168577;447;*;cga
fin;;CDS;169025;169261;;;
deb;;CDS;237275;237622;305;*;
;;rRNA;237928;239444;111;*;16s
;;tRNA;239556;239632;19;*;atc
;;tRNA;239652;239727;301;*;gca
;;rRNA;240029;242945;202;*;23s
;;rRNA;243148;243263;354;*;5s
fin;comp;CDS;243618;244301;;;
deb;comp;CDS;302333;303160;155;*;
;;tRNA;303316;303393;10;*;cca
;;tRNA;303404;303480;16;*;cac
;;tRNA;303497;303573;61;*;aga
;;tRNA;303635;303719;96;*;cta
;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf
fin;;CDS;303963;304103;;0;
deb;;CDS;316375;317343;110;*;
;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf
fin;;CDS;317640;318416;;;
deb;comp;CDS;373519;375741;120;*;
;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc
;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac
fin;comp;CDS;376093;376725;;;
deb;;CDS;597419;598486;47;*;
;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg
fin;;CDS;598827;600107;;;
deb;comp;CDS;751446;752990;73;*;
;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac
;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta
;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa
;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa
;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac
;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta
;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa
;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa
fin;comp;CDS;753837;754343;;;
deb;comp;CDS;833388;833978;142;*;
;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc
fin;comp;CDS;834298;836409;;0;
deb;;CDS;1445917;1449822;93;*;
;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa
fin;;CDS;1450262;1450510;;;
deb;;CDS;1615201;1615542;29;*;
;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc
fin;;CDS;1615747;1616595;;;
deb;;CDS;1703617;1703835;1;*;
;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf
;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa
fin;;CDS;1704118;1705149;;0;
deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*;
;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*;
fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0;
deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*;
;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac
;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac
fin;comp;CDS;2223023;2223931;;;
deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*;
;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc
;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga
;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi
;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc
fin;comp;CDS;2284362;2285048;;;
deb;;CDS;2323802;2324866;12;*;
;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc
;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s
;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s
;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca
;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc
;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s
fin;comp;CDS;2330835;2331530;;;
deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*;
;;tmRNA;2427398;2427792;181;*;
fin;;CDS;2427974;2428249;;;
deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*;
;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc
;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca
;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta
fin;;CDS;2583489;2585177;;;
deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*;
;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg
fin;comp;CDS;2637648;2637815;;;
deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*;
;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga
;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac
;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca
;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc
fin;comp;CDS;2639727;2640881;;;
deb;;CDS;2656033;2656263;231;*;
;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s
;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s
;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca
;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc
;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s
fin;comp;CDS;2662144;2662782;;;
deb;;CDS;2693436;2695451;95;*;
;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa
;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta
;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga
;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa
;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf
;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj
;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca
;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca
fin;;CDS;2696381;2696893;;;
deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*;
;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*;
fin;comp;CDS;2740399;2740944;;;
deb;;CDS;2825449;2825763;163;*;
;;rpr;2825927;2827069;233;*;
fin;;CDS;2827303;2828151;;;
deb;;CDS;3082950;3083174;143;*;
;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc
;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s
;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s
;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca
;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc
;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s
fin;;CDS;3089337;3090032;;;
</pre>
====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
</pre>
====ant intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
- t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
</pre>
====ant intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
</pre>
====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
<pre>
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp
;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp
;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp
;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp
;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16;
;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16;
;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14;
;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90;
;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp
;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp
;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
</pre>
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
<pre>
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
</pre>
====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
</pre>
====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]]
<pre>
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
</pre>
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
</pre>
====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
<pre>
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
</pre>
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
<pre>
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
</pre>
====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
<pre>
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;>1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
</pre>
====pub données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;;
;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;;
1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;;
2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;;
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;;
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;;
22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;;
;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;95;377;;;;;
</pre>
=====pub autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pub;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;9267;10214;4;*;
;;tmRNA;10219;10520;-2;*;
fin;comp;CDS;10519;10890;;0;
deb;comp;CDS;38328;38795;255;*;
;comp;ncRNA;39051;39405;42;*;
fin;comp;CDS;39448;40191;;;
deb;;CDS;41060;41653;20;*;
;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi
;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc
fin;comp;CDS;41900;43723;;;
deb;comp;CDS;114873;116147;3;*;
;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa
fin;comp;CDS;116257;117102;;0;
deb;comp;CDS;319204;319548;22;*;
;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc
fin;;CDS;319743;320384;;0;
deb;comp;CDS;407852;408448;68;*;
;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg
fin;;CDS;408609;410315;;;
deb;comp;CDS;414886;415407;26;*;
;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt
fin;;CDS;415586;416773;;;
deb;;CDS;438405;440213;2;*;
;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc
fin;comp;CDS;440311;441081;;;
deb;;CDS;461643;462362;2;*;
;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc
fin;;CDS;462540;462737;;;
deb;;CDS;466335;466550;5;*;
;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc
deb;;CDS;466720;466932;235;*;
;;tRNA;467168;467242;5;*;cac
fin;;CDS;467248;468645;;;
deb;comp;CDS;496262;498457;70;*;
;comp;regulatory;498528;498615;91;*;
fin;;CDS;498707;499813;;1;
deb;comp;CDS;509729;511027;330;*;
;;rRNA;511358;512832;98;*;1475
;;tRNA;512931;513007;9;*;atc
;;tRNA;513017;513092;149;*;gca
;;rRNA;513242;515995;446;*;2754
fin;;CDS;516442;516975;;;
deb;;CDS;563601;564479;52;*;
;;rRNA;564532;564646;13;*;115
fin;;CDS;564660;564785;;;
deb;;CDS;567715;568413;18;*;
;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf
fin;comp;CDS;568515;568709;;;
deb;comp;CDS;593396;594376;23;*;
;;tRNA;594400;594476;16;*;cga
fin;comp;CDS;594493;595425;;;
deb;;CDS;648881;649762;24;*;
;;regulatory;649787;649876;77;*;
fin;;CDS;649954;651060;;;
deb;comp;CDS;731869;732777;9;*;
;comp;regulatory;732787;732850;88;*;
fin;comp;CDS;732939;733529;;0;
deb;;CDS;785951;786466;32;*;
;;regulatory;786499;786587;-13;*;
fin;;CDS;786575;788023;;;
deb;comp;CDS;842772;843023;101;*;
;;tRNA;843125;843209;16;*;cta
fin;;CDS;843226;844659;;;
deb;;CDS;846722;849106;49;*;
;;tRNA;849156;849231;13;*;gta
;;tRNA;849245;849321;88;*;gac
fin;;CDS;849410;849778;;;
deb;;CDS;934654;936063;31;*;
;;tRNA;936095;936171;170;*;aga
fin;;CDS;936342;937382;;;
deb;;CDS;941232;942389;19;*;
;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac
;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc
fin;;CDS;942739;945366;;;
deb;;CDS;970015;971127;200;*;
;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa
fin;comp;CDS;971424;972251;;0;
deb;;CDS;975062;975328;0;*;
;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca
fin;;CDS;975511;976392;;;
deb;comp;CDS;985615;986127;93;*;
;;tRNA;986221;986297;4;*;cca
fin;;CDS;986302;986583;;;
deb;;CDS;988522;990216;50;*;
;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa
fin;;CDS;990365;990598;;;
deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*;
;;regulatory;1005818;1005886;4;*;
fin;;CDS;1005891;1007219;;1;
deb;;CDS;1029539;1031752;0;*;
;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc
fin;;CDS;1031913;1033166;;;
deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*;
;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg
deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*;
;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga
;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac
deb;;CDS;1087091;1087834;33;*;
;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca
deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*;
;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta
fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1;
deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*;
;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*;
deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*;
;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*;
fin;comp;CDS;1127719;1127925;;;
deb;;CDS;1165696;1166454;141;*;
;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj
fin;comp;CDS;1166737;1166964;;;
</pre>
====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
</pre>
====pub intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
</pre>
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
- t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
</pre>
====pub intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
</pre>
====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
<pre>
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4;
;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23;
;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0;
deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp
;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp
deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp
;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp
fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp
deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp
;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33;
fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4;
deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp
;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp
;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp
;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp
deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141;
;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp
fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp
;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
</pre>
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
<pre>
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;<201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93%
;46;;26;comp’;75;;19;7;fin;
;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
;;;5;;88;;31;23;taux;100%
;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;<201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
</pre>
==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
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;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
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comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
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comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
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;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
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comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
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;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
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comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
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;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
;942060..942142;;tta;;221;221;;;;;
;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
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;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
< comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
<>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
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;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
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;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
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;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
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comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
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;;;;;;;;;;;
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;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
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;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
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;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
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;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
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comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
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;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
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comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
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;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
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comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
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;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
</pre>
====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
<pre>
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
</pre>
====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
<pre>
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
</pre>
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
</pre>
====ase données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;;;**;;gca;14;;aag
;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;;;130;gga;2;;gtg
1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;;;17;;cca;**;;ggc
2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;;;5;;agc;28;;gtc
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;;;4;;ctg;38;;tgc
;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;;;11;;cag;**;;ggc
2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;;;4;;ggc;532;;gag
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;;;3;;cgt;57;;gag
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;;;43;;gcc;**;;cag
;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;;;**;;tgg;40;;cgt
;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;;;199;;tgg;**;;agc
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;;;110;;cag;;;
1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;;;4;;ctc;;;
;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;;;30;;gcg;;;
1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;;;1;;agc;;;
9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;;329;370;;;;;**;;atc;;;
45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;;408;524;;;;;;;;;;
35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;;;
2;5; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;
;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====ase autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ase;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;12497;13392;78;*;
;;tRNA;13471;13544;245;*;atc
;;tRNA;13790;13862;202;*;gca
fin;comp;CDS;14065;14607;;;
deb;comp;CDS;45153;45968;279;*;
;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg
fin;;CDS;46588;47385;;;
deb;;CDS;65469;66323;387;*;
;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg
fin;comp;CDS;66936;67442;;0;
deb;comp;CDS;145264;145572;595;*;
;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc
;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac
;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa
fin;comp;CDS;146807;147778;;;
deb;;CDS;153733;155094;555;*;
;;rRNA;155650;157166;345;*;16s
;;rRNA;157512;160585;105;*;23s
;;rRNA;160691;160807;377;*;5s
fin;comp;CDS;161185;161988;;0;
deb;;CDS;164168;164716;92;*;
;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa
fin;;CDS;165158;166444;;;
deb;;CDS;261106;261627;434;*;
;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa
fin;;CDS;262948;263811;;0;
deb;comp;CDS;457033;458691;185;*;
;;tRNA;458877;458950;74;*;acg
fin;comp;CDS;459025;460683;;0;
deb;;CDS;568633;569007;491;*;
;;rRNA;569499;571014;345;*;16s
;;rRNA;571360;574433;114;*;23s
;;rRNA;574548;574664;245;*;5s
fin;;CDS;574910;576340;;;
deb;;CDS;627485;628396;42;*;
;;tRNA;628439;628512;8;*;gac
fin;comp;CDS;628521;629174;;0;
deb;;CDS;643285;644433;1343;*;
;;tRNA;645777;645849;459;*;agg
fin;comp;CDS;646309;648462;;;
deb;;CDS;747348;748337;430;*;
;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac
fin;;CDS;749000;749491;;;
deb;;CDS;752175;754703;94;*;
;;tRNA;754798;754870;47;*;acc
;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj
fin;;CDS;755129;755296;;;
deb;;CDS;755829;756224;79;*;
;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg
fin;;CDS;756480;756857;;;
deb;;CDS;940643;942004;55;*;
;;tRNA;942060;942142;221;*;tta
fin;;CDS;942364;943218;;0;
deb;;CDS;1120784;1121443;33;*;
;;tmRNA;1121477;1121858;553;*;
fin;comp;CDS;1122412;1122636;;;
deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*;
;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc
fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0;
deb;;CDS;1222705;1223634;262;*;
;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta
fin;comp;CDS;1224225;1224701;;;
deb;;CDS;1237525;1238115;91;*;
;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac
fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0;
deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*;
;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag
;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag
fin;comp;CDS;1249654;1249878;;;
deb;;CDS;1335812;1336096;296;*;
;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga
fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0;
deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*;
;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga
;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca
fin;;CDS;1400763;1402112;;;
deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*;
;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s
;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s
;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s
fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0;
deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*;
;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac
fin;;CDS;1520860;1522122;;;
deb;;CDS;1522138;1522311;47;*;
;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi
fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0;
deb;;CDS;1604562;1605026;38;*;
;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta
fin;comp;CDS;1606269;1606883;;;
deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*;
;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*;
fin;;CDS;1620155;1620919;;0;
deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*;
;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg
fin;;CDS;1937036;1937656;;;
deb;;CDS;2434657;2435559;19;*;
;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc
fin;;CDS;2435813;2438881;;;
deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*;
;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s
;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s
;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s
fin;comp;CDS;2577025;2577462;;;
deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*;
;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc
;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg
deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*;
;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac
fin;comp;CDS;4902449;4903369;;;
deb;;CDS;4989030;4989761;22;*;
;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other
fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0;
deb;;CDS;5443888;5444526;409;*;
;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc
;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac
fin;comp;CDS;5445144;5446565;;;
deb;;CDS;6208479;6209489;104;*;
;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg
;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca
;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc
;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg
;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag
;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc
;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt
;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc
;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg
fin;;CDS;6210715;6210885;;0;
deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*;
;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga
fin;;CDS;6291049;6292041;;0;
deb;;CDS;6397947;6398423;699;*;
;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg
;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg
;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc
;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag
;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga
;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa
;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg
;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc
;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc
deb;;CDS;6400612;6401055;35;*;
;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag
;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc
;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg
;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg
;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg
;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac
;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc
;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc
;;ncRNA;6401861;6402227;7;*;
;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt
;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag
;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga
;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa
;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf
;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc
;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa
;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac
;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc
;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg
;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac
;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other
fin;comp;CDS;6403817;6404185;;;
deb;;CDS;6543191;6543619;412;*;
;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg
;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca
deb;;CDS;6544712;6545917;113;*;
;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac
fin;comp;CDS;6546284;6546739;;;
deb;;CDS;6934653;6935819;69;*;
;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc
fin;comp;CDS;6936014;6937450;;;
deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*;
;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s
;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s
;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s
fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0;
deb;;CDS;7455514;7456608;167;*;
;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg
fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0;
deb;;CDS;7481701;7483989;83;*;
;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s
;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s
;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s
fin;comp;CDS;7490105;7490731;;;
deb;;CDS;7670534;7671652;136;*;
;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc
;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc
;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc
fin;comp;CDS;7672180;7674045;;;
deb;;CDS;7710075;7711193;136;*;
;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc
;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc
;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc
fin;;CDS;7711727;7712905;;1;
deb;;CDS;8111157;8111843;546;*;
;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag
;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag
;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag
fin;comp;CDS;8113651;8114445;;;
deb;;CDS;8275151;8275810;65;*;
;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg
fin;comp;CDS;8276367;8276921;;;
deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*;
;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf
fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0;
deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*;
;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf
fin;comp;CDS;8399858;8402857;;;
deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*;
;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa
fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0;
deb;;CDS;8623005;8623730;64;*;
;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg
fin;comp;CDS;8624043;8624798;;;
deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*;
;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca
fin;comp;CDS;8822532;8824394;;;
deb;;CDS;8945870;8946763;190;*;
;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg
fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0;
deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*;
;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*;
;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc
fin;comp;CDS;8967346;8967687;;;
deb;;CDS;8969168;8969500;91;*;
;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg
fin;;CDS;8969798;8970505;;0;
deb;;CDS;9077764;9078855;329;*;
;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt
fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0;
deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*;
;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt
;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc
fin;;CDS;9087851;9089017;;0;
deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*;
;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca
fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0;
</pre>
====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
<pre>
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
</pre>
====ase intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
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</pre>
====ase intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
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</pre>
*14.8.21
<pre>
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</pre>
====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
<pre>
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</pre>
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;47;comp’;827;;362;338;;
;;;38;;1132;;373;345;;
;;;362;comp’;131;;387;370;;
;;comp’;19;comp’;151;;409;380;;
;29;;19;;19;;412;451;;
;;;23;;31;;434;817;;
;;;22;comp’;278;;524;1132;;
;20;;409;comp’;32;;595;'''-;;
5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;;
3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;;
;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls
8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;;
7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb;
11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;<201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
</pre>
===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
</pre>
====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
<pre>
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
</pre>
====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
<pre>
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
</pre>
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]
====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
</pre>
====blo données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;;;43;;aac
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3* 431;;;**;;aac
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s CDS;;23s 5s;;;27;;ggc
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4* 170;;;41;;tgc
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;;;48;;gtc
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s 16s;;;;;31;;gtg
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;;;**;;ggc
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;;;29;;cgt
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;;;**;;cgt
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;;;89;;gcc
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;;;**;;gcc
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;;;87;;acg
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;;;**;;cta
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;;;48;;gtg
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;;;46;;gtc
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;;;**;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;;;39;;cag
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;;;**;;gag
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;;;42;;atc
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;;;**;;gca
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;;;1;;tac
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;;;4;;acc
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;;;**;;atgj
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;;;47;;gac
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;;;**;;ttc
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;;;;;;;
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;;;;;;;
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;;;;;;;
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;;;;;;;
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;;;;;;;
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;;;;;;;
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;;;;;;
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;;;;;;;
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;;;;;;;
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;;;
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;;;;;;;
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;;;
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;;;
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;;
</pre>
=====blo autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;blo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54774;55427;6;*;
;comp;regulatory;55434;55585;84;*;
fin;;CDS;55670;56692;;0;
deb;;CDS;114598;115023;163;*;
;;tRNA;115187;115260;231;*;gta
fin;;CDS;115492;117195;;;
deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*;
;comp;regulatory;140900;141008;336;*;
fin;;CDS;141345;142817;;;
deb;;CDS;158126;158626;618;*;
;;rRNA;159245;160770;432;*;16s
;;rRNA;161203;164268;170;*;23s
;;rRNA;164439;164555;188;*;5s
fin;comp;CDS;164744;165571;;0;
deb;;CDS;205431;206360;187;*;
;;tmRNA;206548;206944;238;*;
deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*;
;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg
fin;comp;CDS;207612;207896;;;
deb;;CDS;327271;327864;8;*;
;comp;ncRNA;327873;328247;493;*;
fin;;CDS;328741;329403;;;
deb;;CDS;381615;382658;190;*;
;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac
;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac
fin;;CDS;383325;384260;;0;
deb;;CDS;439838;440116;-39;*;
;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac
fin;;CDS;440709;441398;;0;
deb;comp;CDS;502556;503389;159;*;
;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc
;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc
;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc
;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg
;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc
fin;;CDS;504209;506242;;;
deb;;CDS;518814;520943;64;*;
;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc
fin;;CDS;521298;522827;;;
deb;comp;CDS;647871;648668;95;*;
;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc
fin;;CDS;648912;649790;;;
deb;comp;CDS;745690;747108;187;*;
;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt
;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt
fin;comp;CDS;747590;749008;;;
deb;;CDS;774507;775529;116;*;
;;tRNA;775646;775716;94;*;caa
fin;;CDS;775811;777193;;;
deb;;CDS;777792;778490;218;*;
;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc
;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc
fin;;CDS;779150;780820;;;
deb;;CDS;790385;793456;272;*;
;;tRNA;793729;793802;467;*;cca
fin;;CDS;794270;795018;;1;
deb;comp;CDS;803537;804322;67;*;
;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg
fin;;CDS;804668;805267;;0;
deb;comp;CDS;840296;840865;192;*;
;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta
fin;comp;CDS;841295;842296;;;
deb;comp;CDS;884674;884868;174;*;
;comp;regulatory;885043;885146;70;*;
fin;comp;CDS;885217;886689;;0;
deb;comp;CDS;902480;903079;104;*;
;comp;regulatory;903184;903288;90;*;
fin;comp;CDS;903379;904746;;0;
deb;comp;CDS;935658;936719;336;*;
;;tRNA;937056;937131;149;*;cac
fin;;CDS;937281;938306;;0;
deb;comp;CDS;980173;980928;251;*;
;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga
fin;;CDS;981330;982538;;0;
deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*;
;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg
;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta
fin;;CDS;1202866;1203867;;0;
deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*;
;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg
fin;comp;CDS;1208379;1209137;;;
deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*;
;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg
;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc
;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc
fin;;CDS;1264898;1265449;;;
deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*;
;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg
fin;;CDS;1280764;1281390;;0;
deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*;
;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf
fin;;CDS;1295976;1296182;;;
deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*;
;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag
fin;comp;CDS;1350274;1350720;;;
deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*;
;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa
fin;;CDS;1389126;1390664;;;
deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*;
;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc
fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0;
deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*;
;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag
;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag
fin;;CDS;1424972;1425556;;0;
deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*;
;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*;
fin;;CDS;1448664;1450847;;0;
deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*;
;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*;
fin;comp;CDS;1479502;1480089;;;
deb;;CDS;1523012;1524079;62;*;
;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg
fin;comp;CDS;1524290;1525228;;;
deb;;CDS;1533182;1534495;306;*;
;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg
fin;;CDS;1535759;1536615;;0;
deb;;CDS;1605867;1606060;102;*;
;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc
;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca
fin;comp;CDS;1606708;1606953;;;
deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*;
;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca
fin;comp;CDS;1647042;1648019;;;
deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*;
;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s
;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s
;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s
;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s
;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s
;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s
fin;comp;CDS;1717641;1718426;;;
deb;;CDS;1769786;1769896;55;*;
;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg
fin;;CDS;1770354;1771364;;0;
deb;;CDS;1904329;1905534;130;*;
;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg
fin;;CDS;1905778;1906005;;;
deb;;CDS;1907638;1908330;573;*;
;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s
;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s
;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s
fin;;CDS;1914589;1915422;;;
deb;;CDS;1935774;1935953;178;*;
;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga
fin;;CDS;1936725;1939109;;;
deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*;
;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac
;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc
;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj
fin;;CDS;1971690;1971857;;;
deb;;CDS;1978293;1979240;71;*;
;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc
fin;;CDS;1979775;1981118;;;
deb;;CDS;2014827;2015627;397;*;
;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg
fin;;CDS;2016437;2018005;;;
deb;;CDS;2045606;2046892;179;*;
;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca
fin;;CDS;2047402;2047542;;;
deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*;
;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg
fin;;CDS;2068918;2070600;;;
deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*;
;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0;
deb;;CDS;2086731;2087744;224;*;
;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac
;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc
fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0;
deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*;
;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac
fin;;CDS;2111349;2112299;;0;
deb;;CDS;2129279;2130508;117;*;
;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi
fin;;CDS;2130837;2131049;;;
deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*;
;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg
fin;;CDS;2171669;2171887;;;
</pre>
====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
<pre>
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
</pre>
====blo intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
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250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
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- t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
</pre>
====blo intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16
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</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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</pre>
====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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</pre>
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;;;
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</pre>
===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
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comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
</pre>
====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
<pre>
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
</pre>
====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
<pre>
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
</pre>
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]
====sma données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;;;37;;other
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;;;37;;other
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;;;34;;other
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;;;**;;tct
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;;;20;;gag
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;;;21;;cag
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;;;62;;gag
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;;;42;;gag
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;;;**;;cag
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;;;47;;gaa
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;;;24;;gac
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;;;**;;ttc
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;;;79;;gga
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;;;**;;ggc
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;;;205;;cgt
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;;;**;;agc
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;;;46;;acc
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;;;**;;atgj
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;;;;;;153;gga
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;;;;;**;;cca
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;;;;;5;;aac
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;;;;;166;;aac
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;;;;;**;;atgi
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;;;;;40;;gtc
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;;;;;19;;gtc
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;;;;;1;;gtc
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;;;;;38;;tgc
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;;;;;**;;ggc
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;;;;;;;
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;;;;;;;
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;;;;;;;
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;;;;;;;
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;;;;;;;
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;;;;;;;
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;;;;;;;
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;;;;;;;
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;;;;;;;
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;;;;;;;
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;;;;;;;
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;;;;;;;
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;;;;;;;
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;;;;;;;
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;;;;;;;
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;;;;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;;;;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;;;;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;
</pre>
=====sma autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
</pre>
====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
</pre>
===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
</pre>
====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
<pre>
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
</pre>
====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
<pre>
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
</pre>
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]
====ksk données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;;;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;;;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;;;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;;;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;;;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;;;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;;;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;;
</pre>
=====ksk autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
</pre>
====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
</pre>
===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
<pre>
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
</pre>
====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
<pre>
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
</pre>
====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35;
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
</pre>
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
<pre>
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
</pre>
==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
> comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
< comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
<> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
</pre>
====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
<pre>
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
</pre>
====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
<pre>
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
</pre>
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
<pre>
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
<pre>
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
</pre>
====npu données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;;-1;;atgj
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;;**;;atgj
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;;atc;44;;other
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;;**;;other
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;;gca;156;;aaa
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;;intra;7;;other
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;;atc gca;6;;cac
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;;48;;gca
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;;8;;aca
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;;10;;atgf
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;;4;;cta
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;;6;;ccg
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;;;;;5;;ctc
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;;;;;3;;ctg
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;;;;;1;;cca
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;;;;;6;;tta
;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;;;;;6;;ttg
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;;;;;3;;caa
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;;;;;5;;cag
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;;;;;6;;aac
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;;;;;81;;aca
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;;;;;4;;cgt
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;;;;;4;;agc
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;;;;;7;;tac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;;;;;62;;gaa
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;;;;;3;;tgg
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;;;;;11;;atgi
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;;;;;3;;tgc
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;;;;;4;;other
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;;;;;**;;gac
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;;;;;88;;acc
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;;;;;**;;tac
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;;;;;;;
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;;;;;;;
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;;;;;;;
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;;;;;;;
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;;;;;;;
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;;;;;;;
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;;;;;;
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;;;;;;;
6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;;;;;;;
34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;;
28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;;;;;;;
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;;
;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;;
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;;
;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;;
</pre>
=====npu autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
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</pre>
===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
</pre>
====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
<pre>
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
</pre>
====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
<pre>
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
</pre>
====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
<pre>
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
</pre>
====pmg données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;;10;;acc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;tac
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;;atc;;;
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;;
2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;;gca;;;
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;;intra;;;
;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;;atc gca;;;
1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;;
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;;;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;;;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;;;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;;;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;;;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;;;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;;;;
2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;;;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;;;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;;;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;;
;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;;
1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;;
26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;;
24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;;
2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;;
;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;;
</pre>
=====pmg autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;pmg;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;65120;66082;306;*;
;comp;tmRNA;66389;66662;44;*;
fin;;CDS;66707;67831;;0;
deb;comp;CDS;74235;75521;4;*;
;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt
fin;;CDS;75867;77216;;0;
deb;;CDS;132034;132708;49;*;
;;tRNA;132758;132829;566;*;aac
fin;;CDS;133396;133845;;;
deb;comp;CDS;239249;240253;185;*;
;;tRNA;240439;240520;71;*;cta
fin;;CDS;240592;241041;;;
deb;comp;CDS;257573;258844;77;*;
;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt
fin;;CDS;259082;259333;;;
deb;comp;CDS;272771;274039;18;*;
;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi
fin;;CDS;274272;274832;;;
deb;;CDS;305431;305850;87;*;
;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc
fin;comp;CDS;306102;307331;;;
deb;;CDS;313891;314472;178;*;
;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca
fin;comp;CDS;314788;315123;;;
deb;comp;CDS;320549;321988;601;*;
;;rRNA;322590;324074;125;*;1483
;;tRNA;324200;324273;12;*;atc
;;tRNA;324286;324358;258;*;gca
;;rRNA;324617;327492;64;*;2882
;;rRNA;327557;327673;43;*;117
fin;comp;CDS;327717;328595;;;
deb;comp;CDS;354976;355167;88;*;
;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc
;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac
fin;;CDS;355522;355962;;;
deb;comp;CDS;434230;435660;17;*;
;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac
deb;comp;CDS;435901;436095;35;*;
;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg
fin;comp;CDS;436257;436595;;;
deb;;CDS;521448;522497;99;*;
;;tRNA;522597;522682;78;*;tta
fin;;CDS;522761;522994;;;
deb;comp;CDS;609397;609897;249;*;
;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca
fin;;CDS;610638;611399;;0;
deb;;CDS;656308;657498;17;*;
;;ncRNA;657516;657700;162;*;
fin;;CDS;657863;658162;;;
deb;;CDS;774440;775240;210;*;
;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc
fin;comp;CDS;775552;776280;;;
deb;comp;CDS;828018;828392;49;*;
;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc
fin;;CDS;828743;830740;;;
deb;;CDS;868731;869213;29;*;
;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj
fin;;CDS;869384;869671;;;
deb;;CDS;909742;910707;45;*;
;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf
fin;;CDS;911421;911810;;;
deb;;CDS;996073;996609;16;*;
;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa
fin;comp;CDS;996740;997858;;0;
deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*;
;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa
fin;;CDS;1040897;1041004;;0;
deb;;CDS;1044863;1045423;276;*;
;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca
fin;comp;CDS;1045962;1046666;;;
deb;;CDS;1134197;1134427;251;*;
;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg
fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0;
deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*;
;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga
fin;;CDS;1164647;1165600;;0;
deb;;CDS;1212124;1212894;58;*;
;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc
fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0;
deb;;CDS;1253753;1255123;525;*;
;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg
fin;;CDS;1255736;1256911;;;
deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*;
;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac
fin;;CDS;1261061;1262455;;;
deb;;CDS;1264859;1265974;12;*;
;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*;
fin;;CDS;1266131;1266904;;1;
deb;;CDS;1275239;1277272;0;*;
;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga
fin;;CDS;1277456;1278802;;;
deb;;CDS;1308006;1308797;50;*;
;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc
fin;;CDS;1308987;1309604;;;
deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*;
;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg
fin;;CDS;1420120;1420440;;;
deb;;CDS;1453287;1454075;35;*;
;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc
fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0;
deb;;CDS;1472925;1473932;94;*;
;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa
fin;;CDS;1474115;1474891;;;
deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*;
;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg
fin;comp;CDS;1486812;1487258;;;
deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*;
;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc
fin;comp;CDS;1501649;1501816;;;
deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*;
;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg
;;ncRNA;1518319;1518700;21;*;
fin;;CDS;1518722;1519471;;0;
deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*;
;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*;
fin;comp;CDS;1527743;1527955;;;
deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*;
;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc
fin;comp;CDS;1554812;1555288;;;
deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*;
;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta
fin;;CDS;1601425;1602279;;;
</pre>
====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
</pre>
====pmg intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
- t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
</pre>
====pmg intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
</pre>
====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
<pre>
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210;
;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp
;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
</pre>
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
<pre>
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
</pre>
===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]
====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
<pre>
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
</pre>
====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
</pre>
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
<pre>
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
</pre>
==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
>;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
<;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
</pre>
====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
<pre>
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
</pre>
====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
<pre>
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
</pre>
====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
<pre>
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
</pre>
====myr données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;;atc;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;;atc;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;;atc;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;;atc;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;;gca;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;;gca;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;;aac;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;;intra;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;;atc gca;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;;atc gca;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;;38;;gaa;;;
1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;;**;;gac;;;
33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;;186;;cta;;;
28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;341;;tta;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;tta;;;
;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;;9;;tta;;;
;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
</pre>
=====myr autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;myr;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;151454;152776;273;*;
;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca
fin;comp;CDS;153343;154476;;;
deb;comp;CDS;171836;174145;177;*;
;comp;regulatory;174323;174510;162;*;
fin;;CDS;174673;175134;;0;
deb;;CDS;211346;212332;123;*;
;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta
;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta
;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta
;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta
;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta
fin;comp;CDS;213058;214275;;;
deb;comp;CDS;294948;295334;146;*;
;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga
;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca
;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc
fin;;CDS;296032;297210;;;
deb;;CDS;327067;328053;115;*;
;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa
deb;;CDS;328708;328866;73;*;
;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc
;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa
;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa
;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa
;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa
;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa
fin;;CDS;329763;330281;;1;
deb;comp;CDS;353908;354384;259;*;
;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s
;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s
;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca
;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc
;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s
;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s
;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s
;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca
;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc
;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s
fin;comp;CDS;365786;366973;;;
deb;comp;CDS;407344;408819;144;*;
;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca
;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca
;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca
;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca
;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca
fin;comp;CDS;409575;409838;;;
deb;comp;CDS;539601;541829;209;*;
;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other
fin;comp;CDS;542191;543285;;0;
deb;comp;CDS;550792;551043;40;*;
;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa
;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa
;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa
;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa
;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa
;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa
fin;comp;CDS;551782;553257;;0;
deb;comp;CDS;571079;574315;165;*;
;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s
;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s
;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca
;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc
;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s
;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s
;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s
;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca
;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc
;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s
fin;comp;CDS;585979;586545;;;
deb;comp;CDS;719558;719755;16;*;
;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg
deb;comp;CDS;719903;721090;58;*;
;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc
;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac
;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca
fin;comp;CDS;721519;721818;;;
deb;;CDS;781522;782178;76;*;
;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf
fin;;CDS;782424;782978;;0;
deb;comp;CDS;783008;783451;332;*;
;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf
fin;comp;CDS;783970;785886;;;
deb;comp;CDS;814859;815281;544;*;
;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga
fin;comp;CDS;815910;816362;;0;
deb;;CDS;868515;869267;40;*;
;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga
;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga
;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga
;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga
;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga
;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga
fin;;CDS;870173;870646;;;
deb;;CDS;887776;888255;96;*;
;;regulatory;888352;888451;64;*;
fin;;CDS;888516;888722;;;
deb;comp;CDS;900643;902784;77;*;
;comp;regulatory;902862;902950;75;*;
fin;comp;CDS;903026;903424;;;
deb;;CDS;1010425;1011210;95;*;
;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa
;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa
fin;;CDS;1011852;1015055;;;
deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*;
;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg
fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0;
deb;;CDS;1113809;1114273;158;*;
;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s
;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s
;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca
;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc
;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s
;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s
;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s
;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca
;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc
;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s
;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac
fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0;
deb;;CDS;1214932;1215615;104;*;
;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc
fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0;
deb;;CDS;1391184;1391825;85;*;
;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac
;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac
fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0;
deb;;CDS;1597909;1598226;635;*;
;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac
;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac
;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac
fin;comp;CDS;1599612;1600157;;;
deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*;
;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*;
fin;comp;CDS;1607085;1607525;;;
deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*;
;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta
;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta
fin;;CDS;1645276;1646115;;;
deb;;CDS;1721814;1722689;66;*;
;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg
fin;comp;CDS;1722878;1723252;;;
deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*;
;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi
;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi
fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0;
deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*;
;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta
;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta
fin;;CDS;1927015;1927368;;;
deb;;CDS;1928728;1929714;125;*;
;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta
deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*;
;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta
;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc
fin;comp;CDS;1930922;1933519;;;
deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*;
;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc
;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc
;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc
fin;comp;CDS;1963080;1964066;;;
deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*;
;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s
;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc
;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca
;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s
;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s
fin;;CDS;2089086;2089943;;;
deb;;CDS;2147912;2148241;286;*;
;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt
;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt
fin;;CDS;2148800;2149288;;;
deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*;
;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf
deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*;
;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj
fin;;CDS;2209975;2210361;;;
deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*;
;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*;
fin;comp;CDS;2225810;2226118;;;
deb;;CDS;2302059;2303552;133;*;
;;regulatory;2303686;2303879;199;*;
fin;;CDS;2304079;2304477;;;
deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*;
;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca
fin;;CDS;2427624;2428565;;;
deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*;
;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj
fin;;CDS;2435619;2436269;;0;
deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*;
;;ncRNA;2506290;2506388;93;*;
fin;comp;CDS;2506482;2507468;;;
deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*;
;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s
;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc
;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca
;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s
;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s
fin;;CDS;2569751;2571682;;1;
deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*;
;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*;
fin;;CDS;2641765;2642745;;;
deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*;
;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca
fin;;CDS;2679438;2681390;;;
deb;;CDS;2729998;2731122;20;*;
;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc
;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc
;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc
;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc
;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc
fin;;CDS;2731880;2732548;;1;
deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*;
;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta
fin;comp;CDS;2978554;2978928;;;
deb;;CDS;3228192;3228908;79;*;
;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac
;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac
;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac
;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac
fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0;
deb;;CDS;3299472;3300458;99;*;
;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*;
fin;;CDS;3301177;3302400;;;
deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*;
;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca
fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0;
deb;;CDS;3457542;3458360;150;*;
;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac
;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac
;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac
;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac
fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0;
deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*;
;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*;
fin;;CDS;3477177;3479327;;0;
deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*;
;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*;
fin;;CDS;3490278;3492428;;0;
deb;;CDS;3951958;3953367;595;*;
;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga
;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga
fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0;
deb;;CDS;3975219;3976205;99;*;
;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca
;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca
;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc
fin;;CDS;3977553;3978161;;;
deb;;CDS;4054689;4055261;76;*;
;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*;
fin;;CDS;4055928;4056746;;;
</pre>
====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
</pre>
====myr intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
- t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
- t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
</pre>
====myr intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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</pre>
====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
<pre>
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;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;;
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</pre>
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
<pre>
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
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;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
;;;273;;208;;;;;
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;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18
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;;;209;;32;;76;69;'''fin;
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;20 30;;58;;93;;90;81;%;68%
;;;76;;96;;90;88;;
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;;;;comp’;90;;150;201;;
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;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;;
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;9;;108;;201;;595;-;;
;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls
;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb;
;;;114;;106;;40;43;<201;12
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;;;299;comp’;353;;73;90;%;92%
;;;125;comp’;366;;95;100;;
;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin;
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;;;90;;215;;132;280;'''total;
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;;;;;;;_;381;;
;;;;;;;_;466;;
;;;;;;;_;497;;
;;;;;;;_;593;;
;;deb;fin;total;;;;;;
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;total;39;40;79;;;;;;
;taux;77%;63%;70%;;;;;;
</pre>
===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
</pre>
====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
<pre>
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
</pre>
====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
<pre>
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
</pre>
====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
<pre>
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====fps données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;;296;ttg
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;;**;;cta
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;;atc;43;;ctc
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;;26;;aaa
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;;gca;**;;aaa
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;;intra;31;;gaa
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;;atc gca;**;;gaa
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;;15;;agc
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;;33;;cca
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;;**;;aga
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;;34;;atgf
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;;**;;atgf
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;;43;;ggc
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;;**;;tta
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;;86;;acc
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;;141;;tac
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;;**;;aca
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;;
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;;;;;;;
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;;;;;;;
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;;;;;;;
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;;;;;;;
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;;;;;;;
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;;;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;;;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;;;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;;;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;;
;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;;
23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;;
;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;;
</pre>
=====fps autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
</pre>
====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
<pre>
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
</pre>
===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
<pre>
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
</pre>
====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
<pre>
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
</pre>
====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
</pre>
====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
</pre>
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
<pre>
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
</pre>
==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
</pre>
====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
<pre>
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
</pre>
====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
<pre>
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
</pre>
====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
<pre>
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
<pre>
tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====abra données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;;44;;gta;66;;ggc
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;;11;;aca;17;;cca
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;;7;;aaa;13;;cga
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;;8;;tta;**;;gac
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;;72;;gca;8;;tcg
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;;atc;7;;atgj;**;;gcc
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;;44;;atgi;9;;gga
1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;;atc;8;;tca;1;;cca
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;;4;;atgf;8;;cgt
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;;aac;11;;gac;**;;gaa
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;;gta;**;;ttc;63;;cac
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;;;**;;caa
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;;tac;;;;;;
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;;
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;;aac;;;;;;
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;;
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;;
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;;
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;;
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;;;;;;;;;;
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;;;;;;;;;;
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;;;;;;;;;;
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;;;;;;;;;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;;;;;;;;;;
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;;;;;;;;;;
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;;;;;;;;;;
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;;;;;;;;;;
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;;;;;;;;;;
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;;;;;;;;;;;;;
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;
;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;;
;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====abra autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;abra;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6032;8602;39;*;
;;misc_binding;8642;8842;66;*;
fin;;CDS;8909;10186;;;
deb;;CDS;58474;59019;199;*;
;;misc_binding;59219;59468;96;*;
fin;;CDS;59565;60740;;;
deb;;CDS;175843;176448;64;*;
;;regulatory;176513;176610;67;*;
fin;;CDS;176678;178138;;;
deb;;CDS;226433;226846;115;*;
;;regulatory;226962;227062;128;*;
fin;;CDS;227191;228555;;;
deb;;CDS;241700;242158;14;*;
;;ncRNA;242173;242267;222;*;
fin;;CDS;242490;243404;;;
deb;;CDS;253260;253430;86;*;
;;tRNA;253517;253601;215;*;tac
;;rRNA;253817;255343;145;*;16s
;;tRNA;255489;255565;89;*;atc
;;rRNA;255655;258506;35;*;23s
;;rRNA;258542;258652;11;*;5s
;;tRNA;258664;258740;149;*;aac
;;rRNA;258890;259000;11;*;5s
;;tRNA;259012;259088;860;*;aac
deb;;CDS;259949;260053;433;*;
;;rRNA;260487;262013;145;*;16s
;;tRNA;262159;262235;89;*;atc
;;rRNA;262325;265176;35;*;23s
;;rRNA;265212;265322;14;*;5s
;;tRNA;265337;265412;44;*;gta
;;tRNA;265457;265532;11;*;aca
;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa
;;tRNA;265627;265713;8;*;tta
;;tRNA;265722;265797;72;*;gca
;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj
;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi
;;tRNA;266075;266165;8;*;tca
;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf
;;tRNA;266255;266330;11;*;gac
;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc
fin;;CDS;266558;267409;;;
deb;;CDS;296513;297367;98;*;
;;misc_binding;297466;297674;30;*;
fin;;CDS;297705;299270;;;
deb;;CDS;326721;327413;0;*;
;;misc_feature;327414;327533;18;*;
fin;;CDS;327552;328049;;;
deb;;CDS;574175;574945;-5;*;
;;misc_binding;574941;575144;43;*;
fin;;CDS;575188;576195;;;
deb;;CDS;582446;584125;49;*;
;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc
fin;;CDS;584431;586110;;;
deb;;CDS;625631;626317;84;*;
;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc
;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca
;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga
;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac
fin;;CDS;626952;627599;;;
deb;;CDS;633550;634710;63;*;
;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc
fin;;CDS;634924;636651;;;
deb;;CDS;690994;692286;64;*;
;;regulatory;692351;692446;55;*;
fin;;CDS;692502;693653;;;
deb;;CDS;755442;756548;64;*;
;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag
fin;;CDS;756819;757373;;;
deb;;CDS;807788;808216;108;*;
;;tRNA;808325;808401;216;*;aga
fin;;CDS;808618;808854;;0;
deb;comp;CDS;818257;818448;29;*;
;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*;
fin;comp;CDS;818548;818796;;;
deb;;CDS;829563;829871;155;*;
;;tRNA;830027;830102;27;*;agg
fin;;CDS;830130;831458;;;
deb;;CDS;862237;863004;104;*;
;;regulatory;863109;863206;46;*;
fin;;CDS;863253;863771;;1;
deb;;CDS;951162;951842;56;*;
;;misc_feature;951899;952022;10;*;
fin;;CDS;952033;952593;;;
deb;;CDS;979156;980118;92;*;
;comp;ncRNA;980211;980543;41;*;
fin;comp;CDS;980585;980917;;;
deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*;
;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*;
fin;comp;CDS;1001128;1001976;;;
deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*;
;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*;
;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*;
fin;comp;CDS;1034750;1035400;;;
deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*;
;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*;
fin;comp;CDS;1044360;1045796;;;
deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*;
;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*;
fin;;CDS;1057073;1058293;;;
deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*;
;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*;
fin;comp;CDS;1127899;1128741;;;
deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*;
;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*;
fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0;
deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*;
;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg
;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc
fin;comp;CDS;1177945;1179252;;;
deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*;
;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc
fin;comp;CDS;1188688;1189704;;;
deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*;
;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg
fin;comp;CDS;1194870;1196045;;;
deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*;
;;tmRNA;1222634;1222981;262;*;
fin;;CDS;1223244;1223657;;;
deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*;
;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc
fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0;
deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*;
;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc
fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0;
deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*;
;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga
;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca
;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt
;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa
fin;comp;CDS;1428665;1429210;;;
deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*;
;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac
;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s
;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s
;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s
deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*;
;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac
;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s
;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac
;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s
;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s
;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s
fin;comp;CDS;1444094;1444618;;;
deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*;
;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*;
fin;comp;CDS;1455181;1455630;;;
deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*;
;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta
fin;comp;CDS;1533446;1535560;;;
deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*;
;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg
deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*;
;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac
;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa
fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0;
deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*;
;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg
fin;comp;CDS;1718204;1718947;;;
deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*;
;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*;
fin;comp;CDS;1729832;1730329;;;
deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*;
;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa
fin;comp;CDS;1744337;1744720;;;
deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*;
;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc
fin;comp;CDS;1748022;1750199;;;
deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*;
;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*;
fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0;
</pre>
====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
<pre>
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
</pre>
====abra intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
<pre>
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
- t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
</pre>
====abra intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
</pre>
====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge.
<pre>
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp
;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp
;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63;
;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714;
;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp
;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
<pre>
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;<201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
</pre>
===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
</pre>
====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
<pre>
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
</pre>
====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
<pre>
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
</pre>
====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
<pre>
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
</pre>
====apal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;;7;;ttc;9;;agc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;;4;;gac;**;;gaa
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;;55;;atgf;14;;cac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;;22;;tca;34;;caa
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;;atc;4;;atgi;**;;cta
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;;gca;45;;atgj;9;;gaa
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;;5;;gca;71;;cgt
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;;20;;tta;13;;cca
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;;aac;6;;aaa;**;;gga
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;;gta;15;;aca;1;;cgg
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;;**;;gta;**;;tcc
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;;tac;;;;;;
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;;atc gca;;;;;;
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;;
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;;
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;;
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;;;;;;;;;;;
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;;;;;;;;;;;
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;;;;;;;;;;;
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;;;;;;;;;;;
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;;;;;;;;;;;
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;;;;;;;;;;;
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;;;;;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;;
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;;
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;;
7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;;
6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;
;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====apal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
</pre>
===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
<pre>
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
</pre>
====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
<pre>
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
</pre>
====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
<pre>
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
</pre>
====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
</pre>
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
</pre>
==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
</pre>
====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
<pre>
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
</pre>
====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
<pre>
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
</pre>
====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
<pre>
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
</pre>
====scc données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;;10;;gag
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;;**;;cag
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;;atc;43;;gaa
1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;;gca;**;;aaa
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;;32;;cac
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;;atc;38;;cga
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;;gca;37;;aag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;;36;;cta
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;;**;;ggc
1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;;40;;tca
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;;25;;agc
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;;16;;cgc
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;;40;;tcg
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;;**;;tcc
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;;
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;;
;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;;;;;
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;;;;;
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;;;;;
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;;;;;
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;;;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;;;;;
2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;;;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;;;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;;;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;;;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;;;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;;;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;;;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;;
;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;;
32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;;
31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;;
</pre>
=====scc autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;scc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*;
;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg
fin;comp;CDS;216868;217047;;0;
deb;;CDS;243358;244170;812;*;
;;rRNA;244983;246519;132;*;16s
;;tRNA;246652;246725;79;*;atc
;;rRNA;246805;249778;72;*;23s
;;rRNA;249851;249962;175;*;5s
fin;comp;CDS;250138;250947;;;
deb;;CDS;300128;301798;669;*;
;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg
fin;;CDS;302992;304032;;;
deb;comp;CDS;316296;317216;152;*;
;;tRNA;317369;317442;176;*;gac
fin;;CDS;317619;318692;;;
deb;;CDS;330207;331004;16;*;
;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg
fin;;CDS;331356;333446;;1;
deb;comp;CDS;345290;346216;228;*;
;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg
fin;comp;CDS;346700;347059;;0;
deb;;CDS;422975;424363;71;*;
;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc
fin;;CDS;424759;426600;;;
deb;;CDS;436852;438168;237;*;
;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg
fin;;CDS;438680;440152;;1;
deb;comp;CDS;481186;482484;180;*;
;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj
fin;;CDS;482820;483494;;;
deb;;CDS;530805;532313;82;*;
;;tRNA;532396;532467;310;*;gta
fin;;CDS;532778;533485;;;
deb;;CDS;568939;569700;102;*;
;;tRNA;569803;569874;412;*;gga
fin;;CDS;570287;570952;;;
deb;;CDS;636017;636391;52;*;
;;tRNA;636444;636517;334;*;aca
fin;comp;CDS;636852;637013;;0;
deb;;CDS;640192;640530;79;*;
;;tmRNA;640610;640987;334;*;
fin;comp;CDS;641322;642209;;0;
deb;;CDS;711173;712012;51;*;
;comp;ncRNA;712064;712406;10;*;
fin;comp;CDS;712417;713229;;;
deb;comp;CDS;717326;717772;66;*;
;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac
fin;;CDS;718151;719386;;;
deb;comp;CDS;721419;723056;67;*;
;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag
;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag
fin;comp;CDS;723381;723911;;;
deb;comp;CDS;724974;725225;236;*;
;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg
fin;comp;CDS;725658;728366;;;
deb;comp;CDS;767509;768549;350;*;
;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s
;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s
;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca
;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s
fin;;CDS;774381;774947;;;
deb;;CDS;783089;784627;273;*;
;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa
;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa
fin;;CDS;785312;787483;;;
deb;comp;CDS;877367;879202;447;*;
;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s
;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s
;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca
;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s
fin;;CDS;885244;885867;;0;
deb;;CDS;900855;901490;73;*;
;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc
fin;;CDS;901852;903519;;;
deb;;CDS;928254;930545;138;*;
;;tRNA;930684;930755;32;*;cac
;;tRNA;930788;930861;38;*;cga
;;tRNA;930900;930972;37;*;aag
;;tRNA;931010;931091;36;*;cta
;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc
fin;;CDS;931623;932981;;;
deb;;CDS;937885;939693;171;*;
;;tRNA;939865;939938;437;*;aga
fin;;CDS;940376;940579;;0;
deb;comp;CDS;974079;974468;223;*;
;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc
deb;comp;CDS;974929;975384;112;*;
;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca
fin;;CDS;975665;976339;;0;
deb;;CDS;1069506;1069922;81;*;
;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta
fin;;CDS;1070166;1070981;;;
deb;;CDS;1084097;1084510;24;*;
;;regulatory;1084535;1084630;39;*;
fin;;CDS;1084670;1085716;;;
deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*;
;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac
fin;comp;CDS;1114496;1117318;;;
deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*;
;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa
fin;comp;CDS;1128044;1128334;;;
deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*;
;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg
fin;;CDS;1259057;1259779;;0;
deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*;
;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc
fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1;
deb;;CDS;1301674;1301952;54;*;
;;rpr;1302007;1306491;4;*;
fin;;CDS;1306496;1306978;;;
deb;;CDS;1319568;1319912;73;*;
;;rpr;1319986;1322002;84;*;
fin;comp;CDS;1322087;1322668;;;
deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*;
;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf
fin;;CDS;1365108;1366457;;;
deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*;
;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg
fin;comp;CDS;1479975;1481738;;;
deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*;
;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc
fin;comp;CDS;1523336;1523890;;;
deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*;
;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc
fin;;CDS;1542418;1544223;;0;
deb;;CDS;1691238;1692578;189;*;
;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg
fin;;CDS;1693416;1693646;;;
deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*;
;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi
fin;comp;CDS;1762481;1765135;;;
deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*;
;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg
deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*;
;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc
fin;;CDS;2035721;2036506;;0;
deb;;CDS;2185380;2186171;84;*;
;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca
;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc
;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc
;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg
;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc
;;ncRNA;2186809;2186906;133;*;
fin;comp;CDS;2187040;2188236;;;
</pre>
====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
</pre>
====scc intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
- t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
</pre>
====scc intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
</pre>
====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
<pre>
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193;
;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40;
;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
</pre>
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
<pre>
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;<201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;<201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;<201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
<201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
</pre>
====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
</pre>
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]]
<pre>
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
</pre>
==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
</pre>
====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
<pre>
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
</pre>
====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
<pre>
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
</pre>
====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
<pre>
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
</pre>
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
</pre>
====mfi données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;;85;;acc
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;;**;;tta
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;;5;;aac
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;;gca;58;;atgi
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;;gca;53;;gaa
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;;29;;cta
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;;gca;**;;cac
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;;90;;aag
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;;504;;ttg
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;;**;;aaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;;40;;tgg
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;;**;;tgc
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;;62;;aga
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;;**;;agg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;;99;;gta
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;;;;;**;;gtg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;;;;;76;;aca
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;;;;;44;;cca
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;;;;;170;;tac
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;;;;;7;;gac
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;;;;;**;;aaa
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;;;;;4;;gtc
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;;;;;**;;ttc
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;;;;;2;;ggc
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;;;;;**;;gga
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;;;;;;;
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;;;;;;
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;;;;;;;
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;;;;;;;
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;;
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;;;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;;
</pre>
=====mfi autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
</pre>
===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
</pre>
====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
<pre>
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
</pre>
====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
<pre>
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
</pre>
====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
<pre>
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
</pre>
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
</pre>
====mja données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;;7;;ttc;91;;atgj
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;;29;;aac;**;;ctc
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;;gca;18;;atgi;23;;aga
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;;39;;gaa;**;;gaa
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;;gca;11;;cta;178;;acc
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;;**;;cac;**;;caa
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;;gac;14;;aca;34;;ggc
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;;8;;cca;**;;gga
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;;cac;83;;tac;;;
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;;**;;aaa;;;
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;;aaa;;;;;;
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;;;;;;
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;;;;;;
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;;;;;;
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;;;;;;
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;;;;;;
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;;;;;;
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;;;;;;
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;;;;;;
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;;;;;;
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;;;;;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;;;;;
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;;;;;;
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;;;;;;
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;;
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;;
</pre>
=====mja autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
<pre>
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
</pre>
====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
<pre>
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
</pre>
*'''Le Tableau'''
<pre>
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
</pre>
====mja intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
- t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
</pre>
====mja intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
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comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
</pre>
====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
<pre>
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
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;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp
;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp
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;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp
fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp
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;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp
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;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79;
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;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484;
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;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp
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;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68;
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;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484;
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;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473;
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;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
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;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;;
</pre>
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
<pre>
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15
comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17
;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84%
;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;<201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;<201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;<201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;<201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
</pre>
===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
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comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";*
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;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
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comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
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comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
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comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
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>comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
<;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
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;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
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comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
>;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
</pre>
====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
<pre>
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
</pre>
====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
<pre>
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
</pre>
====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
<pre>
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
</pre>
====mba données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;;132;;ctc
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;;**;;ctc
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;;71;;aac
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;;119;;atgi
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;;gca;**;;aac
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;;94;;gga
;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;;gca;**;;cta
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;;63;;atgf
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;;63;;atgf
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;;**;;atgf
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;;65;;tgc
;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;;;;;**;;tgc
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;;;;;112;;tac
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;;;;;**;;gac
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;;;;;223;;gcc
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;;;;;74;;atc
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;;;;;**;;atc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;;;;;94;;gtc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;;;;;7;;ttc
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;;;;;61;;ggc
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;;94;;gtc
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;;;;;7;;ttc
1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;;;;**;;ggc
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;;;;;;;
2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;;;;;;;
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;;
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;;;;;;;
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;;
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;;
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;;
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;;
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;;
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;;
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;;
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;;
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;;
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;;
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;;
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;;
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;;
17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;;
41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;;
;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;;
;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;;
</pre>
====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
<pre>
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
</pre>
====mba intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
<pre>
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
</pre>
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
<pre>
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
- t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
</pre>
====mba intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
<pre>
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311
</pre>
*14.8.21
<pre>
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22
;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307
</pre>
====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
<pre>
;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489;
;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102;
;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;;
fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164;
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;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp
</pre>
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
<pre>
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;;;;;;;;;;
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;;;173;;673;;89;187;;
;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin;
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;;;799;;;;235;220;;
;63 63;;15;;273;;269;222;'''total;
;65;;235;;126;;349;246;<201;17
;;;423;comp’;546;;377;273;total;48
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;;comp’;286;comp’;760;;433;307;;
;;;36;;1249;;535;349;;
;;;576;comp’;448;;536;351;;
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;;;1379;;198;;1379;1249;;
;;;349;comp’;445;;1489;-;;
;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls
;;;2315;;199;;'''-12;35;;
;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb;
;;;567;;349;;96;177;<201;7
'''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21
;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
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;;;164;;218;;183;241;'''fin;
;;comp’;318;comp’;263;;241;263;<201;4
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;;;539;;995;;298;375;taux;19%
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;;;269;;;;318;445;'''total;
;;comp’;1075;comp’;182;;349;448;<201;11
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;;;89;;655;; ;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;toal;;;;;;;
<201;16;12;28;;;;;;;
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taux;35%;27%;31%;;;;;;;
</pre>
===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
<pre>
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
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;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;*
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;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
>;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
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;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
</pre>
====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
<pre>
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
</pre>
====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
<pre>
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
</pre>
====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
<pre>
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
</pre>
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
<pre>
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
</pre>
====mfe données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;;72;;tgc
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;;**;;tgc
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;;89;;atgf
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgf
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;;gca;111;;gac
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;;**;;tac
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;;gca;73;;cta
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;;**;;gga
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;;117;;ctc
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;;**;;ctc
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;;87;;aac
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;;110;;atgi
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;;;;;**;;aac
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;;;;;;227;gcc
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;;;;;62;;atc
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;;;;;**;;atc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;;;;;718;;gaa
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;;;;;**;;gaa
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;;;;;25;;ggc
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;;;;57;;ttc
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;;;;;71;;gtc
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;;;;;25;;ggc
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;;118;;ttc
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;;;;;**;;gtc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;;
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;;
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;;
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;;
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;;
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;;
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;;
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;;
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;;
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;;
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;;
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;;
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;;
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;;
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;;
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;;
</pre>
=====mfe autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
<pre>
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
</pre>
===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
<pre>
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
</pre>
====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
<pre>
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
</pre>
====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
<pre>
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
</pre>
====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
</pre>
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]]
<pre>
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
</pre>
==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
<pre>
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49
</pre>
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
<pre>
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19
ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49
</pre>
====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
<pre>
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7
</pre>
====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
<pre>
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11
'''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40
&'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42
&'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
</pre>
====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
<pre>
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
</pre>
*tableau
<pre>
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
</pre>
=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
<pre>
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
</pre>
*'''Tableau'''
<pre>
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;
cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;;
pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
</pre>
=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
<pre>
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3
22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800
pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;
tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+; xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
</pre>
=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
<pre>
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12
;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
</pre>
=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
<pre>
;<201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;"
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;"
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;"
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;"
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;"
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;"
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;"
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;"
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5;
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;"
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;"
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;"
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;"
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
</pre>
*'''Les résultats'''
<pre>
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
<pre>
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
</pre>
*'''Les calculs des bornes'''
<pre>
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
</pre>
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
<pre>
>0;;;<0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1
</pre>
=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
<pre>
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&25;°24;°6
ant;&10,9;27;&25;°15;°8
mja;&24,2;30;13;42;&36
pmg;&36,0;&39;14;39;&41
pub;&19,0;29;&36;44;&45
$II;;;;;
ade;&11,9;&36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&19,3;&42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&12,3;33;18;43;&35
rru;&10,1;31;18;41;&33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau
<pre>
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
-1;1671;'''17.5;;0;0;;
-2;4;0.0;;40;3.3;;
-3;5;0.1;;0;0;;
-4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10;
-5;9;0.1;;3;0.2;;
-6;4;0.0;;35;2.9;;16
-7;139;1.5;;19;1.6;;
-8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
-9;3;0.0;;25;2.0;;14
-10;93;1.0;;11;0.9;;
-11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
-12;2;0.0;;23;1.9;;8
-13;94;1.0;;15;1.2;;
-14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
-15;1;0.0;;25;2.0;;12
-16;58;0.6;;13;1.1;;
-17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
-18;5;0.1;;13;1.1;;1
-19;43;0.4;;12;1.0;;
-20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
-21;0;0;;11;0.9;;3
-22;22;0.2;;8;0.7;;
-23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
-24;1;0.0;;19;1.6;;8
-25;34;0.4;;11;0.9;;
-26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
-27;2;0.0;;6;0.5;; -2
-28;19;0.2;;8;0.7;;
-29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
-30;0;0;;5;0.4;; -3
-31;16;0.2;;8;0.7;;
-32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
-33;0;0;;3;0.2;; -4
-34;15;0.2;;7;0.6;;
-35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
-36;0;0;;3;0.2;;0
-37;9;0.1;;3;0.2;;
-38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
-39;0;0;;3;0.2;; -4
-40;5;0.1;;7;0.6;;
-41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
-42;0;0;;4;0.3;; -2
-43;16;0.2;;6;0.5;;
-44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
-45;0;0;;2;0.2;; -1
-46;5;0.1;;3;0.2;;
-47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
-48;0;0;;2;0.2;; -2
-49;11;0.1;;4;0.3;;
-50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
</pre>
*Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
<pre>
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
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64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
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69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
<pre>
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu 50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
</pre>
=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
<pre>
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
</pre>
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
<pre>
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88
3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335
4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56
5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83
6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84
7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93
8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68
10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;;
</pre>
*<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
<pre>
14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus
gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total
abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8
ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102
afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4
ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83
ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352
blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18
bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35
cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11
cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9
cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69
eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94
mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22
mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56
myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20
pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88
pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42
pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92
rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74
rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4
scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28
spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12
total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223
</pre>
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
<pre>
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰.
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
</pre>
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
<pre>
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
</pre>
======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs
<pre>
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
</pre>
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
<pre>
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
</pre>
*Tableau cds-cds-x
<pre>
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5
'''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5
'''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8
'''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
</pre>
*Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
<pre>
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
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-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
<pre>
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
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& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20;
&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21;
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
<pre>
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
<pre>
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
<pre>
Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
</pre>
*<span id="fc40">Données</span>
<pre>
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
</pre>
=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
<pre>
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+ 40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15 611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
</pre>
=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
<pre>
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210"
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
</pre>
*'''Tableau'''
<pre>
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
</pre>
===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
<pre>
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
</pre>
==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
<pre>
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal >1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;;;apal;;;;12 *;1;;12
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
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;blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
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aca ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
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;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
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aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
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;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
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aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa;;;;;;;;
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;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
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;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
gca;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
2 ttc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
aac;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
-16s;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
atc;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
gca;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
gga;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;38;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
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;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
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;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;22;;;;;;;;;2;;;;;;;;;138
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
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;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;aac3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
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;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+>a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
</pre>
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
<pre>
bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
</pre>
===La référence +5s >3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]]
<pre>
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
</pre>
===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
<pre>
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
</pre>
==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]]
<pre>
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
</pre>
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
<pre>
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
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atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
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ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
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gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
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gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
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ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
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atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
</pre>
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
<pre>
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
</pre>
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
<pre>
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
</pre>
====Classement des tRNAs avec les 8 processus====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
<pre>
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
</pre>
==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
<pre>
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
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Recherche:Imagine un monde/Acteurs
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Changement de nom
wikitext
text/x-wiki
<noinclude>{{Travail de recherche
|idfaculté=Socio-anthropologie
|titre=Les acteurs et parties prenantes du mouvement Wikimédia<br>'''Description, motivations et pertinence du bénévolat
|parent=Quatrième chapitre du travail de recherche ''[[Recherche:Imagine un monde|Imagine un monde]]''
|image=Wikimedia Community Logo.svg}}
{{Sommaire à droite}}
<br></noinclude>
Après avoir découvert l'histoire et la géographie d'une galaxie complexe cachée derrière la planète Wikipédia<ref group="N">Voir [[Recherche:Imagine un monde/Partie 1|première partie]] de ce travail de recherche.</ref>'','' voici donc venu le moment d'entamer des observations et analyses plus approfondie au sujet du mouvement Wikimédia. Car en participant aux activités du mouvement Wikimédia, j'ai effectivement eu l'occasion de fréquenter un public d'acteurs extrêmement diversifié. Des hommes et des femmes en provenance de nombreuses régions du monde, mais également tout un éventail de personnalités très diverses. En observant les choses de manière statistique, comme on le fera aussi dans ce chapitre, on découvre alors de grandes tendances et certains déséquilibres. On y voit une forte disparité de genre et d'origines culturelles avec un clivage Nord-Sud bien visible. Ces deux inégalités semblent se maintenir dans le temps, alors que d'autres ont tendance à s’accroître, tel que le nombre de contributeurs et contributrices diplômés de l'enseignement supérieur, pendant que d'autres se réduisent, tel que le nombre d'éditeurs et éditrices de moins de 35 ans.
[[Fichier:Wikimania_Opening_Ceremony_Adam_Novak-0036.jpg|gauche|vignette|Fig. 4.1. Volontaire Wikimédien prenant la parole lors du rassemblement Wikimania 2019 (source : https://w.wiki/4LZ2)]]
Au niveau individuel, il n'est pas toujours possible de se faire une idée précise des personnes que l'on côtoie en ligne, à l'exception bien entendu de celles et ceux que l'on a rencontré hors ligne ou auparavant. La coutume d'utiliser un pseudonyme lors de la création d'un compte et la possibilité de divulguer de fausses informations à l'intérieur comme à l'extérieur du mouvement, débouchent parfois, même si cela n'arrive pas souvent, sur quelques surprises. Ceci étant, au cœur d'interactions qui se limitent principalement à des échanges de texte et de fichiers, l'identité « physique » importe beaucoup moins que la personnalité « psychique ». Dans les espaces éditoriaux, la disposition mentale d'un contributeur peut d'ailleurs se découvrir facilement, à partir de ses historiques de modifications au sein des projets, et même grâce à diverses informations statistiques qui peuvent en être tirées. Plus aisément que lors d'une simple première rencontre en face à face, et pour peu que l'on maîtrise un tant soit peu l'accès à ces informations, on peut donc se faire une idée de la nature psychique des personnes que l'on rencontre<ref group="N">La démonstration fut faite avec un de mes relecteurs qui en doutait sur la page de discussion de ce présent chapitre.</ref> et même dans certains cas retrouver des informations personnelles allant jusqu'au numéro de téléphone<ref group="N">Plus de détails sont disponibles dans la [[Recherche:Culture fr Wikipédia|section 7.3.1]] de mon mémoire de master en anthropologie.</ref>.
Lorsque j'ai commencé à m'investir dans les activités hors ligne du mouvement, je compris rapidement que les acteurs n'étaient pas forcément les mêmes que ceux que j'avais pu observer dans l'espace numérique. D'ailleurs, lors de ma première participation à la rencontre internationale du mouvement intitulée Wikimania, il m'est apparu impossible de retrouver les connaissances rencontrées lors de ma participation en ligne. Suite à plusieurs rencontres, je compris finalement que certaines personnes, très actives dans l'espace numérique, ne sont pas attirées ou même intéressées par ce qui se passe en dehors des projets, alors que d'autres apprécient, et préfèrent aussi parfois, s'investir dans l'organisation et la participation des rencontres en face à face. Il en résulte donc que lors de ces événements publics en présentiel organisés par le mouvement, on rencontre des membres du mouvement que l'on ne rencontrerait jamais autrement.
Ces rencontres publiques sont aussi l'occasion pour des personnes qui ne font pas partie du mouvement de venir voir ce qui s'y passe, soit dans un cadre professionnel pour y saisir quelques opportunités de collaborations ou de partenariats, soit tout simplement parce qu'elles y sont invitées à faire une présentation. Autant de personnes qui ne sont pas membres du mouvement à part entière, mais qui n'en sont pas moins concernées en qualité de lecteurs et lectrices des projets Wikimédia. Autant de personnes que l'on peut aussi considérer comme acteurs passifs du mouvement, tout en gardant à l'esprit qu'elles peuvent un jour rejoindre les rangs des bénévoles ou des salariées. Sans oublier non plus que c'est parmi les lecteurs de projets Wikimédia que l'on trouve la toute grande majorité des personnes qui, grâce à leurs soutiens financiers, permettent au mouvement de couvrir ses dépenses budgétaires.
=== Les lecteurs du contenu Wikimédia ===
[[Fichier:Firefox Screenshot 2021-04-02T22-33-14.939Z.png|vignette|Fig. 4.2. Graphique illustrant l'évolution du total des pages vue sur tous les sites Wikimédia entre 2016 et 2021 (source : https://w.wiki/4VEp)]]
[[Fichier:Visite fr.wikipedia mobile bureau.png|vignette|Fig. 4.3. Graphique illustrant la répartition des visites du projet Wikipédia francophone entre le 6 et le 20 février inclus et selon l'accès au site par appareil mobile ou ordinateur de bureau. (source : https://w.wiki/4VEn).]]
Comme le contenu des projets Wikimédia est principalement diffusé sur le Web, ses lecteurs sont donc fatalement des personnes qui bénéficient d'un accès au réseau Internet. On peut accéder au site développé par le mouvement depuis un ordinateur de bureau, mais également, comme cela devient de plus en plus fréquent, par l'intermédiaire d'appareils mobiles tels que tablette ou smartphone. En consultant le site Wikistats, on observe au niveau mondial, que dès 2018, la consultation des projets Wikimédia au départ d'appareils mobiles a dépassé celle des ordinateurs de bureau (figure 4.2). Au niveau du projet Wikipédia en français<ref group="N">Wikistats n'offre malheureusement pas la possibilité de consulter le nombre de connexions uniques et journalières sur l'ensemble des projets.</ref>, on observe aussi que l'usage d'ordinateur de bureau se fait plus rare durant les week-ends, en même temps que l'usage du Web mobile augmente en proportion inverse (figure 4.3.). En moyenne, trois cinquièmes des connexions au projet Wikipédia en français et trois quarts en période de week-end, se font au départ d'un appareil mobile. Cependant, lorsque l'on sait que 93 % des modifications apportées à l'encyclopédie se font au départ d'un ordinateur de bureau<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimédia France/Statistiques|url=https://web.archive.org/web/20210717094307/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikim%C3%A9dia_France/Statistiques}}</ref>, on comprend que les appareils mobiles sont principalement utilisés comme outils de lecture et non d'édition.
Pour comprendre l'augmentation des connexions mobiles, il faut tenir compte qu'en juillet 2021 et suite à une progression de 6 %, près de 67 % de la population mondiale possédait un téléphone mobile et 61 % de cette même population faisait usage d'Internet<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Kelly Tourvieille|titre=Les audiences numériques augmentent, mais les problèmes arrivent...|url=https://web.archive.org/web/20210912151930/https://wearesocial.com/fr/blog/2021/07/les-audiences-numeriques-augmentent-mais-les-problemes-arrivent|site=We Are Social France|date=21 juillet 2021}}</ref>. Mais si l'on compare la séparation de l'espace terrestre entre pays dits du Sud (''Global South'') pays du Nord (''Global North'') (figure 4.4) avec celle du pourcentage d'internaute par pays, on réalise alors qu'il existe un grand décalage entre la partie sud et la partie nord de l’hémisphère (figure 4.5).
[[Fichier: North_South_divide.svg|vignette|Figure 4.4. Division du monde Global North — Global South avec pays dits du Nord en bleu et pays dits, du Sud en rouge (source : https://w.wiki/37aj).|alt=Division du monde avec pays dits du Nord en bleu et pays dits du Sud en rouge|gauche]]
[[Fichier: InternetPenetrationWorldMap.svg|alt=Pourcentage d'internautes par pays (par rapport au nombre d'habitants du pays).|vignette|Figure 4.5. Mappemonde illustrant le pourcentage d'internautes selon le nombre d'habitants par pays (source : https://w.wiki/37au).|gauche]]
Si l'on compare ensuite la carte mondiale de la répartition du lectorat des projets Wikimédia à celle de la répartition du nombre d'internautes au niveau planétaire (figure 4.6 et 4.7), on s'aperçoit alors, sans grande surprise, qu'elles sont relativement similaires. Seule une différence notable apparaît au niveau de la Chine, puisque ce pays est soumis depuis 2004 à diverses censures concernant l'accès aux projets Wikimédia<ref group="N">Plus d'informations à ce sujet sont disponibles dans la [[Recherche:Imagine un monde/Politique#Une autonomie face aux instances étatiques|section 2 du chapitre 7]] de ce travail de recherche.</ref>.
Toutes ces analyses cartographiques peuvent ensuite être complétées de façon paramétrable selon les projets, versions linguistiques, régions du monde ou périodes en consultant le site [[stats:#/all-projects/reading/page-views-by-country|stat.wikimedia.org]]. Afin d'illustrer davantage l'utilisation d'Internet et des technologies de l'information et de la communication dans le Sud, je vais ajouter pour ma part mes propres observations ethnographiques, réalisées lors de divers séjours de recherche dans quatre pays du Sud que sont l'[[m:Un explorateur wikimédien dans le sud de l'Inde|Inde]] (2014)<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Lionel Scheepmans|titre=Un explorateur wikimédien dans le sud de l'Inde|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/Un_explorateur_wikim%C3%A9dien_dans_le_sud_de_l%27Inde|site=Wikimedia Meta-Wiki|date=janvier 2015}}</ref>, le [[m:A wikimedian explorer in Cape Verde|Cap-Vert]] (2015)<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=A wikimedian explorer in Cape Verde|url=https://web.archive.org/web/20211118020909/https://meta.wikimedia.org/wiki/A_wikimedian_explorer_in_Cape_Verde|date=}}</ref>, le [[Recherche:Imagine un monde/Ghana|Ghana]] (2017)<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Recherche:Imagine un monde/Ghana|url=https://web.archive.org/web/20211202151039/https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Imagine_un_monde/Ghana}}</ref> et la [[Recherche:Imagine un monde/Tunisie|Tunisie]] (2018)<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Recherche:Imagine un monde/Tunisie|url=https://web.archive.org/web/20211119143003/https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Imagine_un_monde/Tunisie}}</ref>. En visitant ces différents endroits du monde, j'ai effectivement remarqué que, en dehors de l'enseignement supérieur, très peu de gens connaissaient Wikipédia. Ceci alors qu'entre-temps, de nombreux témoignages de ressortissants de pays du Sud que je n'ai pas visités, n'ont fait que renforcer cette première impression.
[[Fichier: Fréquentation des projets Wikimédia dans le monde.png|vignette|Fig. 4.6. Carte de monde illustrant par pays, le nombre de pages vues dans tous les projets Wikimédia en début d'année 2021 (source : https://w.wiki/4VEh) |alt=]]
[[Fichier: InternetUsersWorldMap.svg|alt=Carte du monde illustrant le nombre d'utilisateurs d'Internet par pays|vignette|Fig. 4.7. Carte du monde illustrant le nombre d'utilisateurs d'Internet par pays mise à jour par les éditeurs Wikimédia (source : https://w.wiki/37$p)]]
En revanche, j'ai remarqué que pratiquement toutes les personnes équipées d'un smartphone connaissent le mot « Google » et que certaines utilisent même le terme en remplacement du mot Web ou Internet tout comme d'autres le font avec le mot « Facebook »<ref group="M">{{Lien web|nom1=Mirani|prénom1=Leo|titre=Millions of Facebook users have no idea they’re using the internet|url=https://web.archive.org/web/20210411023355/https://qz.com/|site=Quartz|date=9 février 2015}}</ref>. Google Chrome est de fait bien souvent le navigateur par défaut sur les appareils Android, et il est donc très facile pour un utilisateur débutant de confondre cet outil de navigation avec l'espace qu'il permet de visiter. En sachant cela, on peut dès lors raisonnablement supposer qu'en utilisant Google recherche, bon nombre de ces internautes consultent, sans le savoir, l'encyclopédie libre et peut-être aussi, dans une moindre mesure, les autres projets Wikimédia. C'est effectivement ce qui se passe lorsque l'on clique sur les premiers résultats de recherches proposés par Google, ou même si l'on se contente de lire directement le résumé d'introduction d'un article de Wikipédia affiché dans le [[w: fr: Knowledge Graph|''Knowledge Graph'']] du navigateur.
Ce que j'ai ensuite constaté, c'est que le développement du réseau n'était pas la première chose qui empêchait les habitants des pays du Sud d'utiliser les projets Wikimédia. Au niveau des zones habitées des quatre pays que j'ai visités, je n'ai effectivement été que très rarement coupé du réseau Internet mobile. Dans la ville de [[w:fr:Mindelo|Mindelo]], au Cap-Vert, il me fut même possible de trouver un signal Wifi gratuit a plusieurs reprises. Ce fut aussi le cas en Tunisie (figure 4.10) où je me suis en plus rendu compte que, même si l'on tient compte de la différence du pouvoir d'achat, l'accès au web mobile était nettement meilleur marché qu'en Belgique. D'une manière globale donc, au Maroc, au Cap-Vert, en Inde et au Ghana l'Internet mobile payant fonctionnait plutôt bien par rapport à mon expérience belge, tout en sachant que la Belgique ne figure pas parmi les pays les mieux connectés au monde (figure 4.5).
Autre constat intéressant, dans aucun pays visité, je n'aurai réussi à me connecter efficacement au service [[w:fr:Wikipedia Zero|''Wikipedia Zero'']]. Au Ghana comme en Inde, ce service était censé offrir une connexion gratuite aux sites Wikimédia par certains fournisseurs d'accès, sauf qu'en analysant mes dépenses en données mobiles, j'en arrivais toujours à constater que l'accès était finalement payant. Sans que cela soit dénoncé publiquement, ce dysfonctionnement aura sans doute été l'une des raisons pour lesquelles la Fondation Wikimédia décida en 2018 d'abandonner le projet.
Au Ghana, j'ai aussi eu l'occasion de découvrir à trois reprises un stock important de matériel informatique de bureau inutilisé. Deux fois chez des particuliers, où il était fonctionnel, mais entreposé en attente d'un local et une fois dans une classe de lycée, où il attendait d'être réparé (figure 4.17). À l'époque de ma visite, le pays était reconnu comme une des [[w:fr:Déchets d'équipements électriques et électroniques|déchetteries mondiales de l’équipement électriques et électroniques]]<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Greenpeace|titre=Déchets électroniques illégaux “offerts” au Ghana|url=https://web.archive.org/web/20180725214721/http://www.greenpeace.org/belgium/fr/vous-informer/actualites/toxicsghana/|site=Greenpeace Belgique|date=5 août 2008}}</ref>. Ce qui explique sans doute pourquoi le matériel informatique de bureau y était si abondant en comparaison à d'autres pays tels que l'Inde (figure 4.8 & 4.9) ou le Cap-Vert (figure 4.12) où il est précieusement et principalement utilisé dans les écoles et institutions publiques. Quant aux téléphonies mobiles, qui par essence se destinent à un usage personnel, les premiers prix des appareils qui permettent un accès à Internet et aux projets Wikimédia ne me sont pas apparus exorbitants pour une famille capable de scolariser ses enfants.
En affirmant ceci, je tiens compte aussi que, même au village, j'ai vu des jeunes dépenser de l'argent dans des machines à sous comme ce fut le cas au Ghana (figure 4.16) ou en louant l'accès à des jeux vidéo comme rencontré au Cap-Vert (figure 4.11) et qu'il m'est aussi arrivé à plusieurs reprises de trouver un ordinateur utilisé pour des activités récréatives comme ce fut le cas dans un village ghanéen où il s'agissait de revendre des fichiers MP3 (figure 4.13), dans un autre pour regarder un film entre amis (figure 4.19), ou même de façon plus régulière à la capitale, là ou l'on peut même rencontrer des amateurs de programmation robotique (figure 4.18). Tout ceci sans oublier bien entendu que, au-delà des écrans d'ordinateurs, ce sont aussi les écrans de télévisions que l'on peut retrouver un peu partout et ce aussi bien en ville qu'à la campagne et parfois même avant certains biens essentiels (figure 4.14).
Dans les cybercafés au Ghana (figure 4.15) comme au Cap-Vert (figure 4.11), j'y ai rencontré un public plutôt jeune qui, selon les âges, s'intéressait avant tout aux jeux, aux vidéos et aux réseaux sociaux, mais jamais, en ma présence, à du contenu didactique. D'autres personnes viennent ensuite de manière plus ponctuelle pour imprimer des documents administratifs, tels qu'attestations, curriculum vitae, mais jamais, encore une fois, pour consulter ou imprimer du contenu pédagogique. Pour ces raisons, j'aurais donc tendance à penser, que contrairement aux activités privées en lien avec l'enseignement, l'usage du contenu pédagogique disponible sur les projets Wikimédia reste très limité au niveau des espaces publics. Cette situation, je la trouvais particulièrement regrettable au Ghana, dans la mesure où le matériel informatique de bureau bon marché était abondant et qu'il aurait très bien pu être utilisé pour consulter du matériel didactique hors connexion. Grâce au logiciel [[w:fr:Kiwix|Kiwix]] sponsorisé par le mouvement, il est effectivement facile de consulter hors ligne, non seulement les sites Wikimédia, mais encore des centaines de Go de contenus pédagogiques divers (vidéo, cours, etc.) fournis par d'autres organisations<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Kiwix|titre=Content in all languages|url=https://web.archive.org/web/20211030190333/https://wiki.kiwix.org/wiki/Content_in_all_languages}}</ref>.
{| style="margin: auto;"
|+Diaporama de la diversité d'usage des [[w:fr:Technologies de l'information et de la communication|TIC]] dans les pays du Sud visités
|[[Fichier:Classe d'informatique en Inde.jpg|Fig. 4.8. Classe d'informatique dans la ''Higher Secondary School'' du village de [[w:fr:Kuilappalayam|Kuilappalayam]] en Inde lors d'une présentation du mouvement Wikimédia (source : https://w.wiki/4VGz).|vignette|centré|225x225px]]
|[[Fichier:Mois de la contribution Pondichéry 2014 (2).JPG|centré|vignette|225x225px|Fig. 4.9. Participants lors de l'atelier du mois de la contribution francophone de 2014, organisé en partenariat avec l'alliance française de Pondichéry (Source : https://w.wiki/4VPo)]]
|[[Fichier:Installation facilitant l'usage d'appareil mobile dans un café Tunisien.jpg|Fig. 4.10. Prises murales facilitant l'usage d'appareils mobiles dans un café Tunisien équipé d'un signal Wifi gratuit (source : https://w.wiki/4VH7).|vignette|centré|225x225px]]
|-
|[[Fichier:Internet café village cap vert.jpg|Fig. 4.11. Cybercafé dans le village de ''Cidade das Ponbas'' sur l'île de Saint-Antoine du Cap-Vert où des enfants jouent à un jeu vidéo derrière mon écran d'ordinateur connecté à Wikilivres en portugais (source : https://w.wiki/4VGx).|vignette|centré|225x225px]]
|[[Fichier:Photo attelier unif mindelo.jpg|centré|vignette|225x225px|Fig. 4.12. Atelier de présentation du mouvement Wikimédia dans une université de Mindelo, île de Saint-Vincent Cap-Vert. (Source : https://w.wiki/4YAS)]]
|[[Fichier:Vendeur mp3.jpg|Fig. 4.13. Revendeur de fichier MP3 dans le village ghanéen de Zongo Machery (source : https://w.wiki/4VG$).|vignette|centré|225x225px]]
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|[[Fichier:Télévisone Ghana.jpg|centré|vignette|250x250px|Fig. 4.14. Installation audiovisuelle dans une habitation ghanéenne qui ne dispose pas de toilettes (source : https://w.wiki/4YAV)]]
|[[Fichier:Cyber café.jpg|centré|vignette|225x225px|Fig. 4.15. La devanture d'un Internet Café au Ghana avec son groupe électrogène (source : https://w.wiki/4YAY)]]
|[[Fichier:Machines à sous.jpg|centré|vignette|225x225px|Fig. 4.16. Machine à sous dans le bar d'un village ghanéen (source : https://w.wiki/4YAa)]]
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|[[Fichier:Classe d'informatique.jpg|Fig. 4.17. Classe d'informatique dans un lycée ghanéen situé sur la route de Zongo Machery au Ghana, là où les ordinateurs étaient en attente de réparation (source : https://w.wiki/4VGy).|vignette|centré|225x225px]]
|[[Fichier:Software freedom day Accra 2.jpg|Fig. 4.18. Stand de micro-informatique ouvert durant la [[w:fr:Journée du logiciel libre|journée du logiciel libre]] au ''Kofi Annan Centre Of Excellence'' d'Accra (source : https://w.wiki/4VGh).|vignette|centré|225x225px]]
|[[Fichier:Video au village.jpg|centré|vignette|225x225px|Fig. 4.19. Groupe de jeunes dans un village ghanéen regardant un film sur un ordinateur portable (source : https://w.wiki/4VPb)]]
|}
Comme autre expérience de terrain intéressante au sujet de l'utilisation des projets Wikimédia, il y eut ensuite cette rencontre avec un enseignant de primaire ghanéen dans le village Zongo Machery. Depuis mon smartphone, je lui avais présenté un article de Wikipédia en [[w:fr:Twi|Twi]]. Ce fut pour lui un grand étonnement. Cependant, dès qu'il commença à lire son contenu à voix haute, je me suis vite rendu compte, par la lenteur de son élocution, que cet exercice ne devait pas lui être familier. Cette situation, je pouvais parfaitement la comprendre. Il me suffisait pour ça de m'imaginer en train de lire un article de Wikipédia en wallon.
Le temps que j'ai passé durant mon enfance avec mes deux grands-mères, m'a permis de parler et comprendre cette langue régionale. Mais il est vrai que j'ai toujours eu beaucoup de difficulté à la lire, faute de pratique sans doute. Pour l'instituteur ghanéen, cela devait être pareil, puisque dans son pays toute la scolarisation se pratique en anglais. Je m'en suis rendu compte lorsque l'instituteur me présenta un manuel destiné aux élèves de première année du primaire intitulé : « ''Information & Communications Technology »''<ref group="B">{{Ouvrage|auteur1=J.L. Kwesie|titre=Information & Communications Technology|lieu=Ghana|éditeur=Aabok publications|isbn=}}</ref>. À sa lecture, je comprenais que le gouvernement ghanéen accordait plus d'importance à l'enseignement des techniques de l'information et de la communication qu'à l'écriture des langues locales.
Développer des versions linguistiques des projets Wikimédia dans des langues qui ne sont pas ou plus enseignées à l'école, mais uniquement transmises oralement dans un contexte familial n'est peut-être pas ce qu'il y a de plus fonctionnel pour les lecteurs des projets Wikimédia. À l'inverse, les projets développés dans des langues qui ne sont pas ou sans doute très peu utilisées dans l'enseignement, tel que l'arabe en Tunisie ou le Tamil en Inde, mais qui sont en revanche couramment lues et écrites dans la vie de tous les jours, semblent être très appréciés. Je me souviens d'ailleurs à ce propos de l'empressement d'un jeune tenancier dans un magasin pour touristes à [[w:fr:Sidi Bou Saïd|Sidi Bou Saïd]], qui s'empressa de noter l'adresse du site Wikipédia en arabe, suite à une rapide présentation que je lui avais faite depuis mon smartphone. Cela semblait être pour lui une formidable occasion d'avoir un accès à des écrits didactiques dans sa langue maternelle qui, au même titre qu'en Inde et au Ghana, n'est pas toujours fournie en matériaux pédagogiques.
Quoi qu'il en soit, les projets Wikimédia, même lorsque peu de gens peuvent les lires confortablement, représenteront toujours de précieuses richesses pour les linguistes ou tout autre chercheur en sciences humaines et sociales qui peuvent y trouver de vastes corpus à exploiter librement. L'encyclopédie Wikipédia et le Wiktionnaire en wallon, pour ne prendre que ces deux exemples, représentent effectivement deux projets très utiles pour documenter et sauvegarder une langue régionale en voie de disparition. D'autres contenus Wikimédia en langues vernaculaires produits par les membres d'ethnies minoritaires tels que les [[w:fr:Atikamekw|Atikamekw]]<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Admin|nom1=|titre=Wikipédia en langue atikamekw : retour sur un projet ambitieux qui suit son cours !|url=https://web.archive.org/web/20211226194619/https://www.wikimedia.ca/2021/06/21/wikipedia-en-langue-atikamekw-un-projet-ambitieux/|site=Wikimédia Canada|date=21 juin 2021}}</ref>, les [[w:fr:Noongar|Noongar]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Noongarpedia|url=https://web.archive.org/web/20211118125721/https://meta.wikimedia.org/wiki/Noongarpedia}}</ref>, que je n'aurai pas eu la chance de visiter en raison de la pandémie Covid-19, représentent aussi pour eux une formidable opportunité de préserver leurs langues et toute la culture qu'elles véhiculent.
[[Fichier:Wikipedia_Waht_is_about_-_Wikipedia_C_koi_-_Dance_(Dance).webm|vignette|[[Fichier:Qr code Wikipedia Waht is about - Wikipedia C koi - Dance (Dance).svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/89/Wikipedia_Waht_is_about_-_Wikipedia_C_koi_-_Dance_%28Dance%29.webm]]Vid. 4.1. Nigeria (source : https://w.wiki/56iQ).|gauche]]
Inclure toutes ces minorités représente d'ailleurs l'une des priorités du mouvement et même l'un des principaux objectifs de la stratégie adoptée par le mouvement à l'approche de 2030, alors que de nombreuses démarches avaient déjà été faites dans ce sens auparavant. Dès 2014, des vidéos avaient par exemple été produites dans le but de faire connaître Wikipédia dans certains pays du Sud comme au Cameroun (vidéo 4.1<ref group="V">{{Lien web|auteur1=Michael Epaka, Regis Talla, Iolanda Pensa|titre=File:Wikipedia Waht is about - Wikipedia C koi - Dance (Dance).webm|url=https://web.archive.org/web/20220426185243/https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Wikipedia_Waht_is_about_-_Wikipedia_C_koi_-_Dance_(Dance).webm?uselang=fr|site=Wikimedia Commons|date=29 septembre 2014}}</ref>), au Nigeria<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=New Readers/Raising Awareness in Nigeria|url=https://web.archive.org/web/20220325170213/https://meta.wikimedia.org/wiki/New_Readers/Raising_Awareness_in_Nigeria}}</ref>, en Inde<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=New Readers/Raising Awareness in India|url=https://web.archive.org/web/20211214091530/https://meta.wikimedia.org/wiki/New_Readers/Raising_Awareness_in_India}}</ref>, au Mexique<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=New Readers/Raising Awareness in Mexico|url=https://web.archive.org/web/20220120053039/https://meta.wikimedia.org/wiki/New_Readers/Raising_Awareness_in_Mexico}}</ref>, en Irak<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Communications/2017 project to promote Wikipedia in Iraq|url=https://web.archive.org/web/20220331085802/https://meta.wikimedia.org/wiki/Communications/2017_project_to_promote_Wikipedia_in_Iraq}}</ref>. En 2017, ce fut même Google qui contribua à cet objectif avec un soutien financier et logistique dans le but de renforcer l'édition d'articles vers des langues locales dans certains pays du Sud<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Thierry Noisette|titre=Google, le grand ami de Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20220123073823/https://www.nouvelobs.com/economie/20190123.OBS8995/google-le-grand-ami-de-wikipedia.html|site=L'Obs|date=2019-01-23}}</ref>. D'autres initiatives plus modestes verront aussi le jour, tel que le projet Wiki Kouman en Côte d'Ivoire, financé en 2019, qui permettait également d'augmenter la visibilité et d'enrichir le contenu des langues minoritaires du pays via le projet Wiktionnaire notamment<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Grants:Project/Modjou/Wiki Kouman 2019 en Côte d'Ivoire (Local language in Côte d'Ivoire)/Final|url=https://web.archive.org/web/20210225084334/https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Project/Modjou/Wiki_Kouman_2019_en_C%C3%B4te_d%27Ivoire_(Local_language_in_C%C3%B4te_d%27Ivoire)/Final#Contr%25C3%25B4le_des_contributions_des_participants}}</ref>. Et puis en juin 2021 se déroulait aussi la conférence Arctoc Knot, spécialement dédiée aux langues autochtones et sous-représentées<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Conférence Arctic Knot 2021|url=https://web.archive.org/web/20210421091931/https://meta.wikimedia.org/wiki/Arctic_Knot_Conference_2021/fr}}</ref>, alors que deux mois plus tard lors de la rencontre Wikimania, on pouvait assister à un retour d'expérience au sujet de projets menés avec des communautés indigènes d'Amérique latine<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimania 2021|titre=Submissions/Raising the voices of indigenous communities from Latin America through Wikimedia Projects|url=https://web.archive.org/web/20211102231045/https://wikimania.wikimedia.org/wiki/2021:Submissions/Raising_the_voices_of_indigenous_communities_from_Latin_America_through_Wikimedia_Projects}}</ref>.
Toutes ces activités s'accordent donc parfaitement avec la mission du mouvement, mais elles doivent toutefois faire face à un dilemme. Faut-il en effet, pour rendre les campagnes d'information plus efficaces, profiter du taux de pénétration du projet phare Wikipédia, près de vingt fois plus visité que tous les autres projets frères réunis (voir tableau 4.1 ci-dessous) ? Ou, faut-il au contraire lutter contre le déséquilibre flagrant concernant la visibilité des différents sites pédagogiques portés par le mouvement en faisant la promotion des projets les moins connus ?
{| class="wikitable sortable" style="float-left; margin-right: 10px;"
|+Tab. 4.1. Moyennes approximatives des pages vues quotidiennement au départ d'appareils uniques sur les différentes versions linguistiques des projets Wikimédia entre le 1<sup>er</sup> janvier et le 31 décembre 2019 inclus<ref name="Wikistats2" group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikistats|titre=Statistics For Wikimedia Projects|url=https://stats.wikimedia.org/#/fr.wikipedia.org/reading/unique-devices/normal%7Cline%7C2019-01-01~2020-12-31%7C(access-site)~mobile-site*desktop-site%7Cdaily}}</ref>
|'''Langues'''
|'''Toutes'''
|'''Anglais'''
|'''Français'''
|'''Portugais'''
|-
|'''Wikipédia'''
|150 000 000
|71 000 000
|8 000 000
|5 000 000
|-
|'''Wiktionnaire'''
|3 000 000
|1 000 000
|301 000
|39 000
|-
|'''Wiklivres'''
|1 000 000
|181 000
|23 000
|24 000
|-
|'''Wikisource'''
|1 000 000
|67 000
|44 000
|8 000
|-
|'''Commons'''
|1 000 000
|
|
|
|-
|'''Wikiversité'''
|679 000
|38 000
|26 000
|6 000
|-
|'''Wikiquote'''
|914 000
|150 000
|7 000
|5 000
|-
|'''Wikivoyage'''
|114 000
|38 000
|6 000
|767
|-
|'''Wikinews'''
|584 000
|8 000
|2 000
|892
|-
|'''Wikidata'''
|78 000
|
|
|
|-
|'''MetaWiki'''
|42 000
|
|
|
|-
|'''Fondation'''
|38 000
|
|
|
|-
|'''MediaWiki'''
|25 000
|
|
|
|-
|'''Wikispecies'''
|12 000
|
|
|
|-
|'''Incubator'''
|7 000
|
|
|
|-
|'''ßwikiversity'''
|5 000
|
|
|
|-
|'''Wikitech'''
|3 000
|
|
|
|-
|'''Outreach'''
|632
|
|
|
|}
Pour résoudre ce dilemme, on peut à nouveau se référer à la mission du mouvement, qui ne fait que transcender celle de la Fondation Wikimédia exprimée dans ses statuts<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation Wiki|titre=Bylaws|url=https://web.archive.org/web/20211215163529/https://foundation.wikimedia.org/wiki/Bylaws}}</ref> : « La mission de la Wikimedia Foundation est d'habiliter et d'engager les personnes du monde entier à collecter et développer des contenus éducatifs sous une licence libre ou dans le domaine public, et à les diffuser efficacement et mondialement »<ref group="T">''empower and engage people around the world to collect and develop educational content under a free license or in the public domain, and to disseminate it effectively and globally.''</ref>. Cette mission stipule donc clairement qu'il est question de développer plusieurs types de contenus éducatifs et pas seulement du contenu encyclopédique. En ce sens, le développement de dictionnaires, bibliothèques, cours, travaux de recherches, recueils de citations et espaces journalistiques, semble donc au moins aussi important que celui d'une encyclopédie.
Face à ce constat, on peut alors se demander si la promotion des projets frères dans les pays du Nord, là où Wikipédia est déjà connu de tous, ne serait pas une démarche tout aussi utile que dans les pays du Sud. Alors que dans une autre optique propice à la participation, il serait peut-être tout aussi intéressant d'inviter les lecteurs à parcourir les pages web situées à l'extérieur des espaces principaux des projets. Au niveau du projet Wikipédia en français, l'espace encyclopédique ne représente effectivement qu'un cinquième de toutes les pages hébergées sur le site et plus ou moins la moitié du volume d'information mesurée en [[w: Octet|octets]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Statistiques Wikiscan|titre=Frwiki|url=https://web.archive.org/web/20210126010219/https://fr.wikiscan.org/}}</ref>.
Ces pages n'intéressent bien sûr pas tout le monde, mais une partie d'entre elles mériterait pourtant de bénéficier d'une plus grande visibilité. Les pages de discussion, d'aide, de règles de fonctionnement, de prise de décision et autres espaces dédiés à la vie communautaire des projets, sont effectivement autant de ressources importantes pour situer les informations dans l'espace encyclopédique, tout en étant des lieux d'incitation à la participation. Sans compter qu'au-delà de toutes ces pages cachées au sein même des projets, il existe aussi tous les autres projets multilingues ou en anglais, qui sont, eux aussi, pratiquement inconnus du grand publique (tableau 4.1).
Parmi ces projets, la banque sémantique de données factuelles Wikidata, le serveur de fichiers libres Wikimedia commons, sont certainement les plus connus alors que Wikispecies, le répertoire des êtres vivants doit l'être beaucoup moins. Ensuite, il y a tous les espaces de gestion et de création de sites. MediaWiki pour le développement du moteur wiki de même nom, Phabricator pour la gestion de bugs, Wikitech pour les activités côté serveurs, Incubator, Bêta-Wikiversité et Wikisource multilingue, pour le lancement de nouvelles versions linguistiques des projets éditoriaux. Sans compter tous les espaces de discussion, de coordination et de prise de décisions tels que Meta-Wiki qui est véritablement le centre névralgique du mouvement, mais encore ''Wikimedia outreach'' ou se coordonne la promotion, ou même le wiki du conseil d'administration de la Fondation, qui sont autant de sites dignes d'intérêts pour qui veut comprendre le fonctionnement du mouvement.
Attirer le lecteur vers tous ces espaces où se déroule une grande part de la vie associative du mouvement serait peut-être une autre manière d'aider les lecteurs à franchir le pas vers le statut de contributeur. Car le partage de contenus éducatifs à travers le monde a pour défi majeur d'accroître le nombre de participants. De plus, permettre le libre partage de la somme des connaissances humaines n'est pas simplement transmettre un savoir déjà publié, c'est aussi permettre à tout un chacun de produire et de partager son propre savoir. Pour que cela puisse se faire du Nord jusqu'au Sud, il faut alors encourager les lecteurs des projets Wikimédia à devenir producteurs de tout type de connaissances et pas seulement encyclopédique. Nous en reparlerons bientôt, mais avant cela, j'aimerais illustrer, à partir de ma propre expérience, le fait qu'il faut parfois faire preuve de détermination pour rejoindre une communauté d'éditeurs au sein des projets Wikimédia. Un constat qui reste par ailleurs à ce jour, l'une des principales préoccupations de la Fondation, qui s'efforce avec son équipe ''Grows''<ref group="S">{{Lien web|auteur1=''Wikimedia Foundation''|titre=''Staff and Contractors''|url=https://web.archive.org/web/20211129091509/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/}}</ref> d’améliorer l'expérience des nouveaux arrivants dans le but d'en augmenter la rétention.
=== Premiers pas en qualité d'éditeur ===
Comme beaucoup l'ont fait pour vérifier s'il est vrai que tout le monde peut modifier Wikipédia, il m'est venu l'idée un jour de créer un nouvel article Wikipédia à propos de « Copyleft ULB », un petit groupe d'étudiants créé en 2008, dans le but de promouvoir les [[w: fr: Logiciels libres|logiciels libres]] dans notre université. Faute de combattants et d'énergie sans doute, le projet finit par disparaître rapidement, tout comme son article sur Wikipédia compte tenu du manque flagrant de notoriété. Après cette première expérience, peu concluante il est vrai, j'avais malgré tout décidé de créer un compte utilisateur en cliquant sur l'hyperlien situé en haut de chaque page des projets Wikimédia.
C'était le 11 juin 2008 à 22 h 24 (UTC) très précisément<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Spécial:Journal/Scapmouche|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103003555/https://fr.wikipedia.org/wiki/Sp%C3%A9cial:Journal/Scapmouche|date=}}</ref>, et mon ignorance de nouvel arrivant était telle qu'il me fallut tout un temps pour comprendre que le premier message de bienvenue<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Discussion utilisateur: Scapmouche|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103010802/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Discussion_utilisateur%3AScapmouche&oldid=30550361|site=|date=}}</ref> posté sur ma page de discussion<ref group="N">Sur les projets Wikimédia, il existe un espace de discussion associé à chaque page web. La page utilisateur créée à l'occasion de l'ouverture d'un compte ne fait pas exception à ce principe. Elle devient alors l'endroit où se déposent les messages destinés à utilisateur.</ref> était en provenance d'un [[w: fr: Bot informatique|bot informatique]]<ref group="N">Un bot informatique est un agent logiciel automatique ou semi-automatique qui interagit avec des serveurs informatiques.</ref>. Un autre robot nommé Salbot avait ensuite réagi à mes modifications faites sur la page « bac à sable » du projet, En visitant sa [[w: fr: utilisateur: Salbot|page d'utilisateur]], je pensais encore avoir affaire à un autre être humain, même si cette page présentait un message d'accueil plutôt explicite : « ATTENTION : BOT MÉCHANT » (figure 1.3 ci-dessous)<ref group="S">{{Lien web|nom1=Wikipédia|titre=Utilisateur: Salebot|url=https://web.archive.org/web/20201021174444/https://fr.wikipedia.org/wiki/Utilisateur: Salebot|site=|date=}}</ref>. Mais le problème, c'est qu'au moment de sa lecture, je ne connaissais toujours pas la définition du mot « bot ». Après quelques recherches sur le Web, je finis par comprendre. Aujourd'hui, en accordant un peu d'autodérision à ces souvenirs, je dois bien reconnaître que j'avais lamentablement échoué à l'époque, à un [[w: fr: Test de Turing|test de Turing]]<ref group="B">{{Ouvrage|auteur1=|prénom1=A. M|nom1=Turing|titre=Computing machinery and intelligence|passage=|lieu=|éditeur=Blackwell for the Mind Association|date=1950|pages totales=|isbn=|oclc=1033676875}}</ref> qui me fut involontairement imposé par le projet Wikipédia. Un test qui, ceci étant dit, n'était pas ce que l'on peut rêver mieux pour accueillir un nouvel arrivant.
[[Fichier:Salbot.png|vignette|Fig. 4.20. Message affiché sur la page d'utilisateur de Salbot, un robot chargé de la lutte contre le vandalisme sur le projet Wikipédia en français (source : https://w.wiki/4Ysu)]]
J'avais baptisé [[w:fr:Utilisateur:Scapmouche|mon premier compte utilisateur]] avec le pseudonyme de « Scapmouche », un surnom hérité d'un mouvement de jeunesse. Comme bon nombre de nouveaux utilisateurs, j'étais à cette époque curieux de découvrir le fonctionnement de Wikipédia. Juste avant mes premiers déboires avec les robots de maintenance, ma première action se limita à poser une question sur une page de discussion durant l'étude d'un cours de phonologie, pour apporter ensuite la réponse juste après l'avoir trouvée dans mon syllabus<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Différences entre les versions de « Discussion:Consonne occlusive vélaire voisée »|url=https://web.archive.org/web/20220113211217/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Discussion:Consonne_occlusive_v%25C3%25A9laire_vois%25C3%25A9e&diff=30548464&oldid=30547877&diffmode=source}}</ref>. Par la suite, je n'avais plus utilisé mon compte jusqu'au 5 décembre 2008, date où je décidais de faire ma première modification de l'espace encyclopédique. Il s'agissait de rectifier l'article consacré aux rassemblements hippies intitulés « [[w:fr:Rainbow Gathering|Rainbow Gathering]] »<ref group="S">{{Lien web|nom1=Wikipédia|titre=Différences entre versions de « Rainbow Gathering »|url=https://web.archive.org/web/20201126132712/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Rainbow_Gathering&diff=prev&oldid=35005356&diffmode=source|date=}}</ref>. Elles étaient fondées sur ma propre expérience et furent supprimées une minute seulement après leurs enregistrements. [[w:fr:utilisateur:Kõan|Kõan]], un éditeur anciennement nommé « Ataraxie », qui était le créateur de l'article<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Historique des versions de « Rainbow Gathering »|url=https://web.archive.org/web/20201126140946/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Rainbow_Gathering&action=history}}</ref>, avait justifié la suppression de ma contribution sur ma page de discussion en laissant ce message :
<blockquote>
<small>Bonjour Scapmouche. Les ajouts sur un article de l'encyclopédie ne peuvent pas être faits de vos "impressions" personnelles sur un "rainbow gathering", mais doivent informer à partir de sources fiables existantes de ce qui se dit sur eux. Cordialement --A t a r a x i e--<sup>d</sup> 5 novembre 2008 à 15:07</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Différences entre versions de « Discussion utilisateur:Scapmouche »|url=https://web.archive.org/web/20201126142832/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Discussion_utilisateur:Scapmouche&diff=35008003&oldid=30550361&diffmode=source|date=}}</ref>
</blockquote>
Suite à ma modification, j'avais effectivement pris la peine de laisser un message sur la page de discussion de l'article pour indiquer ce qui m'avait motivé à effectuer son changement. L'utilisateur [[w:fr:Utilisateur:Bech|Bech]], un professeur d'informatique originaire de Toulouse, né en 1959 et prénommé Bernard<ref group="S">{{Lien web|nom1=Wikipédia|titre=Utilisateur:Bech|url=https://web.archive.org/web/20151114113451/https://fr.wikipedia.org/wiki/Utilisateur:Bech|date=}}</ref> répondit à mon message. Mais sa réponse allait me confronter d'emblée à toute la complexité de l'édition collaborative. Car selon lui, ma modification était effectivement la bienvenue et elle avait été supprimée par quelqu'un qui ne semblait pas connaître le sujet. Voici repris ci-dessous la citation de notre échange<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Discussion:Rainbow Gathering|url=https://web.archive.org/web/20210603133043/https://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion:Rainbow_Gathering|date=}}</ref> :
<blockquote>
<small>Bonjour,</small>
<small>Je me suis permis de faire quelques changements au texte d'origine car je trouvais que certaines formulations ne reflétaient pas ce que j'ai pu découvrir lors de mes expériences Rainbow (avec un bon zoom on pourrait me voir sur la photo du Rainbow de Bosnie ;o)
Les Rainbow Gathering sont avant tout des lieux où l'on essaye de reconstruire un idéal de société durant un mois autour de la pleine lune.
Un idéal n'est jamais atteint, mais celui-ci est de vivre en harmonie avec la Nature, soi-même et les autres.
Chacun éprouve des difficultés pour vivre en accord avec cette idéal,
mais de par mon expérience, les rainbow sont des lieux ou l'on découvre à
coup sur, une meilleur façon de vivre.
Quand au problème de drogues, de chiens, et de vols, ils varient fortement d'un rassemblement à l'autre.
Enfin, il existe aussi des "restricted gathering", rassemblement où il est convenu dès le départ que le mode de vie idéal sera scrupuleusement respecté.</small>
<small>Lionel</small>
<small>Tes modifs ne posaient pas problème pour moi. Mais elles ont été supprimées rapidement par quelqu'un qui n'a pas l'air de connaître le sujet, en particulier pour la durée des rassemblements. Bech (d) 4 avril 2010 à 15:19 (CEST)</small></blockquote>
Suite à ce partage d’opinion, ma modification n'en fut pas rétablie pour autant. Déçu par cette première expérience, je décidais de laisser tomber mon idée de participation au projet. Il est évident qu'à cette époque, j'étais parfaitement ignorant des règles en vigueur dans l'encyclopédie, dont certaines interdisent, entre autres, le partage d'expérience ou l'utilisation de sources primaires. Avant de me lancer dans cette aventure de l'edition, j'aurais donc bien fait de passer par le [[w:fr:Wikipédia:Forum des nouveaux|forum des nouveaux]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Forum des nouveaux|url=https://web.archive.org/web/20201030220219/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Forum_des_nouveaux|date=}}</ref> afin de découvrir, étape par étape, les règles éditoriales du projet Wikipédia. Car en créant un compte, je n'avais finalement franchi qu'un premier pas qui consistait à créer une identité fixe pour contribuer au projet encyclopédique.
Après ce premier acte manqué, il fallut ensuite attendre le 26 février 2011<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Tous les journaux publics|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103012218/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Sp%C3%A9cial%3AJournal%2FLionel_Scheepmans&dir=prev&type=&user=Lionel+Scheepmans}}</ref> pour que je me décide à revenir sur Wikipédia. J'avais pour objectif cette fois d'y réaliser une observation participante à l'occasion d'un mémoire de fin de master en anthropologie intitulé [[Recherche:Culture fr Wikipédia|''Culture fr Wikipédia'']], ''Monographie ethnographique de la communauté des contributeurs actifs sur l'espace francophone de Wikipédia''<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Lionel Scheepmans|titre=Recherche:Culture fr Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20220211090818/https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Culture_fr.wikipedia|site=Wikiversité|date=2011}}</ref>. Pour des raisons déontologiques, j'avais créé un nouveau compte au nom de [[w:fr:Utilisateur:Lionel Scheepmans|Lionel Scheepmans]]. Ce fut donc une deuxième naissance dans la communauté Wikipédia, mais sous ma réelle identité cette fois, ce qui n'est vraiment pas courant parmi la communauté de contributeurs.
J'aurais très bien pu renommer mon ancien compte, mais à l'époque, j'ignorais que c'était possible. Et puis par la suite, j'ai aussi trouvé qu'il était bien pratique d'avoir deux comptes pour tester la communication entre deux éditeurs. J'ai dû dès lors indiquer que ces deux comptes m'appartenaient, compte tenu d'une recommandation qui interdit la création de « faux-nez »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Faux-nez|url=https://web.archive.org/web/20201023061947/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Faux-nez}}</ref>. Ou, pour le dire de manière plus explicite, de créer plusieurs comptes utilisateurs dans le but de voter plusieurs fois lors de prises de décision ou encore pour influencer le débat lors de désaccords éditoriaux.
En commençant mon étude ethnographique, j'avais l'idée de faire d'une pierre deux coups en rédigeant mon travail de fin d'étude de master au sein même de mon terrain d'observation participante dans une forme de processus [[w:Récursivité|récursif]]. Malheureusement, il s'est avéré que c'était impossible au vu du premier des cinq « [[w:Principes fondateurs|principes fondateurs]] »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Principes fondateurs|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20211119142236/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Wikip%C3%A9dia:Principes_fondateurs&oldid=157070623|date=}}</ref> du projet encyclopédique stipulant que « [[w:Wikipédia est une encyclopédie|Wikipédia est une encyclopédie]] »<ref name="Wikipédia" group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Wikipédia est une encyclopédie|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20211119144222/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Wikip%C3%A9dia_est_une_encyclop%C3%A9die|date=}}</ref>. Une affirmation triviale de premier abord, mais qui permet au final de se mettre d'accord sur tout « [[w:Ce que Wikipédia n'est pas|ce que Wikipédia n'est pas]] »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Ce que Wikipédia n'est pas|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20211126083401/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Ce_que_Wikip%C3%A9dia_n%27est_pas|site=|date=}}</ref>. À la lecture de ce contenu, j'apprenais donc à mes dépens que : « Les [[w:Essai|essais]] personnels et [[w:wikipédia:Travaux inédits|travaux inédits]] (TI)<ref group="N">Bien que cette formulation soit ambiguë, on parle souvent de « [[w:wikipédia:Travaux inédits|travaux inédits]] » sur Wikipédia en référence à ce que la communauté anglophone nomme de façon plus appropriée :« ''original research'' » que je traduirais par l'expression travail de recherche original.</ref> n'ont pas leur place sur Wikipédia. »<ref name="Wikipédia" group="S" />. Comme cela peut arriver dans d'autres sphères linguistiques<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversity|titre=Difference between revisions of "Talk:Imagine a world"|url=https://web.archive.org/web/20211201140358/https://en.wikiversity.org/w/index.php?title=Talk:Imagine_a_world&diff=2271194&oldid=2271189&diffmode=visual|date=}}</ref>, on me redirigea dès lors vers un autre projet intitulé [[w:Wikiversité|Wikiversité]] que je ne connaissais pas.
Je me rendis donc sur la page d'accueil du site Wikiversité et j'y découvris avec grand intérêt que ce projet qui se définissait à l'époque comme « espace pédagogique virtuel communautaire, collaboratif, libre et gratuit, pour l'étude et pour la recherche »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20111011023931/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikiversit%C3%A9|date=}}</ref>. Après avoir annoncé mon arrivée dans le projet par un message déposé sur la page du forum général intitulé « [[Wikiversité:La salle café|la salle café]] »<ref name="La salle café/15 2011" group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:La salle café/15 2011|url=https://web.archive.org/web/20211119142002/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:La_salle_caf%C3%A9/15_2011#Projet_de_travail_de_recherche:_monographie_pour_m%25C3%25A9moire_de_master_en_anthropologie}}</ref>, j'ai ensuite cherché l'endroit dans lequel je pouvais placer mon travail. Durant cette recherche, [[Utilisateur:Crochet.david|Crochet.david]], un enseignant en électrotechnique et [[Wikiversité:Administrateur|administrateur]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:Administrateur/Liste des administrateurs|url=https://web.archive.org/web/20210224202005/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Administrateur/Liste_des_administrateurs}}</ref> du projet, qui avait répondu de manière sympathique<ref name="La salle café/15 2011" group="S" /> à mon message d'arrivée <ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Utilisateur:Crochet.david|url=https://web.archive.org/web/20211119143054/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Utilisateur:Crochet.david&oldid=673657}}</ref>, se rendit sur mon espace de discussion utilisateur, pour me proposer de placer mon travail parmi les « travaux de recherche en sociologie »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Discussion utilisateur:Crochet.david :Différence entre versions|url=https://web.archive.org/web/20211119143022/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Discussion_utilisateur:Crochet.david&diff=prev&oldid=239053&diffmode=source}}</ref>.
À cette époque, l'organigramme du projet Wikiversité situait l'anthropologie parmi les départements de la faculté de sociologie<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Faculté:Socio-anthropologie :Différence entre versions|url=https://web.archive.org/web/20211119143047/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Facult%C3%A9:Socio-anthropologie&diff=245047&oldid=201960&diffmode=source}}</ref>. Cette situation m'apparut extrêmement embarrassante. Non seulement je devais demander l'accord de mon promoteur pour écrire mon mémoire en ligne et en temps réel sur un site Internet, mais en plus, je devais à présent lui déclarer que mon travail anthropologique, serait publié dans une faculté de sociologie. Comme je savais que les sociologues et anthropologues n'avaient pas pour habitude de se mélanger dans mon université, je me suis donc senti quelque peu désarmé face à cette situation.
J'ai alors tenté de placer mon travail au niveau du département d'anthropologie de la Wikiversité sans faire mention de la faculté de sociologie. Mais David Crochet, de son vrai nom, est alors revenu vers moi pour me dire que « les projets sont associés aux facultés et non aux départements. »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Discussion utilisateur:Lionel Scheepmans/Archive 1|url=https://web.archive.org/web/20211119140619/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Discussion_utilisateur:Lionel_Scheepmans/Archive_1&direction=prev&oldid=244417}}</ref>. Il s'entama alors un débat qui fut transféré<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:La salle café/16 2011|url=https://web.archive.org/web/20211119143341/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:La_salle_caf%C3%A9/16_2011#Petit_d%25C3%25A9bat_autour_de_la_place_de_l%2527anthropologie}}</ref> dans la salle Café pour qu'il soit accessible aux autres membres de la communauté. Au terme des discussions, nous sommes finalement arrivés à la conclusion qu'il fallait que je lance une [[Wikiversité:Prise de décision|prise de décision]]<ref group="N">Selon les projets éditoriaux Wikimédia et leurs versions linguistiques, il existe différentes façons de prendre des décisions collectives sur des changements majeurs qui pourraient toucher toute la communauté. Dans le cas précis du projet Wikiversité francophone, les [[Wikiversité:Prise de décision|prises de décisions]] sont faites sur des pages créées à cet effet, et dans lesquelles les membres de la communauté discutent en vue d'obtenir un consensus. Si nécessaire, et c'est souvent le cas, un vote sera organisé et les propositions seront acceptées dès lors qu'il y a plus de 75% des votes en sa faveur. Pour pouvoir voter, il faut répondre à certains [[Projet:Wikiversité/Critères d'éligibilité des votants|critères d'éligibilités des votants]] essentiellement déterminés sur base d'une certaine ancienneté et un minimum de participation au sein du projet.</ref> pour renommer la faculté de sociologie. À peine arrivé dans le projet, je me voyais donc ainsi attribuer la tâche d'en changer l'organisation.
Lors de cette prise de décision<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Projet:Wikiversité/Faculté de Socio-anthropologie|url=https://web.archive.org/web/20211119143317/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Projet:Wikiversit%C3%A9/Facult%C3%A9_de_Socio-anthropologie&diff=239434&oldid=239424&diffmode=source}}</ref>, [[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]], un autre administrateur du site qui se présente tel un ingénieur en informatique<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=User:JackPotte|url=https://web.archive.org/web/20211120021400/https://meta.wikimedia.org/wiki/User:JackPotte}}</ref>, avait déposé un message pour nous tenir informés de la [[w:classification décimale universelle|classification décimale universelle]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Projet:Wikiversité/Faculté de Socio-anthropologie :Différence entre versions|url=https://web.archive.org/web/20211119143317/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Projet:Wikiversit%C3%A9/Facult%C3%A9_de_Socio-anthropologie&diff=239434&oldid=239424&diffmode=source}}</ref>. Dans cette version de la CDU<ref group="N">La [[w:Classification décimale universelle|classification décimale universelle]] a connu plusieurs éditions depuis sa création en 1905 par les deux juristes belges [[w:Paul Otlet|Paul Otlet]] et [[w:Henri La Fontaine|Henri La Fontaine]] fondateurs de l'Institut international de bibliographie.</ref>, le terme anthropologie y apparaissait plusieurs fois, une fois dans le champ des sciences sociales (anthropologie culturelle) et une autre fois dans le champ de la biologie (anthropologie physique). Cette information m'encouragea d'autant plus à renommer la faculté de sociologie en faculté de socio-anthropologie. Grâce à cette nouvelle appellation, et au départ d'un seul mot, il était effectivement possible de regrouper la sociologie et l'anthropologie dans une même faculté, tout en excluant de celle-ci l'anthropologie physique. Quand ma proposition fut acceptée à l'unanimité<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Projet:Wikiversité/Faculté de Socio-anthropologie|url=https://web.archive.org/web/20211119143333/https://fr.wikiversity.org/wiki/Projet:Wikiversit%C3%A9/Facult%C3%A9_de_Socio-anthropologie}}</ref>, ce fut pour moi une double satisfaction. D'une part, je pouvais présenter mon projet de mémoire dans de bonnes conditions, et d'autre part, j'avais réussi à lancer et à participer pour la première fois à une prise de décision dans le mouvement Wikimédia. C'était donc pour moi un moment important, puisqu'il faisait naître en moi un premier sentiment d'appartenance au mouvement Wikimédia.
Pour résumer le parcours des nouveaux arrivants au départ d'une approche plus générale, nous avons la chance de bénéficier du fruit des recherches de Léo Joubert, un sociologue de Wikipédia. Dans un résumé qu'il partagea lors d'une interview réalisée par l'association Wikimédia France<ref name="Gerbet" group="M">{{Lien web|nom1=Gerbet|prénom1=Rémy|titre=Entretien avec Léo Joubert, chercheur et sociologue de Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20211123022842/https://www.wikimedia.fr/leo-joubert-chercheur-et-sociologue-de-wikipedia/|site=Wikimédia France|date=2021-03-25}}</ref> portant sur sa thèse de doctorat<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Léo, Verdier, Éric, Reboul, Laurence, Vion, Antoine, Mercklé, Pierre, Cardon, Dominique, Mespoulet, Martine, Aix-Marseille Université|nom1=Joubert|prénom2=Cultures, Sociétés (Aix-en-Provence).|nom2=Ecole Doctorale Espaces|prénom3=Bouches-du-Rhône).|nom3=Laboratoire d'économie et de sociologie du travail (Aix-en-Provence|titre=Wikipédia: la fabrique d'une encyclopédie à l'ère du logiciel libre : sociologie d'un commun numérique de masse|date=2020|oclc=1282193863}}</ref>, il expliquait ceci :
<blockquote>
<small>Mes recherches m’ont permis de voir qu’il existe bien des carrières de Wikipédiens avec trois étapes clés :</small>
<small>1. « le passage à l’acte »''' :''' J’effectue ma première modification ou correction sur l’encyclopédie. Souvent, on va corriger la petite faute d’orthographe.</small>
<small>2. « la décision de rester »''' :''' Je peux décider de poursuivre ma participation et de l’amplifier.</small>
<small>3. « la cristallisation » : Je rentre de plus en plus en contact avec la communauté et se développe une véritable identité de wikipédien. Je deviens wikipédien à mes yeux et à ceux des autres contributeurs. Ça c’est important : développer une identité sociale c’est changer son regard sur soi et que cette évolution change le regard des autres sur nous. Ça passera concrètement par de la réputation – « il fait bien telle ou telle notice » – par l’adoption d’un rôle – « lui son bot il fait ça »… Il y a beaucoup de leviers d’identification, c’est une caractéristique forte de la communauté, d’ailleurs…</small>
<small>Si on va un peu plus loin, ces trois étapes sont différentes. L’étape du début, le passage à l’acte, est une étape de sélection. Je vais devenir contributeur parce que mes caractéristiques sociales me disposent à l’être. L’étape de la fin est identificatoire, c’est-à-dire que je suis wikipédien parce que je me reconnais comme tel. La différence est ténue, mais les processus sociaux, politiques et cognitifs ne sont pas exactement les mêmes.</small>
</blockquote>
[[Fichier:Self-portrait taken with laptop, March, 2018.jpg|vignette|Fig 4.21. Autoportrait de Steven Pruitt alias Ser Amantio di Nicolao (source : https://w.wiki/4gGn).|gauche]]
Ma propre expérience illustre donc bien la différence entre le simple fait de passer à l'acte et celui de s’identifier comme membre de la communauté d'éditeurs. Et c'est ainsi qu'en novembre 2020, à l'instant même où j'écris ce texte, mon deuxième compte, celui au départ duquel je me suis forgé une identité, aura dépassé les 23 500 modifications dans l'espace numérique Wikimédia sur plus de 30 projets différents<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Global account information for Lionel Scheepmans|url=https://web.archive.org/web/20201103013835/https://meta.wikimedia.org/wiki/Special:CentralAuth?target=Lionel+Scheepmans|date=}}</ref>. Cumulées avec plus de dix ans d'ancienneté tout en étant actif plus de mille heures fin 2021 rien que dans le projet Wikiversité<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiscan|titre=Lionel Scheepmans - Statistiques utilisateur|url=https://web.archive.org/web/20211106210526/http://frwikiversity.wikiscan.org/utilisateur/Lionel_Scheepmans}}</ref>, on peut affirmer que mon compte ainsi que ma personne puisque je la dévoile, bénéficient déjà d'une certaine reconnaissance au sein du mouvement.
Cette implication n'a néanmoins rien d'exceptionnel par rapport à d'autres comptes utilisateurs dont beaucoup furent créés avant 2002<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Catégorie:Wikipédiens par ancienneté sur Wikipédia|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103014505/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Cat%C3%A9gorie%3AWikip%C3%A9diens_par_anciennet%C3%A9_sur_Wikip%C3%A9dia|date=}}</ref>. Quant à mes milliers d'heures de travail et de modifications, elles doivent à leur tour, êtres comparées à ce qui a été fourni par le contributeur [[w:fr:utilisateur:Polmars|Polmars]], arrivé en 2005<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Tous les journaux publics de Polmars|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103014922/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Sp%C3%A9cial%3AJournal%2FPolmars&dir=prev&type=&user=Polmars|date=}}</ref> ou [[w:fr:utilisateur:Vlaam|Vlaam]], arrivé en en octobre 2007<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Tous les journaux publics de Vlaam|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201103015432/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Sp%C3%A9cial%3AJournal%2FVlaam&dir=prev&type=&user=Vlaam|date=}}</ref>, dont le nombre d'éditions s'élève pour chacun à plus d'un million fin 2020<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiscan|titre=Statistiques utilisateurs|url=https://web.archive.org/web/20201016195535/https://fr.wikiscan.org/utilisateurs|date=}}</ref>. Dans une autre catégorie et début fin novembre 2021, c'est aussi 33 774 articles qui ont été créés par l'utilisateur [[w:en:user:Ser Amantio di Nicolao|Ser Amantio di Nicolao]] qui totalisait pour sa part plus de quatre millions et demi d'éditions dans le projet encyclopédique en anglais<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiscan|titre=User statistics|url=https://web.archive.org/web/20211123221651/https://en.wikiscan.org/?usort=edit&bot=0&detail=0&menu=userstats}}</ref>. [[w:fr:Steven Pruitt|Steven Pruitt]] de son vrai nom, fut ainsi listé par le magazine Time, parmi les plus grands « influenceurs » du Net<ref group="M">{{Lien web|langue=|auteur1=Time Staff|titre=Meet the 25 Most Influential People on the Internet|url=https://web.archive.org/web/20211226112639/https://time.com/4815217/most-influential-people-internet/|site=Time|date=26 juin 2017}}</ref>.
Cette section de chapitre, permet donc sans aucun doute de se faire une idée des raisons qui conduisent un nouveau contributeur à mettre fin à sa participation, ou tout au contraire, à poursuivre ses activités à outrance. Elle aura eu ensuite le mérite d'illustrer comment au départ d'un premier projet, bien souvent Wikipédia, on peut se voir rediriger vers d'autres projets éditoriaux plus adaptés à des envies ou préoccupations personnelles. Alors que finalement, elle nous aura aussi permis de découvrir qu'il y a deux façons de contribuer sur les sites Web du mouvement Wikimédia.
La première est de le faire sans s'enregistrer, ce qui a alors pour conséquence d'afficher une [[w:fr:Adresse IP|adresse IP]] à chaque modification<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Utilisateur sous IP|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20200328074315/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Utilisateur_sous_IP|date=}}</ref>. La seconde est de créer préalablement un compte utilisateur de manière à bénéficier d'une identité fixe tout en masquant les adresses IP utilisées durant ses connexions. Ce sont là deux façons de faire qui comme nous allons le voir ont des conséquences importantes quant à la reconnaissance et la confiance accordées par les communautés d'éditeurs actifs au sein des projets.
=== Les éditeurs sans compte utilisateur ===
Contribuer dans les projets Wikimédia sans compte utilisateur est une pratique qui suscite la suspicion. Quand cela est occasionnel, cela peut se justifier, mais quand cela devient répété, cela peut poser certains problèmes. Tout d'abord, cela dissimule le fait que l'on est contributeur régulier dans un projet et cela empêche le traçage des actions antécédentes. C'est une des raisons qui justifient l'interdiction de voter lors des décisions prises par la communauté depuis une adresse IP. Sur la plupart des projets en effet, il faut non seulement posséder un compte utilisateur, mais également un nombre suffisant de contributions (une centaine en général) et une certaine ancienneté à dater de sa première modification (un mois la plupart du temps).
Ne pas avoir de compte utilisateur complique ensuite fortement la communication avec les autres contributeurs. Comment savoir en cas d'[[w:fr:Dynamic Host Configuration Protocol|adresse IP dynamique]] si l'on s'adresse toujours à la même personne ? Dans le cadre de la surveillance des modifications faites aux projets, les patrouilleurs comme on les surnomme, seront aussi toujours plus attentifs aux modifications faites par une adresse IP. Il est effectivement plus facile de vandaliser le contenu des projets sans prendre la peine de créer un compte utilisateur, tout comme il sera plus difficile par la suite de suivre les personnes mal intentionnées à chaque changement de leurs adresses IP.
Face à ce problème, la communauté des éditeurs du projet Wikipédia en portugais a fini par interdire toute modification des pages encyclopédiques à toute personne qui ne se sera pas préalablement connectée via un compte utilisateur. Cette idée fut débattue suite à une petite étude statistique qui démontra que près de 85 % des modifications annulées sur cette version linguistique de Wikipédia étaient produites par des adresses IP<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia, a enciclopédia livre|titre=Usuário:Albertoleoncio/Estatísticas de reversões|url=https://web.archive.org/web/20210404202403/https://pt.wikipedia.org/wiki/Usu%C3%A1rio:Albertoleoncio/Estat%C3%ADsticas_de_revers%C3%B5es|date=}}</ref>. Au début du mois d'octobre 2020 et après un mois de discussions, l'idée se transforma finalement en décision qui fut appliquée après un vote réunissant 71 % de voix en faveur d'une mise en application au niveau de l'espace encyclopédique, et 82.8 % lorsqu'il s'agit de créer un nouvel article. Ceci tout en sachant que la possibilité laissée aux éditeurs sous IP de modifier les pages d'aide et de discussion a été maintenue<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia, a enciclopédia livre|titre=Wikipédia:Votações/Necessidade de registo para editar a Wikipédia lusófona|url=https://web.archive.org/web/20210404202409/https://pt.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Vota%C3%A7%C3%B5es/Necessidade_de_registo_para_editar_a_Wikip%C3%A9dia_lus%C3%B3fona}}</ref>.
En adoptant cette nouvelle règle, la communauté Wikipédia lusophone démontra que cette mesure pouvait contribuer à l'augmentation du nombre d'utilisateurs actifs enregistrés (figure 4.21). D'autre analyses statistiques démontrèrent ensuite que cette augmentation était principalement due à la création de nouveaux comptes utilisateurs, tout en attestant que le nombre de pages protégées avait chuté en même temps que les modifications malveillantes<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Analytics wikimedia|titre=Ptwiki_dashboard|url=https://web.archive.org/web/20211124153952/https://analytics.wikimedia.org/published/notebooks/AHT/ptwiki_dashboard.html}}</ref>. Après un certain temps d'application de la mesure, les retours de la communauté furent aussi très positifs. Certains contributeurs témoignèrent en effet que les nouveaux arrivants étaient mieux accueillis, suite au temps de surveillance épargné d'une part, mais également grâce à la création des nouveaux comptes qui facilitèrent grandement les dialogues<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia, a enciclopédia livre|titre=Wikipédia:Esplanada/geral/Bloqueio de edição de IP da Wikipédia em português (Enquete) (16mar2021).|url=https://web.archive.org/web/20210404224850/https://pt.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Esplanada/geral/Bloqueio_de_edi%C3%A7%C3%A3o_de_IP_da_Wikip%C3%A9dia_em_portugu%C3%AAs_(Enquete)_(16mar2021)}}</ref>. Au-delà de tous ces retours positifs, il reste malgré tout difficile de savoir aujourd'hui avec précision combien des 20 000 contributions IP mensuelles qui disparurent suite à ces changements, étaient réellement profitables au projet.
[[Fichier:Wikistats Screenshot 2021-04-04.png|alt=Graphique comparant l'évolution du nombre d'éditions mensuelles, suite à l'obligation de créer un compte pour éditer le projet Wikipédia en portugais|vignette|Fig. 4.22. Graphique illustrant le changement du nombre d'éditions réalisé par des personnes enregistrées et non enregistrée suite au blocage des éditions encyclopédiques attribuées à une adresse IP (source : https://w.wiki/4Ysb)|350x350px]]
Un autre sujet de discussion anime aussi le mouvement Wikimédia à propos des adresses IP. Il s'agit cette fois d'un projet d'amélioration de la confidentialité des éditeurs et de limitation des abus. Le débat est un peu technique, mais consiste en gros à protéger les projets contre le vandalisme, le harcèlement, les faux-nez, les campagnes de désinformation et autres attitudes disruptives, tout en protégeant les contributeurs non enregistrés contre d'éventuels harcèlements, représailles et abus, en ne rendant pas publique leur adresse IP<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Meta-Wiki|titre=Contribution d'IP:Amélioration de la confidentialité et limitation des abus/Nouvelles fonctionnalités|url=https://web.archive.org/web/20200220055323/https://meta.wikimedia.org/wiki/IP_Editing:_Privacy_Enhancement_and_Abuse_Mitigation/Improving_tools/fr|date=}}</ref>.
En partant d'une adresse IP et du moment précis de son utilisation, il est en effet possible de retrouver l'identité de son utilisateur en contactant le fournisseur d'accès Internet. Dans les pays où la liberté d'expression n'est pas garantie et où des représailles sont possibles, ce risque d'identification est donc un aspect technique qu'il faut prendre en considération. C'est la une raison pour laquelle un projet de la Fondation permettra prochainement de masquer toutes les adresses IP dans le but d'atteindre une plus grande confidentialité tout en facilitant la maintenance des projets. Cette décision permettra aussi de repérer plus facilement les éditeurs enregistrés qui se déconnectent volontairement pour faire certaines actions sans être vus par le reste de la communauté<ref group="S" name="Contribution d'IP">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Contribution d'IP :Amélioration de la confidentialité et limitation des abus|url=https://web.archive.org/web/20210217003925/https://meta.wikimedia.org/wiki/IP_Editing:_Privacy_Enhancement_and_Abuse_Mitigation/fr}}</ref>.
Toutes les communautés d'éditeurs ne sont effectivement pas prêtes à suivre l'exemple du projet lusophone. La qualité des éditions faites par des utilisateurs non enregistrés peut effectivement varier fortement d'un projet à l'autre. Le projet Wikipédia en japonais, pour exemple, dont le pourcentage d'édition des adresses IP est nettement plus élevé que le projet en anglais, a un taux de modifications non désirables de 9,5 % contrairement au 27,4 % du côté anglophone<ref name="Contribution d'IP" group="S" />. Puis, il faut aussi tenir compte du fait que contribuer sous adresse IP ne répond pas forcément à une volonté de nuire aux projets. Une éditrice sous IP interrogée par l'association Wikimédia France<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Sarah Krichen|titre=Portrait de contributeur - L'anonyme|url=https://web.archive.org/web/20210217003925/https://meta.wikimedia.org/wiki/IP_Editing:_Privacy_Enhancement_and_Abuse_Mitigation/fr|site=Wikimédia France|date=2019-01-30}}</ref> nous apporte d'ailleurs un témoignage qui empêchera la généralisation de ce type de préjugé.
<blockquote>
<small>[...] j’ai attendu jusqu’à août 2005 avant de faire ma première modification. Ainsi, avant même de commencer, en un an, j’avais déjà lu pas mal de pages méta (les principes fondateurs notamment) et longuement observé d’autres contributeurs travailler. Je savais donc en quoi je souhaitais les imiter et en quoi je souhaitais m’en différencier. J’ai choisi de contribuer sous IP en toute connaissance de cause. J’avais compris que les contributions sous IP étaient plus surveillées que d’autres. Et j’avais besoin de me sentir surveillée car je manquais d’assurance.</small>
</blockquote>
=== Utilisation d'un compte sous pseudonyme ===
Lorsque que l'on se sent prêt ou lorsqu'on le décide tous simplement, on peut alors créer un compte utilisateur pour éditer les projets Wikimédia. Dans la plupart des cas, ce compte sera créé sous pseudonyme, une pratique qui n'est pas propre aux éditeurs Wikimédia. On la rencontre aussi dans bien d'autres contextes numériques, qu'ils soient ludiques ou non, lors de la création d'un avatar ou d'un compte utilisateur. La divulgation de l'identité des participants existe aussi en dehors de l'espace numérique. Dans ce cas, on attribuera alors volontiers un surnom aux membres du groupe, comme cela se pratique encore de nos jours dans certains sports tels que la [[w:fr:Capoeira|capoeira]], ou dans d'autres activités qui originellement étaient interdites par la loi. Et, lorsqu'il s'agit de se projeter dans un autre monde, que ce soit lors de jeux de rôle grandeur nature ou des rencontres sado-masochistes, changer de nom avant de se mettre dans la peau d'un personnage devient aussi commun que de choisir un nom pour son personnage avant son entrée dans un monde numérique virtuel.
Comme cela s'observe chez les Alcooliques Anonymes, ou dans le mouvement du scoutisme, ne pas partager son identité entretient aussi un climat d'égalité au sein d'un groupe. Au niveau des projets Wikimédia, cela permet de maintenir à l'écart des formes d'élitisme pourtant recherchées par certains nouveaux arrivants. Ceux qui bénéficient d'un statut valorisant en dehors des projets, aimeraient parfois connaître celui des utilisateurs avec qui ils sont en désaccord. À titre d'exemple, je peux faire référence ici à un débat qui eu lieu sur le forum du projet Wikiversité en français suite à l'arrivée d'un professeur d'université peu enclin à s'adapter aux choix et habitudes prises par la communauté. L'un de ses messages dans le fil de la conversation se terminait effectivement de la sorte : « Enfin, je saurai gré aux administrateurs de sortir de l’anonymat et d’afficher leurs identités et leurs cursus universitaires. Kamel GANA Professeur de psychologie de la santé Université de Bordeaux France [[Utilisateur:U.Segalen|U.Segalen]] ([[Discussion utilisateur:U.Segalen|discuter]]) 1 décembre 2021 à 09:59 (UTC) »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:La salle café/novembre 2021 — Wikiversité|url=https://web.archive.org/web/20220114004643/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Wikiversit%25C3%25A9:La_salle_caf%25C3%25A9/novembre_2021&oldid=860106}}</ref>.
Dans un mouvement social qui se veut inclusif et mondial, on comprend facilement que cette barrière à l'encontre de postures élitistes pourra aussi être efficace face à d'autres types de discriminations. On sait déjà effectivement que ce n'est pas tout le monde qui contribue aux projets Wikimédia, mais uniquement ceux qui en ont le temps, les moyens et les capacités. Ce dont il faut encore tenir compte par après, c'est qu'il existe aussi au sein du mouvement de sérieux déséquilibres liés à une forte prédominance de contributeurs masculins d'origine européenne, et que ces contributeurs sont aussi très irrégulièrement répartis dans les projets. Ne pas obliger les contributeurs et contributrices à divulguer leurs réelles identités permet donc, dans ces circonstances, d'éviter certaines stigmatisations lors des débats qui reposeront alors principalement sur la pertinence des arguments avancés.
=== Répartition des éditeurs par projet ===
Dans l'espace numérique Wikimédia tout comme dans la sphère hors ligne du mouvement, la taille des communautés bénévoles peut fortement varier d'un projet à l'autre en fonction du niveau d'implication des éditeurs. Grâce au site Wikistats, il me fut possible de répertorier sous forme d'un tableau (tableau 4.2), le nombre de Wikimédiens actifs au niveau des différents projets Wikimédia. Ces chiffres permettent de relativiser les discours selon lesquels il existe des millions de contributeurs actifs dans les projets. Car si des millions de comptes utilisateurs furent effectivement créés au niveau des projets, parmi ceux-ci de nombreux sont toute fois inactifs ou ne le sont que dans un seul projet. Voyons donc à partir des tableaux ci-dessous comment se répartissent réellement les éditeurs dans trois différentes versions linguistiques des projets Wikimedia, ainsi que le nombre mensuel moyen d'éditions faites à l'intérieur de ces projets durant les années 2019 et 2021.
{| class="wikitable sortable" style="margin:auto"
|+<small>Tab. 4.2. Moyenne du nombre d'éditeurs actifs, avec compte ou sous IP, sur les projets Wikimédia en anglais, français et portugais de janvier 2019 au 31 décembre 2021 inclus<ref group="S" name="Wikistat Projets">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikistats|titre=Statistics For Wikimedia Projects|url=https://stats.wikimedia.org/#/en.wikipedia.org/contributing/editors/normal%7Cline%7C2019-01-01~2021-01-01%7C~total%7Cdaily}}</ref></small>
|'''En français'''
|'''⩾ 1/mois'''
|'''⩾ 5/mois'''
|'''⩾ 1/jour'''
|'''⩾ 5/jour'''
|-
|'''Wikipédia'''
|57 000
|6 000
|4 000
|729
|-
|'''Wiktionnaire'''
|2 000
|170
|114
|32
|-
|'''Wikisource'''
|348
|152
|70
|'''48'''
|-
|'''Wikiversité'''
|195
|43
|16
|5
|-
|'''Wiklivres'''
|142
|16
|9
|2
|-
|'''Wikiquote'''
|118
|16
|7
|1
|-
|'''Wikivoyage'''
|99
|17
|8
|2
|-
|'''Wikinews'''
|54
|11
|6
|1
|-
|'''En anglais'''
|'''⩾ 1 édit/mois'''
|'''⩾ 5 édit/mois'''
|'''⩾ 1 édit/jour'''
|'''⩾ 5 édit/jour'''
|-
|'''Wikipédia'''
|417 000
|39 000
|24 000
|4 000
|-
|'''Wiktionnaire'''
|5 000
|596
|373
|102
|-
|'''Wikiquote'''
|2 000
|'''133'''
|92
|'''11'''
|-
|'''Wiklivres'''
|1 000
|163
|67
|13
|-
|'''Wikivoyage'''
|992
|155
|71
|'''22'''
|-
|'''Wikiversité'''
|565
|141
|42
|13
|-
|'''Wikisource'''
|509
|180
|74
|'''42'''
|-
|'''Wikinews'''
|146
|32
|14
|4
|-
|'''En portugais'''
|'''⩾ 1 édit/mois'''
|'''⩾ 5 édit/mois'''
|'''⩾ 1 édit/jour'''
|'''⩾ 5 édit/jour'''
|-
|'''Wikipédia'''
|27 000
|2 000
|1 000
|192
|-
|'''Wiktionnaire'''
|185
|16
|12
|3
|-
|'''Wikiversité'''
|105
|'''19'''
|6
|1
|-
|'''Wiklivres'''
|'''106'''
|9
|5
|0
|-
|'''Wikisource'''
|51
|8
|4
|1
|-
|'''Wikiquote'''
|43
|7
|3
|0
|-
|'''Wikinews'''
|26
|9
|5
|'''2'''
|-
|'''Wikivoyage'''
|24
|3
|1
|0
|-
|'''Multilingue'''
|'''⩾ 1 édit/mois'''
|'''⩾ 5 édit/mois'''
|'''⩾ 1 édit/jour'''
|'''⩾ 5 édit/jour'''
|-
|'''Wikidata'''
|42 000
|11 000
|4 000
|'''1 000'''
|-
|'''Commons'''
|38 000
|'''12 000'''
|3 000
|'''1 000'''
|-
|'''MetaWiki'''
|4 000
|988
|300
|61
|-
|'''MediaWiki'''
|1 000
|259
|85
|18
|-
|'''Incubator'''
|429
|157
|43
|16
|-
|'''Wikispecies'''
|285
|'''81'''
|39
|'''20'''
|-
|'''Outreach'''
|97
|25
|5
|1
|-
|'''ßwikiversity'''
|64
|12
|4
|1
|-
|'''Fondation'''
|6
|0
|2
|0
|}
[[Fichier:Growth per Wikipedia.ogg|vignette|[[Fichier:Qr code Growth per Wikipedia.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/13/Growth_per_Wikipedia.ogg]]Vid. 4.2. Évolution dans le temps des différents projets linguistiques de Wikipédia (source : https://w.wiki/4XWy).|gauche]]
À partir d'autres productions statistiques produites au sein du mouvement et disponibles en libres accès sur le Net, il est aussi possible de comparer les projets ou versions linguistiques selon toute une série de critères, tels que la taille, le nombre d'éditions selon le type d'éditeurs (actif ou très actif), etc. Il est même parfois possible de visualiser certaine représentations graphiques animées et paramétrables comme c'est le cas de celles qui se trouvent sur la page https://stats.wikimedia.org/wikimedia/animations/requests dans laquelle on voit apparaitre la localisation des modifications faites aux projets Wikipédia au niveau d'une mappemonde, ou encore celle située à la page https://stats.wikimedia.org/wikimedia/animations/growth/AnimationProjectsGrowthWp.html (vidéo 4.4), ou dans ce cas-ci, c'est la progression en taille de chaque version linguistique de l'encyclopédie qui se visualise au cœur d'un graphique (vidéo 4.2 & figure 4.23). Comme en témoigne donc ces deux exemples, grâce à l'archivage de l'activité de l'ensemble des projets Wikimédia, il est ensuite possible de produire autant de graphiques, cartes et animations qu'il soit possible d'imaginer. De nombreux autres graphiques continueront donc à être exposés tout au long de ce travail de recherche.
[[Fichier:Wikipedias active editors per million speakers.png|vignette|Fig. 4.23. Rédacteurs actifs de Wikipédia par million de locuteurs (source : https://w.wiki/4XWc )]]
De ce goût pour les chiffres et des représentations graphiques rencontré dans le mouvement Wikimédia, découle donc la production de nombreuses données quantitatives qu'il serait bien sûr dommage de passer sous silence, puisqu'elles se trouvent sous la main. Ceci alors que, d'un autre côté, il est regrettable que le traitement d'informations qualitatives, pourtant tout aussi abondantes au sein du mouvement, ne soient quasiment pas exploitées. C'est d'ailleurs là une des raisons pour lesquelles je m'efforce autant que possible d'en mobiliser dans ce travail de recherche, en repartant de mes observations ethnographiques, mais aussi en parcourant le Web à la recherche d'autres témoignages. On en retrouve en effet dans des articles de presse, des blogs, des listes de diffusion publiques, ou encore dans les nombreux espaces de discussion et d'expression existants au sein des projets.
=== Répartition des éditeurs dans le monde ===
[[Fichier:Boite utilisateur habite Maroc.png|vignette|Fig. 4.24. Illustration de la boite que l'on place sur sa page d'utilisateur pour indiquer que l'on vit au Maroc (source : https://w.wiki/56hY)]]
Pour se faire une première idée de la répartition géographique des éditeurs, on peut déjà tirer profit de cette pratique assez courante chez les contributeurs et contributrices qui consiste à se décrire spontanément sur sa page de profil utilisateur. Pour faciliter cette démarche, il existe toute une collection de boites informatives appelées « boite utilisateur ». Ce sont des petits encadrés que l'on installe sur sa page de profil à l'aide d'un WikiCode prédéfini, de manière à exprimer son appartenance ou son affinité. Le choix des boites est extrêmement varié. Sur le site Wikipédia en français, il en existe plusieurs milliers<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Catégorie:Boîte utilisateur|url=https://web.archive.org/web/20210110165009/https://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Bo%C3%AEte_utilisateur|date=}}</ref>, avec pour chacune d'entre elles, la possibilité de lister ses utilisateurs sur des pages de catégorisation grâce à un petit triangle présent à gauche de la boite. Selon l'exemple de la boite « [[Modèle:Utilisateur habite Maroc|Utilisateur habite Maroc]] » (figure 4.24), si l'on clique sur le triangle en question, on est alors redirigé vers la page [[:Catégorie : Utilisateurs habitent Maroc]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Catégorie:Utilisateurs habitent Maroc|url=https://web.archive.org/web/20210303094129/https://fr.wikiversity.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Utilisateurs_habitent_Maroc|date=}}</ref> sur laquelle apparaîtra la liste de toutes les personnes qui utilisent cette boite dans le projet Wikiversité.
En date du 3 mars 2021, cette liste comprenait ainsi 4 personnes. Or, si l'on regarde de plus près l'activité de celles-ci, on découvre alors qu'un de ces personnes n'a plus édité le projet depuis 2010, deux depuis 2015 et une depuis 2016. Par la suite, il faut ensuite tenir compte que l'usage des boites d'utilisateurs est entièrement volontaire et que cette liste n'est donc probablement pas exhaustive. Tout au plus, l'indication qu'elle donne est qu'il y a eu depuis la création du projet Wikiversité probablement au moins quatre contributeurs habitant le Maroc qui y auront participé.
De manière similaire, la page[[: Catégorie:Utilisateurs par pays]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Catégorie:Utilisateurs par pays|url=https://web.archive.org/web/20201025202322/https://fr.wikiversity.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Utilisateurs_par_pays|date=}}</ref> indique que depuis la création de Wikiversité, au moins 184 personnes qui habitent ou habitaient en France ont contribué au projet. D'autres pages de catégories montrent 13 personnes au Canada, 9 en Belgique (sans moi à nouveau), 7 en Suisse, 3 en Australie, une à Monaco et une en Italie. Cette nouvelle observation permet donc de supposer que le projet Wikiversité francophone est très majoritairement édité par des personnes vivant en France. Cette première impression est ensuite renforcée si l'on consulte ensuite la [[w:fr:Wikipédia : Cartographie de la communauté|cartographie de la communauté]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Wikipédia:Cartographie de la communauté|url=https://web.archive.org/web/20210109161610/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Cartographie_de_la_communaut%C3%A9|date=}}</ref>, qui, elle aussi, est complétée de manière facultative par les contributeurs. On y voit apparaître une mappemonde dans laquelle se situent approximativement les lieux de résidence des éditeurs qui s'y seront inscrits (figure 4.25 & 4.26).
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:Copie d'écran 2021-03-22 carte des Wikimédiens.png|alt=Copie d'écran de la carte de Wikimédiens francophones en date du 22 mars 2021.|vignette|Fig. 4.25. Copie d'écran d'une carte situant les lieux de vie de certains contributeurs aux projets Wikimédia francophones en date du 22 mars 2021 (source : https://w.wiki/4VEr).|350x350px|centré]]
|[[Fichier:Firefox Screenshot 2021-04-02T13-04-55.876Z.png|alt=Zoom sur copie d'écran de la carte des wikimediens francophones en date du 22 mars 2021|vignette|Fig. 4.26. Copie d'écran d'une carte qui situe les lieux de vie de certains contributeurs aux projets Wikimédia francophones en date du 22 mars 2021 (source : https://w.wiki/4VEr)|350x350px|centré]]
|}
[[Fichier: Editeurs actif frwiki.png|vignette|Fig. 4.27. Graphique indiquant l'évolution du nombre de contributeurs actifs par pays au niveau du projet Wikipédia en français entre janvier 2018 et novembre 2019 (source : https://w.wiki/FEM).|340x340px|gauche]]
Par l'intermédiaire de ces cartes, on peut donc non seulement renforcer l'hypothèse que les projets francophones sont principalement édités au départ de la France, mais encore découvrir, en changeant d'échelle, qu'il existe une forte concentration de ces éditeurs dans l’agglomération parisienne. Est-ce là une chose vraiment surprenante si l'on sait que l'[[w:Fr:Unité urbaine de Paris|unité urbaine de Paris]] rassemblait en 2017, une population de 10 785 092 personnes<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Insee|titre=Dossier complet − Unité urbaine 2020 de Paris|url=https://web.archive.org/web/20220119161953/https://www.insee.fr/fr/statistiques/2011101?geo=UU2020-00851}}</ref>, soit près d'un sixième de la population française au total. Un chiffre relativement imposant donc et ce d'autant plus qu'il doit dépasser aujourd'hui le nombre de francophones Canadiens et avoisiner celui des francophones de Belgique et de Suisse réunis<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Organisation internationale de la Francophonie|titre=Qui parle français dans le monde|url=https://web.archive.org/web/20211026144936/http://observatoire.francophonie.org/qui-parle-francais-dans-le-monde/|date=}}</ref>. Aussi impressionnant qu'il soit, ce chiffre doit cependant être comparé à toute la [[w:fr:Francophonie|francophonie]] mondiale estimée en début 2021, à [[w:fr:Organisation internationale de la francophonie|300 millions de personnes]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Organisation internationale de la francophonie|titre=Accueil|url=https://web.archive.org/web/20220115225816/https://www.francophonie.org/}}</ref>. Pour que les projets Wikimédia francophones soient édités de manière équitable au regard de la répartition des contributeurs francophones dans le monde en 2020, il faudrait que pas plus d'un éditeur sur trente soit parisien et moins d'un sur cinq soit français. Or, si l'on regarde les données statistiques produites au départ du projet Wikipédia en français en 2018 et 2019 (figure 4.27), la participation de la France apparaît près de trois fois supérieure à celles des francophones du reste du monde.
Cette première analyse permet donc de réaliser que la population d'éditeurs des projets francophones, bien que diversifiée, comprend un biais important au niveau des origines géographiques et culturelles. Après une première fracture observée parmi les lecteurs des projets Wikimédia, s'ajoute donc ici une nouvelle qui concerne cette fois les éditeurs de contenus. De plus, étant donné que les projets sont principalement édités par les habitants du Nord<ref group="S">{{Lien web|titre=Wikipedia edits on a random day|url=https://web.archive.org/web/20220221095225/https://stats.wikimedia.org/wikimedia/animations/requests/AnimationEditsOneDayWp.html|auteur1=Stats Wikimedia}}</ref>, il n'y a donc rien de surprenant à ce que les articles de Wikipédia soient aussi majoritairement géolocalisés dans cette partie du monde et selon des fréquences qui pouront varier en fonction des versions linguistiques<ref group="S">{{Lien web|titre=Wikipedia Map Interface|url=https://web.archive.org/web/20211210111852/http://km.aifb.kit.edu/sites/wikipediamap/|auteur1=Wikipediamap}}</ref>, au même titre que les hyperliens situés dans les articles renvoient, eux aussi et bien souvent, vers d'autres articles traitant du monde occidental. Certes, le déséquilibre semble se résorber au niveau du projet encyclopédique entre 2012 et 2017 (figure 4.28), mais pas aussi vite toute fois que ce qui s'observe dans Wikidata où la géolocalisation des items en arrive à s'étendre partout dans le monde entre 2013 et 2017 (figure 4.29).
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:Geotag Wikimedia Commons 2012-2017.gif|vignette|[[Fichier:Qr code Geotag Wikimedia Commons 2012-2017.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3f/Geotag_Wikimedia_Commons_2012-2017.gif]]Fig. 4.28. Mappemonde animée illustrant l'évolution de la géolocalisation des articles de Wikipédia en anglais entre 2012 et 2017 (source : https://w.wiki/56k8).|350x350px|centré]]
|[[Fichier:Wikidata items map animation (20130609-20161017).gif|vignette|[[Fichier:Qr code Wikidata items map animation.svg|bordure|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/91/Wikidata_items_map_animation_%2820130609-20161017%29.gif]]Fig. 4.29. Mappemonde animée illustrant l'évolution de la géolocalisation des articles de Wikidata entre 2013 et 2016 (source : https://w.wiki/56jn).|350x350px|centré]]
|}
Ce biais géographique et culturel observé au niveau de la francophonie semble ensuite se reproduire au niveau mondial où l'on observe une piètre répartition des éditeurs. C'est dans tous les cas ce qui ressort des différents graphiques (figures 4.30 à 4.35) réalisés par l'équipe ''Community Insights'' chargé par la Fondation du suivi de la population Wikimédienne depuis 2016<ref group="S" name="Community Insights">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Community Insights/Reports|url=https://web.archive.org/web/20211120023931/https://meta.wikimedia.org/wiki/Community_Insights/Reports}}</ref>. En observant ceux-ci, on constate effectivement que les éditeurs des projets Wikimédia situés en Europe ont franchi la barre des 50 % au cours des observations. Un déséquilibre qui semble d'autant plus accentué lorsqu'il s'agit des éditeurs permanents les plus actifs.
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:CE Insights 2016-17 Report - Regions editor respondents reported they come from.png|vignette|Fig. 4.30. Graphique de répartition des contributeurs au projet Wikimédia en 2016-17 en fonction de leurs régions d'origines (source : https://w.wiki/4Xma).|centré|350x350px]]
|[[Fichier:ED16 Regional locations for contributors.png|alt=Graphique de répartition des contributeurs de la communauté Wikimédia en fonction de leurs origines|Fig. 4.31. Graphique de répartition des contributeurs au projet Wikimédia en 2018 en fonction de leurs régions d'origines (source : https://w.wiki/4Xma).|vignette|350x350px|centré]]
|-
|[[Fichier:ED16 Changes in region for high activity contributors.png|vignette|Fig. 4.32. Graphique illustrant l'évolution entre l'année 2017 et 2018 des éditrices et éditeurs plus actifs dans les projets Wikimédia selon différentes régions du monde (source : https://w.wiki/4Xnb)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:ED16 Changes in region for low activity contributors.png|vignette|Fig. 4.33. Graphique illustrant l'évolution entre l'année 2017 et 2018 des éditrices et éditeurs moins actifs dans les projets Wikimédia selon différentes régions du monde (source : https://w.wiki/4Xnj)|350x350px|centré]]
|-
|[[Fichier:Wikimedians disproportionately live in Europe and Northern America.png|vignette|Fig. 4.34. Graphique illustrant la répartition géographique des Wikimédiens en 2020 mis en relation avec la répartition de la population mondiale (source ; https://w.wiki/4cWm)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:CI2021 Figure 6.png|vignette|Fig. 4.35. Graphique illustrant l'évolution à 2019 à 2020 de la répartition géographique des nouveaux éditeurs et ceux de longue date en comparaison à la répartition mondiale (source : https://w.wiki/4cWo)|350x350px|centré]]
|}
[[Fichier:Sharing decolonization strategies throughout Wikimedia projects.webm|vignette|[[Fichier:Qr code Sharing decolonization strategies throughout Wikimedia projects.svg|bordure|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c0/Sharing_decolonization_strategies_throughout_Wikimedia_projects.webm]]Vid. 4.3. Enregistrement de la présentation Wikimania 2021 intitulée : ''Sharing decolonization strategies throughout Wikimedia projects'' (source ; https://w.wiki/4gMe)]]
Le fossé culturel observé au niveau de la participation au sein des projets Wikimédia, fut ainsi l'une des préoccupations premières du rassemblement Wikimania de 2018 à [[w:Cape Town|Cape Town]]<ref group="M">{{Lien web|auteur1=TimesLive|titre=Cape Town to host Wikimania 2018|url=https://web.archive.org/web/20220106085201/https://www.timeslive.co.za/news/sci-tech/2018-06-04-cape-town-to-host-wikimania-2018/|site=Times Live|périodique=|date=4 Juin 2018}}.</ref>. De la résolution de ce problème repose effectivement la réussite d'un mouvement désireux d'impliquer le monde entier dans le partage de toutes les connaissances humaines. Un projet de partage universel et égalitaire, qui se fait donc attendre, pendant que les projets Wikimédia restent à ce jour majoritairement édités par les eurodescendant·e·s, alors que leur contenu est de plus en plus consulté par les pays du Sud, au travers d'appareils mobiles peu propices à l'édition.
Au même titre que le cinéma américain fut qualifié d'[[w:fr:Impérialisme culturel|impérialisme culturel]]<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Nancy|nom1=Snow|titre=Propaganda, Inc.: selling America's culture to the world|éditeur=Seven Stories Press ; Turnaround [distributor|date=2010|isbn=978-1-58322-898-2|oclc=1027630955}}</ref>, et même si certains trouveront toujours dans ce genre de phénomène certains aspects positifs<ref group="B">{{Article|prénom1=Nathalie|nom1=Dupont|titre=Le cinéma américain : un impérialisme culturel ?|périodique=Revue LISA/LISA e-journal. Littératures, Histoire des Idées, Images, Sociétés du Monde Anglophone – Literature, History of Ideas, Images and Societies of the English-speaking World|numéro=Vol. V - n°3|date=2007-09-01|issn=1762-6153|doi=10.4000/lisa.1626|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20220119191936/https://journals.openedition.org/lisa/1626?|pages=111–132}}</ref>, c'est alors l'espace numérique Wikimédia dans son ensemble qui peut être considéré comme une nouvelle forme de colonisation culturelle occidentale<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Lionel Scheepmans|titre=Recherche:Wikipédia, un média de colonisation culturelle|url=https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Wikip%C3%A9dia,_un_m%C3%A9dia_de_colonisation_culturelle|site=Wikiversité|date=2016}}</ref>. Ce phénomène fut d'ailleurs critiqué par certains médias qui l'auront associé au programme [[w:fr:Wikipedia Zero|''Wikipedia Zero'']], accusé pour sa part de violer la neutralité du net<ref group="M">{{Lien web|nom1=Franchi|prénom1=Jacopo|titre=Wikipedia Zero sta violando la neutralità della Rete?|url=https://web.archive.org/web/20210411154928/https://umanesimodigitale.com/2016/07/10/wikipedia-zero/|site=Umanesimo Digitale|date=2016-07-10}}</ref>.
La question de décoloniser les projets Wikimédia finit ainsi par être ouvertement débattue lors d'une présentation faite à l'occasion de la dernière rencontre internationale du mouvement de 2021 (vidéo. 4.3). Celle-ci fut l'occasion de se rappeler, en accord avec ce qui se fait à d'autres endroits<ref group="B">{{Article|prénom1=Camille E, Bouterse, Siko, Ghoshal, Sucheta, Menking, Amanda, Sengupta, Anasuya, Vrana, Adele G|nom1=Acey|titre=Decolonizing the Internet by Decolonizing Ourselves: Challenging Epistemic Injustice through Feminist Practice|périodique=Global Perspectives|volume=2|numéro=1|date=2021}}</ref>, que la colonisation eurodescendante n'est pas propre à l'écosystème Wikimédia. En réalité, elle s'observe de manière plus globale sur l'ensemble de l'espace Web, où tout comme dans le mouvement et même d'autres projets collaboratifs<ref group="B">{{Article|prénom1=Mathieu|nom1=O'Neil|titre=Domination et critique dans les projets collaboratifs sur internet|périodique=Réseaux|volume=181|numéro=5|date=2013|issn=0751-7971|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20210607081309/https://www.cairn.info/revue-reseaux-2013-5-page-119.htm|pages=119}}</ref>, on y observe d'autres formes de dominations, mais liées cette fois à des caractéristiques sociologiques.
=== Les déséquilibres sociologiques ===
Au problème de la piètre répartition géographique des éditeurs Wikimédia s'ajoutent ainsi d'autres inégalités socio-culturelles observées à l'intérieur du mouvement. L'une des premières détectées fut la faible participation féminine. Dès 2009, une étude menée par la Fondation Wikimédia quantifia pour la première fois cette participation au taux de 10 % (figure 4.36). Une nouvelle étude de 2011 réévalua ce taux de participation à 9 %<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Mani Pande (Head of Global Development Research).|titre=Editor Survey Report|url=https://web.archive.org/web/20210830163455/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/76/Editor_Survey_Report_-_April_2011.pdf|site=Wikimedia Commons|date=avril 2011}}.</ref> alors qu'une autre de 2013 le rehaussait à 22 %<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Research:Gender micro-survey|url=https://web.archive.org/web/20211120004915/http://meta.wikimedia.org/wiki/Research:Gender_micro-survey|}}.</ref>. De manière plus ciblée sur les pays du Sud, une enquête de 2014, arrivait quant à elle à 20 %<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Global South User Survey 2014 - Full Analysis Report|url=https://web.archive.org/web/20210628055721/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8a/Global_South_User_Survey_2014_-_Full_Analysis_Report.pdf|site=Wikimedia Commons|date=18 février 2015|}}.</ref>, alors qu'une étude de 2016 portant uniquement sur l'espace germanophone ne dépassait pas les 10 %<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Jana Werg, Svenja Wilhelm et Dr. Dirk Sheeffler|titre=Report of the results Author-Survey "Welcome-culture for news editors at Wikipedia"|url=https://web.archive.org/web/20211117125729/https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Analysis_Wikimedia_Germany_Editor_Survey_2016_on_Welcoming_Culture.pdf|site=Wikimedia Commons|date=11 avril 2016}}.</ref>. Grâce aux rapports plus détaillés fournis par l'équipe de la Fondation chargée du suivi de la communauté<ref name="Community Insights" group="S" />, on peut ensuite découvrir que le déséquilibre féminin peut connaître certaines variations selon la situation géographique (figure 27) tout en étant moins accentué au niveau des activités hors lignes depuis laquelle se fait l'observation (figures 4.38), 4.38), et au niveau des nouveaux arrivants (figure 4.40). Ce semble donc indiquer que la rétention des femmes bénévoles au sein du mouvement est près de deux fois meilleur hors ligne que en ligne.
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|[[Fichier:WMFstratplanSurvey1.png|Fig. 4.36. Graphique de répartition socioculturelle des éditeurs de Wikipédia en 2009 (source : https://w.wiki/4XoR).|vignette|350x350px|centré]]
|[[Fichier:ED15 Gender by language project.png|alt=|Fig. 4.37. Graphique de répartition du genre dans le mouvement Wikimédia selon les régions du monde et pour l'année 2018 (source : https://w.wiki/4Xmp).|vignette|350x350px|centré]]
|-
|[[Fichier:CE Insights 2016-17 Report - Male to female ratios.png|vignette|Fig. 4.38. Graphique illustrant la répartition du genre dans le mouvement Wikimédia selon les régions du monde et pour l'année 2016-2017 (source : https://w.wiki/4cXz)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:Newcomers are far more likely to be female.png|vignette|Fig. 4.39. Pourcentage de femmes actives dans le mouvement Wikimédia selon le degré d'investissement en 2020 (source : https://w.wiki/4cYC)|350x350px|centré]]
|}
Le déficit de la participation des femmes au mouvement est d'autant plus étrange qu'il ne s’observe pas dans d'autres sphères du Web comme les réseaux sociaux et autres sites de partages d'informations. Suite aux nombreux efforts déjà fournis, le ''statu quo'' Wikimédia continue donc à susciter de nombreuses questions. Quant aux réponses, elles sont plutôt rares dans le mouvement, alors qu'en dehors de celui-ci, une autrice de la revue du MAUSS<ref group="B">{{Article|prénom1=Anna|nom1=Cossetta|titre=Que donnent les femmes sur le Web ?|périodique=Revue du MAUSS|volume=39|numéro=1|date=2012|issn=1247-4819|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20201214012055/https://www.cairn.info/revue-du-mauss-2012-1-page-391.htm|pages=391}}</ref>, nous apporte cet éclairage intéressant au sujet des femmes internautes :
<blockquote>
<small>Elles semblent également plus fidèles au système de l’échange de marché. Elles renforcent leurs propres compétences de consommation à travers l’acquisition d’informations sur les produits, l’évaluation de la qualité des hôtels et des lieux touristiques etc. Plutôt que de contrarier l’utopie du marché comme forme prédominante d’intégration de l’économie dans la société [Polanyi, 1944], elles préfèrent adopter des techniques adaptatives et récréatives pour améliorer leurs performances dans les pratiques de consommation. Le temps libre, encore insuffisant en raison du poids quotidien de la « double journée », est consacré à entretenir des relations, à partager avec d’autres femmes les fatigues, soucis et joies typiquement féminines. La majorité des femmes ont préféré se faire une place là où ne se profilaient pas de compétitions ou de luttes pour le pouvoir, là où pouvait se déployer la fonction phatique du langage et la dimension récréative de l’immersion digitale.</small>
</blockquote>
En ce qui concerne d'autres particularités sociologiques du mouvement, la première enquête de 2009 indiquait aussi que la communauté Wikimédia était constituée d'environ 30 % de célibataires et moins de 20 % de personnes sans enfant, tout ceci en tenant compte qu'à cette époque, plus de 70 % des personnes interrogées avaient moins de 30 ans (figure 4.36 ci-dessus)<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia users/fr|url=https://web.archive.org/web/20211210132218/https://strategy.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_users/fr}}.</ref>. Grâce à une nouvelle enquête de 2018, il fut alors possible de voir comment la population des éditeurs Wikimédiens avait changé sur l'espace de presque une décennie. Alors que la situation au niveau du genre reste effectivement stable, on remarque en revanche que les Wikimédiens en 2018 sont sensiblement plus âgés qu'en 2009, et de manière plus accentuée encore quand ils font partie des contributeurs les plus actifs. De manière concrète, on observe ainsi une diminution de 50 à moins de 25 % pour des jeunes de moins de 22 ans et une augmentation de 25 à plus de 50 % pour les personnes de plus de 31 ans (figure 4.40)<ref name="Perspectives 2018" group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Perspectives de la communauté/Rapport 2018|url=https://web.archive.org/web/20220106085209/https://meta.wikimedia.org/wiki/Community_Insights/2018_Report/fr}}.</ref>. Ceci toujours en tenant compte que les chiffres peuvent fortement varier selon que l'on s'intéresse à une région du monde ou une autre, tandis que la population des développeurs bénévoles semble en général plus jeune que celle des éditeurs (figure 4.41).
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|[[Fichier:Age of Community Audiences for 2018.png|alt=Graphique de répartition des ages des membres de la communauté Wikimédia en fonction de leurs activités et origines|Fig. 4.40. Graphique de répartition des âges des membres de la communauté Wikimédia en fonction de leurs activités et origines (source : https://w.wiki/4Xo8).|vignette|350x350px|centré]]
|[[Fichier:ED17 - Age group activity level.png|vignette|Fig. 4.41. Graphique de répartition des âges chez les contributeurs des projets Wikimédia et comparaison entre personne actives (AE) et très actives (VAE) (source : https://w.wiki/4XoB)|350x350px|centré]]
|}
Toujours en comparant 2009 (figure 4.36 ci-dessus) à 2018 (figure 4.42 ci-dessous), on peut ensuite observer un autre changement significatif au niveau de la proportion des éditeurs en possession d'un diplôme de l'enseignement supérieur. La comparaison permet en effet de constater un passage de 50 % en 2009 à plus de 85 % en 2018<ref name="Perspectives 2018" group="S" />. Ceci alors que le taux de personnes en possession d'un diplôme de primaire a pour sa part chuté d'un peu plus de 10 % en 2009 à seulement 1.5 % en 2018.
[[Fichier:ED20 - Education level of contributors.png|vignette|Fig. 4.42. Schéma de répartition des éditeurs Wikimédia en fonction de leurs niveaux d'éducation (source : https://w.wiki/4XoS)|gauche]]
De ces analyses, nous pouvons donc conclure qu'au niveau des origines géographiques ainsi qu'au regard du genre, la situation n'a que très peu évolué durant les 9 ans qui séparent 2009 et 2018. Ce constat aura ainsi suscité le financement du projet ''Wikipedia Diversity Observatory,'' qui a pour but d'étudier la diversité des contenus et acteurs dans les projets Wikipédia, afin de mettre en évidence les lacunes et proposer des solutions pour combler celles-ci<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikipedia Cultural Diversity Observatory|url=https://web.archive.org/web/20211119184521/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikipedia_Diversity_Observatory}}</ref>. À ceci s'ajouteront ensuite la mise en œuvre d'initiatives prioritaires définies lors de l'élaboration de la stratégie du mouvement adoptée jusqu’en 2030<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Stratégie du mouvement|url=https://web.archive.org/web/20211210130701/https://meta.wikimedia.org/wiki/Movement_Strategy/fr}}</ref>. Parmi celles-ci se trouve le financement des communautés sous-représentées<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Movement Strategy/Funding for Underrepresented Communities|url=https://web.archive.org/web/20211120010724/https://meta.wikimedia.org/wiki/Movement_Strategy/Funding_for_Underrepresented_Communities}}</ref> afin qu'elles puissent combler les contenus manquants<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Movement Strategy/Bridging Content Gaps|url=https://web.archive.org/web/20211120014553/https://meta.wikimedia.org/wiki/Movement_Strategy/Bridging_Content_Gaps}}</ref> et représentatifs de leurs propres cultures<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Movement Strategy/Content Initiatives in Underrepresented Communities|url=https://web.archive.org/web/20211120005749/https://meta.wikimedia.org/wiki/Movement_Strategy/Content_Initiatives_in_Underrepresented_Communities}}</ref>.
Concernant le « vieillissement » de la population des éditeurs, le phénomène ne fut, à ma connaissance, jamais exprimé comme un problème à résoudre au sein du mouvement. On peut effectivement lier ce changement d'âge à celui qui est en cours au niveau de la population humaine et plus spécifiquement à ce qui s'observe dans les pays les plus industrialisés, étant donné qu'en 2019, plus de 50 % des éditeurs Wikimédia résidaient en Europe. Si l'on tient compte ensuite des projections faites de 2015 à 2050 par l'[[w:fr:Organisation mondiale de la santé|OMS]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=OMS|titre=Vieillissement et santé|url=https://www.who.int/fr/news-room/fact-sheets/detail/ageing-and-health}}</ref>, il faudrait alors s'attendre depuis une perspective mondiale à une augmentation de 35 % des plus de 60 ans qui devrait sans nul doute affecter la communauté Wikimédia. Plutôt que de s'en plaindre, le mouvement Wikimédia aura plutôt tendance à réagir positivement en accueillant les « vieux [[w:fr:Enfant du numérique|enfants du numérique]] », par des programmes de formation spécialement destinés aux seniors<ref group="M">{{Lien web|nom1=Vesely|prénom1=Vojtech|titre=When Seniors Write Wikipedia Online|url=https://web.archive.org/web/20211214172007/https://diff.wikimedia.org/2021/12/14/when-seniors-write-wikipedia-online/|site=Diff|date=2021-12-14}}</ref>.
Pour comprendre l'augmentation des diplômes supérieurs, il faut ici tenir compte du fait que le contenu des projets Wikimédia, et spécialement celui de l'encyclopédie, atteint un certain stade de maturité et que son amélioration demande par conséquent des compétences intellectuelles de plus en plus élevées. Il est vrai par contre que beaucoup d'efforts ont été fournis pour faciliter l'édition des projets Wikimédia, avec notamment l'arrivée de l'éditeur visuel qui rend la connaissance du WikiCode facultative, tout en offrant de nombreux paramétrages automatisés. Cependant, dès qu'il faut modifier les choses de manière plus spécifiques ou paramétrer les scripts d'automatisation, la simplicité d'utilisation fait alors place à une complexité plus grande que ce qui existait auparavant, puisqu'elle demande à présent des connaissances en code informatique encore plus poussées.
Alors que nous reparlerons de tous ces aspects techniques indispensables à la compréhension de l'organisation des projets dans [[v:fr:recherche:Imagine un monde/Technique|un prochain chapitre]], il est aussi important avant de clôturer cette section de bien rappeler qu'elle reflète la situation globale du mouvement au travers de certaines tendances. Sur la base d'une autre enquête spécialement dédiée aux habitants du Sud<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia commons|titre=Global South user survey 2014 - Full data report|url=https://web.archive.org/web/20210628055721/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8a/Global_South_User_Survey_2014_-_Full_Analysis_Report.pdf}}</ref>, on voit effectivement apparaître certaines variations spécifiques à ces régions du monde. Dans cet échantillonnage apparaissent ainsi environ 20 % de femmes, dans une population sondée qui est plus jeune et moins diplômée que ce que l'on observe en moyenne dans le mouvement. On s'aperçoit ensuite que l'échantillonnage réalisé au départ des projets très probablement, n'est sans doute pas représentatif des populations du Sud puisqu'on y retrouve de nombreux étudiants, pratiquant l'anglais, disposant d'un smartphone et d'un accès Internet à domicile. Tout ceci sans oublier que chacun des huit pays sondés possède ses propres spécificités et que dans chaque pays du monde, les motivations qui conduisent à éditer les projets Wikimédia peuvent fortement varier d'une personne à l'autre.
=== Motivations des éditeurs ===
[[Fichier:Smic contribution.png|vignette|Fig. 4.43. Copie d'écran d'une boite d'utilisateurs présentant la quantité de travail fournie par un utilisateur et sa contrepartie en valeur monétaire en 2017 au tarif [[w:fr:SMIC|SMIC]] (source : https://w.wiki/4cAQ)]]
Réputés « pointilleux », « tatillons » et « intellectuellement sûrs d'eux »<ref group="T">« ''fussy'' » « ''persnickety'' » and « ''intellectually self-confident'' »</ref> selon [[w:Sue Gardner|Sue Gardner]]<ref group="B">{{Article|auteur1=|nom1=Simonite T|titre=The decline of wikipedia|périodique=Technol Rev Technology Review|volume=116|numéro=6|date=2013|issn=1099-274X|lire en ligne=https://www.technologyreview.com/2013/10/22/175674/the-decline-of-wikipedia/|pages=50-56}}</ref>, la première directrice de la Fondation Wikimédia qui quitta ses fonctions en 2013, les contributeurs les plus actifs, nous l'avons vu, ne sont pas représentatifs de la population mondiale. Certains d'entre eux sont aussi tout à fait conscients de la valeur des travaux qu'ils réalisent à l'intérieur des projets. En témoignera certainement cette boite d'utilisateurs (figure 4.43) trouvée sur la page de présentation d'un contributeur dont le but est de calculer la valeur de ses contributions sur la base du salaire minimum interprofessionnel de croissance ([[w:fr:Salaire minimum interprofessionnel de croissance|SMIC]])<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Utilisateur:Hégésippe Cormier|url=https://web.archive.org/web/20210402212810/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Utilisateur:H%25C3%25A9g%25C3%25A9sippe_Cormier&direction=prev&oldid=155129181}}</ref>.
Faute de rémunération, les éditeurs bénévoles doivent donc bien trouver leurs motivations autre part, alors que les projets Wikimédia sont finalement très divers au niveau de leurs finalités. Ceci alors qu'en général il fut déjà prouvé que les profils de bénévoles dans d'autres sphères de la vie associative extérieures au mouvement peuvent être très variables<ref group="B">{{Article|prénom1=Lionel, Wolff, François-Charles|nom1=Prouteau|titre=Donner son temps : les bénévoles dans la vie associative|périodique=estat Economie et statistique|volume=372|numéro=1|date=2004|issn=0336-1454|pages=3–39}}</ref>. Il serait alors tentant d'établir une typologie telle que d'autres l'ont fait avant moi, dans une recherche uniquement axée sur le projet Wikipédia en français<ref group="B">{{Article|prénom1=Guillaume, Sahut, Gilles|nom1=Carbou|titre=Les désaccords éditoriaux dans Wikipédia comme tensions entre régimes épistémiques|périodique=communication Communication|volume=36/2|numéro=Vol. 36/2|date=2019|issn=1189-3788}}</ref>. Dans celle-ci qui fut principalement basée sur l'observation des conflits entre éditeurs, quatre régimes épistémiques furent mis en évidence : le régime encyclopédiste, le régime wiki, le régime scientifique et le régime du militant.
Hélas, ces catégories me semblent tout à fait insuffisantes pour couvrir l'ensemble des projets Wikimédia. Le régime encyclopédiste, par exemple, ne permet pas de rendre compte d'autres régimes équivalents et forcément présents dans les autres projets éditoriaux. En parallèle à cette catégorie, il faudrait effectivement aussi parler de régime dictionnariste, voyagiste, journalistique, etc. De plus, on pourrait alors tout aussi bien regrouper toutes celles-ci à l'intérieur d'une catégorie unique que l'on pourrait qualifier de régime conformiste. À moins que le terme anti-wiki soit d'un usage plus adéquat, puisque les adeptes du « régime wiki » en font déjà mention sur le site Meta-Wiki<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Anti-wiki/fr|url=https://web.archive.org/web/20201029182107/https://meta.wikimedia.org/wiki/Anti-wiki/fr}}</ref> :
<blockquote>
<small>Paradoxalement, l'anti-wikisme émerge sur plusieurs wikis, généralement porté par des gens ayant peu de vision à long terme, qui tentent de les contrôler et de leur imposer des limites. Ils veulent ainsi faire adopter des attitudes propres aux structures classiques (non wiki), sous prétexte de vouloir « améliorer » le modèle du wiki. Les adeptes de cette approche tentent de transformer la gestion des wikis publics sur lesquels ils interviennent en quelque chose de semblable aux sites web classiques, où seuls quelques éditeurs sont autorisés à modifier le contenu.</small></blockquote>
Le « régime scientifique » semble par contre commun à l'ensemble de projets, et qui se verra sans doute renforcé par une participation toujours plus grande de personnes diplômées de l'enseignement supérieur conformément à cette évolution statistique déjà mentionnée. Ceci alors qu'en 2005 déjà, on parlait de « scientifique wikipédien »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Agence Science-Presse|titre=Le scientifique wikipedien|url=https://www.sciencepresse.qc.ca/archives/2005/cap1912055.html}}</ref>.
Quant aux militants, ils sont bien sûr très nombreux parmi les projets, sauf que leurs motivations peuvent être tellement variées qu'il serait nécessaire, cette fois, d'établir toute une série de sous-catégories. Pensons seulement aux militants de chaque philosophie politique, morale ou scientifique, ainsi qu'aux militants œuvrant pour la cause d'innombrables associations, entreprises, artistes, etc. Alors que toutes ces sous-catégories se regrouperaient autour de modes d'actions partagés, les éditeurs qui en font partie seront aussi les premiers à s'opposer les uns aux autres dès qu'un choix éditorial doit être fait. Puis, il ne faudrait pas non plus mettre de côté les vandales qui, bien que leurs modifications visent à nuire à la qualité des projets, n'en restent pas moins des éditeurs à part entière.
Vouloir classifier les motivations de tous contributeurs wikimédiens, ressemble donc à une tâche soit très hasardeuse, soit extrêmement complexe à réaliser. Heureusement pour nous, les habituelles études quantitatives fournies par la Fondation rendent possible l'observation de certaines tendances partagées en matière de motivation, même si celles-ci ne se fondent que sur des questions préformatées. Au départ des trois graphiques repris ci-dessous, on découvre ainsi qu'il existe un commun désir de partage exprimé par la mission du mouvement. Derrière cet altruisme partagé qui semble devancer les autres motivations jusqu'en 2012 (figures 4.44 & 4.45), apparaissent ensuite d'autres motivations plus personnelles telles que la mise à profit d'une expertise, le plaisir du travail accompli, la sociabilisation, l'apprentissage, etc. autant de motivations qui finiront d'ailleurs par prendre le devant de la scène à partir de 2017 (figure 4.46).
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|[[Fichier:WP_April_2011,_Editor_Survey,_reasons_for_continuing_to_contribute.png|vignette|Fig. 4.44. Représentation graphique d'une enquête sur les motivations des éditeurs et éditrices en avril 2011 (source : https://w.wiki/$qD).|350x350px|centré]]
|[[Fichier:Editor Survey 2012 - What motivates editors most to contribute to Wikipedia.png|vignette|Fig. 4.45. Graphique illustrant les motivations des éditeurs et éditrices, lors d'une enquête réalisée en 2012 (source : https://w.wiki/4VLp)|350x350px|centré]]
|}
[[Fichier:Editor Motivations.pdf|vignette|Fig. 4.46. Graphique de répartition des motivations des éditeurs de Wikipédia en 2017 (source : https://w.wiki/4hai)|350x350px|gauche]]
Afin de compléter ces premières informations, abordons cette fois les choses sous un angle plus qualitatif dans le but d'apporter en même temps certaines nuances à ce qui a été dit, mais également pour découvrir des choses nouvelles qu'il est impossible d'exprimer lorsqu'on se trouve face à une série de questions ciblées. Malheureusement, sur cette piste, les sources en provenance de la Fondation sont beaucoup moins nombreuses alors que paradoxalement il existe dans les projets des millions de pages de conversations produites dans des centaines de langues et projets éditoriaux différents. Tellement de données qualitatives, à vrai dire, qu'il me fut bien impossible en qualité de chercheur isolé et sans une maîtrise suffisante du traitement automatisé du langage naturel, de les sonder dans leur ensemble.
Ceci est la raison pour laquelle les informations qui suivront sont le fruit d'une récolte de témoignages trouvés sur le Net. Ceux-ci proviennent en partie de ce qui m'est apparu comme l'unique étude qualitative produite par la Fondation rencontrée durant mes recherches, d'une série d'interviews publiées par l'association Wikimédia France, et de quelques autres entretiens publiés par des magazines. À commencer d'entrée de jeux, par cette première conviction récoltée chez de [[w:fr:Justin Knapp|Justin Knapp]] le premier contributeur du projet Wikipédia en anglais à avoir atteint le million d'éditions<ref name="contributeur" group="M" /> :
<blockquote>
<small>Tout le monde devrait travailler pour quelque chose sans être rémunéré. Quand on a du temps libre, il ne faut pas mal le dépenser. La plupart du boulot que je fais est utile. La récompense est le fait de travailler dessus. C’est un travail d’amour</small>
</blockquote>
Pour compléter ce premier témoignage, on peut ensuite visionner ces trois vidéos (vidéo 4.4, 4.5 et 4.6)<ref group="V">{{Lien web|auteur1=Jelly Helm, Noah Stanik, Reed Harkness, Sarah Marcus, Matt Carey|prénom1=Jelly Helm, Noah Stanik, Reed Harkness, Sarah Marcus, Matt Carey|titre=Nice People September 2010 Wikipedia Videos|url=https://web.archive.org/web/20151228230923/https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:September_2010_Wikipedia_Videos|site=Wikimedia Commons|date=2010-09-22}}</ref> produites par la Fondation en 2010 lors d'une campagne qui cherchait précisément, à rendre visibles les multiples motivations des éditeurs de Wikipédia. Une des qualités de ces vidéos, sans doute un peu forcée pour la cause, est de mettre en évidence la grande diversité socioculturelle des contributeurs au projet.
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|[[Fichier:Edit Button.ogv|[[Fichier:Qr code Edit Button.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/bc/Edit_Button.ogv]]Vid. 4.4. Témoignages de Wikipédiens au sujet de leurs motivations (source : https://w.wiki/4VNw).|vignette|centré|200x200px]]
|[[Fichier:Nice People MEDIUM.ogv|[[Fichier:Qr Nice People MEDIUM.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ea/Nice_People_MEDIUM.ogv]]Vid. 4.5. Témoignages de Wikipédiens au sujet de leurs motivations (source : https://w.wiki/4VNv).|vignette|centré|200x200px]]
|[[Fichier:Great Feeling.ogv|[[Fichier:Qr code Great Feeling.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8b/Great_Feeling.ogv]]Vid. 4.6. Témoignages de Wikipédiens au sujet de leurs motivations (source : https://w.wiki/4VNx).|vignette|centré|200x200px]]
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En avril 2020, j'ai aussi découvert des témoignages intéressants en parcourant certaines vidéos produites par la communauté Wikimédia durant la première période de confinement. Une des sessions de vidéos conférences réalisées en streaming sur Twitch.tv et intitulées « Découverte des coulisses de Wikipédia »<ref group="V">{{Lien web|auteur1=Nattes à chat, .Anja., Trizek, Jules*|titre=Découverte des coulisses de Wikipédia ! Vidéo Twitch par le projet Aide et accueil.|date=2020-04-04|url=https://commons.wikimedia.org/wiki/File:D%C3%A9couverte_des_coulisses_de_Wikip%C3%A9dia_!.webm|site=Wikimedia Commons}}</ref> a particulièrement retenu mon attention. Dans la bande sonore que j'ai extraite de son enregistrement (Audio 4.1), deux contributeurs et une contributrice répondent à la question « pourquoi contribuer ? ». La réponse apportée par la contributrice en fin d'enregistrement, offre une très belle illustration de ce que Léo Joubert décrit lors de son entretien avec Wikimédia France<ref name="Gerbet" group="M" />, déjà cité précédemment :
[[Fichier:Extrait Twitch.ogg|vignette|[[Fichier:QR_code_File-Extrait_Twitch.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Extrait_Twitch.oggh]]Aud. 4.1. Extrait sonore de la vidéo de « Découverte des coulisses de Wikipédia » (source : https://w.wiki/4cEx).]]
<blockquote>
<small>« Pour moi, les wikipédiens ont été capables de se mettre d’accord sur des règles qui cadraient leur désaccord. Puisqu’on est d’accord ce sur quoi on n’est pas d’accord, on peut enclencher des dynamiques de conflits très puissantes qui s’avèrent paradoxalement intégratrices. Beaucoup des contributeurs que j’ai interrogés disaient par exemple être passionnés par le conflit au début de leur carrière, puis ont ensuite pris leur distance pour mener une activité plus calme et cadrée par un rôle bien défini. On aura donc toujours des conflits, mais on aura des dynamiques intégratrices qui répondent à ces conflits. Voilà ce que j’ai voulu formuler avec mes recherches sur Wikipédia : l’idée que le conflit ne s’oppose pas à l’intégration mais que ces deux termes sont en interaction très complexe. »</small>
</blockquote>
Parmi les sources textuelles disponibles dans les projets Wikimédia, il existe aussi de nombreuses conversations entre contributeurs qui porteront précisément sur leurs motivations et les raisons pour lesquelles ils contribuent. Certaines peuvent avoir lieu dans des espaces de discussion partagés, tel que l'espace de discussion principale de Wikipédia, que l'on nomme le Bistro, d'autres lors de dialogues prenant place sur la page de discussion d'un des deux interlocuteurs. Voici deux exemples se rapportant à la même contributrice, qui répond au pseudonyme de [[Utilisateur:Manacore|Manacore]] et dont nous reparlerons dans une prochaine section de ce chapitre :
Sur le bistro de Wikipédia<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Wikipédia:Le Bistro/20 janvier 2019|url=https://web.archive.org/web/20210530114228/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Le_Bistro/20_janvier_2019#Augmentations_des_dons_et_baisse_des_contributions_%25C3%25A0_Wikip%25C3%25A9dia}}</ref> :
<blockquote>
<small>[...] l'une des motivations, pour les accro, est que wp [Wikipédia] réunit, de leur point de vue, deux éléments qui vont rarement de pair : l'utile et l'agréable. Contribuer, c'est utile, surtout pour les autres mais aussi un peu pour soi-même ; et c'est agréable pour soi-même - les autres passent alors au second plan, on est déjà tellement drogué à wp qu'on ne se pose même plus la question {{malin}}. Et puis une drogue en chasse une autre : grâce à wp je me suis désintoxiquée des séries policières de la TV. Maintenant je suis ''normale'' {{désespoir}}.</small>
</blockquote>
Sur la page de discussion du contributeur [[Utilisateur:Alginatus|Alginatus]] située dans le projet Wikiversité<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Discussion utilisateur:Alginatus|url=https://web.archive.org/web/20201025002702/https://fr.wikiversity.org/wiki/Discussion_utilisateur:Alginatus|date=}}</ref> :
<blockquote>
<small>Cela a dû vous arriver comme à moi : des gens IRL qui évoquent un sujet relativement pointu et qui ne font que réciter l'article wp correspondant. La situation devient encore plus savoureuse lorsqu'on est le principal contributeur de l'article ;-). D'où l'intérêt d'avoir un pseudo et de ne surtout pas le dévoiler IRL, d'ailleurs. D'où l'intérêt, aussi, de continuer, pour enrichir le projet mais aussi pour freiner les velléités de ceux qui l'utilisent à des fins de propagande. Un jour sans doute je m'en lasserai comme vous, mais pour l'instant je crois encore à l'utilité de contribuer. Et puis on y croise des personnalités fort intéressantes - comme cet ancien admin qui connaît si bien l'histoire du 20e siècle et de la Shoah, et qui sait faire preuve d'une telle efficacité devant les tentatives d'enfumage.</small>
</blockquote>
En consultant le contenu des projets les plus actifs, il est ensuite possible d'y trouver des entretiens réalisés par des journaux produits par et pour les wikimédiens. C'est entre autres le cas du journal ''Wikimag'' qui a déjà publié plus de 70 entretiens<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Catégorie:Wikimag Entretien|url=https://web.archive.org/web/20211119141035/https://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Wikimag_Entretien}}</ref> entre des Wikipédiens qui se portent candidat pour tenter l'expérience<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Wikimag/Entretien/Inscription|url=https://web.archive.org/web/20211222191138/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Wikimag/Entretien/Inscription}}</ref>. En signalant l'existence de ces entretiens, j'invite donc ceux qui le désirent de les parcourir avec espoir de récolter d'éventuelles informations complémentaires à mes propos. Pour ma part et afin d'éviter de m'éterniser dans cette section, je me limite ici à reprendre ci-dessous quelques passages de l'interview de [[w:fr:Utilisateur:Cantons-de-l'Est|Cantons-de-l'Est]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Wikimag/2014/5/Entretien|url=https://web.archive.org/web/20211228020731/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Wikimag/2014/5/Entretien}}</ref>. Il est le créateur d'un autre hebdomadaire intitulé ''[[w:fr:Wikipédia:Regard sur l'actualité de la Wikimedia|Regard sur l'actualité de la Wikimedia]]''<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Regards sur l'actualité de la Wikimedia|url=https://web.archive.org/web/20220414104222/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Regards_sur_l%27actualit%C3%A9_de_la_Wikimedia}}</ref> (véritable mine d'or en matière d'informations sur le mouvement Wikimédia) et se dit atteint de « Wikipédiholisme »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Wikipédiholisme|url=https://web.archive.org/web/20211020191727/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Wikip%C3%A9diholisme}}</ref> avéré suite à un test humoristique créé par la communauté pour situer à quel point on se surinvestit dans le projet Wikipédia.
<blockquote>
<small>[...] Ça remonte à mars 2005, je parcourais [[w:fr:Slashdot|''Slashdot'']] pour me délasser d'une longue journée de travail. Dans l'une des entrées, on a mentionné la Wikipédia en anglais (déjà en ligne depuis quatre ans). Je suis allé faire un tour. J'ai remarqué qu'un article sur A. E. van Vogt existait aussi dans la Wikipédia en français. J'ai débarqué ici sans trop savoir ce qui m'attendait. J'ai corrigé une faute d'orthographe (qui ne le fait pas ?). Il était trop tard, mon petit doigt était engagé dans la machine Wikipédia. [...] J'ai rencontré des wikipédiens en vrai et, je crois, ils ne jugent pas que je vois Wikipédia partout. Mais, ce sont des accros, alors leur avis est biaisé. [...] Cependant, jamais, au grand jamais, je ne laisserai Wikipédia miner ma sérénité. Certains y verront de la lâcheté. Oui. Wikipédia est un jeu. Et doit le rester.</small>
</blockquote>
De nombreux autres témoignages furent aussi recueillis à l'extérieur des projets, par la Fondation ou des organisations affiliées au mouvement telles que Wikimédia France, qui publia un jour sur son blog une série de mes réponses lors d'un entretien portant sur le projet Wikiversité<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Sylvain Boissel|titre=La Wikiversité francophone, un contenu pédagogique ouvert à tous|url=https://web.archive.org/web/20190617200744/https://www.wikimedia.fr/2016/03/14/wikiversite-francophone-contenu-pedagogique-ouvert-a-tous/|site=Wikimédia France|date=14 mars 2016}}</ref>. Il n'est pas rare non plus de trouver d'autres entretiens dans des magazines et journaux externes au mouvement. Pour exemples nous avons le témoignage de [[Utilisateur:Simon Villeneuve|Simon Villeneuve]], un professeur de science dans le Chicoutimi qualifié de « champion québécois de Wikipédia » par la revue ''L'actualité'' et interrogé par le journal ''Le quotidien numérique''<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Mélanie Côté|titre=[MATIÈRE À RÉFLEXION] Wikipédia, l’éléphant dans la pièce|url=https://web.archive.org/web/20211228022242/https://www.lequotidien.com/2020/09/25/matiere-a-reflexion-wikipedia-lelephant-dans-la-piece-191ebc2980382d08946d7c29fae18c63|site=Le Quotidien|date=2020-09-25}}</ref>, ou encore, cette « rencontre avec les petites mains anonymes qui font Wikipédia »<ref name="Tual" group="M" /> organisée par le journal ''Le Monde'' et dont voici quelques extraits :
<blockquote>
<small>« Âgé de 64 ans, retraité après une carrière de directeur de travaux, [[w:fr:utilisateur:Kikuyu3|Kikuyu3]] a plongé dans Wikipédia en 2008 grâce à sa passion pour l’astronomie et n’en est jamais sorti. " ''Je m’endors et je me réveille avec Wikipédia'' ", sourit celui qui se demandait à l’époque ce qu’il allait faire de sa retraite. Une dizaine de milliers de contributions plus tard, la réponse est dans ce projet à l’ampleur inédite :</small>
<small>« Wikipédia est fait par des gens dans le monde entier, qui ne se connaissent pas, qui sont parfois totalement opposés sur le plan social, politique et religieux, et qui se mettent d’accord pour partager des connaissances. Personnellement, je n’ai pas le bac. J’ai vécu toute ma vie avec un complexe par rapport aux diplômés. Mais Wikipédia ne vous demande pas si vous avez un diplôme, les contributions des gens sont jugées sur la qualité de leurs arguments. »</small><ref name="Tual" group="M">{{Lien web|auteur1=Morgane Tual|titre=Rencontre avec les petites mains anonymes qui font Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20160202215112/http://www.lemonde.fr/pixels/article/2016/01/15/rencontre-avec-les-petites-mains-anonymes-qui-font-wikipedia_4847756_4408996.html|lieu=Le Monde|date=15 janvier 2016}}</ref>
</blockquote>
Et voici un autre témoignage de [[w:fr:utilisateur:Tsaag Valren|Tsaag Valren]], une contributrice déjà rencontrée dans une vidéo présentée précédemment (vidéo 4.5)
<blockquote>
<small>Mon parcours de contributrice est étroitement lié à ce syndrome d’Asperger. J’ai commencé à contribuer sur Wikipédia fin 2007, alors que je sortais d’une période noire. Écrire des” ''trucs''” sur Wikipédia, ça me calmait. C’est un peu comme retrouver un espace familier où les paramètres vous sont connus, alors que ” ''la vie de tous les jours ”'' n’est qu’un chaos dont on ne comprend ni la finalité, ni les règles. (…) Wikipédia offre l’espace parfait pour quelqu’un comme moi : on peut apprendre et écrire sur ce qui nous passionne, on n’est pas obligé d’avoir des relations sociales, on peut être apprécié et même admiré pour nos compétences.</small><ref name="Tual" group="M" />
</blockquote>
Suite à tous ces témoignages, il semblerait donc que devenir contributeur aux projets Wikimédia, voir accro, n'est pas une entreprise qui s'anticipe réellement. Mais ceci étant dit, je n'affirmerais pas pour autant que toutes les personnes qui se prêtent au jeu finissent par tomber dans le piège du Wikipédiholiisme. Ma propre expérience et ma désillusion apparue d'entrée de jeu est effectivement un souvenir que je partage avec de nombreuses autres personnes. En combinant celles-ci aux commentaires que je viens de fournir, un conseil que je pourrais donc prodiguer serait de faire son entrée progressivement de telle sorte à bien comprendre les règles du « jeu », afin d'éviter de se retrouver frustré dès la première expérience. Ensuite, et même si ces précautions sont mises en œuvre, il faut bien reconnaître que l'amélioration des projets Wikimédia n'est pas une activité qui peut convenir à tous. C'est d'ailleurs ce dont témoigne un contributeur avec qui j'ai pu discuter du mouvement à de nombreuses reprises<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Le Bistro/14 novembre 2021|url=https://web.archive.org/web/20211118152534/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Le_Bistro/14_novembre_2021|autuer=}}</ref>.
<blockquote>
<small>"Inciter" ou "Aller chercher" les contributeurs parait vraiment très difficile. J'ai l'impression qu'il faut avoir fondamentalement "le profil", mais si on ne l'a pas, pas moyen de le donner artificiellement à quelqu'un. J'ai essayé "d'inciter" une dizaine de personnes, toutes très capables de contribuer, avec un "parrain gratuit" en prime, mais rien à faire : quand cela n'accroche pas, ça n'accroche pas. Et il n'y a même pas de profil type, on ne peut pas savoir à l'avance si cela va accrocher ou non, c'est très multifactoriel. Les contributeurs doivent trouver leur chemin vers WP tout seul et je pense que si on a "le profil", on finit toujours par le trouver, on est attiré instinctivement. [[Utilisateur:Jean-Christophe BENOIST|Jean-Christophe BENOIST]] (discuter) 15 novembre 2021 à 14:37 (CET)</small>
</blockquote>
Enfin, et c'est là une chose qu'il faut toujours garder à l'esprit lorsqu'on observe le mouvement, c'est qu'il ne faut jamais se limiter au projet Wikipédia, car chaque projet à sa propre mission éducative et ses propres règles de fonctionnement, dont découlent alors d'autres ambiances communautaires et d'autres motivations. Voici donc pour compléter le tableau, d'autres témoignages en provenance d'éditeurs actifs dans les projets frères de Wikipédia, à commencer par Wikisource qui à l'occasion de la célébration des 20 ans d’existence du projet, avait demandé à ses utilisateurs : « Comment êtes-vous arrivé pour la première fois sur Wikisource ? ». Une question à laquelle Zyephyrus répondit ceci<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikisource|titre=Wikisource:Tenth Birthday/Interview/fr|url=https://web.archive.org/web/20211027003125/https://wikisource.org/wiki/Wikisource:Tenth_Birthday/Interview/fr}}</ref> :<blockquote><small>Par hasard, séduction immédiate, proverbe Si tu veux être heureux toute ta vie fais-toi un jardin, je me disais qu’avec la retraite il était temps de s’y mettre mais je ne m’en sentais ni la capacité ni vraiment l’envie : mais dès que j’ai pénétré dans Wikisource j’ai senti que j’avais trouvé un « jardin » à la mesure de mes rêves.</small></blockquote>Tandis que sur sa page d'utilisateur, Ernest-Mtl nous confie ceci<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikisource|titre=Utilisateur:Ernest-Mtl|url=https://web.archive.org/web/20211022000938/https://fr.wikisource.org/wiki/Utilisateur:Ernest-Mtl|date=}}</ref> :<blockquote>
<small>Avec les années, l’élitisme au sein de la littérature a pris une ampleur incroyable. Si vous n’êtes pas de la caste des Hugo, de Balzac et autres ''grands'' (mais selon qui ?) auteurs, leurs efforts littéraires se veulent relégués aux oubliettes, enfouis sous des tonnes de poussières et leurs auteurs, dont les noms souvent ne figurent même pas dans les catalogues, leurs œuvres n’y sont pas listées et les années ont presque effacé les quelques pages pondues ici et là, dans des feuilletons, dans les colonnes des journaux, appelés à une consommation rapide pour ensuite servir d’allume-feu dans le poêle ou l’âtre.</small>
<small>Wikisource est pour moi l’endroit idéal pour faire revivre cette littérature que certains boudent et se plaisent à appeler ''populaire'', la dénigrent ou tout simplement ne lui accordent aucune valeur. Qui sommes-nous en tant qu’être humains en 2018 pour oser décider si un écrit a de la valeur ou non ? La populace a eu sa vengeance sur la royauté… il est temps aujourd’hui que ces petits auteurs soient vengés contre ces auteurs de grands classiques qui ne sont ni plus ni moins que des ouvrages imbus et survalorisés par une poignée d’universitaires qui s’octroient le droit de juger et détruire l’essence même de ce qu’est la littérature…</small>
</blockquote>
Au sein de la galaxie Wikimédia, nous voyons donc que certaines motivations ne pourront se développer que dans un seul endroit, et c'est là une des raisons pour lesquelles, sans doute, certaines personnes en arrivent à déserter l'encyclopédie après avoir trouvé plus de satisfaction dans un autre projet. Comme en attestent les quatre prochains témoignages récoltés ci-dessous, tel fut le cas de bon nombre de membres de la communauté du projet Wikiversité en français, et d'autres contributeurs actifs cette fois dans les projets Wikivoyage et Wikimedia commons :
<blockquote>
<small>Avant de venir sur la Wikiversité, j'étais sur Wikipédia sur lequel je ne vais que très rarement, sauf pour retourner voir ma liste de suivi.<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Utilisateur:Crochet.david|url=https://web.archive.org/web/20211118221303/https://fr.wikiversity.org/wiki/Utilisateur:Crochet.david}}</ref></small>
</blockquote>
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<small>Je dois une reconnaissance éternelle à Wikiversity, le fleuron (peut-être pour moi seul) de Wikimedia. Ancien de Wikipedia, j’ai pu constater combien il était difficile, impossible d'ailleurs, de rendre impartiaux, objectifs, les sujets les plus sensibles, les plus délicats à traiter, les plus vitaux donc, pour l’Homme. Très occupé, je ne peux contribuer ici autant que je le voudrais.</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Utilisateur:EclairEnZ|url=https://web.archive.org/web/20211119143229/https://fr.wikiversity.org/wiki/Utilisateur:EclairEnZ}}</ref>
</blockquote>
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<small>Lecteur de Wikipédia depuis mes 6-7 ans et contributeur à l'encyclopédie depuis 2017, je découvre Wikiversité par le biais de l'encart « Projets frères ». Croyant d'abord que le contenu se limite aux études supérieures, je passe mon chemin. Un peu plus tard, je décide d'explorer le site, et prends conscience qu'il n'en est rien. En mars 2020, le confinement est annoncé, je dois désormais étudier à domicile. J'entends parler du CNED et... rien d'autre. Je me souviens : et Wikiversité alors ? Je fais ma première contribution le [[Spécial:Diff/801993|14 avril 2020]], mais le manque d'accessibilité de l'aide à la création de page me rebute bien vite. S'ensuit une longue période de latence pendant laquelle j'épluche la documentation, j'essaie de comprendre tant bien que mal la structure du site. Le [[Spécial:Diff/821120|11 décembre]], je contribue pour la première fois avec mon compte. La suite se résume en peu de mots : le 20 février 2021, je passe la barre des 1 000 modifications, et le 4 avril, je suis [[Wikiversité:Administrateur/Candidature/Hérisson grognon|« élu » administrateur]].</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Utilisateur:Hérisson grognon|url=https://web.archive.org/web/20220111153328/https://fr.wikiversity.org/wiki/Utilisateur:H%C3%A9risson_grognon}}</ref></blockquote>
<blockquote>
<small>Bonjour, je suis [[voy:user:Fabimaru|Fabimaru]], et j'aime voyager. Je fais partie du groupe des administrateurs, ce qui veut dire en pratique que j'effectue quelques tâches administratives demandées par d'autres utilisateurs (surtout des suppressions de page pour cause de vandalisme), ou de ma propre initiative pour les mêmes raisons. À part ça, je suis un contributeur lambda. Je bricole çà et là, je traduis principalement des pages anglophones sur le Japon, mais ne vous attendez pas à la moindre réactivité sur tout autre sujet.</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikivoyage|titre=Utilisateur:Fabimaru|url=https://web.archive.org/web/20210727165628/https://fr.wikivoyage.org/wiki/Utilisateur:Fabimaru}}</ref>
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<small>J'ai quitté la Wikipédia néerlandaise pour venir ici, car je pense que nous (les communautés Wikimedia) devrions avoir un dépôt central pour les images libres. J'essaie d'améliorer Commons en ajoutant plus d'images libres. Je déplace les images d'autres Wikipédia vers ici ou je fais des téléchargements par lots. Je suis responsable de plus de 4 millions de téléchargements.</small>
<small>Rendre Commons plus accessible est une autre chose sur laquelle j'aime travailler. Par exemple, en catégorisant les images, en rendant les modèles disponibles dans de nombreuses langues ou en ajoutant des liens vers Commons sur Wikipédia. J'utilise quelques robots pour m'aider et aider les autres ici à Commons. Je déteste quand des images dans le cadre de Commons sont supprimées, mais je supprime les violations de droits d'auteur à vue<ref group="T">''I moved over here from the Dutch Wikipedia because I believe we (the Wikimedia communities) should have one central repository for free images. I try to improve Commons by adding more free images. I either move images from other Wikipedia's to here or do batch uploads. I am responsible for over 4 million uploads.''
''Making Commons more accessible is another thing I like to work on. For example by getting images categorized, by making templates available in a lot of languages or by adding links to Commons at Wikipedia. I operate a couple of bots to help me and others here at Commons. I hate it when images within the scope of Commons get deleted, but I delete copyright violations on sight.''</ref></small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Commons|titre=User:Multichill|url=https://web.archive.org/web/20211116105026/https://commons.wikimedia.org/wiki/User:Multichill}}</ref>
</blockquote>
À chaque projet, correspondent donc certaines motivations spécifiques, qui de plus peuvent aussi varier fortement selon les caractères et envies des participants. En témoigneront ces autres commentaires trouvés sur d'autres pages de présentations de divers projets.
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<small>Ma participation première à ce projet avait pour but général d’enrichir mon vocabulaire. En effet, et même si mon chat s’en fout, je suis écrivain amateur à mes heures perdues. Vous pouvez d’ailleurs retrouver mes quelques textes publiés sur ce blog. Et puis voilà, je suis coincé dessus... Aussi, actuellement je suis sur ce projet pour "faire" (il y a tant…), pour faire vivre et pour l’ouvrir encore et encore à tous ceux qui peuvent.</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wiktionnaire|titre=Utilisateur:Lyokoï|url=https://web.archive.org/web/20211117012134/https://fr.wiktionary.org/wiki/Utilisateur:Lyoko%C3%AF}}</ref>
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<small>J'ai accepté de devenir administrateur sur Wikilivres, sur proposition de mes pairs. Participer à cette belle aventure que nous propose la Fondation Wikimédia, c'est agir pour mettre le savoir à la disposition de tous et refuser qu'il soit confisqué par les puissances financières pour devenir une marchandise. C'est donc, avant tout, un acte politique<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikilivres|titre=Utilisateur:Jean-Jacques MILAN|url=https://web.archive.org/web/20210827230819/https://fr.wikibooks.org/wiki/Utilisateur:Jean-Jacques_MILAN}}</ref>.</small> </blockquote>
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<small>Je suis arrivé le 2 novembre 2012 sur Wikinews et souhaite pouvoir apporter des informations utiles. Je compte faire des articles qui me viennent à l'idée en regardant sur Internet. Sinon je fais aussi de la maintenance (catégories, interwikis, wikification, portails)<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikinews|titre=Utilisateur:Rome2|url=https://web.archive.org/web/20211118013229/https://fr.wikinews.org/wiki/Utilisateur:Rome2}}</ref>.</small>
</blockquote>
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<small>Bonjour. Vous vous trouvez actuellement sur ma page personnelle de contributeur à Wikiquote. Je contribue principalement sur la Wikipédia en français, mais il m'arrive de venir donner un coup de main ici<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiquote|titre=Utilisateur:Eunostos|url=https://web.archive.org/web/20211021211624/https://fr.wikiquote.org/wiki/Utilisateur:Eunostos}}</ref>.</small>
</blockquote>
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<small>Comme contributeur de Wikidata, j'écris ou modifie d'habitude des entités liées à la technologie. Je suis un administrateur ici (vérifier) qui supprime principalement les duplicatas et nettoie le site des vandalismes ou des bacs à sable. J'ai un compte alternatif Jasper Deng (alternate) (discussion • contributions • journaux) que je peux utiliser pour l'expérimentation ou la securité<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikidata|titre=User:Jasper Deng|url=https://web.archive.org/web/20211030012814/https://www.wikidata.org/wiki/User:Jasper_Deng}}</ref>.</small></blockquote>
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<small>Ma première modification de Wikispecies a été faite le 29 mai 2005, lorsque j'ai créé la page utilisateur que vous lisez en ce moment. C'était exactement deux mois après ma toute première modification Wikimedia, le 29 mars de la même année, lorsque j'ai créé la page Nothobranchius sur la Wikipédia suédoise. Treize ans plus tard (30 août 2018), j'ai créé la page Danio tinwini de Wikispecies, qui constitue également ma 100 000e contribution à la communauté. Le 30 mai 2021, j'ai effectué ma 100 000e modification sur Wikidata, à propos du magazine allemand Tropical Fish Hobbyist<ref group="T">''My first edit to Wikispecies was made back in May 29, 2005 when I created the user page you're reading right now. That was exactly two months after my very first Wikimedia edit in March 29 the same year, when I created the page Nothobranchius at the Swedish Wikipedia. Thirteen years later (August 30, 2018) I created the Wikispecies page Danio tinwini which also constitutes as my 100,000th contribution to the community. In May 30, 2021 I made my 100,000th edit to Wikidata, about the German magazine Tropical Fish Hobbyist.''</ref><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikispecies|titre=User:Tommy Kronkvist|url=https://web.archive.org/web/20211121095618/https://species.wikimedia.org/wiki/User:Tommy_Kronkvist}}</ref>.</small>
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<small>Je suis un administrateur et bureaucrate de l'Incubateur depuis 2011. Bien que j'édite rarement ici, je travaille en coulisses pour l'avenir de ce wiki, en mettant en œuvre de nouveaux changements pour que l'expérience des utilisateurs soit bien meilleure. Si vous souhaitez que quelque chose soit implémenté, veuillez ajouter une demande sur le portail communautaire ou sur la page d'idées du futur Incubateur<ref group="T">''I am an Incubator administrator and bureaucrat since 2011. While I rarely edit here, I work behind the scenes for the future of this wiki, implementing new changes so that the experience of users would be much better. If you want something implemented, please add a request to the community portal or to the Incubator future's ideas page.''</ref><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Incubator|titre=User:Hydriz|url=https://web.archive.org/web/20211103232738/https://incubator.wikimedia.org/wiki/User:Hydriz}}</ref>.</small>
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<small>Intérêts actuels sur MediaWiki</small>
<small>Améliorer la convivialité de Wikimedia Commons (Vous voulez aider ? Voir /Mentoring/Wikimedia Commons projects.)</small>
<small>Interopérabilité avec d'autres solutions ou infrastructures de signature unique<ref group="T">''MediaWiki current interests :''
''Improve Wikimedia Commons usability (Do you want to help? See /Mentoring/Wikimedia Commons projects.)''
''Interoperability with other single sign on solutions or infrastructure''</ref><ref group="S">{{Lien web|auteur1=MediaWiki|titre=User:Dereckson|url=https://web.archive.org/web/20211030224220/https://www.mediawiki.org/wiki/User:Dereckson}}</ref>.</small>
</blockquote>
Puisque les motivations peuvent être diverses chez un seul individu, rien n'empêche alors cette personne de s'impliquer dans de multiples projets au moment où elle découvre ce qui se passe en dehors de Wikipédia. Pour ceux et celles qui pratiquent suffisamment l'anglais écrit, le choix devient alors plus vaste, et il n'est pas rare dans ce cas de les rencontrer sur le projet Meta-Wiki où il est d'ailleurs possible d'éditer une page de présentation qui sera affichée sur tous les autres projets si elle n'y existe pas encore. Un système bien pratique pour économiser du temps d'édition qui fut adopté par deux éditeurs dont les témoignages sont repris ci-dessous.
<blockquote>
<small>Actif depuis 2003, avec la rédaction d'articles, la prise de photos, la résolution de problèmes dans les modèles et d'autres travaux de maintenance sur plusieurs wikis. Je joue souvent le rôle de dépanneur et d'expert en modèles pour faciliter la contribution des gens aux wikis.</small>
<small>Un autre point d'intérêt est d'améliorer la communication entre la Fondation Wikimédia, les chapitres Wikimédia et le mouvement Wikimédia mondial vers les volontaires locaux et les retours<ref group="T">''Active since 2003, with writing articles, taking pictures, fixing problems in templates and other maintenance on several wikis. I often serve as trouble shooter and template expert to make wikis easier for people to contribute to.''
''Another point of interest is to get the communication improved between the Wikimedia Foundation, Wikimedia chapters, and the worldwide Wikimedia movement towards the local volunteers and backwards.''</ref><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=User:Romaine|url=https://web.archive.org/web/20211123071852/https://meta.wikimedia.org/wiki/User:Romaine}}</ref>.</small>
</blockquote>
<blockquote>
<small>Bonjour, je suis Hasley, un amoureux de Beethoven, utilisateur pingouin et contributeur bénévole de Wikimedia. J'ai commencé à éditer sur la Wikipédia espagnole fin 2016 et je suis devenu administrateur et bureaucrate quelques années plus tard, suite à une demande d'admission réussie (89/2).</small>
<small>Au milieu de l'année 2019, j'ai commencé à étendre mes activités à d'autres projets Wikimedia. Par la suite, j'ai été élu en tant qu'administrateur sur Wikidata. Je suis actif sur d'autres projets, tels que la Wikiversité anglaise, Meta-Wiki, et Wikimedia Commons. Je suis également membre de la Small Wiki Monitoring Team, qui s'occupe quotidiennement du vandalisme et du spam entre les wikis. Vous pouvez me trouver sur translatewiki.net de temps en temps<ref group="T">''Hello, I am Hasley, a Beethoven-lover, penguin-powered user and volunteer Wikimedia contributor. I started editing to the Spanish Wikipedia in late 2016 and became an administrator and bureaucrat a few years later, following a successful request for adminship (89/2).''
''Mid-way through 2019 I started to expand my activities across more Wikimedia projects. Subsequently, I was elected as an administrator on Wikidata. I am active on other projects, such as the English Wikiversity, Meta-Wiki, and Wikimedia Commons. I am also a Small Wiki Monitoring Team member dealing with cross-wiki vandalism and spam on a daily basis. You may find me on translatewiki.net occasionally.''</ref><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=User:Hasley|url=https://web.archive.org/web/20211117130417/https://meta.wikimedia.org/wiki/User:Hasley}}</ref>.</small>
</blockquote>
Finalement donc et quoi qu'il en soit, être contributeur actif dans les projets Wikimédia demandera toujours de bénéficier d'un certain temps libre, une chose dont tout le monde ne dispose pas forcément. Ensuite, il faut nécessairement avoir le goût de l'écriture dès que l'on veut créer ou améliorer des articles, ou celui de la technique, si l'on choisit de s'investir dans la maintenance des projets, ou encore de la photo, du son ou de la vidéo, dans le cadre plus spécifique du projet Wikimedia commons. Ensuite, et dans tous les cas, il faut encore faire preuve d'une certaine endurance dans l'usage d'un ordinateur de bureau et d'une certaine patience pour s’accommoder des règles produites par les communautés d'éditeurs. Autant d’exigences donc, qui avant même de prétendre à une quelconque gratification, auront déjà découragé bon nombre de candidats. Quant à la question de s'adapter à un environnement et à des règles produites durant une période pouvant varier d'une quinzaine à une vingtaine d'années, c'est là souvent une dernière épreuve qui pourra s'avérer fatale, et qui sera la source d'une certaine diaspora vers d'autres lieux internes ou externes au mouvement.
===Départ, migration et diaspora===
Tout le monde ne trouve pas forcément sa place dans le mouvement Wikimédia ni à l'intérieur de ses projets, alors que d'autres finissent par quitter le mouvement après y avoir rencontré certaines frustrations. On compte plus d'une centaine de personnes ayant déclaré leur départ sur la page dédiée de Wikipédia en français<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Catégorie:Utilisateur s'étant retiré de Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20211220175432/https://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Utilisateur_s%27%C3%A9tant_retir%C3%A9_de_Wikip%C3%A9dia}}</ref>. Comme cela sera vu plus en détail dans d'autres chapitres, certains éditeurs pourtant très motivés ont quitté le projet Wikipédia dès qu'il fut question d'y récolter de l'argent, d'autres l'ont fait en réaction à des choix éditoriaux votés par la communauté, ou par désaccord avec d'autres décisions liées à des positions politiques. En vérité, il y a sans doute autant de raisons de quitter le mouvement ou un projet éditorial qu'il y a de raisons d'y rester, et l'idée de claquer la porte, je l'avoue, m'est venue plus d'une fois à l'esprit. J'ai même à un moment demandé, comme d'autres, que mon accès soit bloqué en écriture de manière à pouvoir prendre un peu de recul<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Différences entre les versions de « Wikipédia:Requête aux administrateurs »|url=https://web.archive.org/web/20220202020632/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Wikip%25C3%25A9dia:Requ%25C3%25AAte_aux_administrateurs&diff=prev&oldid=123969243&diffmode=source}}</ref>.
Des conflits interpersonnels peuvent aussi surgir facilement au sein des projets entre des personnes qui ne partagent par les mêmes façons de penser. Il n'est d'ailleurs par rare que cela arrive entre administrateurs d'un même projet. Dans le meilleur des cas les choses finissent par s'aplanir, dans une situation plus regrettable, cela amène le départ d'un contributeur, et dans une situation extrême, les conflits peuvent aboutir au [[w:fr:Catégorie:Utilisateur banni|bannissement du projet]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Catégorie:Utilisateur banni|url=https://web.archive.org/web/20201206085157/https://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Utilisateur_banni|date=}}</ref>. C'est là une décision extrême, qui fait toujours suite à de nombreux blocages temporaires pour non-respect des règles communautaires, et bien souvent celles qui concernent le [[w:fr:Wikipédia:Règles de savoir-vivre|savoir-vivre]], un principe fondateur adopté dans tous projets Wikimedia<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Règles de savoir-vivre|url=https://web.archive.org/web/20210817205719/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:R%C3%A8gles_de_savoir-vivre|date=}}</ref> au travers des conditions d'utilisation mises en place par la Fondation<ref group="S" name="Conditions">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation Wiki|titre=Conditions d’utilisation|url=https://web.archive.org/web/20211225200531/https://foundation.wikimedia.org/wiki/Terms_of_Use/fr}}</ref>.
L’exclusion ne se limite pas à la sphère numérique du mouvement. Au niveau de l'association Wikimédia Belgique, j'ai pu assister à deux reprises à la démission, quelque peu forcée, d'un membre du conseil d'administration. Sans donner de détails de sorte à ne pas nuire aux personnes concernées, les deux situations succédèrent à des actes maladroits, que certains auront vus comme déplacés. À chaque fois, la crise fut gérée en interne par les autres membres du conseil d'administration qui est la seule instance compétente en la matière. Toujours est-il que dans les deux cas, des plaintes en provenance de la Fondation suite à certaines participations à des activités internationales du mouvement se sont jointes aux reproches qui étaient faits en interne. Mon ressenti concernant ces deux épisodes est que la grande ouverture du mouvement offre à certains une expérience sociale pouvant d'autant plus être grisante ou obsessionnelle lorsque l'on se trouve isolé dans le reste de sa vie.
Pour en revenir à ce qui se passe en ligne et aux frustrations éditoriales, l'histoire d'un article intitulé [[Recherche:Collaboration juive sous le nazisme|« Collaboration juive sous le nazisme »]] offre un bon cas de figure de migration d'un contributeur et du contenu qu'il tenait à défendre. La première version de cet article, toujours accessible à ce jour et sans même que cela ne suscite des commentaires<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Википедия|titre=Обсуждение:Еврейский коллаборационизм во Второй мировой войне|url=https://web.archive.org/web/20210529134453/https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0%B1%D1%81%D1%83%D0%B6%D0%B4%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5:%D0%95%D0%B2%D1%80%D0%B5%D0%B9%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%BA%D0%BE%D0%BB%D0%BB%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC_%D0%B2%D0%BE_%D0%92%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%BE%D0%B9_%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B9_%D0%B2%D0%BE%D0%B9%D0%BD%D0%B5|date=}}</ref>, fut créée sur le projet Wikipédia en russe en 2011 sous le titre « [[w:ru:Еврейский коллаборационизм во Второй мировой войне|Collaboration juive pendant la Seconde Guerre mondiale]] »<ref group="T">''Еврейский коллаборационизм во Второй мировой войне''</ref>. Puis, l'article fut un jour traduit sur le projet francophone par un contributeur que je ne citerai pas pour respecter sa demande. Une première demande de suppression de l'article vit alors le jour en janvier 2014, mais sans aboutir à un succès<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Discussion:Attitude des Juifs sous le régime nazi/Suppression|url=https://web.archive.org/web/20140911085028/http://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion:Attitude_des_Juifs_sous_le_r%C3%A9gime_nazi/Suppression|date=}}</ref>. Elle fut suivie d'une deuxième demande près de trois ans plus tard, qui fut validée par la communauté cette fois en date du 23 octobre 2016<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Discussion:Collaboration juive sous le nazisme/Suppression|url=https://web.archive.org/web/20210529121214/https://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion:Collaboration_juive_sous_le_nazisme/Suppression|date=}}</ref>. Cependant, l'article avait déjà fait l'objet d'un transfert en novembre 2013 dans l'espace recherche de Wikiversité<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Différences entre les versions de « Recherche:Collaboration juive sous le nazisme »|url=https://web.archive.org/web/20210529132234/https://fr.wikiversity.org/w/index.php?title=Recherche:Collaboration_juive_sous_le_nazisme&type=revision&diff=616793&oldid=616792&diffmode=source|date=}}</ref>. Une délégation de contributeurs de Wikipédia arriva dès lors sur Wikiversité pour entamer une nouvelle [[Wikiversité:Pages à supprimer/Recherche:Collaboration juive sous le nazisme|demande de suppression]] semblable à celle de Wikipédia, mais elle n'arriva pas à convaincre la communauté wikiversitaire<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:Pages à supprimer/Recherche:Collaboration juive sous le nazisme|url=https://web.archive.org/web/20211119140638/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Pages_%C3%A0_supprimer/Recherche:Collaboration_juive_sous_le_nazisme|date=}}</ref>.
[[w:fr:Claude PIARD|Claude Piard]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Claude Piard|url=https://web.archive.org/web/20210423175305/https://fr.wikipedia.org/wiki/Claude_Piard|date=}}</ref>, qui n'était pourtant pas le créateur de l'article, fut un fervent opposant à la suppression de cet article sur Wikipédia, alors que ses échanges avec la communauté aboutirent finalement à son [[w:fr:Wikipédia:Bulletin des administrateurs/Avril 2017#Non-respect%20d'un%20blocage%20ind%C3%A9fini|bannissement du projet]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Wikipédia:Bulletin des administrateurs/Avril 2017|url=https://web.archive.org/web/20210529144934/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Bulletin_des_administrateurs/Avril_2017#Non-respect_d%27un_blocage_ind%25C3%25A9fini}}</ref>. Suite à cela, il resta toutefois actif sur le projet Wikiversité, où il continua le développement de l'article tout en apportant d'autres contenus à Wikiversité conformément à ce qu'il avait écrit sur [[Utilisateur:Claude PIARD|sa page d'utilisateurs]] : « Je compte donc désormais apporter une collaboration sereine à Wikiversité dans ce que furent mes domaines de compétence universitaire et y mettre mon expérience personnelle au service de la défense de la liberté de la recherche, faute d'avoir pu contribuer plus efficacement à celle de l'information sur Wikipédia »<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Utilisateur:Claude PIARD|url=https://web.archive.org/web/20210224210428/https://fr.wikiversity.org/wiki/Utilisateur:Claude_PIARD|date=}}</ref>. Un autre exemple d'un contributeur banni du projet Wikipédia et qui finit par trouver son bonheur sur Wikiversité fut [[Utilisateur:EclairEnZ|EclairEnZ]] dont le message laissé dans l'espace de discussion central du projet intitulé [[Wikiversité:La salle café/janvier 2020#Wikiversité c'est le top, vraiment. Remerciements|la salle café]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikiversité|titre=Wikiversité:La salle café/janvier 2020|url=https://web.archive.org/web/20210529160626/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:La_salle_caf%C3%A9/janvier_2020#Wikiversit%25C3%25A9_c%27est_le_top,_vraiment._Remerciements|date=}}</ref> est des plus explicites :
<blockquote>
<small>Je suis content d'avoir découvert Wikiversité, après avoir donné tout ce que j'ai pu sur Wikipédia. Je n'hésite pas à dire que Wikipédia a contribué à me construire (sincère). Mais pourquoi n'ai-je pas pensé plus tôt à venir ici ? Parce que : a) dans le contexte où je travaillais personne ne me l'a jamais suggéré (on me suggérait des sites où j'ai vu tout de suite que je me serais fait piéger par la pensée unique, une nouvelle fois ; b) Je m'étais certainement mis en tête que, ne connaissant pas l'existence d'un espace "Recherche" sur Wikiversité, dont je ne connaissais pratiquement que le nom, de la ''même famille'' que son grand frère Wikipédia, ne pourrait m'être utile en aucune façon (les idées qu'on se fait...). Comme quoi se vérifie encore que c'est toujours après un effort intense et pénible (parfois très, très long), que la très belle idée peut surgir (plus rarement c'est un gros hasard, ou même un simple - ou gros - incident).</small>
</blockquote>
Tout en mettant de nouveau en évidence le manque de visibilité de nombreux projets Wikimédia, ce message tient au fait que le projet Wikiversité est un espace d'édition beaucoup plus flexible que Wikipédia. Contrairement à ce qui se passe dans Wikipédia, les travaux personnels et [[w:fr:wikipédia:Travaux inédits|Inédits]] y sont les bienvenus ainsi que tout type de sources qu'elles soient secondaires ou primaires. Une posture d'ouverture comparable finalement à ce qui se passe dans la plupart des projets frères, tels que Wikinews, Wikilivres, Wikivoyage, Wikiquote, et fatalement Wikimedia commons. Il en résulte une plus grande liberté d'expression dans laquelle une certaine subjectivité sera permise avec un choix de documents de références beaucoup plus large, une chose bien entendu indispensable dans le cadre de la réalisation d'un travail de recherche, mais aussi d'un cours ou d'un livre didactique, d'un article de presse, d'un guide touristique, etc.
[[Fichier:Comparaison des critères d'admissibilité wikimonde-Wikipédia.png|alt=Comparaison des critères d'admissibilité wikimonde-Wikipédia|vignette|Fig. 4.47. Comparaison des critères d'admissibilité entre Wikimonde et Wikipédia (source : https://w.wiki/4jD5).|gauche]]
Il faut savoir ensuite que la migration des éditeurs ne se fait pas toujours d'un projet Wikimédia à un autre, mais peut également se faire au bénéfice de projets situés à l'extérieur du mouvement. Comme alternative à Wikipédia, il existe ainsi deux projets dissidents qui ne sont pas hébergés par la Fondation Wikimédia. Le plus ancien créé en 2012 est le projet Wikimonde.com, composé en partie d'un [[w:fr:Site miroir|site miroir]] du projet Wikipédia en français, complété par une deuxième partie intitulée Wikimonde plus, qui reprend des articles supprimés sur Wikipédia (figure 4.47). Une récupération qui n'est cependant pas exhaustive puisque l'article « Collaboration juive sous le nazisme » fut aussi supprimé du contenu Wikimonde, là où il avait aussi été sauvegardé au par avant<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikimonde Plus|titre=Tous les journaux publics|url=https://plus.wikimonde.com/w/index.php?title=Sp%C3%A9cial:Journal&page=Attitude_des_Juifs_sous_le_r%C3%A9gime_nazi}}</ref>.
Le second projet plus récent et multilingue date de 2017 et porte le nom d'EverybodyWiki.com. Il ne reprend pour sa part que ce qui n'existe pas dans Wikipédia avec une très grande tolérance pour la récupération ou la création d'articles pouvant porter sur des sujets ou personnes sans notoriété<ref group="S">{{Lien web|auteur1=EverybodyWiki|titre=EverybodyWiki Bios & Wiki|url=https://web.archive.org/web/20211027151717/https://everybodywiki.com/Accueil|date=}}</ref>. Ces deux projets ne bénéficient évidemment pas de la visibilité de Wikipédia, mais ils offrent néanmoins deux lieux d'édition alternatifs pour les personnes ou les sujets qui n'ont pas trouvé leurs places dans Wikipédia. Une fois publié sur le Web et au même titre que le contenu de Wikipédia, cela permet d'être indexé par les moteurs de recherches et même de se voir repris dans un article de presse<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Ken Stone|titre=Jason Robo Loses NorCal Radio Gig After Racist Rant Against County Supervisors|url=https://web.archive.org/web/20211121141612/https://timesofsandiego.com/politics/2021/11/03/jason-robo-loses-norcal-radio-gig-after-racist-rant-against-county-supervisors/|site=Times of San Diego|date=2021-11-03}}</ref>.
Wikimonde, affiche ainsi une version mise à jour de tous les articles de Wikipédia en français, tout en poursuivant le développement de ceux qui y furent transférés avant leur suppression, et en offrant la possibilité d'en produire de nouveaux. L'article intitulé « [https://plus.wikimonde.com/wiki/Musique_de_genre_et_de_divertissement Musique de genre et de divertissement] »<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Discussion:Musique de genre et de divertissement/Suppression|url=https://web.archive.org/web/20160309225636/https://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion:Musique_de_genre_et_de_divertissement/Suppression|date=}}</ref> en est un exemple du premier cas de figure, alors celui consacré au village [[w:fr:Bourron-Marlotte|Bourron-Marlotte]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikimonde Plus|titre=Bourron-Marlotte|url=https://plus.wikimonde.com/wiki/Bourron-Marlotte|site=}}</ref> fut par contre directement créé sur Wikimonde par un auteur découragé par « un "bavardage" de trois années » sur Wikipédia<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikimonde Plus|titre=Discussion utilisateur:Ceres|url=https://plus.wikimonde.com/wiki/Discussion_utilisateur:Ceres}}</ref>.
Il est donc intéressant de constater qu'au bout du compte, Wikimonde rassemble plus d'informations que ce qui est disponible sur Wikipédia. Ce qui incite donc parfois le projet Wikipédia à reprendre des informations en provenance de Wikimonde puisque l'article Wikipédia sur [[w:frFrédéric-Étienne Leroux|Frédéric-Étienne Leroux]] possède effectivement un hyperlien pointant vers l'article Bourron-Marlotte uniquement disponible sur Wikimonde<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Frédéric-Étienne Leroux|url=https://web.archive.org/web/20201124011842/https://fr.wikipedia.org/wiki/Fr%C3%A9d%C3%A9ric-%C3%89tienne_Leroux#Liens_externes|date=}}</ref>. Tout aussi curieusement, on peut aussi trouver sur EverybodyWiki, un article sur le [[w:fr:wikipédia:Wikimag|Wikimag]], un hebdomadaire numérique qui résume l'actualité de Wikipédia, alors que son article encyclopédique, faut de notoriété sans doute, est absent de l'encyclopédie dont il parle<ref group="S">{{Lien web|auteur1=EverybodyWiki|titre=Wikimag|url=https://web.archive.org/web/20220123221625/https://everybodywiki.com/Wikimag}}</ref>.
Comme autre exemple d'espace éditorial propice à accueillir des contributeurs déçus par les projets Wikimédia, il y a ensuite le média citoyen [[w:fr:AgoraVox|AgoraVox]]. Suite à ma première publication sur un sujet qui [https://www.agoravox.fr/actualites/societe/article/la-recolte-de-dons-sur-wikipedia-211681 concernant la baisse de participation dans les projets Wikimédia]<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Lionel Scheepmans|titre=La récolte de dons sur Wikipédia est-elle bénéfique au développement de l'encyclopédie ?|url=https://web.archive.org/web/20210526152452/https://www.agoravox.fr/actualites/societe/article/la-recolte-de-dons-sur-wikipedia-211681|site=AgoraVox|lieu=|date=18 janvier 2019}}</ref>, j'y ai reçu plus de 40 commentaires. Le premier faisait l’éloge de Wikipédia, un autre complimentait le projet, deux autres faisaient la part des choses entre ce qui est bon et ce qu'il l'est moins, et deux derniers, enfin critiquaient le projet. Dans le premier de ces cas, c'était en référence à un blocage au niveau de l'encyclopédie, alors que dans le deuxième, c'était un témoignage concernant un accueil très peu convivial sur le projet et qui eu pour effet de suspendre les dons offerts au mouvement.
Étant donné que mon article sur AgoraVox parlait de Wikipédia, les contributeurs de l'encyclopédie libre firent à leurs tours leurs propres [[w:fr:Wikipédia:Le Bistro/20 janvier 2019#Augmentations%20des%20dons%20et%20baisse%20des%20contributions%20%C3%A0%20Wikip%C3%A9dia|commentaires]] dans leur forum principal communément appelé « Le bistro ». Dans cette discussion, [[w:fr:utilisateur:Pline|Pline]] remarqua que « Wikipédia est bien brocardé au niveau des commentaires » présent sur AgoraVox. Ce à quoi [[w:fr:Jean-Christophe BENOIST|Jean-Christophe BENOIST]] répond : « C'est un peu normal, AgoraVox étant le refuge des Pov pusher [<nowiki/>[[w:fr:Wikipédia:POV-pushing|promoteur de point de vue]]] et amateurs de TI [<nowiki/>[[w:fr:Wikipédia:Travaux inédits|travaux inédits]]] éjectés de Wikipédia, dont des commentaires de [[w:fr:Utilisateur:Lavau|Utilisateur:Lavau]] (je ne vais pas tracer le pentagramme pour l'invoquer) de pénible mémoire. »<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Wikipédia:Le Bistro/20 janvier 2019|url=https://web.archive.org/web/20210530114228/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Le_Bistro/20_janvier_2019#Augmentations_des_dons_et_baisse_des_contributions_%25C3%25A0_Wikip%25C3%25A9dia}}</ref>
Comme en attestent ces commentaires, AgoraVox au même titre que Wikiversité et Wikimonde, représentent donc bel et bien des lieux d’accueil pour les personnes qui ne trouvent par leur place face à des contraintes imposées par la communauté des contributeurs des projets Wikimedia. Ce qui est vrai pour le projet Wikipédia peut l'être aussi pour Wikiversité qui dispose aussi d'un projet conçurent appelé Zeste de Savoir, lui aussi publié sous licence libre et géré par une association sans but lucratif<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Zeste de Savoir|titre=L’association Zeste de Savoir|url=https://web.archive.org/web/20210901032301/https://zestedesavoir.com/pages/association/}}</ref>. Dans la sphère du travail bénévole et des projets libres, les conflits peuvent ainsi fréquemment déboucher sur des départs, ou encore des bifurcations de projets comme cella a pu être observé précédemment avec l'apparition, décrite dans la [[b:fr:Le mouvement Wikimédia#Les%20projets%20fr%C3%A8res%20de%20Wikip%C3%A9dia|onzième section du deuxième chapitre de ce travail]] des nombreux projets frères Wikimédia/
Ceci tout en sachant qu'il est encore une fois parfaitement possible d'être actif dans plusieurs projets différents en même temps, et peu importe qu'ils soient internes ou externes au mouvement. J'en ai fait d'ailleurs moi-même l'expérience. Hérisson Grognon, un étudiant en deuxième année de [[w:fr:Classe préparatoire|classe préparatoire]] déjà cité précédemment, a par exemple, réalisé plus de dix modifications dans plus de 15 projets Wikimédia<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Informations globales de compte pour Hérisson grognon|url=https://web.archive.org/web/20211201213917/https://fr.wikiversity.org/wiki/Sp%C3%A9cial:CentralAuth/H%C3%A9risson_grognon}}</ref>. Après être devenu administrateur sur Wikiversité, il l'est ensuite devenu également sur EverybobyWiki et Wikimonde<ref group="S">{{Lien web|nom1=Wikiversité|titre=Wikiversité:Administrateur/Candidature/Hérisson grognon|url=https://web.archive.org/web/20211201213910/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Administrateur/Candidature/H%C3%A9risson_grognon}}</ref>.
Mais ce qu'il lui manque par contre, par rapport à ma propre expérience du mouvement, c'est d'avoir participé à des activités hors ligne organisées par le mouvement, ou d'avoir rejoint certains groupes dédiés à l'organisation d'évènements en présentiel. Car il n'est pas rare non plus dans le mouvement, de voir des personnes simultanément actives dans des projets en ligne et hors ligne. Être bénévole hors ligne, apporte aussi un autre type de satisfaction tout en étant une chose très appréciée et soutenue par la Fondation et des associations affiliées.
=== Participation hors ligne ===
Je commencerai cette nouvelle section par un aveu. Celui d'affirmer qu'il ne me fut pas possible d'investiguer la sphère hors ligne du mouvement Wikimédia aussi bien que sa sphère en ligne. Surfer sur le Web pour synthétiser ce qui se passe au sein du mouvement, et ce que l'on en dit, en collectant des centaines d'adresses URL en guise de références, est une tâche possible bien que chronophage. Mais, parcourir le monde à la recherche d'activités journalières qui se déroulent à des milliers ou des dizaines de milliers de kilomètres les unes des autres (figure 4.48 & 4.49), est impossible à faire lorsqu'on est seul et que l'on est limité par le temps et les finances.
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:Capture_d’écran_wikimedia_space_calendar.png|vignette|Fig. 4.48. Agenda des activités du mouvement Wikimédia au mois de décembre 2019 (source : https://w.wiki/4cdZ)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:Capture_d’écran_wikimedia_space_mappemonde.png|vignette|Fig. 4.49. Carte de localisation des activités au sein du mouvement Wikimédia répertoriées le 2 décembre 2019 (source : https://w.wiki/4cda)|350x350px|centré]]
|}
Aux limites imposées par la dispersion du mouvement dans le temps et l'espace, il faut encore ajouter le fait que ces activités hors ligne, au même titre que ce l'on observe en ligne, sont très diversifiées. Par ordre d'importance, on peut certainement citer les [[w:fr:Edit-a-thon|Édit-a-thons]], conférences, concours photos, partenariats avec des galeries, bibliothèques, fond d'archives ou musées (GLAM), [[w:fr:Hackathon|hackathons]], expéditions, permanences, présentations et ateliers divers (figure 4.50). Toutes ces occupations se présentent ainsi comme autant d'occasions pour les membres du mouvement de s'investir hors de chez eux, de manière plus ou moins fréquente selon leurs profils (figure 4.51)
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:PR21 - Confidence to explain programs.png|vignette|Fig. 4.50. Classement des activités hors ligne au sein du mouvement Wikimédia par ordre de fréquentation (source : https://w.wiki/4XoU)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:CS01 - Ways contributors participate in Wikimedia.png|vignette|Fig. 4.51. Répartition par types d'activités effectuées par le mouvement, des personnes actives (AE) très actives (VAE), développeurs (DEV), personnels affiliés (AF) et organisateurs de programmes (PL) durant l'année 2017 et 2018 (source : https://w.wiki/4XoV)|350x350px|centré]]
|}
[[Fichier:Lien_vers_la_page_Wikimedia_locaux_sur_le_site_Meta-Wiki.svg|lien=https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_chapters/fr|vignette|50x50px|CQR1]]
Bien qu'il m'ait été impossible d'assister à toutes les activités organisées par le mouvement, ou même de les répertorier de manière exhaustive, j'aurai néanmoins assisté à certaines d'entre elles durant mes dix années d'observation non financées. Afin de rendre plus visible cette participation, j'ai pris la peine de la référencer sur ma page de contributeur rédigée de manière centralisée sur le site Meta-Wiki, en y ajoutant toutes mes autres actions Wikimédiennes réalisées en ligne et en dehors du mouvement<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=User:Lionel Scheepmans|url=https://web.archive.org/web/20211228204424/https://meta.wikimedia.org/wiki/User:Lionel_Scheepmans}}</ref>. En parcourant cette page, on peut constater ainsi que je n'aurais pas pu être présent, ne fusse qu'une seule fois, à certains événements organisés par le mouvement. Parmi les plus importants de ceux-ci, on peut certainement citer les conseils d'administration des nombreux organismes affiliés, à l'exception de l'association belge, les rencontres annuelles de tous ces affiliés organisées à Berlin, les activités de partenariats à l’exception d'une ou deux réunions, ainsi que les Wikipermanences qui n'ont jamais été organisées en Belgique.
[[Fichier:Lien_vers_la_page_Groupes_d'utilistaures_de_Wikimédia_sur_le_site_Meta-Wiki.svg|lien=https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_user_groups/fr|50x50px|vignette|CQR2]]
Heureusement, il me fut possible de consulter le site Meta-Wiki pour y trouver de nombreux rapports d'activités réalisées hors ligne. En parcourant ce site, il est ainsi possible d'appréhender toute la diversité de la sphère hors ligne du mouvement. On y découvre notamment les 38 associations nationales ou étatiques affiliées au mouvement (code QR 1), les 27 en phase de discussion et les 7 qui ont perdu leurs affiliations, pour ensuite découvrir l’existence de près de 140 groupes d'utilisateurs (code QR 2), que j'ai choisi de classer par thème ci-dessous afin de mettre en évidence la variété des centres d'intérêts portés par les bénévoles du mouvement. Puisque ces listes sont en perpétuelles évolutions, les code QR repris ci-contre permettent de se rendre directement, soit en cliquant dessus, soit en les lisant avec un smartphone, sur la page du projet Meta-Wiki où l'on y retrouve leurs versions mises à jour.
'''54 Groupes nationaux'''
{{colonnes|nombre=5|#[[m:Mediajockey|Bangladesh]]
#[[m:Azerbaijani Wikimedians User Group|Azerbaijan]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Belarus|Biélorussie]]
#[[m:Wikimedians of Cameroon User Group|Cameroon]]
#[[m:Egypt Wikimedians|Égypte]]
#[[m:Groupe d'utilisateurs de la communauté Wikimedia Guinée Conakry|Guinée Conakry]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Hong Kong|Hong Kong]]
#[[m:User:Ibrahim khashrowdi/Wikimedians of Afghanistan User Group|Afghanistan]]
#[[m:Wikimedians of Iceland User Group|Islande]]
#[[m:Iranian Wikimedians User Group|Iran]]
#[[m:Iraqi Wikimedians|Irak]]
#[[m:Wikimedia MA User Group|Maroc]]
#[[m:Myanmar Wikimedia Community User Group|Birmanie]]
#[[m:Wikimedians of Republic of Srpska|Bosnie]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Tanzania|Tanzanie]]
#[[m:Wikimedians of Uzbekistan Community|Ouzbékistan]]
#[[m:Vietnam Wikimedians User Group|Viêt Nam]]
#[[m:Wiki Movement Brazil User Group|Brésil]]
#[[m:Wikimedia Algeria|Algérie]]
#[[m:Wikimedia Community Ireland|Irlande]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Burundi|Burundi]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Côte d'Ivoire|Côte d'Ivoire]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Ethiopia|Éthiopie]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Georgia|Géorgie]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Mali|Mali]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Malta|Malte]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Pakistan|Pakistan]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Sri Lanka|Sri Lanka]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Tchad|Tchad]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Turkey|Turquie]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Uganda|Uganda]]
#[[m:Wikimedia Ethiopia|Éthiopie]]
#[[m:Wikimedia Ghana User Group|Ghana]]
#[[m:Wikimedia Kosovo|Kosovo]]
#[[m:Wikimedia Tunisie|Tunisie]]
#[[m:Wikimedia User Group China|Chine]]
#[[m:Wikimedia User Group Nigeria|Nigeria]]
#[[m:Wikimedians of Bashkortostan User Group|Bachkirie]]
#[[m:Wikimedians of Democratic Republic of Congo User Group|Congo RDC]]
#[[m:Wikimedians of Latvia User Group|Lettonie]]
#[[m:Wikimedians of Lëtzebuerg – User Group|Luxembourg]]
#[[m:Wikimedians of Mali User Group|Mali]]
#[[m:Wikimedians of Nepal|Nepal]]
#[[m:Wikimedistas de Bolivia|Bolivie]]
#[[m:Wikimedistas de Colombia/Grupo de usuarios|Colombie]]
#[[m:Wikimedistas de Ecuador|Équateur]]
#[[m:Wikimédiens du Bénin User Group|Bénin]]
#[[m:Wikipedians of Slovenia User Group|Slovenie]]
#[[m:Community Wikimedia User Group Haïti|Haïti]]
#[[m:PhilWiki Community|Philippines]]
#[[m:Wikimedians of United Arab Emirates User Group|Émirats arabes]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Greece|Grèce]]
#[[m:Wikimedia User Group of Aotearoa New Zealand|Nouvelle-Zélande]]
#[[m:Wikimedians of Romania and Moldova User Group|Roumanie et Moldavie]]}}
'''Groupes régionaux ou étatiques'''
{{colonnes|nombre=3|*États-Unis
#[[m:Allegheny Wikimedians|Allegheny]]
#[[m:New England Wikimedians|Nouvelle Angleterre]]
#[[m:Wikimedia New York City|New York]]
#[[m:North Carolina Wikipedians|Caroline du nord]]
#[[m:San Diego Wikimedians User Group|San Diego]]
#[[m:Georgia Piedmont Wikimedians|Piedmont]]
#[[m:Tennessee Wikimedians User Group|Tennessee]]
#[[m:Wikimedia Indiana|Indiana]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Wales|Pays de Galles]]
#[[m:Wikimedians of Iowa User Group|Iowa]]
#[[m:Wikimedians of Chicago User Group|Chicago]]
#[[m:Wikimedians of Colorado User Group|Colorado]]
#[[m:Wikimedians of Los Angeles|Los Angeles]]
#[[m:Wikimedians of Minnesota User Group|Minnesota]]
#[[m:Ohio Wikimedians User Group|Ohio]]
#[[m:North Carolina Triangle Wikipedians User Group|Carolin du Nord]]
*Inde
#[[m:West Bengal Wikimedians|Bengal Occidental]]
#[[m:Wikipedians of Goa User Group|Goa]]
#[[m:Karavali Wikimedians|Karavali]]
#[[m:Wikimedians of Kerala|Kerala]]
*Russie
#[[m:Wikipedians of North Caucasus User Group|Caucase du Nord]]
#[[m:Don Wikimedians User Group|Cosaques du Don]]
#[[m:Wikimedians of Saint Petersburg User Group|Saint-Pétersbourg]]
#[[m:Wikipedians of Tyva User Group|Tyva]]
*Autres
#[[m:Open Foundation West Africa|Afrique de l'Ouest]]
#[[m:Wikimedians of the Caribbean User Group|Caraïbes]]
#[[m:Wikimedia Niger Delta|Delta du Niger]]
#[[m:Wikimedia Community User Group CEE Spring|Europe centrale et orientale]]
#[[m:Wikimedians of the Levant|Levant (Proche-Orient)]]
#[[m:Shared Knowledge|Macedoine]]
#[[m:Wikimedia MENACA|MENA et Asie centrale]]
#[[m:Cascadia Wikimedians|Nord-Ouest Pacifique]]}}
'''Groupes linguistiques'''
{{colonnes|nombre=3|#[[m:Arabic Wikimedians|Arabe]]
#[[m:Basque Wikimedians User Group|Basque]]
#[[m:Hausa Wikimedians User Group|Hausa]]
#[[m:Hindi Wikimedians User Group|Hindi]]
#[[m:Igbo Wikimedians User Group|Igbo]]
#[[m:Jenga Wikipedia ya Kiswahili|Kiswahili]]
#[[m:Kurdish Wikimedians User Group|Kurde]]
#[[m:Maithili Wikimedians User Group|Maithili]]
#[[m:Odia Wikimedians User Group|Odia]]
#[[m:Persian Wiki User Group|Persan]]
#[[m:Punjabi Wikimedians|Punjabi]]
#[[m:Wikimedians of Tamazight User Group|Bèrebère]]
#[[m:Wikimedia Community of Kazakh language User Group|Kazakh]]
#[[m:Wikimedia Community of Tatar language User Group|Tatar]]
#[[m:Wikimedia Languages of Russia Community User Group|Languages de Russie]]
#[[m:Wikimedians of Albanian Language User Group|Albanien]]
#[[m:Esperanto kaj Libera Scio|Esperanto]]
#[[m:Wikimedians of Erzya language User Group|Erzya]]
#[[m:Wikimedians of Santali Language User Group|Santali]]
#[[m:Wikimedians of Turkic Languages User Group|Langues turques]]
#[[m:Wikimedians of Western Armenian Language User Group|Arménien occidental]]
#[[m:Dehalvi Wikimedia User Group|Urdu]]
#[[m:Yoruba Wikimedians User Group|Yoruba]]
#[[m:Latin language User Group|Latin]]
#[[m:Wikimedians of North American Indigenous Languages User Group|Indigènes d'Amérique du Nord]]
#[[m:Wikimedians of Latin American Indigenous Languages User Group|Indigènes d'Amérique latine]]
#[[m:Wikimedia Finno-Ugric Collaboration|Finno-Ugric]]}}
'''Groupes thématiques'''
{{colonnes|nombre=3|#[[m:WikiClassics User Group|Antiquité]]
#[[m:Open Knowledge For All|Open Knowledge For All]]
#[[m:Wiki Cemeteries User Group|Wiki Cemeteries]]
#[[m:Wikimedians for Disaster Response|Disaster Response]]
#[[m:H-GAPS User Group|H-GAPS]]
#[[m:Wikipedia Asian Month User Group|Wikipedia Asian Month]]
#[[m:WikiJournal|WikiJournal]]
#[[m:Wikipedia & Éducation User Group|Wikipédia & Éducation]]
#[[m:Wiki World Heritage User Group|Wiki World Heritage]]
#[[m:Gender Diversity Visibility Community User Group|Gender Diversity Visibility Community]]
#[[m:North-West Russia Wiki-Historians User Group|North-West Russia Wiki-Historians]]}}
'''Groupes identitaires et de sensibilisation'''
{{colonnes|nombre=4|#[[m:AfroCROWD User Group|AfroCROWD]]
#[[m:Art+Feminism User Group|Art+Feminism]]
#[[m:Artandfeminism|Artandfeminism]]
#[[m:Black Lunch Table|Black Lunch Table]]
#[[m:WikiBlind User Group|WikiBlind]]
#[[m:Whose Knowledge?|Whose Knowledge?]]
#[[m:WikiDonne|WikiDonne]]
#[[m:Wikiesfera|Wikiesfera]]
#[[m:Wikigrannies User Group|Wikigrannies]]
#[[m:Wikimedia LGBT+/Portal|LGBT]]
#[[m:Les sans pagEs|Les sans pagEs]]
#[[m:WikiWomen's User Group|WikiWomen's]]
#[[m:Para-Wikimedians Community User Group|Para-Wikimédiens]]
#[[m:Wikimujeres|Femmes espanophones]]
#[[m:Muj(lh)eres latinoamericanas en Wikimedia|Femmes latino-américaines]]
#[[m:Wikimedians for Sustainable Development|Développement durable]]}}
'''Groupes d'aide aux projets'''
{{colonnes|nombre=4|#[[m:Wikimedia Stewards User Group|Stewards]]
#[[m:Wikimedia Community User Group Math|Wiki Math]]
#[[m:GLAM Macedonia User Group|GLAM Macedonia]]
#[[m:GLAM-Wiki US Consortium|GLAM-Wiki US]]
#[[m:The Wikinewsie Group|Wikinews]]
#[[m:Wiki Support User Group|Wiki Support]]
#[[m:Wiktionary/Tremendous Wiktionary User Group|Wiktionaire]]
#[[m:Wikibase Community User Group|Wikibase]]
#[[m:Wikidata Community User Group|Wikidata]]
#[[m:Wikimedia user groups network|Wiki Network]]
#[[m:Wikisource Community User Group|Wikisource]]
#[[m:WikiToLearn User Group|WikiToLearn]]
#[[m:Wikitongues|Wikitongues]]
#[[m:Wikimedia and Libraries User Group|Wiki Librairies]]
#[[m:WikiConference North America|WikiConference en Amérique du Nord]]
#[[m:Wikimedians in Residence Exchange Network|Wikimediens en résidence]]}}
'''Groupes de soutiens techniques'''
{{colonnes|nombre=3|#[[m:Commons Photographers User Group|Commons Photographers]]
#[[m:Indic MediaWiki Developers User Group|Indic MediaWiki Developers]]
#[[m:MediaWiki Stakeholders' Group|MediaWiki Stakeholders]]
#[[m:Wiki Dashboard Android App|Android]]
#[[m:Wikimedia Digitization User Group|Digitization]]
#[[m:Wikimedians for offline wikis|Offline wikis]]
#[[m:Wikimedians of India technical user group|India technica]]
#[[m:Wikimaps User Group|Wikimaps]]}}
Une autre manière efficace de compléter ses connaissances sur les actions hors ligne est ensuite de se pencher encore une fois sur les nombreuses enquêtes produites par la Fondation. On y découvre par exemple une plus grande participation féminine par rapport à ce qui a été observé à l'intérieur de l'espace numérique. Certains graphiques nous démontrent que celle-ci peut varier entre 20 à 50 % selon les types d'événements et les critères de sélection des participants (figure 4.52 & 4.53), tandis qu'en ce qui concerne l'ensemble du mouvement, il serait permis de tabler sur une moyenne de 26 % (figure 4.54), soit près de 10 à 15 % de plus que ce que l'on observe en ligne,
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:2015 wikimeet survey q1.svg|vignette|Fig. 4.52. Graphique de répartition du genre dans la participation aux rencontres physiques organisée par le mouvement aux Royaumes Unis en 2015 (source : https://w.wiki/4cV9)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:WikiDivCon17 Diagram Gender.png|vignette|Fig. 4.53. Graphique de répartition du genre des participants à la conférence Wikimédia diversité de 2017 (source : https://w.wiki/4cVC)|350x350px|centré]]
|}[[Fichier:Gender of Community Audiences for 2018.png|vignette|Fig. 4.54. Graphique de répartition du genre selon les activités au sein du mouvement Wikimédia en 2018 (source : https://w.wiki/4haC)|centré|700x700px]]En complément à tous ces précieux indicateurs sur la santé du mouvement, je vais donc apporter mes propres observations que l'on pourrait qualifier d'exploratoires au vu de ce qui a été dit précédemment. Ma participation fut donc sporadique et tributaire bien souvent, d'une bourse que je devais au préalablement obtenir, faute d'être financé pour mes recherches doctorales, soit à la Fondation, soit dans un organisme affilié au mouvement, afin de pouvoir couvrir les frais de transport, de logement et de participation. Ces bourses sont distribuées en fonction du taux d'implication des candidats au sein du mouvement, et très probablement selon des règles qui garantissent la diversité socioculturelle parmi les personnes retenues. Bien que je n'aie pas eu la chance de bénéficier de cette aide financière à chaque fois, j'aurai malgré tout participé à trois types d'événements d'envergure : trois conférences mondiales et annuelles Wikimania (à Londres, en Italie et à Stockholm), deux WikiConvention francophones (à Strasbourg et à Bruxelles) et une rencontre panafricaine intitulé Wiki Indaba, organisée près de Tunis en 2018 (figures 4.55, 4.56 et 4.57).
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:Wikimania 2016 - group photo 01.jpg|vignette|Fig. 4.55. Photo de groupe des participants de la rencontre Wikimania de 2016 en Italie (source : https://w.wiki/4cPk)|200x200px|centré]]
|[[Fichier:Photo du groupe Wikiconvention francophone 2017 (01).jpg|alt=Photo de groupe lors de la Wikiconvention francophone de 2017 à Strasbourg|vignette|Fig. 4.56. Photo de groupe lors de la Wikiconvention francophone de 2017 à Strasbourg (source : https://w.wiki/3DJQ)|200x200px|centré]]
|[[Fichier:WikiIndaba Tunis Group Photo 2.jpg|vignette|Fig. 4.57. Photo de groupe de la rencontre Wiki Indaba de 2018 (source : https://w.wiki/4cPo)|200x200px|centré]]
|}
Wikimania, pour rappel, est un cycle de conférences qui traite de tous les sujets jugés importants par le mouvement et qui restera, sans aucun doute, le plus grand rassemblement annuel de la communauté. En 2016, dans le village d'[[w:fr:Esino Lario|Esino Lario]] en Italie, nous étions 1 200 participants de 70 nations différentes, âgés de trois mois à 72 ans<ref group="M">{{Lien web|auteur1=La Provincia di Lecco|titre=Il bilancio di Wikimania a Esino Oltre 1200 presenze, di 70 nazioni|url=https://web.archive.org/web/20220106085110/https://www.laprovinciadilecco.it/stories/Lago/il-bilancio-di-wikimania-a-esino-oltre-1200-presenze-di-70-nazioni_1189866_11/|site=La Provincia di Lecco|date=27 juin 2016}}.</ref>. D'autres rencontres plus modestes se produisent tout au long de l'année, pour traiter de questions plus thématiques ou pour rassembler des membres de la communauté d'une même zone géographique ou pratiquant la même langue, L'Afrique pour les rencontres Wiki Indaba et de la francophonie pour des WikiConventions francophones ne sont que deux exemples de rencontres parmi bien d'autres répertoriées sur le site Meta-Wiki<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Events|url=https://web.archive.org/web/20211227225929/https://meta.wikimedia.org/wiki/Events}}</ref> et dont certaines furent déjà présentées dans le troisième chapitre de ce travail de recherche.
=== Satisfaction et déboire du bénévolat hors ligne ===
Pour le dire très honnêtement, j'ai toujours trouvé ces rencontres très agréables, à l'exception de la rencontre Wiki Indaba de 2018, au cours de laquelle j'avais reçu un accueil glacial de la part d'une des organisatrices détachée par la Fondation. Son attitude tenait du fait que je n'avais pas bénéficié de bourse de participation pour rejoindre cette conférence prenant place, pour des raisons de sécurité m'a-t-on dit, dans l'hôtel cinq étoiles ''El Mouradi Grammarth''<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=WikiIndaba conference 2018/Hotel|url=https://web.archive.org/web/20211120012156/https://meta.wikimedia.org/wiki/WikiIndaba_conference_2018/Hotel}}</ref>. La candidature d'une de mes présentations avait pourtant été retenue par les organisateurs tunisiens<ref group="S">{{Lien web|nom1=Meta-Wiki|titre=WikiIndaba conference 2018/Submissions/Wikiversity to the rescue of African knowledge and its lake of secondary source|url=https://web.archive.org/web/20211120005904/https://meta.wikimedia.org/wiki/WikiIndaba_conference_2018/Submissions/Wikiversity_to_the_rescue_of_African_knowledge_and_its_lake_of_secondary_source}}</ref>, mais elle ne faisait finalement pas partie du programme, précisément parce que je ne bénéficiais pas de financement et que les organisateurs avaient donc estimé ma venue improbable.
La motivation qui m'avait poussé à venir à la rencontre par mes propres moyens ne semblait pas affecter l'employée de la Fondation. Elle me prit en aparté pour m'inviter à quitter les lieux. Moi qui appréciais tant le mouvement pour son ouverture à la participation, j'avais à ce moment précis la sensation d'être un intrus qui débarquait au sein d'une organisation élitiste. On m'a finalement remis à contre-cœur un sac destiné aux personnes inscrites, et il me fallut patienter à l'extérieur des réfectoires à l'heure des repas. Lors d'une visite touristique au village de [[w:fr:Sidi Bou Saïd|Sidi Bou Saïd]], j'avais même dû attendre que le dernier participant ait pris place avant de pouvoir embarquer dans le car. Déjà que l'année précédente, j'avais dû payer mon entrée à la WikiConvention francophone à Strasbourg pour pouvoir y faire mes trois présentations<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=WikiConvention francophone/2017/Programme|url=https://web.archive.org/web/20201027105002/https://meta.wikimedia.org/wiki/WikiConvention_francophone/2017/Programme}}</ref>, voici qu'à présent, je me sentais complètement exclu d'un mouvement auquel j'avais pourtant offert énormément d'énergie. Rien de tout ceci ne semblait donc conciliable avec les valeurs, la vision et la mission du mouvement que je pensais connaître.
Par la suite et avec un certain recul, ces expériences me firent penser au milieu universitaire. Alors que mes collègues doctorants financés bénéficiaient automatiquement de certaines fonctionnalités informatiques, il me fallait pour ma part, puisque j'étais sur fonds propres, entreprendre des démarches pour y bénéficier à mon tour. Plus tard, et suite à ma sélection pour le colloque international organisé par l'APAD dans la ville de Lomé, on me demanda aussi des frais d'inscription. Une chose normale sans doute à première vue, mais qui m'apparut bien étrange dès lors que je venais d'informer les organisateurs que j'allais faire mon exposé en visioconférence. Autant d'expériences donc, qui me rendent perplexe face à un monde dans lequel il faut payer pour offrir le meilleur de soi-même.
Malgré tout ceci, et même dans les conditions difficiles que je viens de citer, les rencontres hors ligne furent toujours pour moi une belle occasion de fréquenter des personnes sympathiques et parfois très investies. C'était aussi à chaque fois une belle occasion de créer des liens et de renforcer mon sentiment d'appartenance au mouvement. Ce qui était plus dérangeant par contre, c'était d'assister à des présentations qui me semblaient parfois vides d'intérêt pour des participants plus absorbés par leurs ordinateurs que par le discours du conférencier. Une situation qui encore une fois pouvait me faire penser à des expériences vécues à l'université, lors de différentes conférences, colloque ou séminaires.
J'ai aussi gardé en mémoire un atelier organisé par un autre employé de la Fondation. Il s'agissait d'apprendre à utiliser Facebook pour faire de la publicité en faveur des événements organisés par le mouvement. Une information intéressante et utile en soi, mais qui finit par me déranger lorsque je découvrais qu'il s'agissait d'apprendre à utiliser les services payants de Facebook en demandant des subsides à la Fondation. Peut-être que j'étais le seul à penser cela, mais je trouvais très dérangeant de me voir enseigner comment enrichir une compagnie commerciale pour « spammer » ses usagers, si je peux me permettre l'expression, avec de l'argent destiné au partage de la connaissance.
Heureusement, les déboires de cette expérience tunisienne furent pour moi tout à fait exceptionnels. Et, j'insiste encore sur le fait que les organisateurs nationaux de cette rencontre, eux aussi bénévoles, ne doivent en aucun cas se sentir concernés par ce qu'il vient d'être dit. Bien au contraire, dans cette situation difficile, je fus très chanceux de pouvoir profiter de leur accueil chaleureux, alors qu'ils étaient très embarrassés par les actions d'une employée, qui, me semble-t-il, ne tarda pas à perdre son poste à la Fondation.
J'attire ensuite l'attention sur le fait que, tant dans le mouvement Wikimédia qu'au sein de mon université, mon expérience dans l'ensemble fut toujours majoritairement positive et dans tous les cas enrichissante. Puis, une expérience n'est pas l'autre. Ma dernière expérience en date, où je bénéficiais d'un financement pour mes déplacements à bas prix avec logement en auberge de jeunesse à Stockholm, fut pour sa part très positive, alors que les résultats d'une enquête de satisfaction repris ci-dessous, confirmeront que de nombreux autres participant·e·s aux cycle de conférences furent eux aussi très satisfait·e·s (figures 4.58 & 4.59).
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:Attendee response to conference content, Wikimania 2019.svg|vignette|Fig. 4.58. Graphique illustrant la satisfaction des participants à la dernière rencontre physique Wikimania de Stockholm en 2019 (source : https://w.wiki/4cWX)|350x350px|centré]]
|[[Fichier:"How much do you agree or disagree with the following statements about what you learned at Wikimania?" Attendee responses, Wikimania in Stockholm 2019 at 3 and 6 month follow-up.svg|vignette|Fig. 4.59. Graphique illustrant les retours d'expériences après trois mois, des participants à la dernière rencontre physique Wikimana de Stockholm en 2019 (source : https://w.wiki/4cWM)|350x350px|centré]]
|}
La rencontre Wikimania de Stockholm fut ainsi la dernière à être organisée avant l'arrivée de la pandémie de Covid-19. Par la suite, toutes les activités en présentiel furent suspendues au sein du mouvement, avant d'être réorganisées au travers de nombreuses solutions numériques. Cette pandémie fut ainsi une réponse à mes questions concernant toute cette quantité d'argent dépensée en voyage et logement dans le cadre de rencontres internationales. J'imaginais effectivement que tout cet argent pouvait profiter davantage au mouvement, s'il était consacré à des rencontres locales qui n'étaient pas si courantes que cela, bien qu'elles étaient toujours plus avantageuses au niveau environnemental. Ceci alors que pour y participer, il n'était pas toujours facile de recevoir les petits financements adéquats. Je me souviens à ce titre d'une demande d'aide financière pour couvrir un voyage en car aller-retour de Bruxelles à Paris et une nuit en auberge de jeunesse qui me fut refusée. J'avais pour but de participer à un repas organisé spontanément par un éditeur de Wikipédia. Ce que je finis par réaliser par mes propres moyens, tout comme je l'avais fait précédemment pour participer à la rencontre Wiki Indaba<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia France/Micro-financement/Demande/Transport et logement pour assister au repas Wikipédien à Paris le 26 mars 2019|url=https://web.archive.org/web/20211120010636/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_France/Micro-financement/Demande/Transport_et_logement_pour_assister_au_repas_Wikip%C3%A9dien_%C3%A0_Paris_le_26_mars_2019}}</ref>.
Cette rencontre était pourtant bien plus profitable au projet Wikipédia que bon nombre de mes journées de conférences organisées aux quatre coins de l'Europe. Grâce à ce repas extrêmement chaleureux, j'ai effectivement pu me lier d'amitié avec une contributrice contre laquelle j'avais ouvert un appel à commentaires<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Appel à commentaires/Utilisateur/Manacore|url=https://web.archive.org/web/20211228231935/https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Wikip%25C3%25A9dia:Appel_%25C3%25A0_commentaires/Utilisateur/Manacore&direction=prev&oldid=156299048}}</ref> suite à diverses altercations que nous avions eues en ligne. Sans cette rencontre informelle, il y a fort à parier que cette animosité serait restée latente et qu'elle aurait probablement plus tard, mobilisé l'attention d'une partie de la communauté Wikipédia dans le cadre de nouvelles disputes.
Au niveau de la Belgique, c'est essentiellement lors des assemblées générales et des conseils d'administration de notre association nationale que je rencontrais d'autres contributeurs aux projets. Ou alors, mais plus rarement toutefois, lors des présentations et ateliers que j'organisais dans le pays. J'ai toujours eu beaucoup de plaisir à présenter le mouvement Wikimédia, que ce soit lors de forums, conférences, rencontres ou séminaires, organisés par mon université, des associations diverses, ou même de petits lieux portés sur par la culture. Le public y était toujours intéressé et relativement nombreux.
Par contre, lors de la dizaine d'ateliers que j'ai pu organiser dans le cadre du mois de la contribution francophone sur les projets Wikimédia, je suis toujours reparti déçu par le nombre de participants. Au mieux, je me suis retrouvé avec 7 participants, alors que plus d'une fois, nous nous retrouvions seul entre organisateurs, voir seul avec moi-même. Sans compter cette fois où la rencontre fut annulée faute de budget pour pouvoir louer une salle. Ma demande de financement de 710 € pour l'organisation de trois jours d'atelier avait en effet été refusée par la Fondation<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Grants:Project/Rapid/Lionel Scheepmans/Mois de la contribution Belgique 2018|url=https://web.archive.org/web/20211120005755/https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Project/Rapid/Lionel_Scheepmans/Mois_de_la_contribution_Belgique_2018}}</ref>. C'était la une nouvelle déception dans ma participation au mouvement, alors que je ne cessais de garder à l'esprit que tout ce temps consacré à soumettre des demandes et répondre aux différentes questions qui les succédèrent, ne contribuait finalement en rien au partage de la connaissance.
Au vu du manque de succès de mes ateliers, j'ai finalement décidé d'organiser les derniers en date dans un centre ouvert pour demandeurs d'asile. J'avais pensé y rassembler de nombreuses personnes au sein d'un public que j'imaginais demandeurs d'activités, mais sans succès. Les quelques rares personnes intéressées furent finalement souvent absentes pour des questions de transport ou des rendez-vous administratifs. Pendant que mes doutes, suite à tous ces échecs, ne cessaient ainsi de grandir, je finis par me demander si une quelconque incompétence de ma part pouvait être liée au phénomène.
Mais en décembre 2017-2018 un événement mit fin à mon questionnement. Ce fut au cours d'une année universitaire proclamée sous le thème du numérique, et durant laquelle une série d'ateliers, comparables aux miens, furent organisés par mon université<ref group="S">{{Lien web|auteur1=UCLouvain|titre=Événement {{!}} Devenir Wikipédien-ne... Pourquoi pas vous ?|url=https://web.archive.org/web/20201206013210/https://uclouvain.be/fr/mondesnumeriques/evenements/atleier-semaine-contributive-a-wikipedia.html}}</ref>. Il y avait cette fois, toute l'artillerie publicitaire nécessaire, une [[w:fr:Wikipédia:Programme d'éducation Benelux/UCLouvain/Semaine contributive 2017-2018|page sur Wikipédia]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:Programme d'éducation Benelux/UCLouvain/Semaine contributive 2017-2018|url=https://web.archive.org/web/20210118211838/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Programme_d%27%C3%A9ducation_Benelux/UCLouvain/Semaine_contributive_2017-2018#Wikipedia_en_d.C3.A9bat}}</ref>, un article de presse<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Corentin Di Prima|titre=Wikithon: qui veut apprendre à contribuer à Wikipédia, avec « Le Soir » ?|url=https://web.archive.org/web/20220327184938/https://www.lesoir.be/125347/article/2017-11-21/wikithon-qui-veut-apprendre-contribuer-wikipedia-avec-le-soir|site=Le Soir|date=21/11/2017}}</ref>, et même des sets de tables distribués dans toutes les cantines, sans oublier tout ce qui a pu être publié sur tous les réseaux sociaux. Eh bien non. Les cessions du campus de Bruxelles furent annulées faute d'inscrits, tandis qu'à Louvain-la-Neuve, quelques étudiants du [[w:fr:Kot-à-projet|kot à projet]] Linux étaient venus, un peu forcés je pense, et sans grande motivation me semblait-il, pour rejoindre l'un ou l'autre curieux. Selon un relevé statistique, il y eut 36 participants inscrits qui auront créé 10 articles et modifié 63 autres<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Outreachdashboard Wmflabs|titre=Venez Contribuer — Programs & Events Dashboard|url=https://web.archive.org/web/20200717183113/https://outreachdashboard.wmflabs.org/courses/UCL/Venez_Contribuer}}</ref>. C'était mieux que tous mes ateliers réunis, et en même temps dérisoire au regard de la quantité d'énergie qui avait été investie et à ce que pourrait offrir toute une université.
Apprendre en face à face à améliorer le contenu des projets Wikimédia n'est donc assurément pas une activité sexy qui rassemble les foules en Belgique et ailleurs si j'en juge des commentaires d'autres organisateurs d’ateliers dans le monde. Un soir lors d'une conversation avec un membre de Wikimédia Canada, venu participer à la WikiConvention francophone à Bruxelles, on en était même arrivé à se dire qu'il était sans doute plus productif de consacrer notre temps et notre énergie à améliorer directement nous-mêmes les projets plutôt que de s'échiner vainement à inciter d'autres à le faire. C'est à ce moment, me semble-t-il, que j'ai décidé d'arrêter de m'investir dans l'organisation d'ateliers. Comme l'écrira en page de discussion de ce chapitre, [[w:fr:Nattes à chat|Nattes à chat]], une personne bien plus investie que moi dans le mouvement en général et dans les ateliers hors ligne en particulier : « peu de personnes lisent, écrivent et ont envie de partager gratuitement leurs savoirs, voilà la réalité. Les wikipédien·ne·s sont des bêtes rares ».
À ceci j'ajouterai que parmi tous les ateliers de formation à la contribution auxquels j'ai assisté, seuls certains édit-a-tons organisés à Bruxelles par d'autres que moi afin de rétablir l'équilibre du genre dans les articles Wikipédia me semblent avoir eu un certain succès. Et le fait d'y avoir rencontré un public, que [[w:fr:Josiane Jouët|Josiane Jouët]] qualifierait sans doute de féministe « de clics »<ref group="M">{{Lien web|nom1=Josiane Jouët|titre=Le Web et les réseaux sociaux, dernière vague du féminisme ?|url=https://web.archive.org/web/20210729150339/http://larevuedesmedias.ina.fr/le-web-et-les-reseaux-sociaux-derniere-vague-du-feminisme|site=La Revue des Médias|date=8 mars 2019}}</ref>, suscita en moi un certain questionnement. Serait-il nécessaire de jumeler ces ateliers avec des actions en faveur d'une cause ou d'une idéologie pour en augmenter la participation ainsi que la rétention ?
Car selon [[w:fr:user:Nattes à chat|Nattes à chat]], qui est très investie dans le projet des sans pagEs, « moins de 3% de rétentions sur les ateliers est un chiffre normal ». Un pourcentage que je ne pense même pas avoir moi-même atteint dans mes ateliers sans thématique et qui pour elle semble satisfaisant puisqu'elle nous dit :
<blockquote>
<small>Mon expérience similaire à la tienne en termes de nombre de participant·e·s aux ateliers débouche sur des conclusions différentes, mais au fond bien parce que mon but est tourné vers la contribution, alors que ton but est d’écrire une thèse. Moi si sur un atelier récurrent je gagne une contributrice régulière sur 20 participant·e·s j’estime que c’est un bon résultat.</small>
</blockquote>
Ceci alors que quelques paragraphes plus loin, elle partage cette impression :
<blockquote>
<small>Venons en au féminisme de clic : il est certes faux de nier le caractère social et de corps de la communauté wikipédienne, mais enfin assimiler les ateliers sur le biais de genre à des réunions de féministes de clics (avec comme référence un article de Jouet qui mentionne surtout les réseaux sociaux comme Twitter ou Facebook et ne fait pas une seule fois mention de Wikipédia) est pour le moins …. réducteur. C’est méconnaître à la fois ces ateliers, et le mouvement féministe.</small>
</blockquote>
Cette remarque, bien sûr, je l'accueille en toute humilité et en renvoyant les lecteurs de ce travail vers mes multiples aveux d'impuissance signalés précédemment, alors que d'autres sont encore à venir. Gardons donc bien à l'esprit que ce travail de recherche ne répond à aucune commande ni à aucun financement, ce qui me laisse libre de m'attarder sur les sujets qui me parlent le plus tout en essayant, tout au mieux et pour le reste, de résumer ce qui se passe au sein du mouvement Wikimédia. Je n'ai pas non plus un avis sur tout et c'est pourquoi j'invite, sur Wikiversité comme ailleurs, ceux et celles qui le veulent, à compléter et rectifier un travail et un thème que je n'aurai fait qu'entamer. Pour le reste et pour ma part, je me contenterai encore dans cette prochaine section, de combler mes nombreuses lacunes en mobilisant des observations réalisées par d'autres.
=== Témoignages et motivations de bénévoles hors ligne ===
Étant donné que les activités hors ligne Wikimédia sont très diverses, les motivations des acteurs hors ligne le sont tout autant. On peut aimer par exemple s'investir au niveau des nombreux comités de gestion et conseil d'administration présents dans le mouvement<ref group="N">Une présentation plus détaillée des comités et conseils du mouvement se situe en [[Recherche:Imagine un monde/Politique#Évolution de la gestion politique de Wikimédia|section 1 du chapitre 7]] consacrée aux aspects politiques du mouvement.</ref>, pour ensuite participer à des réunions à plus grandes échelles lors des régulières conférences et sommets organisés chaque année<ref group="N">Plus d'informations sur les cycles de conférences et les espaces de rencontre se trouvent dans la [[Recherche:Imagine un monde/Cosmographie#Les cycles de conférences et espaces de rencontres|section 14 du chapitre 2]] consacré à l'organisation du mouvement.</ref> pour partager des expériences et planifier la stratégie du mouvement (vidéo 4.7<ref group="V">{{Cite web|auteur=Wikimedia foundation|titre=''Knowledge belongs to all of us''|éditeur=Vidéo de Victor Grigas, cinématographie de Anne Braun et music de Wake et Lawrence Grey|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/File:Knowledge_belongs_to_all_of_us_-_2030.wikimedia.org.webm|date=3 août 2017|site=Wikimedia Commons}}</ref>). D'autres préfèrent sans doute rejoindre des rassemblements moins formels entre contributeurs lors de certaines permanences hebdomadaires organisées dans certaines grandes villes ou à l'occasion de nombreux ateliers d'écritures, concours photos, visites de musées, ou toutes autres activités organisées dans le monde dans le but d'enrichir le contenu des projets.
[[Fichier:Knowledge belongs to all of us - 2030.wikimedia.org.webm|vignette|[[Fichier:Lien_vers_Knowledge_belongs_to_all_of_us_-_2030.wikimedia.org.svg|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1b/Knowledge_belongs_to_all_of_us_-_2030.wikimedia.org.webm|gauche|sans_cadre|50x50px]]Vid. 4.7. Vidéo d'illustration de l'élaboration de la stratégie Wikimédia 2030 (source : https://w.wiki/4LZY)]]
Pour rendre compte de la diversité des motivations des bénévoles actifs hors ligne dans le mouvement, on peut alors s'intéresser à divers témoignages présents sur le Web. Voici comme premier exemple, une nouvelle interview réalisée par l'association Wikimédia France<ref group="M">{{Lien web|nom1=Amélie Cabon|titre=La culture mobilisée pour l'accès à la connaissance : le témoignage de Christelle Molinié|url=https://web.archive.org/web/20211123022849/https://www.wikimedia.fr/la-culture-mobilisee-pour-lacces-a-la-connaissance-le-temoignage-de-christelle-molinie/|site=Wikimédia France|date=2021-01-19}}</ref>, durant laquelle Christelle Malinié répondait à la question : « Comment a commencé votre contribution à Wikipédia ? ».
<blockquote>
<small>C’était en 2012. Je travaillais alors au musée des Augustins dont je cherchais à valoriser les ressources documentaires. À l’occasion d’une journée d’étude de l’ABF à Toulouse en 2011, j’ai découvert le potentiel, la multiplicité et la plasticité des projets Wikimédia. J’ai aussitôt été fascinée par l’ampleur de l’écosystème, et intimement convaincue que la transmission et l’accès au savoir étaient en train de subir une mutation extraordinaire et j’ai eu très envie d’y participer. Tout un chacun a désormais la possibilité de contribuer à la rédaction d’une encyclopédie dont le champ est élargi à l’infra-ordinaire de notre civilisation. À mon arrivée au musée Saint-Raymond il y a 4 ans j’ai pu transposer mon expérience et poursuivre l’aventure dans un nouveau contexte.</small>
</blockquote>
Ce dernier témoignage est intéressant puisqu'il nous fait découvrir qu'il est possible de joindre la mission portée par le mouvement Wikimédia à celle que l'on doit accomplir dans le cadre de ses activités professionnelles. Dans un tel cas de figure, une frontière entre le travail rémunéré hors ligne et les contributions bénévoles en ligne devient alors difficile à concevoir. Sans compter que si l'on ne tient plus compte de la rémunération, c'est alors la notion même de travail qui devient problématique puisque de nouveaux propos recueillis par le journal ''Le Monde'', nous indiquent cette fois qu'il existe des bénévoles en ligne qui n'hésitent pas à s'investir dans un travail de permanence hors ligne<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:WikiPermanence|url=https://web.archive.org/web/20211222080710/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Wikipermanence}}</ref>. Dans l'exemple repris ci-dessous<ref name="Tual" group="M" />, il s'agit précisément de rencontres physiques entre des wikipédiens chevronnés et des nouveaux contributeurs organisées sur Paris.
<blockquote>
<small>« À 56 ans, cadre dans une grande entreprise industrielle, elle compte près de 500 000 contributions depuis son arrivée sur Wikipédia il y a six ans. « ''C’est une passion, ça me prend 5 à 6 heures par jour, c’est énorme !'' » [...] « ''Je regarde, je corrige, j’annule, je retire le vandalisme. j’entretiens l’encyclopédie pour ne pas qu’elle se dégrade.'' » Mais son investissement dans Wikipédia ne se limite pas à l’écran, et déborde largement hors-ligne. Lors de ces Wikipermanences, bien sûr, qui « ''permettent de se voir entre nous et de nous faire une bouffe'' » mais aussi à l’occasion d’autres événements de la communauté ».</small>
</blockquote>
Ces témoignages issus du contexte européen ne sont pas pour autant représentatifs de ce qui se passe dans le reste du monde. En Europe, une grande majorité de la population bénéficie d'un revenu garanti, et ce peu importe que l'on soit sous contrat de travail ou non. Dans un premier cas de figure, la participation au mouvement s'inscrit en renforcement d'une mission liée à un contrat de travail, comme pour les bibliothécaires par exemple<ref group="B">{{Article|prénom1=Laurie, Llebot, Clara|nom1=Bridges|titre=Librarians as Wikimedia Movement Organizers in Spain: An interpretive inquiry exploring activities and motivations|périodique=FM First Monday|date=2021|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20210911111505/https://journals.uic.edu/ojs/index.php/fm/article/view/11482/10138}}</ref>. Dans un second, on trouve parmi les bénévoles des retraités, étudiants et travailleurs sans enfants, des personnes qui profitent de leur temps libre pour transformer leur participation au mouvement en une forme de loisir. Sauf que ces deux situations, ne sont pas communes à l'ensemble des êtres humains. Pour s'en rendre compte, on peut alors se pencher cette fois sur des témoignages en provenance d'une recherche qualitative réalisée par la Fondation au sujet des « ''Wikimedia Movement Organizers'' ».
Organisateur international :
<blockquote>
<small>La ressource la plus précieuse dont nous disposons en tant que mouvement est le temps des bénévoles.<ref group="T">''The most valuable resource we have as a movement is volunteer time.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
Organisateur ghanéen :
<blockquote>
<small>La présence physique est très importante. Vous avez l'impression de faire partie d'une équipe. C'est un sentiment d'appartenance.<ref group="T">''Physical presence is very important. You feel like you are a team. It’s a sense of belonging.''</ref></small><ref group="M" name="Movement Organizers">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation & Concept Hatchery|titre=Wikimedia Movement Organizers|url=https://web.archive.org/web/20210827163430/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8b/Wikimedia_Movement_Organizers_Study.pdf|site=commons.wikimedia.org|date=2019|page=45, 12, 51, 59, 24, 52, 69 (par ordre de citation)}}</ref>
</blockquote>
Organisatrice argentine :
<blockquote>
<small>Reconnaissez que l'engagement peut être variable. Les vies sont de plus en plus précaires. Le temps que l'on a pour les intérêts, ils sont de plus en plus compliqués. Nous pouvons inviter mais nous ne pouvons pas exiger de dévouement.<ref group="T">''Recognize that commitment can be variable. Lives are more and more precarious. The time that you have for interests, they are getting more complicated. We can invite but we can not demand dedication.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
Organisateur étasunien :
<blockquote>
<small>Vous mesurez les choses que la Fondation veut mesurer, pas ce qui nous est utile.<ref group="T">''You measure things the Foundation wants to measure, not what’s useful to us''</ref><ref name="Movement Organizers" group="M" /></small>
</blockquote>
Organisateur ivoirien :
<blockquote>
<small>La documentation offshore indique que vous devez trouver des bibliothèques publiques et y organiser votre événement, mais cela suppose que les bibliothèques disposent d'Internet. Réfléchissez toujours à ce que vous avez à offrir pour le volontariat. Le volontariat doit être adapté au contexte et à la réalité de ce à quoi les gens ont accès ici. La façon dont vous expliquez aux gens comment faire du volontariat doit être traduite dans un langage adapté à l'endroit où ils se trouvent.<ref group="T">''The offshore documentation says you need to find public libraries and host your event there, but that takes for granted that libraries have internet. Always think about what you have to put on the table for volunteering. Volunteering has to be contextualized and put into reality to what people can access here. The way you tell people how to volunteer has to be translated into a language that is relative to where people are.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
Ancien organisateur :
<blockquote>
<small>C'est beaucoup de travail émotionnel. Vous ne pouvez pas mettre cela entre les mains de volontaires. Vous avez besoin de professionnels qui peuvent arbitrer ce type de tensions et de conflits.<ref group="T">''It’s a lot of emotional labor. You can not put this on the hands of volunteers. You need professionals who can mediate these types of tensions and conflicts.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
''Gender activist Organizer'' :
<blockquote>
<small>J'ai fait un tas d'activités, je crois que j'ai fait mon temps. Entre une carrière et ce travail bénévole, il n'est pas possible de maintenir ce niveau d'activité. Je fais ce que je peux. Je dois rationner l'énergie que j'ai.<ref group="T">''Have done a bunch [sic] activities, I guess I have run my course. Handling a career and this volunteer work, it is not possible to keep up this level of activity. I do what I can. I have to ration the energy I have.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
Un autre organisateur :
<blockquote>
<small>Lorsqu'on a besoin d'argent, les gens diront ce qu'ils ont à dire pour l'obtenir. Les Fondations aiment se considérer comme ouvertes d'esprit et progressistes. Avez-vous été dans ces bureaux d'aides aux plus pauvres où les gens n'ont pas d'argent et sont en mode survie ? Ils ont juste besoin d'une chaise. Et vous parlez de changement systémique. Mais si c'est ce qu'il faut pour obtenir votre argent, ils peuvent aussi parler de changement systémique.<ref group="T">''When you need money, people will say what they need to say to get the money. Foundations like to think of themselves as open minded and progressive. Have you been to these grassroots offices where people have no money and are in survival mode? They just need a chair. And you are talking about systemic change. But if that’s what it takes to get your money they can talk about systemic change too.''</ref></small><ref name="Movement Organizers" group="M" />
</blockquote>
Le mouvement Wikimédia n'échappe bien sûr pas à ce phénomène, d'autant plus que la quantité de fonds destinés à financer des projets ne cesse d'augmenter. Ainsi, pour tenter sa chance en s'adaptant au discours de la Fondation, mieux vaut toutefois communiquer aisément en anglais. En Afrique, là où les francophones sont nettement majoritaires par rapport aux anglophones, le Ghana aura ainsi réussi à s'offrir la part du lion, puisqu'on y retrouve déjà deux [[w:fr:Wikimédien de l'année|Wikimédiens de l'année]] sur un total de neuf élus<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedians of the Year|url=https://web.archive.org/web/20211120005332/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedians_of_the_Year}}</ref>, tout en sachant qu'il est possible de choisir les wikipédiens de l'année dans plus d'une centaine de pays.
Parmi les deux élus ghanéens, on y retrouve par ordre de nomination, un ''« social entrepreneur'' » et une femme professionnellement active dans la sphère des médias. Ces personnes étaient en conflit lors de ma visite au pays, un [[w:fr:Wikipedia:Drama|Wikidrama]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipedia|titre=Wikipedia:Drama|url=https://web.archive.org/web/20211218023249/https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Drama}}</ref> comme me l’expliquait un autre ghanéen impliqué dans le mouvement. Ce différend avait d'ailleurs donné naissance à deux organisations distinctes pour un seul pays, avec d'un côté, le ''Wikimedia Ghana User Group'', créé par la journaliste<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Ghana User Group|url=https://web.archive.org/web/20211120005311/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Ghana_User_Group}}</ref> et de l'autre l'''Open Foundation West Africa''<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Open Foundation West Africa|titre=Home|url=https://web.archive.org/web/20211124090325/https://ofwafrica.org//}}</ref> créée par l'entrepreneur. Quelques années plus tard, il est donc intéressant de constater que ces deux Ghanéens ont été engagés par la Fondation Wikimédia, la femme en tant que spécialiste des relations communautaires<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Sandister Tei|url=https://web.archive.org/web/20211022070523/https://wikimediafoundation.org/profile/sandister-tei/}}</ref> et l'homme comme chargé de programme senior<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=User:FNartey (WMF).|url=https://web.archive.org/web/20211120005140/https://meta.wikimedia.org/wiki/User:FNartey_(WMF)}}</ref>.
S'investir dans le mouvement, peut donc parfois permettre d'y décrocher un emploi et de manière d'autant plus efficace que l'on est actifs hors ligne et en contact avec les personnes actives dans cette sphère. C'était là en tout cas ce qui ressortait du témoignage de la directrice de l'association ''Wikimedia Nederland'', qui lors de ma formation de membre de conseil d'administration à Berlin<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Summit 2019/Boards Training|url=https://web.archive.org/web/20211120011206/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Summit_2019/Boards_Training}}</ref>, affirmait que l'activité d'éditeur n'était pas un atout pour postuler chez elle. Un avis que ne contredira sans doute pas [[w:fr:Justin Knapp|Justin Knapp]], cet éditeur de Wikipédia en anglais qui aura cumulé de nombreux petits boulots pendant qu'il réalisait son million d'éditions<ref name="contributeur" group="M">{{Lien web|auteur1=La rédaction|titre=L’étrange quotidien du plus grand contributeur de Wikipédia|url=https://web.archive.org/web/20211106205405/https://www.lesoir.be/art/1019940/article/soirmag/actu-soirmag/2015-10-18/l-etrange-quotidien-du-plus-grand-contributeur-wikipedia|site=Le Soir|date=18/10/2015}}</ref>. Lors d'une interview où il se présentait comme un diplômé universitaire en science politique et philosophie vivant grâce à de petits boulots<ref group="M">{{Lien web|auteur1=L'Obs|titre=Wikipedia : l'homme qui valait un million "d'edits"|url=https://web.archive.org/web/20211222232706/https://www.nouvelobs.com/les-internets/20120425.OBS7089/wikipedia-l-homme-qui-valait-un-million-d-edits.html|site=Nouvel Obbs.com|date=25 avril 2012}}</ref>, il nous fit cet aveu « J'ai déjà utilisé mon travail sur Wikipédia pour essayer de trouver un emploi, mais cela n'a jamais réussi. »<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Sam Greenspan|titre=11 Questions With the First Person to Make One Million Wikipedia Edits|url=https://web.archive.org/web/20201111200851/https://11points.com/11-questions-first-person-make-one-million-wikipedia-edits/|site=11 Points|date=16 mars 2018}}</ref>. En revanche, je pourrais citer de mémoire plus d'une dizaine de bénévoles impliqués dans les activités hors ligne du mouvement et qui finirent par être engagés au sein du mouvement.
=== Le personnel rémunéré ===
En abordant cette section consacrée aux travailleurs rémunérés par le mouvement Wikimédia, je dois faire part ici d'une nouvelle limite à mon observation participante. Comme nous n'avons jamais eu d'employés dans l'association Wikimédia Belgique, ma fréquentation des personnes rémunérées par le mouvement s'est donc limitée à quelques échanges lors des événements ou durant mes demandes de subventions. En qualité de chercheur d'emploi, j'ai bien tenté à plusieurs reprises de rejoindre les salariés de la ''Wikimedia Foundation'', mais toujours sans succès. Au niveau de mes recherches, cette démarche ne fut pas inutile pour autant, puisqu'elle m'apporta des informations sur les conditions de travail de ses employés.
En répondant à plusieurs offres d’emploi affichées sur le site de la Fondation, il m'a semblé qu'elle était très généreuse dans l'attention qu'elle porte à ses employés. Ces derniers bénéficient effectivement d'une assurance médicale complète pour tous les employés et leurs familles, congé parental payé à 100 % de sept semaines avec boni de cinq<ref name="Work with us" group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Work with us|url=https://web.archive.org/web/20220101121322/https://wikimediafoundation.org/about/jobs/}}</ref> semaines pour la grossesse, 1 800 $ annuel, en plus du remboursement des cours pour la formation continue, garde d'enfant, activité sportive, etc., cotisation retraite jusqu'à 4 % du salaire annuel, 22 jours fériés par an, assurance vie et invalidité (2 x le salaire), sont autant de conditions contractuelles qu'il faudra sans doute replacer dans le contexte américain.
Au siège de la Fondation s'ajoute ensuite « collations pour alimenter votre réflexion, des massages mensuels, une salle de sport, des cours de yoga, un marché fermier hebdomadaire, une salle de bains non-sexiste, un déjeuner mensuel du personnel, et plus encore. ». Quant au personnel à distance, il reçoit un ordinateur portable, un moniteur et une allocation unique pour couvrir tous les besoins supplémentaires. Comme autre signe de bienveillance envers ses employés, la fermeture des bureaux a été effective dès l'arrivée de la pandémie Covid-19. Ceci tout en sachant qu'en mars 2020, 64 % des employés travaillaient déjà à distance, et que leurs heures de travail furent réduites à 20 h par semaine pour un plein salaire<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Katherine Maher|titre=Amid COVID-19, Wikimedia Foundation offers full pay for reduced hours, mobilizes all staff to work remote, and waives sick time|url=https://web.archive.org/web/20210311100509/https://wikimediafoundation.org/news/2020/03/06/wikimedia-foundation-will-close-san-francisco-office-and-encourage-remote-work-for-march-2020-amidst-covid-19-concerns/|site=Wikimedia Foundation News|éditeur=|date=6 March 2020}}</ref>.
[[Fichier:Talent and Culture Department Highlights from the Wikimedia Foundation 2021-2022 Annual Plan.webm|vignette|200x200px|[[Fichier:Qr code Talent and Culture Department Highlights.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e8/Talent_and_Culture_Department_Highlights_from_the_Wikimedia_Foundation_2021-2022_Annual_Plan.webm]]Vid. 4.8 Interview de la Chef Talent and Culture Officer (source : https://w.wiki/4f$8)]]
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}</graph>
|-
|Fig. 4.60. Évolution du nombre d'employés de la Fondation au cours des années 2000.
2005<ref name="S" group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Current staff - 2007-10-12|url=https://web.archive.org/web/20071012194347/http://wikimediafoundation.org:80/wiki/Staff|consulté le=}}</ref>, 6<ref name="S" group="S" />, 7<ref name="S" group="S" />, 8<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff - 2008-10-11 |url=https://web.archive.org/web/20081011232624/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 9<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff - 2009-12-12|url=https://web.archive.org/web/20091212075931/http://wikimediafoundation.org:80/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>,
10<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff - 2010-10-07|url=https://web.archive.org/web/20101007212618/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 11<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2011-10-31|url=https://web.archive.org/web/20111031010428/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 12<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2012-10-12|url=https://web.archive.org/web/20121012052719/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 13<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors -2013-10-09 |url=https://web.archive.org/web/20131009203938/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 14<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2014-10-07|url=https://web.archive.org/web/20141007143652/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>,
15<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2015-10-02|url=https://web.archive.org/web/20151002143055/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 16<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2016-09-03|url=https://web.archive.org/web/20160903013450/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 17<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and contractors - 2017-10-13|url=https://web.archive.org/web/20171013225622/http://wikimediafoundation.org/wiki/Staff|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 18<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and Contractors – 2018-10-14|url=https://web.archive.org/web/20181014141322/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 19<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and Contractors – 2019-10-10|url=https://web.archive.org/web/20191010030447/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>,
20<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and Contractors – 2020-10-10|url=https://web.archive.org/web/20201010235121/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>, 21<ref group="S">{{Lien web|titre=Staff and Contractors – 2021-10-10|url=https://web.archive.org/web/20211010025110/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/|auteur1=Wikimedia Foundation}}</ref>
|}
Au niveau du nombre et alors que la fondation fut créée le 20 juin 2003<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Floride Division of Corporations|titre=Detail by Entity Name|url=https://web.archive.org/web/20160618194844/http://search.sunbiz.org/Inquiry/CorporationSearch/SearchResultDetail?inquirytype=EntityName&directionType=Initial&searchNameOrder=WIKIMEDIAFOUNDATION%20N030000053230&aggregateId=domnp-n03000005323-6dc7ff3a-b7ba-4c97-9b9e-4545cef1ca0a&searchTerm=Wikimedia&listNameOrder=WIKIMEDIAFOUNDATION%20N030000053230}}</ref> et qu'elle a fonctionné jusque début 2007 sans PDG ni directeur technique<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Vincent Delfau|titre=Wikimedia recueille plus d'un million de dollars de dons|url=https://web.archive.org/web/20160303200518/http://www.lemondeinformatique.fr/actualites/lire-wikimedia-recueille-plus-d-un-million-de-dollars-de-dons-21860.html|site=Le Monde Informatique|éditeur=|date=18 Janvier 2007}}</ref> pour ne compter qu'une douzaine d'employés en fin de cette même année<ref name="S" group="S" />, on constate alors que moins de quinze ans plus tard, soit en 2021, son personnel approchait les 600 employés. Cette évolution se visualise au départ du graphique créé ci-contre (figure 4.60), qui fut réalisé en comptant le nombre d'employés présents sur les archives de la page ''Staff and contractors'' du site de la fondation. La précision de ce graphique dépend donc de celle des informations reprises, tout en sachant déjà que dans une vidéo publiée le 13 juillet 2021 (vidéo 4.8<ref group="V">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Talent and Culture Department Highlights from the Wikimedia Foundation 2021-2022 Annual Plan|url=https://web.archive.org/web/20220112231902/https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Talent_and_Culture_Department_Highlights_from_the_Wikimedia_Foundation_2021-2022_Annual_Plan.webm?uselang=fr|site=Wikimedia Commons|date=2022-01-12}}</ref>), la directrice du département Talent et Culture affirmait que la fondation comptait plus de 600 employés répartis dans 50 pays. Ceci alors que la page du site dédiée à la présentation du personnel de la Fondation n'en reprenait que 458 personnes<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Staff and Contractors 13.07.2021|url=https://web.archive.org/web/20210713121704/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/}}</ref>. Quoi qu'il en fut et si l'on se fie donc au dire de la directrice des ressources humaines, cela signifie donc une augmentation annuelle moyenne de plus de 42 employés par an ou plus de trois nouveaux arrivants par mois.
On peut tenir compte ensuite du fait que la Fondation, au cours de l'année 2021, a dépensé près de 68 millions de dollars US en salaires bruts<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimédia Foundation Wiki|titre=Consolidated Financial Statements June30, 2021 and 2020|url=https://web.archive.org/web/20211216213905/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/foundation/1/1e/Wikimedia_Foundation_FY2020-2021_Audit_Report.pdf}}</ref> pour un total estimé donc de 600 employés. Ce qui veut donc dire, puisque la dépense annuelle de 2021 en salaires bruts fut 68 millions, que le salaire brut annuel moyen des employés de la Fondation devait donc tourner aux alentours des 11 333 dollars US par mois, hors avantages en nature. Ceci tout en sachant enfin qu'une grande part de ces employés travaillent depuis leurs domiciles ou en tout cas hors des bureaux de la fondation, comme le confirment encore les offres d'emplois affichées sur le site de la Fondation en janvier 2022<ref name="Work with us" group="S" />. Sur 28 postes à pourvoir, un seul en effet devait être presté au siège de la Fondation, alors qu'un seul autre exigeait d'habiter sur le territoire des États Unis.
[[Fichier:Lien_Wikimedia_Foundation_staff_and_contractors.svg|lien=https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/|sans_cadre|50x50px|droite]]
Pour connaitre enfin les posts occupés par tous ces employés, j'ai alors observé de nouveau et plus attentivement la page de présentation du personnel de la Fondation qu'il est possible de consulter via le code QR repris ci-contre pour y découvrir son état actuel. Suite à mes observations, j'ai ainsi découvert que la moitié de son personnel environ est assigné à la gestion, au maintien et l'amélioration de l'espace numérique Wikimédia dédié au partage des connaissances. L'autre moité du personnel, s'emploie quant à lui à des activités diverses regroupées par [[m:Wikimedia Foundation departments/fr|départements]], avec des équipes dont le nombre peut varier selon que l'on consulte les informations situées sur le site Meta-Wiki<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Départements de Wikimedia Foundation|url=https://web.archive.org/web/20211118125828/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_departments/fr}}</ref> ou sur le site de la Fondation<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation|titre=Staff and Contractors|url=https://web.archive.org/web/20220107092707/https://wikimediafoundation.org/role/staff-contractors/}}</ref>. Voici donc repris ci-dessous pour s'en faire une idée, les équipes qui composent ces départements avec le nombre d'employés (repris entre parenthèses).
[[m:Wikimedia Foundation Chief Executive Officer/fr|Bureau du Directeur général et chef de la direction de la Foundation]]<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Directeur général et chef de la direction de Wikimedia Foundation|url=https://web.archive.org/web/20220105180854/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Chief_Executive_Officer/fr|site=}}</ref> (3 personnes)
[[metawiki:Wikimedia Foundation Advancement department|Le département progrès]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation Advancement department|url=https://web.archive.org/web/20201030025046/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Advancement_department|date=}}</ref> (62 personnes) s'occupe de la collecte de fonds, des partenariats stratégiques et des programmes de subventions qui alimentent le mouvement.
{{colonnes|
*Direction (5)
*Ressource communautaire (9)
*Opérations de collecte de fonds (11)
*Dons majeurs et fonds de dotation (11)
*Récolte de fonds en ligne (12)
*Partenariat (11)
*''Wikimedia Enterprise'' (4)
|nombre=2}}
[[metawiki:Communications/fr|Le département communication]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=La Communication|url=https://web.archive.org/web/20210218201130/https://meta.wikimedia.org/wiki/Communications/fr|date=}}</ref> (32 personnes) assure le partage des informations au sujet du mouvement Wikimédia, des projets Wikimédia et du travail de la Fondation elle-même.
{{colonnes|
* Direction (5)
* Gestion de marque (6)
* Équipe de communication (7)
* Marketing (6)
* Communication avec le mouvement (8)
|nombre=2}}
[[metawiki:Wikimedia Foundation Finance and Administration department|Le département finance et administration]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation Finance and Administration department|url=https://web.archive.org/web/20201029210030/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Finance_and_Administration_department|date=}}</ref> (38 personnes) a en charge la gestion des fonds et des ressources de la Fondation, en accord avec ses valeurs fondamentales de transparence et de responsabilité.
{{colonnes|
* Direction (2)
* Opérations financières (11)
* Stratégie financière (12)
* [[m:WMF Office IT/fr|IT Service]] (5)
* [[m:Wikimedia Foundation Administration team|Administration des bureaux]] (9)
|nombre=2}}
[[metawiki:Wikimedia Foundation Legal department/fr|Le département juridique]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Département juridique|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Legal_department/fr}}</ref> (29 personnes) s'occupe des supervisions juridiques pour la Fondation sans prendre, pour autant, le rôle d'avocat pour la communauté et les organisations affiliées.
{{colonnes|
* Développement communautaire (5)
* Résilience et durabilité des communautés (1)
* Affaires juridiques (5)
* Stratégie du mouvement et gouvernance (3)
* Vie privée (4)
* Politique publique (4)
* Droit des technologies (5)
* Confiance et sécurité (1)
|nombre=2}}
[[metawiki:Wikimedia Foundation Operations department|Le département opération]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation Operations department|url=https://web.archive.org/web/20201029161158/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Operations_department|date=}}</ref> (5 personnes) exécute la stratégie et la vision de l'organisation en se basant sur la connaissance du marché, les points de preuve des données et l'excellence opérationnelle.
{{colonnes|
* Direction (1)
* Données et perspectives mondiales (4)
|nombre=2}}
[[mw:Wikimedia Product/fr|Le département produit]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=Produit Wikimédia|url=https://web.archive.org/web/20200809092641/https://www.mediawiki.org/wiki/Wikimedia_Product/fr|date=}}</ref> (163 personnes) construit, améliore et gère les fonctionnalités des sites Wikimédia.
{{colonnes|
* Direction (1)
* Wikipédia function (7)
* AHT (6)
*Application mobile (6)
* Ingénierie communautaire (2)
* Programmes communautaires (10)
* Relation communauté (8)
* Gestion des produits des contributeurs (8)
* Conception des systèmes (3)
* Ingénierie d'édition (6)
* Croissance (4)
* Langages et traduction (11)
* Analyse syntaxique et infrastructure (7)
* Produit plate-forme (3)
* Analyse produit (10)
* Conception produit (16)
* Stratégie de conception produit (7)
* Infrastructure produit (1)
* Gestion du programme (3)
* Produit lecteurs (4)
* Structure des données (6)
* Gestion du programme technique (5)
* Outils de confiance et sécurité (4)
* Web (7)
* Vœux de la communauté (5)
|nombre=2}}
[[metawiki:Wikimedia Foundation Talent and Culture department|Le département talents et culture]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation Talent and Culture department|url=https://web.archive.org/web/20201030123956/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_Talent_and_Culture_department|date=}}</ref> (26 personnes) assure le recrutement, le leadership, le développement organisationnel et la gestion du personnel.
{{colonnes|
* Direction (6)
* Diversité et inclusion (4)
* Apprentissage et développement (3)
* Opérationnel (7)
* Recrutement (7)
|nombre=2}}
[[metawiki:Wikimedia Technology/fr|Le département technologie]]<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=Technologie Wikimédia|url=https://web.archive.org/web/20200815053714/https://www.mediawiki.org/wiki/Wikimedia_Technology/fr}}</ref> (138 personnes) construit, améliore et maintient l’infrastructure des sites Wikimédia.
{{colonnes|
* Dorectop, (4)
* Architecture (7)
* Gestion opérationnelle des data center (4)
* Ingénierie des données (7)
* Gestion technique pour la levée de fonds (10)
* Machine learning (5)
* Performances (4)
* Ingénierie des plates-formes (15)
* Test et qualité (9)
* Versions logiciel (7)
* Recherche (8)
* Plateforme de recherche (6)
* Sécurité (11)
* Ingénierie de la fiabilité des sites (33)
* Engagement technique (12)
|nombre=2}}
Tout ceci en tenant compte que les travailleurs de chaque équipe peuvent ensuite se mélanger en se répartissant dans différents projets tels que :
* Projet croissance et engagement des nouveaux éditeurs dans les projets de tailles intermédiaires<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=Croissance|url=https://web.archive.org/web/20201028060048/https://www.mediawiki.org/wiki/Growth/fr|date=}}</ref>.
* Projet éditeur visuel<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=ÉditeurVisuel/Portail|url=https://web.archive.org/web/20200808093903/https://www.mediawiki.org/wiki/VisualEditor/Portal/fr|date=}}</ref>.
* Projet application mobile<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=Applications Wikimedia|url=https://web.archive.org/web/20200920110220/https://www.mediawiki.org/wiki/Wikimedia_Apps/fr|date=}}</ref>
* Projet améliorations de l'expérience pour les ordinateurs de bureaux<ref group="S">{{Lien web|auteur=MediaWiki|titre=Lecture/Web/Améliorations pour ordinateur|url=https://web.archive.org/web/20201030231430/https://www.mediawiki.org/wiki/Reading/Web/Desktop_Improvements/fr|date=}}</ref>
* Etc.
[[Fichier:Lien vers Category-Wikimedia Foundation's 2021-22 Annual Plan.svg|Lien vers une page web rassemblant les vidéos|50x50px|droite|sans_cadre]]
En sachant qu'il est possible de visionner toute une série d'interviews du personnel de la Fondation à l'occasion de l'élaboration de son plan annuel 2021-2022<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Commons|titre=Category:Wikimedia Foundation's 2021-22 Annual Plan|url=https://web.archive.org/web/20210804075506/https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Wikimedia_Foundation%27s_2021-22_Annual_Plan}}</ref> (code QR ci-contre), on peut donc remarquer dès à présent qu'aucune de ces équipes ne travaille sur l'édition des projets Wikimédia. Ce qui confirme donc bien que cette tâche est réservée aux bénévoles du mouvement ou encore à des personnes rémunérées, mais dans ce cas, à l'extérieur du mouvement. D'ailleurs, il m'a toujours semblé que le mouvement répugnait à accorder directement des fonds à des personnes ou organismes qui désirent contribuer à la croissance du contenu Wikimédia. Tel fut en tout cas mon ressenti en tant qu'employé de l'ONG [[w:fr:Louvain Coopération|Louvain Coopération]] lorsque j'ai déposé une demande de subside qui allait dans ce sens, mais qui fut refusée par le comité de sélection composé de bénévoles recrutés et assistés par la Fondation. Suite à ce refus, je me suis donc limité dans le cadre de mon travail dans l'ONG, à créer et développer son article sur Wikipédia [https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Louvain_Coop%C3%A9ration&action=history en français] et [https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Louvain_Coop%C3%A9ration&action=history en anglais], tout en respectant les conditions générales d'utilisation des projets Wikimédia, [[w:fr:Wikipédia:Contributions rémunérées|adaptées sur Wikipédia en français]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikipédia|titre=Wikipédia:Contributions rémunérées|url=https://web.archive.org/web/20210110093142/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Contributions_r%C3%A9mun%C3%A9r%C3%A9es}}</ref> qui interdisent les « [[foundation:Terms of Use/fr#4._Restrictions_de_certaines_activit%C3%A9s|contributions rémunérées sans divulgation]] » <ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikimedia Foundation Wiki|titre=Conditions d’utilisation|url=https://web.archive.org/web/20210506110108/https://foundation.wikimedia.org/wiki/Terms_of_Use/fr#4._Restrictions_de_certaines_activit%25C3%25A9s}}</ref>.
[[Fichier:Lien_vers_la_page_Wikimedia_locaux_sur_le_site_Meta-Wiki.svg|lien=https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_chapters/fr|droite|sans_cadre|50x50px]]
Pour en revenir à ce qui se passe à l'intérieur du mouvement, il faut également s'intéresser à ce qui se passe dans les associations nationales. Comme il y en avait 38 à l'heure ou j'écris cette phrase, il me fut donc impossible de me lancer dans une description détaillée de leur personnel. Et puisque leurs nombres et la quantité de membres et de salariés qu'elles rassemblent est en perpétuel changement, il m'apparut plus utile de renvoyer le lecteur intéressé vers une page web régulièrement mise à jour située sur le projet Meta-Wiki (Code QR ci-contre). Pour le reste, je signale ici que toutes ces associations se dédient principalement au soutien des bénévoles, à l'établissement de partenariats avec des instances publiques ou privées locales, ainsi qu'à l'organisation de concours, d'ateliers ou tout autres activités susceptible d’accroître le contenu des projets et la libre diffusion des connaissances. L'association allemande fait toutefois figure d'exception, puisque avec plus de 140 employés<ref group="M">{{Lien web|url=https://web.archive.org/web/20210603013514/https://medieninsider.com/christian-humburg-wird-vorstandschef-von-wikimedia-deutschland/4846/|titre=Christian Humborg wird Vorstandschef von Wikimedia Deutschland|date=10 mai 2021|auteur=Medieninsider|site=Medieninsider}}</ref>, celle-ci s'occupe aussi du maintien et du développement du projet Wikidata et des autres projets qui en découlent<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Deutschland/Movement Reporting/Software Development|url=https://web.archive.org/web/20220112155246/https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Wikimedia_Deutschland%2FMovement_Reporting%2FSoftware_Development&oldid=22560182}}</ref>. Au niveau de la francophonie deux de ces associations nationales, la belge et la canadienne, fonctionnent sans employés, tandis que deux autres, la française et la suisse, disposent chacune d'environ une dizaine d'employés.
Pour bien comprendre la dynamique du mouvement, il faut ensuite savoir que toutes ces personnes rémunérées dans le mouvement ne sont pas autorisées à éditer le contenu des projets dans le cadre de leurs activités professionnelles. Ce règlement a pour but de protéger toutes les organisations Wikimédia qui engagent du personnel en se préservant de toute responsabilité éditoriale envers les contenus Wikimédia. Grâce à cette règle, il est alors possible de renvoyer les plaintes vers la Fondation qui les traitera en qualité d'hébergeur. Dans les cas de figure apparus notamment [[n:fr:Droit en France : la Fondation Wikimedia a un statut d'hébergeur|en France]]<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikinews|titre=Droit en France : la Fondation Wikimedia a un statut d'hébergeur|url=https://web.archive.org/web/20181213065621/https://fr.wikinews.org/wiki/Droit_en_France_:_la_Fondation_Wikimedia_a_un_statut_d%27h%C3%A9bergeur|date=}}</ref> et en Italie<ref group="M">{{Lien web|auteur1=|prénom1=Jacob|nom1=Rogers|titre=Victory in Italy: Wikimedia wins lawsuit against former Minister of Defense|site=Diff|date=20 mai 2018|url=https://web.archive.org/web/20211119140551/https://diff.wikimedia.org/2018/03/20/lawsuit-victory-italy/|pages=}}</ref>, les litiges sont alors traités conformément à la loi des États-Unis, qui exigera un retrait des informations, mais sans que la Fondation doive pour autant assumer la responsabilité juridique des éventuels préjudices qui découleraient de leurs publications.
Ceci étant dit, cela n'empêche pas que des personnes extérieures au mouvement soit rémunérées pour éditer le contenu des projets Wikimédia. Rappelons-nous déjà de cette documentaliste dont il fut question précédemment. Elle ne fut, à vrai dire, qu'un simple exemple parmi bien d'autres employés de Galeries, bibliothèques, archives et musées, dont certaines de leurs activités professionnelles consistent à publier des informations et documents divers en provenance de leurs institutions dans les projets Wikimédia. Pensons ensuite à tous les employés des services de communications, qui dans les entreprises, administrations, cabinets ministériels ou autres, veillent à maintenir ou améliorer le contenu des projets au bénéfice de leurs employeurs. C'est là autant de contributions intéressées dont certaines, comme nous le verrons bientôt dans le prochain chapitre, furent identifiées comme problèmatiques, alors que de mon côté, j'ai eu l'occasion, lors de mes ateliers d'édition, d'avertir certains de ces employés sur ce qu'il ne fallait pas faire.
C'est donc dans le but de contrôler autant que possible tous ces conflits d'intérêts<ref group="S">{{Lien web|langue=|auteur1=Meta-Wiki|titre=Conflict of interest editing|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/Conflict_of_interest_editing|site=meta.wikimedia.org}}.</ref><ref group="B">{{Article|langue=|prénom1=William|nom1=Beutler|titre=Paid with Interest: COI Editing and Its Discontents|périodique=Wikipedia @ 20 : stories of an incomplete revolution|date=2020|doi=10.7551/mitpress/12366.003.0008|lire en ligne=https://direct.mit.edu/books/book/4956/chapter/1879818/Paid-with-Interest-COI-Editing-and-Its-Discontents}}</ref> que de nouvelles conditions d'utilisations applicables au sein des projets furent spécialement conçues pour les contributions rémunérées<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Politiques alternatives de révélation des contributions rémunérées|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/Alternative_paid_contribution_disclosure_policies/fr}}.</ref>, de telle sorte à compléter celles qui étaient déjà existantes<ref name="Conditions" group="S" />. Sous peine de blocage de compte ou d'adresse IP, il fut alors exigé que les contributions rémunérées soient déclarées comme telles, soit sur la page du compte utilisateur, soit sur les pages de discussions associées aux pages éditoriales. Et c'est donc grâce à cette nouvelle réglementation, une « chasse aux sorcières »<ref group="M">{{Lien web|langue=|nom1=Bateman|prénom1=Oliver Lee|titre=Wikipedia Is Being Ripped Apart By a Witch Hunt For Secretly Paid Editors|url=https://web.archive.org/web/20220106085056/https://www.vice.com/en/article/535yaq/wikipedia-is-being-ripped-apart-by-a-witch-hunt-for-secretly-paid-editors-id|site=Vice|date=2017-02-02}}.</ref> permit de canaliser l'apparition d'entreprises de type [[w:fr:E réputation|E réputation]] tel que [[w:Wiki-PR|Wiki-PR]], qui sont spécialisées dans l'édition payante des articles de Wikipédia. Et un contrôle qui, rappelons-le, ne concerne pas uniquement les employés de ce type d'entreprise, mais toute personne rémunéré pour éditer les projets, y compris les personnes employées par le mouvement<ref group="M">{{Lien web|langue=|auteur1=Paul Gallagher|titre=Top Wikipedia employee fired over taking money for edits|url=https://web.archive.org/web/20220106085018/https://www.independent.ie/world-news/top-wikipedia-employee-fired-over-taking-money-for-edits-29906734.html|site=Independent|date=11 janvier 2014}}</ref>, comme l'aura compris trop tard sans doute cette employée de la Fondation prise en défaut et licenciée en janvier 2014<ref group="M">{{Lien web|nom1=Geoffroy|prénom1=Romain|titre=Une employée de Wikipédia débarquée pour avoir monnayé ses articles|url=https://web.archive.org/web/20210511221033/https://www.lesinrocks.com/actu/employee-wikipedia-debarquee-monnaye-articles-120135-16-01-2014/|site=[[w:fr:Les Inrockuptibles|Les Inrockuptibles]]|lieu=|date=16 janvier 2014}}</ref>.
Alors qu'ils furent initialement produits et gérés par des volontaires, les projets Wikimédia font donc aujourd'hui l'objet d'une activité salariale en constante augmentation, tandis que des rumeurs circulent au sein du mouvement à la suite de certains propos tenus par [[w:fr:Katherine Maher|Katherine Maher]], la directrice sortante de la Fondation Wikimédia. Dans une interview diffusée sur le Net par le think thank [[w:fr:Atlantic Council|Atlantic Council]], celle-ci suggérait effectivement qu' « Il est peut-être temps de vraiment réfléchir... À quoi ressemble un modèle de rémunération, afin que nous puissions être en mesure de redresser une partie de l'exclusion que nous avons vue au fil du temps ? »<ref group="T">''What does a model of compensation look like, in order for us to be able to redress some of the exclusion that we’ve seen over time?''</ref><ref group="M">{{Lien web|auteur1=Nick Fouriezos|titre=Former Wikipedia chief on fighting censorship and potentially paying contributors to address diversity gaps|url=https://web.archive.org/web/20210629005018/https://www.atlanticcouncil.org/blogs/new-atlanticist/former-wikipedia-chief-on-fighting-censorship-and-potentially-paying-contributors-to-address-diversity-gaps/|site=Atlantic Council|date=22 juin 2021}}</ref>. Il est vrai qu'en 2018 déjà, un projet intitulé Tiger avait vu le jour avec une participation de l'entreprise Google qui avait offert à l'époque 50 [[w:fr:Chrombook|chrombooks]] et financé une centaine d'accès Internet<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Supporting Indian Language Wikipedias Program|url=https://web.archive.org/web/20210120135246/https://meta.wikimedia.org/wiki/Supporting_Indian_Language_Wikipedias_Program}}</ref> à des éditeurs indiens pour les aider à créer et développer des articles Wikipédia dans des langues sous-représentées<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Lisa Seitz-Gruwell|titre=Google and Wikimedia Foundation partner to increase knowledge equity online|url=https://web.archive.org/web/20210111014342/https://wikimediafoundation.org/news/2019/01/22/google-and-wikimedia-foundation-partner-to-increase-knowledge-equity-online/|site=Wikimedia Foundation News|date=22 January 2019}}</ref>. Sauf que pour la Fondation, financer l'édition des projets de manière directe, constituerait un changement majeur dont découleraient de nombreuses nouvelles préoccupations qu'il faudrait ajouter à celles liées au financement du développement de l'écosystème numérique.
=== Les développeurs ===
[[Fichier:Technology Department Highlights from the Wikimedia Foundation 2021-2022 Annual Plan.webm|vignette|[[Fichier:Qr code Technology Department Highlights.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/33/Technology_Department_Highlights_from_the_Wikimedia_Foundation_2021-2022_Annual_Plan.webm]]Vid. 4.16 Interview du directeur du service Informatique de la Fondation Wikimédia (source : https://w.wiki/4f$9)]]
Les activités liées au développement informatique du mouvement Wikimédia sont, elles aussi, très diverses, et de plus nécessitent certaines compétences spécifiques pour pouvoir y mener une observation participante. Dans l'idée de faciliter celle-ci, j'ai alors décidé de suivre quelques cours d'initiation à ces quatre principaux langages informatiques utilisés dans le mouvement que sont l'HTML, le CSS, le JavaScript et le PHP. Ces connaissances basiques restèrent cependant insuffisantes pour que je puisse participer aux activités qui nécessitent un accès aux serveurs de la Fondation, ou même pour pouvoir revendiquer une quelconque appartenance au groupe des développeurs.
Tout au plus, je fus capable de côtoyer certains membres de ce groupe, hors ligne, lors des traditionnels Hackathons qui ont précédé les deux cycles de conférence Wikimania auxquels j'ai participé, et en ligne lors du signalement de certains bugs sur le site Bugzilla avant sa migration vers le projet Phabricator, ou encore en adressant certaines demandes liées au développement du projet Wikiversité. Ensuite, lorsque je suis devenu administrateur du projet Wikiversité 2015, j'ai aussi reçu l'accès à des outils techniques réservés à ce statut<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:Administrateur/Candidature/Lionel Scheepmans|url=https://web.archive.org/web/20210526053516/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Administrateur/Candidature/Lionel_Scheepmans}}</ref> et dont certains auront pu rester en ma possession lors de ma candidature d'administrateur d'interface<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Wikiversité:Administrateur d'interface/Candidature/Lionel Scheepmans|url=https://web.archive.org/web/20210526053453/https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Administrateur_d%27interface/Candidature/Lionel_Scheepmans}}</ref>.
[[Fichier:The 2016 Wikimedia Hackathon in Jerusalem.webm|vignette|[[Fichier:Qr code the 2016 Wikimedia Hackathon in Jerusalem.svg|gauche|sans_cadre|50x50px|lien=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/5e/The_2016_Wikimedia_Hackathon_in_Jerusalem.webm]]Vid. 4.17. Reportage réalisé lors du Hackathon Wikimedia de 2016 à Jérusalem (source : https://w.wiki/56m8)|gauche]]
À nouveau donc, il me fut nécessaire de chercher sur le web, les informations qui me permettaient de présenter les développeurs actifs au sein du mouvement. Mes recherches m'ont ainsi permis de tomber sur cette interview du directeur du ''Chief Technology Officer'' de la Fondation réalisée en 2021 (vidéo 4.16<ref group="V">{{Lien web|auteur1=CKoerner (WMF)|titre=Technology Department Highlights from the Wikimedia Foundation 2021-2022 Annual Plan|url=https://web.archive.org/web/20220112231908/https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Technology_Department_Highlights_from_the_Wikimedia_Foundation_2021-2022_Annual_Plan.webm?uselang=fr|site=Wikimedia Commons|date=13 juillet 2021}}</ref>) et à l'écoute de laquelle on apprend que la gestion d'un espace Web dans plus de 300 langues est une chose unique au monde. On y découvre ensuite d'une part, que dans le système informatique Wikimédia, plus de 2 000 000 de lignes de codes informatiques gérés en open source sont situés dans près de 2 300 serveurs informatiques répartis sur 4 à 5 sites différents répartis dans le monde. Et ensuite d'autre part que 30 % des éditions réalisées au sein des projets sont des scripts informatiques écrits par des programmeurs bénévoles que l'on peut découvrir dans un autre vidéo (vidéo 4.17).
[[Fichier:Volunteer developers are more geographically diverse than contributors in general, especially newer ones.png|vignette|Fig. 4.61. Carte de répartition des développeurs de Wikimédia selon les principaux continents (source : https://w.wiki/4haa)]]
Cette deuxième vidéo fut cette fois réalisée lors d'un hackathon organisé en 2016 à Jérusalem et me permet d'illustrer le type d'ambiance qui peut régner lors des rencontres hors ligne entre développeurs bénévoles, mais aussi de visualiser la grande diversité des personnes présentes, avec toujours une forte représentation masculine et une très grande diversité des origines géographiques. Comme autre source écrite cette fois, j'ai enfin découvert les propos d'un développeur enregistrés par l'association Wikimédia France<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimédia France|titre=Portrait de développeur sur Wikipédia - Jitrixis|url=https://web.archive.org/web/20210418054738/https://www.wikimedia.fr/les-projets-wikimedia/wikipedia-francais-atteint-deux-millions-darticles/portrait-de-developpeur-jitrixis/|site=}}</ref> après lui avoir posé la question de savoir : « comment fais-tu ? ». Ce à quoi il répondit ceci avant de parler de ses motivations :
<blockquote>
<small>Cela peut passer par la création d’outillage (Gadget) permettant de simplifier et d’accélérer des contributions spécifiques et/ou répétitives. Par la création de robots, permettant de faire des modifications de masse sur les projets et dont le plus connu des robots (Salebot) s’occupe d’empêcher les contributions malveillantes. Mais aussi par l’amélioration de Wikipédia lui-même et de son moteur MediaWiki dont les sources sont ouvertes et publiquement accessibles. Comme pour les contributions, le développement sur Wikipédia est accessible à tous. Des pages spécifiques sur Wikipédia et MediaWiki aident tous les nouveaux développeurs à s’épanouir sur les projets.</small>
<small>Ce que j’aime dans le mouvement Wikipédia c’est la possibilité de partager librement ses connaissances et ses compétences pour aider aussi bien les contributeurs que les lecteurs. Mais aussi d’un point de vue technique de pouvoir découvrir et comprendre librement le fonctionnement d’une grosse application tel que Wikipédia.</small>
</blockquote>
Pour compléter ces témoignages, diverses enquêtes rapportées sur le site Meta-Wiki peuvent fournir quelques observations statistiques au sujet des développeurs. Certaines d'entre elles furent réalisées chaque année de 2015 à 2020<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Category:Developer surveys - Meta|url=https://meta.wikimedia.org/wiki/Category:Developer_surveys|site=}}</ref> grâce à l'annuaire des personnes bénéficiant d'un compte d'accès aux serveurs de la Fondation. Elles permettent ainsi de voir l'évolution du nombre de développeurs entre 2015 et 2020. On y observe une forte croissance : de 962 personnes en 2015 et 984 en 2016, ce nombre atteindra 1286 développeurs en 2017 et 1857 en 2019, suivie ensuite d'une légère diminution lorsque ce nombre passa à 1825 en 2020. Une autre enquête de 2020 permet aussi de constater que les acteurs Wikimédia impliqués dans le développement informatique sont nettement mieux répartis dans le monde que les éditeurs, et ce d'autant plus que leur participation est récente (figure 4.63). Ceci alors que l'on avait déjà constaté précédemment qu'en 2018, la population des développeurs était plus jeune que dans le reste du mouvement (figure 4.37) et que le pourcentage de la participation féminine y était très similaire à la participation éditoriale (figure 4.49).
{| style="margin: auto;"
|[[Fichier:TC25 - Preferred areas of development or other technical contributors for volunteer developers.png|vignette|Fig. 4.62. Graphique de répartition des activités des développeurs en fonction du pourcentage de préférence au cours de l'année 2018 (source : https://w.wiki/4hZy)|centré|350x350px]]
|[[Fichier:TC26 - Reasons volunteer developers contribute.png|vignette|Fig. 4.63. Graphique classant les raisons de la participation des développeurs bénévoles par préférence et au cours de l'année 2018 (source : https://w.wiki/4Xmg)|centré|350x350px]]
|}
Comme signalé dans l'interview de Wikimédia France, les activités des développeurs Wikimédia peuvent être aussi variées que celles des éditeurs des contenus pédagogiques ou des bénévoles hors ligne. Selon l'enquête de 2018, le développement d'application au départ de l'[[w:fr:Interface de programmation|interface de programmation]] (API) semble toutefois être l'activité favorite des développeurs. Arrive ensuite, par ordre de préférences, un ensemble d'activités directement réalisées dans les projets tels que la création de modèles, de gadgets et de programmes de maintenance comme les bots informatiques auxquels j'ai déjà fait référence. En bas du classement figurent enfin le développement d'activités extérieures aux projets éditoriaux propre au développement de l'infrastructure au sens large. Dans cette enquête, on apprend également que contribuer à la mission Wikimédia et des logiciels libres et aider les éditeurs qui y participent sont les deux motivations les plus citées chez les développeurs. À celles-ci succèdent après coup d'autres raisons plus personnelles pouvant être liées à des occupations scolaires ou professionnelles.
Puisque je n'aurai pas participé moi-même de manière régulière aux activités des développeurs faute de compétences suffisantes, il m'est donc difficile d'en dire plus au sujet de ceux-ci. Mais cela ne veut pas dire pour autant que je vais négliger les enjeux liés à la technologique qui sont présents au sein du mouvement et qui feront l'objet d'un chapitre à part entière<ref group="N">Le [[Recherche:Imagine un monde/Technologie|chapitre 6]] de ce travail de recherche est en effet consacré aux aspects technologiques du mouvement Wikimédia.</ref>. Il n'est en effet pas du tout nécessaire d'être développeur pour comprendre ces enjeux, ni pour tirer parti des possibilités techniques offertes par le logiciel MediaWiki sur lequel repose l'ensemble des projets Wikimédia. Toutes ces compétences techniques, que l'on peut acquérir au fur et à mesure que l'on se perfectionne dans ses activités d'édition, peuvent ainsi, une fois arrivé à un certain stade, complexifier la distinction que l'on peut faire entre éditeurs et développeurs. Sans oublier bien sûr qu'un bon nombre des membres de la communauté Wikimédia sont à la fois actifs dans l'édition du code informatique et au niveau des pages de contenus pédagogiques. Ce qui nous rappelle donc à nouveau qu'au sein du mouvement, les frontières entre les différents groupes d'acteurs sont toujours très poreuses, et qu'il peut même parfois s'avérer compliqué, de savoir à quel moment il faut parler de groupe, de communauté ou de mouvement.
=== Distinction entre groupes, communautés et mouvement ===
L'expression « communauté Wikimédia » est souvent utilisée à l'intérieur du mouvement pour désigner toutes les personnes qui contribuent à l'amélioration des projets, soit en ligne, soit hors ligne, mais toujours de façon bénévole. Cette communauté, peut donc se concevoir comme un agglomérat de communautés plus petites situées au niveau des nombreuses versions linguistiques des projets, associations locales, groupes d'utilisateurs, etc. C'est principalement lors d'appels à commentaires (RFC) lancés en opposition aux projets de la Fondation que la communauté Wikimédia devient la plus visible. Pendant ces périodes de crises plus ou moins brèves, le « quasi groupe » composé de l'ensemble des éditeurs Wikimédia apparaît soudainement comme une communauté soudée dans sa « relation d'autorité » avec la Fondation<ref group="B" name="Dahrendorf">{{Ouvrage|prénom1=Ralf|nom1=Dahrendorf|titre=Classes et conflits de classes dans la société industrielle.|éditeur=Mouton|date=1972|oclc=299690912}}</ref>. Parmi les participants à ces manifestations, on y retrouve majoritairement des gens capables de s'exprimer en anglais et qui s'avèrent être des relais importants vers toutes les autres communautés linguistiques.
À cette communauté d'éditeurs actifs et engagés, on peut ensuite se demander s’il serait raisonnable d'y associer les personnes qui éditent occasionnellement les projets sans compte utilisateur et souvent même sans connaître l'existence du mouvement. En pensant à celles-ci, je peux citer les personnes que je sollicite parfois pour corriger l'orthographe de mes travaux, alors que d'autres le font spontanément au niveau des autres projets. Comme nous l'avons vu précédemment dans la [[Recherche:Imagine un monde/Acteurs#Les éditeurs sans compte utilisateur|quatrième section de ce chapitre]], ces personnes sont bien plus nombreuses que les éditeurs enregistrés, même si au niveau de la quantité et de la qualité du travail qu'elles apportent au projet, leurs contributions s'avèrent d'une bien moindre importance. En abordant les choses de la sorte, il n'est donc pas si évident de définir les contours exacts des communautés d'éditeurs et de surcroît de la communauté Wikimédia. Car selon les analyses sociologiques prodiguées par [[w:fr:Max Weber|Max Weber]]<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Max|nom1=Weber|titre=Les communautés|éditeur=La Découverte|date=2019|isbn=978-2-348-04310-9|lire en ligne=}}</ref>, encore faut-il savoir si l'on doit tenir compte de l'activité, du statut ou de la reconnaissance par le groupe pour définir les membres d'une communauté.
[[Fichier:Wikimania 2019 remember.jpg|vignette|Fig.4.64. Photo prise lors de la rencontre Wikimania 2019, sur laquelle apparait un espace mémorial (source : https://w.wiki/3QjX).|gauche]]
Quoi qu'il en soit, au niveau du mouvement Wikimédia, l'expression [[w:fr:Communauté|communauté]] apparaît souvent de manière complémentaire à celle de [[w:fr:Mouvement social|mouvement]]<ref group="B">{{Article|auteur1=|prénom1=Piotr|nom1=Konieczny|titre=Wikipedia: Community or social movement?|périodique=Interface: a journal for and about social movements|éditeur=Hal archives ouvertes.fr|date=2009-01|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20200113122407/https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01580966|pages=}}.</ref>. En pratique, le mot communauté s'utilise en général pour définir toutes les personnes actives à l'intérieur du mouvement Wikimédia. On parle de communautés d'éditeurs, de communauté d'utilisateurs, voire de communauté bénévole, tandis que l'expression « communauté Wikimédia » désigne souvent tous les contributeurs actifs dans tous les projets Wikimedia sans spécifier s'ils bénéficient ou non d'un compte utilisateur. Désignée comme telle, elle peut donc aussi inclure l'ensemble des personnes actives dans le projet développé hors ligne, alors que l'une de ses caractéristiques sera la présence d'un fort sentiment d'appropriation et un pouvoir décisionnel important à l'intérieur du mouvement<ref group="B">{{Article|auteur1=|prénom1=Dariusz|nom1=Jemielniak|titre=Wikimedia movement governance: the limits of a-hierarchical organization|périodique=Journal of OrgChange Mgmt Journal of Organizational Change Management|volume=29|numéro=3|date=2016|issn=0953-4814|pages=361–378}}.</ref>.
La communauté Wikimédia représente aux yeux de certains « l'ensemble des personnes bénévoles et amateurs composant la communauté la plus prospère de l'ère numérique »<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Blog Admin|titre=Wikimedia community are a digital age success and natural allies for academic communication and research engagement.|url=https://web.archive.org/web/20220106085017/https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2014/08/11/wikimedia-digital-age-knowledge-creation/|site=Impact of Social Sciences|date=2014-08-11}}.</ref>. Elle se caractérise pour d'autres par une [[w:Éthique|éthique]], une [[w:Idéologie|idéologie]] et un [[w:Cybermilitantisme|activisme]] très forts, ainsi qu'une grande sensibilité à tout ce qui est en décalage avec la philosophie du mouvement, telles la [[w:Censure_de_l'Internet|censure]] et l'entrave à la [[w:Libertés_sur_Internet|liberté numérique]]<ref group="B" name="Dariusz">{{Ouvrage|prénom1=Dariusz|nom1=Jemielniak|titre=Common knowledge?|sous-titre=an ethnography of wikipedia.|passage=152 & 185 (par ordre de citation).|éditeur=Stanford University Press|année=2015|pages totales=311|isbn=978-0-8047-9723-8|oclc=913498835}}.</ref>. Mais aussi par un manque de reconnaissance, voire un certain mépris de la [[w:Hiérarchie|hiérarchie]] traditionnelle et des titres académiques<ref name="Dariusz" group="B" />. Dans son premier communiqué de presse de 2004, Jimmy Wales parlait aussi d'une « une communauté très unie de contributeurs ouverts et responsables provenant du monde entier »<ref group="S">{{Lien web|auteur institutionnel=Wikimedia Foundation Wiki|titre=Press releases/Premier communiqué de presse de Wikimédia|url=https://web.archive.org/web/20181211161143/https://foundation.wikimedia.org/wiki/Press_releases/Premier_communiqu%C3%A9_de_presse_de_Wikim%C3%A9dia|date=}}</ref>.
Nous avons vu que la notion de communauté tout comme celle de mouvement est relativement jeune puisque l'expression « ''Wikimedia Movement'' » ne vit le jour qu'en 2008<ref group="S">{{Lien web|auteur=Meta-Wiki|titre=Talk:Www.wikimedia.org template/2008|url=https://web.archive.org/web/20201103025847/https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Talk%3AWww.wikimedia.org_template%2F2008|site=|date=}}.</ref>. Ceci alors qu'en 2009, un article se posait encore la question de savoir s'il fallait parler de mouvement ou de communauté lorsque l'on parle du projet Wikipédia. Son auteur concluait<ref group="B">{{Article|prénom1=Piotr|nom1=Konieczny|titre=Wikipedia: Community or social movement?|périodique=Interface: a journal for and about social movements|éditeur=Interface: a journal for and about social movements Article
Volume 1 (2): 212 - 232|date=2009|lire en ligne=https://web.archive.org/web/20120607013320/http://interfacejournal.nuim.ie/wordpress/wp-content/uploads/2010/11/Interface-1-2-pp212-232-Konieczny.pdf}}</ref> d’ailleurs son exposé en proposant la création d'un nouveau WikiProjet centré sur la culture libre et la vision de Wikipédia comme un mouvement social<ref group="T">''give a rise to a new WikiProject centered around free culture and seeing Wikipedia as a social movement''</ref>. Si ce « WikiProjet » n'a finalement jamais vu le jour, le mouvement inter-projet et intercommunautaire imaginé par Florence Devouard sera pour sa part devenu une réalité, avec aussi bien en-ligne<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikipédia|titre=Wikipédia:En mémoire de...|url=https://web.archive.org/web/20220106033936/https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:En_m%C3%A9moire_de...}}</ref> que hors-ligne (figure 4.66), la commémoration d'éditeurs défunts, qui me semble être une des preuves tangible d'une appartenance communautaire au sein du mouvement.
Sous un autre aspect, d'autres pourront aussi y voir une [[w:fr:Communauté de pratique|communauté de pratique]] puisque celles-ci se définissent comme un « groupe de personnes qui partagent une préoccupation ou une passion pour quelque chose qu'elles font et apprennent à mieux le faire en interagissant régulièrement »<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Etienne|nom1=Wenger|titre=Communities of practice: learning, meaning, and identity|éditeur=Cambridge University Press|date=2018|isbn=978-0-521-66363-2|oclc=1089403756}}</ref>. Mais que cette définition me semble toutefois trop restrictive pour pouvoir dépeindre le mouvement dans son ensemble. Car si toutes les personnes actives dans le mouvement sont passionnées à l'idée d'une diffusion universelle de la connaissance humaine, bon nombre d'entre elles ne partagent pas les mêmes pratiques, tandis que certaines n’interagissent que très rarement avec d'autres membres. Délimiter clairement le mouvement Wikimédia au départ de la notion d'acteurs, semble donc être une entreprise complexe, ceci alors même que la notion de membre fait défaut dans les statuts de la Fondation Wikimédia.
=== Les frontières du mouvement ===
Au terme de cette présentation des différents acteurs du mouvement Wikimédia, on peut se demander si elle est complète et dans quelle mesure chaque groupe d'acteurs présentés a de l'importance et de l'influence dans le mouvement. Pour réponse à cette question, nous disposons d'une représentation graphique de la répartition de tous les acteurs présents dans tout l'écosystème qui entoure le mouvement. En la parcourant, on s'aperçoit ainsi que bon nombre d'acteurs n'ont pas été cités ou explicités dans ce présent chapitre. Nous pourrions même les regrouper sous appellation anglaise de « ''stakeholders »'' que je traduirais ici par « acteurs des parties prenantes ». Il s'agit pour ainsi dire, de toutes les personnes actives dans de nombreuses institutions qui sont de près ou de loin en relation avec le mouvement, mais sans pour autant s'y affilier, ni même s'y identifier. Parmi ces institutions, on retrouve, par exemple, celles impliquées dans le mouvement du libre et du logiciel libre, les gouvernements et instances juridiques, divers lieux d'éditions et de production d'informations, des organismes philanthropiques ou non gouvernementaux, des communautés artistiques, de nombreuses institutions publiques axées sur la conservation et le partage de la connaissance, de multiples compagnies commerciales du domaine numérique, etc.
[[Fichier:Strategy Graphic.pdf|vignette|Fig. 4.65. Représentation graphique de la distribution des acteurs dans l'écosystème Wikimédia (source : https://w.wiki/4ha$)|centré|700x700px]]
Parler de tous ces acteurs aurait été une entreprise intéressante, mais irréalisable dans le cadre de cette étude. Et si je les évoque, c'est tout d'abord pour attirer l'attention du lecteur sur leur existence, mais aussi pour signaler qu'une telle profusion de « parties prenantes » nous renvoie au concept de « [[w:fr:Fait social total|fait social total]] », tel qu'il fut défini par [[w:fr:Marcel Mauss|Marcel Mauss]]. Celui-ci fut créé à partir du concept de « [[w:fr:Fait social|fait social]] » préalablement produit par [[w:fr:Émile Durkheim|Émile Durkheim]], qui le définissait comme : « toute manière de faire, fixée ou non, susceptible d'exercer sur l'individu une contrainte extérieure ; ou bien encore, qui est générale dans l'étendue d'une société donnée tout en ayant une existence propre, indépendante de ses diverses manifestations au niveau individuel »<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Émile|nom1=Durkheim|titre=Les règles de la méthode sociologique|lieu=Paris|éditeur=L'Harmattan|date=2021|isbn=978-2-343-23088-7|oclc=1269430590}}</ref>
La particularité du fait social total introduite par Mauss fut donc de mettre en évidence que certains faits sociaux mettent en branle « un très grand nombre d’institutions, en particulier lorsque ces échanges et ces contrats concernent plutôt des individus. ». Une explication qui semble ainsi parfaitement correspondre à ce que l'on observe autour du mouvement Wikimédia, mais avec cette particularité : En plus d'être total, le fait social Wikimédia est également universel, puisque au niveau de son aboutissement, il concerne l'humanité tout entière. Voici pourquoi, il devient dès lors intéressant de poursuivre l'évolution du concept de fait social avancé par Durkheim, en parlant aujourd'hui de « fait social total universel » à l'image de ce que nous expose le mouvement social Wikimédia et certains espaces sociaux numériques, au même titre que le système monétaire international<ref group="B">{{Ouvrage|auteur1=|prénom1=Bruno|nom1=Théret|et al.=oui|titre=L’argent et l'éthique|passage=110|éditeur=La revue ECONOMIA n° 3|date=septembre 2008|lire en ligne=http://www.cesem.ma/pdfeconomia3/colloque.pdf}}</ref>, du crime<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Van Liel|nom1=Benjamin Van Liel|titre=Pour une anthropologie complexe du crime Elements pour sortir la criminologie de sa misere epistemologique.|éditeur=Editions L'Harmattan|date=2020|isbn=978-2-14-015850-6|oclc=1247064713}}</ref>, voire dans un contexte beaucoup plus récent, de la pandémie de Covid-19.
À partir de cette large perspective qui rassemble toutes les personnes et institutions concernées par le fait social total universel Wikimédia, il serait bon à présent de déterminer lesquelles peuvent être considérées comme membres à part entière du mouvement Wikimédia. Cet exercice est toutefois rendu difficile par le simple fait que la Fondation qui fait office d'organe central au mouvement déclare dans ses statuts que « La Fondation n'a pas de membres. »<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Foundation Wiki|titre=Bylaws|url=https://web.archive.org/web/20220116052901/https://foundation.wikimedia.org/wiki/Bylaws#ARTICLE_III_-_MEMBERSHIP}}</ref>. Faute de pouvoir profiter d'une définition claire qui aurait pu être fournie par ce texte, une manière pertinente de reconnaître les membres du mouvement Wikimédia est alors de le faire au départ de leur « relation d'autorité »<ref name="Dahrendorf" group="B" />. Grâce à ce principe déjà mobilisé précédemment, que l'on peut recouper à une observation du processus qui permet d'élire les membres du conseil d'administration de la Fondation, il devient alors possible de déterminer de façon procédurale et en termes d’autorité, qui peut être considéré comme membre du mouvement Wikimédia.
En étant candidat aux dernières élections de 2021, j'ai pu ainsi me retrouver au cœur du processus et découvrir qu'il fallait remplir certaines conditions fixées par le comité des élections<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation elections committee|url=https://web.archive.org/web/20211205124027/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_elections_committee}}</ref>, pour pouvoir déposer sa candidature, ainsi que pour pouvoir participer en tant qu'électeur. Ces conditions sont identiques dans les deux cas de figure quant à la participation au mouvement : En tant qu'éditeur, il faut avoir effectué une première modification avant le 9 juin 2019, soit deux ans avant le début de la période de dépôt des candidatures. Les autres conditions pour être candidat sont la nécessité de dévoiler sa réelle identité et d'attester que l'on n'a jamais été reconnu coupable de crime, malhonnêteté, tromperie et mauvaise gestion ou conduite dans un autre organisme à but non lucratif<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation elections/2021/Candidate Requirements/fr|url=https://web.archive.org/web/20210609160202/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_elections/2021/Candidate_Requirements/fr}}</ref>. Et si l'on choisit de déterminer les membres du mouvement Wikimédia en fonction des personnes autorisées à voter durant les élections de 2021<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Foundation elections/2021/Voting/fr|url=https://web.archive.org/web/20220116223544/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Foundation_elections/2021/Voting/fr#Conditions_pour_voter}}</ref>, voici donc les caractéristiques des membres du mouvement.
<blockquote>
<small>Éditeurs avec compte enregistré :</small>
<small>- ne pas être bloqué sur plus d'un projet :</small>
<small>- et avoir effectué au moins 300 modifications avant le 5 juillet 2021 sur les wikis Wikimedia ;</small>
<small>- et avoir effectué au moins 20 modifications entre le 5 janvier 2021 et le 5 juillet 2021.</small>
<small>Développeurs :</small>
<small>- les administrateurs de serveurs Wikimédia avec accès à l'interface système</small>
<small>- ceux qui ont fait au moins une validation fusionnée sur n'importe quel dépôt Wikimédia via Gerrit, entre le 5 janvier 2021 et le 5 juillet 2021.</small>
<small>- 300 modifications avant le 5 juillet 2021, et 20 modifications entre le 5 janvier 2021 et le 5 juillet 2021, sur Translatewiki.</small>
<small>- mainteneur ou contributeur à n'importe quel outil, robot, script utilisateur, gadget, ou module LUA sur les wikis Wikimedia.</small>
<small>- avoir participé de manière substantielle aux processus de conception et/ou de révision du développement technique liés à Wikimedia.</small>
<small>Le personnel et les contractuels actuels de la Fondation Wikimédia, des chapitres, organisations thématiques, groupe utilisateurs :</small>
<small>- Être employés au 5 juillet 2021.</small>
<small>Les membres actuels et anciens du conseil d'administration de la Fondation Wikimédia, du conseil consultatif de la Fondation Wikimédia et du comité de diffusion des fonds :</small>
<small>- Sans condition</small></blockquote>
En parcourant cette liste, on peut s'étonner de ne pas y retrouver deux groupes de personnes pourtant colorés en jaune dans l'illustration de l'écosystème Wikimédia (figure 4.66) : les éditeurs sous adresses IP qui répondraient aux mêmes exigences que les éditeurs enregistrés, ainsi que les personnes qui ont fait un don au mouvement. Je ne pense pas cependant qu'il s'agisse d'une réelle volonté de mettre ces personnes à l'écart, mais plutôt un choix que j'imagine facilement découler des difficultés techniques propres à l'organisation d'élections par voie électronique et au travers de l'espace web. Il est en effet compliqué me semble-t-il, pour les organisateurs de ces élections, de s'assurer de l'identité réelle des contributeurs sous IP et des donateurs, tout en étant certain qu'aucune de ces personnes ne puisse voter à plusieurs reprises. Quant à l'impasse qui aura été faite dans ce présent chapitre au sujet des donatrices et donateurs qui soutiennent financièrement le mouvement, ce n'est là qu'une question de temps. Ce sujet sera traité en détail dans le prochain chapitre spécialement consacré à l'économie Wikimédia.
=== Les passagers clandestins et extractivistes du savoir ===
Alors qu'il me semble difficile de raccrocher ce qui se passe dans l'univers Wikimédia à ce que nous dit la sociologie des mouvements sociaux<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Érik|nom1=Neveu|titre=Sociologie des mouvements sociaux|lieu=Paris|éditeur=La Découverte|date=2019|isbn=978-2-348-05462-4|oclc=1126557878}}</ref>, j'ai malgré tout trouvé que le concept de « passager clandestin » était particulièrement adapté pour décrire un phénomène observé. Ce concept fut produit par [[w:fr:Mancur Olson|Mancur Olson]] dans son ouvrage ''[[w:fr:Logique de l'action collective|Logique de l'action collective]]'', lorsqu'il s'intéressait aux « groupes latents », un concept un peu comparable à celui de « quasi-groupe » déjà évoqué au deuxième chapitre de ce travail. Sauf que ce qui distingue ces deux concepts, c'est que le groupe latent n'est pas vraiment un groupe qui s'ignore, mais plutôt un groupe de grande taille dans lequel la contribution ou absence de contribution, n'affecte pas suffisamment les membres pour les faire réagir<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Mancur|nom1=Olson|titre=Logique de l'action collective|éditeur=Éditons de l'Université de Bruxelles|date=2011|isbn=978-2-8004-1502-4|oclc=798972083}}</ref>.
L'expression « [[w:fr:Passager clandestin (économie).|passager clandestin]] », traduite de ''free rider,'' peut effectivement s'appliquer à tous les acteurs présents au sein de l'écosystème Wikimédia qui profitent de ce qui se passe dans le mouvement Wikimédia, mais sans pour autant y participer. En langage commun, ils seraient qualifiés de profiteurs, d'opportunistes ou de parasites. Alors que pour suivre la tendance actuelle, je préfère pour ma part de parler d'[[w:fr:Extractivisme|extractivistes]], un concept initialement utilisé pour dénoncer l'exploitation de ressources naturelles sans aucun respect de la vie environnante, et qui fut ensuite récupéré pour décrire d'autres déséquilibres socio-économiques.
Parmi les extractivistes de l'écosystème Wikimédia, on y retrouve ceux qui furent montrés du doigt par la Fondation, comme Apple et Amazon qui en 2018 n'avait toujours pas contribué financièrement au développement du mouvement<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Victor Vincent|titre=Amazon et Apple accusés d'exploitation par Wikipédia, l'encyclopédie les encourage à participer financièrement|url=https://web.archive.org/web/20220203193937/https://www.developpez.com/actu/195678/Amazon-et-Apple-accuses-d-exploitation-par-Wikipedia-l-encyclopedie-les-encourage-a-participer-financierement/|site=Développez|date=28 mars 2018}}</ref>. Ceci contrairement à Google qui depuis 2010 déjà, jouait le jeu avec un premier don de deux millions de dollars, pendant que Facebook emboîtait le pas au cours de la même année en apportant un support technique. Suite aux accusations de la Fondation, Amazon se décida ainsi à offrir un million d'euros<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Clément Solym|titre=Amazon offre 1 million $ à Wikipedia pour la bonne conscience d'Alexa|url=https://web.archive.org/web/20211221230125/https://actualitte.com/article/17024/ressources/amazon-offre-1-million-a-wikipedia-pour-la-bonne-conscience-d-alexa|site=ActuaLitté|date=27/09/2018}}</ref> avant d'assurer l'hébergement de ''Wikimedia Enterprise'', un premier service commercial créé par la Fondation dont nous reparlerons.
Pour tous ces géants du Web, les projets Wikimédia représentent effectivement une ressource presque indispensable pour nourrir la conversation des [[w:fr:Assistant personnel intelligent|assistants personnels intelligents]] tels que Siri, Alexa et ''Google Assisant'', pour ne citer que les plus connus. À ceci s'ajoute encore différents algorithmes qui se nourrissent du contenu Wikimédia pour détecter l'apparition de fake-news, ou améliorer l'efficacité de son traducteur. Sans oublier bien sûr, certaines incrustations informations en provenance de Wikipédia au sein même de produit commerciaux, comme le faisait le [[w:Knowledge_Graph|Knowledge Graph]] de Google depuis 2012 sur le page de résultat de ''Google Search''.
D'autres projets moins connus et pas forcément commerciaux reposent aussi sur la récupération du contenu des projets Wikimédia. C'est le cas du projet universitaire [[w:DBpedia|DBpedia]] qui restructure le contenu de Wikipédia sous une forme sémantique agrémentée d'autres sources d'informations, ou encore les sites miroirs de Wikipédia déjà présentés précédemment dans la section consacrée à la diaspora, et dont certains non cités et non éditables peuvent avoir pour seule optique de générer des revenus publicitaires.
Parmi les passagers clandestins du mouvement, on peut ensuite recenser toutes les personnes qui lisent les projets Wikimédia sans jamais y contribuer. Lors du discours prononcé par Jimmy Wales durant sa remise du titre de docteur Honoris Causa par mon université, je fus ainsi surpris d'en voir la proportion dans l'assemblée. Au deux tiers de son élocution, il demanda aux personnes présentes dans la salle de lever la main si elles avaient déjà utilisé Wikipédia, pour ensuite demander la même chose tout de suite après, mais uniquement pour ceux et celles qui avaient déjà édité l’encyclopédie. À la première question presque l'entièreté de la salle avait la main en l'air, alors qu'à la seconde, moins d'une dizaine de bras étaient restés tendus<ref group="V">{{Lien web|auteur1=#beMore|titre=Jimmy Wales Docteur Honoris Causa UCL|url=https://web.archive.org/web/20211118205428/https://www.youtube.com/watch?v=Gx3F1YkLLn8|site=YouTube|lieu=(observation visible après 19 min et 16 sec).|date=3 févr. 2016}}</ref>.
[[Fichier:Academic_Wikipedia_05_2011.jpg|vignette|Fig. 4.66. Graphique illustrant la croissance de l’intérêt académique porté sur le projet Wikipédia (source : https://w.wiki/4tfH)]]
Cette faible participation me sera confirmée un jour où j'ai eu l'idée de vérifier l'activité de l'adresse IP de mon université ou du moins, celle utilisée par le bâtiment où se situe mon bureau, au niveau des projets Wikimédia. En me rendant sur la page https://guc.toolforge.org/, je fus ainsi surpris de constater que j'étais le seul à l'utiliser lors de mes fréquents oublis de connexion<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Toolforge|titre=IP contributions|url=https://web.archive.org/web/20220227225431/https://guc.toolforge.org/?by=date&user=130.104.34.155}}</ref>.
Je témoignerai aussi du fait qu'un de mes professeurs, [[w:fr:Philippe Van Parijs|Philippe Van Parijs]] pour ne pas le citer, qui avait été à l'origine de la sélection de Jimmy Wales comme candidat au titre de DHC, m'a un jour confié qu'il avait établi un ordre de paiement permanent au profit de la Fondation Wikimédia. Suite à quoi, je lui avais d'ailleurs répondu que sa contribution aux articles aurait été bien plus profitable. Une remarque qui selon l'observation du compte utilisateur qu'il avait créé pour soutenir une de mes demandes de subvention, n'aura cependant pas porté fruit<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Toolforge|titre=Global user contributions|url=https://web.archive.org/web/20220228015502/https://guc.toolforge.org/?by=date&user=Van+Parijs}}</ref>.
Le désintérêt du milieu universitaire à participer à l'amélioration du contenu Wikimédia m'est toujours apparu regrettable, et ce d'autant plus qu'il existe depuis 2005 une littérature scientifique grandissante portant sur le sujet Wikipédia (figure 4.67). À l’exception de mes propres travaux publiés sur Wikiversité et Wikilivres, je pense qu'aucune de ces publications n'aura été publiée sous la même licence que celle utilisée par l'encyclopédie. Certaines d'entre elles sont certes en [[w:fr:Libre accès (édition scientifique).|libre accès]] sur Internet, mais aucune d'entre elles ne semble donc rejoindre réellement le paradigme du libre partage de la connaissance initié par le mouvement Wikimédia.
Comme exemple parlant, il y a le livre ''Commons knowledge ? An ethnography of Wikipédi''a''<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Dariusz|nom1=Jemielniak|titre=Common Knowledge?: An Ethnography of Wikipedia|passage=|éditeur=Standord Universitiy Press|date=2020|isbn=978-0-8047-9120-5|oclc=1178768819}}</ref>'' présenté en quatrième de couverture comme la première ethnographie du Wikipédia. J'en ai découvert l'existence à Londres au cours de la rencontre annuelle du mouvement Wikimania de 2014. Ma première gêne fut de constater que l'éditeur n'avait pas pris en compte l'existence de ma propre ethnographie réalisée en fin de master trois ans auparavant. Elle était pourtant publiquement accessible sur Wikiversité, même s'il est vrai qu'elle ne fut publiée qu'en français et que la maison d'édition était anglophone. Après avoir assisté à la présentation de l'ouvrage par son auteur, je lui ai demandé s’il était possible d'en trouver une copie en libre accès. Il me répondit que non, en précisant qu'il n'avait eu d'autre choix que de publier son travail dans une maison d'édition reconnue par le monde académique.
Cette réponse m'avait littéralement sidéré, pas seulement parce qu'elle dénonçait une attitude profondément opportuniste de la part de la maison d'édition, mais aussi parce que cette démarche ne respectait tout simplement pas les termes de la licence libre CC.BY.SA affichée sur toutes les pages des projets Wikimédia. Pour en avoir le cœur net, j'ai alors posé la question sur la page ''Commons:Village pump/Copyright'' un lieu de discussion spécialement dédié au traitement des questions portant sur le droit d'auteur. Jusqu'à ce qu'une personne ait eu la bonne idée de consulter le livre via Google Book, le débat fut compliqué par le fait que je n'avais pas le droit d'envoyer à mes interlocuteurs une copie de l'ouvrage que j'avais moi-même obtenu par voie détournée. Voici un extrait de cette conversation<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikimedia Commons|titre=Commons:Village pump/Copyright/Archive/2019/12|url=https://web.archive.org/web/20211018213447/https://commons.wikimedia.org/wiki/Commons:Village_pump/Copyright/Archive/2019/12#Paper_or_book_using_Wikipedia_contain_but_published_with_copyright...}}</ref> :
<blockquote>
<small>Dans leurs infos sur le droit d'auteur, ils indiquent que personne ne peut reproduire ou transmettre des parties du livre sans autorisation. C'est tout simplement faux. [...] le contenu substantiel tiré de Wikipédia est sous licence partage à l'identique. Ils peuvent prétendre au ''fair use'' pour leurs propres besoins, mais cela n'autorise le placement d'une nouvelle licence pour le contenu ni d'appliquer des restrictions supplémentaires.»</small>
<small>Cependant, ce sont les rédacteurs individuels qui ont écrit le contenu qu'ils réutilisent qui seraient lésés, et ce sont eux qui devraient prendre des mesures. La Fondation ne peut pas vraiment prendre de mesures à l'encontre des personnes qui copient de manière inappropriée du contenu de Wikipédia, car la Fondation ne possède pas le contenu, elle ne fait que l'héberger. GMG (A)talk 18:58, 30 décembre 2019 (UTC)</small>
<small>Si vous vous préoccupez de Wikipédia, vous pouvez ajouter w:Template:Published aux pages de discussion des articles utilisés, ce qui informera les éditeurs que la page a été publiée, et vous permettra même de noter que cela a été fait illégalement.--Prosfilaes (d) 19:28, 30 December 2019 (UTC)</small><ref group="T">''In their copyright info, they state that no one may reproduce or transmit any portions of the book without permission. That's simply wrong.'' [...] ''all of the substantive content taken from Wikipedia is licensed in the same way. They may claim fair use for their own purposes, but claiming fair use doesn't allow you to re-license the content and apply additional restrictions.'' ''However, the individual editors who wrote the content they are reusing would be the ones infringed upon, and they would need to be the ones to take action. The Foundation can't really take action against people for improperly copying from Wikipedia, because the Foundation doesn't own the content, they merely host it. GMG (A)talk 18:58, 30 December 2019 (UTC)'' ''If you're concerned about Wikipedia, you can add w:Template:Published to talk pages of used articles, which will notify editors that the page has been published, and even let's you note that it was done illegally.--Prosfilaes (d) 19:28, 30 December 2019 (UTC)''</ref>
</blockquote>
La posture du milieu de l'édition couplée au laxisme du mouvement Wikimédia quant à faire respecter les licences attribuées à ses contenus pose donc un réel problème juridique adjacent à la posture opportuniste. Les chercheurs et auteurs de livres ou articles produits au départ de l'observation de Wikipédia peuvent bien entendu dire que eux aussi produisent du savoir. Mais si c'est pour constater ensuite que celui-ci n'est pas librement et gratuitement disponible au même titre que ce qui fut récupéré au sein des projets Wikimédia, cet argument ne tient plus la route, ni d'un point de vue morale, ni d'un point de vue juridique. Ceci alors que dans des cas un peu plus extrêmes et si l'on s'en réfère au témoignage repris ci-dessous, l'opportuniste du chercheur peut aller jusqu'à perturber les activités du mouvement et toujours sans pour autant y prendre part. Voici ce que me confia un jour une bénévole et organisatrice d'atelier hors-ligne au sein du mouvement :
<blockquote>
<small>J’ai très mal vécu personnellement les interactions avec un chercheur qui m’a interrogée sur Wikipédia pendant des heures lors de plusieurs événements wikimédiens sans tenir compte du fait que pour moi c’est une rare occasion de voir mes ami·e·s du mouvement et de discuter de vives voix sur les projets pour les faire avancer. Il est venu à plusieurs des événements que j’ai organisés, avec défraiement des transports et nourriture, et il n’a pas même contribué une seule ligne, tout en empêchant les autres de contribuer par ses demandes d’interviews et ses questions, sur le temps qui était dévolu à la contribution.</small><ref group="S">{{Lien web|auteur1=Wikiversité|titre=Discussion Recherche:Imagine un monde/Acteurs|url=https://web.archive.org/web/20220122230959/https://fr.wikiversity.org/wiki/Discussion_Recherche:Imagine_un_monde/Acteurs#%C3%80_propos_du_f%C3%A9minisme_de_clics}}</ref>
</blockquote>
Contrairement à certains géants du Web, nous ne saurons pas si le chercheur cité dans ce témoignage aura fait un don au mouvement. Mais même si cela se confirmait et de manière similaire à ce qui concerne les entreprises commerciales, je ne considère pas personnellement que cela puisse justifier un comportement extractiviste.
Dans le cas du projet Tiger, la compagnie Google a en effet apporté une assistance technique et financière à des personnes situées en Inde pour qu'elles écrivent des articles Wikipédia dans des langues minoritaires. Mais n'était-ce pas là un investissement bien plus qu'un réel sacrifice financier ? Car ce que le blog de Google mettait lui-même en évidence c'est que le projet permettait aussi de récolter des données utiles en invitant les éditeurs concernés par le projet à utiliser les différents services gratuits mais aussi commerciaux, ne l'oublions pas. Grâce à ''Google Translate'', Cloud Custom Search, Cloud Vision, le travail des éditeurs devenait ainsi tout bénéfice pour améliorer respectivement, l’outil de traduction, le référencement et même le contenu des serveurs Google puisqu'il s'agissait entre autres de « numériser des livres du domaine public dans des langues indiennes le moteur de traduction dans cette région du monde »<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Ben Gomes & Jacquelline Fuller|titre=Expanding knowledge access with the Wikimedia Foundation|url=https://web.archive.org/web/20220212135805/https://blog.google/products/search/expanding-knowledge-access-wikimedia-foundation/|site=Google blog|date=Jan 22, 2019}}</ref>
Suite à une enquête effectuée au sein de la ''Silicone Valley'', là où siège l'entreprise Google, [[w:fr:Marc Abélès|Marc Abélès]] décrit effectivement comment le don charitable est aujourd'hui devenu un investissement dans cette partie du monde. Dans la conclusion de son ouvrage<ref group="B">{{Ouvrage|prénom1=Marc|nom1=Abélès|titre=Les Nouveaux Riches: Un ethnologue dans la Silicon Valley|passage=262|éditeur=Odile Jacob|date=2002-02-01|isbn=978-2-7381-8084-1}}</ref>, il nous confie ceci :
<blockquote>
<small>« Le capitalisme " socialement responsable " ne doit avoir aucun état d'âme à traiter la philanthropie comme un investissement destiné à engendrer des résultats mesurables. La question du retour sur investissement devient centrale : Il importe de mesurer les performances effectives des associations et de quantifier les résultats obtenus dans un domaine jusqu'alors rétif à ce genre d'évaluation. »</small>
</blockquote>
Avec un tel état d'esprit, il ne faut donc pas s'étonner de l'apparition du projet ''Wikimedia Enterprise'' en tant que premier service payant créé par la Fondation Wikimédia. L'intention placée derrière ce produit payant et spécialement dédié aux entreprises extractivistes, est précisément d'inverser la donne au niveau du retour sur investissement. Ce qui est d'ailleurs explicitement dit sur l'une des pages de présentation du projet<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Meta-Wiki|titre=Wikimedia Enterprise/Essai|url=https://web.archive.org/web/20211107181059/https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedia_Enterprise/Essay/fr|date=}}</ref> :<blockquote><small>Notre contenu est souvent réutilisé par des organisations commerciales qui en dépendent pour soutenir leurs modèles commerciaux et qui en tirent ainsi des revenus. En dehors des dons corporatifs effectués volontairement à la Fondation Wikimédia, le mouvement n'a jamais reçu de bénéfices de ces revenus grâce à un retour sur investissement. En reconnaissance de cela, sous l’égide de la « Durabilité de notre mouvement », le processus de stratégie du mouvement a demandé à la ''Wikimédia Foundation'' d'explorer, entre autres, « des API pour les entreprises [et] des modèles pour les réutilisateurs commerciaux à grande échelle, en prenant soin d'éviter la dépendance des revenus ou toute autre influence extérieure indue dans la conception et le développement des produits. »</small></blockquote>Suite à ce repositionnement du mouvement face aux grandes entreprises commerciales extractiviste, il ne reste plus à espérer à présent que ces dernières resteront fair-play. Car pendant que ce nouveau projet de la Fondation invite les entreprises commerciales à payer l'utilisation d'une nouvelle interface de programmation (API) plus performante, du côté de Google, ce même type d'interface qui permettait autrefois de transférer des vidéos de YouTube vers Wikimedia commons a cessé de fonctionner depuis plusieurs années déjà. Une page de discussion sur le site Phabricator dédié à la gestion de ce qui fut au départ diagnostiqué comme un bug le confirme et les commentaires de clôture apportés par un employé de la Fondation<ref group="S">{{Lien web|auteur1=Phabricator|titre=⚓ T236446 Cloud Services shared IP (static NAT for external communications) often rate limited by YouTube for video downloads|url=https://web.archive.org/web/20211011144340/https://phabricator.wikimedia.org/T236446}}</ref> n'ont rien de rassurant :
<blockquote>
<small>Malheureusement, comme vous l’avez noté, YouTube a indiqué qu’ils ne travailleraient pas avec nous pour faire une exception pour Video2Commons. Comme je l’ai noté sur le ticket Phab, cela a été profondément décevant pour moi, et je pense qu’ils ont fait le mauvais appel (à la fois éthiquement et d’un point de vue commercial / RP). En consultation avec notre conseiller juridique, nous avons clairement indiqué à YouTube que si la communauté choisit de mener cette bataille, nous ne soutiendrons pas la position de YouTube.</small>
<small>Je ne suis pas sûr de l’effet que votre plaidoyer public aura, pour être honnête, mais en tant que responsable de la gestion de la relation globale avec YouTube de WMF, je soutiens vos efforts. J’aurais utilisé cela comme une autre invite pour retourner sur YouTube et faire valoir mes arguments, mais après l’avoir fait trois fois, je me rends compte que la négociation d’organisation à organisation ne portera pas ses fruits.</small><ref group="T">''Unfortunately, as you have noted, YouTube has indicated that they won't work with us to make an exception for Video2Commons. As I noted on the Phab ticket, this was deeply disappointing to me, and I think they made the wrong call (both ethically and from a business / PR perspective). In consultation with our legal counsel, we have made clear to YouTube that if the community chooses to fight this battle, we will not support YouTube's position. I'm not sure what effect your public advocacy will have, to be honest, but as the person responsible for managing the overall relationship with YouTube from WMF, I support your efforts. I would have used this as another prompt to go back to YouTube and make the case, but having done so three times I realize that the org-to-org negotiation is not going to bear fruit.''</ref>
</blockquote>
Tous ceci confirme qu'au sein de l'écoumène numérique et au même titre qu'au niveau géographique, l'argent n’apparaît pas comme seul facteur déterminant. Au même titre que la coupure du gazoduc en provenance de la Russie a des répercussions bien plus dramatiques que le blocage des liquidités des membres du Kremlin. la fermeture du « vidéoduc » en provenance de Google, a eu lui aussi des conséquences très regrettables au niveau de l'amélioration des projets Wikimédia.
On peut remarquer ensuite que Google n'aura jamais encouragé les utilisateurs de YouTube à utiliser une licence libre autre que la CC.BY<ref group="S">{{Lien web|auteur1=YouTube|titre=Creative Commons|url=https://web.archive.org/web/20140511030237/https://support.google.com/youtube/answer/2797468}}</ref> de telle sorte à éviter la clause copyleft imposant de conserver la licence libre sur tout produit dérivé. La page de support à la licence CC.BY fut ensuite abandonnée en septembre 2021, à une époque où, si je ne me trompe, sont apparues les vidéos publicitaires sur YouTube<ref group="S">{{Lien web|auteur1=YouTube|titre=Creative Commons Help|url=https://web.archive.org/web/20220126223852/https://support.google.com/youtube/answer/2797468}}</ref>. Si l'entreprise Google peut parfois se montrer généreuse envers le mouvement Wikimédia, elle n'est reste pas moins, me semble-t-il, bien déterminée à ne pas partager les vidéos téléchargées par ses utilisateurs, et qu'elle utilise ensuite comme faire valoir pour des messages publicitaires.
Suite à ces reproches formulés à l'encontre de Google, signalons enfin que le projet Wikipédia fut, lui aussi, critiqué par rapport au référencement des informations qui s'y retrouvent collectées. Apparue en 2007, cette accusation fit suite à la décision d'appliquer la balise « [[w:fr:Nofollow|Nofollow]] » sur l'ensemble des projets Wikimédia, avec pour conséquence d'indiquer aux moteurs de recherche de ne plus indexer les liens externes. C'était là une stratégie dont le but était de décourager les personnes qui voudraient utiliser les projets Wikimedia dans le but de favoriser leur propre site dans la consultation du Web.
À l'époque de ce changement, Wikipédia fut ainsi qualifié de « trou noir du Web»<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Nichola Carr|titre=Is Wikipedia a black hole?|url=https://web.archive.org/web/20150302073640/https://www.roughtype.com/archives/2007/01/is_wikipedia_a.php|site=Rough Type|date=22 janvier 2007}}</ref>, étant donné que le site web, l'un des plus consultés au monde, affichait l'ambition de rassembler toute la connaissance humaine, mais sans favoriser sa consultation externe. Près de dix ans plus tard, ce trait caractéristique du projet encyclopédique continue à exaspérer des personnes telles que le journaliste et politologue [[w:fr:Laurent de Boissieu|Laurent de Boissieu]]. Sur Twitter, il affirmait en effet qu'il s'agit là de l'unique facteur qui le décourage dans ses activités de publication sur le net, tout en précisant que : « Wikipédia pompe en 5 secondes des heures et des heures de boulot. »<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Laurent de Boissieu|titre=Les liens qui sortent de Wikipédia ne comptent pas pour les moteurs de recherche (balise "no follow").|url=https://web.archive.org/web/20220121134724/https://twitter.com/ldeboissieu/status/1410881943600779265?s=20|site=Tweeter|date=2 juillet 2021}}</ref>.
S’il est raisonnable de penser que les projets Wikimédia se sont mis en porte-à-faux par rapport au partage du référencement de l’information via les moteurs de recherche, ce jugement ne devrait pas pour autant cibler les éditeurs des projets. La plupart d'entre eux contribuent de fait bénévolement et de manière anonyme, et il serait dès lors injuste de croire qu'ils puissent tirer un quelconque profit de cette situation. Tout à l'inverse, si le journaliste s'en plaint, c'est précisément parce qu'il y voit une perte d'intérêt personnel en matière de visibilité, de renommée et de prestige. En raisonnant de la sorte, le témoignage du journaliste nous aide donc à mettre en exergue cette démarcation entre activité bénévole et activité professionnel très présente au sein du mouvement Wikimédia et qui me semble-t-il devrait faire l'objet d'une réflexion beaucoup plus globale en s'intéressant à ce qui se passe dans le reste de la société.
=== La pertinence du bénévolat face à la faillite de l'emploi ===
Nous venons donc de voir qu'il existe dans le mouvement Wikimédia une certaine cohabitation entre le statut de bénévole, souvent qualifié d'amateurisme dans d'autres sphères d'activité, et celui de professionnel entendu ici comme une personne rémunérée. On y observe que l'activité bénévole apparait souvent plus proche de la mission du mouvement, mais aussi des intérêts collectifs, alors que les activités professionnelles fatalement plus égocentrées en raison d'une recherche de gain personnel au travers de sa rémunération, s'éloignera plus facilement de la finalité commune. Tout ceci en constatant qu'au niveau de la concurrence économique, un projet entièrement développé par des bénévoles, tel que Wikipédia, évince toute concurrence en provenance du secteur privé et commercial. Ceci alors qu'au-delà du mouvement, le volontariat, même s’il est peu visible, est loin d'être un phénomène insignifiant puisqu'il est pratiqué par un Français sur quatre<ref group="M" name="Bénévalibre">{{Lien web|auteur1=Framasoft|titre=Bénévalibre : libérez vos bénévoles de la #StartupNation|url=https://web.archive.org/web/20211201191909/https://framablog.org/2019/10/31/benevalibre-liberez-vos-benevoles-de-la-startupnation/|site=Framablog|date=31 octobre 2019}}</ref>, et par des personnes qui sont généralement perçues comme étant plus sociables et chaleureuses que les professionnels<ref group="B">{{Lien web|format=PDF|auteur1=Edwine Goldoni|titre=Le bénévole, un professionnel sans salaire ?
Mieux comprendre les effets de la
professionnalisation des entreprises sociales|url=https://web.archive.org/web/20220322115238/https://se3dd51f1baf2d305.jimcontent.com/download/version/1449223745/module/9209628371/name/E%20Goldoni_Pr%C3%A9sentation_Salon%20du%20V_Namur.pdf|lieu=Salon du Volontariat de Namur|éditeur=Université catholique de Louvain - Centre Interdisciplinaire de Recherche Travail, État et Société|date=14 novembre 2014}}</ref>.
L'activité bénévole minimise de plus les conflits d'intérêt lié à l'argent au sein des projets et annihile la recherche d'un prestige externe à ceux-ci lors de l'usage du compte utilisateur anonyme. L'activité rémunérée, tout à l'inverse, se conçoit d'abord autour d'un contrat d'échange en un revenu et une activité professionnelle que l'on voudrait la plus prestigieuse de telle sorte à susciter une ascension vers des posts à salaires plus élevés. Il est donc raisonnable de penser qu'aucun bénévole ne se lancera dans une activité qu'il juge inutile, alors que dans le cas d'une personne rémunérée, cela s'avère possible et même relativement fréquent si c'est la seule façon de garder son emploi et les revenus financiers qui en découlent. Dans ce cas précis, l’intérêt économique et personnel prime sur la rationalité de l'action, tout en ayant possiblement des répercussions négatives sur la mission d'un projet et les intérêts communs de sa communauté.
En laissant à d'autres la tâche de débattre de l’oxymore du « volontariat forcé »<ref group="M">{{Lien Web|langue=|auteur1=Jade Grandin de l'Eprevier|titre=Travail du dimanche : du « volontariat forcé », selon les syndicats|lire en ligne=https://www.lemonde.fr/economie/article/2015/09/16/travail-du-dimanche-du-volontariat-force-selon-les-syndicats_4758877_3234.html|périodique=Le Monde.fr|date=2015-09-16}}</ref><ref group="M">{{Lien web|auteur1=Solidaires étudiant-e-s|titre=Service civique obligatoire : volontariat forcé et vacances en JDC|url=https://web.archive.org/web/20220321113107/https://solidaires-etudiant-e-s.org/site/2016/07/01/service-civique-obligatoire-volontariat-force-et-vacances-en-jdc/|site=Solidaires étudiant-e-s|date=01/07/2016}}</ref><ref name="Bénévalibre" group="M" /> et de certaines autres ambiguïtés<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=Amina|nom1=Yala|titre=Volontaire en ONG: l'aventure ambigüe|lieu=Paris|éditeur=C.L. Mayer|date=2005|isbn=978-2-84377-109-5|oclc=420795345}}</ref> dont je n'ai vu aucun cas de figure au sein du mouvement, il est possible de se faire une idée sur la proportion du nombre de travailleurs rémunérés qui estiment avoir une activité professionnelle inutile, en consultant l'ouvrage de l'anthropologue [[w:fr:David Graeber|David Graeber]] intitulé ''Bulshit job''. À sa lecture, on découvre effectivement que « le phénomène de boulot à la con » est loin d'être statistiquement insignifiant, puisque 37 % des Britanniques interrogés lors d'un sondage ont effectivement répondu par la négative à la question de savoir si : « Votre emploi apporte-t-il quoi que ce soit d’important au monde ? ». Ceci alors qu'une autre enquête réalisée aux Pays-Bas affirme que « 40 % des travailleurs néerlandais ont déclaré que leur job n’avait aucune raison valable d’exister »<ref name="Bullshit" group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=David|nom1=Graeber|titre=Bullshit jobs|passage=12 & 139 (par ordre de citation).|éditeur=Les liens qui libèrent|date=2019|isbn=979-10-209-0736-3|oclc=1132507219}}</ref>.
Parmi de nombreux témoignages de personnes soufrant de cette situation qui furent recueillis par Graeber, on retrouve celui d'un informaticien qui, ne sachant pas quoi faire durant ses heures de travail, finit par installer un navigateur en mode texte sur son ordinateur de bureau pour pouvoir, entre autres, améliorer les articles de Wikipédia<ref name="Bullshit" group="B" />. Une information assez surprenante et tout à propos dans le cadre de cette étude, qui peut alors faire croire que parmi les éditeurs des projets Wikimédia il existe un certain nombre d'employés en manque de travail. D'où peut-être la présence d'éditeurs très actifs durant les heures de bureau et qui prendront toutes les précautions afin d'éviter que l'on puisse découvrir leur réelle identité. Reste ensuite la question délicate de savoir qu'elle serait le pourcentage des personnes engagées par le mouvement Wikimédia et qui ne trouve aucun sens dans leur travail.
Tout ceci renforce donc l'idée générale que le statut d'employé ne peut en aucun cas être une garantie quant au sens à donner à sa vie. Quant aux chiffres impressionnants transmis par les deux sondages rapporter par Graeber, ils ne font qu'expliquer finalement l'explosion du nombre maladies psychologiques associées à la perte de sens dans le monde du travail<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=Alain|nom1=Acker|prénom2=Dominique|nom2=Bonzom|prénom3=Stacey|nom3=Callahan|titre=Risques psychosociaux et qualité de vie au travail: en 36 notions|éditeur=Dunod|date=2018|isbn=978-2-10-078144-7}}</ref>. La plus connue est le ''burnout'', ou [[w:fr:Syndrome d'épuisement professionnel|syndrome d'épuisement professionnel]], qui se caractérise par une fatigue profonde pouvant aller, dans les cas les plus extrêmes, jusqu'à la perte d'envie complète de s'investir dans une activité quelle qu'elle soit. Mais il y a aussi ces autres syndromes moins connus que sont le ''bore out, le blurout'' et le ''brownout''<ref group="B">{{Article|prénom1=Frédéric|nom1=Chapelle|titre=Chapitre 4. Bore out, blur out, brown out|périodique=Risques psychosociaux et Qualité de Vie au Travail|éditeur=Dunod|date=2018|pages=27}}</ref>''.'' Tandis que le ''bore out'' est un trouble mental provoqué par l'ennui, le ''blurout'' le sera par le manque de dissociation entre vie professionnelle et vie privée, pendant que le ''brownout'' sera provoqué par une perte de sens de son activité professionnelle<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=François|nom1=Baumann|titre=Le brown-out: quand le travail n'a plus aucun sens|date=2018|isbn=978-2-84319-405-4|oclc=1082376466|consulté le=2021-10-28}}</ref> provoquant une « dissonance éthique »<ref group="B">{{Article|langue=|prénom1=Benoît, Laarraf, Zouhair, Yanat, Zahir|nom1=Cherré|titre=Dissonance éthique: forme de souffrance par la perte de sens au travail|périodique=Recherches en Sciences de Gestion|volume=100|numéro=1|date=2014|issn=2259-6372|consulté le=2021-10-28|pages=143}}</ref> qui touche particulièrement les travailleurs qui misent beaucoup sur leur emploi pour donner sens à leur vie.
En sachant que la grande majorité des 600 employés de la fondation font du télétravail, le ''blurout'' est sans doute un syndrome à craindre au sein du mouvement, alors que je ne vois pas de raison qui pourrait justifier l'absence de ''burnout'', de ''boreout'' et de ''brownout'' parmi les membres du staff. Sans oublier que d'autres études ont aussi mis en évidence qu'un certain nombre de travailleurs, suite aux temps de réflexion qui leur ont été accordés lors des périodes de confinement au cours pandémie de Covid-19, ont perdu toute la crédibilité qu'ils pouvaient accorder à leurs emplois<ref group="M">{{Lien web|auteur1=Evelyne Josse|titre=Le brown-out, un syndrome professionnel de perte de sens révélé par la crise du COVID-19|url=https://web.archive.org/web/20220203082422/http://www.resilience-psy.com/spip.php?article443|site=Résilience-PSY|date=10 juin 2020}}</ref>. Rappelons-nous d'ailleurs que lors de cette période très spéciale, tous les secteurs économiques jugés non essentiels étaient à l’arrêt et que seul le travail indispensable à la survie de la société était maintenu. Une occasion unique somme toute de faire la part des choses entre boulots à la con inutiles (''bullshit job'') propice au ''brownout'' et ''boreout'' et « boulot de merde » (''shit job'') indispensable générateur de ''burnout'' et ''blurout.''
Tous ces constats et réflexions sont donc autant d'indicateurs de la faillite du marché de l'emploi. Une faillite morale tout d'abord, puisqu'elle permet l'aliénation de travailleurs peu payés au profit global de travailleurs mieux payés malgré leurs inutilités. Et une faillite économique ensuite, puisque aucun projet professionnel ou commercial ne semble pouvoir rivaliser avec Wikipédia en matière de productivité. De cette situation incongrue, surgit alors le souvenir de l'ouvrage ''La fabrique des imposteurs,'' dans lequel [[w:fr:Roland Gori|Roland Gori]] mettait en évidence la « confiscation de la pensée critique au moyen des procédures de l'évaluation et l'emprise de la "religion du marché" au cœur de nos sociétés »<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=Roland|nom1=Gori|titre=La Fabrique des imposteurs|éditeur=Les liens qui libèrent|date=2013|oclc=1268917110|lire en ligne=https://international.scholarvox.com/book/88904212|consulté le=2022-03-17}}</ref>.
Face à cette faillite, l'exemple du volontariat Wikimédia apparait donc comme une incontournable invitation à « (re)placer l'humain au cœur des organisations »<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=Jérôme|nom1=Julia|titre=L'immatériel, révolution silencieuse: (re)placer l'humain au cœur des organisations|éditeur=Des Îlots de résistance|date=2020|isbn=978-2-917088-48-7|oclc=1287691047}}</ref>. Une démarche qui ne pourra se faire qu'en remettant en cause le système économique mondial qui, malgré les avertissements publiés en 1944 par [[w:fr:Karl Polanyi|Karl Polanyi]] dans [[w:fr:La Grande Transformation|''La Grande Transformation'']]<ref group="B">{{Ouvrage|langue=French|prénom1=Karl|nom1=Polanyi|titre=La grande transformation: aux origines politiques et économiques de notre temps|lieu=Paris|éditeur=Gallimard|date=2017|isbn=978-2-07-012474-9|oclc=1154550380}}</ref>, a réussi à pervertir l'organisation de nos sociétés en enveloppant l'activité humaine au sein d'un processus à la fois injuste et absurde. Et c'est précisément dans ce sens que le mouvement Wikimédia est particulièrement inspirant, puisqu'il nous rappelle que l'être humain doit être considéré selon son statut et non pas au travers d'un quelconque contrat économique ou autre. Une dérive qui par ailleurs fut déjà observée 1874 l'anthropologue botanique [[w:fr:Henry Summer Maine|Henry Summer Maine]] lorsqu'il observait dans le mouvement des sociétés un passage de l'état d'une personne, au sens juridique du terme, au contrat<ref group="B">{{Ouvrage|langue=|prénom1=Henry Sumner|nom1=Maine|prénom2=Jean Gustave|nom2=Courcelle-Seneuil|titre=L'ancien droit considéré dans ses rapports avec l'histoire de la société primitive et avec les idées modernes,|passage=162|éditeur=A. Durand|date=1874|oclc=23423674|lire en ligne=|consulté le=}}</ref>.<noinclude>
=== Notes et références ===
==== [N]otes ====
{{Références|groupe=N}}
==== [T]extes originaux ====
{{Références|groupe=T}}
==== [B]ibliographie ====
{{Références|groupe=B}}
==== [M]édiagraphie ====
{{Références|groupe=M}}
==== [V]idéographie ====
{{Références|groupe=V}}
==== [S]itographie ====
{{Références|groupe=S}}
{{Bas de page
| idfaculté = Socio-anthropologie
| précédent = [[../Cosmographie/]]
| suivant = [[../Economie/]]
}}
[[Catégorie:Thèses de doctorats]]
[[Catégorie:Recherche Wikimédia]]
[[Catégorie:Recherche en anthropologie]]
[[Catégorie:Travaux de recherche]]
[[Catégorie:Travail de recherche « Imagine un monde »]]
{{Titre incorrect|}}
</noinclude>
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Supervision industrielle/Quiz/Exercices
0
77236
881454
825403
2022-08-18T16:55:14Z
2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6
Y es
wikitext
text/x-wiki
'''Choisir si c’est VRAI/FAUX :'''
<quiz display=simple>
{
| type="()" }
| VRAI | FAUX
+- La supervision est un outil de suivi de la production et d’aide à la conduite des installations
-+ La supervision est accessible seulement au sein de l’entreprise
-+ La supervision renvoie des données brutes à l’utilisateur
+- La supervision permet de prévenir les pannes et les anticiper
-+ La supervision ne permet pas de connaître l’effet d’une action sur le système
-+ Get-request / get-response veut dire que l’administrateur met une valeur à jour dans la MIB
+- Trap veut dire que l’agent prévient l’administrateur qu’un événement particulier s’est produit
-+ La supervision pilote le procédé
</quiz>
Closd
'''Choisir la/les bonne(s) réponse(s) :'''
<quiz display=simple>
{ Que veut dire SNMP :
| type="()" }
- Security Nature Maintenance Protocol
+ Simple Network Management Protocol
- Simplicité de Nettoyage Marin de la Pollution
- ça ne veut rien dire
{ La supervision s’adresse :
| type="[]" }
+ aux opérateurs de production
+ aux opérateurs de maintenance
+ au responsable de la maintenance
+ au responsable des méthodes
+ au responsable des énergies
</quiz>[[Www.wikiversite.com|Closet]]
qwc8ipdpey6gqzi4z9q2tortfb2apzy
881455
881454
2022-08-18T16:59:18Z
JackPotte
2411
Révocation des modifications de [[Special:Contributions/2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6|2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6]] ([[User talk:2806:261:483:9C0:2441:14A4:963B:4DA6|discussion]]) vers la dernière version créée par [[User:Crochet.david|Crochet.david]]
wikitext
text/x-wiki
'''Choisir si c’est VRAI/FAUX :'''
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-+ La supervision est accessible seulement au sein de l’entreprise
-+ La supervision renvoie des données brutes à l’utilisateur
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-+ La supervision ne permet pas de connaître l’effet d’une action sur le système
-+ Get-request / get-response veut dire que l’administrateur met une valeur à jour dans la MIB
+- Trap veut dire que l’agent prévient l’administrateur qu’un événement particulier s’est produit
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'''Choisir la/les bonne(s) réponse(s) :'''
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{ Que veut dire SNMP :
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+ Simple Network Management Protocol
- Simplicité de Nettoyage Marin de la Pollution
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{ La supervision s’adresse :
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+ aux opérateurs de maintenance
+ au responsable de la maintenance
+ au responsable des méthodes
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89n1icmfsdedv0oab7xn6w9g8mh9ole
Le Consortium de l'UE pour la recherche et l'éducation en santé maritime
0
80781
881447
881381
2022-08-18T14:40:19Z
JackPotte
2411
wikitext
text/x-wiki
{{leçon du jour}}
[https://en.wikiversity.org/wiki/Maritime_Health_Research_and_Education-NET/EU_Consortium_for_Maritime_Health_Research_and_Education version anglaise]
[https://es.wikiversity.org/wiki/El_Consorcio_Europeo_para_la_investigaci%C3%B3n_y_la_educaci%C3%B3n_en_salud_mar%C3%ADtima Version espagnole]
== Présentation ==
Le Consortium de l'UE pour la recherche et l'éducation en santé maritime est un réseau international à but non lucratif d''''institutions''' de recherche et d'enseignement maritimes pour collaborer à la promotion de la recherche et de l'éducation en santé au profit des travailleurs maritimes et des transports. Il s'agit d'un centre sans briques qui réunit les institutions intéressées ayant des activités de recherche et d'enseignement en santé maritime, professionnelle et publique pour demander des financements.
== Les objectifs ==
* Créer un réseau de chercheurs pour développer la recherche scientifique et l'enseignement en santé et sécurité maritime et solliciter des financements
* Établir des groupes de recherche et d'éducation et demander des financements
* L'accent est mis sur l'hypertension et le diabète de type 2, le diagnostic précoce et la prévention
* Collaborer avec les organisations de travailleurs et les compagnies maritimes
* Organiser des réunions publiques pour présenter les activités de recherche et d'enseignement à un public plus large
* Éduquer les étudiants maritimes, les gens de mer et les travailleurs des transports sur le diabète de type 2 et l'hypertension et la promotion de la santé
== But ==
Les objectifs sont d'éduquer et de fournir des résultats de recherche de haute qualité par l'utilisation de méthodes standardisées au profit de tous les travailleurs et citoyens.
== Exigences éthiques ==
Les règles éthiques pour la recherche de bases de données dans les universités respectives et autres centres. La confidentialité dans le traitement des informations personnelles est effectuée conformément aux règles établies par les agences nationales de protection des données. Normalement, aucune information personnelle sensible n'est incluse, l'approbation du comité d'éthique n'est donc pas nécessaire. Tous les questionnaires demandent le consentement éclairé comme première question. Les encadrants veillent à ce que les données soient traitées dans le cadre de la loi sur le secret médical comme lignes directrices de bonnes pratiques épidémiologiques. L'anonymat des participants sera protégé de toutes les manières et cela sera indiqué dans la description du projet. Il sera assuré que le tableau électronique est verrouillé afin que les informations ne puissent être vues par personne d'autre que les chercheurs. Les chercheurs respectent la propriété individuelle des données et partagent les publications et les données là où cela leur convient et maintiennent toujours de bons partenariats. [https://allea.org/code-of-conduct/#toggle-id-18 Le code de conduite européen pour l'intégrité dans la recherche pour l'autorégulation dans toutes les recherches ]
== Conseil d'administration ==
La principale autorité décisionnelle du consortium est le conseil d'administration. Le Conseil est composé de représentants des institutions associées
== Coordinateur du centre ==
* Le conseil d'administration sélectionne un coordinateur du consortium pour 1 an qui sera réélu lors de la réunion annuelle du conseil d'administration en août
* Les réunions OneBoard ont lieu chaque année
* Le Coordonnateur est responsable de la convocation des réunions du Conseil
== Comité consultatif ==
Les représentants des partenaires dans les syndicats, les ministères, les universités et les autorités de l'État sont invités
== Objectifs ==
En collaboration avec la coordonnatrice, le conseil établit des objectifs pour lesquels les domaines de recherche et d'éducation et les demandes de financement doivent être priorisés et les résultats attendus de la recherche dans ces domaines.
== Evaluation des activités du centre ==
Le Conseil d'Administration comprend chaque année une évaluation des activités du Consortium. Le coordonnateur présente un rapport annuel au conseil à la fin décembre.
Comptabilité financière. Il n'y a pas de comptes séparés pour le centre puisque l'économie est placée chez chacun des participants.
== Ressources Financières ==
La principale ressource financière pour l'activité du Consortium est constituée par les ressources existantes des participants individuels et des fondations de recherche nationales et internationales.
== Indication des publications ==
Les publications du sont énumérées ci-dessous : Propre institution, EU Consortium Center in ...
== Rapport d'état annuel ==
Le coordonnateur est responsable de préparer un rapport d'étape annuel qui est approuvé par le conseil d'administration. Le rapport d'avancement doit inclure un bref aperçu des résultats de l'année dernière avec les signatures et les dates
==[[/Statuts/]]==
== Fonds et Organisations ==
Fondation européenne pour l'étude du diabète (EFSD) - http://www.europeandiabetesfoundation.org/<br>
ITF Seafarers Trust https://www.seafarerstrust.org/ <br>
[https://novonordiskfonden.dk/en/ Novo Nordisk trouvé]<br>
https://www.eshonline.org/online-education/teaching-seminars/ <br>
Fondation de recherche sur l'hypertension<br>
http://www.hypertensionresearchfoundation.ch/FR/projets.html <br>
https://research-and-innovation.ec.europa.eu/research-area/health/diabetes_en<br>
[https://ec.europa.eu/esf/main.jsp?catId=67&langId=en&newsId=9691 Le Fonds social européen]<br>
[https://www.danishdiabetesacademy.dk/grants Académie danoise du diabète]<br>
La Société Européenne d'Hypertension https://www.eshonline.org/<br>
[https://www.norden.org/en/funding-opportunities/nordic-council-ministers-funding-programme-ngo-co-operation-baltic-sea-region Les ministres du Conseil nordique financent la coopération des ONG dans la région de la mer Baltique] <br>
[https://www.norden.org/en/information/about-funding-nordic-council-ministers Financement des ministres du Conseil nordique]<br>
[https://www.norden.org/en/funding-opportunities/nordic-council-ministers-open-call-funding-opportunity-nordic-russian-co Nordic Council Ministers Funding-opportunity Nordic-Russian Co-Operation] < br>
[https://terravivagrants.org/grant-makers/cross-cutting/nippon-foundation/Nippon Foundation]<br>
== Littérature ==
[https://omeganetcohorts.eu/resources/scientific-publications/Omeganet Publications]
a8ndp838jrnsxgiwtddsepxj8ie32gf
Air et ses molécules/Le modèle moléculaire et ses atomes
0
80786
881450
881412
2022-08-18T14:43:27Z
JackPotte
2411
wikitext
text/x-wiki
{{Chapitre
| idfaculté = physique
| niveau = 9
| numéro = 3
| précédent = [[../La combustion/]]
| suivant = [[../|Sommaire]]
}}
=== Introduction et définition du modèle moléculaire ===
<u>Définition littérale</u> :
Le modèle moléculaire est un modèle physique qui représente les molécules (ensembles d'atomes) et leur processus d'association, de liaison. Sur un schéma, les atomes sont représentés par des sphères de différentes couleurs (chaque couleur définissant un atome en particulier). Les liens entre les atomes sont représentés par des bâtonnets.
Le modèle moléculaire est utilisé pour représenter l'organisation moléculaire d'éléments ou structures physico-chimiques : par exemple, la matière présente dans ses trois états principaux (gazeux, liquide, solide).
<u>Identification des atomes de base utilisés dans le modèle moléculaire</u> :
Le modèle moléculaire utilise les atomes de base, présents principalement dans l'air (ils sont répertoriés dans le tableau des éléments de Mendeleïev). Chaque atome est identifié par un symbole et une couleur :
{| class="wikitable"
!Nom de l'atome
!Symbole
!Couleur
|-
|Hydrogène
|H
|Blanche
|-
|Oxygène
|O
|Rouge
|-
|Carbone
|C
|Noire
|-
|Azote
|N
|Bleue
|-
|Soufre
|S
|Jaune
|-
|Chlore
|Cl
|Verte
|}
<br>
=== Molécules à partir des atomes de base ===
<u>Composition des molécules usuelles à partir des atomes de base du modèle moléculaire</u> :
{| class="wikitable"
!Nom de la molécule
!Formule chimique de la molécule
!Composition atomique de la molécule
|-
|Diazote
|N<sub>2</sub>
|2 atomes d'azote
|-
|Dioxygène
|O<sub>2</sub>
|2 atomes d'oxygène
|-
|Ozone
|O<sub>3</sub>
|3 atomes d'oxygène
|-
|Eau
|H<sub>2</sub>O
|2 atomes d'hydrogène et 1 atome d'oxygène
|-
|Dioxyde de carbone
|CO<sub>2</sub>
|1 atome de carbone et 2 atomes d'oxygène
|-
|Monoxyde de carbone
|CO
|1 atome de carbone et 1 atome d'oxygène
|-
|Méthane
|CH<sub>4</sub>
|1 atome de carbone et 4 atomes d'hydrogène
|-
|Ethane
|C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>
|2 atomes de carbone et 6 atomes d'hydrogène
|-
|Propane
|C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>
|3 atomes de carbone et 8 atomes d'hydrogène
|-
|Butane
|C<sub>4</sub>H<sub>10</sub>
|4 atomes de carbone et 10 atomes d'hydrogène
|-
|Dioxyde de soufre
|SO<sub>2</sub>
|1 atome de soufre et 2 atomes d'oxygène
|}
{{Bas de page
| idfaculté = <!-- le même que la leçon -->
| précédent = <!-- [[../Titre du chapitre précédent/]] -->
| suivant = <!-- [[../Titre du chapitre suivant/]] -->
}}
<!-- NE RIEN ÉCRIRE SOUS CETTE LIGNE -->
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Discussion utilisateur:LiviaTitt
3
80787
881414
2022-08-18T12:01:14Z
Hérisson grognon
50100
Page créée avec « {{Bienvenue|Hérisson grognon|sign=~~~~}} »
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text/x-wiki
{{Bienvenue|Hérisson grognon|sign=[[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion utilisateur:Hérisson grognon/Flow|discuter]]) 18 août 2022 à 12:01 (UTC)}}
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Discussion utilisateur:160.176.12.161
3
80788
881449
2022-08-18T14:41:49Z
JackPotte
2411
Page créée avec « {{subst:Vandalisme IP}}~~~~ »
wikitext
text/x-wiki
{| class="WSerieH" class="plainlinks" id="vandale" align="center" style="background-color:#f7f8ff; width:100%; text-align:justify; padding:5px; border:1px solid #8888aa; border-right-width:2px; border-bottom-width:2px; margin-bottom:2em"
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Vous avez découvert combien il est facile de modifier ou de compléter Wikiversité, la communauté pédagogique et de recherche libre.
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Nous vous invitons maintenant à poursuivre avec nous le développement du projet tout en évitant d'effacer du contenu utile ou de dégrader certaines pages telles que [[{{{1}}}]].|
Nous vous invitons maintenant à poursuivre avec nous le développement du projet tout en évitant d'effacer du contenu utile ou de dégrader certaines pages.}}
Pour nous rejoindre, il est conseillé de [[Spécial:Connexion|créer un compte]] afin de garder une identité fixe au sein du projet. Cela vous permettra aussi de disposer d'un espace de brouillon pour faire de nouveaux essais sur Wikiversité personnel au lieu du [[Wikiversité:bac à sable|bac à sable]] qui est plutôt réservé aux utilisateurs non enregistrés.
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|
Gardez enfin à l'esprit qu'en cas de récidives multiples, nous pourrions au regret [[Spécial:blockip/{{PAGENAME}}|bloquer]] votre capacité de modifier les pages de Wikiversité à l’exception de cette page de discussion.'''''
}}
''Si vous recevez ce message sans raison apparente, merci de l'ignorer. Il signifie simplement que vous avez hérité de l'[[w:adresse IP|adresse IP]] de quelqu'un qui a probablement fait des tests sur Wikiversité''.
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[[Utilisateur:JackPotte|JackPotte]] ([[Discussion utilisateur:JackPotte|<span style="color:#FF6600">$</span>♠]]) 18 août 2022 à 14:41 (UTC)
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